(LAMP) Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal. AMPlification(LAMP) NOVAZYM POLSKA nr 1 / 2012

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "(LAMP) Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal. AMPlification(LAMP) NOVAZYM POLSKA nr 1 / 2012"

Transkrypt

1 NOVAZYM POLSKA nr 1 / 2012 Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal (LAMP) AMPlification(LAMP) LAMP is registered trademark owned by Eiken Chemical Co., Ltd. Opracowanie: Marta Jankowska Katedra Biotechnologii i Mikrobiologii Żywności Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu Adam Burzyński Novazym Polska POZNAŃ 2012

2 SPIS TREŚCI WSTĘP... 3 LAMP Loop-mediated isothermal AMPlification... 3 Historia... 3 Publikacje naukowe na temat LAMP... 3 Zakres wykorzystywania LAMP:... 4 Wirusy:... 4 Bakterie:... 5 Grzyby:... 6 Pierwotniaki:... 6 GMO:... 6 LAMP - Zasada działania reakcji:... 7 Przykład reakcji (dla 2 par starterów)... 7 Warunki reakcji LAMP:... 9 Projektowanie starterów do LAMP Zasady projektowania starterów do LAMP: Parametry starterów: Programy do projektowania starterów: Detekcja i wizualizacja LAMP Charakterystyka produktów (amplikonów) reakcji LAMP ( LAMPlikons ) Metody detekcji Elektroforeza w żelu agarozowym Analiza turbidymetryczna Analiza turbidymetryczna w czasie rzeczywistym Analiza fluorymetryczna Fluorescencja w czasie rzeczywistym Diagnostyczne wskaźniki wydajności reakcji LAMP Badanie SNP metodą LAMP Oprzyrządowanie, odczynniki i akcesoria dla izotermicznej amplifikacji DNA firmy OptiGene Genie II zinegrowana elastyczna platforma GspSSD Polimeraza: Isothermal Master Mix Zalety i wady LAMP Podsumowanie Bibliografia Strona2

3 WSTĘP LAMP Loop-mediated isothermal AMPlification Nowa metoda amplifikacji kwasów nukleinowych, która pozwala na szybką identyfikację patogenów ludzkich, zwierzęcych i roślinnych. Metoda polega na syntezie nowych nici DNA na matrycy (DNA lub RNA) w kolejnych cyklach reakcji oraz zastępowaniu (wymianie) łańcuchów DNA (ang. Stand displacement) przez łańcuchy nowo zsyntetyzowane. Polimeraza wykorzystywana w reakcji posiada aktywność syntezy nici DNA w kierunku 5 ->3 oraz wymiany nici, nie posiada aktywności egzonuklotydowej Powstałeamplifikowane produkty posiadają strukturę składającą się znaprzemianodwróconychpowtórzeńsekwencjimatrycowej na tym samym łańcuchu, Produkt LAMP jest mieszaniną łańcuchów DNA tworzących struktury typu łodyga-pętla (ang. Stem-loop) różniących się wielkością, Uzyskany produkt posiada wysoką specyficzność do matrycy poprzez zastosowanie 2 par starterów komplementarnych do 6 niezależnych miejsc na matrycy w początkowym etapie reakcji oraz 4 niezależnych miejsc w kolejnych etapach LAMP. Amplifikacja przebiega w warunkach izotermicznych (w stałej temperaturze) Historia 1998 opracowanie metody LAMP przez japońską firmę EIKEN CHEMICAL CO., LTD 2000 pierwsza publikacja naukowa nt. LAMP (Loop-mediatedisothermalamplification of DNA., Notomi T,Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, Hase T.) 2002 pojawienie się na rynku komercyjnych zestawów do prowadzenia reakcji LAMP 2006 pojawienie się zestawów do wykrywania patogenów w żywności i w środowisku (Cryptosporidium, Salmonella, Escherichia coli, Listeriamonocytogenesetc.) założenie w UK firmy OptiGeneLtd umowa licencyjna pomiędzy OptiGeneLtd i Eiken Chemical Co., Ltd. zezwalające OptiGene na rozwijanie i sprzedaż urządzeń i produktów do prowadzenia LAMP 2011 wprowadzenie na rynek przez OptiGeneLtd w pełni zintegrowanej platformy Genie II do prowadzenia reakcji LAMP w czasie rzeczywistym 2012 umowa pomiędzy Novazym Polska sc i OptiGeneLtd Publikacje naukowe na temat LAMP Wykorzystywanie reakcji LAMP (liczba publikacji na przestrzeni lat, na podstawie PubMED) Rysunek 1Liczba publikacji w latach Strona3

4 Obecnie >600 publikacji, (w publikacji) Zakres wykorzystywania LAMP: Wykrywanie obecności patogenów ludzkich, zwierzęcych i roślinnych, technika wykorzystywana w badaniach weterynaryjnych, środowiskowych, rolnictwie, badaniach żywności, diagnostyce laboratoryjnej. Ponad 200 genówzamplifikowano techniką LAMP Szeroki zakres zastosowań (przykłady poniżej): Wirusy: influenza A (Detection of human influenza A viruses by loop-mediated isothermal amplification.poon LL, Leung CS, Chan KH, Lee JH, Yuen KY, Guan Y, Peiris JS.J ClinMicrobiol Jan;43(1): ) herpes simplex (Rapid diagnosis of herpes simplex virus infection by a loop-mediated isothermal amplification method. Enomoto Y, Yoshikawa T, Ihira M, Akimoto S, Miyake F, Usui C, Suga S, Suzuki K, Kawana T, Nishiyama Y, Asano Y.ClinMicrobiol Feb;43(2):951-5.) Ebola virus (Rapid and simple detection of Ebola virus by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification. Kurosaki Y, Takada A, Ebihara H, Grolla A, Kamo N, Feldmann H, Kawaoka Y, Yasuda J. J Virol Methods Apr;141(1): Epub 2006 Dec 27. Vibrio cholerae (Sensitive and rapid detection of cholera toxin-producing Vibrio cholerae using a loop-mediated isothermal amplification. Yamazaki W, Seto K, Taguchi M, Ishibashi M, Inoue K. BMC Microbiol Jun 12;8:94. A rapid, simple, and sensitive loop-mediated isothermal amplification method to detect toxigenic Vibrio cholerae in rectal swab samples. Okada K, Chantaroj S, Taniguchi T, Suzuki Y, Roobthaisong A, Puiprom O, Honda T, Sawanpanyalert P. DiagnMicrobiol Infect Dis Feb;66(2): Epub 2009 Oct 7. Establishment and application of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid diagnosis of Vibrio cholerae. Ke XM, Chen YY, Gao LL, DU ZP, Feng XM, Liao RY, Chen ZY, Cao YC, Chen Q. Nan Fang Yi Ke Da XueXueBao Oct;29(10): Chinese.) porcine parvovirus(detection of porcine parvovirus by loop-mediated isothermal amplification.chen CM, Cui SJ. J Virol Methods Feb;155(2): Epub 2008 Nov 20. epidemic diarrhea virus(development of reverse transcription loop-mediated isothermal amplification for rapid detection of porcine epidemic diarrhea virus. Ren X, Li P. Virus Genes Apr;42(2): Epub 2011 Feb 1.) porcine circovirus type 2(Specific, simple and rapid detection of porcine circovirus type 2 using the loop-mediated isothermal amplification method. Zhao K, Shi W, Han F, Xu Y, Zhu L, Zou Y, Wu X, Zhu H, Tan F, Tao S, Tang X.Virol J Mar 18;8:126.) human papillomavirus (Rapid detection of the most common high-risk human papillomaviruses by loop-mediated isothermal amplification.saetiew C, Limpaiboon T, Jearanaikoon P, Daduang S, Pientong C, Kerdsin A, Daduang J.J Virol Methods Dec;178(1-2): Visual detection of high-risk human papillomavirus genotypes 16, 18, 45, 52, and 58 by loop-mediated isothermal amplification with hydroxynaphthol blue dye.luo L, Nie K, Yang MJ, Wang M, Li J, Zhang C, Liu HT, Ma XJ.J ClinMicrobiol Oct;49(10): Colorimetric detection of HPV6 and HPV16 by loop mediated isothermal amplification.lu CB, Luo L, Yang MJ, Nie K, Wang M, Ma XJ.Bing Du XueBao Jan;27(1): Chinese.Loop-mediated isothermal amplification Strona4

5 method for detection of human papillomavirus type 6, 11, 16, and 18.Hagiwara M, Sasaki H, Matsuo K, Honda M, Kawase M, Nakagawa H. J Med Virol May;79(5): ) Bakterie: Mycobacterium tuberculosis(loop-mediated isothermal amplification for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex, M. avium, and M. intracellulare in sputum samples.iwamoto T, Sonobe T, Hayashi K.J ClinMicrobiol Jun;41(6): Use of visual loop-mediated isotheral amplification of rimm sequence for rapid detection of Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium bovis.zhu RY, Zhang KX, Zhao MQ, Liu YH, Xu YY, Ju CM, Li B, Chen JD.J Microbiol Methods Sep;78(3): Epub 2009 Jul 17. Erratum in: J Microbiol Methods Nov;79(2):250.) Streptococcus pneumoniae(loop-mediated isothermal amplification method targeting the lyta gene for detection of Streptococcus pneumoniae.seki M, Yamashita Y, Torigoe H, Tsuda H, Sato S, Maeno M.J ClinMicrobiol Apr;43(4): ) Clostridium difficile(rapid and simple method for detecting the toxin B gene of Clostridium difficile in stool specimens by loop-mediated isothermal amplification.kato H, Yokoyama T, Kato H, Arakawa Y.J ClinMicrobiol Dec;43(12): Campylobacter jejuni (Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and simple detection of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli.yamazaki W, Taguchi M, Ishibashi M, Kitazato M, Nukina M, Misawa N, Inoue K.J Med Microbiol Apr;57(Pt 4): ) Clostridium botulinum(rapid and simple detection of Clostridium botulinum types A and B by loop-mediated isothermal amplification.sakuma T, Kurosaki Y, Fujinami Y, Takizawa T, Yasuda J.J ApplMicrobiol Apr;106(4): Epub 2009 Jan 30. Salmonella (A loop-mediated isothermal amplification method targets the phop gene for the detection of Salmonella in food samples.li X, Zhang S, Zhang H, Zhang L, Tao H, Yu J, Zheng W, Liu C, Lü D, Xiang R, Liu Y.Int J Food Microbiol Aug 15;133(3): Epub 2009 Jun 1.The rapid detection of Salmonella from food samples by loop-mediated isothermal amplification (LAMP).Ueda S, Kuwabara Y.Biocontrol Sci Jun;14(2):73-6.Rapid, sensitive, and specific detection of the O4 group of Salmonella enterica by loop-mediated isothermal amplification.okamura M, Ohba Y, Kikuchi S, Takehara K, Ikedo M, Kojima T, Nakamura M.Avian Dis Jun;53(2): ) Escherichia coli O157 (Development and application of a loop-mediated isothermal amplification method on rapid detection Escherichia coli O157 strains from food samples.zhao X, Li Y, Wang L, You L, Xu Z, Li L, He X, Liu Y, Wang J, Yang L.MolBiol Rep Jun;37(5): Epub 2009 Aug 15. Staphylococcus aureus (Loop-mediated isothermal amplification assays for identification of antiseptic and methicillin-resistant Staphylococcus aureus.hanaki K, Sekiguchi J, Shimada K, Sato A, Watari H, Kojima T, Miyoshi-Akiyama T, Kirikae T.J Microbiol Methods Feb;84(2): Epub 2010 Dec 16.) Listeria monocytogenes (Rapid and sensitive detection of Listeria monocytogenes by loopmediated isothermal amplification.tang MJ, Zhou S, Zhang XY, Pu JH, Ge QL, Tang XJ, Gao YS.CurrMicrobiol Dec;63(6): Epub 2011 Sep 21.) Strona5

6 Clostridium perfringensdetection of enterotoxigenic Clostridium perfringens in meat samples by using molecular methods.kaneko I, Miyamoto K, Mimura K, Yumine N, Utsunomiya H, Akimoto S, McClane BA. Appl Environ Microbiol Nov;77(21): Epub 2011 Sep 2. Grzyby: Paracoccidioidesbrasiliensis (Detection of gp43 of Paracoccidioidesbrasiliensis by the loopmediated isothermal amplification (LAMP) method.endo S, Komori T, Ricci G, Sano A, Yokoyama K, Ohori A, Kamei K, Franco M, Miyaji M, Nishimura K.FEMS MicrobiolLett May 1;234(1):93-7. Candida (Efficient identification of clinically relevant Candida yeast species by use of an assay combining panfungal loop-mediatedisothermal DNA amplification with hybridization to species-specific oligonucleotide probes.inácio J, Flores O, Spencer-Martins I.J ClinMicrobiol Feb;46(2): Epub 2007 Dec 12. Pneumocystis pneumonia (Development of a loop-mediated isothermal amplification method for diagnosing Pneumocystis pneumonia.uemura N, Makimura K, Onozaki M, Otsuka Y, Shibuya Y, Yazaki H, Kikuchi Y, Abe S, Kudoh S.J Med Microbiol Jan;57(Pt 1):50-7.) Pierwotniaki: GMO: Toxoplasma gondii (Toxoplasma gondii: sensitive and rapid detection of infection by loopmediated isothermal amplification (LAMP) method.zhang H, Thekisoe OM, Aboge GO, Kyan H, Yamagishi J, Inoue N, Nishikawa Y, Zakimi S, Xuan X.ExpParasitol May;122(1): Epub 2009 Feb 1.) Wuchereriabancrofti (Development of loop-mediated isothermal amplification method for detecting Wuchereriabancrofti DNA in human blood and vector mosquitoes.takagi H, Itoh M, Kasai S, Yahathugoda TC, Weerasooriya MV, Kimura E.Parasitol Int Dec;60(4): Epub 2011 Sep 10. Plasmodium falciparum(development of a reverse transcription-loopmediatedisothermalamplification(rt-lamp) for clinical detection of Plasmodium falciparum gametocytes.buates S, Bantuchai S, Sattabongkot J, Han ET, Tsuboi T, Udomsangpetch R, Sirichaisinthop J, Tan-ariya P.Parasitol Int Sep;59(3): Epub 2010 Jun 10. Detection of genetically modified organisms (GMOs) using isothermal amplification of target DNA sequences. Lee D, La Mura M, Allnutt TR, Powell W. BMC Biotechnol Feb 2;9:7. Sensitive and rapid detection of genetic modified soybean (Roundup Ready) by loop-mediated isothermal amplification. Liu M, Luo Y, Tao R, He R, Jiang K, Wang B, Wang L. BiosciBiotechnolBiochem Nov;73(11): Epub 2009 Nov 7. Strona6

7 LAMP - Zasada działania reakcji: Kolejne cykle wydłużania i zastępowania nici prowadzone są przy użyciu odpowiedniej polimerazy i 2 lub 3 par starterów rozpoznających odpowiednio 6 lub 8 miejsc matrycy. Startery wewnętrzne to FIP (Forward Inner Primer) oraz BIP (Backward Inner Primer), sekwencję ich są komplementarne do dwóch różnych odległych miejsc w sekwencji matrycy (nici sensownej i antysensownej). Startery zewnętrzne F3 (Forward) i B3(Backward) komplementarne są do zewnętrznych końców matrycy. Startery zewnętrzne są krótsze od starterów wewnętrznych i ich końcowe stężenie w reakcji jest mniejsze dlatego wolniej hybrydyzują do matrycy inicjując reakcję zastępowania nici.dodatkowo dla wzmocnienia reakcji można zastosować startery LoopF i LoopR. Zastosowana polimeraza DNA posiada aktywność zastępowania nici DNA dzięki czemu nie potrzebna jest dodatkowa denaturacja matrycy i reakcję można prowadzić w warunkach izotermicznych. Kluczową cechą LAMP jest utworzenie w pierwszym etapie reakcji sztucznej matrycy (ssdna) o strukturze typu łodyga-pętla, przez tzw. self-priming końców matrycy. Matryca w następnych etapach jest amplifikowana, co prowadzi do powstania mieszaniny dwuniciowego DNA o strukturze podobnej do kalafiora. Proces można podzielić na etapy: 1. Tworzenie materiału starterowego LAMP 2. Cykliczna amplifikacja 3. Elongacja i recyklizacja Przykład reakcji (dla 2 par starterów) Gdy dsdna osiągnie stan równowagi (65 o C) wówczas pierwszy z starterów wewnętrznych może przyłączyć się do komplementarnej sekwencji matrycy inicjując syntezę nowej nici DNA. Polimeraza DNA o aktywności zastępującej wydłuża starter w kierunku 5 ->3. Następnie starter zewnętrzny F3 hybrydyzuje do miejsca F3c matrycy i następuje jego wydłużanie Strona7

8 Następuje wydłużanie startera F3 oraz zastępowanie nici oflankowanej starterem FIP. Nowo powstały dsdna (powyżej) uwolniony ssdna (poniżej). Uwolniona nićssdna oflankowana starterem FIP tworzy na końcu 5 strukturę pętli z powodu komplementarności sekwencji F1c z końca do sekwencji F1 w środku. Nić ta jest matrycą dla kolejnego startera wewnętrznego BIP, następuje wydłużenie i powstanie nowej nici oraz struktura pętli powraca do formy liniowej. Następnie starter B3 przyłącza się na zewnątrz od BIP, następuje wydłużanie nowej nici i uwolnienie ssdna. Uwolniona nić ssdna tworzy strukturę pętli na obydwu końcach (struktura przypominająca hantle). Tak powstała struktura stanowi matrycę dla rozpoczęcia kolejnego etapu reakcji: cyklicznej amplifikacji. STRUKTURA STARTEROWA DLA REAKCJI LAMP Strona8

9 Rozpoczyna się etap cyklicznej amplifikacji, starter FIP przyłącza się do ssdna i zaczyna się synteza nowej kolejnej nici w kierunku 5 ->3, uwalniając wcześniej zsyntetyzowaną nić. Następnie na końcu 3 regionu B1 następuje wydłużenie nici i uwolnienie nici oflankowanej starterem FIP (9). Uwolniona nić tworzy strukturę hantli z pętlami na obydwu końcach (11). Powstała nic jest odwróceniem nici (8). Podobnie jak w etapach (8) do (11) następuje tzw. self-priming matrycy (11), dodatkowo starter BIP hybrydyzuje do regionu B2c i następuje wydłużanie starterów i zastępowanie i uwalnianie kolejnej nici DNA. W trakcie reakcji wydłużania starterów, self-priming matrycy oraz zastępowania nici powstają produkty składające się zna przemianodwróconychpowtórzeńsekwencji matrycowej na tym samym łańcuchu. Animacja reakcji LAMP: Warunki reakcji LAMP: Temperatura: o C (~63 o C) warunki izotermiczne Objętość reakcji: 25µl Enzym: Polimeraza DNA, 8U/reakcję Startery: o Wewnętrzne (FIP, BIP): 1,6µM o Zewnętrzne (F3, B3):0,2µM o Loop (LF, LB): 0,8 µm Trójfosforany deoksyrybonukleotydów (dntp-y): 1,4mM każdego Próba: ~5µl/reakcję Czas reakcji: do 1 godziny Strona9

10 Projektowanie starterów do LAMP Odpowiednie zaprojektowanie starterów jest kluczowym etapem poprawnego przeprowadzenia reakcji LAMP. FIP (Forward Inner Primer) - zawiera na końcu 3 region F2 komplementarny do F2c matrycy oraz na końcu 5 region F1c. BIP (Backward Inner Primer) - zawiera na końcu 3 region B2 komplementarny do B2c matrycy oraz na końcu 5 region B1c F3 (ForwardPrimer) - starter zewnętrzny zawiera w swojej sekwencji region F3 matrycy komplementarny do F3c B3 (BackwardPrimer) - starter zewnętrzny zawiera w swojej sekwencji region B3 matrycy komplementarny do B3c Loop F (LoopForwardPrimer) sekwencja komplementarna do jednoniciowej pętli pomiędzy regionami F2 i F1 na końcu 5 nici ssdnao strukturze przypominającej hantle (ang.dumbelllikestructure). Loop B (LoopBackwardPrimer) - sekwencja komplementarna do jednoniciowej pętli pomiędzy regionami B2 i B1 na końcu 5 nici ssdnao strukturze przypominającej hantle (ang.dumbelllikestructure). Rysunek 2 Sekwencje starterów wykorzystywane w reakcji LAMP Zasady projektowania starterów do LAMP: Odpowiednie i poprawne zaprojektowanie starterów wymaga postępowania krok po kroku zgodnie z poniższymi wskazówkami: Określenie wymagań (celu) badań o Matryca: Wybór odpowiednich szczepów/rodzajów mikroorganizmów, których geny mająbyć amplifikowane (dawać pozytywny wynik reakcji), o Określenie odpowiednich szczepów/rodzajów mikroorganizmów, których geny nie mogą być amplifikowane (dawać negatywny wynik reakcji), Zebranie dostępnych sekwencji genów dla wszystkich szczepów/rodzajów mikroorganizmów, którą mają dawać pozytywny i negatywny wynik reakcji, Dopasowanie i określenie regionów konserwatywnych w genomie szczepów/rodzajów mikroorganizmów, których geny mają być amplifikowane, - (czułość LAMP), Określenie regionów unikalnych (specyficznych) w genomie szczepów/rodzajów mikroorganizmów, których geny mają być amplifikowane (regiony nie występujące w genomach mikroorganizmów, które mają dawać negatywny wynik) (specyficzność (LAMP) Strona10

11 Wykorzystanie dostępnych programów komputerowych do projektowania starterów. W przypadku gdy zaprojektowane startery nie dają satysfakcjonującego rezultatu (brak produktu, obecność niespecyficznych sekwencji etc.) należy ponownie zaprojektować startery. Parametry starterów: Odległość pomiędzy regionami starterów: Odległość pomiędzy końcami regionu F2 i B2 (region amplifikowany przez LAMP) powinna wynosić pz, natomiast zarówno pomiędzy F2 i F3. oraz B2 i B3 powinna wynosić 0 20 pz. Odległość dla regionów tworzących strukturę pętli (pomiędzy 5' końcem F2 i 5' końcem F1, 5' końcem B2 i 3' końcem B1) powinna wynosić pz. Odległość pomiędzy regionami F2 i F3 oraz B2 i B3 powinna wynosić 0 do F3 F2 B1c 3 F1c B2 B3 5 <40~60 pz> <40~60 pz> <0~60>pz <120~160>pz <0~60>pz Temperatura topnienia (Tm): Około o C dla regionów bogatych w pary GC i ok o C dla regionów bogatych w pary AT Tm dla każdego region powinna wynosić odpowiednio: ok. 65 C (64-66 C) dla F1c i B1c, ok 60 C (59-61 C) dla F2, B2, F3, i B3, iok. 65 C (64-66 C) dla starterówloop. Stabilność końców Końce starterów stanowią początkowy punkt dla syntezy DNA i tym samym musi posiadać pewien stopień stabilności. Końce 3 regionów F2/B2, F3/B3, i LF/LB oraz koniec 5 regionów F1c/B1c powinny być zaprojektowane tak by energia swobodna wynosiła 4kcal/mol lub mniej (dla 6pz końca). Koniec 5 regionu F1c po amplifikacji łączy się z końcem 3 regionu F1 dlatego stabilność jest bardzo istotna. (Zmiana energii swobodnej ΔG jest różnicą pomiędzy energią swobodną produktu i energią swobodną materiału początkowego) Im niższa wartość ΔG tym częściej startery przyłączają się do matrycy. Zawartość par GC powinna wynosić 50-60% w przypadku matryc bogatych w pary GC, 40-50% dla matryc bogatych w pary AT. Tworzenie struktur dwurzędowych: Ważne jest w szczególności dla starterów wewnętrznych aby nie tworzyły struktur dwurzędowych typu primer-dimer. Końce 3 starterów nie mogą być komplementarne względem siebie. Inne: Jeżeli w sekwencji występują miejsca rozpoznawane przez enzymy restrykcyjne, z wyjątkiem regionów dla starterów mogą być użyte dla potwierdzenia zamplifikowanego produktu Strona11

12 Programy do projektowania starterów: Primer Explorer V4 Automatyczne oprogramowanie stworzone przez Fujitsu Ltd i EikenChemical Co, Wersja V4, Pracuje w środowisku Windows, Internet Explorer 5+ Dostępne na stronie internetowej: LAMP Designer (OptiGene Ltd) Automatyczne oprogramowanie stworzone przez OptiGeneLtd, Posiada wbudowany algorytm wyszukiwania najlepszych sekwencji starterowych Startery przeszukiwane są podkątem tworzenia struktur drugorzędowych, dimerów, homologiii właściwości fizycznych zgodnie z zadanymi warunkami. Sekwencje matrycowe mogą być pobierane z baz danych (Acession number), z pliku w formacie tekstowym oraz wklejane bezpośrednio w okienko programu. Pracuje w środowisku Windows Wersja demo dostępna na stronie internetowej: Strona12

13 Detekcja i wizualizacja LAMP Charakterystyka produktów (amplikonów) reakcji LAMP ( LAMPlikons ) Tabela 1 Porównanie produktów reakcji LAMP i PCR LAMP PCR Struktura pętla-łodyga dsdna dsdna Rozmiar różny jednakowy Kształt Przypominający kalafior liniowy Liczb kopii genu wiele kopii/1 amplikon 1 kopia/1 amplikon Stężenie µg/ml kopii/reakcję, 4-40 µg/ml Metody detekcji 1. Elektroforeza w żelu agarozowym Po raz pierwszy dla LAMP w 2000 roku (Notomi Tet al.) Produkty reakcji wybarwione bromkiem etydyny, rozdzielane w 2% żelu agarozowym, Końcowy punkt analizy (po zakończeniu reakcji), Produkt na żelu widoczny w postaci smearu, Wynik tylko jakościowy, Wizualizacja w świetle UV, Pozwala obserwować produkt reakcji LAMP po trawieniu restrykcyjnym. A Rysunek 3 A. Rozdział elektroforetyczny produktu amplifikacji HBV metodą LAMP (amplifikacja w 60 o C przez 60 min) Tor 1. Marker, Tor 2-4 zamplifikowany HBV, Tor 5 K- Tor 6 K+ (produkt amplifikacji trawiony Sau 3A I) Rysunek 3 B. Rozdział elektroforetyczny produktu amplifikacji PSA mrna (amplifikacja w 65oC przez 60 min) Tor 1.Marker, Tor 2K- Tor 3-4 zamplifikowany PSA mrna, Tor 5-6 K+ (produkt amplifikacji trawiony Sau 3A I) 2. Analiza turbidymetryczna B Po raz pierwszy dla LAMP w 2001 roku (Mori et al.), Powstający w trakcie reakcji produkt uboczny, pirofosforan magnezu, pozwala na ocenę wyniku poprzez analizę zmętnienia Końcowy punkt analizy, (po zakończeniu reakcji) Produkt reakcji widoczny gołym okiem Wynik jakościowy W trakcie reakcji przyłączania kolejnych nukleotydów do wydłużanego łańcucha DNA polimeryzacji uwalniany jest z dntp ów pirofosforan. Duża ilość powstającego Strona13

14 piroforsforanureaguje z jonami magnezu obecnymi w buforze reakcyjnym powstaje biały osad (zgodnie z równaniem poniżej: (DNA) n-1 + dntp = (DNA) n + P 2 O 7 4- ; P 2 O Mg 2+ = Mg 2 P 2 O 7 Zmętnienie w probówce widoczne jest kiedy stężenie pirofosforanu magnezu przekracza 0,5mM. Do powstania pirofosforanu magnezu w stężeniu powyżej 0,5mM potrzeba wytworzenia 4µgDNA w 25µl objętości reakcji. W reakcji LAMP uzyskuje się 10µg DNA/25µl, w porównaniu w reakcji PCR otrzymuje się ok. 0,2µg DNA/25µl, stężenie pirofosforanu magnezu wynosi wówczas 0,02mM, co nie pozwala na zaobserwowanie białego osadu. Dodatkowo warunki termiczne (podgrzewanie) w reakcji PCR powodują że jony pirofosforanowe są hydrolizowane do jonów fosforanowych. Rysunek 4 Analiza turbidymetryczna LAMP. Probówka 1 - K-, Probówka 2 amplikon LAMP. 3. Analiza turbidymetryczna w czasie rzeczywistym Po raz pierwszy dla LAMP w 2003 roku (Mori et al.) Pomiar w czasie rzeczywistym, pozwala to wyeliminować etap szacowania produktu po zakończeniu reakcji Pomiar podobny do analizy spektrofotometrycznej Analiza jakościowa i ilościowa produktu reakcji Analiza turbidymetryczna jest pomiarem pośrednim ilości DNA, gdyż opiera się na pomiarze stężenia produktu ubocznego- pirofosforanu magnezu. Określana jest zależność pomiędzy ilością powstającego pirofosforanu magnezu a ilością powstającego DNA. Rysunek 5 Pomiar zmętnienia produktu reakcji LAMP w czasie rzeczywistym. Strona14

15 4. Analiza fluorymetryczna Po raz pierwszy dla LAMP w 2000 roku (Notomi Tet al.) Detekcja produktu przez fluorescencję, Detektorami są cząsteczki fluorochromu emitujące światło o określonej długości po związaniu się z dwuniciowym DNA, takie jak bromek etydyny, SYBR Green I, kalceina etc. Końcowy punkt analizy, (po zakończeniu reakcji) Analiza jakościowa Wizualizacja w świetle UV, ale produkt reakcji można obserwować gołym okiem A B Rysunek 6 A Wizualizacja fluorymetryczna reakcji LAMP (Fluorochrom: Kalceina) Jony pirofosforanowe usuwają jony manganu z kalceiny, fluorescencja wzrasta im więcej kalceiny łączy się z uwolnionymi z DTP-ów jonami magnezu. Probówka 1 - K-, Probówka 2 amplikon LAMP Rysunek6 B Wizualizacja fluorymetryczna reakcji LAMP (Fluorochrom: Bromek Etydyny) obraz w świetle UV; Probówka 1 - K-, Probówka 2 amplikon LAMP 5. Fluorescencja w czasie rzeczywistym Pomiar w czasie rzeczywistym, pozwala to wyeliminować etap szacowania produktu po zakończeniu reakcji Analiza jakościowa i ilościowa produktu reakcji Monitorowanie przyrostu liczby kopii badanej sekwencji w czasie przez pomiar fluorescencji Specyficzność reakcji, analiza temperatury annealingu produktu A B Rysunek 7A Pomiar fluorescencji reakcji LAMPw czasie rzeczywistym Rysunek 7 B Krzywa annealingu produktu reakcji LAMP Strona15

16 Diagnostyczne wskaźniki wydajności reakcji LAMP Przed przystąpieniem do obliczania wskaźników wydajności LAMP należy: 1. Określić, które z badanych prób mają dać wynik pozytywny a które negatywny, 2. Zebrać jak największą liczbę prób, które stanowią będą stanowiły odniesienie (tzw. próby referencyjne): faktycznie dające wynik pozytywny, faktycznie dające wynik negatywny 3. Zbadać każdą próbę i określić, które w reakcji LAMP dają wynik pozytywny, a które wynik negatywny 4. Zebrane dane liczbowe umieścić w tabeli tzw. tablicy 2X2 Wskaźniki: P. odniesienia (+) P. odniesienia (-) Test (+) Prawdziwie dodatnie (PD) Fałszywie dodatnie (FD) suma (PD+FD) Test (-) Fałszywie ujemne (FJ) Prawdziwie ujemne (PJ) suma (FN+PN) SUMA suma (PP+FJ) suma (FD+PJ) SUMA Czułość zdolność do wykrycia badanej cechy, stosunek wyników prawdziwie dodatnich do faktycznie posiadających daną cechę. CZ=PP/(PP+FN) [%] Specyficzność część negatywnych prób odniesienia, która w reakcji dała wynik negatywny, stosunek wyników prawdziwie ujemnych do faktycznie nie posiadających danej cechy. Sp= PJ/FD+PJ [%] Predykcja dodatnia iloraz wyników prawdziwie dodatnich oraz sumy wyników prawdziwie dodatnich i fałszywie dodatnich (czyli wszystkich dodatnichwyników testu). Pd=PD/(PD+FD) [%] Predykcja ujemna iloraz wyników prawdziwie ujemnych oraz sumy wyników prawdziwie ujemnych i fałszywie ujemnych (czyli wszystkich ujemnych wyników testu). Wydajność określa jak często w reakcji otrzymujemy poprawny wynik W=(PP+PJ)/SUMA Strona16

17 Badanie SNP metodą LAMP Polimorfizm pojedynczego nukleotydu(ang.singlenucleotidepolymorphism, SNP) to zmienność sekwencjidna, która polega na zmianie pojedynczegonukleotydu pomiędzy osobnikami danego gatunku lub drugim, odpowiadającymchromosomemdanego osobnika. Wysoka specyficzność co do sekwencji reakcji LAMP powoduje, że tylko docelowa sekwencja (zawierająca SNP) zostanie zamplifikowana spośród sekwencji homologicznych. Występowanie polimorfizmu pojedynczego nukleotydu można potwierdzić przez obecność zamplifikowanego produktu w reakcji. Możliwe to jest przez dzięki odpowiedniemu zaprojektowaniu starterów do reakcji. Startery FIP i BIP do reakcji SNP-LAMP projektowane są w taki sposób, że na końcach 5 zawierają SNP (Wild Type allele). Kiedy matrycą w reakcji jest allel WT wówczas w trakcie reakcji powstaje struktura starterowa i reakcja jest kontynuowana. W przypadku gdy matrycą jest zmutowana sekwencja genu nie otrzymujemy produktu w reakcji. Rysunek 8 Przebieg reakcji LAMP dla SNP Animacja reakcji LAMP:http://loopamp.eiken.co.jp/e/lamp/snps_anim.html Strona17

18 Oprzyrządowanie, odczynniki i akcesoria dla izotermicznej amplifikacji DNA firmy OptiGene. OptiGene stosuje izotermiczne metodę amplifikacji znane jako LAMP, która została opracowana przez EikenChemical Company Ltd z Japonii. Dużą zaletą tej metody jest prowadzenie reakcji w stałej temperaturze, co eliminuje konieczność stosowania specjalistycznej aparatury. W wielu przypadkach nie potrzebna jest ekstrakcja DNA. Czas oczekiwania na wynik reakcji jest bardzo krótki (detekcja produktu w trakcie trwania reakcji). Genie II zinegrowana elastyczna platforma Genie II to zaawansowanenarzędzie, którepozwala na wykrywanie bakterii i wirusówna poziomie molekularnym. Pozwala na prowadzenie izotermicznej reakcji w czasie rzeczywistym (Real-time)na przenośnej platformie o niskim poborze mocy dedykowanej dla badań laboratoryjnych. System zamknięty prowadzenia reakcji zapobiega kontaminacji amplifikowanego produktu. Genie II jest urządzeniem wyposażonym w dwa niezależne bloki grzejne każdy mieszczący 8 mikroprobówek (0,2 ml), odpowiednich dla urządzenia. Genie II posiada funkcję gradientową oraz umożliwia zaprogramowanie dodatkowego annealingu dla potwierdzenia obecności amplifikowanego produktu. Najważniejsze funkcje: Szybka izotermiczna amplifikacja Potwierdzenie poprawności wyniku poprzez analizę krzywej annealingu (podobna do analizy krzywej topnienia produktu) Niskie koszty i łatwość obsługi Kompaktowe, przenośne i wytrzymałe urządzenie Zasilanie sieciowe lub bateryjne Łatwy dostęp do danych przez urządzenie USB Obsługa za pomocą komputera lub niezależnie przez ekran dotykowy Rysunek 9 Genie II urządzenie do prowadzenia i detekcji produktu reakcji LAMP GspSSD Polimeraza: Polimeraza z Geobacillus sp. pozwala na uzyskanie z niewielkiej ilości matrycy 10 9 kopii DNA w czasie krótszym niż 30 minut. Pozwala na amplifikację matrycy w znacznie krótszym czasie w porównaniu do Bst Polimerazy. Pozwala na uzyskanie produktu o wysokiej specyficzności, Strona18

19 Pozwala na prowadzenie reakcji w warunkach izotermicznych bez konieczności wykorzystywania specjalistycznej aparatury jak w przypadku reakcji amplifikacji In vitro metodą PCR Nie wymaga wstępnej denaturacji matrycy Pozwala na zamplifikowanie RNA z wysoką specyficznością, bez dodatkowego dodawania odwrotnej transkryptazy. Isothermal Master Mix Izotermiczna mieszanina do amplifikacji, (Master mix) do prowadzenia reakcji LAMP, pozwala na fluorescencyjną detekcję produktu na platformie Genie II oraz innych urządzeniach fluorymetrycznych ustawionych na wzbudzenie przy 488nM i emisję przy 520nM. Może być także wykorzystywana na urządzeniach dla reakcji ilościowego PCR (qpcr, Real-time PCR) ustawionych na kanał FAM. Krzywa annealingu jest generowana dla potwierdzenia produktu. Eliminuje to konieczność prowadzenia dodatkowej detekcji w żelach agarozowych i analizy turbidymetrycznej oraz pozwala na prowadzenie reakcji w systemie zamkniętym. (close-tube system) Typowe warunki reakcji dla Isothermal Master Mix to: Amplifikacja 30 minut w 65 o C Annealing co 0,05 o C w przedziale 98 o C 80 o C Strona19

20 Zalety i wady LAMP Zalety: Wady: Szybka, krótki czas reakcji (można zaobserwować produkt po 20 min) Czuła i specyficzna, dzięki zastosowaniu starterów rozpoznających 6-8 miejsc na matrycy, Izotermiczna, możliwość prowadzenia reakcji w stałej temperaturze Prostsze i tańsze urządzenia niż w real-time PCR, przy porównywalnej czułości Nie wymaga wstępnej denaturacji matrycy Produkt reakcji można zaobserwować gołym okiem Trudniejsze i bardziej czasochłonne projektowanie starterów do reakcji w porównaniu do PCR Nie wszystkie badania DNA są specyficzne do sekwencji Biorąc pod uwagę powyższe zalety i wady, można stwierdzić, że metoda LAMP jest odpowiednia tam gdzie mamy do czynienia z ograniczonymi zasobami, gdzie wyniki potrzebne są w krótkim czasie oraz prowadzone badania są specyficzne co do sekwencji. Natomiast nie nadaje się do analizy nieznanych sekwencji DNA i RNA. Podsumowanie LAMP jest nową innowacyjną i rozwijającą się techniką amplifikacji kwasów nukleinowych, LAMP doskonale nadaje się w sytuacjach gdy mamy do czynienia z ograniczonymi zasobami sprzętowymi, a prowadzone analizy wymagają bardzo szybkich wyników, LAMP umożliwia specyficzną amplifikację matrycy (startery rozpoznają 6-8 różnych sekwencji matrycy) Projektowanie starterów dla reakcji LAMP jest bardziej złożone niż w przypadku PCR, ale udogodnienie stanowią specjalne oprogramowanie do projektowania, Nie wymaga denaturacji matrycy, całość reakcji przebiega w stałych warunkach temperaturowych. Wydajność amplifikacji jest bardzo wysoka porównywalna do Real-time PCR, LAMP pozwala na znaczące skrócenie czasu analizy (do 1h), LAMP jest mniej wrażliwy na obecność inhibitorów, nie zawsze wymagana jest izolacja DNA Pozwala na amplifikację RNA bez dodawania odwrotnej transkryptazy, Produkt uboczny powstający w reakcji LAMP, pirofosforan magnezu, pozwala na obserwację wyniku w świetle UV i widzialnym. Możliwy pomiar ilościowy produktu w czasie rzeczywistym. Umożliwia prowadzenie reakcji w systemie zamkniętym, co pozwala uniknąć zanieczyszczeń w próbie. Zastosowanie zintegrowanej platformy Genie II umożliwia prowadzenie reakcji w czasie rzeczywistym i ilościowe oznaczenie produktu. Strona20

Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP)

Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP) NOVAZYM POLSKA nr 1 / 2012 Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP) LAMP is registered trademark owned by Eiken Chemical Co., Ltd. Opracowanie:

Bardziej szczegółowo

Nr 4/2014 Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP)

Nr 4/2014 Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP) Nr 4/2014 Amplifikacja in vitro wybranych odcinków DNA i RNA metodą Loop-mediated isothermal AMPlification (LAMP) Opracowanie: Adam Burzyński Novazym Polska Marta Jankowska Katedra Biotechnologii i Mikrobiologii

Bardziej szczegółowo

LAMP. szybka i specyficzna detekcja patogenów

LAMP. szybka i specyficzna detekcja patogenów LABORATORIUM 5-6/2014 DIAGNOSTYKA LABORATORYJNA LAMP szybka i specyficzna detekcja patogenów STRESZCZENIE W obecnych czasach istnieje potrzeba opracowywania szybkich, tanich i skutecznych metod diagnostycznych

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

The best custom qpcr assay development service in the World. Kontrola jakości: Certyfikaty ISO9001:2008, ISO 13485:2003 & EN ISO 13485:2012

The best custom qpcr assay development service in the World. Kontrola jakości: Certyfikaty ISO9001:2008, ISO 13485:2003 & EN ISO 13485:2012 The best custom qpcr assay development service in the World PrimerDesign Ltd The Mill Yard, Nursling Street Southampton, United Kingdom http://www.primerdesign.co.uk Kontrola jakości: Certyfikaty ISO9001:2008,

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH Detekcja enterowirusów Detekcja sześciu typów ludzkich herpeswirusów (HHV) Detekcja pięciu bakterii Seeplex Detekcja patogenów powodujących

Bardziej szczegółowo

AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX)

AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX) Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com AmpliQ 5x HOT EvaGreen HRM Mix (ROX) Gotowy premix zawierający

Bardziej szczegółowo

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:

Bardziej szczegółowo

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKNIA RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji DNA z surowego materiału

Bardziej szczegółowo

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKOWANIA JEDNOSTK OWA VAT % RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan Anna KOZIOROWSKA, Maria ROMEROWICZ-MISIELAK Uniwersytet Rzeszowski, Polska Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

WYKORZYSTANIE IZOTERMALNEJ AMPLIFIKACJI DNA ZA POŚREDNICTWEM PĘTLI W DIAGNOSTYCE ROŚLIN

WYKORZYSTANIE IZOTERMALNEJ AMPLIFIKACJI DNA ZA POŚREDNICTWEM PĘTLI W DIAGNOSTYCE ROŚLIN POSTĘPY BIOLOGII KOMÓRKI TOM 39 2012 NR 4 (653 668) WYKORZYSTANIE IZOTERMALNEJ AMPLIFIKACJI DNA ZA POŚREDNICTWEM PĘTLI W DIAGNOSTYCE ROŚLIN EXPLORATION OF LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION OF DNA

Bardziej szczegółowo

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

AmpliTest TBEV (Real Time PCR) AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

AmpliQ 5x HOT EvaGreen qpcr Mix Plus (ROX)

AmpliQ 5x HOT EvaGreen qpcr Mix Plus (ROX) Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com AmpliQ 5x HOT EvaGreen qpcr Mix Plus (ROX) Gotowy premix zawierający

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH Detekcja i identyfikacja 7 patogenów dróg moczowo-płciowych Detekcja Neisseria gonorrhoeae i Chlamydia trachomatis Detekcja Trichomonas vaginalis i Mycoplasma

Bardziej szczegółowo

OGŁOSZENIE DODATKOWYCH INFORMACJI, INFORMACJE O NIEKOMPLETNEJ PROCEDURZE LUB SPROSTOWANIE

OGŁOSZENIE DODATKOWYCH INFORMACJI, INFORMACJE O NIEKOMPLETNEJ PROCEDURZE LUB SPROSTOWANIE 1/ 7 ENOTICES_JMY53 - ID:2010-XXXXXX Formularz standardowy 14 PL Publikacja Suplementu do Dziennika Urzędowego Unii Europejskiej 2, rue Mercier, L-2985 Luksemburg Faks (352) 29 29-42670 E-mail: ojs@publications.europa.eu

Bardziej szczegółowo

Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII "

Kurs pt.  MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII Warszawa, 6 lutego 2011 r. Szanowna Pani! Szanowny Panie! Niniejszym uprzejmie informuję, że organizowany jest Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII " Kurs odbędzie się w dniach

Bardziej szczegółowo

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie Zadbaliśmy o to, żeby wyposażenie w Klubie Młodego Wynalazcy było w pełni profesjonalne. Ważne jest, aby dzieci i młodzież, wykonując doświadczenia korzystały

Bardziej szczegółowo

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System Załącznik nr 1A do SIWZ. PARAMETRY TECHNICZNE PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Zadanie nr 1. TERMOSTAT CYRKULACYJNY Termostat cyrkulacyjny Z grzaniem i chłodzeniem Zakres temperatury roboczej 25 o C do + 200 o C

Bardziej szczegółowo

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które

Bardziej szczegółowo

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Agnieszka Gładysz Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Katedra i Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej Akademia Medyczna Prof.

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149 Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny M a ł g o r z a t a N a t o n e k - W i ś n i e w s k a, E w a S ł o t a Instytut Zootechniki

Bardziej szczegółowo

Ziemniak Polski 2014 nr 3

Ziemniak Polski 2014 nr 3 40 Ziemniak Polski 2014 nr 3 Ochrona TECHNIKA PCR I JEJ MODYFIKACJE W IDENTYFIKACJI PATOGENÓW ZIEMNIAKA mgr inż. Joanna Chołuj, dr inż. Włodzimierz Przewodowski IHAR PIB, Pracownia Diagnostyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

ŁAŃCUCHOWA REAKCJA POLIMERAZY Z ANALIZĄ W CZASIE RZECZYWISTYM (RT-PCR) REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

ŁAŃCUCHOWA REAKCJA POLIMERAZY Z ANALIZĄ W CZASIE RZECZYWISTYM (RT-PCR) REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) A N N A L E S A C A D E M I A E M E D I C A E S T E T I N E N S I S R O C Z N I K I P O M O R S K I E J A K A D E M I I M E D Y C Z N E J W S Z C Z E C I N I E 2007, 53, 3, 5 9 KATARZYNA WIEDRO, EWA STACHOWSKA,

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym

Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym Zadanie 19. Wyposażenie stanowiska do namnażania fragmentów DNA w czasie rzeczywistym Termin realizacji 12 tygodni od daty podpisania (zawarcia) umowy. Koszty transportu, instalacji oraz instruktażu, trwającego

Bardziej szczegółowo

Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej

Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej diagnostyka laboratoryjna Journal of Laboratory Diagnostics 2009 Volume 45 Number 4 325-331 Praca poglądowa Review Article Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej Katarzyna Kondak Katedra i Zakład

Bardziej szczegółowo

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus flavus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym

Bardziej szczegółowo

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ AZOOSPERMIA badanie wykrywa delecje w regionie długiego ramienia chromosomu Y w fragmencie zwanym AZF, będące często przyczyną azoospermii lub oligospermii o podłożu

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa Nazwa Nazwa w j. ang. Wybrane problemy biologii molekularnej kwasy nukleinowe Selected problems of molecular biology

Bardziej szczegółowo

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Strona/ stron 1/8 WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Symbol oznacza metody akredytowane, zawarte w Zakresie

Bardziej szczegółowo

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 208956 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 381219 (22) Data zgłoszenia: 05.12.2006 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01)

Bardziej szczegółowo

biologia molekularna CLONTECH

biologia molekularna CLONTECH biologia molekularna CLONTECH Clontech Laboratoires to najnowszy członek Takara Bio Group, która jest światowym liderem w produkcji rozwiązań dedykowanych technikom molekularnym. Dostarczając odczynniki,

Bardziej szczegółowo

ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ

ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ www.cytogen.com.pl ODCZYNNIKI DO BIOLOGII MOLEKULARNEJ 3 Spis treści 4 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 22 22 Stabilność technologii TAG Specifikacja qpcr Mix-ów Kompatybilność kitów qpcr

Bardziej szczegółowo

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy PIWet Zakład Chorób Ryb Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy łososiowatych o (VHS), wirusa zakaźnej a martwicy układu krwiotwórczego (IHN)

Bardziej szczegółowo

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych ROZDZIAŁ 4 Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych Wojciech Garczorz Diagnostyka molekularna jest obecnie najszybciej rozwijającym się działem diagnostyki medycznej. W wielu dziedzinach medycyny

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA

2015-11-18. DNA i RNA ENZYMY MODYFIKUJĄCE KOŃCE CZĄSTECZEK. DNA i RNA. DNA i RNA Fosfataza alkaliczna CIP Calf Intestine Phosphatase- pochodzenie: jelito cielęce BAP Bacterial Alcaline Phosphatase- pochodzenie: E. coli SAP Shrimp Alcaline Phosphatase- pochodzenie: krewetki Pandalus

Bardziej szczegółowo

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 ZESTAWY DO IZOLACJI I OCZYSZCZANIA DNA I RNA EXTRACTME PLASMID DNA KIT Nowość! izolacja plazmidowego DNA EXTRACTME DNA BACTERIA KIT Nowość! izolacja genomowego DNA z bakterii

Bardziej szczegółowo

DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7

DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7 DOT138v1 Instructions for Use Biofortuna SSPGo TM HLA No Template Control Kit BF-40-02 Strona 1 z 7 Instrukcja używania zestawu kontroli ujemnej przy typowaniu antygenów zgodności tkankowej HLA SSPGo TM

Bardziej szczegółowo

Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl

Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl Page 1 of 6 Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl Sosnowiec: Dostawa aparatu do przeprowadzania ilościowej reakcji

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS Nowiny Lekarskie 2006, 75, 5, 486 490 ALINA LICZBAŃSKA, ANNA WOŹNIAK, ANNA WAWROCKA, MACIEJ R. KRAWCZYŃSKI TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR

Bardziej szczegółowo

*Sylwia Budniak, Agnieszka Kędrak-Jabłońska, Monika Reksa, Anna Szczawińska, Marek Krupa

*Sylwia Budniak, Agnieszka Kędrak-Jabłońska, Monika Reksa, Anna Szczawińska, Marek Krupa Postępy Nauk Medycznych, t. XXIV, nr 10, 2011 Borgis *Sylwia Budniak, Agnieszka Kędrak-Jabłońska, Monika Reksa, Anna Szczawińska, Marek Krupa Zastosowanie metody Real-time PCR opartej na wykorzystaniu

Bardziej szczegółowo

Wartość dodana dla Twojego procesu produkcji. BD s NEW Rapid Microbiology BD FACSMicroCount

Wartość dodana dla Twojego procesu produkcji. BD s NEW Rapid Microbiology BD FACSMicroCount Wartość dodana dla Twojego procesu produkcji BD s NEW Rapid Microbiology BD FACSMicroCount Wyzwania W procesie produkcji. Wykrycie zanieczyszczenia Możliwość modelowania operacji Redukcja strat w surowcach

Bardziej szczegółowo

SPECYFIKACJA WYMAGAŃ UŻYTKOWNIKA URZĄDZENIA (URS) System do reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym PCR (Propozycja zakupu)

SPECYFIKACJA WYMAGAŃ UŻYTKOWNIKA URZĄDZENIA (URS) System do reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym PCR (Propozycja zakupu) Str.1/9 1. Wstęp (system do Real-Time PCR) dla potrzeb Centrum Badawczo-Rozwojowego Produktów Biotechnologicznych w IBSS S.A. tworzonego w ramach projektu: Utworzenie Centrum Badawczo-Rozwojowego Produktów

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu

Bardziej szczegółowo

Pracownia w Kaliszu 62-800 Kalisz ul. Warszawska 63a tel: 62 767-20-25 fax: 62 767-66-23 zhw.kalisz@wiw.poznan.pl

Pracownia w Kaliszu 62-800 Kalisz ul. Warszawska 63a tel: 62 767-20-25 fax: 62 767-66-23 zhw.kalisz@wiw.poznan.pl Pracownia w Kaliszu 62-800 Kalisz ul. Warszawska 63a tel: 62 767-20-25 fax: 62 767-66-23 zhw.kalisz@wiw.poznan.pl Kierownik Pracowni w Kaliszu Dział badań Dział badań mikrobiologicznych lek. wet. Danuta

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

WPolsce wirus wścieklizny występuje

WPolsce wirus wścieklizny występuje Wykorzystanie RT-PCR i Real-Time PCR jako metod uzupełniających rutynową diagnostykę wścieklizny The use of RT-PCR and Real-Time PCR to complement routine rabies diagnostic methods Mucha B., Rymer-Zamecka

Bardziej szczegółowo

Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9

Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9 Dot154v1 Instructions for Use for Biofortuna SSPGo TM HLA Wipe Test BF-40-01 Strona 1 z 9 Instrukcja używania testów do wykrywania kontaminacji na powierzchniach roboczych ( wipe test ) przy typowaniu

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Aparatura

Spis treści. Aparatura Spis treści Aparatura I. Podstawowe wyposażenie laboratoryjne... 13 I.I. Probówki i naczynia laboratoryjne... 13 I.II. Pipety... 17 I.II.I. Rodzaje pipet automatycznych... 17 I.II.II. Techniki pipetowania...

Bardziej szczegółowo

ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA 1) z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych

ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA 1) z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA 1) z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych Na podstawie art. 78 ust. 4 ustawy z dnia 25 sierpnia 2006 r. o bezpieczeństwie żywności i żywienia

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH Detekcja patogenów będących najczęstszą przyczyną infekcji dróg moczowo - płciowych Detekcja wirusa HSV Genotypowanie i screening wirusa HPV Seeplex Detekcja patogenów

Bardziej szczegółowo

Molecular diagnostics for your routine. Katalog produktów 2011

Molecular diagnostics for your routine. Katalog produktów 2011 Molecular diagnostics for your routine Katalog produktów 2011 www.geneproof.com Spis treści Molecular diagnostics for your routine Spis treści O firmie... 2 Zalety zestawów GeneProof... 2 Technologia GeneProof...

Bardziej szczegółowo

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca

Bardziej szczegółowo

adaptacji oraz mutacji uzyskały zdolność infekowania innych organizmów. Zakażenia ptaków dzikich następują najczęściej bezobjawowo na drodze kontaktu

adaptacji oraz mutacji uzyskały zdolność infekowania innych organizmów. Zakażenia ptaków dzikich następują najczęściej bezobjawowo na drodze kontaktu Streszczenie Wirus grypy (Influenza virus, IV) należy do rodziny Orthomyxoviridae i dzięki swoim zdolnościom adaptacyjnym jest jednym z najgroźniejszych patogenów na świecie. Wyróżnia się trzy typy wirusa

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

Wspieranie kontroli rynku w zakresie genetycznie zmodyfikowanych organizmów

Wspieranie kontroli rynku w zakresie genetycznie zmodyfikowanych organizmów Wspieranie kontroli rynku w zakresie genetycznie zmodyfikowanych organizmów Program: Tworzenie naukowych podstaw postępu biologicznego i ochrona roślinnych zasobów genowych źródłem innowacji i wsparcia

Bardziej szczegółowo

Chemia kryminalistyczna

Chemia kryminalistyczna Chemia kryminalistyczna Wykład 2 Metody fizykochemiczne 21.10.2014 Pytania i pomiary wykrycie obecności substancji wykazanie braku substancji identyfikacja substancji określenie stężenia substancji określenie

Bardziej szczegółowo

Warszawa, dnia 28 czerwca 2012 r. Poz. 728. Rozporządzenie. z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych

Warszawa, dnia 28 czerwca 2012 r. Poz. 728. Rozporządzenie. z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych DZIENNIK USTAW RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Warszawa, dnia 28 czerwca 2012 r. Poz. 728 Rozporządzenie Ministra Zdrowia 1) z dnia 19 czerwca 2012 r. w sprawie wykazu laboratoriów referencyjnych Na podstawie

Bardziej szczegółowo

Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne cereal mosaic virus, SBCMV)

Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne cereal mosaic virus, SBCMV) Małgorzata Jeżewska Zakład Wirusologii i Bakteriologii, Instytut Ochrony Roślin Państwowy Instytut Badawczy, Poznań Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne

Bardziej szczegółowo

LRN - Laboratory Response Network

LRN - Laboratory Response Network LRN - Laboratory Response Network Sieć laboratoriów w USA, które będą zdolne do szybkiej odpowiedzi na zagrożenie związane z uwolnieniem czynników zakaźnych lub w przypadku użycia toksyn lub pojawienia

Bardziej szczegółowo

Dr Anna Linkiewicz Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - PIB LAB-GMO Maj 2015

Dr Anna Linkiewicz Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - PIB LAB-GMO Maj 2015 Genetycznie modyfikowana żywność i pasze Streszczenie zajęć Blisko 50 różnych GMO jest dopuszczonych do stosowania w Unii Europejskiej jako żywność lub pasza. Podczas zajęć wyizolowane zostanie DNA z produktów

Bardziej szczegółowo

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ Puławy 2013 Opracowanie: Prof. dr hab. Iwona Markowska-Daniel, mgr inż. Kinga Urbaniak,

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 10 Wykrywanie GMO metodą ilościowego PCR F. Weighardt WORLD HEALTH ORGANIZATION REGIONAL OFFICE FOR EUROPE ORGANISATION

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia i inżynieria genetyczna

Biotechnologia i inżynieria genetyczna Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym

Bardziej szczegółowo

KOŁO NAUKOWE IMMUNOLOGII. Mikrochimeryzm badania w hodowlach leukocytów in vitro

KOŁO NAUKOWE IMMUNOLOGII. Mikrochimeryzm badania w hodowlach leukocytów in vitro KOŁO NAUKOWE IMMUNOLOGII Mikrochimeryzm badania w hodowlach leukocytów in vitro Koło Naukowe Immunolgii kolo_immunologii@biol.uw.edu.pl kolo_immunologii.kn@uw.edu.pl CEL I PRZEDMIOT PROJEKTU Celem doświadczenia

Bardziej szczegółowo

ROTA-ADENO Virus Combo Test Device

ROTA-ADENO Virus Combo Test Device Kod produktu: 8.04.73.0.0020 ROTA-ADENO Virus Combo Test Device Tylko do diagnostyki in vitro Przechowywać w 2-30 C ZASTOSOWANIE Wykrywanie antygenów Rotawirusów i Adenowirusów w próbkach kału. WSTĘP Rotawirusy

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Wk Wykrywanie polimorfizmów i mutacji Badania przesiewowe mutacji Wykrywanie znanych mutacji punktowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier. ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie

Bardziej szczegółowo

2.1. Charakterystyka badanego sorbentu oraz ekstrahentów

2.1. Charakterystyka badanego sorbentu oraz ekstrahentów BADANIA PROCESU SORPCJI JONÓW ZŁOTA(III), PLATYNY(IV) I PALLADU(II) Z ROZTWORÓW CHLORKOWYCH ORAZ MIESZANINY JONÓW NA SORBENCIE DOWEX OPTIPORE L493 IMPREGNOWANYM CYANEXEM 31 Grzegorz Wójcik, Zbigniew Hubicki,

Bardziej szczegółowo

2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów

2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów 2014-03-26 Analiza sekwencji promotorów 1 2014-03-26 TFy tworzą zawiły układ regulacyjny, na który składają się różne oddziaływania białko białko poprzez wytworzenie PĘTLI Specyficzne TFy Ogólne TFy Benfey,

Bardziej szczegółowo