PRZYGODY DGV. historia programu selekcji genomowej w Polsce. Joanna Szyda, Andrzej Żarnecki

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "PRZYGODY DGV. historia programu selekcji genomowej w Polsce. Joanna Szyda, Andrzej Żarnecki"

Roman Popławski
8 lat temu
Przeglądów:

1 PRZYGODY DGV historia programu selekcji genomowej w Polsce Joanna Szyda, Andrzej Żarnecki

2 Co to DGV?

3 DGV Direct Genomic Value bezpośrednia genomowa wartość hodowlana suma addytywnych efektów markerów SNP

4 DGV suma addytywnych efektów markerów SNP informacja dostępna dla młodych osobników możliwość bardzo wczesnej selekcji

5 Historia programu selekcji genomowej w Polsce 1. Historia 2. Dane 3. Co poza DGV? 4. Polski program selekcji genomowej na arenie międzynarodowej 5. Badania naukowe

6 Historia

7 Historia (MASinBULL) 2008 SHiUZ BYDGOSZCZ finansowanie UWM OLSZTYN dane genotypowe UP WROCŁAW obliczenia IZ BALICE dane z oceny konwencjonalnej

8 Historia (MASinBULL) 2011 SHIUZ BYDGOSZCZ finansowanie UWM OLSZTYN dane genotypowe UP WROCŁAW obliczenia IZ BALICE MCB KRASNE finansowanie dane z oceny konwencjonalnej

9 Historia (Genomika Polska) 2013

10 Dane

11 Dane markery Illumina Bovine50K SNP chip: SNP v SNP v 2 Edycja genotypów: call rate 90% MAF SNP

12 Dane osobniki rasa Polska holsztyńsko-fryzyjska: czarno-, czerwono-biała i zgenotypowanych osobników w grupie referencyjnej

13 Dane osobniki grupa referencyjna genotypy SNP konwencjonalne wartości hodowlane (EBV) ocena efektów poszczególnych SNP

14 # buhajów Dane osobniki grupa referencyjna Genotypowanie ocenionych buhajów buhaje z wymiany międzynarodowej: Czechy buhaje Euro Genomicsh Irlandia Szwajcaria ocenionych / / / / / / /

Genomicsh Irlandia Szwajcaria ocenionych 2085 2225 2269 2312 2508 2761 16

15 Dane osobniki grupa referencyjna obliczanie efektów SNP y Zq e y q Z konwencjonalne wartości hodowlane (EBV) efekty SNP ~ N 0, I macierz wystąpień z ij N 2 a SNP 1,0,1 e błąd 2 ~ N 0, D e

16 Dane osobniki grupa testowa genotypy SNP konwencjonalne wartości hodowlane (EBV) predykcja DGV na podstawie efektów SNP DGV i Z i qˆ i

17 cechy oceniane rutynowo u bydła w Polsce cechy o złożonym modelu dziedziczenia: poligeny + geny główne Dane cechy produkcyjne: 3 h zdrowotność wymienia: 1 h typ i budowa: 21 h 2 [0.10, 0.54] płodność: 4 h długowieczność

produkcyjne: 3 h 2 0.30 zdrowotność wymienia: 1 h 2 0.

18 Dane GEBV podstawowe kryterium selekcji Genomic Enhanced Breeding Value = GEBV genomowa wartość hodowlana GEBV r r DGV PI DGV DGV, PI r r DGV PI DGV, PI r r PI 1

19 DGV i co dalej?

20 Imputacja Illumina Bovine50K chip ~ SNP findhap VanRaden et al Bovine3K chip ~ SNP Bovine LD chip ~ SNP

21 # buhajów MACE EBV Multiple Accros-Country Evaluation = MACE wykorzystanie jako (y) wartości hodowlanych Interbull zwiększenie liczebności grupy referencyjnej wszystkie buhaje z wymiany międzynarodowej buhaje Euro Genomics krajowe Interbull

22 dokładność MACE EBV zwiększenie dokładności predykcji DGV krajowe Interbull

23 pierwsza walidacja sierpień 2010 Walidacja Interbull Sprawdzenie zdolności predykcyjnej modelu

24 ostatnia walidacja lipiec 2013 Walidacja Interbull

25 Interbull (testowe) GMACE Genomic Multiple-Trait Across Country Evaluation = GMACE GEBV buhajów ocenionych w Polsce ~ N 0, A G A macierz spokrewnień G macierz korelacji między krajami GEBV wszystkich ocenionych buhajów w skali krajowej

26 Baza danych dane z oceny genomowej SNP DGV GEBV dane z oceny konwencjonalnej pochodzenie PI EBV

27 Polski program oceny genomowej na arenie międzynarodowej

1. Australia (13 020) 2. Belgia (1 350) 3. Kanada (?) Selekcja genomowa na świecie grupa referencyjna 4. kraje skandynawskie (28 550) 5. Francja (32 723) 6. Niemcy + Austria (19 377) 7.

28 1. Australia (13 020) 2. Belgia (1 350) 3. Kanada (?) Selekcja genomowa na świecie grupa referencyjna 4. kraje skandynawskie (28 550) 5. Francja (32 723) 6. Niemcy + Austria (19 377) 7. Wielka Brytania (?) 8. Irlandia (5 095) 9. Włochy (?) 10. Nowa Zelandia (4 907) 11. Polska (2 127 / 2 761) 12. Słowienia (0) 13. Hiszpania (14 494) 14. Szwajcaria (?) 15. USA (20 819) 16. Holandia stan na 2010, rasa HF, cechy produkcyjne

29 Selekcja genomowa na świecie - rasy 1. Holsztyńsko-Fryzyjska 14/15 2. Holsztyńsko-Fryzyjska czerwona 1/15 3. Jersey 5/15 4. Brown swiss 6/15 5. Red 2/15 6. Montbéliarde 1/15 7. Normande 1/15 8. Simmental 2/15

30 Selekcja genomowa na świecie - cechy 1. Produkcja 15/15 2. Pokrój i typ 7/15 3. Zdrowotność wymienia 6/15 4. Długowieczność 4/15 5. Płodność 3/15 6. Workability 1/15

31 Selekcja genomowa na świecie Euro Genomics Warszawa, październik 2012 kraje skandynawskie, Francja, Niemcy + Austria, Polska, Hiszpania, Holandia łączenie zbiorów referencyjnych zwiększona dokładność DGV wspólne badania naukowe

32 Badania naukowe

33 Sieci genów efekty SNP lokalizacja w genomie + LD (r 2 ) efekty genów P wartość < 0.20 C14H8orf33 AGO2 RHPN1 GML EBS1 MAF1 MAPK15 DGAT1 LY6D

34 Sieci genów Bisogenet, Martin et al BMC Bioinformatics informacja funkcjonalna 326 ścieżki KEGG GO terms Kobas, Xie et al Nucleid Acids Research Bisogenet, Martin et al BMC Bioinformatics

35 Rzadkie warianty polimorfizmów Średnie dokładność GEBV dla grupy testowej call rate > 0.95 MAF > 0.1 call rate > 0.95

36 Rzadkie warianty polimorfizmów Estymatory efektów SNP dla wydajności tłuszczu Call rate > 0.95 Call rate > 0.95 & MAF > 0.1

37 M2: model z pojedynczym SNP + efektem poligenicznym M3: nieparametryczny CAR score M4: model selekcji genomicznej SNP o znaczącym efektach dla wydajności mleka GWAS

38 LD Porównanie populacji HF GER POL distance between SNP [Mbp] w. mleka r=0.15 w. tłuszczu r=0.19 w. białka r=0.19

39 Dziękuję za uwagę... Tadeusz Opiłowski

40 Polski program selekcji genomowej

Podobne dokumenty

Postępy w realizacji polskiego programu selekcji genomowej buhajów MASinBULL Joanna Szyda

Postępy w realizacji polskiego programu selekcji genomowej buhajów MASinBULL Joanna Szyda Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Katedra Genetyki, Pracownia Biostatystyki 1. MASinBULL 2. Metody oceny genomowej