Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi
|
|
- Sylwia Rogowska
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ================================================================= Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR - ang. polymerase chain reaction), jest to technika dzięki której możliwe jest otrzymanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA. Technika ta została opracowana w 1983 przez Kary ego Mullisa, za co w 1993 otrzymał Nagrodę Nobla. W reakcji PCR wykorzystano fakt, że polimeraza DNA zachowuje swoją aktywność in vitro. Oznacza to, że w odpowiednich warunkach, enzym ten zdolny jest do katalizowania reakcji polimeryzacji DNA poza żywym ustrojem. Polimeraza DNA, aby rozpocząć syntezę nowej nici w kierunku 5 3, wymaga wolnych końców 3 DNA; dlatego w reakcji PCR konieczne jest użycie starterów, czyli syntetycznych oligonukleotydów o określonej sekwencji nukleotydowej. Startery projektuje się w taki sposób, aby przyłączały się do matrycowej nici DNA w rejonach flankujących fragment, który planujemy powielać (amplifikować). Reakcja prowadzona jest w termocyklerze urządzeniu, które umożliwia obniżanie i podwyższanie temperatury, w zależności od etapu cyklu. Każdy cykl reakcji PCR składa się z trzech etapów: (1) denaturacji DNA, (2) hybrydyzacji starterów i matrycowych nici DNA oraz (3) elongacji starterów (ryc. 1). W pierwszym etapie reakcji, pod wpływem wysokiej temperatury (ok. 95 C) dochodzi do denaturacji DNA, czyli zerwania wiązań wodorowych pomiędzy nićmi DNA. Następnie temperatura mieszaniny reakcyjnej zostaje obniżona w taki sposób, aby możliwe było przyłączenie poprzez wiązania wodorowe (hybrydyzacja) starterów do komplementarnych rejonów matrycowej nici DNA. Optymalna dla tego etapu reakcji temperatura zależy od sekwencji nukleotydowej starterów i ich długości (w praktyce stosuje się zwykle temperaturę o 5 stopni niższą niż temperatura topnienia starterów). Ostatnim etapem reakcji jest wydłużanie (elongacja) starterów przyłączonych do nici matrycowych, czyli polimeryzacja DNA w temperaturze optymalnej dla użytego enzymu (zależnej od rodzaju polimerazy). Na tym etapie polimeraza DNA katalizuje tworzenie wiązań fosfodiestrowych pomiędzy końcami 3 starterów a końcem 5 odpowiednich deoksyrybonukleotydów. Zwykle taki cykl reakcji powtarzany jest od 25 do 45 razy. Rycina 1. Schemat przebiegu reakcji PCR. Kolorem czarnym oznaczono DNA matrycowy, różowym startery, kolorem niebieskim nowo syntetyzowaną nić DNA. 1
2 W każdym cyklu z jednej cząsteczki matrycowego DNA powstają dwie cząsteczki DNA nowo zsyntetyzowanego (ryc. 2), można zatem powiedzieć, że ilość DNA w reakcji wzrasta w przybliżeniu w tempie 2 n, gdzie n oznacza numer cyklu. DNA będący produktem każdego cyklu, służy jako matryca w następnych cyklach, czego skutkiem jest szybkie powiększenie puli syntetyzowanego DNA, aż do momentu wyczerpania substratów do syntezy (np. starterów) lub nagromadzenia produktów ubocznych reakcji hamujących aktywność polimerazy DNA. Rycina 2. Schemat przedstawiający przyrost DNA w reakcji PCR. Gwiazdką oznaczono docelowy produkt reakcji. Mieszanina reakcyjna zawiera następujące składniki: 1. Matrycowy DNA, czyli dwuniciowa cząsteczka DNA, której fragment stanowi powielaną matrycę 2. Para starterów (nazywanych też primerami), czyli chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy o długości ok par zasad, których sekwencja nukleotydowa jest komplementarna do miejsc flankujących powielany rejon matrycowego DNA 3. Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) 4. Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji (właściwe ph, odpowiednie stężenie jonów Mg 2+, odpowiednia siła jonowa) 1. Matrycowy DNA Optymalna dla reakcji PCR ilość matrycowego DNA zależy od jego wielkości i może się wahać w granicach od kilku pg (dla plazmidowego lub wirusowego DNA) do kilkudziesięciu µg (dla DNA genomowego wyższych organizmów). DNA używane w reakcji PCR powinno być wolne od substancji mogących hamować reakcję PCR, np. EDTA/EGTA. 2. Startery Dobrze zaprojektowana para starterów charakteryzuje się następującymi cechami: - oba zawierają ok. 50% par GC, - nie tworzą struktur typu spinki do włosów (ang. hairpin loop), - nie zawierją fragmentów komplementarnych do drugiego startera, - ich temperatury topnienia (ang. melting temperature Tm) różnią się nie więcej niż o 2 C i wynoszą ok o C. Temperatura topnienia jest parametrem opisującym dowolny fragment DNA, w tym także startery; jest to taka temperatura, przy której 50% danego DNA w roztworze wodnym ulega denaturacji. Wartość Tm zależy w przybliżeniu wprost proporcjonalnie od długości DNA oraz ilości par G:C w danym DNA. 3. Termostabilna polimeraza DNA. Termostabilne polimerazy nie tracą aktywności w temperaturze wymaganej do denaturacji DNA. Jedną z najczęściej obecnie stosowanych polimeraz jest termostabilna polimeraza DNA wyizolowana 2
3 z termofilnej bakterii Thermus aquaticus (Taq polimeraza). Innym przykładem często stosowanej polimerazy może być termostabilna polimeraza izolowana z termofilnego archeona Pyrococcus furiosus (polimeraza Pfu), odznaczająca się większą niż Taq wiernością kopiowania. W zależności od użytej polimerazy, DNA będący produktem reakcji PCR może mieć tępe końce (Pfu) lub wiszące sekwencje adenin na końcu 3 (tzw. ogony poly-a dodawane np. przez polimerazę Taq). 4. Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp) Trójfosforany deoksyrybonukleotydów stanowią jeden z głównych substratów reakcji (są budulcem dla nowo powstających nici DNA). Stężenie każdego z dntp w mieszaninie reakcyjnej (datp, dctp, dgtp, dttp) powinno wynosić ok. 200 µm; zbyt wysoka ilość dntp może hamować reakcję PCR. 5. Bufor reakcyjny Bufor reakcyjny jest mieszaniną związków chemicznych warunkujących utrzymanie optymalnego dla użytej polimerazy ph oraz stężenia jonów. Szczególne znaczenie ma zawartość soli MgCl 2 i MgSO 4, ponieważ jony Mg 2+ są kofaktorami polimeraz DNA. Zbyt niskie stężenie jonów Mg 2+ może skutkować niską wydajnością polimeryzacji DNA, jednak nadmiar wolnych jonów Mg 2+ może spowodować powstawanie niespecyficznych produktów, ponadto kompleksy jonów Mg 2+ z wolnymi dntp mogą hamować aktywność polimerazy. Modyfikacje techniki PCR o różnych zastosowaniach PCR RFLP (ang. polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism) jest techniką, w której po namnożeniu odpowiedniego fragmentu DNA (np. genu, którego mutacja wywołuje chorobę), trawi się produkt reakcji za pomocą enzymów restrykcyjnych, a następnie rozdziela trawiony DNA elektroforetycznie. Enzymy restrykcyjne to białka, które rozpoznają, a następnie przecinają specyficzną sekwencję DNA; jeśli w obrębie takiej sekwencji nastąpi zmiana (mutacja) - miejsce rozpoznawane przez dany enzym restrykcyjny zniknie i uwidoczni się to we wzorze prążków, powstałych po rozdziale elektroforetycznym produktów reakcji PCR RFLP. Może się również zdarzyć, że w skutek mutacji powstaną nowe miejsca restrykcyjne, co również można uwidocznić za pomocą tej metody. PCR-RFLP ma zastosowanie w diagnostyce molekularnej pozwala np. odkryć niektóre mutacje w interesującej nas sekwencji DNA. Technika RT PCR (ang. reverse transcription polymerase chain reaction) umożliwia z kolei syntezę DNA na matrycy RNA. W metodzie tej wykorzystywany jest enzym, odwrotna transkryptaza, który umożliwia przepisanie badanej sekwencji RNA na DNA. Tak otrzymany odcinek określa się jako cdna (ang. complementary DNA). cdna zostaje następnie powielony tak jak podczas standardowej reakcji PCR. Technika RT PCR jest szczególnie przydatna w diagnostyce chorób wirusowych gdyż wiele wirusów ma genomy zbudowane z RNA. Metoda ta umożliwia również określenie sekwencji kodującej genów organizmów eukariotycznych (sekwencji exonów). Skrót RT PCR jest niekiedy używany także w odniesieniu do innej techniki Real Time PCR ( PCR w czasie rzeczywistym). W tym przypadku jest to nieścisłość poprawny skrót nazwy tej techniki to qpcr, z ang. quantitative PCR - ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy DNA. qpcr to metoda pozwalająca uzyskać dane o ilości badanego DNA (lub RNA, jeśli połączy się ją z techniką RT-PCR opisaną powyżej metoda nazywana jest wtedy qrt-pcr). Jest to możliwe dzięki zastosowaniu barwników fluorescencyjnych, które reagują zmianami w intensywności emitowanego światła w zależności od ilości produktu w mieszaninie reakcyjnej. 3
4 Analiza restrykcyjna DNA Enzymy restrykcyjne (restryktazy) to białka z grupy endonukleaz, które wiążą specyficzne sekwencje nukleotydowe i katalizują hydrolizę wiązania fosfodiestrowego w określonych miejscach łańcucha DNA. Restryktazy występują powszechnie w komórkach archeonów i bakterii, gdzie stanowią część tzw. systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych, zabezpieczających te organizmy przed infekcją wirusową. Systemy te składają się najczęściej z pary białek: restryktazy i metylazy. Metylaza jest enzymem katalizującym przeniesienie grupy metylowej na zasadę azotową określonego nukleotydu będącego częścią sekwencji DNA rozpoznawanej przez odpowiednią restryktazę. Obecność grup metylowych w określonych miejscach sekwencji DNA uniemożliwia wiązanie danej restryktazy, chroniąc w ten sposób DNA gospodarza przed degradacją, podczas gdy DNA wirusowy (niemetylowany) ulega fragmentacji (ryc. 3). A B Rycina 3. Schemat obrazujący działanie systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych. Kolorem różowym oznaczono restryktazę rozpoznającą sekwencję GATC. W tym przypadku restryktaza katalizuje hydrolizę wiązania fosfodiestrowego pomiędzy nukleotydami A oraz G (panel A). Przyłączenie przez odpowiednią metylazę grup metylowych do adeniny w sekwencji GATC zapobiega wiązaniu do tej sekwencji restryktazy i degradacji DNA (panel B). Nazwy enzymów restrykcyjnych tworzone są na podstawie nazwy mikroorganizmu, z którego dany enzym pochodzi. Pierwsza litera oznacza rodzaj bakterii, druga i trzecia gatunek, a kolejna z nich pochodzi od szczepu lub typu bakterii, np.: EcoRI oznacza enzym wyizolowany ze szczepu R Escherichia coli, Hind III enzym wyizolowany ze szczepu Hemophilus influenzae serotyp d. Obecne w nazwach niektórych restryktaz liczby rzymskie wynikają z chronologii izolowania enzymów z tych samych mikroorganizmów (np. HindIII był historycznie trzecim enzymem restrykcyjnym wyizolowanym z Hemophilus influenzae serotyp d, zaś EcoRI pierwszym z enzymów wyizolowanych ze szczepu R Escherichia coli). Poznane dotychczas enzymy restrykcyjne, na podstawie różnic w mechanizmie trawienia DNA, rodzaju kofaktora, rodzaju substratu oraz produktu katalizowanej reakcji, pogrupowano w trzy klasy. Klasa I obejmuje białka multimeryczne wymagające jako kofaktorów ATP, S-adenylometioniny i jonów Mg 2+. Enzymy należące do tej klasy posiadają następujące cechy: działają zarówno jako restryktazy, jak i jako kodyfikacyjne metylazy substratem dla tej klasy enzymów jest dwuniciowy DNA zawierający zdefiniowaną sekwencję długości kilkunastu nukleotydów enzymy te nacinają obie nici DNA w rejonie znajdującym się w określonej odległości od rozpoznawanej sekwencji. Oznacza to, że specyficzna jest jedynie sekwencja DNA wiążąca enzym, natomiast sekwencja, w rejonie której DNA jest nacinany jest zmienna. W Klasie II zgrupowano białka proste, występują w postaci dimerów i tetramerów, in vitro aktywowane przez jony Mg 2+. Enzymy należące do tej klasy posiadają następujące cechy: substratem dla nich jest dwuniciowy DNA zawierający kilku-nukleotydową sekwencję specyficznie rozpoznawaną przez dany enzym cięcie obu nici zachodzi w obrębie rozpoznanej sekwencji lub jej pobliżu (klasa IIS) większość enzymów należących do tej klasy rozpoznaje sekwencje palindromowe (posiadające oś symetrii) o długości czterech, sześciu lub ośmiu nukleotydów. 4
5 Klasa III obejmuje enzymy aktywowane przez jony Mg 2+ i ATP, czasem do reakcji konieczna jest też S-adenylometionina. Endonukleazy restrykcyjne klasy III: rozpoznają niesymetryczną sekwencję DNA, np.: AGACC EcoPI; CAGCAG EcoP15I; CGAAT HinfIII; CAGAG Styli przecinają cząsteczkę DNA w odległości pz na prawo od rozpoznawanej sekwencji. Wśród pojęć związanych z enzymami restrykcyjnymi można spotkać sformułowania takie jak izoschizomer oraz neoschizomer. Izoschizomery to enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające tę samą sekwencję w DNA i wprowadzające identyczny typ cięcia. Neoschizomerami nazywamy natomiast enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające identyczną sekwencję w DNA, ale wprowadzające odmienny typ cięcia Wszystkie enzymy restrykcyjne po trawieniu dwuniciowego DNA pozostawiają grupę fosforanową na końcu 5', a grupę hydroksylową na końcu 3'. Wydaje się, że przecięcie dwóch nici w obrębie rozpoznanej sekwencji nie zachodzi jednocześnie, lecz jest wynikiem dwóch niezależnych reakcji katalitycznych, ponieważ stosując odpowiednio niskie stężenie enzymu w stosunku do stężenia DNA można uzyskać cząsteczki o przeciętej tylko jednej z nici. W zależności od użytego enzymu restrykcyjnego obie nici DNA mogą być trawione w różny sposób dając w konsekwencji dwa rodzaje końców fragmentów DNA: 1) w tym samym miejscu, jak np. w przypadku trawienia DNA enzymem SmaI 5` CCCGGG 3` 5` CCC GGG 3` 3` GGGCCC 5` 3` GGG CCC 5` Powstające w wyniku takiej reakcji fragmenty DNA posiadają tzw. tępe końce. 2) w miejscach przesuniętych o kilka nukleotydów, np. w przypadku enzymu EcoRI: 5` GAATTC 3` 5` G AATTC 3` 3` CTTAAG 5` 3` CTTAA G 5` W wyniku takiej reakcji powstają fragmenty DNA zawierające tzw. lepkie końce, w których jedna z nici jest o kilka nukleotydów dłuższa od drugiej odpowiednio na końcu 3 lub 5. W sekwencji nukleotydowej danej cząsteczki DNA znajdują się miejsca rozpoznawane przez określony zbiór enzymów restrykcyjnych. Wzajemne ułożenie tych miejsc to mapa restrykcyjna. Produkty trawienia enzymami restrykcyjnymi analizuje się zwykle poprzez rozdział elektroforetyczny w żelach agarozowych. Rozdzielone fragmenty DNA uwidacznia się stosując odpowiednie fluorochromy (barwniki wiążące DNA, które emitują światło najczęściej po wzbudzeniu światłem UV np. bromek etydyny). Wielkość uzyskanych po trawieniu fragmentów określa poprzez porównanie z DNA wzorcowym (tzw. markerem DNA). Wzór uzyskiwany po rozdziale elektroforetycznym danej cząsteczki DNA trawionej wybranymi enzymami to tzw. wzór restrykcyjny. Każda cząsteczka DNA ma określoną mapę i wzór restrykcyjny. Wielkość fragmentów DNA, które powstaną po zastosowaniu danego enzymu do trawienia dużych cząsteczek DNA można oszacować na podstawie długości sekwencji rozpoznawanej przez ten enzym, stosując wzór: L k = 4 n, gdzie L k oznacza liczbę możliwych kombinacji n-nukleotydowych, n oznacza liczbę nukleotydów w sekwencji rozpoznawanej przez dany enzym. Na przykład enzym rozpoznający sekwencje sześcio-nukleotydowe tnie DNA na relatywnie duże fragmenty, ponieważ dana sekwencja występuje średnio raz na 4096 zasad (4 6, ponieważ DNA zawiera kombinacje 4 różnych nukleotydów, zaś enzym rozpoznaje tylko jedną z możliwych sześcio-nukleotydowych kombinacji). Natomiast używając enzymu rozpoznającego cztero-nukleotydowe sekwencje DNA, cząsteczka będzie cięta średnio raz na 256 nukleotydów (4 4 ), otrzymamy zatem znacznie mniejsze fragmenty DNA. 5
6 Zawartość enzymów w roztworze określa się w tzw. jednostkach aktywności (ang. activity units U). Jedna jednostka aktywności (1U) dowolnego enzymu restrykcyjnego to taka jego ilość, która kompletnie trawi 1 µg DNA wzorcowego (np. fag λ) w czasie 1 godziny w temperaturze optymalnej dla tego enzymu. Niektóre enzymy restrykcyjne, w pewnych warunkach mogą przejawiać aktywność niespecyficzną (tzw. star activity). Zjawisko star activity polega na utracie specyficzności enzymu (np. enzym tnie DNA w rejonach, które nie zawierają charakterystycznej sekwencji, zwykle rozpoznawanej przez ten enzym). Efekt star activity pojawia się w przypadku, gdy warunki reakcji znacznie różnią się od optymalnych, np. W obecności wysokiego stężenia glicerolu w mieszaninie reakcyjnej (>5% obj.) Przy zastosowaniu do reakcji zbyt wysokiego stężenie enzymu w stosunku do stężeniach DNA Podczas trawienia w nieodpowiednim buforze reakcyjnym (o zasadowym ph; o zbyt wysokiej zawartości jonów) Znacznie wydłużony czas reakcji enzymatycznej W obecności niektórych związków organicznych (np. DMSO, etanol, glikol etylenowy) Jeśli w mieszaninie reakcyjnej zastąpiono (lub znacznie zwiększono koncentrację) jonów magnezu innymi biwaletnymi jonami (Mn 2+, Cu 2+, Co 2+ lub Zn 2+ ) Różnorodność sekwencji rozpoznawanych przez białka systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych sprawia, że enzymy te znalazły szerokie zastosowanie w inżynierii genetycznej i biotechnologii. Właściwości różnych enzymów restrykcyjnych umożliwiają np. tworzenie fizycznych map DNA, izolację i identyfikację genów oraz są wykorzystywane w diagnostyce molekularnej (np. RFLP). W technice klonowania molekularnego najczęściej wykorzystuje się enzymy restrykcyjne klasy II, jednak poza enzymami restrykcyjnymi zastosowanie w tej metodzie mają także inne enzymy, np. takie które umożliwiają modyfikację końców DNA, w celu uzyskania optymalnych fragmentów DNA; do takich enzymów należą: Ligaza DNA, która umożliwia m.in. dołączenie do zakończonych na tępo fragmentów DNA adaptorów (krótkich fragmentów DNA zakończonych z jednej strony na tępo z drugiej na lepko, o sekwencji specyficznej dla danej restryktazy) lub linkerów (krótkich fragmentów DNA zawierających określone miejsce restrykcyjne, zakończonych na tępo ); przed dołączeniem tych ostatnich przeprowadza się metylację genomowego DNA odpowiednią metylazą, zaś po ligacji trawienie DNA daną restryktazą, uzyskując w ten sposób fragmenty DNA zawierające zaplanowane lepkie końce fragment Klenowa polimerazy I DNA E. coli, służący do wypełniania końców fragmentów DNA, w których 5` końce nici są dłuższe niż końce 3 (tworzenie końców tępych z końców lepkich ) nukleaza S1 lub polimeraza I E. coli wykorzystując ich aktywność egzonukleolityczną 3` 5` można usunąć nawisy na końcu 5` Część praktyczna UWAGA! Podczas pracy nie wolno dopuścić do zanieczyszczenia próbek, dlatego wszystkie czynności laboratoryjne należy wykonywać w rękawiczkach jednorazowych (jeżeli rękawiczki w między czasie zostaną zabrudzone, należy je natychmiast zmienić na nowe). Kolejność dodawania poszczególnych składników jest istotna! Probówka podczas dodawania poszczególnych składników powinna znajdować się w łaźni lodowej. 1. Przygotowanie mieszaniny do reakcji PCR Jako matrycę do reakcji wykorzystamy fragment plazmidu pcb104 zawierający gen λo (po ligacji z wektorem puc19 fragment ten przerwie ciągłość gen lacz, tym samym uniemożliwiając biosyntezę aktywnej β- galaktozydazy). Całkowita objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 25 μl. 6
7 Roztwór Początkowy Objętość na 1 próbkę Stężenie końcowe Bufor (10x) 2,5 μl (1x) mieszanina dntp (10mM) 0,5 μl (200µM) primer Forvard (10µM) 0,25 μl (0,1µM) primer Revers (10µM) 0,25 μl (0,1µM) matrycowy DNA 1 μl polimeraza DNA (5U/µl) 0,1 μl woda destylowana dopełnić do 25 μl 2. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Program reakcji PCR: 1 denaturacja wstępna 95 o C, 5 min Cykl PCR: 2 denaturacja 95 o C, 30 sekund 3 przyłączenie primera... o C, 30 sekund 4 wydłużanie 72 o C, 30 sekund 6 końcowe wydłużanie 72 o C, 5 min 30 cykli 3. Trawienie restrykcyjne wektora PUC19 enzymami BamHI oraz PstI BamHI 5 --G GATCC CCTAG G 5 PstI 5'--CTGCA G--3' 3'--G ACGTC 5' Całkowita objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 20 μl: 1 μl BamHI (FastDigest) 1 μl PstI (FastDigest) 2 bufor (10X FastDigest Green Buffer) 2 μl DNA plazmidowego 15 ul wody Delikatnie wymieszać, krótko zwirować. Trawienie w 37 o C przez 5 minut inaktywacja 5 min 80 o C 4. Analiza produktu amplifikacji 1. Przygotować agarozę 1% w buforze 0.5x TAE 2. Wylać żel w odpowiednim aparacie, poczekać do zastygnięcia agarozy 3. Do komór aparatu nalać bufor 0.5x TAE, tak aby pokrywał on powierzchnię żelu 4. Do studzienek żelu nanieść próbki DNA po 10 μl z każdej reakcji PCR zmieszane z buforem obciążającym w proporcji 5:1 5. Rozdział prowadzić przy stałym napięciu 5V/cm długości żelu 6. Żel barwić w roztworze bromku etydyny i oglądać w świetle ultrafioletowym. Zagadnienia do samodzielnego opracowania: 1. Budowa kwasów nukleinowych. 2. Typy PCR. 3. Zastosowanie technik PCR. 4. Enzymy restrykcyjne (klasy, nazewnictwo, zastosowanie). Literatura: 1. Sęktas M. Zastosowanie inżynierii genetycznej w biotechnologii. Molekularne podstawy ekspresji genów 2. P.C.Turner, A.G. McLennan i inni Biologia molekularna krótkie wykłady 7
Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią =================================================================
Bardziej szczegółowoENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV
ENZYMY RESTRYKCYJNE Enzymy z klasy endonukleaz (hydrolaz), wykazujące powinowactwo do specyficznych fragmentów dwuniciowych cząsteczek DNA i hydrolizujące wiązania fosfodiestrowe w obu niciach Naturalnie
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoDefinicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)
Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoFarmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o
ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoPCR łańcuchowa reakcja polimerazy
PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoProwadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoGenetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa
Markery genetyczne: definicja Marker genetyczny jest to cecha, która może być wykorzystana do identyfikacji osobników lub gatunków. Cechy markerów genetycznych Monogeniczny: warunkowany przez jeden gen
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoPCR. Aleksandra Sałagacka
PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoInstrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.
INSTRUKCJA Ćwiczenie nr 5 Odczynniki: Sprzęt: 1. 5xNG cdna Buffer 2. 50 µm oligo(dt)20 3. NG dart RT mix l 4. Probówki typu Eppendorf 0,2 ml 5. Woda wolna od RNaz 6. Lód 1. Miniwirówka 2. Termocykler 3.
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna Podstawy
Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowo2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA
Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoPolimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość
Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując
Bardziej szczegółowoMETODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII
METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy
Bardziej szczegółowo7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej
7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan
Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoEndonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki
Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoEndonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki
Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV
ENZYMY RESTRYKCYJNE Enzymy z klasy endonukleaz (hydrolaz), wykazujące powinowactwo do specyficznych fragmentów dwuniciowych cząsteczek DNA i hydrolizujące wiązania fosfodiestrowe w obu niciach Naturalnie
Bardziej szczegółowoLigazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej:
Ligazy Katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi grupami 3 OH i 5 PO 4 w kwasach nukleinowych DNA lub RNA. W reakcji tworzą się wysokoenergetyczne pośredniki z udziałem NAD + lub ATP
Bardziej szczegółowoEndonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki
Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach badawczych pozwalających na ingerencję w materiał genetyczny organizmów w celu wyizolowania i charakterystyki określonych
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA
Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest podstawową techniką biologii molekularnej umożliwiającą powielenie określonego fragmentu DNA (najczęściej genu) w komórkach gospodarza np. bakteriach Escherichia
Bardziej szczegółowoZestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP
2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? ENZYMY RESTRYKCYJNE- TYP I. nazewnictwo: EcoRV
nazewnictwo: EcoRV ENZYMY RESTRYKCYJNE - pierwsza litera- rodzaj bakterii - druga i trzecia- gatunek - następna litera oznacza szczep lub typ - kolejne enzymy izolowane z danego szczepu lub typu otrzymują
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoGlimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących
Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające
Bardziej szczegółowoPCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych
Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym
Bardziej szczegółowoKŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity)
- Specyficzność (specyficzne wiązanie się TYLKO do startera- wcześniej związanego z matrycą) - Termostabilność (utrzymanie aktywności pomimo powtarzającego się cyklicznie wzrostu temperatury) - Wierność
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoPCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej
Bardziej szczegółowoBiochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR
Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych, jak oporność na leki, syntezę substancji
Bardziej szczegółowo2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*
Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56
Bardziej szczegółowoBadanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9
Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL
PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoMarkery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD
Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11
PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoPL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego
PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Babesia canis
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400
Bardziej szczegółowoPodstawy inżynierii genetycznej
Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych
Bardziej szczegółowo4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA
. DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoO trawieniu restrykcyjnym
O trawieniu restrykcyjnym Enzymy II klasy, Mg 2+, dsdna z rozpoznawaną sekwencją, tępe, lepkie (kohezyjne) końce, warunki reakcji bufor o różnym stężeniu NaCl i określonym ph BSA -stabilizator 37 o C /lub
Bardziej szczegółowoProgram ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii
Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowoMetody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Bardziej szczegółowoPrzeglądanie bibliotek
Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)
Bardziej szczegółowoW związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ.
Poznań, dnia 06.06.2016 EZ/350/30/2016/928 Wg rozdzielnika: do wszystkich zainteresowanych i uczestników postępowania o zamówienie publiczne. dotyczy: przetargu nieograniczonego nr EZ/350/30/2016 Zakup
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna
Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoAmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)
AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość
Bardziej szczegółowoWETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA
WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA (1) Rozdział RNA oraz fragmentów DNA metodą elektroforezy w żelu agarozowym, określenie wielkości fragmentów DNA (produktów PCR) na podstawie porównania
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoGRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne
Bardziej szczegółowoPCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji
Bardziej szczegółowo