Zestaw do izolacji totalnego DNA z bakterii. Nr kat. EM02 Wersja zestawu:

Podobne dokumenty
Zestaw do izolacji genomowego DNA z bakterii

Zestaw do izolacji genomowego DNA z bakterii

Zestaw do izolacji genomowego DNA z bakterii

Zestaw do izolacji totalnego DNA z drożdży

Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży

Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej

Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych. Nr kat. EM03 Wersja zestawu:

Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży

Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia. Nr kat. EM06 Wersja zestawu:

Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych

Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych

Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia

Genomic Mini AX Bacteria+ Spin

Zestaw do izolacji plazmidowego DNA. Nr kat. EM01 Wersja zestawu:

Zestaw do izolacji plazmidowego DNA

Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia

Genomic Mini AX Plant Spin

Genomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616

Zestaw przeznaczony jest do całkowitej izolacji RNA z bakterii, drożdży, hodowli komórkowych, tkanek oraz krwi świeżej (nie mrożonej).

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215

Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:

Genomic Mini AX Milk Spin

Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:

Genomic Midi AX. 20 izolacji

Genomic Maxi AX Direct

Gel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617

Genomic Mini. 50 izolacji, 250 izolacji. Uniwersalny zestaw do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. wersja Nr kat.

Odczynnik do izolacji RNA z tkanek zwierzęcych, roślinnych oraz linii komórkowych

GeneMATRIX Cell Culture DNA Purification Kit

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika

Total RNA Zol-Out. 25 izolacji, 100 izolacji

bi ~ Zestaw dydal<tyczny umożliwiający przeprowadzenie izolacji genomowego DNA z bakterii EasyLation Genomie DNA INSTRUI<CJA DLA STUDENTÓW

Plasmid Mini. 50 izolacji, 250 izolacji. Zestaw do izolacji plazmidów wysokokopijnych wersja Nr kat ,

Genomic Mini AX Body Fluids zestaw do izolacji DNA z płynów ustrojowych wersja 1115

Novabeads Food DNA Kit

GeneMATRIX Swab-Extract DNA Purification Kit

Saccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna.

Sherlock AX. 25 izolacji, 100 izolacji

Genomic Micro AX Swab Gravity Plus

Genomic Micro AX Blood Gravity 96-well

E.coli Transformer Kit

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

GeneMATRIX Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit

Plasmid Mini AX Gravity

GeneMATRIX Agarose-Out DNA Purification Kit

Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0117

GeneMATRIX Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit

fix RNA Roztwór do przechowywania i ochrony przed degradacją próbek przeznaczonych do izolacji RNA kat. nr. E0280 Sierpień 2018

Zestaw do izolacji DNA z tkanek zwierzęcych oraz linii komórkowych

Zestaw do izolacji DNA z tkanek zwierzęcych oraz linii komórkowych

umożliwiający wyl<rywanie oporności na HIV przy użyciu

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

E.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli

Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0217

Zestaw do izolacji DNA z różnych próbek

Uniwersalny zestaw do izolacji DNA (GeDI)

GeneMATRIX Environmental DNA & RNA Purification Kit

Nr kat. EM09 Wersja zestawu: Zestaw do izolacji RNA z tkanek zwierzęcych oraz linii komórkowych

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

GeneMATRIX Bio-Trace DNA Purification Kit

KWAS 1,2-DIBROMO-2-FENYLOPROPIONOWY

GeneMATRIX Short DNA Clean-Up Purification Kit

Zestaw do izolacji RNA z tkanek zwierzęcych oraz linii komórkowych

PathogenFree RNA Isolation Kit Zestaw do izolacji RNA

Zestaw do izolacji mirna z tkanek zwierzęcych oraz linii komórkowych

Zakład Chemii Organicznej, Wydział Chemii UMCS Strona 1

Zestaw do izolacji DNA z różnych próbek w płytkach 96-dołkowych

1 ekwiwalent 1 ekwiwalent

Syngen Fungi DNA Mini Kit

Zestaw do izolacji DNA z różnych próbek w płytkach 96-dołkowych

Syngen Blood/Cell DNA Mini Kit

GeneMATRIX Basic DNA Purification Kit

Syngen Gel/PCR Mini Kit

Zakład Chemii Organicznej, Wydział Chemii UMCS Strona 1

1 ekwiwalent 2 ekwiwalenty 2 krople

Syngen Gel/PCR Mini Kit

Jakie jest jego znaczenie? Przykładowe zwroty określające środki ostrożności Jakie jest jego znaczenie?

Syngen Plant DNA Mini & Maxi Kit

Instrukcja dla kleju TL-T50

GeneMATRIX Tissue DNA Purification Kit

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Instrukcja dla klejów TL-PVC oraz TL-W

Zakład Chemii Organicznej, Wydział Chemii UMCS Strona 1

1 ekwiwalent 6 ekwiwalentów 0,62 ekwiwalentu

Zestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

1 ekwiwalent 0,85 ekwiwalentu 1,5 ekwiwalentu

Syngen Plasmid Mini Kit

Syngen Viral Mini Kit. Syngen Viral

1 ekwiwalent 1 ekwiwalent

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych

Instrukcja dla kleju TL-T70 TRI-FREE Bez Trichloroetenu

1 ekwiwalent 2.5 ekwiwalenta 0.5 ekwiwalenta

Kolor i stan skupienia: czerwone ciało stałe. Analiza NMR: Zakład Chemii Organicznej, Wydział Chemii UMCS Strona 1

AmpliTest Babesia spp. (PCR)

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość

Zestawy do izolacji DNA i RNA

Transkrypt:

Zestaw do izolacji totalnego DNA z bakterii Nr kat. EM02 Wersja zestawu: 1.2012

Nr kat. EM02 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA BACTERIA przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej izolacji bakteryjnego DNA o wysokiej czystości z hodowli płynnych i powierzchniowych oraz osadów mrożonych. Protokół izolacji i składy buforów zostały zoptymalizowane w celu osiągnięcia wysokiej wydajności i czystości izolowanego DNA. Produkt przeznaczony jest wyłącznie do zastosowań badawczo-rozwojowych. II. SKŁAD I PRZECHOWYWANIE ZESTAWU Liczba izolacji 50 izolacji 150 izolacji 250 izolacji 3 izolacje (DEMO) Nr katalogowy EM02-050 EM02-150 EM02-250 EM02-D BacL Buffer 15 ml 45 ml 75 ml 900 µl Proteinase K (lyophilized) 1 szt. 3 szt. 5 szt. 1 szt. Proteinase Buffer 700 µl 2,1 ml 3,5 ml 200 µl RNase A (lyophilized) 1 szt. 3 szt. 5 szt. 1 szt. RNase Buffer 220 µl 660 µl 1,1 ml 100 µl BacB Buffer 18 ml 53 ml 88 ml 1,1 ml BacW Buffer 50 ml 150 ml 250 ml 3 ml Elution Buffer 10 ml 3 x 10 ml 5 x 10 ml 600 µl DNA Purification Columns 50 szt. 3 x 50 szt. 5 x 50 szt. 3 szt. Collection Tubes (2 ml) 50 szt. 3 x 50 szt. 5 x 50 szt. 3 szt. Enzymy RNaza A oraz proteinaza K dostarczane są w postaci liofilizowanej. Każda probówka zawiera odpowiednią ilość enzymu do przeprowadzenia 50 izolacji DNA. Liofilizaty RNazy A i proteinazy K należy przechowywać w temp. +4 C. Przed pierwszym użyciem liofilizat RNazy A należy rozpuścić w 220 µl RNase Buffer (w zestawie DEMO w 100 µl RNase Buffer). RNaza A w roztworze przechowywana w temp. +4 C zachowuje całkowitą aktywność przez 2-3 tygodnie. Jeśli wymagane jest przechowywanie RNazy A przez dłuższy okres czasu, zaleca się rozporcjowanie roztworu RNazy i przechowywanie w -20 C (zachowuje aktywność przez kilka lat).

Nr kat. EM02 Liofilizat proteinazy K należy rozpuścić w 700 µl Proteinase Buffer (w zestawie DEMO w 200 µl Proteinase Buffer). Roztwór proteinazy K należy przechowywać w temp. 20 C! Pozostałe składniki zestawu należy przechowywać w temp. pokojowej (15-25 C). Wszystkie roztwory z zestawu należy przechowywać szczelnie zamknięte, aby uniknąć zmiany stężeń w wyniku parowania. Odpowiednio przechowywany zestaw zachowuje stabilność minimum przez okres 12 miesięcy. V. KONTROLA JAKOŚCI Każda partia produkcyjna (LOT) zestawu EXTRACTME DNA BACTERIA testowana jest według opracowanych procedur. Wydajność, czystość oraz stabilność wyizolowanego DNA analizowane są metodami spektrofotometrycznymi oraz elektroforetycznymi. Dodatkowo funkcjonalna jakość oczyszczonego DNA sprawdzana jest w reakcji PCR oraz reakcji trawienia enzymami restrykcyjnymi. III. WYMAGANE MATERIAŁY I SPRZĘT VI. SPECYFIKACJA PRODUKTU jałowe próbówki wirownicze typu Eendorf (1,5-2 ml) pipety automatyczne oraz odpowiednie końcówki do pipet rękawiczki jednorazowe mikrowirówka z rotorem na probówki o obj. 1,5-2 ml (> 10 tys. rpm) termoblok lub łaźnia wodna (do 70 C) worteks Materiał wyjściowy Bakteryjna hodowla płynna lub powierzchniowa oraz mrożony osad bakteryjny. Wydajność izolacji Liczba komórek: 5 x 10 8 100% Liczba komórek: 1 x 10 9 3 x 10 9 75-90% (wg protokołu izolacji DNA z dużej liczby komórek) Liczba komórek: 1 x 10 9 3 x 10 9 60% (wg protokołu standardowego) IV. ZASADA IZOLACJI Procedura oczyszczania DNA składa się z 5 etapów i przeprowadzana jest z wykorzystaniem minikolumn wirowniczych, zawierających odpowiednie złoże, wydajnie i selektywnie wiążące kwasy nukleinowe. W pierwszym etapie izolacji DNA, podczas lizy enzymatycznej z wykorzystaniem BacL Buffer oraz proteinazy K, następuje dezintegracja ściany komórkowej, degradacja błon i białek komórkowych. Dodatkowo w celu otrzymania DNA wolnego od RNA stosuje się RNazę A. Po dodaniu soli chaotropowych, lizat przenoszony jest do minikolumny ze złożem. Dwuetapowe przemywanie DNA związanego do złoża ma na celu usunięcie pozostałych zanieczyszczeń i/lub inhibitorów reakcji enzymatycznych. Oczyszczone DNA eluowane jest z minikolumny buforem o niskiej sile jonowej lub wodą (ph 7,0-9,0) i gotowe jest do bezpośredniego wykorzystania w technikach biologii molekularnej (takich jak PCR, QPCR, Southern blotting, sekwencjonowanie DNA, trawienie enzymami restrykcyjnymi, ligacja DNA itp.) lub może być przechowywane do późniejszego użycia. Pojemność złoża ok. 40 µg DNA Czas izolacji ok. 40-60 minut Czystość DNA A 260/A280 = 1,7-2,0 VII. środki ostrożności Hodowla bakteryjna jest biologicznym materiałem niebezpiecznym ze względu na zawartość mikroorganizmów potencjalnie patogennych lub substancji zagrażających zdrowiu, bądź życiu człowieka. Przy pracy z hodowlami mikroorganizmów należy stosować się do wymogów dotyczących biologicznych materiałów niebezpiecznych. Zaleca się przeprowadzać całą procedurę izolacji w komorze II klasy bezpieczeństwa biologicznego lub przy palniku laboratoryjnym, używać ochronnej odzieży laboratoryjnej oraz rękawiczek jednorazowych. Zalecane jest używanie jałowych końcówek z filtrami do pipet.

Nr kat. EM02 Należy unikać dotykania ścianek minikolumn pipetą, aby nie przenosić śladów DNA pomiędzy kolejnymi minikolumnami. Odpady zawierające sole guanidyny mogą tworzyć wysoce reaktywne związki w połączeniu z substancjami utleniającymi. W przypadku rozlania buforu, powierzchnię zmyć wodą z detergentem. W przypadku rozlania cieczy zawierającej mikroorganizmy, zanieczyszczoną powierzchnię zmyć wodnym roztworem detergentu. VIII. SZCZEGÓLNE ZALECENIA I UWAGI że obniży to wydajność odzysku DNA. Istotne w tym przypadku jest dodanie buforu elucyjnego centralnie na powierzchnię złoża. W celu uzyskania maksymalnej wydajności elucji DNA, bufor elucyjny należy podgrzać do 80 C i wydłużyć czas inkubacji złoża z buforem do 10 minut. Jeśli istotne jest odzyskanie całkowitego DNA z minikolumny można przeprowadzić dodatkową elucję (200 μl). W tym przypadku należy powtórzyć punkty 19-21 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI), umieszczając minikolumnę w nowej probówce 1,5 ml typu Eendorf. Elution Buffer nie zawiera EDTA, którego obecność może przeszkadzać w niektórych reakcjach enzymatycznych. Materiał Wydajność izolacji i jakość wyizolowanego DNA mogą zależeć od: ilości komórek bakteryjnych w materiale wyjściowym, typu komórki (morfologia), obecności antybiotyków w pożywce, rodzaju pożywki, a także fazy wzrostu, wieku i stanu komórek bakteryjnych. Zestaw przeznaczony jest do izolacji DNA maksymalnie z 3 x 10 9 komórek bakteryjnych. Użycie większej liczby komórek może spowodować drastyczny spadek wydajności izolacji oraz czystości wyizolowanego DNA. Zaleca się prowadzenie izolacji ze świeżej hodowli lub mrożonych osadów bakteryjnych. Należy unikać wielokrotnego zamrażania i rozmrażania materiału przed izolacją. Użycie starego bądź wielokrotnie rozmrażanego materiału może skutkować niską wydajnością izolacji wysokocząsteczkowego DNA. IX. PRZYGOTOWANIE PRÓBKI Izolacja DNA z hodowli płynnej Przed pobraniem odpowiedniej objętości hodowli płynnej, zawiesinę komórek należy dokładnie wymieszać. Izolacja DNA z dużej liczby komórek W przypadku izolacji DNA z dużej liczby komórek ( 10 9 ), powstały po zwirowaniu osad należy dokładnie zawiesić w 450 μl BacL Buffer oraz zwiększyć ilości dodawanych enzymów odpowiednio do 6 μl w przypadku RNase A i 15 μl w przypadku Proteinase K. Kontynuować izolację od pkt. 6 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). Interakcje z buforem wiążącym BacB Buffer Niektóre gatunki bakterii po dodaniu buforu wiążącego mogą tworzyć gęstą zawiesinę przy powierzchni. W takim przypadku po inkubacji z BacB Buffer w 55 C należy jak najdokładniej rozbić zawiesinę przez intensywne worteksowanie lub rozpipetowanie. Następnie po zwirowaniu lizatu (nie naruszając osadu), całość należy przenieść do minikolumny ze złożem i kontynuować izolację od pkt. 11 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). Nie powinno to obniżyć wydajności izolacji ani czystości DNA. Izolacja DNA z 3 ml hodowli Do 1,5 ml probówki typu Eendorf przenieść 1,5 ml hodowli bakteryjnej i wirować przy 5-6 tys. rpm (3-4 tys. g). Zdekantować supernatant, a do powstałego osadu dodać kolejne 1,5 ml hodowli i powtórzyć wirowanie. Powstały osad należy dokładnie zawiesić w 450 μl BacL Buffer oraz zwiększyć ilości dodawanych enzymów odpowiednio do 6 μl w przypadku RNase A i 15 μl w przypadku Proteinase K. Kontynuować izolację od pkt. 6 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). Nie zaleca się izolacji z większej objętości niż 3 ml hodowli. Elucja DNA ze złoża Optymalną objętość buforu elucyjnego (Elution Buffer) należy dobrać w zależności od liczby komórek użytych do izolacji oraz od oczekiwanego poziomu stężenia DNA w eluacie. Zaleca się stosowanie 50-100 μl Elution Buffer przy izolacji maksymalnie z 10 9 komórek oraz zwiększenie objętości buforu elucyjnego do 200 μl w przypadku większej liczby komórek. Jeśli pożądane jest otrzymanie DNA o wysokim stężeniu, objętość buforu elucyjnego można zmniejszyć nawet do 20 μl. Należy mieć jednak na uwadze, Izolacja DNA z zamrożonego osadu komórkowego Zamrożony osad należy bezzwłocznie zawiesić w 300 μl BacL Buffer. Nie należy doprowadzać do rozmrożenia osadu. Kontynuować izolację od pkt. 3 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). Izolacja DNA z hodowli powierzchniowej Do probówki 1,5 ml typu Eendorf przenieść 300 μl BacL Buffer. Ezą pobrać obfitą liczbę komórek z płytki Petriego i zawiesić w buforze. Kontynuować izolację od pkt. 3 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI).

Nr kat. EM02 Izolacja z bakterii Gram-dodatnich Przed przystąpieniem do izolacji DNA z bakterii Gram-dodatnich próbkę należy poddać działaniu odpowiedniego enzymu. Do izolacji DNA z bakterii z rodzaju Staphylococcus zaleca się stosowanie lizostafyny (RP12, RP125), a w przypadku bakterii z rodzaju Enterococcus lizozymu (RP13, RP135). Staphylococcus: 1. Odwirować 1,5 ml hodowli bakteryjnej *. 2. Supernatant zdekantować, a osad bakteryjny zawiesić w 200 μl TE ** (dokładnie rozpipetować). 3. Do zawiesiny komórek dodać 30 μl *** roztworu lizostafyny 400 U/ml (RP12, RP125) i 4 μl RNase A, dokładnie wymieszać poprzez pipetowanie lub worteksowanie. 4. Inkubować 20-60 minut *** w temp. 37 C. 5. Dodać 300 μl BacL Buffer i 17 μl Proteinase K, dokładnie wymieszać przez worteksowanie. 6. Kontynuować izolację od pkt. 6 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). X. PRZED PRZYSTĄPIENIEM DO IZOLACJI 1. Każdy z odczynników zestawu należy wymieszać. 2. Należy pamiętać o rozpuszczeniu liofilizatu Proteinase K w odpowiedniej ilości buforu do proteinazy (Proteinase Buffer) oraz liofilizatu RNase A w odpowiedniej ilości buforu do RNazy (RNase Buffer). 3. W przypadku wytrącenia się osadu w buforach, butelkę z roztworem należy ogrzać do temp. 50-60 C i inkubować, aż do całkowitego rozpuszczenia się osadu, mieszając co kilka minut, a następnie schłodzić do temp. pokojowej. 4. Nagrzać termoblok lub łaźnię wodną do temp. 70 C. 5. Ogrzać odpowiednią ilość buforu elucyjnego do temp. 70 C. 6. Należy pamiętać, żeby wszystkie etapy izolacji przeprowadzać w temp. pokojowej, jeśli nie zalecono inaczej. 7. Wszystkie etapy wirowania zostały zoptymalizowane z wykorzystaniem mikrowirówki Eendorf 5417C. Prędkości wirowania podane w jednostkach rpm odnoszą się do tej mikrowirówki. * ** *** W przypadku gęstych hodowli, izolację należy prowadzić z mniejszych objętości hodowli bakteryjnej. Bufor TE: 10 mm Tris-HCl, 1 mm EDTA, ph 8,0. W przypadku gronkowców koagulazoujemnych należy używać 50 μl preparatu lizostafyny i wydłużyć czas inkubacji z enzymem do 1 godziny. Enterococcus: 1. Odwirować 1,5 ml hodowli bakteryjnej *. 2. Supernatant zdekantować, a osad bakteryjny zawiesić w 200 μl TE ** (dokładnie rozpipetować). 3. Do zawiesiny komórek dodać 40 μl roztworu lizozymu 100 mg/ml i 4 μl RNase A, dokładnie wymieszać poprzez pipetowanie lub worteksowanie. 4. Inkubować 40-60 minut w 37 C. 5. Dodać 300 μl BacL Buffer i 17 μl Proteinase K, dokładnie wymieszać. 6. Kontynuować izolację od pkt. 6 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI). * ** W przypadku gęstych hodowli, izolację należy prowadzić z mniejszych objętości hodowli bakteryjnej. Bufor TE: 10 mm Tris-HCl, 1 mm EDTA, ph 8,0.

1. Nr kat. EM02 XI. PROTOKÓŁ IZOLACJI 1. Zwirować 0,2-1,5 ml hodowli bakteryjnej przy 5-6 tys. rpm (3-4 tys. g) przez 5 min. Można użyć większej objętości hodowli bakteryjnej. W tym przypadku należy postępować według modyfikacji protokołu opisanej w sekcji IX. Przygotowanie próbki. 2. Supernatant zdekantować, a osad bakteryjny dokładnie zawiesić w 300 μl BacL Buffer. 3. Dodać 4 μl RNase A i wymieszać przez worteksowanie. 4. Inkubować 10 min w temp. 37 C. 5. Dodać 10 μl Proteinase K i wymieszaćprzez worteksowanie. 6. Inkubować 10 min w temp. 55 C. 7. Dodać 350 μl BacB Buffer i dokładnie wymieszać. 8. Inkubować kolejne 5 min w temp. 55 C. 9. Po inkubacji próbkę intensywnie worteksować przez 15 s. 10. Wirować 2 min przy 10-12 tys. rpm (11-15 tys. g). 11. Nie naruszając osadu delikatnie przenieść supernatant do minikolumny ze złożem, umieszczonej w probówce odbierającej i wirować 1 min przy 10-12 tys. rpm (11-15 tys. g). 14. Wylać przesącz z probówki odbierającej i umieścić w niej ponownie minikolumnę. 15. Dodać do minikolumny 400 μl BacW Buffer i wirować 30 s przy 10-12 tys. rpm (11-15 tys. g). 16. Wyjąć minikolumnę, wylać przesącz i umieścić ponownie minikolumnę w probówce odbierającej. 17. Wirować 2 min przy 12-14 tys. rpm (15-21 tys. g). 18. Ostrożnie wyjąć suchą minikolumnę z probówki odbierającej i umieścić ją w jałowej probówce 1,5 ml typu Eendorf. Bufor płuczący zawiera alkohol, który może powodować inhibicję niektórych reakcji enzymatycznych, a także obniżenie wydajności elucji, dlatego istotne jest jego całkowite usunięcie przed etapem elucji. 19. Nanieść 50-100 μl Elution Buffer uprzednio ogrzanego do 70 C centralnie na złoże w minikolumnie. Możliwe jest zwiększenie objętości buforu elucyjnego. Więcej wskazówek dotyczących tego etapu znajduje się w sekcji VIII. Szczególne zalecenia i uwagi. 20. Inkubować minikolumnę z buforem przez 2 min. 21. Wirować 1 min przy 10-12 tys. rpm (11-15 tys. g). 22. Minikolumnę usunąć, a wyizolowane DNA przechowywać w +4 C lub -20 C do czasu dalszych analiz. 12. Przenieść minikolumnę do nowej probówki odbierającej (2 ml). 13. Dodać do minikolumny 600 μl buforu płuczącego BacW Buffer i wirować 30 s przy 10-12 tys. rpm (11-15 tys. g).

Nr kat. EM03 XII. MOŻLIWE PROBLEMY I ICH ROZWIĄZYWANIE Problem Prawdopodobna przyczyna Rozwiązanie Problem Prawdopodobna przyczyna Rozwiązanie Niecałkowita liza komórek bakteryjnych. Za krótki czas lizy dla danego rodzaju i ilości materiału. Należy wydłużyć inkubację w 55 C do 20 minut lub do całkowitej lizy komórek. Zatkane złoże minikolumny. Powstała zawiesina DNA, która trudno przechodzi przez złoże. Wirowanie należy powtórzyć przez 1 min przy 14 tys. rpm lub maksymalnej prędkości wirowania. Po inkubacji z BacB Buffer powstała gęsta zawiesina na powierzchni płynu. Do izolacji wzięto za dużą liczbę komórek. Szczep użyty do izolacji należy do bakterii Gramdodatnich. Szczep użyty do izolacji nie jest szczepem bakteryjnym. Charakterystyczna cecha danego szczepu bakteryjnego. Należy powtórzyć izolację z mniejszej objętości hodowli lub zastosować się do zaleceń dotyczących izolacji DNA z gęstych hodowli (sekcja IX. Przygotowanie próbki). Należy powtórzyć izolację stosując się do zaleceń dotyczących izolacji DNA z bakterii Gram-dodatnich (sekcja IX. Przygotowanie próbki). Należy potwierdzić prawidłowość identyfikacji szczepu, a następnie zastosować odpowiedni zestaw do izolacji DNA. Patrz Interakcje z buforem wiążącym BacB Buffer w sekcji VIII. Szczególne zalecenia i uwagi. Niskie stężenie wyizolowanego DNA. Wyizolowane DNA jest podegradowane. Niecałkowita degradacja RNA. Niecałkowita liza komórek. Za duża objętość Elution Buffer. Nieprawidłowe warunki przechowywania materiału. Do izolacji użyto starego materiału. Za krótki czas inkubacji z RNazą A. Patrz Problem Niecałkowita liza komórek bakteryjnych. Objętość buforu elucyjnego można zmniejszyć do 30 μl bez obniżenia wydajności elucji. Izolację należy prowadzić ze świeżych lub mrożonych osadów komórkowych. Należy unikać częstego zamrażania i rozmrażania materiału. Zalecana jest izolacja ze świeżej hodowli nocnej. Starsze hodowle bakteryjne mogą zawierać podegradowane DNA. Należy wydłużyć czas inkubacji z RNazą A (pkt. 4) do 30 minut. Niska wydajność izolacji DNA. Materiał o niskiej zawartości komórek bakteryjnych. Zwiększyć objętość hodowli użytej do izolacji do 3 ml i/lub zmniejszyć objętość buforu elucyjnego do 20 μl. RNaza A jest nieaktywna. Izolację należy powtórzyć dodając świeży roztwór RNazy A. Upewnić się, że RNaza A jest przechowywana w temp. +4 C. Niecałkowita liza komórek. Niecałkowita elucja DNA. Niewłaściwe ph wody (ph <7,0). Niecałkowite wysuszenie kolumny z resztek buforu płuczącego. Patrz Problem Niecałkowita liza komórek bakteryjnych. Przed naniesieniem na złoże podgrzać Elution Buffer do 80 C. Nanieść Elution Buffer centralnie na powierzchnię złoża. Wydłużyć czas inkubacji z Elution Buffer (powyżej 10 minut). Przeprowadzić powtórną elucję. Zwiększyć objętość Elution Buffer użytego do elucji do 200 μl. Do elucji użyć Elution Buffer. Izolację należy powtórzyć, zwracając szczególną uwagę, aby po etapie wirowania na sucho (pkt.17) nie pozostało żadnych resztek buforu płuczącego w minikolumnie. Reakcje enzymatyczne z użyciem wyizolowanego DNA nie zachodzą prawidłowo. Wyizolowane DNA jest niskiej czystości. Niecałkowite wysuszenie minikolumny z resztek buforu płuczącego. Niewystarczająca ilość DNA w eluacie. Duża zawartość RNA w próbce. Niecałkowita degradacja białek w związku z obniżoną aktywnością proteinazy K. Pominięto jeden z dwóch etapów płukania. Izolację należy powtórzyć, zwracając szczególną uwagę, aby po etapie wirowania na sucho (pkt.17) nie pozostałotżadnych resztek buforu płuczącego w minikolumnie. Patrz Problem Niecałkowita liza komórek bakteryjnych i Niskie stężenie wyizolowanego DNA. Patrz Problem Niecałkowita degradacja RNA. Sporządzić świeży roztwór proteinazy K. Należy upewnić się, że roztwór proteinazy K jest przechowywany w temp. 20 C. Izolację należy powtórzyć, pamiętając o obu etapach płukania. Niewystarczające zmieszanie lizatu z buforem wiążącym BacB Buffer. Izolację należy powtórzyć zwracając uwagę na całkowite zmieszanie lizatu z BacB Buffer przed inkubacją w 55 C (pkt.8). Niecałkowite wysuszenie minikolumny z resztek buforu płuczącego. Izolację należy powtórzyć, zwracając szczególną uwagę, aby po etapie wirowania na sucho (pkt.17) nie pozostało żadnych resztek buforu płuczącego w minikolumnie. Obniżona aktywność proteinazy K. Sporządzić świeży roztwór proteinazy K. Należy upewnić się, że roztwór proteinazy K jest przechowywany w temp. 20 C.

Nr kat. EM03 XIII. BEZPIECZEŃSTWO I POSTĘPOWANIE Z PRODUKTEM BacL BUFFER BacB BUFFER BacW BUFFER Uwaga H315, H319, H335, P261, P305+P351+P338 Niebezpieczeństwo H302, H315, H318, H319, H411, P273, P280, P305+P351+P338 Niebezpieczeństwo H225, H319, H336, P210, P261, P305+P351+P338 H225 Wysoce łatwopalna ciecz i pary. H302 Działa szkodliwie po połknięciu. H315 Działa drażniąco na skórę. H318 Powoduje poważne uszkodzenie oczu. H319 Działa drażniąco na oczy. H334 Może powodować objawy alergii lub astmy lub trudności w oddychaniu w następstwie wdychania. H335 Może powodować podrażnienie dróg oddechowych. H336 Może wywoływać uczucie senności lub zawroty głowy. H411 Działa toksycznie na organizmy wodne, powodując długotrwałe skutki. P210 Przechowywać z dala od źródeł ciepła/ iskrzenia/ otwartego ognia/ gorących powierzchni. Palenie wzbronione. P261 Unikać wdychania pyłu/ dymu/ gazu/ mgły/ par/ rozpylonej cieczy. P273 Unikać uwolnienia do środowiska. P280 Stosować rękawice ochronne/ odzież ochronną/ ochronę oczu /ochronę twarzy. P305 + P351 + P338 W PRZYPADKU DOSTANIA SIĘ DO OCZU: Ostrożnie płukać wodą przez kilka minut. Wyjąć soczewki kontaktowe, jeżeli są i można je łatwo usunąć. Nadal płukać. P342 + P311 W przypadku wystąpienia objawów ze strony układu oddechowego: Skontaktować się z OŚRODKIEM ZATRUĆ lub z lekarzem. PROTEINASE K Niebezpieczeństwo H315, H319, H334, H335, P261, P305+P351+P338, P342+P311 RNase A Uwaga H319, P305+P351+P338

BLIRT S.A., ul. Trzy Lipy 3/1.38, 80 172 Gdańsk, T: +48 58 739 61 50 F: +48 58 739 61 51 E: info@dnagdansk.com