Modelowanie danych hodowlanych

Podobne dokumenty
Modelowanie danych hodowlanych

Modelowanie danych hodowlanych

Szacowanie wartości hodowlanej. Zarządzanie populacjami

Ocena wartości hodowlanej buhajów rasy simentalskiej. Sierpień

Rocz. Nauk. Zoot., T. 38, z. 2 (2011)

Postępy w realizacji polskiego programu selekcji genomowej buhajów MASinBULL Joanna Szyda

Ocena wartości hodowlanej buhajów rasy simentalskiej

Ocena wartości hodowlanej buhajów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej

Oprogramowanie dla GWAS

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

WSTĘP Oprogramowanie dla GWAS

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Ocena wartości hodowlanej buhajów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej

Ocena wartości hodowlanej. Dr Agnieszka Suchecka

Ocena wartości hodowlanej krów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej

Ocena wartości hodowlanej krów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej

Opis wykonanych badań naukowych oraz uzyskanych wyników

SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ. Ocena wartości hodowlanej bydła mlecznego wprowadzenie

PAKIETY STATYSTYCZNE

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Metody statystyczne wykorzystywane do oceny zróżnicowania kolekcji genowych roślin. Henryk Bujak

PRZYGODY DGV. historia programu selekcji genomowej w Polsce. Joanna Szyda, Andrzej Żarnecki

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Ocena wartości hodowlanej buhajów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Prawdopodobieństwo i statystyka

PAKIETY STATYSTYCZNE JOANNA SZYDA TOMASZ SUCHOCKI

CECHY ILOŚCIOWE PARAMETRY GENETYCZNE

Statystyka i eksploracja danych

Szacowanie dobowej wydajności mleka krów na podstawie porannych lub wieczornych udojów*

Autoreferat. Dr inż. Agnieszka Otwinowska-Mindur. Katedra Genetyki i Metod Doskonalenia Zwierząt Wydział Hodowli i Biologii Zwierząt

Statystyczna analiza danych

1. Symulacje komputerowe Idea symulacji Przykład. 2. Metody próbkowania Jackknife Bootstrap. 3. Łańcuchy Markova. 4. Próbkowanie Gibbsa

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD 3. Populacje i próby danych

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Stosowana Analiza Regresji

Tomasz Suchocki Kacper Żukowski, Magda Mielczarek, Joanna Szyda

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Wprowadzenie do teorii ekonometrii. Wykład 1 Warunkowa wartość oczekiwana i odwzorowanie liniowe

Zarządzanie populacjami zwierząt. Parametry genetyczne cech

Funkcje charakterystyczne zmiennych losowych, linie regresji 1-go i 2-go rodzaju

dr hab. Renata Karkowska 1

Z poprzedniego wykładu

PAKIETY STATYSTYCZNE

1. Analiza asocjacyjna. Cechy ciągłe. Cechy binarne. Analiza sprzężeń. Runs of homozygosity. Signatures of selection

PARAMETRY GENETYCZNE I WARTOŚĆ HODOWLANA OWIEC RASY MERYNOS POLSKI OSZACOWANA METODĄ BLUP-AM W ZAKRESIE WYBRANYCH CECH UŻYTKOWOŚCI REPRODUKCYJNEJ

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD 1

Elementy statystyki wielowymiarowej

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

Przekształcenia liniowe

Testowanie hipotez dla dwóch zmiennych zależnych. Moc testu. Minimalna liczność próby; Regresja prosta; Korelacja Pearsona;

Ekonometria. Wprowadzenie do modelowania ekonometrycznego Estymator KMNK. Jakub Mućk. Katedra Ekonomii Ilościowej

Definicja. Odziedziczalność. Definicja. w potocznym rozumieniu znaczy tyle co dziedziczenie. Fenotyp( P)=Genotyp(G)+Środowisko(E) V P = V G + V E

Pakiety statystyczne Wykªad 14

Komputerowa Analiza Danych Doświadczalnych

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Porównanie błędu predykcji dla różnych metod estymacji współczynników w modelu liniowym, scenariusz p bliskie lub większe od n

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD 4. Testowanie hipotez Estymacja parametrów

Ekonometria. Dobór postaci analitycznej, transformacja liniowa i estymacja modelu KMNK. Paweł Cibis 9 marca 2007

JEDNORÓWNANIOWY LINIOWY MODEL EKONOMETRYCZNY

Ocena wartości hodowlanej. Indeksy selekcyjne Krzysztof Gałązka

X Y 4,0 3,3 8,0 6,8 12,0 11,0 16,0 15,2 20,0 18,9

Statystyka opisowa. Wykład V. Regresja liniowa wieloraka

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD listopada 2009

Czasowy wymiar danych

Heteroscedastyczność. Zjawisko heteroscedastyczności Uogólniona Metoda Najmniejszych Kwadratów Stosowalna Metoda Najmniejszych Kwadratów

Tabela nr 1. Przeciętne wydajności ocenianych krów mlecznych w latach Average milk yield in recorded population during

Metody Ekonometryczne

WYKŁAD 6. Witold Bednorz, Paweł Wolff. Rachunek Prawdopodobieństwa, WNE, Uniwersytet Warszawski. 1 Instytut Matematyki

INFORMATYKA W SELEKCJI

Autor: Dariusz Piwczyński 1 Ćwiczenie: Doświadczenia 2-grupowe w układzie niezależnym i zależnym.

Stanisław Cichocki. Natalia Nehrebecka. Wykład 12

Statystyka od podstaw Janina Jóźwiak, Jarosław Podgórski

Predykcja a kozy - studium przypadku

Statystyka i Analiza Danych

SPIS TABEL. według województw i RO 21 79

3. Optymalizacja portfela inwestycyjnego Model Markowitza Model jednowskaźnikowy Sharpe a Model wyceny aktywów kapitałowych CAPM

Współzależność pomiędzy liczbą komórek somatycznych a użytkowością mleczną krów rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej

Zawansowane modele wyborów dyskretnych

Diagonalizacja macierzy i jej zastosowania

Ekonometria. Własności składnika losowego. Jakub Mućk. Katedra Ekonomii Ilościowej

Ekonometria egzamin 02/02/ W trakcie egzaminu wolno używać jedynie długopisu o innym kolorze atramentu niż czerwony oraz kalkulatora.

Statystyka matematyczna Testowanie hipotez i estymacja parametrów. Wrocław, r

według województw i RO Stan oceny wartości użytkowej krów mlecznych na 31.XII.2017 r.

SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ MAGDALENA FRĄSZCZAK

według województw i RO

Praca hodowlana. Wartość użytkowa, wartość hodowlana i selekcja bydła

Statystyczna analiza danych 1

Natalia Neherbecka. 11 czerwca 2010

Regresja liniowa w R Piotr J. Sobczyk

Prawdopodobieństwo i statystyka

Procesy stochastyczne

STATYSTYKA MATEMATYCZNA

Wykład 6 Centralne Twierdzenie Graniczne. Rozkłady wielowymiarowe

Transkrypt:

Modelowanie danych hodowlanych

1. Wykład wstępny. Algebra macierzowa 3. Wykorzystanie różnych źródeł informacji w predykcji wartości hodowlanej 4. Kowariancja genetyczna pomiędzy spokrewnionymi osobnikami 5. Best Linear Unbiased Prediction (BLUP): model jednocechowy z pojedynczym efektem losowym 6. Best Linear Unbiased Prediction (BLUP): model wielocechowy 7. Metody redukcji wymiarów modeli wielocechowych BLUP 8. Analiza danych powtarzalnych w czasie 9. Wykorzystanie markerów genetycznych w predykcji wartości hodowlanej 1. Predykcja genomowej wartości hodowlanej 11. Analiza przeżycia 1. Estymacja parametrów genetycznych 13. Rozwiązywanie układu równań liniowych 14. Spotkanie z osobą praktycznie zaangażowaną w prowadzenie rutynowej oceny wartości hodowlanej bydła 15. Podsumowanie tematyki przedmiotu. Dyskusja.

1. Dane powtarzalne w czasie. Model regresji stałej 3. Model regresji losowej Copyright 16, Joanna Szyda

Dane powtarzalne w czasie

Dane powtarzalne w czasie Próbne udoje (test day records) Rutynowa kontrola użytkowości w stadach krów mlecznych Średnio raz w miesiącu Wydajność mleka, tłuszczu, białka + SCC DIM (days in milk) Liczba dni pomiędzy początkiem laktacji, a próbnym udojem R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Dane powtarzalne w czasie Laktacja 35-cio dniowa Wydajności próbnych udojów przeliczone na standardową 35-cio dniową wydajność Wydajność krowy w laktacji wyrażona 1 liczbą Problemy w modelowaniu statystycznym Zmiany wartości efektów stałych w czasie laktacji np. stado Osobniki z niezakończonymi laktacjami Zmienne wartości parametrów genetycznych w czasie trwania laktacji R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Dane powtarzalne w czasie Liczba próbnych udojów w ciągu laktacji 5 1 st lactation nd lactation 3 rd lactation number of tests 15 1 5 5 35 65 95 15 155 185 15 45 75 35 DIM R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Dane powtarzalne w czasie Wariancja fenotypowa próbnych udojów 35 3 1 st lactation nd lactation 3 rd lactation 5 phenotypic variance 15 1 5 5 35 65 95 15 155 185 15 45 75 35 DIM R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Dane powtarzalne w czasie Odchylenie wydajności próbnego udoju osobnika od średniej dla grupy stado-dzień_testu-laktacja average deviation of milk yield [kg] 6 4 - -4 1 st lactation nd lactation 3 rd lactation -6 5 35 65 95 15 155 185 15 45 75 35 DIM R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej

Model regresji stałej Ptak and Schaeffer (1993) Modelowanie przebiegu całej laktacji Wykorzystanie informacji o kowariancji pomiędzy poszczególnymi próbnymi udojami Grupy krów = grupy efektów stałych odrębne krzywe laktacji R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej model NF y tij = htd i + φ tjk β k + u j + pe j + e tij k= y tij wydajność pr. udoju t krowy j w i-tej klasie htd htd i i-ta klasa stado-próbny_udój NF stopień wielomianu Legendra dla efektów st. β k k-ty współczynnik regresji (efekt stały) φ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra u j efekt addytywnie genetyczny osobnika j pe j efekt trwały środowiskowy osobnika j e tij błąd dla rekordu t krowy j w i-tej klasie htd R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej model y tij = htd i + NF k= φ tjk β k + u j + pe j + e tij y tij wydajność próbnego udoju t krowy j w i-tej klasie htd htd i i-ta klasa stado-próbny_udój β k współczynnik regresji (efekt stały) φ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra u j efekt addytywnie genetyczny osobnika j pe j efekt trwały środowiskowy osobnika j e ij błąd dla rekordu t krowy j w i-tej klasie htd R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej Lagendre polynomials Współczynniki wielomianu Legendra: φ t = φ t = φ DIM DIM = 1 + DIM DIM min DIM max DIM min dla k= φ t = 1 dla k=1 φ t = DIM dla k= φ t = 1 3DIM 1 dla k=3 φ t = 1 5DIM 3 3DIM dla k=4 φ t = 1 8 35DIM 4 3DIM + 3 R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej model y tij = htd i + NF k= φ tjk β k + u j + pe j + e tij y tij wydajność próbnego udoju t krowy j w i-tej klasie htd htd i i-ta klasa stado-próbny_udój β k współczynnik regresji (efekt stały) φ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra u j efekt addytywnie genetyczny osobnika j pe j efekt trwały środowiskowy osobnika j e ij błąd dla rekordu t krowy j w i-tej klasie htd R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej model Efekt trwały środowiskowy permanent environmental effect Efekt nie-genetyczny osobnika Wpływ środowiska na powtarzalne wydajności osobnika np. na poszczególne próbne udoje R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej model y tij = htd i + NF k= φ tjk β k + u j + pe j + e tij y tij wydajność próbnego udoju t krowy j w i-tej klasie htd htd i i-ta klasa stado-próbny_udój β k współczynnik regresji (efekt stały) φ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra u j efekt addytywnie genetyczny osobnika j pe j efekt trwały środowiskowy osobnika j e ij błąd dla rekordu t krowy j w i-tej klasie htd R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej struktura kowariancji var u j = Aσ u var pe j = Iσ pe var e tij = Iσ e Identyczna struktura kowariancji? Różne wymiary wektorów pe i e, różne macierze wystąpień pe liczba krów x 1 e liczba próbnych udojów x 1 R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Copyright 16, Joanna Szyda Model regresji stałej struktura kowariancji R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Wariancja próbnego udoju: σ = σ u + σ pe + σ e Korelacja pomiędzy próbnymi udojami: r = σ u +σ pe σ. r symm r r r r r V y Macierz kowariancji fenotypowych próbnych udojów pojedynczej krowy

Model regresji stałej Model y = Xb + Qu + Zpe + e MME X T R 1 X X T R 1 Q X T R 1 Z Q T R 1 X Q T R 1 Q + A 1 σ e Q T R 1 Z σ u Z T R 1 X Z T R 1 Q Z T R 1 Z + σ e σ pe b u pe = X T R 1 y Q T R 1 y Z T R 1 y R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej y = Xb + Qu + Zpe + e Xb = X 1 b 1 + X b standardowe efekty stałe np. htd współczynniki wielomianów Legendra Wymiary: X 1 = N tds x N htd X = N tds x NF R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej - dane R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej macierz wystąpień współcz. Unormowane współczynniki φ DIM X = N tds x NF dla k= φ t = 1 dla k=1 φ t = DIM dla k= φ t = 1 3DIM 1 dla k=3 φ t = 1 5DIM 3 3DIM dla k=4 φ t = 1 8 35DIM 4 3DIM + 3 1 φ 3 φ 1 5 φ 7 φ 3 9 φ 4 krowa 4; próbny udój dla DIM=4 krowa 4; próbny udój dla DIM=38 krowa 4; próbny udój dla DIM=7 R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values krowa 8; pr. udój dla DIM=4 krowa 8; pr. udój dla DIM=76 krowa 8; pr. udój dla DIM=31 Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji stałej macierz wystąpień efektu u Q = N tds x N cows Q = q 4 q 5 q 6 q 7 q 8 q i wektor 1 dla pr. udojów osobnika i R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej rozwiązania efektów stałych wydajność próbnego udoju k beta DIM DIM* standfi(k=) fi(k=1) fi(k=) fi(k=3) fi(k=4) std_fi(k=) std_fi(k=1) std_fi(k=) sdt_fi(k=3) std_fi(k=4) solution for a fixed curve 16.38 1-1.63 1-1.63 1.7971-1.1658 1.7893.7717-1.5687 1.77188 -.17499.71144 9.673985 1 -.57-1.1967 1-1.1967 1.59597-1.195 1.5563.7717-1.4884 1.67537 -.9711.557384 9.779996 -.145 3-1.1311 1-1.1311 1.396-1.7998 1.13557.7717-1.481 1.643755 -.47.478 9.8835 3.5355 4-1.656 1-1.656 1.19737-1.3967 1.66546.7717-1.378 1.61345-1.9454.6486 9.98459 4 -.4195 5-1 1-1 1-1 1.7717-1.474 1.581139-1.8783.113 1.834 6 -.99344 1 -.99344.9839 -.9698.935389.7717-1.1671 1.55136-1.7978 1.98459 1.17949 7 -.98689 1 -.98689.96914 -.96.87683.7717-1.868 1.519338-1.76 1.8514 1.7338 8 -.9833 1 -.9833.941564 -.88485.811853.7717-1.65 1.488744-1.6554 1.71 1.36494 9 -.97377 1 -.97377.9343 -.84774.75871.7717-1.196 1.458353-1.58597 1.5978 1.45419 1 -.9671 1 -.9671.935 -.8115.69576.7717-1.18459 1.48167-1.5177 1.475816 1.54118 11 -.9666 1 -.9666.88489 -.77539.64331.7717-1.17656 1.398184-1.4563 1.358348 1.6591 1 -.9541 1 -.9541.865456 -.7415.586717.7717-1.16853 1.36845-1.38469 1.44615 1.7844 13 -.94754 1 -.94754.846751 -.755.534835.7717-1.165 1.338831-1.3199 1.134557 1.78878 14 -.9498 1 -.9498.88175 -.67151.484658.7717-1.1546 1.3946-1.568 1.8115 1.86697 15 -.93443 1 -.93443.8979 -.6381.436157.7717-1.14443 1.893-1.19378.959 1.9434 16 -.9787 1 -.9787.791411 -.653.38935.7717-1.1364 1.51331-1.1341.8584 11.17 17 -.9131 1 -.9131.773 -.5739.34473.7717-1.1837 1.57-1.715.7989 11.889 18 -.91475 1 -.91475.755163 -.54148.3436.7717-1.134 1.19417-1.131.6373 11.15876 19 -.98 1 -.98.7373 -.5145.58365.7717-1.1131 1.165666 -.95497.54874 11.661 -.9164 1 -.9164.71943 -.48.17833.7717-1.148 1.137519 -.8983.4694 11.948 1 -.8958 1 -.8958.71758 -.4516.178814.7717-1.965 1.19576 -.8418.3793 11.35639 -.8885 1 -.8885.68414 -.489.14181.7717-1.88 1.81837 -.7874.9973 11.41838 3 -.88197 1 -.88197.666799 -.3918.158.7717-1.818 1.543 -.7337.3181 11.47847 4 -.87541 1 -.87541.649514 -.3644.7569.7717-1.715 1.6971 -.6816.149699 11.53669 5 -.86885 1 -.86885.63357 -.33647.37337.7717-1.641.999844 -.6948.794 11.5936 6 -.863 1 -.863.61539 -.3946.5487.7717-1.569.9791 -.57895.11639 11.6476 7 -.85574 1 -.85574.598431 -.831 -.51.7717-1.486.946 -.5946 -.535 11.739 8 -.84918 1 -.84918.581661 -.571 -.5417.7717-1.43.919687 -.481 -.11491 11.75139 9 -.846 1 -.846.565 -.3175 -.83.7717-1.3.893375 -.43356 -.1741 11.866 3 -.8367 1 -.8367.54858 -.694 -.1861.7717-1.397.86768 -.38715 -.339 11.848 31 -.8951 1 -.8951.5316 -.1867 -.13393.7717-1.1594.841365 -.34174 -.8411 11.8941 3 -.895 1 -.895.51587 -.15893 -.158.7717-1.79.815665 -.9733 -.3351 11.9383 33 -.81639 1 -.81639.499747 -.1357 -.1891.7717 -.99987.7917 -.5391 -.38376 11.9891 34 -.8984 1 -.8984.48375 -.1134 -.61.7717 -.99184.764879 -.1148 -.498 1.19 35 -.838 1 -.838.467885 -.988 -.315.7717 -.98381.739791 -.173 -.47338 1.6131 36 -.7967 1 -.7967.45147 -.694 -.457.7717 -.97578.71498 -.1955 -.51456 1.9916 37 -.7916 1 -.7916.436539 -.481 -.687.7717 -.96775.698 -.9 -.55338 1.13548 38 -.78361 1 -.78361.4159 -.75 -.788.7717 -.9597.665753 -.5145 -.58989 1.173 39 -.7775 1 -.7775.4578 -.739 -.943.7717 -.95169.641481 -.1383 -.6415 1.365 4 -.7749 1 -.7749.39486.117 -.3934.7717 -.94366.617413.856 -.656 1.3554 41 -.76393 1 -.76393.375394.3139 -.3343.7717 -.9356.59355.5861 -.6861 1.66 4 -.75738 1 -.75738.3643.49949 -.33653.7717 -.9759.56989.93446 -.71388 1.955 43 -.758 1 -.758.345595.688 -.34865.7717 -.91956.546434.17366 -.7396 1.373 44 -.7446 1 -.7446.3389.8577 -.3598.7717 -.91153.5318.16381 -.7633 1.3495 45 -.7377 1 -.7377.316313.1894 -.377.7717 -.935.5134.19497 -.7854 1.3744 46 -.73115 1 -.73115.31865.119585 -.37941.7717 -.89547.47791.373 -.8485 1.3977 47 -.7459 1 -.7459.87546.13585 -.38786.7717 -.88744.454651.5467 -.878 1.411 48 -.7183 1 -.7183.73357.151557 -.39546.7717 -.87941.4315.83537 -.83889 1.4414 49 -.71148 1 -.71148.5996.166846 -.41.7717 -.87138.49983.3114 -.8531 1.46114 5 -.749 1 -.749.45364.181676 -.4814.7717 -.86334.387955.339885 -.8658 1.4798 51 -.69836 1 -.69836.31561.19651 -.4137.7717 -.85531.366131.366779 -.87668 1.49731 5 -.6918 1 -.6918.17888.9977 -.41763.7717 -.8478.344511.3983 -.8859 1.5136 53 -.6855 1 -.6855.4343.3455 -.41.7717 -.8395.3395.41847 -.89354 1.588 54 -.67869 1 -.67869.1997.3649 -.448.7717 -.831.3188.44436 -.89961 1.5484 55 -.6713 1 -.6713.17764.4991 -.46.7717 -.8319.8874.4667 -.9415 1.55579 56 -.66557 1 -.66557.164483.6157 -.4766.7717 -.81516.67.488767 -.971 1.56765 57 -.659 1 -.659.151454.7993 -.4843.7717 -.8713.3947.5174 -.9883 1.57846 58 -.6546 1 -.6546.138554.8435 -.4854.7717 -.7991.1973.531885 -.996 1.5883 59 -.6459 1 -.6459.15783.95195 -.48.7717 -.7916.198881.5559 -.9793 1.59698 6 -.63934 1 -.63934.11314.35669 -.4685.7717 -.7833.178893.571854 -.955 1.6474 61 -.6379 1 -.6379.169.31573 -.451.7717 -.775.15918.59677 -.9178 1.61153 6 -.663 1 -.663.8845.35384 -.477.7717 -.76697.13958.68737 -.89684 1.61736 63 -.61967 1 -.61967.7599.334633 -.41988.7717 -.75894.1151.6641 -.8969 1.67 64 -.61311 1 -.61311.63865.343483 -.41644.7717 -.7591.1979.64597 -.8834 1.666 14 1 1 8 6 solution for a f 4 5 55 15 155 DIM R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej rozwiązania efektów losowych R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji stałej rozwiązania efektów losowych Dzienna wydajność tłuszczu 1.5 1..5. 5 55 15 155 5 55 35 355 -.5-1. DIM Wartość hodowlana stała w ciągu laktacji EBV = u 1 do 35-day yield -.33*35 EBV np. do dnia 1 -.33*1 R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji losowej

Model regresji stałej Schaeffer and Dekkers (1994) Modelowanie przebiegu całej laktacji Wykorzystanie informacji o kowariancji pomiędzy poszczególnymi próbnymi udojami Różne korelacje w zależności od DIM Każda krowa odrębna krzywa laktacji R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej model NF NR NP y tij = htd i + φ tjk β k + ω tjk u jk + ρ tjk pe jk + e tij k= k= k= y tij wydajność próbnego udoju t krowy j w i-tej klasie htd htd i i-ta klasa stado-próbny_udój β k k-ty współczynnik regresji (efekt stały) φ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra dla efektów stałych dla krowy j NF stopień wielomianu Legendra dla efektów stałych e tij błąd dla rekordu t krowy j w i-tej klasie htd R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji losowej model NF NR NP y tij = htd i + φ tjk β k + ω tjk u jk + ρ tjk pe jk + e tij k= k= k= u jk k-ty współczynnik regresji efektu addytywnie poligenicznego dla krowy j (efekt losowy) ω tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra dla efektu addytywnie poligenicznego krowy j NR stopień wielomianu Legendra dla efektu addytywnie poligenicznego var u = A G A = N cows N cows G = NR NR R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Model regresji losowej model NF NR NP y tij = htd i + φ tjk β k + ω tjk u jk + ρ tjk pe jk + e tij k= k= k= pe jk k-ty współczynnik regresji efektu trwałego środowiskowego dla krowy j (efekt losowy) ρ tjk k-ty współczynnik wielomianu Legendra dla efektu trwałego środowiskowego krowy j NP stopień wielomianu Legendra dla efektu trwałego środowiskowego var pe = I P I = N cows N cows P = NP NP R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 17, Joanna Szyda

Copyright 16, Joanna Szyda Model regresji losowej struktura kowariancji R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Wariancja próbnego udoju: σ i = σ ui + σ pei + σ ei Korelacja pomiędzy próbnymi udojami: r = σ u +σ pe σ i σ j Macierz kowariancji fenotypowych próbnych udojów pojedynczej krowy 1 1 1 3 3 1 1 3 1 13 1 1 1,. n n n n n n n n n n y r symm r r r r r V

Model regresji losowej Model y = Xb + Qu + Zpe + e MME X T R 1 X X T R 1 Q X T R 1 Z Q T R 1 X Q T R 1 Q + A 1 G 1 Q T R 1 Z Z T R 1 X Z T R 1 Q Z T Z + A P 1 b u pe = X T R 1 y Q T R 1 y Z T R 1 y R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej dane R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej macierz wystąpień współcz. Unormowane współczynniki φ DIM X = N tds x NF dla k= φ t = 1 dla k=1 φ t = DIM dla k= φ t = 1 3DIM 1 dla k=3 φ t = 1 5DIM 3 3DIM dla k=4 φ t = 1 8 35DIM 4 3DIM + 3 1 φ 3 φ 1 5 φ 7 φ 3 9 φ 4 krowa 4; próbny udój dla DIM=4 krowa 4; próbny udój dla DIM=38 krowa 4; próbny udój dla DIM=7 R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values krowa 8; pr. udój dla DIM=4 krowa 8; pr. udój dla DIM=76 krowa 8; pr. udój dla DIM=31 Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej macierz wystąpień efektu u Q = N tds x NR N cows Q = Q 4 Q 5 Q 6 Q 7 Q 8 np. Q 6 = R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Unormowane współczynniki ω DIM NR=3 1 ω 3 ω 1 5 ω.717 1.47 1.5811.717.955.6441.717.684.586.717.48.571.717.1361.7613 krowa 6; próbny udój dla DIM=4 krowa 6; próbny udój dla DIM=38 krowa 6; próbny udój dla DIM=7 krowa 6; próbny udój dla DIM=16 krowa 6; próbny udój dla DIM=14 Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej rozwiązania efektów stałych NF NR NP y tij = htd i + φ tjk β k + ω tjk u jk + ρ tjk pe jk + e tij k= k= k= R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej rozwiązania ef. losowych NF NR NP y tij = htd i + φ tjk β k + ω tjk u jk + ρ tjk pe jk + e tij k= k= k= 35 ω i=1 35 ω 1 i=1 35ω u jk i=1 u jk u jk 35 ρ i=1 35 ρ 1 i=1 35ρ pe jk i=1 pe jk pe jk R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej rozwiązania ef. losowych wydajność próbnego udoju.3.5..15.1.5 -.5 -.1 -.15 solution for a random additive genetic curve cow 1 cow cow 3 5 55 15 155 5 55 35 355 DIM R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej ocena rutynowa CAN R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej ocena rutynowa DEU R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

Model regresji losowej ocena rutynowa POL R.A. Mrode 5 Linear Models for the Prediction of Animal Breeding Values Copyright 16, Joanna Szyda

1. Dane powtarzalne w czasie. Model regresji stałej 3. Model regresji losowej