Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
|
|
- Henryka Baranowska
- 4 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną aktywnością lub brakiem aktywności enzymatycznej, przy czym w populacjach kaukaskich główną przyczyną niedoboru aktywności CYP2D6 jest obecność alleli *3 (SNPframeshift), *4 (SNP-splicing defect) i *5 (delecja genu). Wśród osób rasy kaukaskiej około 1-7% ma wiele aktywnych kopii genu, odpowiedzialnych za znacznie zwiększoną, ultraszybką aktywność metaboliczną. Osoby wolno oraz ultraszybko metabolizujące różnią się 5-15 krotnie szybkością metabolizmu od osób homozygotycznych z dwoma allelami dzikimi. Zmienność genetyczna ludzkiego genomu może wynikać z różnic na poziomie pojedynczych nukleotydów (SNP) aż po aberracje chromosomowe (strukturalne, liczbowe). Badania oparte na technologii mikromacierzy pozwoliły na wykrycie różnorodnych i istotnych zmian genomu. Ok. 12% ludzkiego genomu wykazuje zmienność wynikającą z duplikacji, delecji lub innych kombinacji określanych jako zmiana liczby kopii CNV (ang. Copy Number Variation) (Rys. 1). CNV mogą mieć wpływ na poziom ekspresji genów, różnice fenotypowe a w konsekwencji choroby (zespoły mikrodelecji, mikroduplikacji). Rys. 1 Zmiany strukturalne DNA ( źródło: Estivill et al. [2007]PloS Genet October: 3[10]:e190) Dobrym narzędziem do określenia liczby kopii genu w badaj próbie DNA jest PCR w czasie rzeczywistym (QPCR). Analiza wykonywana jest w identyczny sposób, jak badanie ekspresji genów, z tym, że matrycą w reakcji nie jest cdna, a genomowe DNA pacjenta. Wszystkie odmiany PCR w czasie rzeczywistym, niezależnie od metody detekcji, opierają się na tej samej zasadzie pomiaru przyrostu amplifikowanej matrycy. Po każdym cyklu PCR mierzony jest względny poziom fluorescencji (R) w określonym zakresie widma, odpowiadającym wybranemu fluorochromowi. W przypadku CYP2D6 analiza CNV pozwala na określenie występowania 1) delecji genu tzw. allela *5 oraz 2) duplikacji (*1x2) i multiplikacji genu (*1xn). 1
2 W analizie CNV przeprowadzane są równolegle w jednej próbie 2 reakcje PCR w czasie rzeczywistym - badanego genu oraz genu o znanej, stałej ilości kopii w genomie (gen referencyjny) Jest to więc tzw. multiplex PCR. Mieszanina reakcyjna składa się z: polimerazy, dntps, buforu swoistego dla polimerazy, barwnika referencyjnego ROX (barwnik reporterowy używany w celu normalizacji sygnału fluorescencyjnego - w przypadku stosowania aparatów AB), para starterów dla genu badanego oraz sonda TaqMan znakowana fluorochromem (np. FAM) para starterów dla genu referencyjnego, który w ludzkich komórkach diploidalnych zawsze występuje w liczbie 2 kopii (np. RNasa P) oraz sonda TaqMan znakowana innym fluorochromem (np. VIC) Rys. 2 PCR i detekcja genu badanego i genu referencyjnego w jednej próbie 2
3 Od zmierzonej wartości R odejmowany jest poziom tła, będącym średnim poziomem fluorescencji w początkowej fazie PCR (np cykl). Uzyskane w ten sposób wartości względnego wzrostu fluorescencji po każdym z cykli PCR ( Rn), proporcjonalne do ilości powstającego produktu PCR, nanoszone są na wykres. W przypadku prawidłowo wykonanej reakcji wykresy przedstawiają równoległe krzywe sigmoidalne o identycznym nachyleniu. Następnie program arbitralnie ustala linię progową (ang. threshold line), umieszczoną powyżej nieswoistych odchyleń Rn. Dla każdej z badanych próbek oznaczana jest C T (ang. cycle threshold) po których krzywa amplifikacji przecina linię progową. Im większa początkowa ilość matrycy, tym mniejsza wartość C T - tym szybciej fluorescencja osiąga wartość progową (Rys.3). Rys.3 Krzywa amplifikacji dwóch prób A i B. Próba A zawiera znacznie więcej kopii badanej sekwencji wartość CT dla tej próby, odczytana z osi x, jest znacznie mniejsza. Następnym etapem jest określenie różnicy wartości różnicy C T dla genu badanego i genu referencyjnego w próbie badanej oraz analizowanej równolegle próbie kalibracyjnej próbie DNA o znanej ilości kopii genu badanego. C T (próba badana) = C T (gen badany w próbie badanej) - C T (gen referencyjny w próbie badanej) C T (próba kalibracyjna) = C T (gen badany w próbie kalibracyjnej) - C T (gen referencyjny w próbie kalibracyjnej) Uzyskane różnice ( C T ) dla próby badanej porównuje się z wartością C T uzyskaną dla próby kalibracyjnej (jednej z analizowanych prób, stanowiącej próbę odniesienia o znanej ilości kopii genu badanego): C T = C T (próba badana) - C T (próba kalibracyjna) 3
4 Metoda opiera się na założeniu, że w fazie logarytmicznej PCR w każdym cyklu liczba kopi amplikonu zwiększa się dwukrotnie (100% wydajność reakcji). Stąd: Względna liczba kopii genu (względna liczba kopii danej sekwencji w porównaniu do próby kalibracyjnej): RQ = 2 - CT liczba kopii genu = RQ n (n - liczba kopii genu ref. - zwykle dwie kopie) Jeśli C T = 0 oznacza to, że względna liczba kopii badanego genu w próbie badanej jest taka sama jak w kalibracyjnej (2 0 =1) Jeśli C T = około -0,6 oznacza to, że względna liczba kopii badanego genu w próbie badanej jest półtora razy większa niż w kalibracyjnej 3 kopie genu, duplikacja jednego allela (2 -(-0,6) =1,5) Jeśli C T = -1 oznacza to, że względna liczba kopii badanego genu w próbie badanej jest dwa razy większa niż w kalibracyjnej 4 kopie genu (2 -(-1) =2) Jeśli C T = 1 oznacza to, że względna liczba kopii badanego genu w próbie badanej jest dwa razy mniejsza niż w kalibracyjnej (delecja jednego z alleli) (2-1 =0,5) Jeśli C T = -2 oznacza to, że względna liczba kopii badanego genu w próbie badanej jest cztery razy większa niż w kalibracyjnej (2 -(-2) =4) Uwaga: Nie zawsze wydajność reakcji jest stuprocentowa. Wpływają na nią m.in. swoistość amplifikacji i sond, obecność inhibitorów (np. z procesu izolacji DNA), a także jakość stosowanych odczynników, szczególnie polimerazy. Np. Jeśli wydajność wynosi 70% to ilość kopii amplifikowanej sekwencji w każdym cyklu zwiększa się 1.7 x a nie 2 x, wówczas RQ = 1,7 - CT *n Wydajność można wyznaczyć przez sporządzenie krzywej standardowej przygotowanie PCR z użyciem jako matrycy seryjnych rozcieńczeń jednej z prób. (Kiedy rozcieńczymy dwukrotnie próbę wiemy, że jest tam dwa razy mniej kopii badanego genu: jeśli różnica wartości Ct pomiędzy tymi rozcieńczeniami wyniesie 1, oznacza to 100% wydajność reakcji, a różnica większa oznacza obniżoną wydajność reakcji potrzeba więcej niż jednego cyklu PCR, aby zwiększyć liczbę kopii dwukrotnie. próba badana próba, w której chcemy oznaczyć liczbę kopii; próba kalibracyjna wzorcowa, o znanej, wcześniej określonej liczbie kopii genu badanego; gen badany - np. CYP2D6, gen, którego liczbę kopii ustalamy; gen referencyjny taki, który zawsze występuje w tej samej liczbie kopii w każdej próbie DNA; 4
5 Określanie genotypu CYP2D6 na podstawie badań pod kątem obecności alleli *3 i *4 oraz liczby kopii genu (wg przyjętej nomenklatury - *5 delecja, *1x2 duplikacja, *1x3 - tryplikacja) Każda próba zwiera 2 allele genu (ojcowski i matczyny). Aktywność enzymu pacjenta determinuje liczba kopii prawidłowych sekwencji genu na obu chromosomach (czyli kodujących aktywne białko). Dwie kopie aktywne to wydajny metabolizm substratów. Tabela przedstawia interpretację badania na podstawie złożenia wyników poszczególnych badań. Tabela zawiera jedynie najczęstsze kombinacje w populacji polskiej. liczba alleli *3 liczba alleli *4 liczba kopii genu genotyp fenotyp *1/*1 EM *1/*3 IM *1/*4 IM *3/*4 PM *4/*4 PM *1/*5 IM *4/*5 PM *1/*1x2 UM *4/*1x2 EM *5/*5 PM EM wydajny (szybki) metabolizm; IM pośredni metabolizm; PM wolny metabolizm; UM ultraszybki metabolizm 5
Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan
Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.
Bardziej szczegółowoMetody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Bardziej szczegółowoIlość TAK TAK TAK TAK TAK TAK
Postępowanie WB.2420.6.2013.NG ZAŁĄCZNIK NR 5 L.p. Nazwa asortymentu parametry techniczne Ilość Nazwa wyrobu, nazwa producenta, określenie marki, modelu, znaku towarowego Cena jednostkowa netto (zł) Wartość
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowoAmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR)
AmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA terminatora NOS techniką Real Time PCR Nr kat.: GMO03-50 GMO03-100 Wielkość zestawu: 50 reakcji 100 reakcji Objętość pojedynczej
Bardziej szczegółowoAmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)
AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość
Bardziej szczegółowoGRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Babesia canis
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400
Bardziej szczegółowoMetody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
Bardziej szczegółowoApplied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym
Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym Rynek aparatury laboratoryjnej pęka w szwach od ilości różnych aparatów przeznaczonych
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE WSTĘP 1. Mikromacierze ekspresyjne tworzenie macierzy przykłady zastosowań 2. Mikromacierze SNP tworzenie macierzy przykłady zastosowań MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE
Bardziej szczegółowoAmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)
AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość
Bardziej szczegółowoFarmakogenetyka. Autor: dr Artur Cieślewicz. Zakład Farmakologii Klinicznej.
Farmakogenetyka Autor: dr Artur Cieślewicz Zakład Farmakologii Klinicznej artcies@ump.edu.pl Genom człowieka ~3 miliardy par zasad (wielkość genomu haploidalnego) 23 pary chromosomów Liczba genów: 20-25
Bardziej szczegółowoBioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Bioinformatyczna analiza danych Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt Sprawy organizacyjne Prowadzący przedmiot: Dr Wioleta Drobik-Czwarno koordynator przedmiotu,
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Kolokwium (14pkt) Część II Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP WSTĘP 1. SNP 2. haplotyp 3. równowaga sprzężeń 4. zawartość bazy HapMap 5. przykłady zastosowań Copyright 2013, Joanna Szyda HAPMAP BAZA DANYCH HAPMAP - haplotypy
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoProwadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoWYBRANE RODZAJE REAKCJI PCR. RAPD PCR Nested PCR Multipleks PCR Allelo-specyficzny PCR Real Time PCR
RAPD PR Nested PR Allelo-specyficzny PR Real Time PR RAPD PR (Random Amplification of Polymorphic DNA) wykorzystywany gdy nie znamy sekwencji starterów; pozwala namnożyć losowe fragmenty o różnej długości;
Bardziej szczegółowoAnaliza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka
Bardziej szczegółowoJaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni
Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoDr hab.n.med. Renata Jacewicz
GENOM CZŁOWIEKA >99,999% 0,0005% 65% Dr hab.n.med. Renata Jacewicz Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej 3% 32% 2013 Pracownia Genetyki Medycznej i Sądowej ZMS Dojrzałe erytrocyty, trzony włosów
Bardziej szczegółowoANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI
ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI Joanna Szyda Magdalena Frąszczak Magda Mielczarek WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoDr hab.n.med. Renata Jacewicz
GENOM CZŁOWIEKA >99 % 0,05%(100MtDNA) 65% Dr hab.n.med. Renata Jacewicz Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej 3% 32% 2013 Pracownia Genetyki Medycznej i Sądowej ZMS Dojrzałe erytrocyty, trzony
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI
ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI JOANNA SZYDA MAGDALENA FRĄSZCZAK MAGDA MIELCZAREK WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka
Bardziej szczegółowoAmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)
AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii Borrelia burgdorferi, Anaplasma, Ehrlichia oraz pierwotniaków rodzaju Babesia (B. canis, B. gibsoni,
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowo(wypełnia Wykonawca) (wypełnia Wykonawca) (wypełnia Wykonawca)
Załącznik nr 1, znak sprawy DZ-2501/192/18 CZĘŚĆ 1: TERMOCYKLER DO REAL-TIME PCR, ILOŚĆ: 1 SZT Określenie przedmiotu zamówienia zgodnie ze Wspólnym Słownikiem Zamówień (CPV): 38500000-0 aparatura kontrolna
Bardziej szczegółowoDHPLC. Denaturing high performance liquid chromatography. Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko
DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko Mini-słowniczek SNP (Single Nucleotide Polymorphism) - zmienność sekwencji DNA; HET - analiza heterodupleksów; HPLC
Bardziej szczegółowoMetody analiz GMO. Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB
Metody analiz GMO Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB 09.10.2017 GMO Organizm Genetycznie Zmodyfikowany - organizm inny niż organizm człowieka, w którym materiał genetyczny został
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoDziedziczenie poligenowe
Dziedziczenie poligenowe Dziedziczenie cech ilościowych Dziedziczenie wieloczynnikowe Na wartość cechy wpływa Komponenta genetyczna - wspólne oddziaływanie wielu (najczęściej jest to liczba nieznana) genów,
Bardziej szczegółowoPrzetarg nieograniczony na zakup specjalistycznej aparatury laboratoryjnej Znak sprawy: DZ-2501/6/17
Część nr 2: SEKWENATOR NASTĘPNEJ GENERACJI Z ZESTAWEM DEDYKOWANYCH ODCZYNNIKÓW Określenie przedmiotu zamówienia zgodnie ze Wspólnym Słownikiem Zamówień (CPV): 38500000-0 aparatura kontrolna i badawcza
Bardziej szczegółowoPlatforma Genie II. innowacyjne narzędzie do identyfikacji materiału genetycznego patogenów techniką LAMP Loop-mediated Isothermal AMPlification
1 Platforma Genie II innowacyjne narzędzie do identyfikacji materiału genetycznego patogenów techniką LAMP Loop-mediated Isothermal AMPlification 1 2 Charakterystyka platformy Genie II Genie II jest innowacyjnym
Bardziej szczegółowoDr Anna Linkiewicz Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - PIB LAB-GMO Maj 2015
Genetycznie modyfikowana żywność i pasze Streszczenie zajęć Blisko 50 różnych GMO jest dopuszczonych do stosowania w Unii Europejskiej jako żywność lub pasza. Podczas zajęć wyizolowane zostanie DNA z produktów
Bardziej szczegółowoĆwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO
Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA
Bardziej szczegółowoZmienność. środa, 23 listopada 11
Zmienność http://ggoralski.com Zmienność Zmienność - rodzaje Zmienność obserwuje się zarówno między poszczególnymi osobnikami jak i między populacjami. Różnice te mogą mieć jednak różne podłoże. Mogą one
Bardziej szczegółowoPolska-Łódź: Aparatura do analizowania 2013/S
1/6 Niniejsze ogłoszenie w witrynie TED: http://ted.europa.eu/udl?uri=ted:notice:341594-2013:text:pl:html Polska-Łódź: Aparatura do analizowania 2013/S 198-341594 Instytut Medycyny Pracy im. prof. dra
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego
Bardziej szczegółowoGlimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących
Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające
Bardziej szczegółowoWykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT
Wykład 9: Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) odrębność genetyczna, która czyni każdego z nas jednostką unikatową Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej HUMAN GENOME
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Goose Parvovirus
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego parwowirusa GPV u gęsi techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-GPV-200 AML-GPV-400 Wydanie
Bardziej szczegółowoZZ/480/008/D/15 Gdańsk, dnia OGŁOSZENIE O UDZIELANYM ZAMÓWIENIU
ZZ/480/008/D/15 Gdańsk, dnia 23.02.2015 OGŁOSZENIE O UDZIELANYM ZAMÓWIENIU 1. Politechnika Gdańska Wydział Chemiczny na podstawie art.4.8a ustawy z dnia 29 stycznia 2004r. Prawo zamówień publicznych (Dz.
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja jest jedną z pierwszych
Metody analizy DNA laboratorium genetyczne cz. II STRESZCZENIE Artykuł jest kontynuacją prezentacji wybranych metod molekularnych stosowanych w Zakładzie Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 12. Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania. Prof. dr hab. Roman Zieliński
Ćwiczenie 12 Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Diagnostyka molekularna 1.1. Pytania i zagadnienia 1.1.1. Jak definiujemy
Bardziej szczegółowoOpis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów
Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoCzęść I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.
Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKNIA RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji DNA z surowego materiału
Bardziej szczegółowoKonspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowoZmienność genu UDP-glukuronozylotransferazy 1A1 a hiperbilirubinemia noworodków.
Zmienność genu UDP-glukuronozylotransferazy 1A1 a hiperbilirubinemia noworodków. Katarzyna Mazur-Kominek Współautorzy Tomasz Romanowski, Krzysztof P. Bielawski, Bogumiła Kiełbratowska, Magdalena Słomińska-
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Salmonella species
Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju
Bardziej szczegółowoSkładniki jądrowego genomu człowieka
Składniki jądrowego genomu człowieka Genom człowieka 3 000 Mpz (3x10 9, 100 cm) Geny i sekwencje związane z genami (900 Mpz, 30% g. jądrowego) DNA pozagenowy (2100 Mpz, 70%) DNA kodujący (90 Mpz ~ ok.
Bardziej szczegółowoOPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA
OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Zadanie 1 - ZAMRAŻARKA LABORATORYJNA Z ZABEZPIECZENIEM ANTYISKROWYM szt. 1 Pojemność brutto/ netto 310/284L +/-3% Wymiary zewn. w mm. ( SxGxW) 600/615/1840 +/-3% Wymiary wewn.
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoParametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System
Załącznik nr 1A do SIWZ. PARAMETRY TECHNICZNE PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Zadanie nr 1. TERMOSTAT CYRKULACYJNY Termostat cyrkulacyjny Z grzaniem i chłodzeniem Zakres temperatury roboczej 25 o C do + 200 o C
Bardziej szczegółowoCzęść I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.
Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKOWANIA JEDNOSTK OWA VAT % RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji
Bardziej szczegółowoChoroby genetyczne na tle zmian w genomie człowieka rodzaje, fenotyp, diagnostyka genetyczna
Przedmiot: Genetyka kliniczna V Rok, Wydział Lekarski I Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu Choroby genetyczne na tle zmian w genomie człowieka rodzaje, fenotyp, diagnostyka genetyczna Opracowanie:
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoAnalizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do genetyki sądowej. Materiały biologiczne. Materiały biologiczne: prawidłowe zabezpieczanie śladów
Wprowadzenie do genetyki sądowej 2013 Pracownia Genetyki Sądowej Katedra i Zakład Medycyny Sądowej Materiały biologiczne Inne: włosy z cebulkami, paznokcie możliwa degradacja - tkanki utrwalone w formalinie/parafinie,
Bardziej szczegółowoAmpliTest TBEV (Real Time PCR)
AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej
Bardziej szczegółowoDane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Bardziej szczegółowoPolska-Łódź: Maszyny i aparatura badawcza i pomiarowa 2013/S
1/5 Niniejsze ogłoszenie w witrynie TED: http://ted.europa.eu/udl?uri=ted:notice:387751-2013:text:pl:html Polska-Łódź: Maszyny i aparatura badawcza i pomiarowa 2013/S 223-387751 Instytut Medycyny Pracy
Bardziej szczegółowoKINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY
Ćwiczenie nr 2 KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY I. Kinetyka hydrolizy sacharozy reakcja chemiczna Zasada: Sacharoza w środowisku kwaśnym ulega hydrolizie z wytworzeniem -D-glukozy i -D-fruktozy. Jest to reakcja
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowo3. Badanie kinetyki enzymów
3. Badanie kinetyki enzymów Przy stałym stężeniu enzymu, a przy zmieniającym się początkowym stężeniu substratu, zmiany szybkości reakcji katalizy, wyrażonej jako liczba moli substratu przetworzonego w
Bardziej szczegółowoAdres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl
Page 1 of 6 Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl Sosnowiec: Dostawa aparatu do przeprowadzania ilościowej reakcji
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych
Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym
Bardziej szczegółowoAmpliTest BVDV (Real Time PCR)
AmpliTest BVDV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla wirusa BVD (Bovine Viral Diarrhea Virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość
Bardziej szczegółowoEkologia molekularna. wykład 6
Ekologia molekularna wykład 6 Tempo mutacji Tempo błędu polimerazy: 10-4 pomyłka polimerazy 10-8 po naprawie błędów Faktyczne tempo mutacji: 10-9/zasadę/pokolenie W genomie człowieka jest 3 x 109 zasad
Bardziej szczegółowoWalidacja metod badawczych
laboratorium 9-10/2013 w l a b o r a t o r i u m Walidacja metod badawczych i certyfikacja wyrobów do diagnostyki in vitro Streszczenie Polskie ustawodawstwo jest systematycznie dostosowywane do wymagań
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoAnna Litwiniec 1, Beata Choińska 1, Aleksander Łukanowski 2, Żaneta Świtalska 1, Maria Gośka 1
Anna Litwiniec 1, Beata Choińska 1, Aleksander Łukanowski 2, Żaneta Świtalska 1, Maria Gośka 1 1 Zakład Genetyki i Hodowli Roślin Korzeniowych, Pracownia Biotechnologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji
Bardziej szczegółowoprof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoPakiet 3 Zestawy do izolacji, detekcji i amplifikacji badań grypy i Borrelia met. real time PCR część 67
Pakiet 3 Zestawy do izolacji, detekcji i amplifikacji badań grypy i Borrelia met. real time część 7 L.p. Przedmiot zamówienia Wymagania jakościowe Producent i nr katalogowy dla produktu równowaŝnego Ilość
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoOFERTA. dot. nr Sprawy WDB/ Uniwersytet Śląski w Katowicach ul. Bankowa Katowice. Zamawiający:
dot. nr Sprawy WDB/1000086799 OFERTA Zamawiający: Uniwersytet Śląski w Katowicach ul. Bankowa 12 40-007 Katowice Nazwa (firma) / imię i nazwisko Wykonawcy / Wykonawców wspólnie ubiegających się o zamówienie:
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoSprawozdzanie z ćwiczenia nr 3 - Kinetyka enzymatyczna
Sprawozdzanie z ćwiczenia nr 3 - Kinetyka enzymatyczna Imię i nazwisko..... Data... UZYSKANE WYNIKI LICZBOWE (wartości liczbowe i wymiar) Stała Michaelisa dla H 2 O 2, Km:... Prędkość maksymalna Vmax:...
Bardziej szczegółowoTechnika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp:
Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów Wstęp: Wśród technik biologii molekularnej jedną z najczęściej stosowanych jest technika fluorescencyjna. Stosując technikę fluorescencyjną można
Bardziej szczegółowoCZEŚĆ III OPIS PRZZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)
INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław tel. / fax. (4871) 37-09-997, http://www.iitd.pan.wroc.pl NIP: 896-000-56-96;
Bardziej szczegółowoPodstawowe techniki barwienia chromosomów
Prążek C Chromatyna nie kondensuje równomiernie! Euchromatyna-najmniej kondensująca (fragmenty helisy DNA bogate w guaninę i cytozynę) Heterochromatyna fakultatywna Jasne prążki G Ciemne prążki G Heterochromatyna
Bardziej szczegółowoZadanie 2.4. Cel badań:
Zadanie 2.4 Poszerzanie puli genetycznej buraka cukrowego przez doskonalenie procesu gynogenezy oraz podnoszenie odporności na wirus nekrotycznego żółknięcia nerwów i tolerancji na suszę Cel badań: Celem
Bardziej szczegółowoAGNIESZKA SOBCZAK "WALIDACJA SYSTEMU QUANTIFILER DUO DO OZNACZANIA AMPLIFIKOWALNEGO SPECYFICZNIE LUDZKIEGO DNA W PRÓBACH GENETYCZNO - SĄDOWYCH.
UNIWERSYTET MEDYCZNY W ŁODZI WYDZIAŁ FARMACEUTYCZNY ODDZIAŁ MEDYCYNY LABORATORYJNEJ STUDIA JEDNOLITE MAGISTERSKIE KIERUNEK: Analityka medyczna AGNIESZKA SOBCZAK NR ALBUMU: 100194 "WALIDACJA SYSTEMU QUANTIFILER
Bardziej szczegółowo