Przetarg nieograniczony na zakup specjalistycznej aparatury laboratoryjnej Znak sprawy: DZ-2501/6/17

Transkrypt

1 Część nr 2: SEKWENATOR NASTĘPNEJ GENERACJI Z ZESTAWEM DEDYKOWANYCH ODCZYNNIKÓW Określenie przedmiotu zamówienia zgodnie ze Wspólnym Słownikiem Zamówień (CPV): aparatura kontrolna i badawcza aparatura do analizowania odczynniki laboratoryjne szkolenie pracowników Nazwa urządzenia: Model, typ aparatu, nr katalogowy Producent: Pełna nazwa, adres, strona www Rok produkcji (wymagany: nowy) Parametr Opis parametru Parametry oferowane przez Wykonawcę (wypełnia Wykonawca) 1. Wysokoprzepustowy sekwenator do masowego, równoległego sekwencjonowania DNA Metoda sekwencjonowania Sekwenator umożliwiający: sekwencjonowanie poprzez syntezę sekwencjonowanie w trybie sparowanych końców nie wymagające fizycznej zmiany orientacji komórki przepływowej analizę bibliotek poprzez masowe równoległe sekwencjonowanie bez stosowania emulsyjnego PCR w trybie pojedynczego odczytu oraz sparowanych końców analizę gotowych i zaprojektowanych paneli genowych z możliwością wykorzystania co najmniej 14Gb (14 miliardów par zasad) przepustowości sekwencjonowanie de novo w trybie sparowanych końców analizę transkryptomów z możliwością wykorzystania co najmniej 44 milionów odczytów w trybie sparowanych końców Strona 1/stron 1

2 Wymagany zakres wykorzystania wyników resekwencjonowania Wymagany zakres zastosowania urządzenia Długość odczytu Minimalna ilość materiału wejściowego Możliwość łączenia wielu próbek w jednej reakcji sekwencjonowania Jakość odczytu Transfer wyników resekwencjonowania Pozostałe wymagane cechy Komputer sterujący przygotowywanie bibliotek DNA do sekwencjonowania de novo i resekwencjonowania bez konieczności stosowania mechanicznej fragmentacji DNA mapowanie danych na referencyjnym genomie, wyszukiwanie wariancji liczby kopii genu, wyszukiwanie inwersji, mutacji punktowych, dużych delecji, małych delecji, sekwencjonowanie małych genomów (mikroorganizmów) RAD-seq sekwencjonowanie klonów sekwencjonowanie amplikonów sekwencjonowanie małego RNA analiza metagenomiczna zmienna, z możliwością dostosowania jej do wybranej aplikacji w zakresie od 36 do 2x300 par zasad nie więcej niż 50 ng wymagana, z zastosowaniem co najmniej 48 etykiet multipleksujących (barkodów) Q30 (maksymalnie 1 błąd na 1000 par zasad) dla co najmniej 70% sekwencji wymagany import danych z systemu do programów do analizy i wizualizacji danych zintegrowane moduły do amplifikacji, odczytu sekwencji oraz analizy danych zautomatyzowana, niewymagająca ingerencji użytkownika aparatu, izotermiczna amplifikacja na fazie stałej (komórka przepływowa), prowadząca do wytworzenia macierzy klastrów cząsteczek klonalnych pełni zautomatyzowane cykle amplifikacji i sekwencjonowania, w trybie sparowanych końców zintegrowany kompletny, dedykowany i zoptymalizowany do obsługi analizatora z wbudowanym dotykowym ekranem LCD co najmniej 12 z zainstalowanym systemem operacyjnym i Strona 2/stron 2

3 Oprogramowanie do analizy wyników Wielkość i zasilanie urządzenia Instalacja, serwis Deklaracja zgodności oprogramowaniem analizatora, co najmniej 16 GB RAM, co najmniej 750 GB HDD dostępne funkcje co najmniej: base calling, alignment, variant calling w języku polskim lub angielskim 230V 50Hz urządzenie nastołowe (bench-top) niewymagające podłączenia do wody, próżni, gazów technicznych i medycznych wymagane, wykonane przez autoryzowanego przedstawiciela producenta gwarancja: co najmniej 12 miesięcy od daty podpisania protokołu odbioru bez zastrzeżeń, z możliwością przedłużenia do 24 miesięcy. W przypadku, kiedy producent urządzenia nie oferuje dokumentu gwarancyjnego w języku polskim oraz serwis gwarancyjny realizowany jest przez autoryzowanego przedstawiciela, Zamawiający dopuści dokument gwarancyjny wystawiony przez autoryzowanego przedstawiciela. czas reakcji serwisu w przypadku awarii: do 72h CE, wymagana przy dostawie 2. Szkolenie instalacyjne oraz aplikacyjne Wymagania praktyczne, w siedzibie użytkownika obejmujące montaż, uruchomienie i wykonanie oznaczenia WGS (whole genome sequencing) próbki DNA izolatu bakteryjnego dla co najmniej 3 uczestników, udokumentowane zaświadczeniem o udziale w szkoleniu 3. Dedykowane odczynniki do sekwencjonowania Zestaw odczynników do tworzenia bibliotek do sekwencjonowania NGS kompletny zestaw do przygotowywania bibliotek do sekwencjonowania DNA z enzymatyczną fragmentacją materiału do przygotowania 192 prób zakres stosowania: małe genomy, plazmidy, amplikony ilość wejściowego DNA nie więcej niż 50ng Strona 3/stron 3

4 Zestaw odczynników do znakowania DNA przy tworzeniu bibliotek do sekwencjonowania NGS zasada działania: fragmentacja enzymatyczna możliwość multipleksowania w jednej probówce wielu znakowanych próbek data przydatności do użycia każdego z odczynników wchodzących w skład zestawu: co najmniej 8 miesięcy od daty dostawy Zamawiający akceptuje termin ważności odczynników do tworzenia bibliotek do sekwencjonowania NGS, odczynników do znakowania DNA przy tworzeniu bibliotek do sekwencjonowania NGS oraz odczynników do sekwencjonowania, wynoszący min. 3 miesiące, pod warunkiem, że jest to termin ważności określony i gwarantowany przez producenta. Okres przydatności do użycia każdego z zestawów nie może być krótszy niż 3 miesiące, a łączny okres ważności nie może być krótszy niż 6 miesięcy. W przypadku zaoferowania odczynników o terminie ważności, zagwarantowanym przez producenta, krótszym niż 6 miesięcy, Zamawiający dopuszcza dostawę odczynników w 2 transzach, zgodnie z harmonogramem określonym w SIWZ. umożliwiający multipleksowania próbek w jednej probówce minimalna liczba znaczników: 96 minimalna liczba analiz: 384 data przydatności do użycia każdego z odczynników wchodzących w skład zestawu: co najmniej 8 miesięcy od daty dostawy zestaw kompatybilny z zaoferowanym zestawem do tworzenia bibliotek do sekwencjonowania NGS Zamawiający akceptuje termin ważności odczynników do tworzenia bibliotek do sekwencjonowania NGS, odczynników do znakowania DNA przy tworzeniu bibliotek do sekwencjonowania NGS oraz odczynników do sekwencjonowania, wynoszący min. 3 miesiące, pod warunkiem, że jest to termin ważności określony i gwarantowany przez producenta. Okres przydatności do użycia każdego z zestawów nie może być krótszy niż 3 miesiące, a łączny okres ważności Strona 4/stron 4

5 Płytka fiksująca Zestaw odczynników do sekwencjonowania nie może być krótszy niż 6 miesięcy. W przypadku zaoferowania odczynników o terminie ważności, zagwarantowanym przez producenta, krótszym niż 6 miesięcy, Zamawiający dopuszcza dostawę odczynników w 2 transzach, zgodnie z harmonogramem określonym w SIWZ. do wspomagania poprawnego wykorzystania odczynników do przygotowywania bibliotek i znakowania DNA przy tworzeniu bibliotek kompatybilna z zaoferowanym zestawem do przygotowywania bibliotek i zestawem do znakowania DNA przy przygotowywaniu bibliotek komplet odczynników oraz płytka do sekwencjonowania umożliwiająca wykonanie do 500 cykli sekwencjonowania na zaoferowanym sekwenatorze zestaw umożliwiający uzyskanie odczytu 2 x 150 pz o jakości co najmniej Q30>80% zestaw umożliwiający uzyskanie co najmniej 50 milionów odczytów oraz co najmniej 15 miliardów par zasad data przydatności (expiry date) do użycia każdego z odczynników wchodzących w skład zestawu: co najmniej 6 miesięcy od daty dostawy; w przypadku daty przydatności krótszej niż 6 miesięcy dopuszcza się dostawę kompletnych zestawów w 2 transzach, zgodnie z harmonogramem określonym w SIWZ. Okres przydatności do użycia każdego z zestawów nie może być krótszy niż 3 miesiące, a łączny okres ważności nie może być krótszy niż 6 miesięcy. (należy podać nazwę, producenta i nr katalogowy) Uwaga: Parametry określone przez Zamawiającego w kolumnie Parametr wymagany przez Zamawiającego są bezwzględnie wymagane, a ich wartości muszą spełniać zakres określony w tej kolumnie. Oferty, które nie spełniają tych wymagań zostaną odrzucone, jako niezgodne z SIWZ. Wykonawca zobowiązany jest do podania parametrów w jednostkach wskazanych w niniejszej tabelce. Wykonawca ma obowiązek wypełnić kolumny Nazwa urządzenia, Producent, Parametry oferowane. Strona 5/stron 5