Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym

Transkrypt

1 Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym Rynek aparatury laboratoryjnej pęka w szwach od ilości różnych aparatów przeznaczonych do amplifikacji w czasie rzeczywistym, dlatego też przed przystąpieniem do zakupu tego nietaniego urządzenia warto zasięgnąć opinii użytkowników na temat funkcji i wygody użytkowania. Przedstawiamy recenzję maszyny 7500 Fast System znanego i cenionego producenta Applied Biosystems. Co warto wiedzieć na początek? Aparat ten pozwala na detekcję i kwantyfikację kwasów nukleinowych w formacie 96-dołkowym. Wykorzystując PCR pozwala na: * ilościową detekcję docelowej sekwencji (targetu); * jakościową detekcję targetu z użyciem analizy post-pcr (tzw. endpoint); * jakościową analizę produktu PCR z użyciem analizy krzywej topnienia (post-pcr). Urządzenie zbiera surowe dane pomiaru fluorescencji z różnych punktów czasowych podczas reakcji, w zależności od rodzaju przeprowadzanego pomiaru: * Real time:

2 Krzywa standardowa Względna krzywa standardowa Porównawcze C T (ΔΔC T ) W powyższych pomiarach aparat zbiera dane po każdym etapie wydłużania w danym cyklu. * Post-PCR (endpoint): Genotypowanie Pomiar typu obecność/brak W tych pomiarach aparat zbiera dane: przed reakcją (w przypadku pomiaru typu obecność/brak) zalecane, lecz nie obligatoryjne; (opcjonalnie) podczas PCR; po reakcji. Termocykler firmy Applied Biosystems Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System Aparat posiada 5 filtrów, umożliwiających wykorzystanie w reakcji następujących barwników: Filtr 1: FAM TM, SYBR Green Filtr 2: JOE TM, VIC Filtr 3: TAMRA TM, NED TM, Cy3

3 Filtr 4: ROX TM, Texas Red Filtr 5: Cy5 Co więcej, system ten pozwala na przeprowadzanie reakcji w dwóch formatach: * 96- dołkowych płytek (MicroAmp Optical 96-well reaction plate with barcode), do których zamknięcia używa się specjalnych taśm optycznych (MicroAmp Optical Adhesive film); * 8- dołkowych pasków z zatyczkami (MicroAmp Optical 8-tube strip). Oprogramowanie przyjazne wszystkim System ten posiada nieskomplikowane oprogramowanie i czytelny interfejs. Opcja Design Wizard pozwala na zaprojektowanie pomiaru krok po kroku, prowadząc użytkownika poprzez kolejne fazy ustawień. Natomiast, w przypadku braku czasu na wpisanie danych początkowych, opcja Quick-start umożliwia natychmiastowe rozpoczęcie reakcji, przy możliwości uzupełnienia danych po pomiarze. Program pomaga także nowicjuszom podaje przepis przygotowania próbek, wraz z obliczeniem stężeń reagentów. Podczas reakcji, próbki problematyczne (brak amplifikacji, szmery, nieczytelny pomiar) zostają oznaczone różnymi symbolami, dzięki czemu łatwo określić rodzaj błędu. Co więcej, program udostępnia wygodną opcję sygnalizacji końca reakcji informacja ta może zostać wysłana do nas mailem. Po zakończonej reakcji, wszelkie dane pomiarowe (dane surowe, wyniki po analizie) mogą zostać eksportowane do jednego pliku excell, jak również zapisane w postaci obrazka w formacie JPEG (np. krzywe amplifikacji, wykresy ekspresji genów). Oszczędność czasu przede wszystkim 7500 Fast PCR System jak sama nazwa wskazuje umożliwia szybki pomiar standardowa reakcja PCR z użyciem sondy TaqMan wymaga jedynie około 30 minut, przy jednoczesnym zachowaniu czułości 1 kopii, w objętości zredukowanej do 5 µl. Jest to możliwe dzięki zwiększeniu prędkości grzania bloku ( z 2,5 C na

4 5,5 C w jednostce czasu). Z nieco starszą wersją tego aparatu (7500 System) analogiczna reakcja zachodzi w przeciągu 2 godzin. Co dostaniemy oprócz urządzenia Producent oprócz dostarczenia samego aparatu wraz z komputerem i oprogramowaniem zapewnia nam kilka drobiazgów, takich jak początkowy zestaw 96- dołkowych płytek (lub 8- dołkowych pasków), płytki do kalibracji urządzenia (z barwnikami, sprawdzające poprawność działania wszystkich pięciu filtrów), jak również zestaw przedmiotów ułatwiających nam pracę (podkładki pod płytki, statywy na paski, przyrządy ułatwiające zamknięcie i otwarcie próbówek, czy umieszczenie taśmy optycznej na płytce). Ponadto, w cenie oferowane jest jednodniowe szkolenie przez przedstawiciela firmy. Główne zalety * Łatwość w obsłudze urządzenia oraz prostota oprogramowania; * Możliwość pomiaru fluorescencji o różnej długości fali (5 filtrów wzbudzenia i 5 filtrów emisji); * Różnorodność zastosowań pomiary typu: krzywa standardowa, względna krzywa standardowa, porównawcze CT, dyskryminacja alleliczna, obecność/brak; * Możliwość szybkiej reakcji PCR oraz zredukowania objętości próbki do 5 µl; * Możliwość przeprowadzania multiplex real time PCR (do 5 różnych targetów w ramach jednej próbki). Główne wady * Przystosowanie urządzenia do innych produktów A. Biosystems (wszelkiego rodzaju probówki, odczynniki) jakościowo bardzo dobre, lecz drogie; * Cena średni koszt zakupu urządzenia to zł, do tego dodać należy wysoki koszt jego utrzymania; * Oprogramowanie nie jest kompatybilne ze starszymi wersjami Windows, jak również spowalnia pracę niektórych komputerów (opinia stałych użytkowników..).

5 AM Data publikacji: r.