Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji"

Transkrypt

1 Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ================================================================= Ćwiczenie 3 Amplifikacja genu metodą PCR, trawienie enzymami restrykcyjnymi Prowadzący: mgr Paulina Jędrak, mgr Anna Krajewska, mgr Małgorzata Bohdanowicz, mgr Olga Rodzik I. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR - ang. polymerase chain reaction) Jest to technika dzięki której możliwe jest otrzymanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA. Technika została opracowana w 1983 przez Kary ego Mullisa za co w 1993 otrzymał on Nagrodę Nobla. Metoda ta opiera się na powieleniu (amplifikacji) zdefiniowanego odcinka DNA, oflankowanego przez regiony o znanej sekwencji, przez polimerazę DNA in vitro. Reakcja przeprowadzana jest w termocyklerze. Urządzenie to pozwala na sterowanie temperaturą (w zależności od etapu cyklu próbki są podgrzewane lub chłodzone) Do reakcji PCR potrzebne są: Dwuniciowa cząsteczka DNA, której fragment jest powielaną matrycą Para starterów (primery), czyli chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy o długości ok par zasad, o sekwencji komplementarnej do matrycowego DNA Termostabilna polimeraza DNA Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji 1. matryca - dwuniciowa cząsteczka DNA, której fragment chcemy powielić; Matrycą do syntezy DNA może być DNA liniowy, plazmidowy (ccc), całego genomu np. bakterii. Matryca DNA używana w reakcji PCR musi być czysta (OD 260/280 1,8-2,0). Ilość matrycy zależy od wielkości DNA i może się wahać w granicach rzędu pg (dla plazmidowego oraz fagowego DNA) do µg (dla genomowego DNA). DNA używane w reakcji PCR powinno być wolne od substancji mogących wywołać inhibicję reakcji PCR, np. EDTA/EGTA. 2. startery - zazwyczaj chemicznie syntetyzowane oligonukleotydy o długości ok par zasad o sekwencji komplementarnej do matrycowego DNA. Należy zaprojektować je tak, aby: - zawierały ok. 50% par GC, - nie tworzyły struktur typu spinki do włosow (ang. hairpin), - nie zawierały fragmentow komplementarnych do drugiego startera, - temperatura obu primerów topnienia wynosiła ok o C; 3. termostabilna polimeraza DNA. Jedną z najczęściej obecnie stosowanych polimeraz jest termostabilna polimeraza DNA wyizolowana z termofilnej bakterii Thermus aquaticus (Taq polimeraza) - nie traci aktywności w temperaturze wymaganej do denaturacji DNA - produkt PCR posiada na końcu 3 da**. Innym przykładem częściej stosowanej polimerazy może być termostabilna polimeraza Pfu, odznaczająca się większą wiernością kopiowania - produkt PCR posiada tępe końce. 4. dntp (trójfosforany deoksynukleotydów) - stężenie każdego z dntp (datp, dctp, dgtp, dttp) powinno wynosić 200 µm. Zbyt wysoka ilość dntp może wpływać inhibicyjnie na reakcję PCR.

2 5. Bufor reakcyjny zawierający odpowiednie ph i stężenie jonów niezbędnych do prawidłowego funkcjonowania enzymów biorących udział w reakcji. Szczególną uwagę należy zwrócić na zawartość MgCl 2 i MgSO 4, których stężenie silnie wpływa na wydajność i specyficzność reakcji PCR. Optymalne stężenie dla różnego rodzaju PCR może być różne. Zbyt niskie stężenie jonów Mg 2+ może skutkować niską wydajnością. Jednak nadmiar wolnych jonów Mg 2+ może spowodować powstawanie niespecyficznych produktów. Powstające kompleksy jonów Mg 2+ z wolnymi dntp mogą hamować aktywność polimerazy. Każdy cykl składa się z następujących etapów: 1) denaturacji matrycowego DNA w temperaturze o C, w obecności dntp oraz nadmiaru primerów 2) hybrydyzacji (przyłączania) primerów do sekwencji homologicznych w matrycowym DNA, co następuje po ochłodzeniu mieszaniny do temperatury o C (ang. annealing) 3) wydłużania primerów przez polimerazę DNA w temperaturze 72 o C, co w rezultacie pozwala na syntezę fragmentu DNA. denaturacja hybrydyzacja Każdy cykl, składający się z denaturacji, przyłączania i syntezy, powtarzany jest wielokrotnie (od 25 do 40 razy). DNA będący produktem każdego cyklu, służy jako matryca w następnych cyklach, czego skutkiem jest szybkie powiększenie puli syntetyzowanego DNA. wydłużanie Zastosowanie PCR: - diagnostyka molekularna, - wykrywanie DNA w próbkach klinicznych, identyfikacja próbek w medycynie sądowej, analiza mutacji w chorobach nowotworowych, - synteza specyficznych sond, - tworzenie bibliotek genomów

3 Schemat przyrostu ilości amplifikowanego fragmentu DNA w kolejnych cyklach reakcji PCR; gwiazdką zaznaczono właściwy produkt reakcji. Przykładowe odmiany techniki PCR Technika PCR RFLP (ang. Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment LengthPolymorphism) pozwala na przykład odkryć niektóre mutacje w interesującej nas sekwencji DNA. Po namnożeniu odpowiedniego fragmentu (np. genu, którego mutacja wywołuje jakąś chorobę), trawi się go za pomocą tak zwanych enzymów restrykcyjnych. Są to białka, które rozpoznają, a następnie przecinają określoną krótką sekwencję. Jeśli w obrębie takiej sekwencji nastąpi zmiana (mutacja) - miejsce cięcia zniknie i uwidoczni się to we wzorze prążków, powstałych po rozdziale produktów reakcji PCR RFLP w żelu. Może się również zdarzyć, że w skutek mutacji powstaną nowe miejsca restrykcyjne, co również uwidoczni się za pomocą tej metody. Powielenie RNA umożliwia technika RT PCR (ang. Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction). Polega ona na przepisaniu badanego RNA na DNA za pomocą enzymu odwrotnej transkryptazy. Tak otrzymany odcinek określa się jako cdna. Może on dalej być powielony jak podczas zwykłej reakcji PCR. Technika RT PCR jest szczególnie przydatna w diagnostyce chorób wirusowych gdyż wiele wirusów ma genomy zbudowane z RNA. Skrót RT PCR jest niekiedy używany także w odniesieniu do innej techniki Real Time PCR ( PCR w czasie rzeczywistym) jednak poprawny skrót nazwy tej techniki to qpcr, z ang. quantitative PCR - ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy DNA. Jest to metoda pozwalająca uzyskać dane o ilości badanego DNA (lub RNA, jeśli połączy się ją z techniką opisaną powyżej nazywana QRT-PCR). Jest to możliwe dzięki zastosowaniu barwników fluorescencyjnych, które reagują zmianami w emisji światła w zależności od ilości produktu w mieszaninie reakcyjnej. II. Analiza restrykcyjna wektora oraz produktu reakcji PCR Enzymy restrykcyjne zostały wyizolowane z wielu gatunków bakterii, w których pełnią funkcję obrony przed obcym DNA (np. wirusami). Są to enzymy należące do grupy endonukleaz, czyli enzymów przecinających nici DNA w środku cząsteczki. Dzięki ich obecności obcy DNA po znalezieniu się w komórce bakterii zostaje pocięty, natomiast DNA bakteryjny unika degradacji dzięki metylacji przez specyficzną metylazę. Nazewnictwo enzymy restrykcyjne określa się za pomocą symboli, np. EcoRI oznacza enzym wyizolowany ze szczepu R Escherichia coli, Hind III enzym wyizolowany ze szczepu Hemophilus influenzae serotyp d.

4 Liczba rzymska wynika z chronologii izolowania enzymów z tych samych mikroorganizmów. Pierwsza litera oznacza rodzaj bakterii, z której wyizolowano enzym, druga i trzecia - gatunek, a kolejna z nich pochodzi od szczepu lub typu bakterii. Następujące po niej cyfry rzymskie odpowiadają kolejnym enzymom wyizolowanym z określonego szczepu. Izoschizomery enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające tę samą sekwencję w DNA i wprowadzające identyczny typ cięcia. Neoschizomery - restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające identyczną sekwencję w DNA, ale wprowadzające odmienny typ cięcia. Rozróżniamy trzy klasy enzymów restrykcyjnych, różniące się mechanizmem cięcia, rodzajem substratu, produktu i kofaktorami: Klasa I białka multimeryczne wymagające jako kofaktorów ATP, S-adenylometioniny i Mg2+ działają zarówno jako restryktazy oraz kodyfikacyjne metylazy substrat to dwuniciowy DNA zawierający zdefiniowaną sekwencję kilkunastu nukleotydów enzym rozpoznaje sekwencje i w pewnej odległości od niej nacina obie nici DNA, nie uzyskuje się ściśle określonych fragmentów DNA Klasa II białka proste, występują w postaci dimerów i tetramerów, in vitro aktywowane przez Mg2+ substratem jest dwuniciowy DNA zawierający kilku nukleotydową sekwencję specyficznie rozpoznawaną przez dany enzym cięcie obu nici zachodzi w obrębie rozpoznanej sekwencji lub jej pobliżu (klasa IIS) większość enzymów rozpoznaje palindromowe sekwencje (posiadające oś symetrii) cztero-, sześcio-, lub ośmionukleotydowe. enzymy te znalazły największe zastosowanie w biologii molekularnej Klasa III aktywowane przez jony Mg2+ i ATP, czasem potrzebna jest S-adenylometionina. Endonukleazy restrykcyjne klasy III rozpoznają niesymetryczną sekwencję DNA, np.: AGACC EcoPI; CAGCAG EcoP15I; CGAAT HinfIII; CAGAG StyLTI i przecinają cząsteczkę DNA w odległości pz na prawo od rozpoznawanej sekwencji. Wszystkie enzymy restrykcyjne po trawieniu dwuniciowego DNA pozostawiają grupę fosforanową na końcu 5', a grupę hydroksylową na końcu 3'. Wydaje się, że przecięcie dwóch nici w obrębie rozpoznanej sekwencji nie zachodzi jednocześnie, lecz jest wynikiem dwóch niezależnych reakcji katalitycznych. Stosując odpowiednio niskie stężenie enzymu w stosunku do stężenia DNA można uzyskać cząsteczki z tylko jedną przeciętą nicią. W inżynierii genetycznej wykorzystywane są głownie enzymy restrykcyjne klasy II czyli takie, które tną dwuniciowy DNA w obrębie lub w określonym miejscu w pobliżu rozpoznawanej sekwencji nukleotydowej. Rozpoznawane sekwencje są palindromowe i obejmują zwykle 4 lub 6 nukleotydów, ale znane są enzymy, które rozpoznają sekwencje 5, 7 lub 8 nukleotydów. Dany rodzaj enzymu przecina DNA zawsze w taki sam sposób. Używając enzymu czwórkowego (rozpoznającego sekwencję czterech nukleotydów) otrzymuje się niewielkie fragmenty DNA (statystycznie dana sekwencja czterech nukleotydów występuje w DNA raz na 256 zasad). Enzym szóstkowy tnie DNA na znacznie większe fragmenty (dana sekwencja sześciu nukleotydów występuje raz na 4096 zasad). Produkty trawienia enzymami restrykcyjnymi analizuje się zazwyczaj stosując rozdział elektroforetyczny w żelach agarozowych, wykorzystując ujemny ładunek cząsteczek DNA. DNA uwidacznia się poprzez barwienie bromkiem etydyny, który świeci w świetle UV, a wielkość fragmentów określa poprzez porównanie z DNA wzorcowym. W sekwencji nukleotydowej danej cząsteczki DNA znajdują się miejsca rozpoznawane przez określony zbiór enzymów restrykcyjnych. Wzajemne ułożenie tych miejsc to mapa restrykcyjna, a wielkość fragmentów uzyskiwanych po trawieniu wybranymi spośród tych enzymów stanowi wzór restrykcyjny. Każda cząsteczka DNA ma określoną mapę i wzór restrykcyjny. Miejsce cięcia przez enzym restrykcyjny obu nici DNA może znajdować się naprzeciwko lub z przesunięciem o kilka nukleotydów. W pierwszym przypadku powstają tak

5 zwane tępe, a w drugim lepkie końce, które mogą być różnej długości (zwykle są 2 lub 4 nt, ale mogą być także 1 lub 3 nt) i mogą mieć nadmierności typu 5 lub 3, w zależności od użytego enzymu restrykcyjnego. Np. SmaI EcoRI 5` CCC GGG 3` tępe końce 5` CCC GGG 3` 3` GGG CCC 5` 3` GGG CCC 5` 5` G AATTC 3` lepkie końce 5` G AATTC 3` 3` CTTAA G 5` 3` CTTAA G 5` Możliwa jest także modyfikacja końców w celu uzyskania optymalnego fragmentu do klonowania, np. tępych, poprzez dołączenie adaptorów (krótkich fragmentów DNA zakończonych z jednej strony na tępo z drugiej na lepko, specyficznie dla danej restryktazy) lub linkerów (krótkich fragmentów DNA zawierających określone miejsce restrykcyjne, zakończonych na tępo), przed dołączeniem tych ostatnich należy zmetylować genomowy DNA odpowiednią metylazą a po ligacji strawić DNA daną restryktazą uzyskując lepkie końce lepkich, które mają cofniętą nić 3` - można je wypełnić przy pomocy fragmentu Klenowa polimerazy I DNA E. coli i kompletu nukleotydów. lepkich, które mają cofniętą nić 5`- można je wytępić, obcinając wysunięty jednoniciowy odcinek DNA przy użyciu nukleazy S1 lub polimerazy I E. coli wykorzystując jej aktywność egzonukleolityczną 3` 5`. Enzymy restrykcyjne są podstawowym narzędziem służącym do klonowania genów. Ich właściwości umożliwiają tworzenie fizycznych map DNA, izolację i identyfikację genów oraz diagnostykę molekularną. Jednostka enzymu restrykcyjnego to taka jego ilość, która kompletnie trawi 1 µg DNA wzorcowego (np. fag λ) w czasie 1 godziny w temperaturze optymalnej. Aktywność niespecyficzna (Star activity) pojawia się w przypadku, gdy warunki reakcji znacznie różnią się od optymalnych. Efektem jest zmiana (utrata) specyficzności enzymu Wysoka koncentracja glicerolu w mieszaninie reakcyjnej (>5% obj) Wysokie stężenie enzymu (pow. 100u) Niezoptymalizowany bufor (zasadowe ph; za wysokazawartość jonów) Przedłużony czas reakcji enzymatycznej Obecność związków organicznych takich jak: DMSO, etanol, glikol etylenowy Zastąpienie (lub zwiększona koncentracja) jonów magnezu innymi dwudodatnimi jonami Mn2+, Cu2+, Co2+ lub Zn2+ III. Część praktyczna - klonowanie fragmentu plazmidu pcb104 do wektora puc19 niosącego gen oporności na Ampicylinę (amp R ) oraz gen kodujący N-terminalną domenę β-galaktozydazy (lacz). UWAGA! Aby część praktyczna się powiodła i by nie dopuścić do zanieczyszczenia próbki całość pracy laboratoryjnej należy przeprowadzać pamiętając: - wszystkie czynności wykonywać w rękawiczkach (jeżeli rękawiczki w między czasie zostaną zabrudzone, należy je natychmiastowo zmienić na nowe) - używać buforów przeznaczonych wyłącznie do reakcji PCR - używać wyłącznie jałowych odczynników, tipsów i probówek Eppendorfa, pakowanych do jałowienia w rękawiczkach - nie chlapać roztworami DNA!!! - bardzo dokładnie pipetować

6 1. Przygotowanie mieszaniny reakcyjnej (do reakcji PCR) Matryca fragment plazmidu pcb104 unieaktywniający gen lacz, a z tym β-galaktozydazę Reakcja odbywa się w całkowitej objętości 25 μl. Przepis praktyczny na 1 reakcję (1 probówkę): UWAGA! Kolejność dodawania poszczególnych składników jest istotna! Probówka podczas dodawania poszczególnych składników powinna znajdować się w lodzie. Stock Objętość na 1 próbkę Stężenie końcowe Bufor (10x) 2,5 μl (1x) mieszanina dntp (10mM) 0,5 μl (200µM) primer Forvard (10µM) 0,25 μl (0,1µM) primer Revers (10µM) 0,25 μl (0,1µM) matrycowe DNA 1 μl polimeraza DNA (5U/µl) 0,1 μl woda destylowana dopełnić do 25 μl 2. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Program reakcji PCR: 1 denaturacja wstępna 95 o C, 5 min Cykl PCR: 2 denaturacja 95 o C, 30 sekund 3 przyłączenie primera x o C, 30 sekund 4 wydłużanie 72 o C, 30 sekund 6 końcowe wydłużanie 72 o C, 5 min 30 cykli BamHI 3. Trawienie restrykcyjne wektora PUC19 enzymem BamHI oraz PstI 5 --G GATCC CCTAG G 5 PstI 5'--CTGCA G--3' 3'--G ACGTC 5' Mieszanina reakcyjna o całkowitej objętości 20 μl (dla trawienia pojedynczym enzymem): 1 μl enzym (FastDigest) 2 μl bufor (10X FastDigest Green Buffer) 2 μl DNA plazmidowego 15 ul wody Delikatnie wymieszać, krótko zwirować. Trawienie w 37 o C przez 5 minut inaktywacja 5 min 80 o C

7 4. Analiza produktu amplifikacji 1. Przygotować agarozę 1% w buforze 0.5x TAE 2. Wylać żel w odpowiednim aparacie, poczekać do zastygnięcia agarozy 3. Do komór aparatu nalać bufor 0.5x TAE, tak aby pokrywał on powierzchnię żelu 4. Do studzienek żelu nanieść próbki DNA po 10 μl z każdej reakcji PCR zmieszane z buforem obciążającym w proporcji 5:1 5. Rozdział prowadzić przy stałym napięciu 5V/cm długości żelu 6. Żel barwić w roztworze bromku etydyny i oglądać w świetle ultrafioletowym. Zagadnienia do samodzielnego opracowania: 1. Budowa kwasów nukleinowych. 2. Typy PCR. 3. Zastosowanie technik PCR. 4. Enzymy restrykcyjne (klasy, nazewnictwo, zastosowanie). Literatura: 1. Sęktas M. Zastosowanie inżynierii genetycznej w biotechnologii. Molekularne podstawy ekspresji genów 2. P.C.Turner, A.G. McLennan i inni Biologia molekularna krótkie wykłady 3. Ryszard Słomski (red.) Przykłady analiz DNA 4. Human Molecular Genetics

Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi

Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia

Bardziej szczegółowo

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV

ENZYMY RESTRYKCYJNE ENZYMY RESTRYKCYJNE CZYM RÓŻNIĄ SIĘ POSZCZEGÓLNE ENZYMY? nazewnictwo: EcoRV ENZYMY RESTRYKCYJNE Enzymy z klasy endonukleaz (hydrolaz), wykazujące powinowactwo do specyficznych fragmentów dwuniciowych cząsteczek DNA i hydrolizujące wiązania fosfodiestrowe w obu niciach Naturalnie

Bardziej szczegółowo

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Biologia Molekularna z Biotechnologią =============================================================================================== Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia

Bardziej szczegółowo

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis) Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy

Najważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach badawczych pozwalających na ingerencję w materiał genetyczny organizmów w celu wyizolowania i charakterystyki określonych

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw

Bardziej szczegółowo

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP 2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych

Bardziej szczegółowo

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus

Bardziej szczegółowo

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego

Bardziej szczegółowo

Ligazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej:

Ligazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej: Ligazy Katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi grupami 3 OH i 5 PO 4 w kwasach nukleinowych DNA lub RNA. W reakcji tworzą się wysokoenergetyczne pośredniki z udziałem NAD + lub ATP

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11 PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

W związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ.

W związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ. Poznań, dnia 06.06.2016 EZ/350/30/2016/928 Wg rozdzielnika: do wszystkich zainteresowanych i uczestników postępowania o zamówienie publiczne. dotyczy: przetargu nieograniczonego nr EZ/350/30/2016 Zakup

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Babesia canis

Ampli-LAMP Babesia canis Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki

Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Endonukleazy restrykcyjne molekularne nożyczki Inżynieria genetyczna nauka o technikach (narzędziach) biologii molekularnej pozwalających na świadomą i zamierzoną ingerencję w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,

Bardziej szczegółowo

Podstawy inżynierii genetycznej

Podstawy inżynierii genetycznej Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych

Bardziej szczegółowo

Sylabus Biologia molekularna

Sylabus Biologia molekularna Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Przeglądanie bibliotek

Przeglądanie bibliotek Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii

Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej

Bardziej szczegółowo

Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne

Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne Metody inżynierii genetycznej A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów /semestr

Bardziej szczegółowo

ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18

ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18 ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18 A. Rybotypowanie bakterii w osadzie czynnym techniką ARDRA (ang. Amplified rdna Restriction Analysis) Informacje dotyczące analizowanych prób:

Bardziej szczegółowo

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów

Bardziej szczegółowo

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

Biologia molekularna

Biologia molekularna Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne i niestacjonarne

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA

WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA WETERYNARIA Ćwiczenia laboratoryjne X DNA i RNA (1) Rozdział RNA oraz fragmentów DNA metodą elektroforezy w żelu agarozowym, określenie wielkości fragmentów DNA (produktów PCR) na podstawie porównania

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Goose Parvovirus

Ampli-LAMP Goose Parvovirus Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego parwowirusa GPV u gęsi techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-GPV-200 AML-GPV-400 Wydanie

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii Borrelia burgdorferi, Anaplasma, Ehrlichia oraz pierwotniaków rodzaju Babesia (B. canis, B. gibsoni,

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski Znaczenie genetyki Opracował A. Podgórski InŜynieria genetyczna InŜynieria genetyczna ingerencja w materiał genetyczny organizmów, w celu zmiany ich właściwości dziedzicznych. Istota inŝynierii genetycznej

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna

Inżynieria genetyczna Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

AmpliTest TBEV (Real Time PCR) AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA

Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych jak oporność na leki, syntezę substancji

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna Ćwiczenie 3

Inżynieria genetyczna Ćwiczenie 3 Inżynieria genetyczna Ćwiczenie 3 Metoda PCR została opracowana w 1987 r. przez grupę Naukowców z Cetus Corporation w USA. Firma Roche odkupiła od Cetus Corp. prawa do PCR za 300 mln $ Autor K. Mullis

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)

Bardziej szczegółowo

Autor: dr Mirosława Staniaszek

Autor: dr Mirosława Staniaszek Zakład Hodowli Roślin Ogrodniczych Pracownia Genetyki i Hodowli Roślin Warzywnych Fot. J. Sobolewski Procedura identyfikacji genu Frl warunkującego odporność pomidora na Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici

Bardziej szczegółowo

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, Warszawa. Zakład Biologii Molekularnej

Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, Warszawa. Zakład Biologii Molekularnej Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa 1 Ćwiczenie 1 Izolacja oraz

Bardziej szczegółowo

Wykład 14 Biosynteza białek

Wykład 14 Biosynteza białek BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502

Bardziej szczegółowo

Metody analizy DNA. molekularnych (np. hybrydyzacja, ligacja czy PCR) zostały zaadaptowane na potrzeby analizy aberracji chromosomowych.

Metody analizy DNA. molekularnych (np. hybrydyzacja, ligacja czy PCR) zostały zaadaptowane na potrzeby analizy aberracji chromosomowych. d i a g n o s t y k a l a b o r a t o r y j n a laboratorium 11-12/2013 Metody analizy DNA laboratorium genetyczne cz. I Streszczenie W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim

Bardziej szczegółowo

Endonukleazy restrykcyjne i metody molekularne w diagnostyce

Endonukleazy restrykcyjne i metody molekularne w diagnostyce ROZDZIAŁ 5 Endonukleazy restrykcyjne i metody molekularne w diagnostyce Tomasz Francuz Agnieszka Kłych Amplifikacja materiału genetycznego metodą PCR jest zaledwie jednym z pierwszych etapów analizy DNA.

Bardziej szczegółowo