Praca oryginalna Original Article
|
|
- Irena Włodarczyk
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 diagnostyka laboratoryjna Journal of Laboratory Diagnostics Diagn Lab. 2018; 54(4): ISSN Praca oryginalna Original Article Znaczenie współpracy pomiędzy laboratorium cytogenetycznym i molekularnym w diagnostyce genetycznej chorób hematoonkologicznych na przykładzie pacjenta pediatrycznego z rozpoznaniem ostrej białaczki szpikowej (AML) The importance of cooperation between cytogenetic and molecular laboratory in the genetic testing of hemato-oncological diseases on the example of a pediatric patient with acute myeloid leukemia (AML) Teofila Książek 1,2, Katarzyna Szewczyk 1,2, Beata Sadowska 2, Przemysław Kaczówka 3,4, Agnieszka Grabowska 1,2, Mirosław Bik-Multanowski 1,2 1 Zakład Genetyki Medycznej, Instytut Pediatrii, Wydział Lekarski, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum, Kraków 2 Laboratorium Cytogenetyki i Genetyki Molekularnej, Uniwersytecki Szpital Dziecięcy w Krakowie 3 Klinika Onkologii i Hematologii Dziecięcej, Wydział Lekarski, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum, Kraków 4 Studium Medycyny Molekularnej, I Wydział Lekarski, Warszawski Uniwersytet Medyczny Streszczenie Profilowanie genetyczne komórek nowotworowych jest obecnie standardem w diagnostyce chorób rozrostowych układu krwiotwórczego. Potwierdzenie obecności charakterystycznych zaburzeń genetycznych jest niezwykle istotne dla postawienia prawidłowego rozpoznania oraz przy doborze optymalnej terapii. W poniższym opracowaniu zarysowano problematykę metod stosowanych w onkogenetycznej diagnostyce cytogenetycznej i molekularnej, podkreślając ich zalety oraz wskazując ograniczenia. Przedstawiono także ich praktyczne wykorzystanie na przykładzie kompleksowej analizy zmian genetycznych w komórkach nowotworowych u pacjenta pediatrycznego z rozpoznaniem ostrej białaczki szpikowej (AML). Prawidłowa interpretacja wyników zebranych z przeprowadzonych badań tj. klasycznego kariotypu, badania fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH), analizy ekspresji genów fuzyjnych i mikromacierzy cytogenetycznej, przyczyniła się do wyboru optymalnego leczenia u pacjenta, uwzględniając stwierdzone u niego niekorzystne zmiany genetyczne. Abstract The genetic profiling of leukemic cells is currently the standard in routine diagnosis of haematopoietic malignancies. Detection of characteristic genetic abnormalities is extremely important in establishing the correct diagnosis and selecting the optimal treatment for the patient. In this paper we outline the problems of cytogenetic and molecular methods applied in the oncogenetic diagnostics. Moreover, we emphasize advantages and indicate limitations of these methods. Additionally, we present their practical use on the example of a comprehensive analysis of genetic changes in leukemic cells in a pediatric patient diagnosed with acute myeloid leukemia (AML). Simultaneous, proper interpretation of the results of all performed analysis classical karyotype, fluorescence in situ hybridization (FISH), analysis of the expression of fusion genes and molecular karyotyping by microarrays, eventually led to the selection of optimal treatment which take into account the identified adverse genetic changes of the described patient. Słowa kluczowe: Key words: ostra białaczka szpikowa, markery genetyczne, badania cytogenetyczna, badania molekularne acute myeloid leukemia, genetic markers, cytogenetic studies, molecular studies Wstęp Profilowanie genetyczne komórek nowotworowych jest obecnie standardem w diagnostyce chorób rozrostowych układu krwiotwórczego. Potwierdzenie obecności charakterystycznych zaburzeń genetycznych jest niezwykle istotne dla postawienia prawidłowego rozpoznania. Potwierdzają to najnowsze opracowania Światowej Organizacji Zdrowia (WHO; World Health Organization), dotyczące klasyfikacji nowotworów tkanek krwiotwórczych i limfoidalnych [1, 2]. Swoiste zmiany genetyczne w komórkach nowotworowych są także ważnymi czynnikami prognostycznymi w przebiegu choroby, 225
2 a ponadto w wielu protokołach terapeutycznych decydują o podejmowanej u pacjenta terapii. Do markerów genetycznych zaliczane są wszystkie typy mutacji, od zmian genomowych, np. monosomie, hipo, hiperdiploidie w ostrej białaczce limfoblastycznnej (ALL; acute lymphoblastic leukemia), poprzez strukturalne aberracje chromosomowe, np. chromosom Philadelphia powstający w wyniku translokacji t(9;22)(q34;q11.1) w przewlekłej białaczce szpikowej (AML; acute myeloid leukemia) do mutacji punktowych wykrywanych w poszczególnych genach (np. geny NPM1 i WT1 w ostrej białaczce szpikowej (CML; chronic myeloid leukemia). W przypadku AML u dzieci diagnostyka genetyczna pełni niezwykle istotną rolę w stratyfikacji ryzyka niepowodzenia leczenia. Zidentyfikowane markery genetyczne, wraz z uzyskiwaną odpowiedzią na leczenie indukcyjne są najważniejszymi czynnikami pozwalającymi na dobór optymalnej terapii dla pacjenta tabela 1 [3]. Do charakterystycznych dla dziecięcej AML zmian genetycznych zalicza się strukturalne aberracje chromosomowe (translokacje, inwersje), prowadzące do powstania w. genów fuzyjnych. Obecne w blastach białaczkowych geny fuzyjne ulegając ekspresji powodują powstanie nieprawidłowo funkcjonujących produktów białkowych [4-6]. Rutynowym narzędziem diagnostycznym w wykrywaniu tych zmian jest analiza cytogenetyczna metodą klasycznego kariotypu, wspomagana badaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH). Należy jednak podkreślić, że wykrywanie aberracji chromosomowych w AML za pomocą konwencjonalnej analizy kariotypu zwykle przeprowadza się przy średniej rozdzielczości prążkowej (dla prążków GTG) , co chromosomowego, w celu wykrycia rearanżacji specyficznych dla danego locus. Uzupełnieniem konwencjonalnej analizy cytogenetycznej metodą klasycznego kariotypu i FISH jest porównawcza hybrydyzacja genomowa do mikromacierzy tzw. analiza za pomocą mikromacierzy cytogenetycznych (acgh; array Comparative Genomic Hybridization). Metoda z użyciem macierzy cytogenetycznych stanowi atrakcyjną formę badania genomu komórek nowotworowych. Przede wszystkim wyższa rozdzielczość badania acgh ( kpb) oraz możliwość równoczasowej analizy całego genomu, unikając konieczności prowadzenia hodowli komórkowej oferuje znaczne korzyści w stosunku do tradycyjnych metod cytogenetycznych [8]. Do innych metod biologii molekularnej stosowanych do potwierdzania rearanżacji chromosomowych należy technika łańcuchowej reakcji polimerazy poprzedzona odwrotną transkrypcją (RT-PCR; reverse transcription-polymerase chain reaction). Technika ta wykorzystuje obecność powstających w komórkach białaczkowych produktów genów fuzyjnych na poziomie mrna. Analiza RT-PCR znalazła szerokie zastosowanie w diagnostyce hematoonkologicznej np. w wykrywaniu partnerów fuzyjnych przy rearanżacjiach genu KMT2A (dawniej MLL). W przypadku dziecięcej AML, partner fuzyjny genu KMT2A ma duże znaczenie prognostyczne tabela I [3, 9]. W poniższym opracowaniu przedstawiono wyniki kompleksowej diagnostyki cytogenetycznej i molekularnej u pacjenta pediatrycznego z rozpoznaniem AML, które wspólnie doprowadziły do uzyskania pełnego obrazu zmian genetycznych występujących w komórkach białaczkowych. pozwala na detekcję zmian wielkości 6-10 Mbp (milionów par zasad). Niska rozdzielczość klasycznego kariotypu utrudnia wskazanie miejsc złamań na chromosomach podlegających translokacji, a w niektórych przypadkach uniemożliwia detekcję dodatkowych, małych aberracji chromosomowych oraz zmian zlokalizowanych w regionach telomerowych chromosomów. Badaniem o znacznie większej rozdzielczości (około kbp) jest fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH). FISH jest metodą celowaną, zatem jej zastosowanie wymaga uprzedniej znajomości badanego regionu Materiał i metody Materiał diagnostyczny stanowiły próbki szpiku kostnego, zabezpieczone do badań cytogenetycznych i molekularnych, pobrane od 2-letniej dziewczynki z podejrzeniem AML. Analiza cytogenetyczna obejmowała badanie klasycznego kariotypu, poszerzone o badanie FISH celowane na rearanżacje genu KMT2A. Analizę poprzedzała 24 godzinna hodowla pierwotna leukocytów ze szpiku kostnego, niestymulowana mitogenem. Preparaty z metafazowymi jądrami komórkowymi trawiono trypsyną Tabela I. Markery genetyczne o znaczeniu rokowniczym w dziecięcej ostrej białaczce szpikowej (AML) według stosowanego w Polsce protokołu terapeutycznego AML BFM i barwiono odczynnikiem Wright- -Giemsa w celu uzyskania wzoru ROKOWANIE MARKERY GENETYCZNE CZĘSTOŚĆ [3-7] prążkowego GTG do oceny kariotypu komórek nowotworowych. Oce- t(8;21)(q22;q22) / RUNX1-RUNX1T1 12%-14% inv(16)(p13;q22) lub t(16;16)(p13.1;q22) / CBFB-MYH11 8% Korzystne t(15;17)(q24;q21) / PML-RARA 6%-10% nę przeprowadzono z użyciem mikroskopu Olympus BX51 (Olympus, t(1;11)(q21;q23) / KMT2A (MLL)-MLLT11 1% mutacje w genie NPM1 przy prawidłowym kariotypie 5%-10% Tokio, Japonia). Ponadto, część preparatów, które nie były barwione bialleliczne mutacje w genie CEPBa przy prawidłowym kariotypie 5% monosomia 7 1,5%-2% przeznaczono do analizy metodą t(4;11)(q21;q23) / KMT2A (MLL)-AFF1 <0,5% t(6;11)(q27;q23) / KMT2A (MLL)-MLLT4 <0,5% FISH z wykorzystaniem sondy molekularnej t(10;11)(p12;q23) / KMT2A (MLL)-MLLT10 2,5% MLL (KMT2A) Breakapart Niekorzystne t(5;11)(q35;p15.5) / NUP98-NSD1 <0,5% (Cytocell Ltd, Cambridge, Anglia). t(6;9) (p23;q34) / DEK-NUP214 <0,5% Preparatyka FISH była zgodna z instrukcją t(9,22) (q34;q11.2) / BCR-ABL1 0,5% producenta. Zastosowano t(7;12)(q36;p13) / ETV6(TEL)-HLXB9(MNX1) <0,5% osobną denaturację DNA pacjenta złożony kariotyp 1-2% oraz sondy molekularnej. Oceny mutacje w genie WT1 i FLT3/ITD <0,5% preparatów w badaniu metodą 226
3 Diagn Lab. 2018; 54(4): FISH dokonano z użyciem mikroskopu fluorescencyjnego Olympus BX51 (Olympus, Tokio, Japonia). Wyniki klasycznego kariotypu, analizy FISH oraz mikromacierzy materiału genetycznego ustalono na poziomie 150 kb. Jednocześnie przeprowadzono analizę genotypowania 28 cytogenetycznej zostały zapisane zgodnie z międzynarodowymi najczęstszych rearanżacji chromosomowych o znaczeniu prognostycznym w białaczkach zestawem HemaVision-28N (DNA menclature 2016 (ISCN). normami The International System for Human Cytogenomic No- Diagnostic, Risskov, Dania). Materiał do badań stanowił kwas nukleinowy mrna wyizolowany z komórek jednojądrzastych Wyniki (MNC; mononuclear cells) wyodrębnionych z 1 ml szpiku kostnego Badanie klasycznego kariotypu techniką GTG ze szpiku kostnego wykazało obecność linii komórek prawidłowych oraz ko- i zabezpieczonych w odczynniku TRIzol Reagent (Thermo Fisher Scientific, Waltham, USA). Pierwszym etapem analizy było przepisanie mrna w reakcji odwrotnej transkrypcji przy użyciu zestawu 19 i rearanżacją genu KMT2A (MLL), zlokalizowanego na chromórek z nieprawidłowościami w obrębie chromosomów 10, 11, SuperScript II Reverse Transcriptase (Thermo Fisher Scientific, mosomie 11 (ryc. 1). Do opisywanych i często występujących Waltham, USA). W kolejnym etapie wykonano analizę metodą translokacji chromosomowych w AML angażujących wymienione chromosomy zalicza się translokacje t(10;11)(p12;q23) oraz multipleks RT-nested PCR dla transkryptów genów fuzyjnych, z rozdziałem elektroforetycznym w żelu agarozowym. Metoda t(11;19)(q23;p13.3). Jednak, tylko translokację t(10;11)(p12;q23), ta polega na wykonaniu dwuetapowej amplifikacji produktów prowadzącą do powstania genu fuzyjnego KMT2A(MLL)-MLLT10 w oparciu o specyficzne wobec wybranych genów fuzyjnych pary uznaje się za niekorzystny marker genetyczny w dziecięcej AML. starterów (nested PCR). Pozwala to na wykrywanie transkryptów z dużą czułością. Wykorzystanie w pierwszym etapie analizy badanie materiału genetycznego pacjentki pod kątem wykrytych Niezwykle istotne było zatem dokładne przeanalizowanie i prze- mieszaniny starterów (multipleks), pozwala na ocenę szerokiego zmian strukturalnych w chromosomach. Wykonana w następnej panelu sekwencji docelowych. Wykrywane zmiany są następnie kolejności analiza FISH sondą MLL (KMT2A) Breakapart potwierdziła obecność rearanżacji genu KMT2A (MLL) w 70% analizowanych potwierdzane reakcjami nested PCR w oparciu o pojedyncze pary starterów. interfazowych jąder komórkowych nuc ish(5 MLLx3,3 MLLx2) W celu uzupełnienia diagnostyki zmian na poziomie całego genomu oraz wyjaśnienia niejednoznacznych wyników przeprowa- W celu detekcji ekspresji potencjalnych genów fuzyjnych powsta- (5 MLLcon3 MLLx1)[70/100] (ryc. 2). dzonych analiz na zabezpieczonym materiale wykonano badanie łych w wyniku rearanżacji chromosomu 11 zastosowano analizę metodą mikromacierzy cytogenetycznych. Z 250 μl szpiku kostnego wyizolowano DNA zestawem Genomic DNA Extraction Kit ności transkryptu genu fuzyjnego KMT2A (MLL)-MLLT10. Wykona- molekularną zestawem HemaVision-28N, która nie wykazała obec- from Whole Blood of Human ze złożami kolumnowymi na aparacie na analiza potwierdziła natomiast obecność transkryptu innego QuickGene-Mini80 (Kurabo, Osaka, Japonia). Do analizy użyto 350 genu fuzyjnego z udziałem genu KMT2A KMT2A (MLL)-MLLT1, ng DNA pacjenta znakowanego cyjaniną-3 oraz 350 ng referencyjnego DNA żeńskiego znakowanego cyjaniną-5 (Agilent Technolo- (q23;p13.3). Zidentyfikowany transkrypt genu fuzyjnego był wi- powstającego w wyniku zrównoważonej translokacji t(11;19) gies, Kalifornia, USA). Ocenę zmian w genomie komórek nowotworowych przeprowadzono zestawem mikromacierzy oligonukleotydowych Agilent SurePrint G3 CGH ISCA v2 Kit 8x60K (Agilent Technologies, Kalifornia, USA). Preparatyka była zgodna z instrukcją producenta dla protokołu z trawieniem enzymatycznym. Wyniki analizowano w programie komputerowym Agilent CytoGenomics v4.0. Rozdzielczość badania acgh dla oceny (p11;q23),t(11;19)(q23;p13.3)[3]/ 46,XX[3]. Na rycinie przedstawiono przykładowy kariogram z widocznymi zmianami w chromosomach Rycina 1. Wynik analizy klasycznego kariotypu ocenianego wzorem prążkowym GTG: 46,XX,t(11;19)(q23;p13.3)[14]/46,XX,der(10)t(10;11) zmian w liczbie kopii 10, 11 i
4 Rycina 2. Wynik analizy FISH z wykorzystaniem sondy molekularnej MLL (KMT2A) Breakapart (Cytocell Ltd, Cambridge, Anglia). Na obrazie widoczny jest sygnał żółty potwierdzający obecność prawidłowej kopi badanego regionu chromosomowego. Pojedyncze sygnały zielony i czerwony wskazują na rearanżację genu KMT2A(MLL) ze zwielokrotnieniem analizowanego regionu w komórce (dwa sygnały czerwone). Wyniki badania: nuc ish(5 MLLx3,3 MLLx2)(5 MLLcon3 MLLx1)[70/100]. Schemat lokalizacji sondy MLL (KMT2A) Breakapart według Cytocell Ltd ( Rycina 3. Wyniki analizy detekcji transkryptów genów fuzyjnych 28 najczęstszych rearanżacji chromosomowych o znaczeniu prognostycznym w białaczkach zestawem HemaVision-28N. Wynik genotypowania techniką multipleks RT-nested PCR wskazuje na obecność transkryptu MLL-MLLT1, powstającego w wyniku aberracji chromosomowej t(11;19)(q23;p13.3). Produkt amplifikacji transkryptu tego genu fuzyjnego widoczny jest w postaci prążka o długości około 560 bp w analizie Master M5 i Split-out M5C. doczny, jako dodatkowy produkt amplifikacji o długości około 560 bp, poza produktem pochodzącym od genu kontrolnego o długości 911 bp w analizie Master M5 i Split-out M5C rycina 3. Analiza wskazała także dokładną lokalizację miejsc pęknięć DNA na chromosomie 11 w eksonie 10 genu KMT2A (MLL) i na chromosomie 19 w eksonie 7 genu MLLT1. Złożoność wykrytych zmian genetycznych przeanalizowano również za pomocą mikromacierzy cytogenetycznej, wykonanej na zabezpieczonym materiale diagnostycznym pacjentki. Analizę prowadzono w kierunku detekcji zmian w liczbie kopii materiału genetycznego w blastach białaczkowych. Badanie wykazało obecność delecji w regionie 10p15.2p11.1(136361_ ) wielkości 38,27 Mbp oraz duplikacji w regionie 11q q25( _ ) wielkości 16,55 Mbp, obejmującej locus genu KMT2A (MLL) (ryc. 4). Wynik analizy ustalono jako: arr[hg19]10p15.2p11.1(136361_ )x1[>0.25],11q q25( _ )x3[>0.25]. Nieprawidłowy wynik analizy mikromacierzy cytogenetycznej świadczy o niezrównoważonym charakterze aberracji z udziałem chromosomów 10 i 11 pary, zidentyfikowanej wstępnie w kariotypie wykonanym klasyczną techniką GTG ze szpiku kostnego. Ponadto, na podstawie profilu genetycznego uzyskanego w analizie mikromacierzy cytogenetycznej stwierdzono, że zidentyfikowane w tym badaniu aberracje chromosomowe z dużym prawdopodobieństwem występują w formie mozaiki, co potwierdzał wynik klasycznego kariotypu. Jednak rodzaj zastosowanych mikromacierzy cytogenetycznych, które nie uwzględniają profilu zmian typu polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP; single nucleotide polymorphism) uniemożliwił jednoznaczną odpowiedź w tym zakresie. Ponadto, biorąc pod uwagę charakter badanego materiału oraz metodę analizy należy zauważyć, że niemożliwe było rozróżnienie komórek somatycznych pacjenta od komórek nowotworowych oraz rozróżnienie pomiędzy klonami komórek nowotworowych, co nie wyklucza, iż w którymś z klonów białaczkowych obecna była translokacja zrównoważona t(11;19)(q23;p13.3). Ostateczny wynik analizy kariotypu klasycznego, uzupełniony o informacje z przeprowadzonych dodatkowo badań genetycznych wykazał obecność 3 linii komórkowych w szpiku kostnym pacjentki: (i) prawidłowej, (ii) nieprawidłowej ze zrównoważaną translokacją t(11;19)(q23;p13.3) oraz (iii) nieprawidłowej z translokacją t(11;19)(q23;p13.3) współistniejącą ze złożoną rearanżacją der(10)t(10;11)(p11;q23), która nie prowadziła do ekspresji genu fuzyjnego KMT2A (MLL)-MLLT10 i tym samym nie została uznana za niekorzystny czynnik rokowniczy u pacjenta. Kariotyp pacjenta ustalono jako: 46,XX,t(11;19)(q23;p13.3)[14]/46,XX,der(10)t(10;11) (p11;q23),t(11;19)(q23;p13.3)[3]/46,xx [3]. Dyskusja Złożoność zmian genetycznych występujących w komórkach nowotworowych od lat stanowi wyzwanie dla osób, które je badają. 228
5 Diagn Lab. 2018; 54(4): Rycina 4. Wynik analizy metodą mikromacierzy cytogenetycznych w kierunku detekcji zmian w liczbie kopii materiału genetycznego. Wynik wskazuje na obecność w części analizowanych komórek delecji na górnym ramieniu chromosomu 10: del(10)(p15.2p11.1) (ryc. 4a) oraz duplikacji na dolnym ramieniu chromosomu 11: dup(11) (q23.3.1q25) obejmującej locus genu KMT2A (MLL) tj. mozaikowatość somatyczną wykrytych zmian (ryc. 4b, 4c). W ostatnich dwóch dekadach wyniki prac naukowych z tej dziedziny wkroczyły do rutynowej diagnostyki genetycznej wykonywanej u pacjentów onkologicznych. Identyfikacja specyficznych zmian w genomie komórek nowotworowych, jako czynników rokowniczych i ustanowienie ich markerami genetycznymi w ostrej białaczce szpikowej jest tylko jednym z wielu przykładów. Potrzeba coraz dokładniejszej diagnostyki genetycznej o globalnym zasięgu, dającej informacje o całym genomie wymusza wprowadzanie do laboratoriów szerokiego zakresu technik cytogenetycznych i molekularnych. W przedstawionym przypadku klinicznym wstępna analiza kariotypu, pomimo że wskazała na rearanżacje genu KMT2A (MLL), nie dała jednoznacznie odpowiedzi na pytanie, czy doszło do translokacji t(10;11)(p12;q23), prowadzącej do powstania genu fuzyjnego KMT2A(MLL)-MLLT10. Informacja ta była niezwykle istotna dla postępowania terapeutycznego u pacjenta, ponieważ wspomniana translokacja jest niekorzystnym czynnikiem rokowniczym w stosowanym w Polsce protokole terapeutycznym [3]. W przypadku klasycznego kariotypu należy pamiętać, że rozdzielczość prążkowa, a tym samym dokładność badania są silnie uzależnione od stopnia kondensacji chromatyny. Ponadto, u części pacjentów z AML można spotkać tzw. złożony kariotyp (ang. complex karyotype). Dlatego też, dokładna charakterystyka wielu, często bardzo złożonych translokacji pomiędzy kilkoma chromosomami jest niezwykle trudna. Dodatkową trudnością w przeprowadzeniu wiarygodnego badania metodą klasycznego kariotypu jest wymagana obecność dzielących się komórek. W takich sytuacjach optymalnym rozwiązaniem jest analiza zmian metodą FISH interfazowego, wykonywanego bezpośrednio na rozmazach szpiku kostnego lub interfazowych jądrach komórkowych, pozostałych po pierwotnej hodowli leukocytów. Należy jednak pamiętać, że badanie FISH nie może być wykorzystane do przesiewowego badania całego genomu w poszukiwaniu nieznanych aberracji, lecz jest skutecznym narzędziem do analizy konkretnych regionów chromosomowych. W przypadku rearanżacji genu KMT2A (MLL), technika FISH pozwala na szybką detekcję obecności zmian strukturalnych w obrębie prążka 11q23. Jest więc często wykorzystywana do wykluczania obecności tych zmian nie tylko w AML, ale i w ALL, gdzie obecność rearanżacji t(4;11) (q21;q23) także ma istotne znaczenie prognostyczne. Do ustalenia partnerów w genach fuzyjnych, powstających w wyniku rearanżacji chromosomów z dużym powodzeniem stosuje się metody molekularne. Metody te mogą być oparte o badanie ekspresji genów fuzyjnych na poziomie mrna. Za ich pomocą można w krótkim czasie ocenić obecność genów fuzyjnych, powstających w wyniku różnych translokacji chromosomu 11 angażujących gen KMT2A (MLL). Należy jednak pamiętać, że i w tym przypadku do diagnostyki wykorzystuje się jedynie znane warianty genów fuzyjnych, najczęściej o ustalonym znaczeniu prognostycznym. Dlatego też, w analizowanym przypadku stwierdzono obecność genu fuzyjnego KMT2A (MLL)-MLLT1, który powstaje w wyniku translokacji zrównoważonej t(11;19)(q23;p13.3) często występującej w białaczkach. Nie wykryto natomiast ekspresji genów fuzyjnych, powstających przy złożonej rearanżacji pomiędzy chromosomami 10, 11 i 19. Istnieją metody molekularne pozwalające na ocenę nieopisywanych, specyficznych dla pacjenta fuzji w obrębie genu KMT2A (MLL) [10,11]. Wymagają one jednak dużego nakładu pracy i specjalistycznego sprzętu i nie są rutynowo dostępne w laboratoriach genetycznych. Przeprowadzone przez Meyer i wsp. analizy w dużych grupach pacjentów z rearanżacjami w genie KMT2A (MLL) [12,13] przyczyniły się do poznania zmian zachodzących na poziomie sekwencji DNA tego genu i określenia zróżnicowania oraz częstości partnerów fuzyjnych, a tym samym do opracowywania testów diagnostycznych szeroko dostępnych dla potrzeb pacjentów. Ważną techniką służącą do wykrywania zmian w liczbie kopii materiału genetycznego z wysoką rozdzielczością na poziomie całego genomu są mikromacierze cytogenetyczne acgh [14, 15]. W przedstawionym przypadku klinicznym wynik analizy tą techniką pozwolił na potwierdzenie niezrównoważonego charakteru wykrytych zmian na chromosomach 10 i 11. Wskazał też z dużą dokładnością konkretne rejony pęknięć na chromosomach w ob- 229
6 rębie stwierdzonych aberracji. Słabą stroną badania acgh jest jednak brak możliwości identyfikacji rearanżacji chromosomowych o charakterze zrównoważonym oraz utrudniona diagnostyka zaburzeń klonalnych, jeżeli występują one na bardzo niskim poziomie. Dlatego też w wykonanej analizie acgh u przedstawianego pacjenta nie zaobserwowano żadnych zmian na chromosomie 19. Podsumowanie zalet oraz ograniczeń zastosowanych w przedstawionym przypadku badań cytogenetycznych i molekularnych przedstawiono w tabeli II. Na przykładzie prezentowanej pacjentki podkreślamy fakt, że we współczesnym onkogenetycznym laboratorium diagnostycznym ścisła współpraca pomiędzy cytogenetykami i genetykami molekularnymi jest optymalnym rozwiązaniem, prowadzącym do uzyskania pełnego obrazu zmian genetycznych. Wspólna interpretacja zebranych wyników przeprowadzonych badań klasycznego kariotypu, badania FISH, analizy ekspresji genów fuzyjnych i mikromacierzy cytogenetycznej, doprowadziła ostatecznie do wyboru optymalnego leczenia u pacjenta, uwzględniającego stwierdzone u niego zmiany genetyczne. Podziękowania Autorzy pracy serdecznie dziękują za pomoc i owocną współpracę wszystkim pracownikom Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie zaangażowanym w proces genetycznej diagnostyki onkologicznej u dzieci, w tym szczególnie pracownikom Laboratorium Cytogenetyki i Genetyki Molekularnej. Piśmiennictwo 1. Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, et al. WHO Classification of Tumors of Haemtopoetic and Lymphoid Tissues. Lyon, France: International Agency for Research on Cancer Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, et al. WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. Revised Fourth Edition, WHO Classification of Tumours, Volume Creutzig U, van den Heuvel-Eibrink MM, Gibson B, et al. Diagnosis and management of acute myeloid leukemia in children and adolescents: recommendations from an international expert panel. Blood. 2012; 120(16): Manola KN. Cytogenetics of pediatric acute myeloid leukemia. Eur J Haematol. 2009; 83: Tabela II. Podsumowanie podstawowych zalet i ograniczeń wybranych technik diagnostyki cytogenetycznej i molekularnej stosowanych w hematoonkologii dziecięcej. METODA ZALETY WADY pozwala na identyfikację nieprawidłowości w liczbie ocenie poddawane są wyłącznie metafazowe lub i budowie chromosomów w pojedynczym jądrze prometafazowe jądra komórkowe wymagana jest komórkowym hodowla komórkowa, niemożliwe jest wykonanie pozwala na poznanie struktury chromosomów w tym tego badania z komórek utrwalonych lub materiału Kariotyp klasyczny występowania z bloczka parafinowego translokacji zrównoważonych, inwersji, chromosomów ograniczona rozdzielczość wykrywanych zmian pierścieniowych umożliwiająca ujawnienie nieprawidłowości pozwala na stwierdzanie mozaikowej formy aberracji w wielkości 5-10 Mbp chromosomowych -pozwala na identyfikację nieprawidłowości w liczbie i budowie chromosomów w zależności od użytej w badaniu sondy -wyższa rozdzielczości w stosunku do klasycznego kariotypu, wynoszącej kbp, co pozwala na detekcję zmian FISH submikroskopowych możliwość wykonania analizy również w interfazowych jądrach komórkowych, gdy komórki nie uległy podziałom w hodowli in vitro pozwala na identyfikację zmian liczby kopii fragmentów materiału genetycznego -charakteryzuje się wysoką średnią rozdzielczością analizy kbp, umożliwiając detekcję zmian submikroskopowych acgh w chromosomach (mikrodelecji i mikroduplikacji) nie jest konieczna hodowla komórkowa materiału biologicznego pacjenta przed wykonaniem badania (analiza DNA pacjenta) pozwala na szybką i jednoznaczną ocenę występowania genów fuzyjnych, powstających w wyniku konkretnych rearanżacji chromosomowych Wykrywanie genów istnieje możliwość multipleksowania reakcji, prowadząca do fuzyjnych techniką jednoczasowej detekcji kilku różnych rearanżacji PCR nie jest konieczna hodowla komórkowa materiału biologicznego pacjenta przed wykonaniem badania (analiza na poziomie DNA lub mrna) należy do tzw. diagnostyki celowanej, co oznacza ograniczenie analizy do wybranego regionu chromosomowego nie jest możliwa identyfikacja zmian zrównoważonych w genomie -trudności interpretacyjne w przypadku występowania mozaikowatości w analizowanym materiale należy do tzw. diagnostyki celowanej, zazwyczaj jest prowadzona w kierunku detekcji specyficznych genów fuzyjnych, charakterystycznych dla danej jednostki chorobowej wymaga wcześniejszego zaprojektowania panelu diagnostycznego lub korzystania z dostępnych na rynku zestawów 230
7 Diagn Lab. 2018; 54(4): Braoudaki M & Tzortzatou-Stathopoulou F. Clinical cytogenetics in pediatric acute leukemia: an update. Clin Lymphoma Myeloma Leuk. 2012; 12(4): Pui CH, Carroll WL, Meshinchi S, Arceci RJ. Biology, risk stratification, and therapy of pediatric acute leukemias: an update. J Clin Oncol 2011; 29(5): Balgobind BV, Raimondi SC, Harbott J, et al. Novel prognostic subgroups in childhood 11q23/MLL-rearranged acute myeloid leukemia: results of an international retrospective study. Blood. 2009; 114(12): Kozłowska J, Łaczmańska I. Techniki cytogenetyczne i molekularne stosowane w diagnostyce chorób uwarunkowanych genetycznie. Diagn Lab. 2008; 44: Balgobind BV, Zwaan CM, Pieters R, Van den Heuvel-Eibrink MM. The heterogeneity of pediatric MLL-rearranged acute myeloid leukemia. Leukemia 2011; 25(8): Meyer C, Kowarz E, Hofmann J, et al. New insights to the MLL recombinome of acute leukemias. Leukemia. 2009; 23(8): Afrin S Zhang ChRC, Meyer C, et al. Targeted next generation sequencing for detecting MLL gene fusions in leukemia. Mol Cancer Research. 2018; 16(2): Meyer C, Hofmann J, Burmeister T, et al. The MLL recombinome of acute leukemias in Leukemia. 2013; 27(11): Meyer C, Burmeister T, Gröger D, et al. The MLL recombinome of acute leukemias in Leukemia. 2018; 32(2): Mehrotra M, Luthra R, Ravandi F, et al. Identification of Clinically Important Chromosomal Aberrations in Acute Myeloid Leukemia by Array-Based Comparative Genomic Hybridization. Leuk Lymphoma. 2014; 55(11): Tyybäkinoja A, Elonen E, Piippo K, et al. Oligonucleotide array-cgh reveals cryptic gene copy number alterations in karyotypically normal acute myeloid leukemia. Leukemia. 2007; 21(3): Autor do korespondencji: dr n. med. Teofila Książek Zakład Genetyki Medycznej, Instytut Pediatrii Wydział Lekarski, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum ul. Wielicka 265, Kraków, tel , wew teofila.ksiazek@uj.edu.pl Otrzymano: Akceptacja do druku: Nie zgłoszono sprzeczności interesów 231
8
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka
Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE
Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI WYMAGANE Załącznik nr 2 do rozporządzenia cz. I lit. M Lp 913-916
UWAGA SPECJALIZUJĄCY!
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs Kurs : Cytogenetyka kliniczna z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej Moduł II: Cytogenetyka GP 13 II/1/2016, GU 13 II/1/2016
DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA
Cennik opłat za świadczenia zdrowotne udzielane osobom nieubezpieczonym oraz innym osobom nieuprawnionym do świadczeń zdrowotnych finansowanych ze środków publicznych DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA ul. Kopernika
2. Pobieranie materiału do badań laboratoryjnych
Załącznik nr 3 Standardy jakości w zakresie czynności laboratoryjnej genetyki medycznej, oceny ich jakości i wartości diagnostycznej oraz laboratoryjnej interpretacji i autoryzacji wyniku badań 1. Zlecenie
l.p. ID Kod ICD Nazwa Świadczenia Cena Jednostka organizacyjna Pracownia/grupa badań
Cennik na rok 2017 świadczeń zdrowotnych innych niż finansowane ze środków publicznych oraz udzielanych w ramach zawieranych umów DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA ul. Kopernika 17 Pracownia Cytometrii Przepływowej
2019 DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA
Cennik opłat za świadczenia zdrowotne udzielane w ramach umów zawartych z podmiotami zewnętrznymi (innymi niż Płatnik Publiczny) na rok 2019 DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA ul. Kopernika 17 Pracownia Cytometrii
Dr n. med. Magdalena Zawada
Dr n. med. Magdalena Zawada Szpital Uniwersytecki w Krakowie Zakład Diagnostyki Hematologicznej 04.09.2017 Nowotwory układu krwiotwórczego według klasyfikacji Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) 1. Nowotwory
Personalizacja leczenia w hematoonkologii dziecięcej
MedTrends 2016 Europejskie Forum Nowoczesnej Ochrony Zdrowia Zabrze, 18-19 marca 2016 r. Personalizacja leczenia w hematoonkologii dziecięcej Prof. dr hab. n. med. Tomasz Szczepański Katedra i Klinika
l.p. Kod ICD Nazwa Świadczenia Umowy Uwagi Jednostka organizacyjna Pracownia/grupa badań
Cennik opłat za świadczenia zdrowotne udzielane w ramach umów zawartych z podmiotami zewnętrznymi (innymi niż Płatnik Publiczny) na rok 2019 DIAGNOSTYKA HEMATOLOGICZNA ul. Kopernika 17 Pracownia Cytometrii
prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca
Polska Koalicja Medycyny Personalizowanej. Grupa finansowa
Polska Koalicja Medycyny Personalizowanej Grupa finansowa Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI
WIEDZA. wskazuje lokalizacje przebiegu procesów komórkowych
Załącznik nr 7 do zarządzenia nr 12 Rektora UJ z 15 lutego 2012 r. Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Nazwa studiów: Medycyna Molekularna w Praktyce Klinicznej Typ studiów:
UWAGA SPECJALIZUJĄCY!
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej Kurs: Cytogenetyka kliniczna Moduł II: Cytogenetyka GP 8 II/2012 (tryb podstawowy)
MUTACJE GENOMOWE- EUPLOIDIE MUTACJE GENOMOWE- ANEUPLOIDIE. MUTACJE spontaniczne indukowane. germinalne somatyczne
MUTACJE spontaniczne indukowane germinalne somatyczne genomowe chromosomowe genowe euploidie aneuploidie - delecje substytucje - nullisomie - duplikacje -monosomie - trisomie - tetrasomie - inwersje -translokacje
Klasyczna analiza kariotypu, techniki prążkowania chromosomów Molekularna stosowanie sond molekularnych, technika FISH
CYTOGENETYKA seminarium III rok WLI mgr inż. Łukasz Kuszel CYTOGENETYKA: Klasyczna analiza kariotypu, techniki prążkowania chromosomów Molekularna stosowanie sond molekularnych, technika FISH BUDOWA CHROMOSOMU
Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Metody genetyczne w diagnostyce hematoonkologicznej Genetic methods in diagnosis of hematooncological disorders
Postepy Hig Med Dosw (online), 2015; 69: 475-487 e-issn 1732-2693 www.phmd.pl Review Received: 2013.11.13 Accepted: 2014.12.19 Published: 2015.04.19 Metody genetyczne w diagnostyce hematoonkologicznej
DZIENNIK USTAW RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ
DZIENNIK USTAW RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Warszawa, dnia 11 września 2015 r. Poz. 1372 ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA 1) z dnia 19 sierpnia 2015 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie standardów jakości
Aktywność fosfatazy alkalicznej w neutrofilach u pacjentów z przewlekłą białaczką szpikową
Aktywność fosfatazy alkalicznej w neutrofilach u pacjentów z przewlekłą białaczką szpikową Radosław Charkiewicz praca magisterska Zakład Diagnostyki Hematologicznej Uniwersytet Medyczny w Białymstoku Przewlekła
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs. Kurs : Cytogenetyka kliniczna. Moduł II: Cytogenetyka
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs Kurs : Cytogenetyka kliniczna z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej Moduł II: Cytogenetyka GP 4 II//07, GU 4 II//07 odbędzie
Nieprawidłowości genetyczne w ostrej białaczce szpikowej u dzieci w Polsce
Postępy Nauk Medycznych, t. XXVII, nr 4, 2014 Borgis Teofila Książek 1, Katarzyna Pawińska-Wąsikowska 1, Małgorzata Szurgot 1, Michał Matysiak 2, Barbara Fic-Sikorska 2, Elżbieta Adamkiewicz-Drożyńska
Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs. z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej
Biuro Oddziału Kształcenia Podyplomowego Wydziału Farmaceutycznego informuje, iż kurs Cytogenetyka kliniczna Moduł II: Cytogenetyka GP 5 II//07, GU 5 II//07 z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej odbędzie
Podstawowe techniki barwienia chromosomów
Prążek C Chromatyna nie kondensuje równomiernie! Euchromatyna-najmniej kondensująca (fragmenty helisy DNA bogate w guaninę i cytozynę) Heterochromatyna fakultatywna Jasne prążki G Ciemne prążki G Heterochromatyna
starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg
STRESZCZENIE Przewlekła białaczka limfocytowa (PBL) jest najczęstszą białaczką ludzi starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg kliniczny, zróżnicowane rokowanie. Etiologia
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji
Hybrydyzacja jest jedną z pierwszych
Metody analizy DNA laboratorium genetyczne cz. II STRESZCZENIE Artykuł jest kontynuacją prezentacji wybranych metod molekularnych stosowanych w Zakładzie Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka w
Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
MINISTERSTWO ZDROWIA DEPARTAMENT POLITYKI ZDROWOTNEJ NARODOWY PROGRAM ZWALCZANIA CHORÓB NOWOTWOROWYCH
Załącznik nr 1 opis programu MINISTERSTWO ZDROWIA DEPARTAMENT POLITYKI ZDROWOTNEJ Nazwa programu: NARODOWY PROGRAM ZWALCZANIA CHORÓB NOWOTWOROWYCH Nazwa zadania: WDROŻENIE PROGRAMU KONTROLI JAKOŚCI W DIAGNOSTYCE
ABERRACJE CHROMOSOMOWE. KLINICZNE SKUTKI ABERRACJI CHROMOSOMOWYCH
ABERRACJE CHROMOSOMOWE. KLINICZNE SKUTKI ABERRACJI CHROMOSOMOWYCH Anna Latos-Bieleńska Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Akademii Medycznej w Poznaniu Około 0,6% dzieci rodzi się z aberracjami chromosomowymi
NARODOWY PROGRAM ZWALCZANIA CHORÓB NOWOTWOROWYCH WDROŻENIE PROGRAMU KONTROLI JAKOŚCI W DIAGNOSTYCE OSTREJ BIAŁACZKI U DZIECI
MINISTERSTWO ZDROWIA Akceptuję Minister Zdrowia... Nazwa programu: NARODOWY PROGRAM ZWALCZANIA CHORÓB NOWOTWOROWYCH Nazwa zadania: WDROŻENIE PROGRAMU KONTROLI JAKOŚCI W DIAGNOSTYCE OSTREJ BIAŁACZKI U DZIECI
PŁODU JAKO PRZYCZYNA UTRATY CIĄŻY - l e k. K a r o l i n y M a t u s z e w s k i e j
60-535 Poznań ul. Polna 33 Polska Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Katedra Perinatologii i Ginekologii Klinika Perinatologii i Chorób Kobiecych Chair of Perinatology and Gynecology,
Ocena immunologiczna i genetyczna białaczkowych komórek macierzystych
Karolina Klara Radomska Ocena immunologiczna i genetyczna białaczkowych komórek macierzystych Streszczenie Wstęp Ostre białaczki szpikowe (Acute Myeloid Leukemia, AML) to grupa nowotworów mieloidalnych,
mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
STAŻ KIERUNKOWY Z CYTOGENETYKI KLINICZNEJ. L.p. Nazwa jednostki Adres Województwo Liczba miejsc Uwagi Bydgoszcz ul. M. Skłodowskiej-Curie 9
Lista ministra właściwego do spraw zdrowia podmiotów uprawnionych do prowadzenia staży kierunkowych w ramach specjalizacji diagnostów laboratoryjnych w dziedzinie: LABORATORYJNA GENETYKA MEDYCZNA (stan
Niepełnosprawność intelektualna
Niepełnosprawność intelektualna stan badań a możliwości diagnostyki molekularnej Agnieszka Charzewska Zakład Genetyki Medycznej Instytut Matki i Dziecka Niepełnosprawność intelektualna (NI, ID) zaburzenie
Genetyka kliniczna nowe wyzwanie dla opieki pediatrycznej. Jacek J. Pietrzyk Klinika Chorób Dzieci Katedra Pediatrii Collegium Medicum UJ
Genetyka kliniczna nowe wyzwanie dla opieki pediatrycznej Jacek J. Pietrzyk Klinika Chorób Dzieci Katedra Pediatrii Collegium Medicum UJ Kraków, czerwiec 2005 Genetyka kliniczna Kierunki rozwoju Choroby
Genetyka kliniczna - opis przedmiotu
Genetyka kliniczna - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Genetyka kliniczna Kod przedmiotu 12.9-WL-Lek-GK Wydział Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu Kierunek Lekarski Profil praktyczny Rodzaj
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom
Czy warto wykonywać badania cytogenetyczne i molekularne w szpiczaku mnogim?
Czy warto wykonywać badania cytogenetyczne i molekularne w szpiczaku mnogim? Jan Maciej Zaucha Gdański Uniwersytet Medyczny Gdyńskie Centrum Onkologii Kraków 19.04.2010 TAK WARTO Dziękuje za uwagę! Rola
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego
INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA
XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH
Przykłady opóźnień w rozpoznaniu chorób nowotworowych u dzieci i młodzieży Analiza przyczyn i konsekwencji
PROGRAM POPRAWY WCZESNEGO WYKRYWANIA I DIAGNOZOWANIA NOWOTWORÓW U DZIECI W PIĘCIU WOJEWÓDZTWACH POLSKI Przykłady opóźnień w rozpoznaniu chorób nowotworowych u dzieci i młodzieży Analiza przyczyn i konsekwencji
STAŻ KIERUNKOWY Z CYTOGENETYKI KLINICZNEJ. L.p. Nazwa jednostki Adres Województwo Liczba miejsc Uwagi Wrocław ul.
Lista ministra właściwego do spraw zdrowia podmiotów uprawnionych do prowadzenia staży kierunkowych w ramach specjalizacji diagnostów laboratoryjnych w dziedzinie: LABORATORYJNA GENETYKA MEDYCZNA (stan
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nie dotyczy
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne Nazwa modułu Moduł E Genetyka medyczna Rodzaj modułu/przedmiotu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok, semestr studiów
SYLABUS. DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA (skrajne daty) Wykł. Ćw. Konw. Lab. Sem. ZP Prakt. GN Liczba pkt ECTS
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA 2018-2020 (skrajne daty) 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Genetyka Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej
PAWEŁ J. CHOMIAK, JACEK J. PIETRZYK 1
Zeszyty Naukowe Towarzystwa Doktorantów UJ Nauki Ścisłe, Nr 3 (2/2011) PAWEŁ J. CHOMIAK, JACEK J. PIETRZYK 1 (UNIWERSYTET JAGIELLOŃSKI) OMÓWIENIE PROBLEMU WŁAŚCIWEJ INTERPRETACJI WYNIKÓW KARIOTYPU MOLEKULARNEGO
Prof. dr hab. med. Wojciech Młynarski Klinika Pediatrii, Onkologii i Hematologii I Katedra Pediatrii UM w Łodzi ul. Sporna 36/50, Łódź.
Prof. dr hab. med. Wojciech Młynarski Klinika Pediatrii, Onkologii i Hematologii I Katedra Pediatrii UM w Łodzi ul. Sporna 36/50, 91-738 Łódź Ocena Rozprawy doktorskiej Pani mgr Bronisławy Szarzyńskiej-Zawadzkiej
Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym
Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym mgr Magdalena Brzeskwiniewicz Promotor: Prof. dr hab. n. med. Janusz Limon Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Gdański Uniwersytet Medyczny
Genomika praktyczna. Genomika praktyczna. Zakład Biochemii i Farmakogenomiki. prof. dr hab. Grażyna Nowicka. Rok IV. Semestr 8.
Genomika praktyczna 1. Metryczka Nazwa Wydziału: Program kształcenia (kierunek studiów, poziom i profil kształcenia, forma studiów, np. Zdrowie publiczne I stopnia profil praktyczny, studia stacjonarne):
S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne. Biologia molekularna
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Stacjonarne (s)
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa
Aberracje chromosomowe - choroby genetyczne związane z widocznymi zmianami liczby lub struktury chromosomów
Cytogenetyka Konspekt do zajęć z przedmiotu Cytogenetyczna i molekularna diagnostyka chorób genetycznych dla kierunku Biotechnologia dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Aberracje
Bioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Bioinformatyczna analiza danych Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt Sprawy organizacyjne Prowadzący przedmiot: Dr Wioleta Drobik-Czwarno koordynator przedmiotu,
PRZEWLEKŁĄ BIAŁACZKĘ SZPIKOWĄ I OSTRĄ BIAŁACZKĘ SZPIKOWĄ
www.oncoindex.org SUBSTANCJE CZYNNE W LECZENIU: Białaczka szpikowa OBEJMUJE PRZEWLEKŁĄ BIAŁACZKĘ SZPIKOWĄ I OSTRĄ BIAŁACZKĘ SZPIKOWĄ Dasatinib Dasatinib jest wskazany do leczenia dorosłych pacjentów z:
Autoreferat. 2. Posiadane dyplomy, stopnie naukowe z podaniem nazwy, miejsca i roku ich uzyskania oraz tytułu rozprawy doktorskiej
Autoreferat Załącznik nr 2 1. Imię i nazwisko: Krzysztof Mrózek 2. Posiadane dyplomy, stopnie naukowe z podaniem nazwy, miejsca i roku ich uzyskania oraz tytułu rozprawy doktorskiej 1983: lekarz medycyny,
Elektroforeza. Bioanalizator 2100 jedna platforma, wiele możliwości
www.bio.perlan.com.pl Elektroforeza Bioanalizator 2100 jedna platforma, wiele możliwości Bioanalyzer 2100 firmy Agilent jest pierwszym urządzeniem wykorzystującym technikę mikroprzepływów do analizy ilościowej
Diagnostyka molekularna w OIT
Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Nazwa modułu Genetyka medyczna Obowiązkowy Wydział Lekarsko-Biotechnologiczny
PLAN RZECZOWO FINANSOWY NA ROK 2007.
Załącznik nr 2 PLAN RZECZOWO FINANSOWY NA ROK 2007. Świadczenia środki bieżące ) Badania diagnostyczne wykonywane przy rozpoznaniu, wykraczające poza minimalny panel, który może być pokryty ze środków
Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu
Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA 2015-2021 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej
Spis treści. 1 Budowa genomu jądrowego (M.J. Olszewska, J. Małuszyńska) 13. Przedmowa 10
Spis treści Przedmowa 10 1 Budowa genomu jądrowego (M.J. Olszewska, J. Małuszyńska) 13 1.1. Organizacja DNA jądrowego 13 1.1.1. Rodzaje sekwencji powtarzalnych i ich lokalizacja 14 1.1.1.1. Sekwencje rozproszone
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Biologia medyczna. Nie dotyczy
Załącznik Nr 3 do Uchwały enatu PUM 14/2012 YLABU MODUŁU (PRZEDMIOTU) Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów pecjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu I nformacje
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA 2016-2022 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki
Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
EQAgen CYTOGENETYKA KLASYCZNA 1/2017 RAPOTR KOŃCOWY. Program Zewnętrznej Oceny Jakości
EQAgen Program Zewnętrznej Oceny Jakości CYTOGENETYKA KLASYCZNA 1/2017 W październiku 2017 roku przeprowadziliśmy trzecią edycję zewnętrznej oceny cytogenetycznej laboratoriów wykonujących diagnostyczne
wolna od leczenia? (TFR ang. Treatment Free Remission)
Czy można bezpiecznie przerwać leczenie przewlekłej białaczki szpikowej Czym jest remisja wolna od leczenia (TFR ang. Treatment Free Remission) KILKA INFORMACJI NA POCZąTEK... Remisja wolna od leczenia
STAŻ KIERUNKOWY Z CYTOGENETYKI KLINICZNEJ. L.p. Nazwa jednostki Adres Województwo Liczba miejsc Uwagi Kraków ul.
Lista ministra właściwego do spraw zdrowia podmiotów uprawnionych do prowadzenia staży kierunkowych w ramach specjalizacji diagnostów laboratoryjnych w dziedzinie: LABORATORYJNA GENETYKA MEDYCZNA (stan
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016. Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016 Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.2015) Temat: Wprowadzenie 1. Omówienie regulaminu zajęć Temat: Wprowadzenie
Prognostyczne i terapeutyczne znaczenie badań cytogenetycznych u chorych na szpiczaka mnogiego
Prognostyczne i terapeutyczne znaczenie badań cytogenetycznych u chorych na szpiczaka mnogiego Ewa Wawrzyniak Katedra i Klinika Hematologii Uniwersytet Medyczny w Łodzi Polska Grupa Szpiczakowa Lublin
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
DHPLC. Denaturing high performance liquid chromatography. Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko
DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko Mini-słowniczek SNP (Single Nucleotide Polymorphism) - zmienność sekwencji DNA; HET - analiza heterodupleksów; HPLC
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Genetyka medyczna. Nie dotyczy
Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Genetyka
Choroby genetycznie uwarunkowane edukacja i diagnostyka
Instytut Matki i Dziecka realizuje projekt Choroby genetycznie uwarunkowane edukacja i diagnostyka współfinansowany z Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój
NIPT Nieinwazyjny Test Prenatalny (ang. Non-Invasive Prenatal Test)
NIPT Nieinwazyjny Test Prenatalny (ang. Non-Invasive Prenatal Test) Nieinwazyjne badanie krwi kobiety ciężarnej w kierunku wykluczenia najczęstszych trisomii u płodu Cel testu NIPT Celem testu NIPT jest
SYLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Informacje ogólne
SYLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Informacje ogólne Nazwa modułu: Moduł E Biologia molekularna Rodzaj modułu/przedmiotu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok, semestr studiów
Techniki biologii molekularnej przydatne w diagnostyce onkologicznej. Prof. Barbara Pieńkowska-Grela
Techniki biologii molekularnej przydatne w diagnostyce onkologicznej Prof. Barbara Pieńkowska-Grela Warszawa, 9 czerwca 2015 Badanie genetyczne w nowotworach polega na stwierdzeniu obecności i określeniu
Translokacje Aberracje chromosomowe. strukturalne: translokacje, inwersje, delecje, duplikacje, chromosomy koliste (izochromosomy)
Aberracje chromosomowe strukturalne: translokacje, inwersje, delecje, duplikacje, chromosomy koliste (izochromosomy) liczbowe: aneuploidie, euploidie Poszczególne gatunki zwierząt charakteryzują się nasileniem
Analiza fuzji genowych PML/RARA i CBFB/MYH11 w ostrej białaczce szpikowej
PRACA ORYGINALNA Original Article Acta Haematologica Polonica 2009, 40, Nr 3, str. 633 644 EWELINA ŁAZARCZYK 1, KRYSTYNA SOSZYŃSKA 1, BARBARA MUCHA 1, KA- TARZYNA SKONIECZKA 1, JOANNA MARTENKA 1, MAŁGORZATA
Sylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) 3. Podstawy genetyki I nformacje ogólne Kod F3/A modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Podstawy
Możliwości i potencjalne zastosowania Zintegrowanego Systemu Analitycznego do innowacyjnych i kompleksowych badań molekularnych
Możliwości i potencjalne zastosowania Zintegrowanego Systemu Analitycznego do innowacyjnych i kompleksowych badań molekularnych Dzień Otwarty Klastra LifeScience 31 maj 2017, Kraków dr Agata Piestrzyńska-Kajtoch,
Dodatek F. Dane testowe
Dodatek F. Dane testowe Wszystkie dane wykorzystane w testach pochodzą ze strony http://sdmc.lit.org.sg/gedatasets/datasets.html. Na stronie tej zamieszczone są różne zbiory danych zebrane z innych serwisów
AmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Rozwój metod dozymetrii biologicznej oraz biofizycznych markerów i indykatorów wpływu promieniowania na organizmy żywe
Rozwój metod dozymetrii biologicznej oraz biofizycznych markerów i indykatorów wpływu promieniowania na organizmy żywe Marcin Kruszewski Centrum Radiobiologii i Dozymetrii Biologicznej Instytut Chemii
Najbardziej Wiarygodny, Nieinwazyjny Test Prenatalny wykonywany w Polsce Test NIFTY : tylko mała próbka krwi ciężarnej
Najbardziej Wiarygodny, Nieinwazyjny Test Prenatalny wykonywany w Polsce Test NIFTY : To nieinwazyjny, genetyczny test prenatalny nowej generacji, który określa ryzyko trisomii chromosomów 21, 18 i 13
Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii
Krajowy Lider Innowacji 2008,2009 Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii Poznański Park Naukowo-Technologiczny Siedziba: Poznań, Laboratorium: Poznań, ul. Mickiewicza 31 Kim jesteśmy?
Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej
Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki maria.sasiadek@am.wroc.pl Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej Badania genetyczne: jak to się zaczęło Genetyka a medycyna
Przetarg nieograniczony na zakup specjalistycznej aparatury laboratoryjnej Znak sprawy: DZ-2501/6/17
Część nr 2: SEKWENATOR NASTĘPNEJ GENERACJI Z ZESTAWEM DEDYKOWANYCH ODCZYNNIKÓW Określenie przedmiotu zamówienia zgodnie ze Wspólnym Słownikiem Zamówień (CPV): 38500000-0 aparatura kontrolna i badawcza
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów
Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:
Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni
Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii