Choroby genetyczne na tle zmian w genomie człowieka rodzaje, fenotyp, diagnostyka genetyczna

Podobne dokumenty
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej

Genetyka kliniczna - opis przedmiotu

Aberracje chromosomowe Seminarium 2 część 1

ABERRACJE CHROMOSOMOWE. KLINICZNE SKUTKI ABERRACJI CHROMOSOMOWYCH

Podłoże molekularne NF1 i RASopatii. Możliwości diagnostyczne.

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016. Ćwiczenie nr 1 (

NIEPOWODZENIA ROZRODU

Składniki jądrowego genomu człowieka

2. Rozdział materiału genetycznego w czasie podziałów komórkowych - mitozy i mejozy

Niepełnosprawność intelektualna

Zasady obliczania ryzyka genetycznego. Podstawy genetyki populacyjnej.

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

PŁODU JAKO PRZYCZYNA UTRATY CIĄŻY - l e k. K a r o l i n y M a t u s z e w s k i e j

II WYDZIAŁ LEKARSKI, II ROK

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

Dziedziczenie jednogenowe. Rodowody

NIEPEŁNOSPRAWNOŚĆ INTELEKTUALNA. Anna Materna-Kiryluk Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu. Niepełnosprawność intelektualna - definicja

NIFTY TM Nieinwazyjny, Genetyczny Test Prenataly określający ryzyko wystąpienia zespołu Downa, Edwardsa i Patau

Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu

S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma cje ogólne. Genetyka

Klasyczna analiza kariotypu, techniki prążkowania chromosomów Molekularna stosowanie sond molekularnych, technika FISH

CHOROBY NOWOTWOROWE. Twór składający się z patologicznych komórek

Szczegółowy harmonogram ćwiczeń Biologia medyczna w Zakładzie Biologii w roku akademickim 2017/2018 Analityka Medyczna I rok

mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii

Wstęp do genetyki człowieka Choroby rzadkie nie są takie rzadkie

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Podstawowe techniki barwienia chromosomów

Podstawy genetyki człowieka

S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma cje ogólne. Pielęgniarstwo. I rok

Przedmiot: GENETYKA. I. Informacje ogólne Jednostka organizacyjna

PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2015/2016 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY

Aberracje chromosomowe - choroby genetyczne związane z widocznymi zmianami liczby lub struktury chromosomów

WIEDZA. wskazuje lokalizacje przebiegu procesów komórkowych

MUTACJE GENETYCZNE. Wykonane przez Malwinę Krasnodębską kl III A

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA

S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma cje ogólne. Genetyka Kliniczna. Wydział Lekarsko-Stomatologiczny(WLS)

S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nie dotyczy

Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów, którzy rozpoczęli studia w roku akademickim 2014/2015

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Tematyka zajęć z biologii

Zmienność. środa, 23 listopada 11

Ciąża po poronieniu. Jakie badania genetyczne warto zrobić?

Genetyka medyczna w praktyce klinicznej. Wpływ genetyki na przyszłość medycyny.

PROGRAM NAUCZANIA rok III Wydział Lekarski, semestr letni GENETYKA MOLEKULARNA

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

Wykład 14 Biosynteza białek

Badania nad występowaniem delecji chromosomu 22q11.2 i innych aberracji chromosomowych w wadach rozwojowych i zaburzeniach psychicznych.

Genetyka kliniczna nowe wyzwanie dla opieki pediatrycznej. Jacek J. Pietrzyk Klinika Chorób Dzieci Katedra Pediatrii Collegium Medicum UJ

Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów, którzy rozpoczęli studia w roku akademickim 2016/2017

WYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII, ZAKRES PODSTAWOWY 2018/19

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

Badania predyspozycji dziedzicznych do nowotworów złośliwych

Geny i działania na nich

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Podstawy genetyki człowieka. Cechy wieloczynnikowe

WYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA NA CZASIE, ZAKRES PODSTAWOWY

WYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA zakres podstawowy biologia na czasie

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17

Szczegółowy harmonogram ćwiczeń - Biologia i genetyka w Zakładzie Biologii w roku akademickim 2017/2018 I rok Farmacja. Przedmiot Wykłady Ćwiczenia

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy przedmiot biologia nauczana dwujęzycznie poziom podstawowy klasa Ib i Ic

Biologiczne podstawy ewolucji. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014

Dziedziczenie recesywne

Konkurs szkolny Mistrz genetyki etap II

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Wymagania na poszczególne stopnie szkolne dla przedmiotu biologia. Klasa I Liceum Ogólnokształcącego poziom podstawowy

Załącznik nr 5 do zarządzenia Nr 53/2006 Prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia. Program badań prenatalnych

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie, zakres podstawowy

u Czynniki ryzyka wystąpienia zakrzepicy? - przykłady cech osobniczych i stanów klinicznych - przykłady interwencji diagnostycznych i leczniczych

Wymagania edukacyjne z biologii- zakres podstawowy: kl 1 ZSZ, 1LO

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE

Informacje dotyczące pracy kontrolnej

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu

NIPT Nieinwazyjny Test Prenatalny (ang. Non-Invasive Prenatal Test)

definiuje pojęcia: inżynieria genetyczna, replikacja DNA wyjaśnia regułę komplementarności

SYLABUS. DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA (skrajne daty) Wykł. Ćw. Konw. Lab. Sem. ZP Prakt. GN Liczba pkt ECTS

Chronimy Twoich bliskich badając geny. MIKROMACIERZE Medycyna genetyczna przyszłości

MUTACJE GENOMOWE- EUPLOIDIE MUTACJE GENOMOWE- ANEUPLOIDIE. MUTACJE spontaniczne indukowane. germinalne somatyczne

Genetyka medyczna w praktyce klinicznej. Wpływ genetyki na przyszłość medycyny.

3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu

PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU OBOWIĄZKOWEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2015/2016 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY dla STUDENTÓW III ROKU STUDIÓW

Geny, a funkcjonowanie organizmu

Genetyka w nowej podstawie programowej

dostateczny oraz: wyjaśnia, z czego wynika komplementarność zasad przedstawia graficznie regułę

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

Analiza mutacji p.d36n i p.n318s oraz polimorfizmu p.s474x genu lipazy lipoproteinowej u chorych z hipercholesterolemią rodzinną.

Technikum Nr 2 im. gen. Mieczysława Smorawińskiego w Zespole Szkół Ekonomicznych w Kaliszu

OPIS MODUŁU KSZTAŁCENIA

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nie dotyczy

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

Choroby uwarunkowane genetycznie i wady rozwojowe

Plan wykładów z genetyki ogólnej

Wymagania edukacyjne

Transkrypt:

Przedmiot: Genetyka kliniczna V Rok, Wydział Lekarski I Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu Choroby genetyczne na tle zmian w genomie człowieka rodzaje, fenotyp, diagnostyka genetyczna Opracowanie: Prof.dr hab.med. Anna Latos-Bieleńska Wersja autorska, skrócona i zmodyfikowana, bez piśmiennictwa. Pełna wersja tego rozdziału z piśmiennictwem i ilustracjami w podręczniku Ginekologia i Położnictwo (red. G. Bręborowicz), PZWL 2012 1. Podstawowe wiadomości o genomie człowieka Genom jądrowy człowieka zawiera nieco ponad 3 miliardy par zasad (ok. 3280 milionów par zasad). Ponad 70% to DNA nie zawierający genów. Geny i sekwencje pokrewne zajmują mniej niż 30% DNA, ale sekwencje kodujące białko to jedynie 1,5% genomowego DNA. Człowiek posiada około 21600 genów kodujących białka i ponad 8000 genów kodujących różne RNA (w większości biorące udział w procesie regulacji ekspresji genów). Do tej pory (rok 2011) około 4000 genów powiązano z określonymi chorobami genetycznymi. Liczba możliwych chorób genetycznych przekracza znacznie liczbę genów, ponieważ różne mutacje tego samego genu mogą prowadzić do różnych chorób genetycznych. Pełna informacja zawarta jest w katalogu chorób jednogenowych i genów (OMIM) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/]. Geny człowieka są różnej wielkości. Największy gen człowieka kodujący dystrofinę, ma około 2500 kpz. Geny zbudowane są w taki sposób, że sekwencje kodujące kolejność aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym ulegające translacji (eksony), są poprzedzielane sekwencjami wtrąconymi, które są integralną częścią genu i ulegają przepisaniu na RNA (hnrna) w procesie transkrypcji, ale nie kodują białka (introny). Liczba eksonów w poszczególnych genach człowieka jest różna są geny składające się z jednego eksonu i takie, które mają ponad 100 eksonów. Również wielkość poszczególnych eksonów i intronów w różnych genach jest zróżnicowana. W procesie składania hnrna sekwencje zsyntetyzowane na matrycy intronów ulegają usunięciu, a powstały w ten sposób mrna przechodzi do cytoplazmy, gdzie bierze udział w biosyntezie białka. Dzięki takiej budowie, jeden gen może kodować różne białka, gdyż hnrna może ulec alternatywnemu składaniu, stąd liczba białek znacznie przewyższa liczbę genów. Około 20% genów jest czynnych (ulega transkrypcji) w każdej komórce. Są to geny metabolizmu podstawowego (ang. housekeeping genes), kodujące białka niezbędne do funkcjonowania każdej komórki, np. enzymy cyklu Krebsa, czy białka rybosomalne. Jednak większość genów ulega wybiórczo ekspresji w taki sposób, że w komórkach określonego typu jest aktywna tylko pewna, ściśle określona grupa genów. W ten sposób komórki poszczególnych typów, mając taki sam materiał genetyczny, różnią się morfologią i funkcją. W poszczególnej komórce 90% aktywnych genów to geny metabolizmu podstawowego, a tylko 10% jest związanych ze specyficzną funkcją danej komórki. W przypadku większość genów są aktywne lub nieaktywne obydwa allele. Niektóre geny ulegają jednak piętnowaniu genomowemu (ok. 100 loci), tj. allel pochodzący od matki i allel pochodzący od ojca różnią się ekspresją, co oznacza, że może być aktywny allel tylko matczyny lub tylko ojcowski. Sekwencjonowanie i badania z zastosowaniem techniki mikromacierzy wykazały, że genomy poszczególnych osób znacznie różnią się między sobą. Zmienność typu SNP (single nucleotide polymorphisms = zmiany pojedynczo nukleotydowe) występuje co 100-300 nukleotydów. SNP mogą występować zarówno w genach (eksonach i intronach), jak również w pozagenowym DNA. W zależności od lokalizacji, SNP mogą nie mieć żadnych skutków fenotypowych, ale mogą też wpływać na np. genetyczną predyspozycję do zachorowania na choroby uwarunkowane wieloczynnikowo. Inny rodzaj zmienności to CNV (copy-number variation = zmienność liczby kopii fragmentów DNA). Kopia CNV to fragment genomu o wielkości powyżej tysiąca par zasad (kb). Średnia wielkość kopii CNV mieści się w przedziale 81-341 Kb, ale może to być fragment DNA o wielkości nawet do 2 milionów par zasad (Mb). Kopie CNV zidentyfikowano aż w 1.5 mln regionach genomu o łącznej długości 360 Mb, co stanowi 12% genomu. W 58% zidentyfikowanych kopii CNV stwierdzono obecność genów, w 99% zakonserwowane niekodujące sekwencje DNA. Większość kopii CNV to warianty polimorficzne bez skutków fenotypowych, ale niektóre są przyczyną chorób genetycznych. Chociaż prawie cały DNA znajduje się w jądrze komórkowym, to niewielka ilość DNA znajduje się w mitochondriach. Pojedyncza komórka zawiera w cytoplazmie setki mitochondriów. DNA mitochondrialny różni się od DNA jądrowego i inaczej się dziedziczy (dziedziczenie matczyne). Mitochondrialny DNA zbudowany jest z dwuniciowej kolistej cząsteczki DNA, składa się z 16 569 par zasad i zawiera 37 genów (2 geny rrna, 22 geny trna i 13 genów białek łańcucha oddechowego). Mitochondrialny DNA cechuje się wysoką częstością mutacji (5-10 razy większą niż jądrowy DNA). 1

2. `Choroby genetyczne na tle budowy genomu człowieka U podłoża choroby genetycznie uwarunkowanej leży patologiczna zmiana materiału genetycznego (mutacja). Mutacja ta może powstać de novo, może też być odziedziczona od rodzica lub od obojga rodziców. Różnorodność kliniczna i molekularna chorób genetycznych jest ogromna i można je klasyfikować na wiele sposobów. Podział wg rodzaju zmian materiału genetycznego wyróżnia choroby: - spowodowane klasycznymi aberracjami chromosomowymi, - spowodowane submikroskopowymi mikrorearanżacjami genomowymi, - spowodowane mutacją pojedynczego genu, - uwarunkowane wieloczynnikowo. Jest to podział uproszczony, w rzeczywistości zmiany materiału genetycznego nie są skokowe, ale mają charakter ciągły, ponadto ta sama choroba może być spowodowana np. u niektórych chorych submikroskopową rearanżacją genomową, a u innych mutacją pojedynczego genu, są choroby uwarunkowane dwugenowo itp. 2.1. Aberracje chromosomowe Aberracje chromosomowe są częstą zmiana materiału genetycznego u człowieka. Większość z nich powoduje bardzo wcześnie skutki letalne i najczęściej dochodzi do obumarcia zarodka/płodu w pierwszym trymestrze ciąży. Aberracje chromosomowe stwierdza się, w zależności od metody badan genetycznych, u 50-60% (w metodzie mikromacierzy do 70%) poronionych samoistnie zarodków i płodów. Aberracje chromosomowe o znaczeniu klinicznym stwierdza się u 0,6% dzieci żywo urodzonych. 2.1.1. Zmiany materiału genetycznego w aberracjach chromosomowych W przypadku klasycznych aberracji chromosomowych zmiany materiału genetycznego są duże, możliwe do oceny w mikroskopie świetlnym. Wyróżnia się aberracje liczby chromosomów oraz aberracje struktury chromosomów. Aberracje liczby chromosomów to trisomia (dodatkowy chromosom w danej parze chromosomów), monosomia (tylko jeden zamiast dwóch chromosomów w danej parze), triploidia (potrójny garnitur haploidalny, tj. 69 chromosomów), tetraploidia (92 chromosomy). Do niedoboru lub nadmiaru materiału genetycznego prowadzą także aberracje struktury chromosomów: delecje i duplikacje fragmentów chromosomów, izochromosomy i chromosomy pierścieniowe. W przypadku zrównoważonych translokacji robertsonowskich i wzajemnych oraz inwersji, materiał genetyczny ulega rearanżacji, ale ilościowo nie ulega zmianie. Aberracją zarazem liczby i struktury są tzw. chromosomy markerowe, tj. małe dodatkowe chromosomy o trudnym do identyfikacji materiale genetycznym. Niekiedy może się zdarzyć, że w danej parze chromosomów obydwa chromosomy pochodzą od jednego z rodziców i, tym samym, brakuje chromosomu od drugiego rodzica - jest to tzw. jednorodzicielska disomia. Ze względu na zjawisko rodzicielskiego piętnowania genomowego materiał genetyczny jednego z rodziców nie może zostać zastąpiony materiałem drugiego z rodziców, dlatego jednorodzicielska disomia może prowadzić do poważnej patologii. Jednorodzicielska disomia jest nieuchwytna w badaniu cytogenetycznym i można ją wykazać jedynie metodami biologii molekularnej. 2.1.2. Obraz kliniczny aberracji chromosomowych Najmniejsze klasyczne aberracje chromosomowe widoczne w mikroskopie świetlnym obejmują co najmniej 4 Mb. Nawet małe cytogenetycznie zmiany ilości materiału genetycznego są ogromne molekularnie, w przypadku kariotypu niezrównoważonego dochodzi bowiem do niedoboru lub nadmiaru wielu (dziesiątek, setek) genów, z których każdy jest prawidłowy. Przy tak dużych zmianach ilościowych materiału genetycznego, skutki fenotypowe zawsze muszą być poważne, zwłaszcza jeśli niezrównoważenie materiału genetycznego dotyczy autosomów. W przypadku niezrównoważonych aberracji chromosomowych skutki kliniczne wynikają nie tylko z dawki genów (nadmiaru lub niedoboru), ale także z zaburzeniach w aktywności wielu innych genów zlokalizowanych w chromosomach innych niż objętych aberracją. Aberracje chromosomowe u zarodka i płodu prowadzą w ogromnej większości przypadków do obumarcia ciąży. U dzieci żywo urodzonych z niezrównoważoną aberracją chromosomową występuje dysmorfia, wady rozwojowe i opóźnienie rozwoju/niepełnosprawność intelektualna. Aberracje struktury chromosomów bez zmian ilościowych materiału genetycznego (translokacje zrównoważone, inwersje), nie wpływają na stan zdrowia ani długość życia ich nosiciela, ale mogą prowadzić do niepowodzeń rozrodu. 2.1.3. Diagnostyka genetyczna aberracji chromosomowych Aberracje chromosomowe diagnozuje się badaniem kariotypu. Metod badania kariotypu jest wiele, niektóre pozwalają ocenić cały kariotyp, inne pozwalają na wykrycie tylko określonych zmian (np. aberracji liczby, rearanżacji subtelomerowych). Najczęściej jest to badanie kariotypu metodami cytogenetyki klasycznej, ale niekiedy stosuje się też FISH, CGH, MLPA oraz QF-PCR. Metodą, która w niedługim czasie zastąpi klasyczne techniki cytogenetyczne w diagnostyce niezrównoważonych aberracji chromosomowych jest technika mikromacierzy. 2.1.4. Poradnictwo genetyczne w przypadku aberracji chromosomowych W przypadku aberracji chromosomowych ryzyko genetyczne oblicza się empirycznie, tj. na podstawie obserwacji dużych grup rodzin z podobną patologią. W przypadku stwierdzenia u dziecka (płodu) regularnej trisomii (np. trisomii 21), nie ma wskazań do określenia kariotypu u rodziców dziecka, ponieważ mechanizm powstawania 2

trisomii to głównie brak rozdziału chromatyd podczas mejozy, zatem nie należy spodziewać się zmian w kariotypie rodziców określanym na podstawie hodowli limfocytów. Po urodzeniu dziecka z regularną trisomia, ryzyko genetyczne ponownego wystąpienia trisomii u dzieci zależy od wieku matki: jeśli matka ma mniej niż 35 lat, ryzyko urodzenia dziecka z trisomią wynosi 1%, jeśli ma ponad 35 lat, do wymienionego ryzyka genetycznego należy dodać ryzyko wynikające z jej wieku. Niekiedy obserwuje się podwyższoną, niezależną od wieku skłonność do braku rozdziału chromatyd u któregoś z partnerów i takie pary mają większe ryzyko wystąpienia trisomii u dziecka. U takich par mogą występować poronienia samoistne, a badania genetyczne materiału z poronienia wykazują trisomię u płodu. Inne aberracje liczby chromosomów (triploidia, tetraploidia, monosomia X) stwierdzone u dziecka nie są związane z podwyższonym ryzykiem ich powtórzenia się w następnych ciążach, chociaż w badaniach własnych obserwowano przypadki występowania tych aberracji także w kolejnej ciąży. O ile w przypadku aberracji liczby chromosomów u dziecka nie wykonuje się badania kariotypu rodziców, to po stwierdzeniu u dziecka w diagnostyce prenatalnej lub postnatalnej aberracji struktury chromosomów (np. delecji lub duplikacji), zawsze konieczne jest określenie kariotypu rodziców. Jeśli u któregoś z rodziców stwierdzi się nosicielstwo translokacji zrównoważonej (lub innej zrównoważonej aberracji chromosomów), ryzyko genetyczne wystąpienia niezrównoważonej aberracji w następnych ciążach i wynikające z tego ryzyko poronień samoistnych, porodów martwych oraz urodzenia dziecka z zespołem wad i niepełnosprawnością intelektualną jest podwyższone i zależy od rodzaju aberracji, od tego, które z chromosomów objęte są aberracją, od punktów pęknięć chromosomów oraz od tego, które z rodziców jest nosicielem aberracji. 2.2. Submikroskopowe rearanżacje genomowe 2.2.1. Zmiany materiału genetycznego w submikroskopowych rearanżacjach genomowych Tego typu zmiany materiału genetycznego mogą być różnej wielkości, od 1 kb do >1Mb. Zmiany mogą obejmować od jednego do stu i więcej genów. Mogą to być rearanżacje zrównoważone bez ubytku czy naddatku materiału genetycznego (np. submikroskopowe translokacje) lub niezrównoważone (mikrodelecji, mikroduplikacje genomowe). 2.2.2. Obraz kliniczny submikroskopowych rearanżacji genomowych Zrównoważone rearanżacje genomowe, o ile nie dojdzie do uszkodzenia genu strukturalnego, a także nie będzie tzw. efektu pozycji, nie powodują zmian w fenotypie, są zatem szczególnie trudne do wykrycia, ale ich nosicielstwo może być przyczyna niepowodzeń rozrodu. Np. rearanżacje subtelomerowe występują u ok. 2% par doświadczających poronień nawracających, opisywano także submikroskopowe rearanżacje okołocentromerowe. Rearanżacje niezrównoważone mogą mieć różnorodne skutki kliniczne. Opisano małe duplikacje i delecje bez zmian w fenotypie oraz takie, które występowały rodzinnie i powodowały skutki kliniczne tylko u niektórych ich nosicieli. U dzieci żywo urodzonych manifestacja kliniczna niezrównoważonych rearanżacji genomowych to zazwyczaj wady wrodzone, dysmorfia oraz niepełnosprawność intelektualna, ale może dojść również do poronienia samoistnego zarodka i płodu. 2.2.3. Diagnostyka genetyczna submikroskopowych rearanżacji genomowych Submikroskopowe rearanżacje genomowe odkryto po wprowadzeniu do diagnostyki genetycznej metod cytogenetyki molekularnej, w szczególności FISH, a także MLPA, ale metody te pozwalają na wykrycie tylko wybranych, ściśle określonych mikrorearanżacji genomowych. Metodą z wyboru jest technologii mikromacierzy, która pozwala na wykrycie zmian nawet bardzo małych, ale niezrównoważonych. Rearanżacje zrównoważone mogą być diagnozowane metodą FISH, ale wówczas musi to być badanie celowane, np. z sondami specyficznymi dla sekwencji subtelomerowych wszystkich chromosomów. W przypadku diagnostyki prenatalnej i diagnostyki u dzieci z wadami rozwojowymi badanie z zastosowaniem technologii mikromacierzy zastąpi badanie kariotypu metodami cytogenetyki klasycznej. 2.2.4. Poradnictwo genetyczne w submikroskopowych rearanżacjach genomowych W przypadku wykrycia rearanżacji submikroskopowej ważną sprawą jest ocena, czy jest to zmiana patogenna, czy może wariant euchromatyczny bez żadnych skutkow klinicznych. Submikroskopowe rearanżacje genomowe mogą powstawać de novo, mogą również wynikać z ich nosicielstwa u jednego z partnerów/rodziców. Ustalenie tego jest niezbędne dla poradnictwa genetycznego. W przypadku nosicielstwa zmiany genomowej jednoznacznie patogennej jest wysokie ryzyko urodzenia dziecka z poważną patologią (wadami wrodzonymi, niepełnosprawnością intelektualną). 2.3. Choroby uwarunkowane jednogenowo Jest to najbardziej różnorodna klinicznie grupa chorób genetycznych. Znanych jest blisko 10 tysięcy różnych chorób uwarunkowanych jednogenowo, niektóre z nich są częste (rodzinna hipercholesterolemia 1 : 500), inne występują skrajnie rzadko, np. <1/milion urodzeń (np. zespół Sensenbrenner, opisano na świecie dotychczas ok. 30 przypadków). Choroby uwarunkowane jednogenowo dotyczą łącznie około 2,4% populacji ogólnej. Wszystkie cechy i choroby uwarunkowane jednogenowo są skatalogowane w ogólnodostępnej internetowej bazie danych OMIM. 3

2.3.1. Zmiany materiału genetycznego w chorobach jednogenowych. W chorobach jednogenowych zmiany materiału genetycznego są submikroskopowe, wykrywalne jedynie metodami biologii molekularnej. Mutacje punktowe dotyczą zmiany jednej pary zasad. Mutacje zmiany sensu (70% mutacji punktowych) prowadzą do zamiany pojedynczego aminokwasu na inny. Z kolei mutacje nonsensowne (5%) powodują powstanie kodonu stop, co prowadzi do przedwczesnej terminacji tworzącego się łańcucha polipeptydowego. Są też mutacje ciche nie powodujące zaburzeń (25% mutacji punktowych), które gromadząc się w genomie, są źródłem polimorfizmu. Delecje i insercje polegają odpowiednio na ubytku lub naddatku od jednej do bardzo wielu par zasad. Jeśli prowadzą do przesunięcia ramki odczytu, całkowicie zmieniają kod genetyczny za miejscem mutacji. Szczególną formą mutacji są ekspansje powtórzeń trójek nukleotydów (np. CTG w dystrofii miotonicznej, typ1). Taka mutacja jest niestabilna i może zwiększać się z pokolenia na pokolenie (mutacja dynamiczna), prowadząc do tzw. zjawiska antycypacji, czyli nasilania się i coraz wcześniejszego występowania objawów w kolejnych pokoleniach. Jest znanych ponad 20 chorób spowodowanych zwiększeniem liczby powtórzeń trójek nukleotydów. W zależności od rodzaju mutacji skutkiem jest zupełny brak danego białka, zmniejszona ilość białka, zmniejszona lub zwiększona aktywność białka, prawidłowa ilość białka ale o zmienionej strukturze lub funkcji. 2.3.2. Obraz kliniczny chorób uwarunkowanych jednogenowo. Choroby uwarunkowane jednogenowo to najbardziej różnorodna klinicznie grupa chorób genetycznych. Mają różny początek i przebieg mogą to być choroby letalne już w okresie prenatalnym i takie, których pierwsze objawy występują nawet po dziesiątkach lat życia w pełnym zdrowiu. Wśród chorób uwarunkowanych jednogenową są wady wrodzone, choroby metaboliczne, neurologiczne, nowotwory złośliwe, choroby układu krążenia, moczowego, oddechowego, pokarmowego, narządu wzroku, skóry i wiele innych z pacjentem z chorobą uwarunkowaną jednogenowo spotka się lekarz każdej specjalności. W obrębie zainteresowań lekarza ginekologa-położnika będą zwłaszcza wady rozwojowe uwarunkowane jednogenowo, nowotwory dziedziczne (m.in. dziedziczny rak piersi i jajnika), choroby jednogenowe związane z niepłodnością oraz takie, które mogą prowadzić do powikłań w czasie ciąży. 2.3.3. Diagnostyka genetyczna chorób uwarunkowanych jednogenowo. Diagnostyka chorób uwarunkowanych jednogenowo jest oparta w dużym stopniu na ocenie fenotypu (ocena kliniczna, indywidualnie dobrane badania laboratoryjne, badania obrazowe i in.) z uwzględnieniem analizy rodowodu. Dopiero po ustaleniu rozpoznania (lub podejrzeniu) określonej choroby uwarunkowanej jednogenowo, wykonuje się adekwatnie dobrane badania molekularne. W chorobach uwarunkowanych jednogenowo kariotyp jest prawidłowy, jednak w przypadku np. zespołów wad rozwojowych uwarunkowanych jednogenowo badanie kariotypu jest wykonywane, ponieważ fenotyp może przypominać zespół wad spowodowany aberracją chromosomową. Jeszcze lepiej jest wykonać w takim przypadku badania metodą mikromacierzy, opisano wiele przypadków, kiedy u niektórych pacjentów np. z wadą wrodzoną o znanej jednogenowej etiologii wykrywano mikrorearanżacje genomowe. Podłoże molekularne znacznej grupy chorób uwarunkowanych jednogenowo zostało już poznane, a tym samym coraz więcej chorób jednogenowych jest możliwych do diagnozowania na poziomie DNA (lub RNA). Jeśli są trudności w rozpoznaniu danej choroby uwarunkowanej jednogenowo na poziomie fenotypu, diagnostyka na poziomie DNA umożliwia jej rozpoznanie w sposób pewny, a jest szczególnie wartościowa w przypadkach chorób heterogennych genetycznie, tj. wówczas, gdy taki sam fenotyp może być skutkiem mutacji różnych genów. W takich sytuacjach pomocne będzie sekwencjonowania eksomu (lub całego genomu). 2.3.4. Poradnictwo genetyczne w chorobach uwarunkowanych jednogenowo. W przypadku chorób dziedziczonych według praw Mendla, ryzyko genetyczne jest stałe i nie zależy od liczby chorych członków rodziny. Wprawdzie rozpoznanie kliniczne i wnioski wynikające z analizy rodowodu są bardzo ważne, ale - o ile jest to możliwe - należy zawsze potwierdzić rozpoznanie kliniczne badaniami molekularnymi. Jest to tym ważniejsze, że choroby uwarunkowane jednogenowo są heterogenne genetycznie i wiele z nich może dziedziczyć się w różny sposób np. może być forma autosomalna dominująca i autosomalna recesywna choroby, a w każdej z nich jest zupełnie inne poradnictwo genetyczne. W dziedziczeniu jednogenowym obserwuje się niekiedy odstępstwa od dziedziczenia wg praw Mendla. Np. w przypadku mutacji dynamicznych występuje zjawisko antycypacji w miarę zwiększania liczby powtórzeń specyficznej trójki nukleotydów (objawy choroby występują wcześniej i są bardziej nasilone w kolejnych pokoleniach), odstępstwem od praw Mendla charakteryzuje się również dziedziczenie mitochondrialne. Szczegółowe omówienie konspekt dot. Obliczania ryzyka genetycznego. 2.4. Choroby uwarunkowane wieloczynnikowo Do 25. roku życia ok. 5% populacji choruje już na jakąś chorobę uwarunkowaną wieloczynnikowo i z wiekiem odsetek osób z chorobami wieloczynnikowymi zwiększa się w populacji, ponieważ do tej grupy należy wiele częstych chorób wieku dorosłego. Ostatecznie nawet do 60% populacji ogólnej choruje w trakcie swojego życia na chorobę uwarunkowaną wieloczynnikowo. 2.4.1. Zmiany materiału genetycznego w chorobach uwarunkowanych wieloczynnikowo W dziedziczeniu wieloczynnikowym występuje interakcja wielu par genów zlokalizowanych w różnych miejscach (loci) i powodujących predyspozycję do wystąpienia choroby. W miarę poznawania podłoża molekularnego 4

chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo, identyfikuje się liczne polimorfizmy wpływające na produkt białkowy genu (np. w przypadku białek enzymatycznych obniżające ich aktywność) stanowiące o genetycznej predyspozycji do wystąpienia określonej choroby uwarunkowanej wieloczynnikowo. W różnych populacjach etnicznych mogą występować częściowo te same, częściowo inne mutacje i polimorfizmy. Dla ostatecznego wystąpienia choroby jest jednak istotny wpływ czynników środowiskowych i dopiero współdziałanie czynników genetycznych i środowiskowych powoduje wystąpienie choroby. 2.4.2. Obraz kliniczny chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo. Około połowa wad rozwojowych o ustalonej etiologii to wady uwarunkowane wieloczynnikowo. Do nich należy większość wad izolowanych, tj. dotyczących jednego narządu, chociaż w części przypadków wad izolowanych występują mikrodelecji lub mikroduplikacje wykrywalne metodą mikromacierzy. Choroby atopowe, nadciśnienie tętnicze, cukrzyca typu II, łuszczyca, schizofrenia, większość nowotworów złośliwych to również przykłady chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo. 2.4.3. Diagnostyka genetyczna chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo. Rozpoznanie danej choroby uwarunkowanej wieloczynnikowo oznacza identyfikację rodziny ryzyka genetycznego. W chorobach uwarunkowanych wieloczynnikowo nie ma wskazań do określenia kariotypu. Polimorfizmy genetyczne bada się tymi samymi metodami biologii molekularnej, jakie są stosowane przy diagnostyce chorób uwarunkowanych jednogenowo. Należy jednak uwzględniać mutacje i polimorfizmy występujące w danej populacji, gdyż w różnych populacjach etnicznych podłoże molekularne predyspozycji do danej choroby uwarunkowanej wieloczynnikowo może być odmienne. W badaniu molekularnego podłoża genetycznej predyspozycji do chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo szczególnego znaczenia nabiera metoda mikromacierzy, pozwalająca na analizę nawet tysięcy mutacji i polimorfizmów jednocześnie. 2.4.4. Poradnictwo genetyczne w chorobach uwarunkowanych wieloczynnikowo. Wysokość ryzyka wystąpienia choroby uwarunkowanej wieloczynnikowo ustala się na podstawie badań empirycznych, opartych na obserwacji dużych grup rodzin, w których dana choroba występuje. W odniesieniu do indywidualnej rodziny ryzyko to może być jednak znacząco odmienne (większe lub mniejsze). W dziedziczeniu wieloczynnikowym ryzyko genetyczne zależy od tego, ilu członków rodziny jest dotkniętych daną chorobą. Ważny jest też stopień pokrewieństwa z osobą chorą - ryzyko genetyczne gwałtownie spada wraz ze zmniejszaniem się stopnia pokrewieństwa (największe ryzyko wystąpienia choroby dotyczy krewnych pierwszego stopnia tj. rodzeństwa i potomstwa). W przypadku wielu chorób uwarunkowanych wieloczynnikowo stopniowo poznawane są geny i ich polimorfizmy stanowiące o genetycznej predyspozycji do zachorowania na określoną chorobę. Badania molekularne mogą zidentyfikować osoby podatne na zachorowanie, co nie tylko ułatwia poradnictwo genetyczne, ale przede wszystkim umożliwia wdrożenie adekwatnych działań profilaktycznych (np. badania profilaktyczne w przypadku predyspozycji do określonych nowotworów). Zarówno w poradnictwie genetycznym, jak i diagnostyce genetycznej należy uwzględniać pochodzenie etniczne pacjenta, ponieważ zarówno ryzyko genetyczne, jak również mutacje i polimorfizmy mogą się różnie przedstawiać w różnych populacjach. 5