Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)"

Transkrypt

1 Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================ Ćwiczenia 6 i 7 Analiza liczby kopii plazmidu z wykorzystaniem ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy Prowadzący: dr Lidia Boss UWAGA: Po zakończeniu ćwiczeń nr 6 i nr 7 proszę o przygotowanie jednego sprawozdania. W trakcie ćwiczeń numer 6 i 7 odbędą się dwa kolokwia (po jednym na każdym ćwiczeniu). Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy (ang. quantitative polymerase chain reaction qpcr) jest techniką, która umożliwia określenie ilości matrycowego DNA w badanej próbce. Skład mieszaniny reakcyjnej w przypadku qpcr jest zbliżony do standardowej reakcji PCR (tabela 1). Główną różnicę pomiędzy tymi technikami stanowi zastosowanie znaczników fluorescencyjnych, które umożliwiają obserwację przyrostu produktu reakcji w czasie rzeczywistym. Rodzaj stosowanych w reakcji qpcr znaczników fluorescencyjnych może różnić się w zależności od celu eksperymentu. W ramach niniejszych zajęć omówimy szczegółowo technikę qpcr z zastosowaniem barwnika fluorescencyjnego SYBR Green II. Informacje na temat innych znaczników fluorescencyjnych można znaleźć w materiałach wymienionych w spisie literatury. Tabela 1. Porównanie składu mieszaniny reakcyjnej stosowanej do reakcji PCR i qpcr. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR) Ilościowa łańcuchowa reakcja polimerazy (qpcr) Woda Woda bufor dostosowany do rodzaju polimerazy bufor dostosowany do rodzaju polimerazy jony magnezu jony magnezu mieszanina deoksynukleotydów (datp, dctp, dgtp, dttp) mieszanina deoksynukleotydów (datp, dctp, dgtp, dttp) termostabilna polimeraza termostabilna polimeraza Startery Startery matrycowy DNA matrycowy DNA znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II) 1. Technika qpcr z zastosowaniem barwnika SYBR Green II. Cykl reakcji w technice qpcr składa się z trzech etapów: 1) Denaturacja DNA; etap ten polega na zerwaniu pod wpływem temperatury (95 C) wiązań wodorowych matrycowej helisy DNA i rozdzieleniu jej na dwie nici. 2) Hybrydyzacja starterów i poszczególnych nici DNA; w temperaturze 50 C komplementarne do sekwencji DNA startery przyłączają się do matrycowej nici DNA. 3) Wydłużanie starterów (elongacja); w temperaturze 60 C polimeraza DNA wydłuża startery przyłączone do matrycowej nici DNA. Powyższe etapy składają się na jeden cykl reakcji qpcr, który powtarzany jest zwykle 45 razy. W wyniku każdego cyklu z jednej cząsteczki matrycowego DNA powstają dwie cząsteczki potomne (ryc. 1). Rycina 1. Schemat przedstawiający proces amplifikacji DNA w przebiegu reakcji PCR. https://commons.wikimedia.org/wiki/file:pcr_basic_principle1.jpg

2 Obecny w mieszaninie reakcyjnej, barwnik SYBR Green II ma zdolność wiązania się z dwuniciowym DNA (ryc. 2). SYBR Green II w roztworze (niezwiązany z DNA) charakteryzuje się stosunkowo niskim poziomem fluorescencji, natomiast po związaniu z DNA, poziom fluorescencji wzrasta nawet 1000-krotnie. Termocykler wykorzystywany do amplifikacji DNA metodą qpcr wyposażony jest w detektor, który wykonuje pomiar fluorescencji na etapie wydłużania starterów w każdym cyklu. Ilość barwnika związanego z DNA rośnie wraz z przyrostem produktów reakcji (DNA), zatem poziom fluorescencji jest wprost proporcjonalny do ilości DNA w próbce w danym momencie. 1. Denaturacja 2. Hybrydyzacja 3. Elongacja Rycina 2. Detekcja DNA z wykorzystaniem barwnika SYBR Green II. Barwnik wiąże się z dwuniciowym DNA, powstającym w przebiegu reakcji qpcr. Związanie SYBR Green II z DNA powoduje wzrost poziomu fluorescencji proporcjonalny do ilości DNA w próbce w danym momencie. Ostatnim etapem reakcji qpcr z wykorzystaniem znacznika SYBR Green II jest określenie temperatury topnienia (ang. melting temperature Tm) produktów reakcji qpcr. Etap ten ma miejsce po zakończeniu amplifikacji DNA, czyli po przeprowadzeniu ostatniego, czterdziestego piątego, cyklu PCR. Wartość Tm DNA zależy od ilości poszczególnych deoksyrybonukleotydów tworzących DNA (im więcej par G:C, tym wyższa temperatura topnienia DNA) oraz od długości cząsteczki DNA (im dłuższa helisa DNA, tym wyższa temperatura topnienia). Określenie wartości Tm DNA powstałego w wyniku reakcji qpcr pozwala na oszacowanie, czy w mieszaninie obecne są cząsteczki DNA o tej samej długości i kompozycji nukleotydowej, czy też w wyniku reakcji powstały produkty niejednorodne cząsteczki DNA różniące się składem i długością. W tym celu mieszanina reakcyjna zostaje schłodzona do 4 C, a następnie jest stopniowo ogrzewana aż do temperatury 95 C (ryc.3). Wyniki pomiaru fluorescencji prowadzonego podczas stopniowego ogrzewania mieszaniny umożliwiają wykonanie tzw. krzywej topnienia (krzywej dysocjacji) oraz określenie temperatury, w której dochodzi do denaturacji (topnienia) DNA (ryc. 4). Dla jednorodnych pod względem długości i składu cząsteczek DNA wymienione parametry będą takie same. Temperatura Cykl 1 Cykl 2 Badanie Tm produktów reakcji Etapy amplifikacji DNA 95 C Etap 1: Denaturacja 60 C Etap 3: Wydłużanie 50 C Etap 2: Hybrydyzacja 4 C

3 Rycina 3. Schemat przedstawiający zmiany temperatury w przebiegu reakcji qpcr oraz odpowiadające im etapy reakcji. Reakcję qpcr, podobnie jak standardową technikę PCR, można podzielić na 3 etapy: 1. Denaturację DNA. 2. Hybrydyzację starterów i poszczególnych nici DNA 3. Wydłużanie starterów Powyższe etapy składają się na jeden cykl reakcji qpcr, który powtarzany jest zwykle 45 razy. W wyniku każdego cyklu z jednej cząsteczki matrycowego DNA powstają dwie cząsteczki potomne. Barwnik SYBR Green II wiąże się z dwuniciowym DNA, co powoduje wzrost poziomu fluorescencji próbki. Kolorem zielonym oznaczono momenty, w których wykonywany jest pomiar poziomu fluorescencji. Zielona linia oznacza pomiar poziomu fluorescencji podczas stopniowego ogrzewania mieszaniny reakcyjnej, w celu określenia temperatury topnienia (Tm) produktów reakcji. Rycina 4. Krzywa dysocjacji produktów reakcji qpcr. 2. Interpretacja wyników reakcji qpcr z wykorzystaniem SYBR Green II. Wynikiem reakcji qpcr z wykorzystaniem barwnika SYBR Green II jest wykres obrazujący zmiany poziomu fluorescencji w zależności od czasu (numeru cyklu) (ryc. 5). Podstawową informacją, którą można uzyskać na podstawie takiego wykresu jest numer cyklu progowego (ang. treshold cycle Ct). Cykl progowy, to ten cykl reakcji qpcr, w którym dochodzi do akumulacji DNA w ilości wystarczającej, aby poziom fluorescencji barwnika przekroczył poziom podstawowy ( poziom tła ). Moment ten zostanie uzyskany szybciej w próbkach, które zawierają więcej matrycowego DNA, niż w próbkach, które zawierają matrycowego DNA mniej, zatem numer cyklu progowego jest odwrotnie proporcjonalny do ilości DNA w próbce. Zależność ta umożliwia oszacowanie początkowej ilości matrycowego DNA w badanej próbce na podstawie tzw. krzywej wzorcowej. W celu przygotowania krzywej wzorcowej należy wykonać szereg reakcji qpcr z wykorzystaniem znanych ilości matrycowego DNA, następnie określić wartość Ct dla poszczególnych próbek o znanej ilości matrycowego DNA. Na podstawie uzyskanych wyników zostaje wykreślona krzywa wzorcowa, czyli wykres zależności numeru cyklu progowego od ilości DNA w próbce (ryc. 6). Nachylenie wykresu (ang. slope) umożliwia określenie wydajności reakcji i powinno mieścić się w zakresie między -3.2 a -3.6.

4 Poziom fluorescencji Podstawowy poziom fluorescencji (barwnik niezwiązany z DNA) Poziom fluorescencji przekraczający poziom podstawowy (ang. threshold) Minimalny poziom fluorescencji wykrywany przez detektor Numer cyklu Rycina 5. Wykres zmian poziomu fluorescencji w zależności od numeru cyklu reakcji. Rycina 6. Krzywa standardowa dla reakcji qpcr z wykorzystaniem barwnika SYBR Green II. Na osi Y zaznaczono numery cykli reakcji qpcr, natomiast na osi X umieszczono wartości określające ilość matrycowego DNA (np. liczbę kopii plazmidu lub masę DNA wyrażoną w nanogramach). Poszczególne punkty widoczne na wykresie oznaczają wynik reakcji dla próbek zawierających znaną ilość matrycowego DNA, czyli numer cyklu progowego dla prób zawierających np. 1, 10, 100 i 1000 kopii plazmidu. Można zauważyć, że numer cyklu progowego wzrasta wraz ze spadkiem ilości matrycowego DNA w próbce. Na podstawie nachylenie wykreślonej krzywej (ang. slope) oszacowano wydajność (ang. efficiency) przeprowadzonej reakcji qpcr. 3. Zastosowanie qpcr w diagnostyce. Technika qpcr jest coraz częściej stosowaną metodą diagnostyczną. Metodę tę stosuje się w diagnostyce medycznej m.in. w celu wykrycia i identyfikacji lekoopornych mutantów patogennych bakterii (np. wankomycynoopornych szczepów Enterococcus faecium VRE) w próbkach moczu, krwi itp., co ułatwia szybkie zastosowanie odpowiedniej antybiotykoterapii. Technika ta umożliwia także określenie tzw. polimorfizmu SNP, co jest pomocne przy diagnostyce chorób genetycznych. Ilościowa łańcuchowa reakcja polimerazy umożliwia również oszacowanie ilości patogenów w badanej próbce. Możliwość ta wykorzystywana jest np. w diagnostyce prowadzonej u nosicieli HIV. Określenie metodą qpcr ilości cząstek cytomegalowirusa we krwi tych osób pozwala na oszacowanie ryzyka zachorowania u pacjentów o obniżonej odporności oraz monitorowanie skuteczności zastosowanej terapii antywirusowej. Przykładem zastosowania techniki qpcr w diagnostyce środowiskowej może być detekcja i określanie ilości bakterii indykatorowych w próbkach wody morskiej, w celu określenia klasy czystości wody. Metoda ta znajduje również zastosowanie w badaniach próbek żywności i wody pitnej w celu wykrycia patogennych bakterii (np. E. coli O157:H7). W porównaniu ze standardową metodą PCR, ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy jest metodą znacznie szybszą (wynik uzyskiwany jest po około 1 godzinie), stąd można się również spotkać z określeniem tej metody jako rapid PCR. Zarówno czułość detekcji badanego czynnika (np. patogennych bakterii), jak i specyficzność w stosunku do danego DNA w przypadku obu metod jest porównywalna. Ze względu na fakt, że w przypadku qpcr zarówno amplifikacja DNA, jak i jego detekcja prowadzone są w tej samej probówce, metoda ta jest obarczona niższym ryzykiem zanieczyszczenia próbek niż standardowa technika PCR.

5 4. Określenie relatywnej liczby kopii plazmidu z wykorzystaniem techniki qpcr Bakterie Escherichia coli niosące toksynę Shiga (Shiga toxin-producing Escherichia coli STEC) są przyczyną zakażeń, które mogą prowadzić do krwawej biegunki oraz poważnych powikłań, takich jak zespół hemolityczno-mocznicowy. Według raportu Centrum Zapobiegania i Kontroli Chorób CDC, szczepy STEC tylko w USA powodują około zachorowań rocznie, z czego około 90 kończy się śmiercią pacjenta. Geny kodujące toksynę Shiga w szczepach STEC znajdują się w DNA lizogenizującego faga, wbudowanym w chromosom bakteryjny. Indukcja profaga i rozpoczęcie cyklu litycznego jest bezpośrednio związana z syntezą i uwolnieniem toksyny Shiga. Poważnym problemem w terapii tego typu zakażeń jest fakt, że niektóre antybiotyki stosowane w terapii zakażeń bakteryjnych powodują indukcję profaga, a tym samym zaostrzenie objawów choroby. W związku z tym niezwykle istotnym etapem w leczeniu zakażeń szczepami STEC jest szybka diagnostyka, w celu zastosowania odpowiedniej strategii leczenia. Metoda qpcr jest jedną z metod diagnostycznych zalecanych przez CDC w przypadkach, w których podejrzewa się zakażenie szczepami STEC. Umożliwia ona szybkie (wynik otrzymujemy po około godzinie) określenie czy dany przypadek infekcji jest spowodowany przez szczep Escherichia coli, niosący geny toksyny Shiga. Celem niniejszych zajęć będzie określenie względnej liczby kopii plazmidów zawierających fragment genomu faga kodującego toksyny Shiga w odniesieniu do liczby komórek bakteryjnych obecnych w badanej próbce. Ze względów bezpieczeństwa, hodowle bakterii wykorzystane w czasie ćwiczeń zawierają mikroorganizmy pozbawione genów kodujących toksyny. Należy przeprowadzić następujące kroki: 1. Oszacowanie liczby komórek bakteryjnych w badanej próbce hodowli na podstawie odczytu absorbancji przy długości fali 600 nm: - Wykonujemy pomiar absorbancji hodowli bakteryjnej przy długości fali 600 nm - Na podstawie uzyskanego wyniku określamy ilość komórek bakteryjnych w 1ml hodowli zakładając, że 1ml hodowli o gęstości optycznej OD 600 =0,1 zawiera 10 8 komórek bakteryjnych 2. Przygotowanie matrycy do reakcji qpcr: - 1 ml hodowli bakteryjnej inkubujemy przez 5 minut w temperaturze 95 C - Przygotowujemy seryjne rozcieńczenia hodowli bakteryjnej poprzez dodanie 10 µl zawiesiny bakterii do 90 µl wody 3. Przygotowanie krzywej wzorcowej z wykorzystaniem próbek zawierających znaną ilość plazmidowego DNA (przygotowuje osoba prowadząca zajęcia). 4. Przygotowanie mieszaniny do reakcji qpcr: 5. Literatura: Mieszanina na 5 reakcji : - Woda - 7,5 µl - 2 x SYBR - 25 µl - Starter I - 2,5 µl - Starter II - 2,5 µl 37.5 µl, mieszaninę rozdzielić po 7,5 µl do odpowiednich studzienek na płytce 96-cio dołkowej Do każdej studzienki nałożyć 2,5 µl rozcieńczonej próbki ( ) 5. Analiza uzyskanych wyników oraz elektroforeza agarozowa produktów reakcji. 1. Introduction to quatitative PCR. Methods and Applications Guide. (Agilent Technologies) https://www.agilent.com/cs/library/brochures/brochure_guide%20to%20qpcr_in70200c.pdf 2. Brzozowska E., Bazan J., Gamian A. (2010) Funkcje białek bakteriofagowych. Postepy Hig Med Dosw 65: Węgrzyn G., Węgrzyn A. (2006) Replikacja DNA bakteriofaga λ nowe odkrycia dokonane przy użyciu starego modelu badawczego. Postępy Biochemii 52: Zagadnienia do samodzielnego przygotowania: 1. Charakterystyka bakteriofagów (fagi łagodne i zjadliwe) na przykładzie bakteriofagów: λ, M13, P1, T4. 2. Cykle rozwojowe bakteriofagów (cykl lityczny, lizogenia, pseudolizogenia, infekcja przewlekła, etapy rozwoju bakteriofagów, inhibicja lizy). 3. Wyjaśnić pojęcia: profag, adsorpcja, latencja, eklipsa, liza od zewnątrz. 4. Replikacja DNA faga λ (etapy replikacji DNA, etapy inicjacji replikacji DNA, rola białek fagowych i białek gospodarza, białko inicjatorowe, helikaza, białka opiekuńcze, replikacja według modelu sigma, replikacja według modelu theta). Zadania: 1. Seryjne rozcieńczenie roztworu DNA plazmidowego: W probówce nr 1 znajduje się 100 µl roztworu plazmidowego DNA o stężeniu 200 ng/µl. 10 µl roztworu plazmidowego DNA z probówki nr 1, przeniesiono do probówki nr 2 zawierającej 90 µl wody. Jakie będzie stężenie DNA w probówce nr 2? Procedurę

6 powtórzono w ten sam sposób dodając 10 µl roztworu z probówki nr 2 do probówki nr 3, z probówki nr 3 do probówki nr 4 itd. (rycina 7.) Jakie będzie stężenie DNA w pozostałych probówkach? Rycina 6. Seryjne rozcieńczanie roztworu DNA plazmidowego. 2. Wykreślenie krzywej standardowej: W celu wykonania krzywej standardowej przeprowadzono reakcję qpcr z wykorzystaniem 1000, 100, 10 i 1 kopii plazmidowego DNA. Uzyskano następujące wyniki: Nr próbki Liczba kopii plazmidu użytego jako matryca do reakcji qpcr Wynik reakcji (numer cyklu progowego dla danej próbki) Na podstawie danych z tabeli wykreśl krzywą standardową:

7 Ct liczba kopii plazmidu 3. Określenie liczby kopii plazmidu w badanej próbce na podstawie krzywej standardowej. Przeprowadzono analizę liczby kopii plazmidu w próbce hodowli A z wykorzystaniem techniki qpcr. Hodowlę A rozcieńczono 1000 razy, a następnie do reakcji qpcr wykorzystano 2,5 µl rozcieńczonej hodowli. Poziom fluorescencji podczas reakcji qpcr przekroczył poziom progowy w 18 cyklu reakcji (Ct A =18). Na podstawie krzywej standardowej (ryc. 7) oszacuj liczbę kopii plazmidu w nie rozcieńczonej próbce A. Pamiętaj, że badana próbka była 1000 razy rozcieńczona. Ct liczba kopii plazmidu Rycina 7. Przykładowa krzywa standardowa. 4. Określenie relatywnej liczby kopii plazmidu w odniesieniu do liczby komórek bakteryjnych w badanej hodowli. Na podstawie wyniku poprzedniego zadania oszacuj przybliżona liczbę kopii plazmidu w przeliczeniu na 1 komórkę bakteryjną, wiedząc, że hodowla A miała gęstość optyczną OD 600 ~0,2. (Przyjmij, że w 1ml hodowli bakteryjnej o OD 600 ~0,1 znajduje się 10 8 komórek bakteryjnych )

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Biologia Molekularna z Biotechnologią =============================================================================================== Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Babesia canis

Ampli-LAMP Babesia canis Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400

Bardziej szczegółowo

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)

ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym

Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym Rynek aparatury laboratoryjnej pęka w szwach od ilości różnych aparatów przeznaczonych

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość

Bardziej szczegółowo

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis) Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest

Bardziej szczegółowo

Bożena Nejman-Faleńczyk

Bożena Nejman-Faleńczyk Kontrola replikacji fagów lambdoidalnych niosących geny toksyn Shiga w świetle potencjalnych nowych metod ich wykrywania i terapii zakażeń enterokrwotocznymi szczepami Escherichia coli Bożena Nejman-Faleńczyk

Bardziej szczegółowo

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP 2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych

Bardziej szczegółowo

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System Załącznik nr 1A do SIWZ. PARAMETRY TECHNICZNE PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Zadanie nr 1. TERMOSTAT CYRKULACYJNY Termostat cyrkulacyjny Z grzaniem i chłodzeniem Zakres temperatury roboczej 25 o C do + 200 o C

Bardziej szczegółowo

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii Borrelia burgdorferi, Anaplasma, Ehrlichia oraz pierwotniaków rodzaju Babesia (B. canis, B. gibsoni,

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Mechanizmy kontroli ekspresji genów w regulacji rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych

Mechanizmy kontroli ekspresji genów w regulacji rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych Mechanizmy kontroli ekspresji genów w regulacji rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych Sylwia Bloch Bakteriofagi lambdoidalne to grupa wirusów bakteryjnych, zaliczanych do rodziny Siphoviridae, których najlepiej

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi

Ćwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

Ilość TAK TAK TAK TAK TAK TAK

Ilość TAK TAK TAK TAK TAK TAK Postępowanie WB.2420.6.2013.NG ZAŁĄCZNIK NR 5 L.p. Nazwa asortymentu parametry techniczne Ilość Nazwa wyrobu, nazwa producenta, określenie marki, modelu, znaku towarowego Cena jednostkowa netto (zł) Wartość

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej

Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej Temat lekcji: Planowanie doświadczeń biologicznych jak prawidłowo zaplanować próbę kontrolną? Cele kształcenia IV etap edukacyjny: 1. Wymagania ogólne:

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Goose Parvovirus

Ampli-LAMP Goose Parvovirus Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego parwowirusa GPV u gęsi techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-GPV-200 AML-GPV-400 Wydanie

Bardziej szczegółowo

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji

Mieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią =================================================================

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)

Bardziej szczegółowo

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,

Bardziej szczegółowo

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny

Bardziej szczegółowo

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Walidacja metod wykrywania, identyfikacji i ilościowego oznaczania GMO. Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB

Walidacja metod wykrywania, identyfikacji i ilościowego oznaczania GMO. Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB Walidacja metod wykrywania, identyfikacji i ilościowego oznaczania GMO Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB Walidacja Walidacja jest potwierdzeniem przez zbadanie i przedstawienie

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW

ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW UNIWERSYTET MARII CURIE-SKŁODOWSKIEJ WYDZIAŁ BIOLOGII I BIOTECHNOLOGII ZAKŁAD BIOLOGII MOLEKULARNEJ ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW dla studentów I roku II 0 biotechnologii medycznej

Bardziej szczegółowo

HODOWLA PERIODYCZNA DROBNOUSTROJÓW

HODOWLA PERIODYCZNA DROBNOUSTROJÓW Cel ćwiczenia: Celem ćwiczenia jest porównanie zdolności rozkładu fenolu lub wybranej jego pochodnej przez szczepy Stenotrophomonas maltophilia KB2 i Pseudomonas sp. CF600 w trakcie prowadzenia hodowli

Bardziej szczegółowo

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY Ćwiczenie nr 2 KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY I. Kinetyka hydrolizy sacharozy reakcja chemiczna Zasada: Sacharoza w środowisku kwaśnym ulega hydrolizie z wytworzeniem -D-glukozy i -D-fruktozy. Jest to reakcja

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia 1 Zakład Mikrobiologii UJK Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia 2 Zakład Mikrobiologii UJK Zakres materiału

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11 PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej

Bardziej szczegółowo

Dr Anna Linkiewicz Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - PIB LAB-GMO Maj 2015

Dr Anna Linkiewicz Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - PIB LAB-GMO Maj 2015 Genetycznie modyfikowana żywność i pasze Streszczenie zajęć Blisko 50 różnych GMO jest dopuszczonych do stosowania w Unii Europejskiej jako żywność lub pasza. Podczas zajęć wyizolowane zostanie DNA z produktów

Bardziej szczegółowo

Wstęp. Jak programować w DNA? Idea oraz przykład. Problem FSAT charakterystyka i rozwiązanie za pomocą DNA. Jak w ogólności rozwiązywać problemy

Wstęp. Jak programować w DNA? Idea oraz przykład. Problem FSAT charakterystyka i rozwiązanie za pomocą DNA. Jak w ogólności rozwiązywać problemy Ariel Zakrzewski Wstęp. Jak programować w DNA? Idea oraz przykład. Problem FSAT charakterystyka i rozwiązanie za pomocą DNA. Jak w ogólności rozwiązywać problemy matematyczne z użyciem DNA? Gdzie są problemy?

Bardziej szczegółowo

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Agnieszka Gładysz Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Katedra i Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej Akademia Medyczna Prof.

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Podstawy mikrobiologii. Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej

Podstawy mikrobiologii. Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej Podstawy mikrobiologii Wykład 3 Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej Budowa wirusów Wirusy nie mają budowy komórkowej, zatem pod względem biologicznym nie są organizmami Ŝywymi! Są to twory nukleinowo

Bardziej szczegółowo

Molekularne mechanizmy kontroli rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych kodujących toksyny Shiga

Molekularne mechanizmy kontroli rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych kodujących toksyny Shiga Molekularne mechanizmy kontroli rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych kodujących toksyny Shiga Dariusz Nowicki Toksyny Shiga wytwarzane są przez bakterie naturalnie występujące w środowisku i należą do

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan Anna KOZIOROWSKA, Maria ROMEROWICZ-MISIELAK Uniwersytet Rzeszowski, Polska Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp:

Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp: Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów Wstęp: Wśród technik biologii molekularnej jedną z najczęściej stosowanych jest technika fluorescencyjna. Stosując technikę fluorescencyjną można

Bardziej szczegółowo

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów

Bardziej szczegółowo

Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym

Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym Termin realizacji 12 tygodni od daty podpisania (zawarcia) umowy. Koszty transportu, instalacji oraz instruktażu, trwającego

Bardziej szczegółowo

Metody wykrywania genetycznie zmodyfikowanych organizmów

Metody wykrywania genetycznie zmodyfikowanych organizmów Metody wykrywania genetycznie zmodyfikowanych organizmów Katarzyna Grelewska- Nowotko Laboratorium Kontroli GMO Zakład Biotechnologii i Cytogenetyki Roślin IHAR- PIB Rośliny genetycznie zmodyfikowane:

Bardziej szczegółowo

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które

Bardziej szczegółowo

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH

Bardziej szczegółowo

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN

Bardziej szczegółowo

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy

Bardziej szczegółowo

Sylabus Biologia molekularna

Sylabus Biologia molekularna Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne

Bardziej szczegółowo

Laboratorium Podstaw Biofizyki

Laboratorium Podstaw Biofizyki CEL ĆWICZENIA Celem ćwiczenia jest zbadanie procesu adsorpcji barwnika z roztworu oraz wyznaczenie równania izotermy Freundlicha. ZAKRES WYMAGANYCH WIADOMOŚCI I UMIEJĘTNOŚCI: widmo absorpcyjne, prawo Lamberta-Beera,

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek

Bardziej szczegółowo

Autor: dr Mirosława Staniaszek

Autor: dr Mirosława Staniaszek Zakład Hodowli Roślin Ogrodniczych Pracownia Genetyki i Hodowli Roślin Warzywnych Fot. J. Sobolewski Procedura identyfikacji genu Frl warunkującego odporność pomidora na Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici

Bardziej szczegółowo

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

AmpliTest TBEV (Real Time PCR) AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 208956 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 381219 (22) Data zgłoszenia: 05.12.2006 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01)

Bardziej szczegółowo

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA)

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA) Ćwiczenie nr 2 KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA) ĆWICZENIE PRAKTYCZNE I. Kinetyka hydrolizy sacharozy reakcja chemiczna Zasada: Sacharoza w środowisku kwaśnym ulega hydrolizie

Bardziej szczegółowo