Tomasz Suchocki Kacper Żukowski, Magda Mielczarek, Joanna Szyda

Transkrypt

1 Tomasz Suchocki Kacper Żukowski, Magda Mielczarek, Joanna Szyda Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Pracownia Biostatystyki Instytut Zootechniki Państwowy Instytut Badawczy

2 2

3 > osobników w bazie danych (80% buhaje, 20% krowy) 65% osobników z EuroGenomics > osobników zgenotypowanych mikromacierzą LD z EG Rutynowa imputacja genotypów Findhap 3

4 Łatwy, szybki eksport/import danych dla populacji referencyjnej Łatwy, szybki eksport/import danych dla młodych osobników Rutynowy backup Automatyczna imputacja: wszystkie chipy 50K Statystyki podsumowujące jakość genotypowania i imputacji Weryfikacja pochodzenia SNP + standardy ICAR Weryfikacja heterozygotyczności SNP na chromosomie X Porównywanie genotypów 4

5 Krótkoterminowe Ocena co miesiąc genotypowanie, baza danych, analiza wyników Lepsze wykorzystanie informacji rodowodowych Większe zautomatyzowanie Długoterminowe Lepsze wykorzystanie danych z sekwencji całych genomów Lepsze wykorzystanie nowych mikromacierzy Zakup i rozbudowa serwerów Nowe funkcjonalności bazy (np. generowanie rodowodów) 5

6 6

7 Ocena rutynowa 3 razy w roku Przygotowanie i weryfikacja danych Obliczanie efektów SNP Obliczanie DGV, GEBV, dokładności Przygotowanie danych do Interbull Przygotowanie plików wynikowych dla hodowców Oceny dodatkowe dla młodych osobników na życzenie rutynowo co miesiąc??? Przygotowanie i weryfikacja danych Obliczanie efektów SNP Obliczanie DGV, GEBV, dokładności Przygotowanie danych do Interbull Przygotowanie plików wynikowych dla hodowców 7

8 Modyfikacje modelu oceny Walidacja Interbull Selekcja genomowa dla nowych cech Badania naukowe 8

9 2014 dostęp do genotypów populacji referencyjnej EG 2015 nowy wybór SNP (54v1 54v2) deregresja EBV w oparciu o MACE (cechy z Interbull) zmodyfikowany model obliczenia efektów SNP (efekt addytywnie poligenicznego resztkowy ) obliczenie PI + dokładności na podstawie rodowodów Interbull i EBV z MACE (cechy Interbull) obliczenie dokładności DGV (jednakowa dla wszystkich buhajów) próbne GMACE 2016 test GEBV rutynowa ocena na bazie populacji EG 9

10 y=µ+z1q+e y debv µ - średnia ogólna q efekt SNP e błąd 10

11 y=µ+z1q+z2a+e y debv µ - średnia ogólna q efekt SNP a efekt addytywnie poligeniczny e błąd 11

12 y=xb+zd+e y debv b efekty stałe d DGV e błąd X Z T T R R 1 1 X X Z T R X 1 T Z R 1 Z Q 1 ˆ 2 g b d X Z T T R R 1 1 y y Indywidualna dokładność dla każdego osobnika 12

13 y=b 0 +b 1 d+e y debv b 0 wyraz wolny b 1 współczynnik regresji d DGV e błąd R 2 dokładność DGV Jednakowa dokładność dla każdego osobnika 13

14 Interbull working group Genomic Reliability Dokładność DGV porównywalna pomiędzy krajami Dokładność DGV porównywalna z dokładnością EBV Oprogramowanie snp_blup_rel (LUKE Finlandia) Test programu marzec-kwiecień 2017 Implementacja na serwerze IZ Program nie uwzględnia braków w genotypach Kontakt / modyfikacja E. Mantysaari 14

15 15

16 16

17 ANG BDE CWI FAN FTL FTP FUA OCS OFL OUS RAN RLR RLS RTP RUH RWI SIZ STA TYP UDE USU UWI DLO CC1 CRC HCO INT FAT MIL PRO SCS korelacja

18

19 19

20 Dane ZuchtData (Austria) Braunvieh (985) i Fleckvieh (1850) genotypy GeneSeek Genomic ProfilerTM HD Obliczanie komponentów wariancji Obliczanie efektów addytywnych, dominacyjnych i epistatycznych SNP 20

21 Resilience sprężystość Zespół cech określających produktywność krów w różnych warunkach środowiskowych i stanie fizjologicznym Wniosek o finansowanie projektu EU BREAVE 21

22 Współpraca z VIT i Uniwersytetem w Getyndze Porównanie zmienności genetycznej SNP pomiędzy polską, a niemiecką populacją HF Estymacja (ko)wariancji addytywnie poligenicznej dla cech produkcyjnych i SCS Projekt pilotażowy do wdrożenia SNP-MACE w Interbull 22

23 Efekt SNP Projekty finansowanie przez EU Sekwencje całych genomów różnych ras UP Wrocław członek konsorcjum Bull Genomes System oprogramowania od surowych sekwencji do SNP Analiza jakości wykrywania SNP B. Guldbrandsen Imputacja chip sekwencja J. Hickey Efekty SNP na chromosomie 8 dla podatności na mastitis sekwencje genomów 32 krów HF Nr SNP

24 Projekt ReDIVERSE finansowanie przez EU Bioróżnorodność wewnątrz i pomiędzy europejskimi rasami bydła czerwonego - konserwacja poprzez wykorzystanie 13 partnerów Badania w latach

25 25