NIFTY nieinwazyjny test prenatalny wykorzystujący sekwencjonowanie nowej generacji mgr inż. Łukasz Brejnakowski Country Sales Manager www.

Transkrypt

1 NIFTY nieinwazyjny test prenatalny wykorzystujący sekwencjonowanie nowej generacji mgr inż. Łukasz Brejnakowski Country Sales Manager www. test-nifty.com.pl

2 BGI Beijing Genomics Institute Największe centrum genomiki na świecie powstało w 1999r. 137 Hiseq2000, 27 AB Solid, 1 Roche 454, 1 Ion Torrent, 30 AB 3730 Duży lider na rynku badań naukowych z wykwalifikowanym personelem ponad 4000 pracownikow w tym 1500 bioinformatyków Nadzwyczajne zaplecze komuterowe najnowszej generacji 102T flops/ 10PB storage/ 20TB pamięci Liczne publikacje w pismach naukowych - Nature/ Science/ 1% udziału w sekencjonowaniu genomu ludzkiego, sekwencja genomu Padny Wielkiej, ryżu, ogórka

3 Wybarane publikacje BGI 3

4 Filie BGI na świecie BGI-Americas, 2010 BGI-WH, 2010 BGI-Beijing, 1999 BGI-HZ, 2001 BGI-SZ, 2007 BGI-Europe, 2010 BGI-HK, 2009

5 Qualification of BGI-Clinical Laboratory Established and obtained Practice License of Medical Institution in The Gene Amplification Lab was established in 2008 and was accredited by the Ministry of Health of China; is eligible to provide medical testing services. Officially launched its clinical test service in Obtained ISO/IEC accreditation certificate in March 2011, and is in preparation for ISO Next generation Sequencing (NGS) ISO 9001 Certificate Practice License of Medical Institution Clinical PCR lab ISO/IEC NGS ISO 9001

6 Współpraca naukowa z liderami na całym świecie

7

8

9 Najczęściej występujące aneuploidie płodowe Others: Turner syndrome (XO), Klinefelter syndrome (XXY), triple X syndrome (XXX), etc.

10 Zachorowalność na zespół Downa Maternal age T21 risk Znacząco wzrasta wraz z wiekiem matki po 35 Nie ma znaczenia rasa, kraj pochodzenia, czy styl życia <30 1/ / / / / / / / / / / / /12

11 Tradycyjne badania/testy przesiewowe i diagnostyczne Badania biochemiczne (I trymestr) Badania biochemiczne (II trymestr) Ocena przezierności karkowej (NT) Test zintegrowany Test zintegrowany + NT Amniopunkcja Biopsja Kosmówki (CVS) Kordocenteza (PUBS) * Dane reprezentujące 5% wyników fałszywie dodatnich Fergal D, Jacob A, et al. The New England Journal of Medicine, 2005

12 Badania przesiowe Badania diagnostyczne Biochemia; USG Nieinwazyjne Tanie Mniej dokładne Niższy wskaźnik wykrywalności Wysoki wskaźniki wyników fałszywie dodatnich Kariotypowanie Inwazyjne Drogie Wysoka dokładność Wysoki wskaźnik wykrywalności Niski wskaźnik wyników fałszywie dodatnich

13 Co to jest NIFTY?

14 Charakterystyka NIFTY Nowe technologie wykrywania w oparciu o NGS; Czułość i swoistość> 99% Brak ryzyka zakażenia wewnątrzmacicznego i poronienia Ryzyko trisomii płodu można ocenić już od 12 tygodnia ciąży Można uniknąć wykonywania badań inwazyjnych, gdy nie jest konieczne Potrzebne jest tylko 10 ml krwi obwodowej

15 Kiedy NIFTY?

16 NIFTY przeciwskazania Wykryte zrównoważone translokacje i niski poziom mozaicyzmu Kobieta w ciąży jest nosicielem chromosomalnej aneuploidii Jeśli któryś z rodziców ma nieprawidłowości chromosomowe na przykład duplikacje, delecji, translokacje itp. Jeśli kobieta w ciąży została poddana - terapii komórkami macierzystymi, - transfuzji krwi (w okresie do 6 miesięcy przed zajściem w ciążę) - przeszczepowi narządu to istnieje ryzyko, że wynik będzie zafałszowany obcym DNA

17

18 Odkrycie naukowe Charakterystyka płodowego wolnego DNA we krwi matki Krótkie fragmenty bp, pochodzące z trofoblastu Można wykryć już od 5 tygodnia ciąży. Zanika do trzech godzin po porodzie.

19 NGS next generation sequencing 1. incorporation 1. Incorporation 2. Elute and scan 1. Incorporation 2. Elute and scan 3. Cleavage T C A C C T C A G G

20 ANALIZA BIOINFORMATYCZNA Prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii Dodatkowa Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21 kopia chromosomu 21 Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21 Analiza statystyczna Zdrowy płód Trisomia 21

21

22 Wiarygodne i dokładne wyniki Double blind validation study in 3464 singleton pregnancies T21 T18 T13 NIFTY positive Karyotyping positive False positive No. 1* 1* 0 False Negative No Detection Rate % % % False Positive Rate 0.03% 0.029% 0.00% Positive Predictive Rate 99.49% 98.44% % Specificity 99.97% 99.97% 100% False Negative Rate 0.00% 0.00% 0.00% Lau, T.K., et al., Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test--early experience. J Matern Fetal Neonatal Med, (10): p

23 NIFTY test in 11,105 singleton pregnancies in real clinical setting No. of cases Positive Results T21 T18 T13 Negative results NIFTY 11, Karyotyping False positive rate 0.03% 0.03% n/a False negative rate 0% 0% n/a Detection rate 100% 100% n/a Specificity 99.6% 99.6% n/a Dan, S., et al., Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn, 2012: p. 1-8.

24 OPUBLIKOWANIE WYNIKI BADAŃ ZWIĄZANE Z TESTEM NIFTY PUBLIKACJE DOSTĘPNE DO POBRANIA NA STRONIE:

25 Przykłady T21 może zostać pominięte przy zastosowaniu tradycyjnego testu przesiewego Sample ID: PDP Age: 31 Screening test: 1/510(Low risk) NIFTY: T21 Karyotyping: 47, XX,

26 Możliwość określenia innych rzadkich trisomii T9 Sample ID: PDB11AJ00026 Age: 41 NIFTY: T9 Karyotyping: T9

27 Możliwość określenia innych rzadkich trisomii T16 Sample ID: PDB11AJ00783 Age: 30 NIFTY: T16 FISH: T16

28

29 Materiał do badań

30 Test workflow Szpital/Klinika/Gabinet Centrum dystrybucji próbek Porada po badaniu Laboratorium kliniczne BGI: 10 dni roboczych

31

32 Raport Wynik testu genetycznego Niskie ryzyko: Wynik badania wskazuje, że prawdopodobieństwo trisomii jest niskie, brak szczególnych rekomendacji, zalecamy rutynowe badania kontrolne Wysokie ryzyko: Wynik badania wskazuje na wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii. Rekomendujemy wykonanie badań inwazyjnych 98% pacjentów

33 Inne rzadko występujące aneuploidie Zaburzenia ilości innych chromosomów autosomalnych mogą być wykryte. Nie są one jednak podane do wiadomości w standardowy raporcie Zaburzenia ilości chromosomów płciowych nie są podane w standardowym raporcie, chyba że klinika/szpital/gabinet wpsółpracujący z BGI ustalą to w osobnej umowie Wyniki innych badań prenatalnych, takich jak testy biochemiczne i USG należy rozważyć. Badanie diagnostyczne, takie jak amniopunkcja / kordocenteza jest sugerowane

34 Podsumowanie

35 Pytania? www. test-nifty.com.pl