Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi"

Transkrypt

1 Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ================================================================= Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR - ang. polymerase chain reaction), jest to technika dzięki której możliwe jest otrzymanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA. Technika ta została opracowana w 1983 przez Kary ego Mullisa, za co w 1993 otrzymał Nagrodę Nobla. W reakcji PCR wykorzystano fakt, że polimeraza DNA zachowuje swoją aktywność in vitro. Oznacza to, że w odpowiednich warunkach, enzym ten zdolny jest do katalizowania reakcji polimeryzacji DNA poza żywym ustrojem. Polimeraza DNA, aby rozpocząć syntezę nowej nici w kierunku 5 3, wymaga wolnych końców 3 DNA; dlatego w reakcji PCR konieczne jest użycie starterów, czyli syntetycznych oligonukleotydów o określonej sekwencji nukleotydowej. Startery projektuje się w taki sposób, aby przyłączały się do matrycowej nici DNA w rejonach flankujących fragment, który planujemy powielać (amplifikować). Reakcja prowadzona jest w termocyklerze urządzeniu, które umożliwia obniżanie i podwyższanie temperatury, w zależności od etapu cyklu. Każdy cykl reakcji PCR składa się z trzech etapów: (1) denaturacji DNA, (2) hybrydyzacji starterów i matrycowych nici DNA oraz (3) elongacji starterów (ryc. 1). W pierwszym etapie reakcji, pod wpływem wysokiej temperatury (ok. 95 C) dochodzi do denaturacji DNA, czyli zerwania wiązań wodorowych pomiędzy nićmi DNA. Następnie temperatura mieszaniny reakcyjnej zostaje obniżona w taki sposób, aby możliwe było przyłączenie poprzez wiązania wodorowe (hybrydyzacja) starterów do komplementarnych rejonów matrycowej nici DNA. Optymalna dla tego etapu reakcji temperatura zależy od sekwencji nukleotydowej starterów i ich długości (w praktyce stosuje się zwykle temperaturę o 5 stopni niższą niż temperatura topnienia starterów). Ostatnim etapem reakcji jest wydłużanie (elongacja) starterów przyłączonych do nici matrycowych, czyli polimeryzacja DNA w temperaturze optymalnej dla użytego enzymu (zależnej od rodzaju polimerazy). Na tym etapie polimeraza DNA katalizuje tworzenie wiązań fosfodiestrowych pomiędzy końcami 3 starterów a końcem 5 odpowiednich deoksyrybonukleotydów. Zwykle taki cykl reakcji powtarzany jest od 25 do 45 razy. Rycina 1. Schemat przebiegu reakcji PCR. Kolorem czarnym oznaczono DNA matrycowy, różowym startery, kolorem niebieskim nowo syntetyzowaną nić DNA. 1

2 W każdym cyklu z jednej cząsteczki matrycowego DNA powstają dwie cząsteczki DNA nowo zsyntetyzowanego (ryc. 2), można zatem powiedzieć, że ilość DNA w reakcji wzrasta w przybliżeniu w tempie 2 n, gdzie n oznacza numer cyklu. DNA będący produktem każdego cyklu, służy jako matryca w następnych cyklach, czego skutkiem jest szybkie powiększenie puli syntetyzowanego DNA, aż do momentu wyczerpania substratów do syntezy (np. starterów) lub nagromadzenia produktów ubocznych reakcji hamujących aktywność polimerazy DNA. Rycina 2. Schemat przedstawiający przyrost DNA w reakcji PCR. Gwiazdką oznaczono docelowy produkt reakcji. Mieszanina reakcyjna zawiera następujące składniki: 1. Matrycowy DNA, czyli dwuniciowa cząsteczka DNA, której fragment stanowi powielaną matrycę 2. Para starterów (nazywanych też primerami), czyli chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy o długości ok par zasad, których sekwencja nukleotydowa jest komplementarna do miejsc flankujących powielany rejon matrycowego DNA 3. Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) 4. Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji (właściwe ph, odpowiednie stężenie jonów Mg 2+, odpowiednia siła jonowa) 1. Matrycowy DNA Optymalna dla reakcji PCR ilość matrycowego DNA zależy od jego wielkości i może się wahać w granicach od kilku pg (dla plazmidowego lub wirusowego DNA) do kilkudziesięciu µg (dla DNA genomowego wyższych organizmów). DNA używane w reakcji PCR powinno być wolne od substancji mogących hamować reakcję PCR, np. EDTA/EGTA. 2. Startery Dobrze zaprojektowana para starterów charakteryzuje się następującymi cechami: - oba zawierają ok. 50% par GC, - nie tworzą struktur typu spinki do włosów (ang. hairpin loop), - nie zawierją fragmentów komplementarnych do drugiego startera, - ich temperatury topnienia (ang. melting temperature Tm) różnią się nie więcej niż o 2 C i wynoszą ok o C. Temperatura topnienia jest parametrem opisującym dowolny fragment DNA, w tym także startery; jest to taka temperatura, przy której 50% danego DNA w roztworze wodnym ulega denaturacji. Wartość Tm zależy w przybliżeniu wprost proporcjonalnie od długości DNA oraz ilości par G:C w danym DNA. 3. Termostabilna polimeraza DNA. Termostabilne polimerazy nie tracą aktywności w temperaturze wymaganej do denaturacji DNA. Jedną z najczęściej obecnie stosowanych polimeraz jest termostabilna polimeraza DNA wyizolowana 2

3 z termofilnej bakterii Thermus aquaticus (Taq polimeraza). Innym przykładem często stosowanej polimerazy może być termostabilna polimeraza izolowana z termofilnego archeona Pyrococcus furiosus (polimeraza Pfu), odznaczająca się większą niż Taq wiernością kopiowania. W zależności od użytej polimerazy, DNA będący produktem reakcji PCR może mieć tępe końce (Pfu) lub wiszące sekwencje adenin na końcu 3 (tzw. ogony poly-a dodawane np. przez polimerazę Taq). 4. Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp) Trójfosforany deoksyrybonukleotydów stanowią jeden z głównych substratów reakcji (są budulcem dla nowo powstających nici DNA). Stężenie każdego z dntp w mieszaninie reakcyjnej (datp, dctp, dgtp, dttp) powinno wynosić ok. 200 µm; zbyt wysoka ilość dntp może hamować reakcję PCR. 5. Bufor reakcyjny Bufor reakcyjny jest mieszaniną związków chemicznych warunkujących utrzymanie optymalnego dla użytej polimerazy ph oraz stężenia jonów. Szczególne znaczenie ma zawartość soli MgCl 2 i MgSO 4, ponieważ jony Mg 2+ są kofaktorami polimeraz DNA. Zbyt niskie stężenie jonów Mg 2+ może skutkować niską wydajnością polimeryzacji DNA, jednak nadmiar wolnych jonów Mg 2+ może spowodować powstawanie niespecyficznych produktów, ponadto kompleksy jonów Mg 2+ z wolnymi dntp mogą hamować aktywność polimerazy. Modyfikacje techniki PCR o różnych zastosowaniach PCR RFLP (ang. polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism) jest techniką, w której po namnożeniu odpowiedniego fragmentu DNA (np. genu, którego mutacja wywołuje chorobę), trawi się produkt reakcji za pomocą enzymów restrykcyjnych, a następnie rozdziela trawiony DNA elektroforetycznie. Enzymy restrykcyjne to białka, które rozpoznają, a następnie przecinają specyficzną sekwencję DNA; jeśli w obrębie takiej sekwencji nastąpi zmiana (mutacja) - miejsce rozpoznawane przez dany enzym restrykcyjny zniknie i uwidoczni się to we wzorze prążków, powstałych po rozdziale elektroforetycznym produktów reakcji PCR RFLP. Może się również zdarzyć, że w skutek mutacji powstaną nowe miejsca restrykcyjne, co również można uwidocznić za pomocą tej metody. PCR-RFLP ma zastosowanie w diagnostyce molekularnej pozwala np. odkryć niektóre mutacje w interesującej nas sekwencji DNA. Technika RT PCR (ang. reverse transcription polymerase chain reaction) umożliwia z kolei syntezę DNA na matrycy RNA. W metodzie tej wykorzystywany jest enzym, odwrotna transkryptaza, który umożliwia przepisanie badanej sekwencji RNA na DNA. Tak otrzymany odcinek określa się jako cdna (ang. complementary DNA). cdna zostaje następnie powielony tak jak podczas standardowej reakcji PCR. Technika RT PCR jest szczególnie przydatna w diagnostyce chorób wirusowych gdyż wiele wirusów ma genomy zbudowane z RNA. Metoda ta umożliwia również określenie sekwencji kodującej genów organizmów eukariotycznych (sekwencji exonów). Skrót RT PCR jest niekiedy używany także w odniesieniu do innej techniki Real Time PCR ( PCR w czasie rzeczywistym). W tym przypadku jest to nieścisłość poprawny skrót nazwy tej techniki to qpcr, z ang. quantitative PCR - ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy DNA. qpcr to metoda pozwalająca uzyskać dane o ilości badanego DNA (lub RNA, jeśli połączy się ją z techniką RT-PCR opisaną powyżej metoda nazywana jest wtedy qrt-pcr). Jest to możliwe dzięki zastosowaniu barwników fluorescencyjnych, które reagują zmianami w intensywności emitowanego światła w zależności od ilości produktu w mieszaninie reakcyjnej. 3

4 Analiza restrykcyjna DNA Enzymy restrykcyjne (restryktazy) to białka z grupy endonukleaz, które wiążą specyficzne sekwencje nukleotydowe i katalizują hydrolizę wiązania fosfodiestrowego w określonych miejscach łańcucha DNA. Restryktazy występują powszechnie w komórkach archeonów i bakterii, gdzie stanowią część tzw. systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych, zabezpieczających te organizmy przed infekcją wirusową. Systemy te składają się najczęściej z pary białek: restryktazy i metylazy. Metylaza jest enzymem katalizującym przeniesienie grupy metylowej na zasadę azotową określonego nukleotydu będącego częścią sekwencji DNA rozpoznawanej przez odpowiednią restryktazę. Obecność grup metylowych w określonych miejscach sekwencji DNA uniemożliwia wiązanie danej restryktazy, chroniąc w ten sposób DNA gospodarza przed degradacją, podczas gdy DNA wirusowy (niemetylowany) ulega fragmentacji (ryc. 3). A B Rycina 3. Schemat obrazujący działanie systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych. Kolorem różowym oznaczono restryktazę rozpoznającą sekwencję GATC. W tym przypadku restryktaza katalizuje hydrolizę wiązania fosfodiestrowego pomiędzy nukleotydami A oraz G (panel A). Przyłączenie przez odpowiednią metylazę grup metylowych do adeniny w sekwencji GATC zapobiega wiązaniu do tej sekwencji restryktazy i degradacji DNA (panel B). Nazwy enzymów restrykcyjnych tworzone są na podstawie nazwy mikroorganizmu, z którego dany enzym pochodzi. Pierwsza litera oznacza rodzaj bakterii, druga i trzecia gatunek, a kolejna z nich pochodzi od szczepu lub typu bakterii, np.: EcoRI oznacza enzym wyizolowany ze szczepu R Escherichia coli, Hind III enzym wyizolowany ze szczepu Hemophilus influenzae serotyp d. Obecne w nazwach niektórych restryktaz liczby rzymskie wynikają z chronologii izolowania enzymów z tych samych mikroorganizmów (np. HindIII był historycznie trzecim enzymem restrykcyjnym wyizolowanym z Hemophilus influenzae serotyp d, zaś EcoRI pierwszym z enzymów wyizolowanych ze szczepu R Escherichia coli). Poznane dotychczas enzymy restrykcyjne, na podstawie różnic w mechanizmie trawienia DNA, rodzaju kofaktora, rodzaju substratu oraz produktu katalizowanej reakcji, pogrupowano w trzy klasy. Klasa I obejmuje białka multimeryczne wymagające jako kofaktorów ATP, S-adenylometioniny i jonów Mg 2+. Enzymy należące do tej klasy posiadają następujące cechy: działają zarówno jako restryktazy, jak i jako kodyfikacyjne metylazy substratem dla tej klasy enzymów jest dwuniciowy DNA zawierający zdefiniowaną sekwencję długości kilkunastu nukleotydów enzymy te nacinają obie nici DNA w rejonie znajdującym się w określonej odległości od rozpoznawanej sekwencji. Oznacza to, że specyficzna jest jedynie sekwencja DNA wiążąca enzym, natomiast sekwencja, w rejonie której DNA jest nacinany jest zmienna. W Klasie II zgrupowano białka proste, występują w postaci dimerów i tetramerów, in vitro aktywowane przez jony Mg 2+. Enzymy należące do tej klasy posiadają następujące cechy: substratem dla nich jest dwuniciowy DNA zawierający kilku-nukleotydową sekwencję specyficznie rozpoznawaną przez dany enzym cięcie obu nici zachodzi w obrębie rozpoznanej sekwencji lub jej pobliżu (klasa IIS) większość enzymów należących do tej klasy rozpoznaje sekwencje palindromowe (posiadające oś symetrii) o długości czterech, sześciu lub ośmiu nukleotydów. 4

5 Klasa III obejmuje enzymy aktywowane przez jony Mg 2+ i ATP, czasem do reakcji konieczna jest też S-adenylometionina. Endonukleazy restrykcyjne klasy III: rozpoznają niesymetryczną sekwencję DNA, np.: AGACC EcoPI; CAGCAG EcoP15I; CGAAT HinfIII; CAGAG Styli przecinają cząsteczkę DNA w odległości pz na prawo od rozpoznawanej sekwencji. Wśród pojęć związanych z enzymami restrykcyjnymi można spotkać sformułowania takie jak izoschizomer oraz neoschizomer. Izoschizomery to enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające tę samą sekwencję w DNA i wprowadzające identyczny typ cięcia. Neoschizomerami nazywamy natomiast enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające identyczną sekwencję w DNA, ale wprowadzające odmienny typ cięcia Wszystkie enzymy restrykcyjne po trawieniu dwuniciowego DNA pozostawiają grupę fosforanową na końcu 5', a grupę hydroksylową na końcu 3'. Wydaje się, że przecięcie dwóch nici w obrębie rozpoznanej sekwencji nie zachodzi jednocześnie, lecz jest wynikiem dwóch niezależnych reakcji katalitycznych, ponieważ stosując odpowiednio niskie stężenie enzymu w stosunku do stężenia DNA można uzyskać cząsteczki o przeciętej tylko jednej z nici. W zależności od użytego enzymu restrykcyjnego obie nici DNA mogą być trawione w różny sposób dając w konsekwencji dwa rodzaje końców fragmentów DNA: 1) w tym samym miejscu, jak np. w przypadku trawienia DNA enzymem SmaI 5` CCCGGG 3` 5` CCC GGG 3` 3` GGGCCC 5` 3` GGG CCC 5` Powstające w wyniku takiej reakcji fragmenty DNA posiadają tzw. tępe końce. 2) w miejscach przesuniętych o kilka nukleotydów, np. w przypadku enzymu EcoRI: 5` GAATTC 3` 5` G AATTC 3` 3` CTTAAG 5` 3` CTTAA G 5` W wyniku takiej reakcji powstają fragmenty DNA zawierające tzw. lepkie końce, w których jedna z nici jest o kilka nukleotydów dłuższa od drugiej odpowiednio na końcu 3 lub 5. W sekwencji nukleotydowej danej cząsteczki DNA znajdują się miejsca rozpoznawane przez określony zbiór enzymów restrykcyjnych. Wzajemne ułożenie tych miejsc to mapa restrykcyjna. Produkty trawienia enzymami restrykcyjnymi analizuje się zwykle poprzez rozdział elektroforetyczny w żelach agarozowych. Rozdzielone fragmenty DNA uwidacznia się stosując odpowiednie fluorochromy (barwniki wiążące DNA, które emitują światło najczęściej po wzbudzeniu światłem UV np. bromek etydyny). Wielkość uzyskanych po trawieniu fragmentów określa poprzez porównanie z DNA wzorcowym (tzw. markerem DNA). Wzór uzyskiwany po rozdziale elektroforetycznym danej cząsteczki DNA trawionej wybranymi enzymami to tzw. wzór restrykcyjny. Każda cząsteczka DNA ma określoną mapę i wzór restrykcyjny. Wielkość fragmentów DNA, które powstaną po zastosowaniu danego enzymu do trawienia dużych cząsteczek DNA można oszacować na podstawie długości sekwencji rozpoznawanej przez ten enzym, stosując wzór: L k = 4 n, gdzie L k oznacza liczbę możliwych kombinacji n-nukleotydowych, n oznacza liczbę nukleotydów w sekwencji rozpoznawanej przez dany enzym. Na przykład enzym rozpoznający sekwencje sześcio-nukleotydowe tnie DNA na relatywnie duże fragmenty, ponieważ dana sekwencja występuje średnio raz na 4096 zasad (4 6, ponieważ DNA zawiera kombinacje 4 różnych nukleotydów, zaś enzym rozpoznaje tylko jedną z możliwych sześcio-nukleotydowych kombinacji). Natomiast używając enzymu rozpoznającego cztero-nukleotydowe sekwencje DNA, cząsteczka będzie cięta średnio raz na 256 nukleotydów (4 4 ), otrzymamy zatem znacznie mniejsze fragmenty DNA. 5

6 Zawartość enzymów w roztworze określa się w tzw. jednostkach aktywności (ang. activity units U). Jedna jednostka aktywności (1U) dowolnego enzymu restrykcyjnego to taka jego ilość, która kompletnie trawi 1 µg DNA wzorcowego (np. fag λ) w czasie 1 godziny w temperaturze optymalnej dla tego enzymu. Niektóre enzymy restrykcyjne, w pewnych warunkach mogą przejawiać aktywność niespecyficzną (tzw. star activity). Zjawisko star activity polega na utracie specyficzności enzymu (np. enzym tnie DNA w rejonach, które nie zawierają charakterystycznej sekwencji, zwykle rozpoznawanej przez ten enzym). Efekt star activity pojawia się w przypadku, gdy warunki reakcji znacznie różnią się od optymalnych, np. W obecności wysokiego stężenia glicerolu w mieszaninie reakcyjnej (>5% obj.) Przy zastosowaniu do reakcji zbyt wysokiego stężenie enzymu w stosunku do stężeniach DNA Podczas trawienia w nieodpowiednim buforze reakcyjnym (o zasadowym ph; o zbyt wysokiej zawartości jonów) Znacznie wydłużony czas reakcji enzymatycznej W obecności niektórych związków organicznych (np. DMSO, etanol, glikol etylenowy) Jeśli w mieszaninie reakcyjnej zastąpiono (lub znacznie zwiększono koncentrację) jonów magnezu innymi biwaletnymi jonami (Mn 2+, Cu 2+, Co 2+ lub Zn 2+ ) Różnorodność sekwencji rozpoznawanych przez białka systemów restrykcyjno-modyfikacyjnych sprawia, że enzymy te znalazły szerokie zastosowanie w inżynierii genetycznej i biotechnologii. Właściwości różnych enzymów restrykcyjnych umożliwiają np. tworzenie fizycznych map DNA, izolację i identyfikację genów oraz są wykorzystywane w diagnostyce molekularnej (np. RFLP). W technice klonowania molekularnego najczęściej wykorzystuje się enzymy restrykcyjne klasy II, jednak poza enzymami restrykcyjnymi zastosowanie w tej metodzie mają także inne enzymy, np. takie które umożliwiają modyfikację końców DNA, w celu uzyskania optymalnych fragmentów DNA; do takich enzymów należą: Ligaza DNA, która umożliwia m.in. dołączenie do zakończonych na tępo fragmentów DNA adaptorów (krótkich fragmentów DNA zakończonych z jednej strony na tępo z drugiej na lepko, o sekwencji specyficznej dla danej restryktazy) lub linkerów (krótkich fragmentów DNA zawierających określone miejsce restrykcyjne, zakończonych na tępo ); przed dołączeniem tych ostatnich przeprowadza się metylację genomowego DNA odpowiednią metylazą, zaś po ligacji trawienie DNA daną restryktazą, uzyskując w ten sposób fragmenty DNA zawierające zaplanowane lepkie końce fragment Klenowa polimerazy I DNA E. coli, służący do wypełniania końców fragmentów DNA, w których 5` końce nici są dłuższe niż końce 3 (tworzenie końców tępych z końców lepkich ) nukleaza S1 lub polimeraza I E. coli wykorzystując ich aktywność egzonukleolityczną 3` 5` można usunąć nawisy na końcu 5` Część praktyczna UWAGA! Podczas pracy nie wolno dopuścić do zanieczyszczenia próbek, dlatego wszystkie czynności laboratoryjne należy wykonywać w rękawiczkach jednorazowych (jeżeli rękawiczki w między czasie zostaną zabrudzone, należy je natychmiast zmienić na nowe). Kolejność dodawania poszczególnych składników jest istotna! Probówka podczas dodawania poszczególnych składników powinna znajdować się w łaźni lodowej. 1. Przygotowanie mieszaniny do reakcji PCR Jako matrycę do reakcji wykorzystamy fragment plazmidu pcb104 zawierający gen λo (po ligacji z wektorem puc19 fragment ten przerwie ciągłość gen lacz, tym samym uniemożliwiając biosyntezę aktywnej β- galaktozydazy). Całkowita objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 25 μl. 6

7 Roztwór Początkowy Objętość na 1 próbkę Stężenie końcowe Bufor (10x) 2,5 μl (1x) mieszanina dntp (10mM) 0,5 μl (200µM) primer Forvard (10µM) 0,25 μl (0,1µM) primer Revers (10µM) 0,25 μl (0,1µM) matrycowy DNA 1 μl polimeraza DNA (5U/µl) 0,1 μl woda destylowana dopełnić do 25 μl 2. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Program reakcji PCR: 1 denaturacja wstępna 95 o C, 5 min Cykl PCR: 2 denaturacja 95 o C, 30 sekund 3 przyłączenie primera... o C, 30 sekund 4 wydłużanie 72 o C, 30 sekund 6 końcowe wydłużanie 72 o C, 5 min 30 cykli 3. Trawienie restrykcyjne wektora PUC19 enzymami BamHI oraz PstI BamHI 5 --G GATCC CCTAG G 5 PstI 5'--CTGCA G--3' 3'--G ACGTC 5' Całkowita objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 20 μl: 1 μl BamHI (FastDigest) 1 μl PstI (FastDigest) 2 bufor (10X FastDigest Green Buffer) 2 μl DNA plazmidowego 15 ul wody Delikatnie wymieszać, krótko zwirować. Trawienie w 37 o C przez 5 minut inaktywacja 5 min 80 o C 4. Analiza produktu amplifikacji 1. Przygotować agarozę 1% w buforze 0.5x TAE 2. Wylać żel w odpowiednim aparacie, poczekać do zastygnięcia agarozy 3. Do komór aparatu nalać bufor 0.5x TAE, tak aby pokrywał on powierzchnię żelu 4. Do studzienek żelu nanieść próbki DNA po 10 μl z każdej reakcji PCR zmieszane z buforem obciążającym w proporcji 5:1 5. Rozdział prowadzić przy stałym napięciu 5V/cm długości żelu 6. Żel barwić w roztworze bromku etydyny i oglądać w świetle ultrafioletowym. Zagadnienia do samodzielnego opracowania: 1. Budowa kwasów nukleinowych. 2. Typy PCR. 3. Zastosowanie technik PCR. 4. Enzymy restrykcyjne (klasy, nazewnictwo, zastosowanie). Literatura: 1. Sęktas M. Zastosowanie inżynierii genetycznej w biotechnologii. Molekularne podstawy ekspresji genów 2. P.C.Turner, A.G. McLennan i inni Biologia molekularna krótkie wykłady 7

Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji

Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią =================================================================

Bardziej szczegółowo

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV ENZYMY RESTRYKCYJNE Enzymy z klasy endonukleaz (hydrolaz), wykazujące powinowactwo do specyficznych fragmentów dwuniciowych cząsteczek DNA i hydrolizujące wiązania fosfodiestrowe w obu niciach Naturalnie

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Biologia Molekularna z Biotechnologią =============================================================================================== Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Biologia medyczna, materiały dla studentów

Biologia medyczna, materiały dla studentów Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji

Bardziej szczegółowo

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis) Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502

Bardziej szczegółowo

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych

Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego

Bardziej szczegółowo

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Genetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa

Genetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa Markery genetyczne: definicja Marker genetyczny jest to cecha, która może być wykorzystana do identyfikacji osobników lub gatunków. Cechy markerów genetycznych Monogeniczny: warunkowany przez jeden gen

Bardziej szczegółowo

Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA

Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu

Bardziej szczegółowo

POLIMERAZY DNA- PROCARYOTA

POLIMERAZY DNA- PROCARYOTA Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna

Bardziej szczegółowo

Instrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.

Instrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR. INSTRUKCJA Ćwiczenie nr 5 Odczynniki: Sprzęt: 1. 5xNG cdna Buffer 2. 50 µm oligo(dt)20 3. NG dart RT mix l 4. Probówki typu Eppendorf 0,2 ml 5. Woda wolna od RNaz 6. Lód 1. Miniwirówka 2. Termocykler 3.

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Babesia spp. (PCR)

AmpliTest Babesia spp. (PCR) AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:

Bardziej szczegółowo

Inżynieria Genetyczna ćw. 3

Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus

Bardziej szczegółowo

POLIMERAZY DNA- PROCARYOTA

POLIMERAZY DNA- PROCARYOTA Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna

Bardziej szczegółowo

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując

Bardziej szczegółowo

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.

Bardziej szczegółowo

2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy

2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV ENZYMY RESTRYKCYJNE Enzymy z klasy endonukleaz (hydrolaz), wykazujące powinowactwo do specyficznych fragmentów dwuniciowych cząsteczek DNA i hydrolizujące wiązania fosfodiestrowe w obu niciach Naturalnie

Bardziej szczegółowo

Ligazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej:

Ligazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej: Ligazy Katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi grupami 3 OH i 5 PO 4 w kwasach nukleinowych DNA lub RNA. W reakcji tworzą się wysokoenergetyczne pośredniki z udziałem NAD + lub ATP

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach badawczych pozwalających na ingerencję w materiał genetyczny organizmów w celu wyizolowania i charakterystyki określonych

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA

Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest podstawową techniką biologii molekularnej umożliwiającą powielenie określonego fragmentu DNA (najczęściej genu) w komórkach gospodarza np. bakteriach Escherichia

Bardziej szczegółowo

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP 2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego

Bardziej szczegółowo

ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? ENZYMY RESTRYKCYJNE- TYP I. nazewnictwo: EcoRV

ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? ENZYMY RESTRYKCYJNE- TYP I. nazewnictwo: EcoRV nazewnictwo: EcoRV ENZYMY RESTRYKCYJNE - pierwsza litera- rodzaj bakterii - druga i trzecia- gatunek - następna litera oznacza szczep lub typ - kolejne enzymy izolowane z danego szczepu lub typu otrzymują

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych

Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity)

KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity) - Specyficzność (specyficzne wiązanie się TYLKO do startera- wcześniej związanego z matrycą) - Termostabilność (utrzymanie aktywności pomimo powtarzającego się cyklicznie wzrostu temperatury) - Wierność

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA

Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych, jak oporność na leki, syntezę substancji

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11 PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej

Bardziej szczegółowo

KLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY

KLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Babesia canis

Ampli-LAMP Babesia canis Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400

Bardziej szczegółowo

Podstawy inżynierii genetycznej

Podstawy inżynierii genetycznej Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza

Bardziej szczegółowo

Wykład 14 Biosynteza białek

Wykład 14 Biosynteza białek BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

O trawieniu restrykcyjnym

O trawieniu restrykcyjnym O trawieniu restrykcyjnym Enzymy II klasy, Mg 2+, dsdna z rozpoznawaną sekwencją, tępe, lepkie (kohezyjne) końce, warunki reakcji bufor o różnym stężeniu NaCl i określonym ph BSA -stabilizator 37 o C /lub

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii

Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)

Bardziej szczegółowo

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,

Bardziej szczegółowo

Przeglądanie bibliotek

Przeglądanie bibliotek Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)

Bardziej szczegółowo

W związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ.

W związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ. Poznań, dnia 06.06.2016 EZ/350/30/2016/928 Wg rozdzielnika: do wszystkich zainteresowanych i uczestników postępowania o zamówienie publiczne. dotyczy: przetargu nieograniczonego nr EZ/350/30/2016 Zakup

Bardziej szczegółowo

TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów

TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja

Bardziej szczegółowo

Sylabus Biologia molekularna

Sylabus Biologia molekularna Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna

Inżynieria genetyczna Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA

WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA (1) Rozdział RNA oraz fragmentów DNA metodą elektroforezy w żelu agarozowym, określenie wielkości fragmentów DNA (produktów PCR) na podstawie porównania

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine

Bardziej szczegółowo

GRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.

GRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej

Bardziej szczegółowo

Sylabus Biologia molekularna

Sylabus Biologia molekularna Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne

Bardziej szczegółowo

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji

Bardziej szczegółowo