Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
|
|
- Izabela Przybysz
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska
2 Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych pozycjach polami (ang. spots) mikroskopowej wielkości.
3 Mikromacierz Pola te zawierają różniące się od siebie sekwencją jednoniciowe cząsteczki DNA, które są sondami wykrywającymi przez hybrydyzację komplementarne do siebie cząsteczki DNA lub RNA. Hybrydyzacja kwasów nukleinowych to zjawisko spontanicznego łączenia się komplementarnych nici kwasów nukleinowych.
4 Mikromacierze - nie tylko DNA Podobny format (bardzo wiele różnych odczynników testujących na niewielkiej powierzchni) do mikromacierzy DNA mają inne mikromacierze stosowane w badaniach biologicznych, medycznych i chemicznych (mikromacierze tkankowe, białkowe, przeciwciał, związków chemicznych).
5 Standardowa płytka mikromacierzowa
6 Obraz mikromacierzy dwukolorowej cdna pod mikroskopem Dodaj grafikę przez dwukrotne kliknięcie
7 Sposób działania mikromacierzy 1. Cząsteczki cdna lub mrna, znajdujące się w badanej próbce (np. fragmencie tkanki), są oznakowane (np. za pomocą substancji fluorescencyjnej). 2. Gdy nanosimy próbkę na mikromacierz, cząstki o komplementarnej sekwencji nukleotydów w stosunku do danej sondy, wiążą się z nią. 3. Substancja znakująca, przyłączona do cdna/mrna pochodzących z badanej próbki, pozwala na zaobserwowanie, które sondy wychwyciły fragmenty kwasów nukleinowych.
8 Sposób działania mikromacierzy - ciąg dalszy 4. Dzięki znajomości sekwencji danej sondy oraz komplementarności zasad azotowych, możemy wywnioskować, jaka jest sekwencja nukleotydów danego, przyłączonego fragmentu. 5. Obserwacji dokonujemy za pomocą odpowiedniego czytnika i komputera.
9 Analiza danych z mikromacierzy Dane z mikromacierzy trzeba poddać wstępnej obróbce. Składają się na nią: 1. analiza zeskanowanego obrazu - obliczenie intensywności sygnału dla każdej sondy 2. odjęcie sygnału tła 3. normalizacja danych - modyfikacja wartości ekspresji w celu dostosowania do całości eksperymentu 4. sumaryzacja danych podsumowanie wartości dla grup sond
10 Problemy związane z analizą danych mikromacierzy Problemy z analizą danych z mikromacierzy polegają na ogromnej liczbie sond i badanych genów (zazwyczaj ok tysięcy transkryptów, macierze eksonowe w 2006 r. zawierały 6 milionów sond). Jednocześnie liczba mikromacierzy użytych w eksperymencie jest stosunkowo nieduża (kilka lub kilkadziesiąt), dzieje się tak głównie ze względu na koszty.
11 Zastosowanie mikromacierzy Naukowcy używają czujników DNA do dwóch, podstawowych celów. Za ich pomocą dowiadują się, jakie geny zawierają badane fragmenty DNA oraz sprawdzają intensywność ekspresji poszczególnych genów (tworzą profil ekspresji genów). Ekspresja genu (ang. gene expression) to proces, w którym informacja genetyczna zawarta w genie zostaje odczytana i przepisana na jego produkty, które są białkami lub różnymi formami RNA.
12 Zastosowanie mikromacierzy - badania naukowców Dzięki chipom DNA naukowcy mogą dokonywać porównań składów genetycznych organizmów, szukać różnic pomiędzy zawartością genów w zdrowych tkankach i komórkach, a ich zawartością w jednostkach nowotworowych. Mają oni także nadzieję na dalsze rozwijanie metod badawczych i diagnostycznych, związanych z czujnikami.
13 Zastosowanie mikromacierzy - zindywidualizowana opieka medyczna Liczy się na to, że w przyszłości mikromacierze będą jednym z narzędzi służących do bardziej zindywidualizowanej opieki medycznej. Umożliwią one zarówno bardziej precyzyjne identyfikowanie chorób, jak i pozwolą dostosować terapię do specyficznej reakcji pacjenta na poszczególne leki.
14 Zastosowanie mikromacierzy - oddziaływanie leków Mikromacierze można wykorzystywać też w celu sprawdzenia, jak leki oddziałują na organizm i czy powodują negatywne skutki uboczne. Aby określić czy dana substancja nie jest szkodliwa np. dla jakiegoś organu, wystarczy sporządzić profile ekspresji genów w komórkach jego tkanki dla przypadków, gdy działają na niego badana substancja, inne lekarstwa i gdy jest poddany wpływowi substancji szkodliwych, a następnie je porównać.
15 Zastosowanie mikromacierzy - leczenie nowotworów Czujniki mogą pomóc w lepszym rozróżnianiu łagodnych i złośliwych odmian nowotworów. Profile ekspresji genów dwóch odmian nowotworu mogą się różnić. Jeśli pozna się te różnice i będzie się wiedzieć, który profil odpowiada której odmianie nowotworu, określenie czy dany pacjent choruje na złośliwą odmianę raka stanie się łatwiejsze i bardziej pewne.
16 Problem - Klasyfikacja różnych typów nowotworu (np. białaczki: szpikowa, limfatyczna) - Klasyfikacja: komórka zdrowa/komórka nowotworowa Na podstawie danych mikromacierzowych badanych komórek.
17 Dane #Próbek #Zmiennych #Klas Leukemia Brain Prostate
18 Pożądane cechy metody - Stosowalność dla danych o dużej liczbie ściśle skorelowanych zmiennych - Stosowalność na niewielkiej liczbie próbek - Klasyfikacja do grupy określona z prawdopodobieństwem
19 Eksperyment 1. Określenie skuteczności klasyfikacji w zależności od: - zastosowanej metody redukcji wymiarowości (metod ogólnych, jak i metod specjalizowanych dla danych mikromacierzowych) - zastosowanej metody klasyfikacji 2. Porównanie z wynikami z literatury
20 Bibliografia
Analiza zmienności czasowej danych mikromacierzowych
Systemy Inteligencji Obliczeniowej Analiza zmienności czasowej danych mikromacierzowych Kornel Chromiński Instytut Informatyki Uniwersytet Śląski Plan prezentacji Dane mikromacierzowe Cel badań Prezentacja
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka
MIKROMACIERZE. dr inż. Aleksandra Świercz dr Agnieszka Żmieńko
MIKROMACIERZE dr inż. Aleksandra Świercz dr Agnieszka Żmieńko Informacje ogólne Wykłady będą częściowo dostępne w formie elektronicznej http://cs.put.poznan.pl/aswiercz aswiercz@cs.put.poznan.pl Godziny
Bioinformatyka, edycja 2016/2017, laboratorium
Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: dr Jacek Śmietański Mikromacierze 1. Mikromacierze wprowadzenie Mikromacierze to technologia pozwalająca na pomiar aktywności genów w komórce.
Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Przybliżone algorytmy analizy ekspresji genów.
Przybliżone algorytmy analizy ekspresji genów. Opracowanie i implementacja algorytmu analizy danych uzyskanych z eksperymentu biologicznego. 20.06.04 Seminarium - SKISR 1 Wstęp. Dane wejściowe dla programu
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE WSTĘP 1. Mikromacierze ekspresyjne tworzenie macierzy przykłady zastosowań 2. Mikromacierze SNP tworzenie macierzy przykłady zastosowań MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE
GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Warto wiedzieć więcej o swojej chorobie, aby z nią walczyć
Warto wiedzieć więcej o swojej chorobie, aby z nią walczyć Kilka ważnych porad dla kobiet chorych na raka piersi Konsultacja merytoryczna: dr hab. n. med. Lubomir Bodnar Warto wiedzieć więcej o swojej
Bioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Bioinformatyczna analiza danych Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt Sprawy organizacyjne Prowadzący przedmiot: Dr Wioleta Drobik-Czwarno koordynator przedmiotu,
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz
WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii
Dodatek F. Dane testowe
Dodatek F. Dane testowe Wszystkie dane wykorzystane w testach pochodzą ze strony http://sdmc.lit.org.sg/gedatasets/datasets.html. Na stronie tej zamieszczone są różne zbiory danych zebrane z innych serwisów
Wykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
1. Barwienie przeglądowe ogólna struktura mózgu i płatów wzrokowych Drosophila
1. Barwienie przeglądowe ogólna struktura mózgu i płatów wzrokowych Drosophila Drosophila melanogaster - barwienie Richardsona (1% błękit metylenowy w 1% boraksie) Techniki używane w histologii: mikroskopia
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych. źródło: (3)
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych źródło: (3) Interakcje białko-białko Ze względu na zadanie: strukturalne lub funkcjonalne. Ze względu na właściwości fizyczne: stałe lub
Eksploracja danych mikromacierzowych sieci Bayesa. Inżynieria Danych, 30 listopada 2009, Tomasz Kułaga
Eksploracja danych mikromacierzowych sieci Bayesa Inżynieria Danych, 30 listopada 2009, Plan referatu Mikromacierze Model sieci Bayesa Metody Monte Carlo Mikromacierz Płytka z naniesionymi fragmentami
Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Metody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka
BIOTECHNOLOGIA STUDIA I STOPNIA
BIOTECHNOLOGIA STUDIA I STOPNIA OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA 1) Tabela odniesień kierunkowych efektów kształcenia (EKK) do obszarowych efektów kształcenia (EKO) SYMBOL EKK KIERUNKOWE EFEKTY KSZTAŁCENIA
Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Nanotechnologie w diagnostyce
Nanotechnologie w diagnostyce Diagnostyka endoskopowa Nanotechnologie mogą być przydatne w diagnostyce niedostępnych miejsc w badaniach endoskopowych. Temu mogą służyć mikrokamery wielkości antybiotyku,
CZĘŚĆ III OPISPRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)
INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław tel. / fax. (4871) 37-09-997, http://www.iitd.pan.wroc.pl NIP: 896-000-56-96;
TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Leki chemiczne a leki biologiczne
Leki chemiczne a leki biologiczne LEKI CHEMICZNE A LEKI BIOLOGICZNE Produkt syntezy chemicznej Produkt roślinny Produkt immunologiczny BIOLOGICZNE Produkt homeopatyczny Produkt z krwi/osocza - BIOLOGICZNE
LEKI CHEMICZNE A LEKI BIOLOGICZNE
LEKI CHEMICZNE A LEKI BIOLOGICZNE PRODUKT LECZNICZY - DEFINICJA Art. 2 pkt.32 Ustawy - Prawo farmaceutyczne Substancja lub mieszanina substancji, przedstawiana jako posiadająca właściwości: zapobiegania
Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne
Metody inżynierii genetycznej A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów /semestr
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Informacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
DNA musi współdziałać z białkami!
DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji
TERAPIA GENOWA. dr Marta Żebrowska
TERAPIA GENOWA dr Marta Żebrowska Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki, Zakładu Biochemii Farmaceutycznej, Uniwersytetu Medycznego w Łodzi Źródło zdjęcia: httpblog.ebdna.plindex.phpjednoznajwiekszychzagrozenludzkosciwciazniepokonane
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Metody analizy genomu
Metody analizy genomu 1. Mapowanie restrykcyjne. 2. Sondy do rozpoznawania DNA 3. FISH 4. Odczytanie sekwencji DNA 5. Interpretacja sekwencji DNA genomu 6. Transkryptom 7. Proteom 1. Mapy restrykcyjne
MAM HAKA NA CHŁONIAKA
MAM HAKA NA CHŁONIAKA CHARAKTERYSTYKA OGÓLNA Chłoniaki są to choroby nowotworowe, w których następuje nieprawidłowy wzrost komórek układu limfatycznego (chłonnego). Podobnie jak inne nowotwory, chłoniaki
Wykład 1. Od atomów do komórek
Wykład 1. Od atomów do komórek Skład chemiczny komórek roślinnych Składniki mineralne (nieorganiczne) - popiół Substancje organiczne (sucha masa) - węglowodany - lipidy - kwasy nukleinowe - białka Woda
Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
GRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Kościółek Justyna Truszkowska Dominika Kl. II Ek
Kościółek Justyna Truszkowska Dominika Kl. II Ek CZYM JEST RAK KRWI? Rak krwi - nowotwór, który atakuje system krwionośny oraz samą krew, szpik kostny i układ limfatyczny. Rozróżniamy wiele rodzajów raka
WYPOSAŻENIE LABORATORIÓW CENTRUM NOWYCH TECHNOLOGII UW W APARATURĘ NIEZBĘDNĄ DO PROWADZENIA BADAŃ NA RZECZ PRZEMYSŁU I MEDYCYNY
WYPOSAŻENIE LABORATORIÓW CENTRUM NOWYCH TECHNOLOGII UW W APARATURĘ NIEZBĘDNĄ DO PROWADZENIA BADAŃ NA RZECZ PRZEMYSŁU I MEDYCYNY PROJEKT REALIZOWANY W RAMACH REGIONALNEGO PROGRAMU OPERACYJNEGO WOJEWÓDZTWA
Biologia medyczna, materiały dla studentów
Jaka tam ewolucja. Zanim trafię na jednego myślącego, muszę stoczyć bitwę zdziewięcioma orangutanami Carlos Ruis Zafon Wierzbownica drobnokwiatowa Fitosterole, garbniki, flawonoidy Właściwości przeciwzapalne,
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji
Scenariusz lekcji biologii z wykorzystaniem metody CILIL Lekcja dla klasy IV technikum o rozszerzonym zakresie kształcenia
Scenariusz lekcji biologii z wykorzystaniem metody CILIL Lekcja dla klasy IV technikum o rozszerzonym zakresie kształcenia Temat lekcji: Budowa i funkcje DNA Cele lekcji: poznawcze w zakresie wiadomości
S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Nazwa modułu INŻYNIERIA
Biotechnologia i inżynieria genetyczna
Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym
Poznanie mechanizmów regulujących ekspresję
G E N E T Y K A Wykorzystanie mikromacierzy DNA w terapii i diagnostyce Arkadiusz Kazula Zakład Chorób Zwierząt Instytutu Weterynarii PAN Adres do korespondencji: Arkadiusz Kazula, 27-600 Sandomierz ul.
Mikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia r.
KOMISJA EUROPEJSKA Bruksela, dnia 29.5.2018 C(2018) 3193 final ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia 29.5.2018 r. zmieniające rozporządzenie (WE) nr 847/2000 w odniesieniu do definicji pojęcia podobnego
Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing. Wykład 6 Część 1 NGS - wstęp Dr Wioleta Drobik-Czwarno
Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing Wykład 6 Część 1 NGS - wstęp Dr Wioleta Drobik-Czwarno Macierze tkankowe TMA ang. Tissue microarray Technika opisana w 1987 roku (Wan i
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I
II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I PRZEDMIOT Chemia ogólna EFEKTY KSZTAŁCENIA 1. posiada wiedzę
Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...
1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące
Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE
Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI WYMAGANE Załącznik nr 2 do rozporządzenia cz. I lit. M Lp 913-916
Nowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Dagmara Samselska. Przewodnicząca Unii Stowarzyszeń Chorych na Łuszczycę. Warszawa 20 kwietnia 2016
Dagmara Samselska Przewodnicząca Unii Stowarzyszeń Chorych na Łuszczycę Warszawa 20 kwietnia 2016 przewlekła, autoagresywnie uwarunkowana, nawrotowa choroba zapalna o podłożu genetycznym nie zaraża!!!
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI Wydajność izolacji- ilość otrzymanego kwasu nukleinowego Efektywność izolacji- jakość otrzymanego kwasu nukleinowego w stosunku do ilości Powtarzalność izolacji- zoptymalizowanie procedury
JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
Podstawowe miary masy i objętości stosowane przy oznaczaniu ilości kwasów nukleinowych : 1g (1) 1l (1) 1mg (1g x 10-3 ) 1ml (1l x 10-3 ) 1μg (1g x 10-6 ) 1μl (1l x 10-6 ) 1ng (1g x 10-9 ) 1pg (1g x 10-12
Aneks I. Wnioski naukowe i podstawy zmiany warunków pozwolenia (pozwoleń) na dopuszczenie do obrotu
Aneks I Wnioski naukowe i podstawy zmiany warunków pozwolenia (pozwoleń) na dopuszczenie do obrotu 1 Wnioski naukowe Uwzględniając raport oceniający komitetu PRAC w sprawie okresowych raportów o bezpieczeństwie
Efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia i ich odniesienie do efektów obszarowych
Załącznik do uchwały nr 374/2012 Senatu UP Efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia i ich odniesienie do efektów obszarowych Wydział prowadzący kierunek: Wydział Rolnictwa i Bioinżynierii
Nowe techniki w biotechnologii rolniczej i związane z nimi wyzwania:
Nowe techniki w biotechnologii rolniczej i związane z nimi wyzwania: Prezentacja opinii Grupy Wysokiego Szczebla Mechanizmu Doradztwa Naukowego Komisji Europejskiej DOWODY NAUKOWE prof. Janusz M. Bujnicki
Mapa Znamion Barwnikowych. to najprostsza droga do wczesnego wykrycia zmian nowotworowych skóry.
Mapa Znamion Barwnikowych to najprostsza droga do wczesnego wykrycia zmian nowotworowych skóry. Czerniak to złośliwy nowotwór skóry, błon śluzowych bądź błon naczyniowych gałki ocznej, wywodzący się z
Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa
Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Lech Poloński Mariusz Gąsior Informatyka medyczna Dział informatyki zajmujący się jej zastosowaniem w ochronie zdrowia (medycynie) Stymulacja rozwoju informatyki
Streszczenie dla laikόw
Streszczenie Streszczenie dla laikόw Tematem tej pracy naukowej jest regulacja ekspresji genów u bakterii Bacillus subtilis. Do badania tych procesów posłużono się w głównej mierze nowoczesną technologią
Przykładowa analiza danych
Przykładowa analiza danych W analizie wykorzystano dane pochodzące z publicznego repozytorium ArrayExpress udostępnionego na stronach Europejskiego Instytutu Bioinformatyki (http://www.ebi.ac.uk/). Zbiór
mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Do oceny przedstawiono oprawioną rozprawę doktorską zawierającą 133 strony
Prof. dr hab. Maciej Zabel Katedra Histologii i Embriologii Uniwersytet Medyczny w Poznaniu Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Hanny Kędzierskiej pt. Wpływ czynnika splicingowego SRSF2 na regulację apoptozy
Warszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173
Warszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173 ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ŚRODOWISKA 1) z dnia 18 lipca 2016 r. w sprawie określenia wzorów wniosków oraz zgłoszeń związanych z zamkniętym użyciem mikroorganizmów
Spółka z o.o. UCZESTNICY WARSZTATÓW: Lekarze rezydenci i specjaliści, technicy w pracowniach diagnostycznych i histopatologicznych
e-mail: kawaska@kawaska.pl WARSZTATY: TECHNIKI MIKROSKOPOWE I INFORMATYCZNE W BADANIU PRÓBEK BIOLOGICZNYCH, CZ. 1 Objęte patronatem Polskiego Towarzystwa Patologów pod przewodnictwem Prezes Zarządu Głównego
Standard leczenia, jakiego oczekują pacjenci z przewlekłą białaczką limfocytową. Aleksandra Rudnicka rzecznik PKPO
Standard leczenia, jakiego oczekują pacjenci z przewlekłą białaczką limfocytową Aleksandra Rudnicka rzecznik PKPO Wspólny głos ponad 100 tysięcy pacjentów onkologicznych! 45 organizacje wspólnie działają
CENTRUM ONKOLOGII. im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy
CENTRUM ONKOLOGII im. prof. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy CENTRUM ONKOLOGII w Bydgoszczy Personalizowana terapia nowotworów z zastosowaniem innowacyjnych technologii leczniczych i diagnostycznych
Wykorzystanie Grafenu do walki z nowotworami. Kacper Kołodziej, Jan Balcerak, Justyna Kończewska
Wykorzystanie Grafenu do walki z nowotworami Kacper Kołodziej, Jan Balcerak, Justyna Kończewska Spis treści: 1. Co to jest grafen? Budowa i właściwości. 2. Zastosowanie grafenu. 3. Dlaczego może być wykorzystany
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy
Spis treści. Przedmowa Barbara Czerska... 11 Autorzy... 17 Wykaz skrótów... 19
Przedmowa Barbara Czerska.................................. 11 Autorzy.................................................... 17 Wykaz skrótów.............................................. 19 Rozdział I.
Wioletta Buczak-Zeuschner. Wojewódzka Stacja Sanitarno-Epidemiologiczna w Lublinie
Choroby zawodowe powstałe w następstwie działania czynników występujących w środowisku pracy uznanych za rakotwórcze u ludzi w aspekcie zmian wykazów substancji, mieszanin, czynników i procesów technologicznych
Fundusz ratunkowy jako perspektywa dla leczenia osób z chorobami rzadkimi
Fundusz ratunkowy jako perspektywa dla leczenia osób z chorobami rzadkimi Wiesław Wiktor Jędrzejczak Katedra i Klinika Hematologii, Onkologii i Chorób Wewnętrznych Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego
Wzorcowe efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19 czerwca 2018 r. w sprawie programu i planu studiów na kierunku BIOTECHNOLOGIA na poziomie studiów pierwszego stopnia
EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek
Spersonalizowana medycyna
Spersonalizowana medycyna Kluczowe terminy Genom: pełna informacja genetyczna organizmu zakodowana w DNA, obecna we wszystkich komórkach. DNA: związek chemiczny przenoszący informację genetyczną, złożony
Przykłady analizy płynów z jam ciała na analizatorze XE-5000
Przykłady analizy płynów z jam ciała na analizatorze XE-5000 Jeśli pacjent ma być leczony szybko i skutecznie, laboratorium musi w krótkim czasie dostarczać wiarygodnych wyników, o ile to możliwe przez
Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17
Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony
Project PONS PNRF-228-AI-1/07
BIOBANK Artur Kowalik Świętokrzyskie Centrum Onkologii BIOBANK Co to jest? Biobank można zdefiniować jako archiwum próbek biologicznych wykorzystywanych w eksperymentach i badaniach naukowych. Zwykle jest
Biologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
części określano skrótem vrna8. Cząsteczka ta, o długości 875 nukleotydów, koduje dwa białka, białko niestrukturalne (NS1, ang.
STRESZCZENIE Grypa corocznie wywołuje epidemie i sporadycznie pandemie. Światowa Organizacja Zdrowia podaje, że każdego roku na grypę choruje 5-15% populacji ludzkiej, w tym u 3-5 milionów ludzi obserwuje
TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
NADCIŚNIENIE ZESPÓŁ METABOLICZNY
NADCIŚNIENIE ZESPÓŁ METABOLICZNY Poradnik dla pacjenta i jego rodziny Konsultacja: prof. dr hab. med. Zbigniew Gaciong CO TO JEST ZESPÓŁ METABOLICZNY Nadciśnienie tętnicze (inaczej podwyższone ciśnienie
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Czy żywność GMO jest bezpieczna?
Instytut Żywności i Żywienia dr n. med. Lucjan Szponar Czy żywność GMO jest bezpieczna? Warszawa, 21 marca 2005 r. Od ponad połowy ubiegłego wieku, jedną z rozpoznanych tajemnic życia biologicznego wszystkich
SCENARIUSZ ZAJĘĆ SZKOLNEGO KOŁA NAUKOWEGO Z PRZEDMIOTU BIOLOGIA PROWADZONEGO W RAMACH PROJEKTU AKADEMIA UCZNIOWSKA
SCENARIUSZ ZAJĘĆ SZKOLNEGO KOŁA NAUKOWEGO Z PRZEDMIOTU BIOLOGIA PROWADZONEGO W RAMACH PROJEKTU AKADEMIA UCZNIOWSKA Temat lekcji Występowanie glukozy i jej zawartość w wybranych owocach Na podstawie pracy
Polska Koalicja Medycyny Personalizowanej. Grupa finansowa
Polska Koalicja Medycyny Personalizowanej Grupa finansowa Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA
SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA 2015-2021 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej
Druga zasada termodynamiki a modelowanie sieci.
13 października 2009 O czym będzie mowa? Eksperyment biologiczny eksperyment biologiczny: mikromacierze modelowanie sieci interakcji: II zasada termodynamiki cel: weryfikacja metody metoda symulowania