Diagnostyka molekularna w OIT

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Diagnostyka molekularna w OIT"

Bożena Karczewska
9 lat temu
Przeglądów:

1 Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C Ł A W I U

2 DNA RNA Białko

3 Diagnostyka molekularna w OIT Niska czułość metod mikrobiologicznych - brak identyfikacji patogenu krwi w 50-70% przypadków ciężkiej sepsy. Długi czas oczekiwania na wynik badania mikrobiologicznego. Przedłużona/niewłaściwa antybiotykoterapia empiryczna jest związana z rozwojem szczepów opornych oraz ze zwiększoną śmiertelnością.

4 Diagnostyka molekularna w OIT wymagająca hodowli patogenów Metoda diagnostyczna PNA FISH Fluorescencja + hybrydyzacja 10 Liczba patogenów identyfikowanych ACCU PROBE chemiluminescencja + sondy DNA 5 HYPLEX PCR + hybrydyzacja 10 Prove-it Sepsis PCR + mikromacierze 64 PLEX-ID BAC PCR +spektroskopia > 300 MALDI-TOF PCR +spektroskopia > 300 Verigene mikromacierze Gram(+) / Gram (-)

5 Diagnostyka molekularna w OIT wymagająca hodowli patogenów Metoda diagnostyczna PNA FISH Fluorescencja + hybrydyzacja 10 Liczba patogenów identyfikowanych ACCU PROBE chemiluminescencja + sondy DNA 5 HYPLEX PCR + hybrydyzacja 10 Prove-it Sepsis PCR + mikromacierze 64 PLEX-ID BAC PCR +spektroskopia > 300 MALDI-TOF PCR +spektroskopia > 300 Verigene mikromacierze Gram(+) / Gram (-)

6 Diagnostyka molekularna z pominięciem etapu hodowli patogenów Metoda diagnostyczna Liczba patogenów możliwych do identyfikacji System GeneExpert RT-PCR 1-2 / 1 godz. LightCycler SeptiFast RT-PCR 25 / 6 godz VYOO PCR + elektroforeza 34 / 7 godz. MagicplexTM Sepsis RT-PCR 91 / 8 godz. SepsiTest PCR + elektroforeza + sekwencjonowanie >300 / 8 godz

7 Standardowa hodowla i identyfikacja Verigene HYPLEX Prove-it Sepsis PLEX-ID BAC MALDI-TOF PNA FISH SepsiTest MagicplexTM Sepsis VYOO LightCycler SeptiFast GeneExpert czas [godz.]

8 Diagnostyka molekularna w OIT Żywe komórki bakterii/grzybów Komórki bakterii/grzybów w fagocytach Martwe komórki bakterii/grzybów tętnica/żyła Wolne DNA bakterii i grzybów

9 Diagnostyka molekularna w OIT Badanie molekularne składa się z trzech etapów: 1. Ekstrakcja i oczyszczenie DNA 2. Amplifikacja lub hybrydyzacja fragmentu DNA 3. Identyfikacja fragmentu DNA

10 1. Ekstrakcja i oczyszczenie DNA 2. Amplifikacja lub hybrydyzacja fragmentu DNA PCR (Polymerase Chain Reaction) 3. Identyfikacja fragmentu DNA

11 Diagnostyka molekularna w OIT System GeneExpert Prosty i szybki w użyciu system diagnostyczny POCT Test oparty na metodzie RT-PCR Pozwala na identyfikację pojedynczych patogenów

13 System GeneXpert Detekcja MRSA i SA (wymaz z nosa) Detekcja MRSA i SA (+BC) Detekcja MRSA i SA (wymaz ze skóry i z tkanek miękkich) Detekcja RNA Enterowirusów (PMR) Detekcja DNA Streptococcus grupy B (wymaz z pochwy, odbytu) Detekcja C. difficile (kał) Detekcja Mycobacterium tuberculosis, wrażliwość na rifampicynę (plwocina) Detekcja wirusa grypy (plwocina)

14 System GeneXpert Zalety Wady POCT prosty w użyciu, w pełni zautomatyzowany Diagnostyka gruźlicy, grypy, Detekcja C. difficile szybki ograniczone menu brak możliwości jednoczesnej analizy wielu patogenów brak możliwości określania antybiotykooporności koszt

15 Diagnostyka molekularna w OIT System MagicplexTM Sepsis

16 Pathogen DNA extraction from whole blood 2 h Amplification on PCR 2, 5 h Screening 30 min Identification 30 min Gram (+) bacteria screening for: 40 Streptococcus spp. 3 Enterococcus spp. 30 Staphylococcus spp. Drug resistance screening for meca, vana, vanb Gram (-) bacteria screening for 12 pathogens Fungi screening for 6 pathogens

17 Charakterystyka pacjentów (N=117) Wiek [lata] 60 ± 17 (18-92) Płeć M/K (%) 81 / 36 (70/30) APACHE II przy przyjęciu 26 ± 8 (9-40) Diagnoza przy przyjęciu na OIT Zapalenie otrzewnej Ostre zapalenie trzustki Niewydolność oddechowa Niewydolność nerek Po przeszczepieniu wątroby Uraz komunikacyjny Neuroinfekcja Infekcja wewnątrzmaciczna Inne Ciężka sepsa n(%) 29 (25) Wstrząs septyczny n(%) 88 (75) Długość pobytu w OIT [dni] 24 ± 24 (2-107) Śmiertelność [%] 40

18 Magicplex PCR Hodowla dodatni 16% dodatni 49% ujemny 51% ujemny 33% ujemny 51%

19 System MagicplexTM Sepsis Zalety pozwala na jednoczesną identyfikację 91 różnych patogenów oraz meca, VanA, VanB identyfikacja patogenów grzybiczych lista patogenów odpowiada warunkom epidemiologicznym OIT identyfikacja patogenów bezpośrednio z krwi pobranej od pacjenta test dokładny i czuły Wady tylko 91 patogenów w menu częściowo zautomatyzowany wymaga 3 oddzielnych pomieszczeń brak możliwości określania antybiotykooporności koszt szybki, badanie trwa 8 godz.

20 Diagnostyka molekularna w OIT SepsiTest - możliwość jednoczesnej detekcji i identyfikacji ponad 300 patogenów bakteryjnych i grzybiczych. Badanie jest wykonywane w materiale pobranym bezpośrednio od pacjenta. Test oparty na reakcji PCR, sekwencjonowaniu amplikonu i identyfikacji patogenu za pomocą baz danych on line.

21 SepsiTest - materiał do badań Krew pobrana bezpośrednio od pacjenta Krew z hodowli PMR, BAL, mocz Wymazy z ran Wydzielina z drenu Tkanki

22 1. Pobranie krwi 2. Ekstrakcja 3. PCR 4. Elektroforeza Bazy danych genów dostępne on line (BLAST/FASTA) 8 godzin 5. Sekwencjonowanie 6. Identyfikacja patogenu

23 System SepsiTest Zalety Wady pozwala na jednoczesną identyfikację > 300 patogenów identyfikacja patogenów grzybiczych identyfikacja patogenów bezpośrednio z materiału pobranego od pacjenta koszt duże wymogi sprzętowe wymaga oddzielnych pomieszczeń test dokładny i czuły brak możliwości określania antybiotykooporności szybki, badanie trwa 8 godz.

24 Badania przesiewowe Stosowane u pacjentów wysokiego ryzyka Nosicielstwo MRSA Diagnoza Do potwierdzenia diagnozy TB, grypa, sepsa Prognozowanie Wybór i monitorowanie terapii Ocena ryzyka Do oceny ciężkości stanu lub ryzyka nawrotu choroby Monitorowanie skuteczności terapii Badania molekularne wspomagają tradycyjne czynniki ryzyka (OncoType Dx) Gram +/ Gram Sepsa, nawrót choroby, sepsa grzybicza GenOSept - badanie genetycznych predyspozycji na sepsę

26 GENOSEPT (Genetics of Sepsis and septic shock in Europe) badanie genetycznych predyspozycji na sepsę 1. genetyczne predyspozycje na sepsę / zachorowalność 2. genetyczne predyspozycje na sepsę / śmiertelność 3. genetyczne predyspozycje na sepsę / zróżnicowanie odpowiedzi na leczenie sepsy 4. genetyczne predyspozycje na sepsę / płeć 5. ustalenie standardów postępowania dla genotypowania w kier. predyspozycji na sepsę Start Date / End Date: / Project Cost: Project Status: euro Completed

27 Liesenfeld et al. Eur J Microbiol Immunol. 2014; 4(1): 1 25

Podobne dokumenty

Sepsa, wstrząs septyczny, definicja, rozpoznanie

Sepsa, wstrząs septyczny, definicja, rozpoznanie dr hab. n.med. Barbara Adamik Katedra i Klinika Anestezjologii i Intensywnej Terapii Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu Sepsa, wstrząs septyczny, definicja,