Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym

Transkrypt

1 Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym mgr Magdalena Brzeskwiniewicz Promotor: Prof. dr hab. n. med. Janusz Limon Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Gdański Uniwersytet Medyczny

2 NEUROBLASTOMA (NERWIAK ZARODKOWY) najczęstszy guz złośliwy wieku dziecięcego- śmiertelność ok. 15% u dzieci i młodzieży do 15 roku życia wśród nowotworów złośliwych liczba dzieci chorych w Polsce- 8% dzieci, z rozpoznanymi nowotworami guz wczesnodziecięcy- 95% guzów rozpoznanych u dzieci do 10 roku życia choroba późno rozpoznawana- u 75% chorych rozpoznawana w czwartym stopniu zaawansowania

3 KLASYFIKACJA NEUROBLASTOMA (WG INTERNATIONAL NEUROBLASTOMA PATHOLOGY CLASSIFICATION) (oparta na klasyfikacji Shimady) Kryteria podziału: zdolność guza do tworzenia podścieliska wiek pacjenta indeks mitotyczno- kariokinetyczny (MKI)

4 KLASYFIKACJA NEUROBLASTOMA (WG INTERNATIONAL NEUROBLASTOMA PATHOLOGY CLASSIFICATION) Neuroblastoma (nerwiak zarodkowy) Ganglioneuroblastoma, typ mieszany (nerwiak zwojowy zarodkowy) Ganglioneuroma (nerwiak zwojowy) Ganglioneuroblastoma, typ guzkowy (nerwiak zwojowy zarodkowy)

5 MORFOLOGIA GUZÓW Z GRUPY NEUROBLASTOMA Neuroblasty kom. zwojowe kom. Schwanna kom. chromochłonne kom. niechromochłonne Markery biochemiczne, oceniające stopień dojrzałości guzów: hydroksylaza tyrozynowa β-hydroksylaza dopaminy

6 MORFOLOGIA GUZÓW Z GRUPY NEUROBLASTOMA ) Ganglioneuroblastoma Neuroblastoma Ganglioneuroma Zdjęcia mikroskopowe (dzięki uprzejmości dr Ewy Świeszewskiej- Iżyckiej)

7 GENETYCZNY MODEL ROZWOJU NEUROBLASTOMA Brodeur G., Neuroblastoma: Biological insights into a clinical enigma. Cancer, 2003.

8 SZLAK REGULACYJNY PIK3/AKT/mTOR szlak regulacyjny PIK3/AKT/mTOR jest aktywowany w wielu nowotworach: guzach mózgu, raku piersi, raku jajnika, raku nerki znaczenie zaburzeń szlaku PIK3/AKT/mTOR w nerwiaku zarodkowym- nieznane

9 SZLAK REGULACYJNY PIK3/AKT/mTOR

10 SZLAK REGULACYJNY PIK3/AKT/mTOR Produkty genów: EGFR, PIK3CA, PTEN

11 CELE PRACY określenie częstości i rodzaju występowania mutacji jednocześnie w obrębie genów: EGFR (eksony 18-21), PIK3CA (eksony 5, 6, 10 i 21) PTEN (eksony 1-9) określenie stopnia amplifikacji genu EGFR

12 MATERIAŁ I METODYKA MATERIAŁ METODYKA 87 fragmentów guzów nerwiaka zarodkowego, zatopionych w parafinie Izolacja DNA PCR (semi- nested PCR) Elektroforeza DHPLC Sekwencjonowanie FISH (skrawki mikroskopowe)

13 WYNIKI W dwóch guzach wykryto mutację p.i311v (c.931 A>G) w eksonie 5 genu PIK3CA wt c.931 A>G Nie stwierdzono obecności mutacji w genach EGFR i PTEN

14 Stwierdzono występowanie wariantów polimorficznych w obrębie genów (tabela 1) Stwierdzono, że częstość występowania polimorfizmów jest porównywalna z częstością w populacji dla rasy kaukaskiej Nie stwierdzono występowania amplifikacji genu EGFRrozpoznano polisomię chromosomu 7 w komórkach nowotworowych w 65,9% przypadków

15 Tabela 1. Zmiany wykryte w genach EGFR, PIK3CA i PTEN. Lp. Lokalizacja Zmiana nukleotydowa Efekt na poziomie białka Baza danych (symbol) * Częstość występowania [%] EGFR htz hom 1. Ekson 18 c G>A Intronowa rs Ekson 20 c.2361 G>A p.q787q rs ,6 34,8 3. Ekson 21 c.2508 C>T p.r836r rs ,1 0 PIK3CA 4. Ekson 5 c.931 A>G p.i311v Brak danych 3, Intron 5 c C>A Intronowa Rs ,3 31,5 6. Intron 6 c A>G Intronowa Rs ,5 29,6 PTEN 7. Ekson 5 c.285 A>T p.p95p Brak danych 9,5 0 * dbsnp (

16 PRZYKŁADOWE WYNIKI FISH- polisomia chromosomu 7 Kryteria amplifikacji genu EGFR: ratio liczby kopii genu EGFR oraz liczby centromerów chromosomu 7 >2 zwiększona liczba kopii genu EGFR >15 w co najmniej 10% komórek nowotworowych

17 PSEUDOMUTACJA Nieprawidłowości w eksonie 10 genu PIK3CA: c.1634 A>C Częstość występowania c.1658 G>C nieprawidłowości ~100% c.1659delt

18 PSEUDOMUTACJA Qiu W., Schönleben F., Li X., Ho D., Close L., Manolidis S., Bennett B., Su G., PIK3CA mutations in head and neck squamous cell carcinoma. Clin. Cancer Res

19 WNIOSKI: mutacje genów EGFR, PIK3CA i PTEN w nerwiaku zarodkowym są bardzo rzadko spotykane wykryto nową mutację p.i311v w eksonie 5 genu PIK3CA. potwierdzono częstość występowania polimorfizmów w grupie badanej z częstością występowania w grupie populacyjnej- rasie kaukaskiej nie stwierdzono występowania amplifikacji genu EGFR

20 Dziękuję za uwagę!