Zastosowanie metody wygaszania fluorescencji wewnętrznej do badań strukturalnych białek

Podobne dokumenty
ELEKTROCHEMIA. ( i = i ) Wykład II b. Nadnapięcie Równanie Buttlera-Volmera Równania Tafela. Wykład II. Równowaga dynamiczna i prąd wymiany

exp jest proporcjonalne do czynnika Boltzmanna exp(-e kbt (szerokość przerwy energetycznej między pasmami) g /k B

POLITECHNIKA POZNAŃSKA ZAKŁAD CHEMII FIZYCZNEJ ĆWICZENIA PRACOWNI CHEMII FIZYCZNEJ

MECHANIKA 2 MOMENT BEZWŁADNOŚCI. Wykład Nr 10. Prowadzący: dr Krzysztof Polko

Ćw. 5. Wyznaczanie współczynnika sprężystości przy pomocy wahadła sprężynowego

Współczynniki aktywności w roztworach elektrolitów. W.a. w roztworach elektrolitów (2) W.a. w roztworach elektrolitów (3) 1 r. Przypomnienie!

Współczynniki aktywności w roztworach elektrolitów

TERMODYNAMIKA TECHNICZNA I CHEMICZNA

LABORATORIUM TECHNIKI CIEPLNEJ INSTYTUTU TECHNIKI CIEPLNEJ WYDZIAŁ INŻYNIERII ŚRODOWISKA I ENERGETYKI POLITECHNIKI ŚLĄSKIEJ

Modelowanie komputerowe przemian fazowych w stanie stałym stopów ze szczególnym uwzględnieniem odlewów ADI

Refraktometria. sin β sin β

Współczynniki aktywności w roztworach elektrolitów

Kier. MTR Programowanie w MATLABie Laboratorium Ćw. 12

Płyny nienewtonowskie i zjawisko tiksotropii

Katedra Chemii Fizycznej Uniwersytetu Łódzkiego

Elementy Fizyki Jądrowej

INDUKCJA ELEKTROMAGNETYCZNA. - Prąd powstający w wyniku indukcji elektro-magnetycznej.

Parametry zmiennej losowej

Część 1 7. TWIERDZENIA O WZAJEMNOŚCI 1 7. TWIERDZENIA O WZAJEMNOŚCI Twierdzenie Bettiego (o wzajemności prac)

Metody symulacji w nanostrukturach (III - IS)

F - wypadkowa sił działających na cząstkę.

XXX OLIMPIADA FIZYCZNA ETAP III Zadanie doświadczalne

Wyznaczanie długości fali światła metodą pierścieni Newtona

Wykład 7. Podstawy termodynamiki i kinetyki procesowej - wykład 7. Anna Ptaszek. 21 maja Katedra Inżynierii i Aparatury Przemysłu Spożywczego

SYSTEMY UCZĄCE SIĘ WYKŁAD 5. LINIOWE METODY KLASYFIKACJI. Dr hab. inż. Grzegorz Dudek Wydział Elektryczny Politechnika Częstochowska.

Modele wieloczynnikowe. Modele wieloczynnikowe. Modele wieloczynnikowe ogólne. α β β β ε. Analiza i Zarządzanie Portfelem cz. 4.

Podstawowe równania podsumowanie (1) Podstawowe równania podsumowanie (2) Podstawowe równania podsumowanie (3)


SPRAWDZANIE PRAWA MALUSA

Wykład Turbina parowa kondensacyjna

Kwantowa natura promieniowania elektromagnetycznego

Projekt 6 6. ROZWIĄZYWANIE RÓWNAŃ NIELINIOWYCH CAŁKOWANIE NUMERYCZNE

FOLIA POMERANAE UNIVERSITATIS TECHNOLOGIAE STETINENSIS Folia Pomer. Univ. Technol. Stetin. 2010, Oeconomica 280 (59), 13 20

OGÓLNE PODSTAWY SPEKTROSKOPII

RUCH OBROTOWY Można opisać ruch obrotowy ze stałym przyspieszeniem ε poprzez analogię do ruchu postępowego jednostajnie zmiennego.

AUTOMATYKA I STEROWANIE W CHŁODNICTWIE, KLIMATYZACJI I OGRZEWNICTWIE L3 STEROWANIE INWERTEROWYM URZĄDZENIEM CHŁODNICZYM W TRYBIE PD ORAZ PID

WYZNACZENIE ROZKŁADU TEMPERATUR STANU USTALONEGO W MODELU 2D PRZY UŻYCIU PROGRMU EXCEL

Stanisław Cichocki Natalia Nehrebecka. Zajęcia 4

Udoskonalona metoda obliczania mocy traconej w tranzystorach wzmacniacza klasy AB

1. Podstawy i podział spektroskopii Podział spektroskopii według zakresu promieniowania Podział spektroskopii według rodzajów

V. TERMODYNAMIKA KLASYCZNA

α i = n i /n β i = V i /V α i = β i γ i = m i /m

Wykład 10 Teoria kinetyczna i termodynamika

Pracownia Automatyki i Elektrotechniki Katedry Tworzyw Drzewnych Ćwiczenie 3. Analiza obwodów RLC przy wymuszeniach sinusoidalnych w stanie ustalonym

Model ASAD. ceny i płace mogą ulegać zmianom (w odróżnieniu od poprzednio omawianych modeli)

W praktyce często zdarza się, że wyniki obu prób możemy traktować jako. wyniki pomiarów na tym samym elemencie populacji np.

Prawdopodobieństwo i statystyka r.

Zaawansowane metody numeryczne Komputerowa analiza zagadnień różniczkowych 1. Układy równań liniowych

Metody analizy obwodów

STATYSTYKA. Zmienna losowa skokowa i jej rozkład

Natalia Nehrebecka. Zajęcia 4

WYZNACZANIE OBROTOWO-SYMETRYCZNEJ BRYŁY FOTOMETRYCZNEJ

PAŃSTWOWA WYŻSZA SZKOŁA ZAWODOWA W PILE INSTYTUT POLITECHNICZNY. Zakład Budowy i Eksploatacji Maszyn PRACOWNIA TERMODYNAMIKI TECHNICZNEJ INSTRUKCJA

Zapis informacji, systemy pozycyjne 1. Literatura Jerzy Grębosz, Symfonia C++ standard. Harvey M. Deitl, Paul J. Deitl, Arkana C++. Programowanie.

Metody Numeryczne 2017/2018

XXX OLIMPIADA FIZYCZNA ETAP I Zadania teoretyczne

(M2) Dynamika 1. ŚRODEK MASY. T. Środek ciężkości i środek masy

Rozkłady statystyczne w fizyce jądrowej

Proces narodzin i śmierci

Portfele zawierające walor pozbawiony ryzyka. Elementy teorii rynku kapitałowego

Temat 13. Rozszerzalność cieplna i przewodnictwo cieplne ciał stałych.

N ( µ, σ ). Wyznacz estymatory parametrów µ i. Y które są niezależnymi zmiennymi losowymi.

KURS STATYSTYKA. Lekcja 6 Regresja i linie regresji ZADANIE DOMOWE. Strona 1

( ) ( ) 2. Zadanie 1. są niezależnymi zmiennymi losowymi o. oraz. rozkładach normalnych, przy czym EX. i σ są nieznane. 1 Niech X

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD 5 WERYFIKACJA HIPOTEZ NIEPARAMETRYCZNYCH

Procedura normalizacji

Analiza Matematyczna Ćwiczenia. J. de Lucas

Kinetyka reakcji chemicznych

Teoria niepewności pomiaru (Rachunek niepewności pomiaru) Rodzaje błędów pomiaru

BADANIE WYBRANYCH PROCEDUR I STRATEGII EKSPLOATACYJNYCH

Ile wynosi suma miar kątów wewnętrznych w pięciokącie?

3. ŁUK ELEKTRYCZNY PRĄDU STAŁEGO I PRZEMIENNEGO

7.8. RUCH ZMIENNY USTALONY W KORYTACH PRYZMATYCZNYCH

Model IS-LM-BP. Model IS-LM-BP jest wersją modelu ISLM w gospodarce otwartej. Pokazuje on zatem jak

2 PRAKTYCZNA REALIZACJA PRZEMIANY ADIABATYCZNEJ. 2.1 Wprowadzenie

Podstawy termodynamiki

Stanisław Cichocki. Natalia Nehrebecka. Wykład 6

PRACOWNIA CHEMII. Wygaszanie fluorescencji (Fiz4)

2. STOPIEŃ KINEMATYCZNEJ NIEWYZNACZALNOŚCI

Fizyka cząstek elementarnych

Chemia - laboratorium

KRZYWA BÉZIERA TWORZENIE I WIZUALIZACJA KRZYWYCH PARAMETRYCZNYCH NA PRZYKŁADZIE KRZYWEJ BÉZIERA

JEDNOWYMIAROWA ZMIENNA LOSOWA

Prąd elektryczny U R I =

dy dx stąd w przybliżeniu: y

Referat E: ZABEZPIECZENIA OD SKUTKÓW ZWARĆ WIELKOPRĄDOWYCH W POLACH ROZDZIELNI SN

WYZNACZANIE PARAMETRÓW WYGASZANIA FLUORESCENCJI AKRYDYNY PRZEZ ZWIĄZKI TIOORGANICZNE METODAMI STACJONARNYMI (A) I CZASOWO ROZDZIELCZYMI (B)

Oligopol dynamiczny. Rozpatrzmy model sekwencyjnej konkurencji ilościowej jako gra jednokrotna z pełną i doskonalej informacją

Eugeniusz Rosołowski. Komputerowe metody analizy elektromagnetycznych stanów przejściowych

ĆWICZENIE 1 BADANIE WYBRANYCH PROCEDUR I STRATEGII EKSPLOATACYJNYCH

METODA USTALANIA WSPÓŁCZYNNIKA DYNAMICZNEGO WYKORZYSTANIA ŁADOWNOŚCI POJAZDU

WikiWS For Business Sharks

WYZNACZANIE OBROTOWO-SYMETRYCZNEJ BRYŁY FOTOMETRYCZNEJ

Za: Stanisław Latoś, Niwelacja trygonometryczna, [w:] Ćwiczenia z geodezji II [red.] J. Beluch

Wprowadzenie do Sieci Neuronowych Sieci rekurencyjne

Matematyka finansowa r.

Teoria niepewności pomiaru (Rachunek niepewności pomiaru) Rodzaje błędów pomiaru

Wykład Mikroskopowa interpretacja ciepła i pracy Entropia

METODA ELEMENTU SKOŃCZONEGO. Termokinetyka

u u u( x) u, x METODA RÓŻNIC SKOŃCZONYCH, METODA ELEMENTÓW BRZEGOWYCH i METODA ELEMENTÓW SKOŃCZONYCH

Transkrypt:

Zastosowane metody wygaszana luorescencj wewnętrznej do badań struturalnych bałe Jedną z metod stosownych w badanach dynam strutury bałe oraz ch ragmentów jest spetrosopa luorescencyjna. Jej przydatność wyna mędzy nnym z atu ntegralnej obecnośc w łańcuchach polpeptydowych luoroorów, tzn. reszt amnowasów aromatycznych posadających sprzężony uład wązań podwójnych: tryptoanu, tyrozyny enyloalanny. W zarese długośc al śwatła wzbudzającego od ooło 295 nm do 35 nm, za absorpcje otonów odpowedzalne są wyłączne reszty tryptoanow, co umożlwa ch seletywne wzbudzane w obecnośc nnych reszt aromatycznych, Wydajność wantowa luorescencj, denowana jao stosune lośc wantów wyemtowanych do lośc wantów zaabsorbowanych, równa jest jednośc tylo wówczas, gdy deescytacja stanu wzbudzonego zachodz wyłączne poprzez emsje otonów. Zwyle jedna występują równeż procesy bezpromenste. W warunach równowag, szybość pochłanana wantów śwatła, tj. przechodzene ze stanu podstawowego do stanu wzbudzonego cząstecz, równa jest szybośc powrotu ze stanu podstawowego do stanu podstawowego, na tóry to powrót sładają sę procesy zachodzące z emsja otonów oraz procesy bezemsyjne. Oznaczając wydajność wantowa przez Φ: Γ Φ (1) Γ + K gdze: jest lczbą wantów śwatła luorescencyjnego, lczba wantów śwatła luorescencyjnego w przypadu, gdyby deescytacja ażdego stanu wzbudzonego zachodzła wyłączne przez zjawso emsj, Γ - szyboścą deescytacj zachodzącej poprzez emsję otonów, K szyboścą deescytacj zachodzącej poprzez procesy bezpromenste. Wyrażene 1/Γ+K ma wymar czasu jest czasem życa luorescencj: 1 (2) Γ + K Wyrażene 1/Γ oznacza czas życa pozomu wzbudzonego, gdy jedynym sposobem detecj jest emsja otonów. Rozważając procesy zachodzące podczas naśwetlana śwatłem monochromatycznym rozceńczonego, homogencznego roztworu substancj można zapsać: a wzbudzene: + hν * (3) deescytacja przez luorescencję: * + hν` (4) m deescytacja bezpromensta: * (5) oraz: * + Q [*.Q] + Q + c (6)

Równane (6) opsuje zjawso wygaszana luorescencj przez substancję wygaszającą Q obecną w roztworze. Cząstecza wygaszacza w wynu zderzena z ze wzbudzoną cząsteczą powoduje deescytację tej ostatnej. Poneważ do utworzena omplesu [*.Q] dochodz w jaś czas po wzbudzenu luoroora, zjawso bmoleularnego wygaszana prowadz do srócena czasu życa luorescencj. Szybośc zachodzena wymenonych są równe: d[ *] *] *] *]/ a m [ *] [ *] [ *][ Q] Wartość jest stałą szybośc gaszena bmoleularnego. Jeśl natężene śwatła wzbudzającego jest stałe, to w uładze ustala sę równowaga, w tórej szybość wzbudzana cząstecze jest równa sume szybośc wszystch procesów sładających sę na deescytację: + [ Q] * (7) ( )[ ] a m + Zgodne z dencją wydajnośc wantowej można zapsać: Φ [ *] ( + + [ Q] )[ *] m (8) Analogczne, wydajność wantowa przy brau wygaszacza wynos: przy czym 1 ( + ) m Φ` [ *] ( + )[ *] m jest czasem życa luorescencj przy zerowym stężenu wygaszacza. Dzeląc stornam równane (8) przez (9) otrzymamy tzw. zależność Sterna-Volmera w postac: 1 (1) 1+ [ Q] Wartość K SV nos nazwę stałej Sterna-Volmera. Równane (1) jest najczęścej przedstawane jao: (9) 1+ K SV [ Q] (11) gdyż w uładze współrzędnych / w uncj [Q] przewduje zależność lnową o nachylenu równym K SV. Należy zwrócć uwagę, że proces bmoleularnego gaszena może być merzony jao zmnejszane ntensywnośc luorescencj lub tez jao srócene czasu życa luorescencj.

Częstość zderzeń cząstecze wygaszacza z luoroorem, Z [ Q] D, zależy od stałej szybośc D, tóra jest zwązana z procesem dyuzj równanem Smoluchowsego: D 4πN A RD (12) 1 gdze R jest promenem oddzaływana olzyjnego równym w przyblżenu sume promen cząsteczowych luoroora wygaszacza, D jest sumą współczynnów dyuzj zderzających sę cząstecze, N A jest lczbą Avogadro. Współczynn D można wylczyć z równana Stoesa-Enstena: T D (13) 6πηR w tórym η oznacza lepość środowsa, stalą Boltzmana, a T temperaturę. Stałe: D oraz szybośc gaszena bmoleularnego, zwązane są zależnoścą: D γ (14) gdze γ jest wydajnoścą procesu gaszena dynamcznego. W przypadu zastosowana wydajnych wygaszaczy γ1, D wartość w roztworach wodnych jest rzędu 5 1 5 M -1 s -1 (gaszene ontrolowane dyuzyjne, tzn. przez procesy dyuzj). Zależność / w uncj stężena wygaszacza jest lną prostą tylo wtedy, gdy w jednorodnym uładze luoroorów obnżene wydajnośc wantowej luorescencj spowodowane jest wyłączne gaszenem dynamcznym. Needy zależność Sterna-Volmera oazuje sę być rzywą wypułą. Za dodatne odchylene od lnowośc odpowedzalna jest współobecność mechanzmu tzw. gaszena statycznego. W przecweństwe do gaszena dynamcznego (olzyjnego), tóre zachodz w mlseundowej sal czasu luorescencj, wygaszane statyczne polega na natychmastowym (ooło 1-15 s) odebranu energ wzbudzena luoroora przez wygaszasz, albo też na utworzenu neluoryzującego omplesu jeszcze przed momentem wzbudzena. Aby doszło do natychmastowej deescytacj, cząstecz wygaszacza muszą znajdować dostateczne blso luorooru w momence absorpcj wantu śwatła. Jeśl obecne są one w momence wzbudzena wewnątrz pewnej atywnej objętośc, v, w poblżu luoroora, to prawdopodobeństwo natychmastowego wygaszena luorescencj jest równe 1. Równane Sterna-Volmera dla uładu jednorodnego, uwzględnając proces gaszena statycznego przybera postać: 1 (15) ( 1+ [ Q] ) exp V [ Q] ( ) gdze V jest stałą gaszena statycznego, V vn A / 1. Wartośc stałej V są najczęścej rzędu lu M -1, co odpowada elementow objętośc v o promenu ooło 1 Å. Promeń ten jest porównywalny z odległoścam Van der Waalsowsch oddzaływań pomędzy cząsteczam. Poneważ gaszene statyczne zachodz przed procesem emsj, ne wpływa ono na obserwowany czas życa luorescencj luoroora przy danym stężenu wygaszacza.

Powyższe równana dotyczą najprostszego przypadu wygaszana luorescencj w jednorodnym uładze luoroorów. Często zdarza sę, że obserwowana emsja jest superpozycją luorescencj luoroorów emtujących nezależne w badanym uładze, ja np. w meszanne luoroorów lub w bałach zawerających la reszt tryptoanowych. Równane Sterna-Volmera (dla uproszczena przedstawone bez udzału gaszena statycznego) przybera wówczas postać: ( 1 + K [ Q] ) exp( V [ Q] ) SV (16) gdze jest wagą -tego sładna (luoroora), tzn. ułamem w całowtej luorescencj uładu, a K SV stałą Sterna-Volmera charateryzującą proces dynamcznego gaszena -tego sładna. Jeżel różnce pomędzy poszczególnym stałym K SV są dostateczne duże, zależność / ([Q]) jest rzywą wyazującą odchylene ujemne (w dół). Parametry oraz K SV można oblczyć stosując omputerowe dopasowane parametrów równana (16) do danych esperymentalnych wygaszana luorescencj. Metoda wygaszana luorescencj reszt tryptoanowych znalazła szeroe zastosowane w badanach dynam moleularnej strutury bałe. Mechanzm wygaszana luorescencj zależy od strutury chemcznej stosowanego wygaszacza w welu przypadach ne został do ońca wyjaśnony. Najczęścej stosowanym wygaszaczam są: tlen cząsteczowy, arylam oraz jon jodowy. Tlen cząsteczowy, podobne ja nne substancje paramagnetyczne, gas luorescencje główne przez procesy wymany spnu eletronowego, prowadzące do szybch przejść nterombnacyjnych eletronu z sngletowego stanu wzbudzonego do stanu trypletowego. Arylamd, nne amdy oraz amny wygaszają luorescencję dzałając jao aceptory w reacj przenesena eletronu ze stanu sngletowego luoroora. Wygaszane przez halogen (np. jon jodowy) oraz atomy perwastów cężch może być spowodowane sprzężenem spn-orbta pomędzy cząsteczam luorooru w stane wzbudzonym a wygaszaczem. Inne wygaszacze mogą gasć luorescencję poprzez rezonansowy transer energ wzbudzena, przenesene eletronu z wygaszaczem jao donorem, przenesene protonu, tworzene neluoryzujących escplesów oraz nne procesy. Jon J -, stosunowo dużych rozmarów, naładowany ujemne zhydratowany, ne może penetrować do wnętrza bała. Stosuje sę go do wygaszana luorescencj reszt tryptoanowych, znajdujących sę na powerzchn (esponowanych do środowsa wodnego), przy czym sam proces wygaszana zależy od rozładu ładunu woół luoroora. Tlen cząsteczowy jest bardzo małym, obojętnym eletryczne wygaszaczem, tóry może wnać do wnętrza cząstecz bała gasć luorescencję głęboo urytych reszt tryptoanowych. Dyuzja wygaszacza wewnątrz bała zachodz nawet przy gęstym upaowanu reszt amnowasowych wąże sę z lutuacją strutury cząstecz, tzn. z szybm rucham ragmentów łańcucha polpeptydowego w czase trwana zjawsa luorescencj. Arylamd (CH 2 CHCONH 2 ), równeż ma możlwość penetracj wewnątrz cząstecz bała oraz wygaszana luorescencj reszt urytych przed środowsem wodnym. Chocaż cząstecza arylamdu ma podobny rozmar do jonu I - to ne jest obdarzona ładunem eletrycznym. Stopeń espozycj ragmentów bała zawerającego reszty tryptoanowe można oszacować na podstawe stałej. Jeśl luoroor jest osłonęty przez nne częśc łańcucha polpeptydowego, to zwązana z nm stała będze mała w porównanu do luoroora neeranowanego.

Wyonane ćwczena Przygotować ooło 1,5 ml bała w buorze. luorescencję wzbudzać przy 297 nm. Przy taej długośc al eetywnemu wzbudzenu ulegają tylo wyłączne reszty tryptoanowe. Stężene bała mus być ta dobrane, aby absorbancja prób przy długośc al wzbudzena ne przeroczyła,1. Wyonać wygaszane luorescencj bała przy ooło 34 nm za pomocą roztworu jodu potasu (4 M). Merzyć ntensywność luorescencj po dodanu do prób olejnych, mroltrowych porcj wygaszacza (5-1 µl). Wyn zanalzować przy pomocy programu omputerowego umożlwającego dopasowane zależnośc Sterna- Volmera. Obowązujący materał 1. luorescencja dagram Jabłońsego, wzbudzene, wydajność wantowa emsj, czas życa 2. Sposoby detecj stanu wzbudzonego 3. Wygaszane emsj luorescencj, wygaszane dynamczne statyczne, równane Sterna-Volmera wyprowadzene, analza graczna, zastosowane w jedno- nejednorodnych uładach luoroorów 4. Równane Smoluchowsego, równane Stoesa-Enstena 5. Wyorzystane metody wygaszana luorescencj w badanach bałe, wygaszacze, mechanzmy gaszena Lteratura 1. otochema. Podstawy. J. A. Baltrop, J. D. Cole 2. otolumnescencja roztworów. A. Kaws 3. Zastosowane metody wygaszana luorescencj wewnętrznej do badana zman w struturze bałe. M. Dzedzca, Zeszyty Nauowe UJ Prace z Bolog Moleularnej, Z 15 (1987) str. 25-38] 4. Prncples o luorescence spectroscopy. J. R. Laowcz