Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o"

Transkrypt

1 ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła się w drugiej połowie lat 80-tych XX wieku, a jej twórcami są K. Mullis oraz M. Smith, którzy w 1993 roku otrzymali za to Nagrodę Nobla. W ciągu kilku lat metoda ta stała się podstawową techniką naukową. Technika PCR jest teraz jednym z najważniejszych narzędzi w biologii molekularnej. Bardzo ważnym zastosowaniem PCR w diagnostyce jest wykorzystywanie tej techniki do uzyskania zwiększonej ilości DNA przed jego dalszą analizą. Dzięki amplifikacji (powielaniu) wybranych fragmentów DNA i analizie otrzymanego produktu można w krótkim czasie precyzyjnie określić np. pozycję systematyczną oraz filogenetyczną badanego organizmu. Najprostszym zastosowaniem PCR w diagnostyce medycznej jest wykazanie obecności lub nieobecności specyficznego fragmentu DNA. Technika ta doprowadziła do przełomu w diagnostyce klinicznej m. in. ze względu na niewielką wymaganą objętość próbki materiału biologicznego i fakt, że nie wymaga zastosowania radioaktywnych izotopów. Zasada metody Technika łańcuchowej syntezy fragmentów DNA (PCR) pozwala na selektywną amplifikację wybranych regionów DNA w warunkach in vitro poprzez naśladowanie zjawiska replikacji DNA zachodzącego w żywej komórce. Wymaga ona jednoniciowej matrycy DNA, dwóch starterów (sekwencji oligonukleotydów komplementarnych do końców zdefiniowanej sekwencji matrycowego DNA), trifosforanów dezoksynukleozydów (trójfosforanów deoksynukleozydów) dntp oraz enzymu polimerazy DNA. Reakcje łańcuchowej polimerazy (syntezę nowej nici, komplementarnej do matrycy) przeprowadza się w termocyklerach. Zachodzi ona aż do wyczerpania się jednego ze składników reakcji albo przeprowadzenia zaprogramowanej liczby cykli. Syntezę wspomnianych starterów (ang. primer), można zamówić w wyspecjalizowanych firmach biotechnologicznych. Konstrukcja starterów Dwa startery muszą przyłączyć się do matrycy na obu końcach amplifikowanego fragmentu DNA, co oznacza, że aby przygotować odpowiednie startery, konieczna jest znajomość przynajmniej sekwencji flankujących. Samodzielne projektowanie starterów należy zatem rozpocząć od uzyskania z banku genów sekwencji wybranego fragmentu DNA. W wyborze sekwencji powinno się przestrzegać kilku zasad: - startey powinny być komplementarne do sekwencji genomu zlokalizowanych wewnątrz regionów wysoce konserwatywnych nie zawierających SNP i innych polimorfizmów, - starter powinien mieć od 18 do 28 nukleotydów, - stosunek zasad C+G do A+T powinien być jak najbliższy 50%, - odległość pomiędzy końcem startera F a początkiem startera R nie powinna przekraczać 500 nukleotydów, - należy upewnić się, czy nukleotydy starterów nie są do siebie komplementarne,

2 - nie powinny tworzyć struktur drugorzędowych, powinny być specyficzne dla pojedynczego locus w rodzinie genów jest to szczególnie istotne w przypadku badań genów CYP 450, które wykazują duży stopień homologii/podobieństwa sekwencji (jeśli uzyskane produkty PCR są niespecyficzne, wybrany fragment uzyskuję się dzięki zmodyfikowanej metodzie PCR, zwanej nested-pcr ). Zawartość par GC powinna stanowić 50-60% całej sekwencji, co ma związek m. in. z temperaturą topnienia T m (melting temperature). T m jest to temperatura, przy której 50% sparowanych zasad w dsdna ulega rozdzieleniu. Poszczególne pary starterów powinny wykazywać podobną T m, mieszczącą się w zakresie o C, co zapewnia powstawanie specyficznych produktów PCR. Startery przyłączają się do matrycy na obu końcach amplifikowanego regionu i dają początek syntezie nowego, komplementarnego polinukleotydu, tworzonego w kierunku 5-3 poprzez kopiowanie matrycowego DNA w odwrotnym kierunku (3-5 ). Startery przyłączają się do obu nici, każdy z nich do innej łącznie wyznaczają długość dwuniciowego fragmentu DNA, który będzie amplifikowany. Mieszaninę podgrzewa się do 90 o C w celu oddzielenia nowo powstałych nici od matrycowego DNA. W pierwszym i drugim cyklu reakcji PCR powstają niespecyficzne, długie łańcuchy DNA. W trzecim i następnych cyklach reakcja PCR tworzy łańcuchy specyficzne o długości zdeterminowanej przez startery, a ich ilość przyrasta w postępie geometrycznym. Warunki PCR i przebieg reakcji Do amplifikacji wybranego fragmentu DNA metodą PCR potrzebne są: - jednoniciowa matryca DNA, którą otrzymuje się poprzez denaturacje termiczną dwuniciowego DNA (dsdna), - startery (sekwencje oligonukleotydów komplementarnych do końców zdefiniowanej sekwencji DNA, odpowiadające za rozpoczęcie replikacji), - dntp (trifosforany dezoksynukleozydów), - polimeraza DNA wykorzystuje się wiele wersji tego enzymu; izoluje się go z bakterii termofilnych Thermus aquaticus, dzięki czemu jest on odporny na denaturację w wysokiej temperaturze. Polimerazę, wyizolowaną pierwotnie z Termus aquaticus nazywa się, od nazwy bakterii, polimerazą Taq. Uzyskanie jednoniciowej matrycy DNA, a następnie namnożenie wybranego fragmentu DNA obejmuje 3 etapy (rysunek): 1) denaturację, czyli rozdzielenie podwójnej nici DNA, 2) przyłączanie starterów do miejsca komplementarnego na matrycy DNA (tzw. annealing), 3) wydłużanie startera (elongacja) poprzez dołączanie dntp od końca 3 -OH przez polimerazę DNA. Ad.1 Denaturacja DNA: - wstępna, trwająca 2-5 min w temperaturze o C, mająca na celu oczyszczenie preparatu z resztek proteaz i pełną denaturację gebnomowego DNA,

3 - właściwa, trwająca zazwyczaj 30 s w temperaturze 93/94 o C; czas denaturacji dupleksu DNA zależy od rodzaju probówek i termocyklera oraz od długości amplifikowanych fragmentów (krótsze są denaturowane łatwiej). Ad.2 Przyłączanie starterów do miejsca komplementarnego do matrycy DNA w temp o C przez sekund. Zbyt wysoka temperatura uniemożliwia przyłączanie starterów, zbyt niska powoduje przyłączanie niespecyficzne (startery hybrydyzują z wieloma miejscami w genomie o tylko częściowej komplementarności). Temperatura hybrydyzacji jest najważniejszym czynnikiem wpływającym na swoistość reakcji PCR i zależy głownie od budowy starterów - im więcej par GC w stosunku do par AT, tym temperatura jest wyższa. Innymi czynnikami wpływającymi na temp. przyłączania się starterów to ich długość, skład buforu reakcyjnego (stężenie matrycy i starterów). W praktyce laboratoryjnej najlepiej jest ustalać temperaturę hybrydyzacji doświadczalnie przy użyciu termocyklera z gradientowym blokiem grzewczym. Ad.3 Wydłużanie starterów (elongacja) proces ten katalizowany jest przez polimerazę DNA i przeprowadza się go w temperaturze 72 o C przez sekund (zależy od długości amplifikowanych fragmentów). Wydajność syntezy rośnie wraz ze wzrostem temperatury, aż do optimum w o C. Optymalna temperatura syntezy produktu zależy od pochodzenia termostabilnej polimerazy. Wszystkie 3 etapy zachodzą cyklicznie przez zaprogramowaną ilość minut, tworząc cykl reakcji. Obejmuje on najczęściej 35 cykli (maksymalnie 40). Ich produktem jest zwiększona ilość cząsteczek DNA, wystarczająca do przeprowadzenia analiz.

4 Wydłużanie końcowe zwykle po ostatnim cyklu reakcji PCR przeprowadza się przez 5-15 minut inkubację w 72 o C w celu dokończenia niekompletnych syntez i pełnej hybrydyzacji jednoniciowych komplementarnych produktów. Po zakończeniu reakcji PCR próbki mogą być przechowywane w temperaturze 4 o C, aż do czasu użycia ich do dalszej analizy. Skład mieszaniny reakcyjnej - polimeraza DNA wydajność syntezy DNA przez polimerazę zależy od jej stężenia, a ponadto od: temperatury, stężenia jonów Mg 2+, struktury drugorzędowej matrycy i stężenia dntp; szybkość syntezy zależy od temperatury reakcji i czasy półtrwania enzymu w danej temperaturze (zwiększając temperaturę, zmniejsza się czas półtrwania enzymu); dla większości reakcji optymalna ilość polimerazy Taq wynosi 0,5-2,5 jednostki w próbce o objętości 50µl na około 40 cykli; zbyt duże stężenie polimerazy może obniżyć specyficzność reakcji; Ze względu na wrażliwość enzymu na zamrażanie i odmrażanie zaleca się przechowywanie polimerazy w temperaturze -20 o C oraz jej wyjmowanie tylko na czas odpipetowania enzymu. - bufor reakcyjny zapewnia odpowiednie warunki dla działania polimerazy; w jego skład wchodzą: Tris-HCl (o stężeniu mm), KCl (o stężeniu ok 50 mm), żelatyna (0,01%), MgCl 2 (o stężeniu 0,5-5 mm czasami bufor nie zawiera MgCl 2, w takich przypadkach jest on dostarczany osobno w zestawie wraz z buforem oraz polimerazą). Jony Mg 2+ wiązane są przez startery, matrycę, polimerazę i dntp i wpływają na aktywność enzymu; dokładność reakcji PCR jest proporcjonalna do stężenia wolnych jonów magnezu, a ich stężenie zależy od dntp, PPi (difosforany) i EDTA. - trifosforany dezoksynukleozydów (dntp) stężenie każdego z tych związków (datp, dctp, dgtp, dttp) powinno wynosić w reakcji µm (stężenie wyjściowe wynosi 5-10 mm); wymagane jest stosowanie jednakowych stężeń wszystkich nukleotydów; optymalne stężenie dntp zależy od długości amplifikowanego produktu oraz od stężeń jonów Mg 2+ i startera; optimum ph dla dntp wynosi 7,0; przechowuje je się w temperaturze -20 o C. - startery komplementarne do amplifikowanej sekwencji, pojednyczoniciowe, o długości nukleotydów; zapewniają specyficzność reakcji PCR; optymalne stężenie wynosi 0,1-1,0 µm (0,1-1,0 pmol/µl) Przygotowanie reakcji PCR obliczenia Do dobrania odpowiedniej ilości składników do reakcji PCR można wykorzystać wzór: gdzie: C 1 V 1 =C 2 V 2 C 1 stężenie (procentowe, molowe) roztworu wyjściowego, V 1 objętość roztworu wyjściowego, C 2 stężenie (procentowe, molowe) roztworu docelowego, V 2 objętość roztworu docelowego.

5 Przykład: Przygotowanie dntp roztwór wyjściowy: 5 mmol [C 1 ] roztwór docelowy: 200 µmol [C 2 ] objętość docelowa (cała objętość próby): 15 µl [V 2 ] objętość wyjściowa (ile mamy pobrać roztworu, aby uzyskać 200 µmol w objętości 15 µl): X µl [V 1 ] 1 mmol = 1000 µmol, więc -> 5 mmol = 5000 µmol C 1 V 1 =C 2 V µmol X = 200 µmol 15 µl X = 0,6 µl PCR - zapobieganie kontaminacjom (zanieczyszczeniom): - poszczególne etapy analizy: a) przygotowanie próbek DNA, b) przygotowanie mieszaniny reakcyjnej oraz przebieg reakcji PCR, c) analizy produktów reakcji powinny być wykonywane w oddzielnych pomieszczeniach - do każdego etapu reakcji powinno się zakładać nowe rękawiczki - roztwory wykorzystywane do mieszaniny powinny być podzielone na małe porcje i przechowywane w wyznaczonych do tego rejonach zamrażarki - blaty laboratoryjne powinny być utrzymane w czystości oraz okresowo przecierane środkami utleniającymi oraz naświetlane lampami UV (alkohol ma właściwości dezynfekcyjne ale nie niszczy DNA) II. PCR-RFLP Nowe allele pojawiają się w populacji w wyniku rekombinacji i mutacji w komórkach rozrodczych poszczególnych organizmów. Skutkuje to polimorfizmem wielu genów i występowania w puli genowej populacji co najmniej dwóch alleli, każdego z określoną częstością. Występująca w DNA naturalna zmienność nukleotydów nie musi prowadzić do zmian fenotypowych, może być natomiast wykorzystywana jako charakterystyczny marker dla danego DNA. Szacuje się, że ten typ zmienności, czyli tzw. polimorfizm DNA, występuje średnio raz na 100 nukleotydów. W populacji może występować kilka alleli określonego markera. W wykrywaniu zmian polimorficznych DNA najczęściej wykorzystuje się enzymy restrykcyjne. Po rozdziale elektroforetycznym DNA poddanego uprzednio działaniu określonych enzymów restrykcyjnych zmiany te obserwowane są jako charakterystyczny wzór tzw. fragmentów restrykcyjnych, czyli odcinków DNA o różnej długości. Ten typ analizy określany jest jako polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych DNA lub RFLP (restriction fragment length polymorphism). Ponieważ poszczególne typy restryktaz tną cząsteczki DNA w określonych sekwencjach, to trawienie tej samej cząsteczki

6 przez ten sam typ restryktaz powinno zawsze dawać ten sam zestaw fragmentów, czyli ten sam wzór restrykcyjny. Uzyskany obraz prążków w żelu po elektroforezie można użyć do identyfikacji poszczególnych osobników. Osobnicze różnice w długości powstających fragmentów restrykcyjnych są wynikiem indywidualnych różnic w liczbie i lokalizacji miejsc przecinanych przez poszczególne enzymy restrykcyjne. Różnice te są wynikiem polimorfizmu DNA i dziedziczą się zgodnie z prawami Mendla. Badanie RFLP znalazło zastosowanie w medycynie sądowej w ustalaniu ojcostwa oraz identyfikacji sprawców przestępstwa. Metodę tę wykorzystuje się również do identyfikacji czynników chorobotwórczych oraz śledzenia sposobu dziedziczenia określonego genu w rodzinie. Na powyższym schemacie cząsteczka DNA po prawej stronie ma polimorficzne miejsce restrykcyjne (oznaczone x), nieobecne w cząsteczce po lewej stronie. W przykładzie tym RFLP ujawnia się po cięciu cząsteczki z prawej strony enzymem restrykcyjnym na cztery fragmenty (restryktaza znalazła 3 miejsca restrykcji). Ta sama restryktaza w cząsteczce z lewej strony znalazła tylko 2 miejsca restrykcji, dlatego ta cząsteczka została rozcięta na 3 fragmenty. Enzymy restrykcyjne Aby móc manipulować cząsteczkami DNA, trzeba przede wszystkim dysponować możliwością ich przecinania. Jest to niezbędne, by np. wyodrębnić interesujący nas odcinek DNA lub podzielić genom danego organizmu. Można tę czynność wykonać za pomocą ultradźwięków, ale jeżeli chcemy przeciąć DNA w ściśle określonym miejscu, stosujemy enzymy restrykcyjne, rozpoznające i przecinające dwuniciowy DNA w obrębie określonej sekwencji nukleotydów. Dzięki enzymom restrykcyjnym można uzyskać powtarzalne fragmenty DNA, potrzebne m.in. do sporządzania map chromosomowych, porównywania DNA różnych osobników, klonowania określonych genów, konstruowania wektorów. W nazwie enzymów restrykcyjnych podaje się pierwszą literę nazwy rodzajowej gatunku bakterii, z której po raz pierwszy wyizolowano enzym, dwie pierwsze litery nazwy gatunkowej, ewentualnie skrót od nazwy serotypu bakterii i kolejny numer enzymu otrzymanego z danego gatunku bakterii (np. HindIII trzeci enzym otrzymany z Haemophilus influenzae, serotyp d). Ważniejsze od numeru i gatunku bakterii jest to, jaką sekwencję i w jakim miejscu dany enzym przecina. Zdarza się, że kilka różnych restryktaz

7 przecina tę samą sekwencję. Zdarza się także, że rozpoznając tę samą sekwencję, różne enzymy przecinają ją w różnych miejscach. Odcinek DNA rozpoznawany przez restryktazy może być rożnej długości, od 4 nukleotydów (AluI, 5 AG CT3 ) do nukleotydów (AloI, 5 N 7 GAACN 6 TCCN ). Znane są 3 zasadnicze klasy enzymów restrykcyjnych: - klasa I: wymagają ATP, Mg 2+ i adenozyloaminy; przecinają DNA nieswoiście, w miejscach odległych od tej sekwencji; w wyniku trawienia otrzymuje się zbiór heterogennych fragmentów DNA; - klasa II: wymagają jedynie Mg 2+ ; rozpoznają ściśle określone sekwencje dsdna i przecinają cząsteczkę w obrębie tych sekwencji; większość restryktaz z tej klasy przecina obie nici w dwóch różnych miejscach, położonych symetrycznie względem osi symetrii sekwencji, tworząc tzw. końce lepkie (użyteczne w manipulacjach genetycznych); Te enzymy sa najczęściej wykorzystywane w biologii molekularnej. - klasa III: mniej przydatne w biotechnologii, rozpoznają sekwencje nukleotydowe i przecinają nić DNA w sposób przypadkowy, w odległości pz od rozpoznanej sekwencji. Jednostka enzymu restrykcyjnego to taka jego ilość, która trawi kompletnie 1µg DNA faga λ (ok. 50kb) w czasie 1h w optymalnej dla enzymu temperaturze, np. 37 C. Obecnie setki oczyszczonych enzymów restrykcyjnych z różnych gatunków oferują firmy biotechnologiczne. III. Elektroforeza DNA Elektroforeza to przemieszczanie się naładowanych cząsteczek w polu elektrycznym prądu stałego lub zmiennego. Metoda ta jest jedną z głównych metod identyfikacji, rozdzielania i oczyszczania kwasów nukleinowych. Elektroforezę DNA przeprowadza się na żelach agarozowych lub poliakrylamidowych. Żele agarozowe mają mniejszą zdolność rozdzielczą niż poliakrylamidowe, ale pozwalają na rozdział cząsteczek w znacznie większym zakresie wielkości ( pz). Na szybkość migracji cząsteczek podczas elektroforezy wpływa ich wielkość, kształt i ładunek. Kwasy nukleinowe posiadają ładunek elektryczny ujemny w całym zakresie ph stosowanym w elektroforezie wędrują w kierunku elektrody dodatniej (anody). Przy niskim napięciu, szybkość poruszania się liniowego DNA jest proporcjonalna do przyłożonego napięcia. Elektroforetyczne zachowanie DNA w żelu agarozowym nie zależy od składu zasad i słabo zależy od temperatury, co umożliwia jej przeprowadzanie w temperaturze pokojowej. Do uwidocznienia DNA stosuje się rutynowo bromek etydyny, który interkaluje pomiędzy sąsiednie pary zasad dwuniciowego DNA. Obecność interkalatora zmniejsza ruchliwość elektroforetyczną DNA. Uwaga: Bromek etydyny jest praktycznie jedynym odczynnikiem chemicznym stosowanym w biologii molekularnej o potwierdzonej toksyczności i działaniu teratogennym. Kobiety w ciąży nie powinny brać udziału w tym etapie ćwiczenia. Szybkość elektroforetycznej migracji DNA zależy od: - masy cząsteczkowej DNA, - stężenia agarozy, - konformacji DNA, - natężenia pola elektrycznego,

8 - składu buforu do elektroforezy. Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o Do nanoszenia próbek DNA do studzienek na żelu służą odpowiednie bufory obciążające, które zwiększają gęstość próbek zapewniając dobre umiejscowienie DNA w studzience bez dyfuzji. Dodatkowo, dzięki zabarwieniu próbki, możliwe jest śledzenie rozdziału na żelu. Produkt PCR powinien być widoczny na żelu jako ostry prążek o określonej wielkości. Prążek ten porównuje się z tzw. markerem mas cząsteczkowych (mieszanina kwasów nukleinowych o znanej masie). W przypadku analizowania na żelu produktu PCR powinno się wprowadzić kontrolę pozytywną i negatywną. Kontrola pozytywna zawiera wcześniej syntetyzowany gen - w przypadku PCR-RFLP DNA od pacjenta o znanym, wcześniej określonym genotypie. Kontrola negatywna zawiera wszystkie substraty PCR, z wyjątkiem matrycy. Diagnozowanie błędów elektroforezy agarozowej DNA: widoczne bardzo słabe lub niewidoczne prążki DNA w żelu - niewystarczająca ilość albo stężenie DNA nałożonego na żel- zwiększyć zawartość DNA - DNA zdegradowane- możliwa kontaminacja nukleazami - DNA uciekło z żelu- przeprowadzić elektroforezę ponownie przy krótszym czasie, zastosować niższe napięcie, albo użyć bardziej stężonego żelu - użyć światło UV o krótszej długości fali (254nm), aby znacznie zwiększyć czułość - jeśli chcemy izolować DNA z żelu do dalszych analiz (np. ligacja), zastosować światło UV o długości 315nm (zminimalizowanie degradacji DNA) widoczne niewyraźne rozmazane prążki DNA - DNA zdegradowane- możliwa kontaminacja nukleazami - nałożono za dużo DNA na żel- zmniejszyć ilość DNA - udoskonalić warunki elektroforezy, nie przykładać napięcia powyżej 20V/cm -w czasie elektroforezy utrzymywać temperaturę poniżej 30st C jeśli obserwujemy nieprawidłową migrację prążków - udoskonalić warunki elektroforezy jw. Literatura: Bal J. (red.): Biologia molekularna w medycynie. PWN. Warszawa, Brown T.A.: Genomy. PWN. Warszawa, Roberts R.J.: Restriction enzymes and their isozomers. Nucleid Acids Res. 18/ , Słomski R. (red.): Przykłady analiz DNA. Akademia Rolnicza w Poznaniu. Poznań, 2004

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS Nowiny Lekarskie 2006, 75, 5, 486 490 ALINA LICZBAŃSKA, ANNA WOŹNIAK, ANNA WAWROCKA, MACIEJ R. KRAWCZYŃSKI TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR

Bardziej szczegółowo

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus

Bardziej szczegółowo

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych ROZDZIAŁ 4 Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych Wojciech Garczorz Diagnostyka molekularna jest obecnie najszybciej rozwijającym się działem diagnostyki medycznej. W wielu dziedzinach medycyny

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Podstawy inżynierii genetycznej

Podstawy inżynierii genetycznej Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie SCENARIUSZ LEKCJI OPRACOWANY W RAMACH PROJEKTU: INFORMATYKA MÓJ SPOSÓB NA POZNANIE I OPISANIE ŚWIATA. PROGRAM NAUCZANIA INFORMATYKI Z ELEMENTAMI PRZEDMIOTÓW MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZYCH Autorzy scenariusza:

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski Znaczenie genetyki Opracował A. Podgórski InŜynieria genetyczna InŜynieria genetyczna ingerencja w materiał genetyczny organizmów, w celu zmiany ich właściwości dziedzicznych. Istota inŝynierii genetycznej

Bardziej szczegółowo

ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ

ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ www.cytogen.com.pl ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ 3 Spis treści 4 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 22 22 Stabilność technologii TAG Specifikacja qpcr Mix-ów Kompatybilność kitów qpcr

Bardziej szczegółowo

Imię i nazwisko...kl...

Imię i nazwisko...kl... Gimnazjum nr 4 im. Ojca Świętego Jana Pawła II we Wrocławiu SPRAWDZIAN GENETYKA GR. A Imię i nazwisko...kl.... 1. Nauka o regułach i mechanizmach dziedziczenia to: (0-1pkt) a) cytologia b) biochemia c)

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia i inżynieria genetyczna

Biotechnologia i inżynieria genetyczna Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym

Bardziej szczegółowo

Tematyka zajęć z biologii

Tematyka zajęć z biologii Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa Nazwa Nazwa w j. ang. Wybrane problemy biologii molekularnej kwasy nukleinowe Selected problems of molecular biology

Bardziej szczegółowo

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie Zadbaliśmy o to, żeby wyposażenie w Klubie Młodego Wynalazcy było w pełni profesjonalne. Ważne jest, aby dzieci i młodzież, wykonując doświadczenia korzystały

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU ELEKTROFOREZA

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU ELEKTROFOREZA SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU ELEKTROFOREZA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Praca wykonana pod kierunkiem dr hab. Tomasza Grzybowskiego w Katedrze Medycyny Sądowej w Zakładzie Genetyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

AmpliTest TBEV (Real Time PCR) AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej

Bardziej szczegółowo

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy PIWet Zakład Chorób Ryb Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy łososiowatych o (VHS), wirusa zakaźnej a martwicy układu krwiotwórczego (IHN)

Bardziej szczegółowo

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Ziemniak Polski 2014 nr 3

Ziemniak Polski 2014 nr 3 40 Ziemniak Polski 2014 nr 3 Ochrona TECHNIKA PCR I JEJ MODYFIKACJE W IDENTYFIKACJI PATOGENÓW ZIEMNIAKA mgr inż. Joanna Chołuj, dr inż. Włodzimierz Przewodowski IHAR PIB, Pracownia Diagnostyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA

Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Organizacja genów na ludzkim chromosomie.

Bardziej szczegółowo

Zagrożenia i ochrona przyrody

Zagrożenia i ochrona przyrody Wymagania podstawowe Uczeń: Wymagania ponadpodstawowe Uczeń: Zagrożenia i ochrona przyrody wskazuje zagrożenia atmosfery powstałe w wyniku działalności człowieka, omawia wpływ zanieczyszczeń atmosfery

Bardziej szczegółowo

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Wk Wykrywanie polimorfizmów i mutacji Badania przesiewowe mutacji Wykrywanie znanych mutacji punktowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

MARKERY MIKROSATELITARNE

MARKERY MIKROSATELITARNE MARKERY MIKROSATELITARNE Badania laboratoryjne prowadzone w Katedrze Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt SGGW w ramach monitoringu genetycznego wykorzystują analizę genetyczną markerów mikrosatelitarnych.

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan Anna KOZIOROWSKA, Maria ROMEROWICZ-MISIELAK Uniwersytet Rzeszowski, Polska Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie

Bardziej szczegółowo

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7 Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek

Bardziej szczegółowo

Porównanie ilości i jakości DNA wyizolowanego z komórki roślinnej i zwierzęcej

Porównanie ilości i jakości DNA wyizolowanego z komórki roślinnej i zwierzęcej Wydział Chemiczny Politechniki Gdańskiej Katedra Technologii Leków i Biochemii Kultury tkankowe i komórkowe roślin i zwierząt Porównanie ilości i jakości DNA wyizolowanego z komórki roślinnej i zwierzęcej

Bardziej szczegółowo

LABORATORIUM FIZYKI PAŃSTWOWEJ WYŻSZEJ SZKOŁY ZAWODOWEJ W NYSIE. Ćwiczenie nr 2 Temat: Wyznaczenie współczynnika elektrochemicznego i stałej Faradaya.

LABORATORIUM FIZYKI PAŃSTWOWEJ WYŻSZEJ SZKOŁY ZAWODOWEJ W NYSIE. Ćwiczenie nr 2 Temat: Wyznaczenie współczynnika elektrochemicznego i stałej Faradaya. LABOATOIUM FIZYKI PAŃSTWOWEJ WYŻSZEJ SZKOŁY ZAWODOWEJ W NYSIE Ćwiczenie nr Temat: Wyznaczenie współczynnika elektrochemicznego i stałej Faradaya.. Wprowadzenie Proces rozpadu drobin związków chemicznych

Bardziej szczegółowo

Karta charakterystyki produktu

Karta charakterystyki produktu 1.Identyfikacja substancji/preparatu i identyfikacja producenta: Nazwa produktu: Zestaw enzym VivaTaq DNA Polimerase stężenie (5u/µl) z buforem reakcyjnym Aplikacja: Produkt został zaprojektowany i wykonany

Bardziej szczegółowo

TYPY REAKCJI CHEMICZNYCH

TYPY REAKCJI CHEMICZNYCH 1 REAKCJA CHEMICZNA: TYPY REAKCJI CHEMICZNYCH REAKCJĄ CHEMICZNĄ NAZYWAMY PROCES, W WYNIKU KTÓREGO Z JEDNYCH SUBSTANCJI POWSTAJĄ NOWE (PRODUKTY) O INNYCH WŁAŚCIWOŚCIACH NIŻ SUBSTANCJE WYJŚCIOWE (SUBSTRATY)

Bardziej szczegółowo

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A... 1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Dział programu Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) I. Od genu do cechy Budowa i funkcje kwasów

Bardziej szczegółowo

Stowarzyszenie na Rzecz Dzieci z Zaburzeniami Genetycznymi Badania molekularne

Stowarzyszenie na Rzecz Dzieci z Zaburzeniami Genetycznymi Badania molekularne http://www.genetyka-ginekolog.pl/ Techniki molekularne z przykładami Jedną z podstawowych technik wykorzystywanych w genetyce molekularnej jest RFLP (ang. restriction fragments length polymorphism, czyli

Bardziej szczegółowo

DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7

DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7 DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7 Instrukcja używania zestawu kontroli ujemnej przy typowaniu antygenów zgodności tkankowej HLA SSPGo TM

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Dział programu I. Od genu do cechy Lp. Temat Poziom wymagań dopuszczający

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie teorii węzłów do opisu migracji elektroforetycznej DNA. Łukasz Janus, 10 B2

Zastosowanie teorii węzłów do opisu migracji elektroforetycznej DNA. Łukasz Janus, 10 B2 Zastosowanie teorii węzłów do opisu migracji elektroforetycznej DNA Łukasz Janus, 10 B2 Plazmidy To cząsteczki DNA pozachromosomowe Zdolne są do samodzielniej replikacji Nie niosą genów metabolizmu podstawowego

Bardziej szczegółowo

Replikacja DNA. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego.

Replikacja DNA. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Replikacja DNA Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Replikacja DNA jest bardzo złożonym procesem, w którym biorą udział setki

Bardziej szczegółowo

Genetyka w nowej podstawie programowej

Genetyka w nowej podstawie programowej Genetyka w nowej podstawie programowej Dział Genetyka - III etap edukacyjny Rzetelna realizacja tego działu w gimnazjum jest kluczowa ze względu na to, że biotechnologia i inżynieria genetyczna jest omawiana

Bardziej szczegółowo

CHEMIA klasa 1 Wymagania programowe na poszczególne oceny do Programu nauczania chemii w gimnazjum. Chemia Nowej Ery.

CHEMIA klasa 1 Wymagania programowe na poszczególne oceny do Programu nauczania chemii w gimnazjum. Chemia Nowej Ery. CHEMIA klasa 1 Wymagania programowe na poszczególne oceny do Programu nauczania chemii w gimnazjum. Chemia Nowej Ery. Dział - Substancje i ich przemiany WYMAGANIA PODSTAWOWE stosuje zasady bezpieczeństwa

Bardziej szczegółowo

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika Spis treści 1. Zawartość 2 1.1 Składniki zestawu 2 2. Opis produktu 2 2.1 Założenia metody 2 2.2 Instrukcja 2 2.3 Specyfikacja

Bardziej szczegółowo

Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9

Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9 Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9 Instrukcja używania testów do wykrywania kontaminacji na powierzchniach roboczych ( wipe test ) przy typowaniu

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO

ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO CZĘŚĆ TEORETYCZNA Metody badań i cechy w oparciu o które przeprowadzana jest klasyfikacja i identyfikacja mikroorganizmówh Struktura

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

LAMP. szybka i specyficzna detekcja patogenów

LAMP. szybka i specyficzna detekcja patogenów LABORATORIUM 5-6/2014 DIAGNOSTYKA LABORATORYJNA LAMP szybka i specyficzna detekcja patogenów STRESZCZENIE W obecnych czasach istnieje potrzeba opracowywania szybkich, tanich i skutecznych metod diagnostycznych

Bardziej szczegółowo

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 ZESTAWY DO IZOLACJI I OCZYSZCZANIA DNA I RNA EXTRACTME PLASMID DNA KIT Nowość! izolacja plazmidowego DNA EXTRACTME DNA BACTERIA KIT Nowość! izolacja genomowego DNA z bakterii

Bardziej szczegółowo

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY)

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Ćwiczenie 8 OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Część doświadczalna obejmuje: - sączenie Ŝelowe ekstraktu uzyskanego z bielma niedojrzałych nasion kukurydzy - oznaczanie aktywności

Bardziej szczegółowo

SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab

SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab CZĄSTECZKA I RÓWNANIE REKCJI CHEMICZNEJ potrafi powiedzieć co to jest: wiązanie chemiczne, wiązanie jonowe, wiązanie

Bardziej szczegółowo

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej?

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? Tematy opisowe 1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? 2. Omów pomiar potencjału na granicy faz elektroda/roztwór elektrolitu. Podaj przykład, omów skale potencjału i elektrody

Bardziej szczegółowo

Zmienność genomu. Przyczyny, skutki i sposoby kontroli

Zmienność genomu. Przyczyny, skutki i sposoby kontroli Zmienność genomu Przyczyny, skutki i sposoby kontroli Zmienność genomu Przez zmienność genomu (polimorfizm) rozumiemy różnice w sekwencji DNA genomowego pomiędzy osobnikami jednego gatunku. Wyróżniamy:

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie IX KATALITYCZNY ROZKŁAD WODY UTLENIONEJ

Ćwiczenie IX KATALITYCZNY ROZKŁAD WODY UTLENIONEJ Wprowadzenie Ćwiczenie IX KATALITYCZNY ROZKŁAD WODY UTLENIONEJ opracowanie: Barbara Stypuła Celem ćwiczenia jest poznanie roli katalizatora w procesach chemicznych oraz prostego sposobu wyznaczenia wpływu

Bardziej szczegółowo

Pytania Egzamin Licencjacki. 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej.

Pytania Egzamin Licencjacki. 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej. Pytania Egzamin Licencjacki Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej. 2. Wyjaśnij

Bardziej szczegółowo

AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX)

AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX) Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX) Gotowy premix zawierający

Bardziej szczegółowo

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!)

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ======================================================== Ćwiczenie 2

Bardziej szczegółowo

Syngen Gel/PCR Mini Kit

Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR ME Mini Kit Zestawy do oczyszczania DNA: - z żelu agarozowego - po reakcji PCR i innych reakcjach enzymatycznych - z żelu agarozowego z małą objętością elucji - po

Bardziej szczegółowo

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Narzędzia diagnostyki molekularnej w typowaniu genetycznym (genotypowaniu) Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w

Bardziej szczegółowo

podstawowy. Jest on niezastąpiony przy obiektywnej ocenie postępów ucznia w nauce.

podstawowy. Jest on niezastąpiony przy obiektywnej ocenie postępów ucznia w nauce. Wymagania edukacyjne zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na czasie zakres podstawowy. Jest on

Bardziej szczegółowo

Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).

Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Choroby genetyczne o złożonym

Bardziej szczegółowo

wiczenie - Oznaczanie stenia magnezu w surowicy krwi metod kolorymetryczn

wiczenie - Oznaczanie stenia magnezu w surowicy krwi metod kolorymetryczn wiczenie - Oznaczanie stenia magnezu w surowicy krwi metod kolorymetryczn Wprowadzenie Magnez wystpuje we wszystkich tkankach i pynach ustrojowych, a znaczna cz znajduje si w tkance kostnej. Razem z wapniem

Bardziej szczegółowo

Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05)

Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05) Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05) 1. Informacje ogólne koordynator modułu/wariantu rok akademicki 2014/2015

Bardziej szczegółowo

ARKUSZ 1 POWTÓRZENIE DO EGZAMINU Z CHEMII

ARKUSZ 1 POWTÓRZENIE DO EGZAMINU Z CHEMII ARKUSZ 1 POWTÓRZENIE DO EGZAMINU Z CHEMII Zadanie 1. Na rysunku przedstawiono fragment układu okresowego pierwiastków. Dokoocz zdania tak aby były prawdziwe. Wiązanie jonowe występuje w związku chemicznym

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Wprowadzenie: Większość lądowych organizmów kręgowych część jonów amonowych NH + 4, produktu rozpadu białek, wykorzystuje w biosyntezie

Bardziej szczegółowo

Badamy DNA. Agata Rogowska, Jakub Urbański. Opracowanie merytoryczne treści zestawu:

Badamy DNA. Agata Rogowska, Jakub Urbański. Opracowanie merytoryczne treści zestawu: Badamy DNA Agata Rogowska, Jakub Urbański Opracowanie merytoryczne treści zestawu: Agata Rogowska, Jakub Urbański Ilustracje: Dean Madden Korekta: Joanna Lilpop Zestaw opracowany w ramach projektu Science

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne Wymagania edukacyjne zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na czasie zakres podstawowy. Jest on

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne

Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na

Bardziej szczegółowo