Algorytm określania symetrii czasteczek

Podobne dokumenty
Symetria w obliczeniach molekularnych

WYK LAD 5: GEOMETRIA ANALITYCZNA W R 3, PROSTA I P LASZCZYZNA W PRZESTRZENI R 3

Rotacje i drgania czasteczek

ELEMENTY I OPERACJE SYMETRII Symbol Element symetrii Operacja symetrii

Struktura elektronowa czasteczek. przybliżenie Borna-Oppenheimera. równania Schrödingera dla elektronów przy ustalonym po lożeniu jader

Indeks odwzorowania zmiennej zespolonej wzgl. krzywej zamknietej

Matematyka A, klasówka, 24 maja zania zadań z kolokwium z matematyki A w nadziei, że pope lni lem wielu b le. rozwia

i elektronów w czasteczkach (laboratoryjnym) operator Hamiltona dla czasteczki dwuatomowej (jadra 2M b a i b; m -masa elektronu e 2 r ij

Prosta i płaszczyzna w przestrzeni

Arkusz 6. Elementy geometrii analitycznej w przestrzeni

Funkcje wielu zmiennych

Uklady modelowe III - rotator, atom wodoru

WYKŁAD 5 Zastosowanie teorii grup w analizie widm oscylacyjnych

Zastosowanie Robotów. Ćwiczenie 6. Mariusz Janusz-Bielecki. laboratorium

Wyk lad 8 macierzy i twierdzenie Kroneckera-Capellego

JEDNOSTKI ATOMOWE =1, m e =1, e=1, ; 1 E 2 h = 4, J. Energia atomu wodoru lub jonu wodoropodobnego w jednostkach atomowych:

Uk lady modelowe II - oscylator

Elementy symetrii makroskopowej.

Wykład 5. Komórka elementarna. Sieci Bravais go

Wyk lad 7 Baza i wymiar przestrzeni liniowej

x a 1, podając założenia, przy jakich jest ono wykonywalne. x a 1 = x a 2 ( a 1) = x 1 = 1 x.

Sterowalność liniowych uk ladów sterowania

Funkcje wielu zmiennych

Iloczyn wektorowy. Autorzy: Michał Góra

RUCH OBROTOWY- MECHANIKA BRYŁY SZTYWNEJ

Geometria analityczna

Geometria analityczna

Wykład 1. Symetria Budowy Kryształów

Przekształcenia geometryczne w grafice komputerowej. Marek Badura

RUCH OBROTOWY- MECHANIKA BRYŁY SZTYWNEJ

Elementy geometrii analitycznej w R 3

Elementy symetrii. obiekt geometryczny taki jak linia, płaszczyzna lub punkt, względem którego dokonuje się operacji symetrii.

Chemiateoretyczna. Monika Musiał. Elementy teorii grup

c) prawdopodobieństwo znalezienia cząstki między x=1.0 a x=1.5 jest równe

3. Operacje symetrii, macierze operacji symetrii. Grupy punktowe. Przypisywanie grupy punktowej dla zadanych obiektów

Wyk lad 7 Metoda eliminacji Gaussa. Wzory Cramera

GEOMETRIA ANALITYCZNA W PRZESTRZENI

Symetria w fizyce materii

Symbol termu: edu (sumy ca lkowitego orbitalnego momentu edu i ca lkowitego spinu) Przyk lad: 2 P 3. kwantowa

1) 2) 3) 5) 6) 7) 8) 9) 10) 11) 12) 13) 14) 15) 16) 17) 18) 19) 20) 21) 22) 23) 24) 25)

c ze wzoru dwumianowego Newtona obliczyć sumy: a) 3 2 obliczyć wartości wyrazów będa cych liczbami ca lkowitymi,

Zadania z z matematyki dla studentów gospodarki przestrzennej UŠ. Marek Majewski Aktualizacja: 31 pa¹dziernika 2006

Przekształcenia liniowe

Geometria odwzorowań inżynierskich rzut środkowy 06A

Wyk lad 11 1 Wektory i wartości w lasne

Oddzia lywania miedzycz. jony molekularne lub atomy. edzy A i B:

Geometria odwzorowań inżynierskich. 1. Perspektywa odbić w zwierciad lach p laskich 06F

Arkusz 4. Elementy geometrii analitycznej w przestrzeni

MiNI Akademia Matematyki na Politechnice Warszawskiej

1. Elementy (abstrakcyjnej) teorii grup

Matematyka A, egzamin, 17 czerwca 2005 rozwia zania

Krystalochemia białek 2016/2017

stosunek przyrostu funkcji y do odpowiadajacego dy dx = lim y wielkości fizycznej x, y = f(x), to pochodna dy v = ds edkości wzgl edem czasu, a = dv

Wstęp do Optyki i Fizyki Materii Skondensowanej

Czastka swobodna Bariera potencja lu Pud lo jednowymiarowe FEMO Pud la wielowymiarowe. Wyk lad 3. Uk lady modelowe I

Pisemny egzamin dyplomowy. na Uniwersytecie Wroc lawskim. na kierunku matematyka. zadania testowe. 22czerwca2009r. 60 HS-8-8

Pojȩcie przestrzeni metrycznej

Po lożenie punktu w przestrzenie w chwili czasowej t może być opisane jako wektor x(t), reprezentujacy

Wyk lad 3 Wyznaczniki

edzi (local edge detectors) Lokalne operatory wykrywania kraw

Statystyka w analizie i planowaniu eksperymentu

Statystyka w analizie i planowaniu eksperymentu

KURS FUNKCJE. LEKCJA 2 PODSTAWOWA Przekształcenia wykresu funkcji ZADANIE DOMOWE. Strona 1

po lożenie cz astki i od czasu (t). Dla cz astki, która może poruszać siȩ tylko w jednym wymiarze (tu x)

cie uk ladu równań liniowych i podaliśmy sposoby rozwia

SZKO LA PODSTAWOWA HELIANTUS WARSZAWA ul. BAŻANCIA 16. Szeṡcian w uk ladzie wspȯ lrzȩdnych x, y, z GEOMETRIA PRZESTRZENNA STEREOMETRIA

Zajęcia nr 1 (1h) Dwumian Newtona. Indukcja. Zajęcia nr 2 i 3 (4h) Trygonometria

Wyk lad 5 W lasności wyznaczników. Macierz odwrotna

1 Wartości własne oraz wektory własne macierzy

Bryła sztywna. Wstęp do Fizyki I (B+C) Wykład XXI:

Wyk lad 1 Podstawowe struktury algebraiczne

g liczb rzeczywistych (a n ) spe lnia warunek

A. Strojnowski - Twierdzenie Jordana 1

PRÓBNY EGZAMIN MATURALNY

Bryła sztywna. Fizyka I (B+C) Wykład XXIII: Tensor momentu bezwładności i osie główne Równania Eulera Bak swobodny. Podsumowanie wykładu Egzamin

Wyk lad 4 Dzia lania na macierzach. Określenie wyznacznika

Wyk lad 14 Formy kwadratowe I

Wyk lad 9 Baza i wymiar przestrzeni liniowej

VII.1 Pojęcia podstawowe.

Wykład 14. Elementy algebry macierzy

że w wyniku pomiaru zmiennej dynamicznej A, której odpowiada operator αˆ otrzymana zostanie wartość 2.41?

Transformacja Lorentza - Wyprowadzenie

Literatura: Oznaczenia:

Grupy przestrzenne i ich symbolika

= a (a c-c )x(3) 1/2. Grafit i nanorurki węglowe Grafen sieć rombowa (heksagonalna) z bazą dwuatomową

Wyk lad 9 Baza i wymiar przestrzeni liniowej

Zestaw Obliczyć objętość równoległościanu zbudowanego na wektorach m, n, p jeśli wiadomo, że objętość równoległościanu zbudowanego na wektorach:

Algebra i jej zastosowania ćwiczenia

KONKURS ZOSTAŃ PITAGORASEM MUM. Podstawowe własności figur geometrycznych na płaszczyźnie

GAL z aweber/zadania/gal2017gw/ Wersja

Geometria odwzorowań inżynierskich cienie w rzucie środkowym 06D

Geometria odwzorowań inżynierskich Zadania 02

Wzory Viete a i ich zastosowanie do uk ladów równań wielomianów symetrycznych dwóch i trzech zmiennych

FUNKCJE LICZBOWE. x 1

Podstawowe metody i przybliżenia: metoda wariacyjna, rachunek zaburzeń

Rachunek różniczkowy i całkowy w przestrzeniach R n

Baza w jądrze i baza obrazu ( )

ALGEBRA z GEOMETRIA, ANALITYCZNA,

TENSOMETRIA ZARYS TEORETYCZNY

Aproksymacja kraw. Od wielu lokalnych cech (edge elements) do spójnej, jednowymiarowej. epnej aproksymacji

Transkrypt:

O czym to b Podzi 21 września 2007

O czym to b O czym to b Podzi 1 2 3

O czym to b Podzi W lasności symetrii hamiltonianu: zmniejszenie z lożoności obliczeń i wymagań pami eciowych, utrzymanie tożsamościowych (wynikajacych z symetrii) relacji, u latwienie interpretacji obliczeń.

O czym to b Podzi Czasteczka a Jakie informacje bed a nam potrzebne? grupa punktowa, wspó lrz edne po symetryzacji, transformacja z orientacji wejściowej (wspó lrz edne podane przez użytkownika) do standardowej (wyznaczonej przez program).

O czym to b Podzi Ustawienie wst epne Czasteczka a Jeśli liczba atomów == 1, to obliczenia atomowe (K h ). Wyznacz środek masy i umieść go w OXYZ. Wyznacz g lówne osie tensora momentu bezw ladności.

O czym to b Podzi Czasteczka a Wartości w lasne momentu bezw ladności 3 równe: bak, 2 równe: wszystkie niezerowe: bak, przynajmniej jedna zerowa: czasteczka, 3 różne wartości w lasne: bak a.

Czasteczka O czym to b Podzi Czasteczka a Ustaw oś odpowiadajac a momentowi == 0 równolegle do osi Z, Jeśli czasteczka i jej odbicie wzgledem p laszczyzny OZ (czyli XY) sa takie same, to D h, wpp C v.

a O czym to b Podzi Czasteczka a Zorientuj osie momentu bezw ladności zgodnie z osiami OXYZ, Sprawdź, które osie sa osiami dwukrotnymi (moga być 3, 1, lub brak),

O czym to b Podzi Czasteczka a a (3 osie dwukrotne) Jeśli wszystkie osie X, Y i Z sa osiami dwukrotnymi, to D 2 lub D 2h jeśli oprócz osi C 2 jest dodatkowo środek inwersji, a C 2 oraz i generuja p laszczyzne symetrii prostopad l a do OZ, to jest D 2h, wpp jest D 2.

O czym to b Podzi a (1 oś dwukrotna) Czasteczka a Jeśli jest 1 oś dwukrotna (pokrywajaca sie z OX, OY lub OZ), to ustaw ja do OZ. Może być C 2h, C 2v lub C 2 jeśli jest p laszczyzna symetrii, to C 2h wpp, jeśli jest p laszczyzna osi Z, to grupa C 2v, wpp. grupa C 2.

O czym to b Podzi Czasteczka a a (brak osi dwukrotnych) Jeśli nie ma osi dwukrotnych, to C s, C i lub C 1. jeśli jest p laszczyzna symetrii, to jest C s, a p laszczyzna symetrii ma być p laszczyzna XY. jeśli jest środek inwersji, to grupa C i, wpp. grupa C 1.

O czym to b Podzi Czasteczka a Trójkrotna degeneracja bak. Możliwe sa grupy: kubiczne T, T d, T h, O, O h, I lub I h, oraz D 2d, D 2h lub D 2. Może sie zdarzyć, że bak jest przypadkowo. Jeśli sa 3 prostopad le 2-krotne osie, to grupy: D 2d, D 2h lub D 2, wpp przypadek najtrudniejszy (omówiony przy okazji baka symetrycznego).

O czym to b Podzi Czasteczka a : Ustalenie orientacji standardowej 1 Znajdź oś g lówna, 2 ustaw czasteczk e tak, aby oś g lówna by la OZ, 3 znajdź g lówna p laszczyzne, czyli p laszczyzne symetrii zawierajac a oś g lówna, 4 obróć czasteczk e, aby g lówna p laszczyzna by la p laszczyzna XZ (czyli OY),

O czym to b Podzi Czasteczka a : Pozosta le elementy symetrii po pierwsze znajdź osie C 2, znajdź p laszczyzny (korzystajac z wygenerowanych par) sprawdź, czy p laszczyzna zawiera OXYZ (tanie) jeśli tak, to sprawdź, czy jest to p laszczyzna symetrii teraz sprawdź osie C 6,..., C 3, S 6 (= C 6 ),..., S 2 (= C 2 = i),

O czym to b Podzi Czasteczka a 1 Dwie wartości w lasne momentu ladunku sa równe i różne od trzeciej (bak ): może być dowolna grupa aksjalna, czyli każda oprócz kubicznych. 2 Z wyjatkiem rzadkich przypadków, jedyna osia jest oś o krotności >= 3 (pokrywajaca sie z niezdegenerowana osia tensora momentu bezw ladności).

O czym to b Podzi Czasteczka a : orientacja osi g lównej 1 Ustaw niezdegenerowana oś OZ (g lówna oś), 2 określ jej krotność, czyli dla n (8, 7, 6, 5, 4, 3, 2) rób: jeśli geometria obrócona o 2π/n jest równoważna danej, to dopisz oś C n do zbioru osi, jeśli geometria obrócona o 2π/2n i odbita w p laszczyźnie do osi jest równoważna danej, to dopisz oś S 2n do zbioru osi, jeśli geometria obrócona o 2π/n i odbita w p laszczyźnie do osi jest równoważna danej, to dopisz oś S n do zbioru osi.

O czym to b Podzi Czasteczka a : orientacja pozosta lych elementów symetrii 1 Poszukaj ewentualnej osi C 2 OZ (bierzemy pierwsza znaleziona). 2 Jeśli jest, to zorientuj ja osi OX. Orientacja standardowa jest osiagni eta. pozostaje znaleźć pozosta le osie C 2 wraz z S 4 oraz p laszczyzny (σ v lub/i σ h ) i środek inwersji. 3 wpp, poszukaj σ v. Jeśli istnieje, to ustaw ja w p laszczyźnie XZ. wpp, poszukaj σ h. Jeśli istnieje, to ustaw ja w p laszczyźnie XY.

O czym to b Podzi Czasteczka a : określanie pozosta lych elementów symetrii 1 Teraz czasteczka znajduje sie w orientacji standardowej (zarówno przy obecności jak i nieobecności osi C 2 ). Jeszcze raz wyznacz osie C 2 i p laszczyzny. 2 Jeśli czasteczka jest p laska, to dodaj p laszczyzne symetrii do zbioru, 3 Sprawdź istnienie środka symetrii.

O czym to b Podzi Czasteczka a i symetryzacja 1 Majac wyznaczone elementy symetrii przeglada sie tablice zawierajac a elementy symetrii każdej grupy jeśli któraś grupa pasuje, to BINGO! wpp, znajdź grupe, która ma najwiecej elementów spośród znalezionych; wypisz ostrzeżenie, gdyż możliwe, że po niewielkiej zmianie kryterium ε zostanie znaleziona wyższa grupa symetrii. Zmiana kryterium należy do użytkownika.

Symetryzacja O czym to b Podzi Czasteczka a 1 Stwórz liste flag odpowiadajac a liście atomów, a nastepnie dla każdego atomu rób: Sprawdź, czy po zastosowaniu kolejno wszystkich znalezionych elementów symetrii któryś inny atom jest do niego równoważny. jeśli tak, to ustaw flage odpowiadajac a temu równoważnemu atomowi. 2 Teraz atomy, dla których flaga nie zosta la ustawiona, sa nierównoważne przez symetrie.

Symetryzacja O czym to b Podzi Czasteczka a 1 Weź list e nierównoważnych atomów oraz list e dok ladnych elementów symetrii. 2 Dla każdego atomu rób: dla każdego elementu symetrii zastosuj ten element do wspó lrz ednych atomu. jeśli nie ma atomu o takich (nowych) wspó lrz ednych, to dodaj ten atom (wspó lrz edne). 3 Teraz lista zawiera symetryzowane wspó lrz edne atomów.

Czynności końcowe O czym to b Podzi Czasteczka a Ponieważ każda operacja symetrii jest rejestrowana, to można latwo wyznaczyć macierz transformacji z orientacji wejściowej do orientacji standardowej.

O czym to b Podzi Algorytm znajdywania osi C 2 i p laszczyzn symetrii Algorytm znajdywania osi C n i S n (n > 2) Algorytm obrotu wzgledem dowolnej osi o dowolny kat Algorytm znajdywania osi C 2 i p laszczyzn symetrii 1 Dla i = 1,... liczba atomów rób: Dla j = i + 1,... liczba atomów rób: weź atom i ty i j ty. Znajdź v środek odcinka ij. Jeśli odleg lość v od OXYZ (czyli v ) jest > ε, to znormalizuj v. wpp v = i, znormalizuj v. obróć wspó lrzedne wokó l v o kat π. Jeśli wspó lrzedne sie pokrywaja, to dodaj oś C 2 do zbioru, obróć wspó lrzedne wokó l v o kat π/2 oraz odbij w p laszczyźnie do v. Jeśli wspó lrzedne sie pokrywaja, to dodaj oś S 4 do zbioru. P laszczyzny P: dla n P, v P równanie p laszczyzny P = (n 1, n 2, n 3): D = n v. D < ε P OXYZ. Jeśli p laszczyzna jest p laszczyzna symetrii, to dopisz ja do puli. Dla k = j + 1,... liczba atomów weź atom i, j, k i zastosuj algorytm znajdywania osi C n i S n (n > 2) (nastepna plansza). 2 Sprawdź wystepowanie środka symetrii.

O czym to b Podzi Algorytm znajdywania osi C 2 i p laszczyzn symetrii Algorytm znajdywania osi C n i S n (n > 2) Algorytm obrotu wzgledem dowolnej osi o dowolny kat Algorytm znajdywania osi C n i S n (n > 2) 1 Sprawdź, czy trójka jest wpó l. Jeśli tak, to weź nastepn a, wpp: oblicz wspó lczynniki p laszczyzny zawierajacej te trójke, a stad wektor normalny, przechodzacy przez OXYZ. Sprawdź, czy to jest oś C n lub S n. Jeśli znaleziono oś, to dopisz ja do zbioru.

O czym to b Podzi Algorytm znajdywania osi C 2 i p laszczyzn symetrii Algorytm znajdywania osi C n i S n (n > 2) Algorytm obrotu wzgledem dowolnej osi o dowolny kat Algorytm obrotu wzgledem dowolnej osi o dowolny kat 1 unormuj oś 2 oblicz ( kwaternion: cos(k at/2), sin(kat/2) oś[1], sin(kat/2) oś[2], sin(kat/2) oś[3] ) 3 znormalizuj kwaternion 4 W = kwaternion[0]; X = kwaternion[1]; Y = kwaternion[2]; Z = kwaternion[3] macierz obrotu: mat = 1 2(Y 2 + Z 2 ) 2(XY ZW ) 2(XZ + YW ) 2(XY + ZW ) 1 2(X 2 + Z 2 ) 2(YZ XW ) 2(XZ YW ) 2(YZ + XW ) 1 2(X 2 + Y 2 )

O czym to b Podzi Dzi ekuj e za uwag e...... i zapraszam do dyskusji.