PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
|
|
- Eugeniusz Dudek
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej występującej in vivo w komórkach Eucaryota służy do powielania wybranych fragmentów kwasów nukleinowych in vitro Model replikacji semikonserwatywnej zakłada, że obie nici macierzystej cząsteczki DNA są matrycą dla nowych, dosyntetyzowywanych nici REPLIKACJA każda z dwóch cząsteczek DNA powstałych po replikacji zawiera jedną nić starą oraz jedną nić nową PCR 1950 opisanie pierwszej polimerazy (Kornberg) 1960 synteza pierwszych oligonukleotydów (Khorana) 1970 odkrycie termostabilnej polimerazy Taq otrzymanie pierwszej polimerazy, która nie ma właściwości nukleazy (buduje lecz nie niszczy)- (Klenow) 1980 opracowanie reakcji PCR (1984) i rozpowszechnienie jej przydatności 1993 Nagroda Nobla Brock & Freeze,
2 Nazewnictwo Matryca: (matrix) DNA/RNA/ssDNA, który ma zostać powielony Starter (primer) sens/antysens; forvard/reverse Denaturacja matrycy (denaturation) Hybrydyzacja starterów/ przyłączanie starterów do matrycy (annealing/ primer hybrydisation) Wydłużanie starterów- (extension) Synteza nowej nici- (amplification) Uzyskany produkt- amplikon (amplicon) PCR matryca DNA startery MgCl 2 Taq polimeraza DNA bufor dttp datp dgtp dctp -trifosforany deoksyrybonukleozydów Helikaza rozplata podwójną strukturę DNA 2
3 Widełki replikacyjne CYKL 1 denaturacja 94 C jednoniciowa matryca DNA Replikacja na nici wiodącej Polimerazy DNA przyłączają deoksynukleozydotrójfosforany zawsze od końca do Uwalnia się energia 3
4 Replikacja na nici opóźnionej Poszczególne fragmenty łączone są ze sobą przy pomocy ligazy Fragmenty Okazaki CYKL 1 przyłączenie startera do matrycy C starter F starter R CYKL 1 wydłużanie startera 72 C starter 1 starter 2 powstają cząsteczki dłuższe od sekwencji docelowej 4
5 CYKL 2 denaturacja matrycy 94 C matryca DNA, który powstał w cyklu 1 CYKL 2 przyłączenie startera do matrycy C CYKL 2 wydłużanie starterów 72 C powstają cząsteczki dłuższe od sekwencji docelowej powstają cząsteczki o długości sekwencji docelowej 5
6 Długość amplifikowanego fragmentu będzie zależna od miejsca przyłączenia starterów do matrycy W reakcji PCR amplifikuje się fragment ograniczony położeniem starterów na obu niciach Forward Reverse Długość amplifikowanego fragmentu= długość amplikonu 94 C 94 C 94 C 94 C 72 C 72 C 72 C TEMPERATURA 55 C 55 C 55 C JEDEN CYKL CZAS 6
7 Wydajność reakcji PCR NUMER CYKLU LICZBA KOPII DNA AMOUNT OF DNA PCR CYCLE NUMBER Startery- Oligonukleotydy Długość: zasad Procent zasad G/C: (optimum- 50) Temperatura topnienia (Tm) Melting Temperature to temperatura dysocjacji dupleksu starter-matryca- powinna być identyczna lub bardzo zbliżona Temperaturę topnienia oligonukleotydu można obliczyć wg różnych reguł: reguła 2+4 Tm=2 o C(A+T)+4 o C(G+C) -ATA GGT CTA ACC TGG TTC CAG- A+T=11; G+C=10 Tm= 2*11+4*10=22+40=66 o C reguła fizyczna (termodynamiczna), uwzględniająca zjawiska entalpii i entropii oraz stężenie soli poszczególnych jonów (Na+) oraz % poszczególnych zasad -ATA GGT CTA ACC TGG TTC CAG- Tm=59,5 o C 7
8 Startery Dopasowanie do matrycy (maximum complementarity) Mamy 4 możliwe nukleotydy A,C,G,T Prawdopodobieństwo przyłączenia do matrycy każdego z nich wynosi tyle samo:0.25 (1/4) zdarzenie Prawdopodobieństwo A 0.25 = 0.25 AT 0.25 x 0.25 = ATA 0.25 x 0.25 x 0.25 = ATAGG (0.25) 5 = ATAGGTCTAAC (0.25) 11 = ATAGGTCTAACCTGGT (0.25) 16 = Wraz z wydłużaniem się sekwencji startera spada prawdopodobieństwo jego przyłączenia w miejscu innym, niż zaplanowane Startery Dopasowanie do matrycy (maximum complementarity) -AGCGCTTCATCCTAAGAAGC- -TCGCGAAGTAGGATTCTTCGTAGGCATAGCAC- oligonukleotyd matryca -AGCACTTCATCCTACGAAGC- -TCGCGAAGT-GGATTCTTCGTAGGCATAGCAC- -AGCRCTTCATCCTAAGAAGC- -TCGCGAAGT-GGATTCTTCGTAGGCATAGCAC- oligonukleotyd matryca oligonukleotyd zdegenerowany matryca -AGCRCTTCATCCTAAGAAGC- -AGCACTTCATCCTAAGAAGC- -AGCGCTTCATCCTAAGAAGC- Startery Komplementarność końców (-maximum complementarity)- startery muszą wykazywać dopasowanie na końcu do matrycy, ale nie mogą wykazywać dopasowania do drugiego startera z pary! Tworzą wtedy struktury dimeryczne (primer dimer) -AGCGCTTCATCCTAAGAAGC- -TCGCGAAGTAGGATTCTTCTTAGGCATAGCAC- Starter F: -GCTTAGCTTTGCATG- Starter R: -AGCATGCAAAGCTTC- Starter R: -AGCATGCAAAGCTTC- Starter F: -GCTTAGCTTTGCATG- 8
9 Startery Stabilność końców (-terminal stability)- dotyczy pięciu ostatnich zasad od końca, które determinują dopasowanie startera do matrycy. Stabilność określa parametr δg (kcal/mol)- tabela parametrów termodynamicznych i pokazuje siłę wiązania się startera z matrycą. Koniec (GCGCG) będzie wykazywał zawsze ok 6x większą stabilność od końca (TATAT) i może wiązać się z matrycą niespecyficznie! Dlatego należy unikać nagromadzenia zasad G/C na końcach starterów Startery nie mogą tworzyć struktur spinki do włosów (hairpin) -AGCGCTTCCCCCCCCCAGCGCT- -AGCGCT CCCC C C -TCGCGA CCC C PCR Song Lyrics The PCR Song by Scientists for Better PCR There was a time when to amplify DNA, You had to grow tons and tons of tiny cells. (Oooh) Then along came a guy named Dr. Kary Mullis, Said you can amplify in vitro just as well. Just mix your template with a buffer and some primers, Nucleotides and polymerases too. Denaturing, annealing, and extending, Well it s amazing what heating and cooling and heating will do. [Chorus] PCR when you need to detect mutation (detect mutation) PCR when you need to recombine (recombine) PCR when you need to find out who the daddy is (who s your daddy?) PCR when you need to solve a crime (solve a crime) 9
PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej
Bardziej szczegółowoKŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity)
- Specyficzność (specyficzne wiązanie się TYLKO do startera- wcześniej związanego z matrycą) - Termostabilność (utrzymanie aktywności pomimo powtarzającego się cyklicznie wzrostu temperatury) - Wierność
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoPCR łańcuchowa reakcja polimerazy
PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPCR. Aleksandra Sałagacka
PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)
Bardziej szczegółowoGlimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących
Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoMarkery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD
Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoDefinicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)
Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoGenetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa
Markery genetyczne: definicja Marker genetyczny jest to cecha, która może być wykorzystana do identyfikacji osobników lub gatunków. Cechy markerów genetycznych Monogeniczny: warunkowany przez jeden gen
Bardziej szczegółowoFarmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o
ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła
Bardziej szczegółowo2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA
Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus
Bardziej szczegółowoReplikacja DNA. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego.
Replikacja DNA Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Replikacja DNA jest bardzo złożonym procesem, w którym biorą udział setki
Bardziej szczegółowoGRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoProwadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================
Bardziej szczegółowoWstęp. Jak programować w DNA? Idea oraz przykład. Problem FSAT charakterystyka i rozwiązanie za pomocą DNA. Jak w ogólności rozwiązywać problemy
Ariel Zakrzewski Wstęp. Jak programować w DNA? Idea oraz przykład. Problem FSAT charakterystyka i rozwiązanie za pomocą DNA. Jak w ogólności rozwiązywać problemy matematyczne z użyciem DNA? Gdzie są problemy?
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna Podstawy
Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina
Bardziej szczegółowoInstrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.
INSTRUKCJA Ćwiczenie nr 5 Odczynniki: Sprzęt: 1. 5xNG cdna Buffer 2. 50 µm oligo(dt)20 3. NG dart RT mix l 4. Probówki typu Eppendorf 0,2 ml 5. Woda wolna od RNaz 6. Lód 1. Miniwirówka 2. Termocykler 3.
Bardziej szczegółowoMieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią =================================================================
Bardziej szczegółowoZarówno u organizmów eukariotycznych, jak i prokariotycznych proces replikacji ma charakter semikonserwatywny.
HIPTEZY WYJAŚIAJĄCE MECHAIZM REPLIKACJI C. Model replikacji semikonserwatywnej zakłada on, że obie nici macierzystej cząsteczki DA są matrycą dla nowych, dosyntetyzowywanych nici REPLIKACJA każda z dwóch
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowo7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej
7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoMETODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII
METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy
Bardziej szczegółowoKwasy Nukleinowe. Rys. 1 Struktura typowego dinukleotydu
Kwasy Nukleinowe Kwasy nukleinowe są biopolimerami występującymi w komórkach wszystkich organizmów. Wyróżnia się dwa główne typy kwasów nukleinowych: Kwas deoksyrybonukleinowy (DNA) Kwasy rybonukleinowe
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Kolokwium (14pkt) Część II Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan
Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Ekspresja genów jest regulowana
Bardziej szczegółowoBadanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9
Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoMetody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoProkariota i Eukariota
Prokariota i Eukariota W komórkach organizmów żywych ilość DNA jest zazwyczaj stała i charakterystyczna dla danego gatunku. ILOŚĆ DNA PRZYPADAJĄCA NA APARAT GENETYCZNY WZRASTA WRAZ Z BARDZIEJ FILOGENETYCZNIE
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoAmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX)
Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX) Gotowy premix zawierający
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoREPLIKACJA, NAPRAWA i REKOMBINACJA DNA
REPLIKACJA, NAPRAWA i REKOMBINACJA DNA 1) Replikacja DNA 2) Replikacja całych chromosomów 3) Replikacja telomerów 4) Naprawa DNA przy jego syntezie 5) Naprawa DNA poza jego syntezą 6) Naprawa DNA system
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna II, materiały dla studentów kierunku lekarskiego
Przepływ informacji genetycznej Centralny dogmat biologii molekularnej opisuje przepływ informacji genetycznej pomiędzy biopolimerami (kwasy nukleinowe, białka). Wersja I Wersja II F. Crick, 1958 Gdy informacja
Bardziej szczegółowodr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG
Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja
Bardziej szczegółowoWYBRANE RODZAJE REAKCJI PCR. RAPD PCR Nested PCR Multipleks PCR Allelo-specyficzny PCR Real Time PCR
RAPD PR Nested PR Allelo-specyficzny PR Real Time PR RAPD PR (Random Amplification of Polymorphic DNA) wykorzystywany gdy nie znamy sekwencji starterów; pozwala namnożyć losowe fragmenty o różnej długości;
Bardziej szczegółowoLigazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej:
Ligazy Katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi grupami 3 OH i 5 PO 4 w kwasach nukleinowych DNA lub RNA. W reakcji tworzą się wysokoenergetyczne pośredniki z udziałem NAD + lub ATP
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1
Przedmiot: Biochemia Nazwa testu: Biochemia wer. 1.0.5 Nr testu 14883078 Klasa: zaoczni_2007 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) G, P oraz S B) L,
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna genu - replikacja
Biologia molekularna genu - replikacja Funkcje informacji genetycznej Replikacja powielanie genomu, utrzymywanie stabilności genomu Ekspresja Odczytywanie informacji, niezbędne do funkcjonowania komórki
Bardziej szczegółowoNumer pytania Numer pytania
KONKURS BIOLOGICZNY ZMAGANIA Z GENETYKĄ 2016/2017 ELIMINACJE SZKOLNE I SESJA GENETYKA MOLEKULARNA KOD UCZNIA. IMIĘ i NAZWISKO. DATA... GODZINA.. Test, który otrzymałeś zawiera 20 pytań zamkniętych. W każdym
Bardziej szczegółowoNośnikiem informacji genetycznej są bardzo długie cząsteczki DNA, w których jest ona zakodowana w liniowej sekwencji nukleotydów A, T, G i C
MATERIAŁ GENETYCZNY KOMÓRKI BIOSYNTEZA BIAŁEK MATERIAŁ GENETYCZNY KOMÓRKI Informacja genetyczna - instrukcje kierujące wszystkimi funkcjami komórki lub organizmu zapisane jako określone, swoiste sekwencje
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoAmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)
AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoPrzykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego
Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które
Bardziej szczegółowoZastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan
Anna KOZIOROWSKA, Maria ROMEROWICZ-MISIELAK Uniwersytet Rzeszowski, Polska Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie
Bardziej szczegółowoAmpliQ 5x HOT EvaGreen qpcr Mix Plus (ROX)
Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com AmpliQ 5x HOT EvaGreen qpcr Mix Plus (ROX) Gotowy premix zawierający
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych
Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Babesia canis
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400
Bardziej szczegółowoZarys biologii molekularnej genu. Replikacja i stabilność genomu
Zarys biologii molekularnej genu Replikacja i stabilność genomu 1 Pionierskie doświadczenia Griffiths Bakterie zawerają czynnik transformujący, zdolny do przekazania informacji z żywych bakterii do martwych
Bardziej szczegółowoAmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR)
AmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA terminatora NOS techniką Real Time PCR Nr kat.: GMO03-50 GMO03-100 Wielkość zestawu: 50 reakcji 100 reakcji Objętość pojedynczej
Bardziej szczegółowoMetody analizy DNA. molekularnych (np. hybrydyzacja, ligacja czy PCR) zostały zaadaptowane na potrzeby analizy aberracji chromosomowych.
d i a g n o s t y k a l a b o r a t o r y j n a laboratorium 11-12/2013 Metody analizy DNA laboratorium genetyczne cz. I Streszczenie W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo
Bardziej szczegółowoJaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?
Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna genu. Replikacja i stabilność genomu
Biologia molekularna genu Replikacja i stabilność genomu Lektura Allison, rozdziały 2 i 6 Brown, rozdział 15 Replikacja Model semikonserwatywny: w każdej cząsteczce potomnej jedna nić rodzicielska i jedna
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna Ćwiczenie 3
Inżynieria genetyczna Ćwiczenie 3 Metoda PCR została opracowana w 1987 r. przez grupę Naukowców z Cetus Corporation w USA. Firma Roche odkupiła od Cetus Corp. prawa do PCR za 300 mln $ Autor K. Mullis
Bardziej szczegółowoŁAŃCUCHOWA REAKCJA POLIMERAZY Z ANALIZĄ W CZASIE RZECZYWISTYM (RT-PCR) REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)
A N N A L E S A C A D E M I A E M E D I C A E S T E T I N E N S I S R O C Z N I K I P O M O R S K I E J A K A D E M I I M E D Y C Z N E J W S Z C Z E C I N I E 2007, 53, 3, 5 9 KATARZYNA WIEDRO, EWA STACHOWSKA,
Bardziej szczegółowoSubstancje stosowane do osadzania enzymu na stałym podłożu Biotyna (witamina H, witamina B 7 ) Tworzenie aktywnej powierzchni biosensorów
SEKWECJWAIE ASTĘPEJ GEERACJI- GS Losowa fragmentacja nici DA Dołączanie odpowiednich linkerów (konstrukcja biblioteki) Amplifikacja biblioteki na podłożu szklanym lub plastikowym biosensory Wielokrotnie
Bardziej szczegółowoPodstawy inżynierii genetycznej
Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoW związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ.
Poznań, dnia 06.06.2016 EZ/350/30/2016/928 Wg rozdzielnika: do wszystkich zainteresowanych i uczestników postępowania o zamówienie publiczne. dotyczy: przetargu nieograniczonego nr EZ/350/30/2016 Zakup
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoInformacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Bardziej szczegółowoDNA - niezwykła cząsteczka. Tuesday, 21 May 2013
DNA - niezwykła cząsteczka Składniki DNA Składniki DNA Nazewnictwo nukleotydów w DNA i RNA Zasada zawsze jest przyłączana wiązaniem N-glikozydowym Ortofosforan może być przyłączony w pozycji 3 lub 5 Struktura
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11
PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Bardziej szczegółowoAmpliTest TBEV (Real Time PCR)
AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej
Bardziej szczegółowoAmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)
AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość
Bardziej szczegółowoODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ
www.cytogen.com.pl ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ 3 Spis treści 4 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 22 22 Stabilność technologii TAG Specifikacja qpcr Mix-ów Kompatybilność kitów qpcr
Bardziej szczegółowoPL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego
PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoDHPLC. Denaturing high performance liquid chromatography. Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko
DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko Mini-słowniczek SNP (Single Nucleotide Polymorphism) - zmienność sekwencji DNA; HET - analiza heterodupleksów; HPLC
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL
PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowo