WYDZIAŁ LEKARSKI II Nazwa kierunku Nazwa przedmiotu Jednostka realizująca Rodzaj przedmiotu Obszar nauczania Biotechnologia, specjalność Biotechnologia Medyczna Poziom i forma studiów I stopień Biochemia II Punkty ECTS 5 Katedra i Zakład Biochemii i Biologii Molekularnej obowiązkowy P1A, M1 IV Osoba odpowiedzialna (imię, nazwisko, email, nr tel. służbowego) Rodzaj zajęć i liczba godzin wykłady 14 stacjonarne Prof. dr hab. n. biol. Paweł Jagodziński pjagodzi@ump.edu.pl, (61) 8546519 ćwiczenia 11 seminaria 40 C1. Przekazanie wiedzy dotyczącej przemian głównych grup związków chemicznych na poziomie molekularnym. C2. Zrozumienie współzależności przemian i końcowego utleniania produktów katabolizmu białek, węglowodanów i tłuszczów. C3. Omówienie specyfiki metabolizmu niektórych narządów i tkanek w gospodarce energetycznej organizmu. Cel kształcenia C4. Omówienie podstawowych technik laboratoryjnych stosowanych w pracowni biochemicznej. C5. Ćwiczenie umiejętności stosowania właściwych technik laboratoryjnych w analizie biochemicznej. C6. Rozwijanie i kształtowanie umiejętności poszukiwania i przekształcania informacji w zakresie procesów biochemicznych. C7. Uświadomienie konieczności stałego poszerzania wiedzy dotyczącej biochemicznych podstaw integralności organizmu ludzkiego. C8. Wypracowanie umiejętności zespołowego opracowywania zagadnień. Treści programowe Wykłady 1. Budowa i funkcja peptydów oraz hormonów polipeptydowych i białkowych Glutation i jego metabolizm. Hormony uwalniające podwzgórza Hormony przedniego płata przysadki mózgowej Hormony tylnego płata przysadki mózgowej Biologicznie czynne peptydy: angiotensyny, insulina, glukagon, parathormon. 2. Cholesterol i jego pochodne biologicznie czynne (kwasy żółciowe, cholekalcytriol i jego pochodne hydroksylowane): metabolity i enzymy biosyntezy, regulacja biosyntezy 3. Hormony steroidowe Cholesterol jako substrat dla syntezy hormonów steroidowych Hormony steroidowe kory nadnerczy (mineralokortykoidy, glukokortykoidy i androgeny nadnerczowe): metabolity i enzymy biosyntezy, regulacja biosyntezy, transport w osoczu krwi: białka wiążące i regulacja ich syntezy. Hormony płciowe (androgeny i estrogeny)
Hormony ciałka żółtego (progestyny) Mechanizm działania hormonów steroidowych w komórkach docelowych Genetycznie uwarunkowane nieprawidłowości przemian i mechanizmu działania hormonów steroidowych. 4. Utleniania biologiczne Cykl kwasu cytrynowego: metabolity i enzymy, źródła acetylo-coa i szczawiooctanu, włączanie aminokwasów do cyklu, wytwarzanie równoważników redukcyjnych, znaczenie cyklu dla integracji metabolizmu komórki. Łańcuch oddechowy: źródła równoważników redukcyjnych, struktura poszczególnych ogniw łańcucha oddechowego, transport elektronów i jego inhibitory, miejsca sprzężenia transportu elektronów z syntezą ATP, fosforylacja oksydacyjna (hipoteza chemiosmotyczna, inhibitory). 5. Biochemia tkanek Stres oksydacyjny: (a) mechanizm działania i wytwarzania reaktywnych form tlenu RFT, (b) mechanizmy obrony antyoksydacyjnej, (c) molekularne mechanizmy naprawy uszkodzeń DNA spowodowanych przez RFT, (d) stres oksydacyjny i zaburzenia rozwoju płodu, (e) wolnorodnikowa teoria starzenia się. Biosynteza i funkcje tlenku azotu (NO). Biochemia tkanki łącznej: (a) podłoże biochemiczne procesów zachodzących w tkance łącznej, (b) budowa i funkcje kolagenu, elastyny, fibronektyny i lamininy, (c) budowa kości, (d) dziedziczne choroby tkanki łącznej. Ćwiczenia 1. Metody rozdziału białek i oznaczanie stężenia glukozy we krwi Frakcjonowanie białek surowicy krwi za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym. Oznaczanie stężenia glukozy we krwi pełnej metodą enzymatyczną. 2. Preparatyka i analiza tłuszczów Celem ćwiczenia jest oznaczenie składu lipidów pochodzących z osocza krwi i żółtka jaja kurzego oraz analiza składu kamieni żółciowych. Obejmuje ono metody izolacji lipidów: ekstrakcji, frakcjonowania za pomocą rozpuszczalników, rozdzielania za pomocą chromatografii cienkowarstwowej, identyfikacji rozdzielonych grup lipidów, badanie właściwości fizykochemicznych lipidów złożonych oraz identyfikacji poszczególnych grup. Seminaria 1. Wybrane białka ustroju Budowa, właściwości i funkcja mioglobiny. Hemoglobina jako białko transportowe Substraty biosyntezy hemu i jej regulacja (enzymy, kofaktory). Zaburzenia syntezy części białkowej hemoglobiny. Hemoglobiny nieprawidłowe (talasemie, HbS, HbM, HbC) oraz mechanizmy leżące u podstaw hemoglobinopatii. Katabolizm hemu i wydalanie produktów jego przemiany Białka osocza krwi Białka tkanki łącznej (kolagen i elastyna) i mięśni szkieletowych (aktyna, miozyna i troponina). 2. Metabolizm mono- i disacharydów Transport cukrów prostych przez błony komórkowe Glikoliza: lokalizacja enzymów glikolitycznych w komórkach i tkankach, regulacja
aktywności kluczowych enzymów glikolizy, bilans energetyczny glikolizy w warunkach tlenowych i beztlenowych. Cykl pentozofosforanowy: lokalizacja enzymów w komórkach i tkankach, przebieg reakcji w warunkach zapotrzebowania komórki na równoważniki redukcyjne i w warunkach zapotrzebowania na pentozy, rola NADPH w procesach biosyntez. Glukoneogeneza: substraty dla glukoneogenezy (mleczan, alanina i inne aminokwasy glukogenne, glicerol), reakcje glukoneogenezy i ich lokalizacja. Przemiana fruktozy: włączenie w przemiany glukozy w wątrobie i w tkankach obwodowych, szlak sorbitolowy i jego znaczenie. Przemiana galaktozy: enzymy fosforylujące, synteza laktozy. Zaburzenia przemiany cukrów prostych: galaktozemia, fruktozuria, wrodzona nietolerancja fruktozy, zaćma cukrzycowa oraz niedobór dehydrogenazy glukozo-6-fosforanowej w krwince czerwonej. 3. Metabolizm polisacharydów Lokalizacja i specyficzność substratowa enzymów trawiących węglowodany w przewodzie pokarmowym. Metabolizm glikogenu: glikogeneza, glikogenoliza i regulacja hormonalna przemian glikogenu. Synteza prekursorów glikozaminoglikanów: synteza i wykorzystanie UDP-glukuronianu, biosynteza aminocukrów Synteza proteoglikanów i glikoprotein: (a) struktura, podział, funkcja, (b) miejsce syntezy części białkowej i glikozylacji w komórce, (c) tworzenie wiązań O glikozydowych i N glikozydowych, rola estrów fosforanowych dolicholu, (d) nieprawidłowości syntezy i rozpadu glikoprotein jako przyczyny wielu chorób. Zaburzenia metabolizmu wielocukrów: (a) choroby spichrzeniowe, (b) mukopolisacharydozy. 4. Metabolizm kwasów tłuszczowych Synteza nasyconych i nienasyconych kwasów tłuszczowych (enzymy i kofaktory) Regulacja syntezy kwasów tłuszczowych Utlenianie kwasów tłuszczowych nasyconych i nienasyconych (β oksydacja): aktywacja kwasów tłuszczowych, rola karnityny (enzymy i translokaza), etapy procesu β oksydacji (enzymy i kofaktory), bilans energetyczny β oksydacji. Ketogeneza: (a) reakcje i miejsce syntezy ciał ketonowych, (b) reakcje umożliwiające utylizację ciał ketonowych przez tkanki pozawątrobowe. Współzależność pomiędzy metabolizmem kwasów tłuszczowych i glukozy. 5. Biosynteza i degradacja lipidów Główne miejsca i szlaki biosyntezy TAG (tkanka tłuszczowa, wątroba, ściana jelita): (a) źródła i aktywacja substratów, (b) enzymy uczestniczące w poszczególnych etapach syntezy. Lipoliza TAG: (a) enzymy lipolityczne przewodu pokarmowego, (b) lipaza lipoproteinowa (osocze krwi), (c) lipaza hormonozależna tkanki tłuszczowej, (d) mechanizmy regulujące wielkość lipolizy. Biosynteza i degradacja fosfoglicerydów: biosynteza de novo, modulacja składu kwasów tłuszczowych oraz zasad azotowych, udział poszczególnych fosfolipaz w metabolizmie komórkowym oraz rola produktów działania fosfolipaz Biosynteza i degradacja sfingolipidów: (a) synteza ceramidu jako substratu dla biosyntezy sfingomieliny, cerebrozydów, sulfatydów i gangliozydów, (b) aktywne nośniki substratów: UDP-pochodne cukrów, fosfoadenozyno-fosfosiarczan, cytydyloneuraminian, (c)
sfingolipidozy. 6. Transport lipidów w osoczu krwi Formy występowania tłuszczowców w materiale biologicznym: klasyfikacja lipoprotein, struktura, skład lipidowy i białkowy lipoprotein (apoproteiny). Zmiany stężenia składników lipidowych osocza po posiłkach oraz w okresie głodzenia. Formy transportowe lipidów osocza (lipoproteiny): (a) rola poszczególnych lipoprotein w międzynarządowym transporcie TAG, cholesterolu oraz wolnych kwasów tłuszczowych, (b) powstawanie lipoprotein oraz ich wydzielanie do osocza. Metabolizm chylomikronów oraz lipoprotein o bardzo małej gęstości (VLDL): lipaza lipoproteinowa oraz jej kofaktory (Apo CII, fosfolipidy) i regulacja aktywności. Udział wątroby oraz tkanki tłuszczowej w metabolizmie TAG, transport w osoczu i wychwytywanie wolnych kwasów tłuszczowych przez tkanki. Metabolizm lipoprotein o małej (LDL) oraz dużej gęstości (HDL): (a) transport i wychwytywanie cholesterolu z krążenia, (b) przebieg oraz rola reakcji katalizowanej przez acylo-transferazę lecytyna : cholesterol (LCAT), (c) rola HDL w odwrotnym transporcie cholesterolu (z tkanek obwodowych do wątroby). Drogi estryfikacji cholesterolu. Udział wątroby w usuwaniu nadmiaru cholesterolu z osocza krwi; kwasy żółciowe. 7. Nukleotydy purynowe i pirymidynowe Biosynteza nukleotydów purynowych: de novo i na drodze reutylizacji; zaburzenia biosyntezy puryn: dna moczanowa, zespół Lesch-Nyhana, kamica nerkowa. Inhibitory syntezy nukleotydów purynowych: analogi glutaminy i asparaginianu, syntetyczne analogi puryn i ich rola w terapii. Degradacja nukleotydów purynowych (metabolity i enzymy) i zaburzenia (immunodeficjencje, ksantynuria i kamica ksantynowa). Biosynteza rybonukleotydów pirymidynowych: de novo i na drodze reutylizacji, regulacja i zaburzenia biosyntezy pirymidyn (acyduria orotowa typu I i II). Inhibitory syntezy nukleotydów pirymidynowych: sulfonamidy; antagoniści strukturalni kwasu foliowego (amino i ametopteryna), allopurynol i 6 azaurydyna, syntetyczne analogi pirymidyn i ich rola w terapii nowotworów. Redukcja rybonukleotydów do deoksyrybonukleotydów. Struktura i funkcja reduktazy rybonukleotydowej. Regulacja syntezy deoksyrybonukleotydów. Degradacja nukleotydów pirymidynowych: metabolity i enzymy, zaburzenia degradacji. 8. Metabolizm aminokwasów cz. I Źródła metaboliczne wolnych aminokwasów: (a) trawienie w przewodzie pokarmowym, (b) rozpad białek wewnątrzkomórkowych, (c) degradacja białek pozakomórkowych, (d) biosynteza aminokwasów (alanina, glutaminian, glutamina, asparaginian i asparagina). Wchłanianie aminokwasów w nabłonku jelitowym i transport do komórek. Reakcje ogólne aminokwasów: (a) transaminacja, (b) deaminacja, (c) rola dehydrogenazy glutaminianowej, (d) dekarboksylacja. Utlenianie szkieletów węglowych aminokwasów: (a) szlak pirogronianowy, (b) szlak bursztynianowy, (c) szlak α-ketoglutaranowy, (d) szlak szczawiooctanowy. Udział jonu amonowego: (a) w syntezie glutaminy i asparaginy, (b) w syntezie mocznika. Bilans azotowy. 9. Metabolizm aminokwasów cz. II Synteza aminokwasów endogennych: (a) glicyna, (b) seryna, (c) prolina, (d) cysteina, (e)
Formy i metody dydaktyczne Forma i warunki zaliczenia tyrozyna. Synteza hydroksyproliny i hydroksylizyny. Bloki metaboliczne przemiany fenyloalaniny i tyrozyny. Biologicznie czynne pochodne aminokwasów: (a) kreatyna i kreatynina, (b) karnozyna i anseryna, (c) poliaminy, (d) tlenek azotu, (e) histamina, (f) serotonina, (g) melatonina, (h) hormony tarczycy, (i) aminy katecholowe, (j) kwas γ aminomasłowy, (k) cholina i acetylocholina, (l) karnityna. 10. Integracja metabolizmu Metabolizm jako procesy transformacji materii i energii szlaki kataboliczne i anaboliczne. Hormonalna i niehormonalna regulacja szlaków metabolicznych. Umiejscowienie głównych szlaków metabolicznych w komórce i miejsca ich kontroli. Integracja metabolizmu na poziomie komórkowym przepływ kluczowych metabolitów pośrednich w obrębie oraz pomiędzy różnymi szlakami metabolicznymi. Specyfika metabolizmu energetycznego niektórych narządów i tkanek: (a) mózg, (b) mięśnie szkieletowe i mięsień sercowy, (c) wątroba, (d) tkanka tłuszczowa, (e) nerka. Budowa i funkcja czynnych biologicznie peptydów: insuliny, glukagonu i adrenaliny. Adaptacja metabolizmu do okresu resorpcyjnego i poresorpcyjnego w gospodarce energetycznej organizmu. Cukrzyca jako przykład zaburzenia przemian węglowodanów i lipidów. Wykłady, seminaria, laboratoria, ćwiczenia, praca w grupie, dyskusje, rozwiązywanie problemu Stosowany jest system punktowy, a elementy procesu dydaktycznego są punktowane w dwojaki sposób: jako punkty, stanowiące o ocenie podstawowej (których suma wynosi 100%) oraz jako punkty dodatkowe będące premią za wyróżniające przygotowanie do zajęć i aktywność (wliczane do sumy punktów zgromadzonych w ciągu roku akademickiego). 1. Ćwiczenia laboratoryjne: za przygotowanie teoretyczne i wykonanie ćwiczenia od 1 do 5 pkt. za każde ćwiczenie (łącznie za ćwiczenia można uzyskać od 0 do 10 pkt.). Student nieprzygotowany teoretycznie nie może być dopuszczony do zajęć i nie otrzymuje punktów. Za każdą nieobecność odlicza się po 2 pkt. 2. Seminaria: za każdy sprawdzian pisemny student może uzyskać od 0 do 10 pkt. oraz dodatkowo za aktywny udział w seminarium od 1 do 3 pkt. premii wg uznania osoby prowadzącej seminarium. Łącznie za każdy temat seminaryjny można więc uzyskać od 0 do 13 pkt. W ciągu roku akademickiego uzyskać można maksimum 110 pkt. (100%) plus 30 pkt. premii. 1. Warunkiem uzyskania zaliczenia zajęć z Biochemii II i dopuszczenia do egzaminu końcowego jest uzyskanie minimum 66 pkt. (60%). 2. Student, który uzyskał mniej niż 66 pkt., lecz co najmniej 44 pkt. (40%), może ubiegać się o zaliczenie zajęć na podstawie sprawdzianu z całości materiału obowiązującego na ćwiczeniach i seminariach. W przypadku nieuzyskania pozytywnej oceny lub nie przystąpienia do sprawdzianu zaliczeniowego, student ma prawo do 1-krotnego poprawiania go w terminie ustalonym przez Katedrę. Nie poprawienie tego sprawdzianu powoduje nie zaliczenie zajęć z biochemii II w danym roku akademickim. 3. Student, który uzyskał mniej niż 44 pkt. nie otrzymuje zaliczenia zajęć i nie ma możliwości odrobienia zaległości w danym roku akademickim. 4. Suma punktów uzyskanych w ciągu roku akademickiego wyrażona zostanie jako słowna ocena zaliczenia zajęć z biochemii: bardzo dobry od 106 pkt. (od 96%) ponad dobry od 99 do 105 pkt. (90 95%) dobry od 88 do 98 pkt. (80 89%) dość dobry od 77 do 87 pkt. (70 79%) dostateczny od 66 do 76 pkt. (60 69%)
Literatura podstawowa (nie więcej niż 3 pozycje) Literatura uzupełniająca Przedmiotowe efekty kształcenia E_W01 E_W02 E_W03 E_W04 E_K05 E_W06 E_U01 niedostateczny poniżej 66 pkt. (poniżej 60%) Studenta obowiązuje końcowy egzamin potwierdzający opanowanie całości materiału określonego programem nauczania biochemii II. Egzamin końcowy z biochemii składa się z części pisemnej (testowy w systemie OLAT) i części ustnej, o przystąpieniu do której decyduje sam student i może z niej zrezygnować. Z części pisemnej egzaminu student może uzyskać maksymalnie 100 punktów, zawsze o ocenie pozytywnej decyduje otrzymanie co najmniej 55 punktów. Do części ustnej egzaminu kwalifikuje się student, który otrzymał co najmniej 55 pkt. za część pisemną (w I terminie poprawkowym 50 punktów, a w II terminie poprawkowym 45 punktów). W przypadku, gdy student z części pisemnej egzaminu końcowego w pierwszym terminie uzyskał co najmniej ocenę dostateczną (55 pkt.) i uzyskał ocenę niższą niż ocena zaliczenia przedmiotu, wynik wpisany do indeksu będzie średnią tych dwóch ocen, jako premia za systematyczne i dobre postępy w nauce. Murray R.K., Granner D.K., Mayes P.A., Rodwell V.W. Biochemia Harpera, PZWL, Warszawa, 2004, 2008 Bańkowski E. Biochemia. Podręcznik dla studentów uczelni medycznych, Wydawnictwo Medyczne Elsevier Urban & Partner, Wrocław, 2009 Hames B.D., Hooper N.M., Houghton J.D. Biochemia krótkie wykłady, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2006 Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L. Biochemia, PWN, Warszawa, 2005, 2009 Konieczny L., Roterman I. Strategia działania organizmu żywego, Wydawnictwo Zamiast korepetycji, Kraków, 2000 Koolman J., Röhm K.-H. Biochemia. Ilustrowany przewodnik, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, 2005 Szafran H., Knapik-Czajka M. Podstawy biochemiczne gospodarki lipidowej organizmu człowieka, Collegium Medicum UJ, Kraków, 1994 Trzeciak W.H. (red.) Biochemia. Skrypt do Ćwiczeń Laboratoryjnych, Wyd. AM, Poznań 1997 Efekty kształcenia Opisuje podstawowe szlaki metaboliczne aminokwasów, nukleotydów purynowych i pirymidynowych, węglowodanów i tłuszczowców. Zna struktury ważniejszych metabolitów przemian chemicznych, nazwy enzymów katalizujących kluczowe reakcje oraz czynniki regulujące przebieg tych procesów. Opisuje rolę hormonów w homeostazie ustrojowej, szczególnie w odniesieniu do gospodarki węglowodanowej i lipidowej. Charakteryzuje profil metaboliczny wybranych narządów i tkanek w stanie sytości i głodu. Zna podłoże molekularne wybranych schorzeń metabolicznych i genetycznych. Zna zasadę elektroforezy białek, chromatografii cienkowarstwowej lipidów, ilościowego oznaczania glukozy we krwi pełnej. Wykonuje frakcjonowanie białek surowicy krwi za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym i oznaczanie stężenia glukozy we krwi metodą enzymatyczną. Odniesienie do kierunkowych efektów kształcenia K_W16 K_U01, K_U06 E_U02 Przeprowadza izolację i identyfikację lipidów z materiału biologicznego. K_U01, K_U06 E_U03 Posiada umiejętność samodzielnego przygotowywania się do dyskusji. K_U15 E_K01 Ma świadomość i potrzebę poszerzania wiedzy dotyczącej biochemicznych podstaw funkcjonowania organizmu ludzkiego. K_K01 E_K02 Potrafi współdziałać i pracować w zespole przy rozwiązywaniu K_K04
Bilans nakładu pracy studenta Wskaźniki ilościowe postawionych problemów z integracji metabolizmu komórkowego. Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim udział w wykładach 4 x 3 14 1x 2 udział w ćwiczeniach 3 x 3 11 1 x 2 udział w seminariach 10 x 4 40 udział w konsultacjach związanych z zajęciami 10x 1 10 Razem 75 Samodzielna praca studenta przygotowanie do ćwiczeń 4 x 2 8 przygotowanie do seminariów 10 x 2 20 przygotowanie do kolokwiów 2 x 5 10 przygotowanie do egzaminu 1 x 12 12 Razem 50 Liczba godzin Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela 75 3 Nakład pracy studenta związany z zajęciami o charakterze praktycznym 19 1 Łącznie 125 5 Metody weryfikacji efektu kształcenia Liczba ECTS Nr efektu kształcenia Formujące Podsumowujące E_W01-05 Ocena aktywności w dyskusji i pisemny sprawdzian obejmujący treści seminariów Teoretyczny egzamin końcowy składający się z części pisemnej (testowy w systemie OLAT) i ustnej E_W06 Ocena przygotowania teoretycznego Ocena opracowanego protokołu z laboratoriów E_U01-02 Obserwacja umiejętności wykonania praktycznego ćwiczenia laboratoryjnego Ocena opracowanego protokołu z laboratoriów E_U03 Ocena aktywności w dyskusji Zaprezentowanie ustne referatu tematycznego E_K01-02 Ocena aktywności w dyskusji i pracy w grupie Zaprezentowanie ustne referatu tematycznego Data opracowania programu 15.03.2013 Program opracował Dr J.B. Dylewski Prof. dr P. Jagodziński