Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni"

Dariusz Nowakowski
6 lat temu
Przeglądów:

1 Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii Molekularnej Zwierząt

2 Zróżnicowanie ras koni

3 Zmienność fenotypowa Przystosowanie / ewolucja Hodowla / selekcja

http://ib.bioninja.com.au/higher-level/topic-10-genetics-and-evolu/103-gene-pools-and-speciati/types-of-selection.

4 Selekcja Selekcja naturalna Udomowienie Kierunkowa selekcja Krzyżowanie Zmiany we frekwencji alleli genów odpowiedzialnych za poszczególne cechy fenotypowe Utrwalone różnice w sekwencji DNA

5 Zmienność genetyczna Naturalne różnice sekwencji DNA organizmów jednego gatunku Sekwencja DNA w 99,7% identyczna

6 Polimorfizm pojedynczych nukleotydów (SNP) 3-5 mln pomiędzy dwoma niespokrewnionymi osobnikami Główny typ zmienności DNA Główne źródło zmienności genetycznej

7 Polimorfizm pojedynczych nukleotydów Wysoka częstość i powszechność występowania w genomie Bi-alleliczne - łatwość oznaczania dużej liczby markerów za pomocą wysokowydajnych technik genotypowania Możliwość prowadzenia analiz genetycznych na poziomie poszczególnych regionów chromosomowych

8 Sygnatury różnicowej selekcji Wariant odpowiedzialny za zmienność ceny Selekcja Różnice we frekwencji alleli

9 Cel badań Określenie stopnia zróżnicowania genetycznego badanych ras w oparciu o genomowy panel markerów SNP Identyfikacja regionów genomu obejmujących warianty genów różnicowo utrwalone pomiędzy różnymi rasami koni

10 Rasy Kuce Zimnokrwiste Gorącokrwiste

11 SNP Markery genetyczne Equine SNP50 Genotyping BeadChip

12 Statystyki Globalne miary zróżnicowania genetycznego: - analiza pierwszorzędowych komponentów zmienności (PCA) - analiza dystansu genetycznego (FST wg. Wrigtht a) Identyfikacja sygnatur selekcji w oparciu o standaryzowany współczynnik F ST (di) d i = j i ij ij F ST E[FST] sd[f ST ij ] i) gdzie E[F ST ij ] i sd[f ST ij ] oznacza wartość oczekiwaną i odchylenie standardowe F ST pomiędzy rasami i i j obliczone w oparciu o cały panel markerów SNP

13 Zróżnicowanie genetyczne badanych ras koni PCA

14 Zróżnicowanie genetyczne badanych ras koni PCA

083 0.084 KP 0.150 0.112 x 0.113 0.077 0.077 MLP 0.085 0.128 0.127 x 0.112 0.

15 Zróżnicowanie genetyczne badanych ras koni F ST Weighted FST Mean FST AR HC KP MLP SOK SZTUM AR x HC x KP x MLP x SOK x SZTUM x

16 Sygnatury różnicowej selekcji Konie gorącokrwiste

Skurcz mięśnia sercowego Synteza i metabolizm ATP Skurcz

17 Sygnatury różnicowej selekcji Konie gorącokrwiste Wydzielanie żółci Trawienie i wchłanianie tłuszczy Skurcz mięśnia sercowego Synteza i metabolizm ATP Skurcz mięśnia sercowego Dojrzewanie oocytów Sekrecja hormonu gonadotropowego

18 Sygnatury różnicowej selekcji Konie prymitywne (kuce)

bodźca chemicznego związanego z percepcją zmysłową

19 Sygnatury różnicowej selekcji Konie prymitywne (kuce) Transdukcja sygnału w komórkach węchowych Wykrywanie bodźca chemicznego związanego z percepcją zmysłową zapachu Metabolizmem inozytolu (płodność) Ogólne procesy metaboliczne

20 Sygnatury różnicowej selekcji Konie zimnokrwiste

21 Sygnatury różnicowej selekcji Konie zimnokrwiste Wydzielanie żółci Trawienie i wchłanianie tłuszczy Skurcz mięśnia sercowego Metabolizm siarki Procesy istotne dla homeostazy energetycznej oraz zdolności do wysiłku

22 Zróżnicowanie pomiędzy typami koni

23 Zróżnicowanie pomiędzy typami koni

24 Zróżnicowanie pomiędzy typami koni

25 Podsumowanie Poza dwoma odmianami koni zimnokrwistych, badane rasy charakteryzują się wyraźną odrębnością struktury genetycznej z widocznym podobieństwem w obrębie poszczególnych typów Pomiędzy odmianami koni zimnokrwistych istnieje jedynie niewielkie zróżnicowanie na poziomie genetycznym i dotyczy ono nielicznych regionów chromosomowych, jednak o potencjalne dużym znaczeniu dla metabolizmu i zdolności wysiłkowych tych odmian

26 Podsumowanie Regiony genomu wykazujące zróżnicowanie pomiędzy badanymi rasami często powiązane są z genami odpowiedzialnymi za trawienie tłuszczy czy prace mięśnia sercowego Dla zróżnicowania wielkości badanych koni znaczenie wydaje się mieć region genomu w obrębie ECA11, zawierający geny o dowiedzionym wpływie na procesy kształtujące wielkość ciała u innych gatunków

27 Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii Molekularnej Zwierząt

Podobne dokumenty

Możliwości i potencjalne zastosowania Zintegrowanego Systemu Analitycznego do innowacyjnych i kompleksowych badań molekularnych

Możliwości i potencjalne zastosowania Zintegrowanego Systemu Analitycznego do innowacyjnych i kompleksowych badań molekularnych Dzień Otwarty Klastra LifeScience 31 maj 2017, Kraków dr Agata Piestrzyńska-Kajtoch,