Drożdżowe systemy ekspresyjne
|
|
- Edyta Marczak
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Drożdże
2 Drożdżowe systemy ekspresyjne Zalety: możliwość uzyskania dużej biomasy modyfikacje postranslacyjne eksprymowanych białek transport eksprymowanych białek do pożywki
3 Duża biomasa W przypadku hodowli bakterii E. coli stosując omawiane uprzednio systemy ekspresji genów (np. system pet) jesteśmy w stanie uzyskać około 5 g mokrej biomasy z litra hodowli W przypadku hodowli drożdży Saccharomyces cerevisiae stosując zaprojektowane dla nich systemy ekspresji genów istnieje możliwość uzyskania od 100 do 200 g biomasy z litra hodowli
4 Modyfikacje postranslacyjne białek u drożdży Fosforylacja kowalencyjne ufosforylowanie grup -OH, zazwyczaj do reszt seryny, tyrozyny, treoniny lub histydyny Acetylacja dołączenie grupy acylowej, zazwyczaj na N-końcu sekwencji aminokwasowej białka Alkilacja - dołączenie grupy alkilowej (np. metylowej lub etylowej) Izopropenylacja - dołączenie grupy izoprenoidowej (np. farnesol i geranylgeraniol) Glikozylacja - dołączenie reszty cukrowej do reszt kw. asparaginowego, hydroksylizyny, seryny lub treoniny wynikiem czego jest powstanie glikoproteiny Ubikwitynacja kowalencyjne dołączenie ubikwityny do docelowego białka
5 Saccharomyces cerevisiae
6 Saccharomyces cerevisiae GRAS (Generally Regarded As Safe) Możliwość modyfikacji posttranslacyjnych Organizm dobrze poznany
7 Saccharomyces cerevisiae - wady Brak stabilności szczepów transformowanych Hiperglikozylacja może zablokować interakcje z przeciwciałami rozwiązanie użycie mutantów (mnn1, mnn9) lub wyeliminowanie potencjalnych miejsc glikozylacji
8 Plazmidowe wektory wahadłowe Zawierają dwa ori replikacji: prokariotyczne i eukariotyczne Zawierają niezależne lub uniwersalne markery selekcyjne przeznaczone do selekcji i utrzymania plazmidów w komórkach bakterii jak i/ lub drożdży
9 Promotor GAL1 Represja promotora w obecności glukozy Indukcja promotora w obecności galaktozy (podniesienie poziomu transkrypcji ponad 5000 razy) Możliwość wstępnej hodowli na rafinozie
10 YES Vector Collection YES Vector Collection - zestaw wektorów plazmidowych przeznaczonych do ekspresji białek heterogenicznych w drożdżach Saccharomyces cerevisiae, należą do nich wektory serii: pyes i pyc Wszystkie wektory plazmidowe z YES Vector Collection są wektorami wahadłowymi E. coli/ Saccharomyces cerevisiae (konstrukcja plazmidów rekombinantowych opartych o wektory plazmidowe z YES Vector Collection odbywa się w E. coli, natomiast ekspresja klonowanych genów w Saccharomyces cerevisiae)
11 Wektory plazmidowe serii pyes Wektor pyes2
12 Wektory plazmidowe serii pyes ori puc1 ori puc1 zapewnia wysokokopijność plazmidów rekombinowanych pyes2 w komórkach E. coli (~400 kopii na komórkę) Prokariotyczne ori replikacji
13 Wektory plazmidowe serii pyes gen bla gen bla zapewnia komórkom E. coli niosącym plazmidy pyes2 oporność na ampicylinę Prokariotyczny marker selekcyjny
14 Wektory plazmidowe serii pyes 2m origin 2m origin umożliwia replikację plazmidów rekombinowanych pyes2 w komórkach drożdży (od 10 do 40 kopii na komórkę) Eukariotyczne ori replikacji
15 Wektory plazmidowe serii pyes gen ura3 eukariotyczny marker selekcyjny gen ura3 zapewnia komórkom auksotroficznych drożdży S. cerevisiae niosącym plazmidy pyes2, nie produkującym endogennie uracylu wzrost na pożywkach bez tego nukleotydu
16 Wektory plazmidowe serii pyes Promotor GAL1 promotor GAL1 pozwala na wydajną ekspresję genów wklonowanych do wektora pyes2
17 Wektory plazmidowe serii pyes Ekspresja genów spod promotora GAL1 może być regulowana na dwa sposoby Ekspresja spod promotora GAL1 wariant 1 Represor glukoza obecna w pożywce Induktor galaktoza obecna w pożywce pod warunkiem nieobecności w niej glukozy
18 Wektory plazmidowe serii pyes Ekspresja spod promotora GAL1 wariant 2 Represor brak, w miejsce glukozy obecna jest w pożywce rafinoza Induktor galaktoza obecna w pożywce niezależnie od obecności w niej rafinozy
19 Wektory plazmidowe serii pyes Promotor GAL1 Wariant 1 konieczność usunięcia glukozy z pożywki przed dodaniem galaktozy, najczęściej odbywa się przez odwirowanie drożdży z pożywki z glukozą i przeniesienie ich na pożywkę z galaktozą Wariant 2 - (rafinoza-galaktoza) ekspresja białka spod promotora GAL1 odbywa się znacznie szybciej niż w wariancie 1 (glukozagalaktoza)
20 Wektory plazmidowe serii pyes Terminator CYC1 Terminator CYC1 pozwala na efektywną terminację transkrypcji zachodzącej spod promotora GAL1 Terminator CYC1 zapewnia powstawanie stabilnego transkryptu mrna w komórkach drożdży S. cerevisiae
21 Wektory plazmidowe serii pyes Promotor T7 Obecny w wektorach plazmiadowych serii pyes i pyc promotor T7 nie jest wykorzystywany do ekspresjii genów wklonowanych w MCS, promotor ten pozwala na transkrypcję in vitro w obrębie MCS
22 Wektory plazmidowe serii pyes f1 origin f1 origin pozwala na uzyskanie jednoniciowego DNA plazmidu pyes2
23 Wektory serii pyes Wektory tej serii analogicznie jak wektory serii pet mogą sekwencje kodujące domeny fuzyjne np. His-tag, mające na celu np. ułatwienie oczyszczania powstałych białek fuzyjnych i/lub możliwość detekcji ich produkcji z wykorzystaniem przeciwciał
24 Wektory serii pyes
25 Szczep gospodarza dla wektorów serii pyes (pyc) Szczepem wykorzystywanym do ekspresji białek spod promotora GAL1 jest auksotroficzny szczep drożdży Saccharomyces cerevisiae INVSc1 Genotyp: his3 1/his3 1 leu2/leu2 trp1-289/trp1-289 ura3-52/ura3-52 Fenotyp: His-, Leu-, Trp-, Ura- Wektor plazmidowy pyes3/ct zawiera sekwencję kodującą marker selekcyjny gen TRP1
26 Inne drożdżowe szczepy gospodarzy dla wektorów serii pyes (pyc) Zastosowanie wektorów plazmidowych takich jak: pyes6/ct i pyc6/ct niosących uniwersalny marker selekcyjny: gen oporności na antybiotyk blastycydynę daje możliwość użycia nieauksotroficznych szczepów drożdży S. cerevisiae - Blastycydyna jest toksyczna zarówno dla komórek drożdży S. cerevisiae jak i bakterii E. coli
27 Wektory serii pyc Wektory plazmidowe serii pyc różnią się od wektorów plazmidowych serii pyes odmiennym eukariotycznym drożdżowym ori replikacji W miejsce ori 2m (pyes) występuje hybrydowe ori replikacji CEN6/ARSH4
28 Wektory serii pyc ori replikacji CEN6/ARSH4 ori replikacji CEN6/ARSH4 zapewnia plazmidom pyc niskokopijność (1-2 kopii plazmidu na komórkę drożdży) Plazmidy te wykorzystywne są do ekspresji genówkodujących białka toksyczne dla komórek drożdży S. cerevisiae
29 Podsumowanie Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Saccharomyces cerevisiae opiera się o wahadłowe wektory plazmidowe Szczepy Saccharomyces cerevisiae wykorzystywane w znanych drożdżowych systemach drożdżowych są mutantami auksotrofowymi Najczęściej wykorzystywanym promotorem drożdżowym jest promotor GAL1 podlegający ścisłej regulacji ekspresji: induktor/represor
30 Kluyvyromyces lactis
31 Kluyvyromyces lactis - Novagen Wysoki poziom ekspresji Możliwość zakupu gotowych kompetentnych komórek K. lactis Proste protokoły (dla osób bez doświadczenia w pracy z drożdżami) Możliwość wykorzystania systemów dla celów komercyjnych (system sublicencjonowania) Możliwość produkcji białek na zewnątrz lub wewnątrz komórek
32 Kluvyromyces lactis - Novagen Ekspresja w drożdżach zachodzi spod silnego promotora LAC4, który NIE umożliwia ekspresji w E. coli (geny kodujące białka toksyczne dla E. coli mogą być klonowane do plazmidu pklac1 w bakteriach przed ich ekspresją w systemach drożdżowych) Białka produkowane w K. lactis ulegają modyfikacjom (glikozylacja) Selekcja odbywa się bez użycia antybiotyków acetamidaza (amds) z pklac1 pozwala transformowanym komórkom na użycie acetamidu, jako źródła azotu
33 Kluyvyromyces lactis wektor pklac1 5 i 3 koniec promotora LAC4 (PLAC4-PBI) rozdzielony DNA kodującym β-lakatmazę (ApR) pmb1 origin (ori) zapewniające replikację w E. coli K. lactis α-mf (kodujący peptyd sygnalny) Multiple cloning site (MCS) miejsce wielokrotnego klonowania LAC4 terminator transkrypcji (TT) położony bezpośrednio za 3 PLAC4-PBI Drożdżowy promotor ADH2 (PADH2) zapewniający ekspresję genu acetamidazy (amds) 5 i 3 koniec promotora LAC4 (PLAC4-PBI) rozdzielony DNA kodującym β-lakatmazę (ApR) Linearyzacja wektora enzymem SacII lub BstXI umożliwia insercję klonowanego DNA pod natywny promotor LAC4 w genomie K. lactis
34 Kluyvyromyces lactis New England Biolabs Ekspresja z wektora zawierającego gen kodujący białko fuzyjne (białko klonowane kolor czarny i α-mf domenę niebieski). Peptyd sygnalny α-mf kieruje białko do retikulum endoplazmatycznego, a następnie jest usuwany przez peptydazę sygnalną (SP). Białko jest transportowane do aparatu Golgi gdzie proteaza Kex usuwa domenę α-mf. Białko ulega sekrecji.
35 Kluyvyromyces lactis - Novagen SDS-polyacrylamide gel electrophoresis separation of secreted recombinant maltose binding protein (MBP) and detection by Coomassie staining. Lane 1: Protein Molecular Weight Markers. Lane 2: spent culture medium (15 µl) from wild-type K. lactis cells. Lane 3: spent culture medium (15 µl) from K. lactis cells harboring an integrated expression cassette containing the E. coli male gene.
Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris
Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris Drożdże Pichia pastoris należą do drożdży metanolotroficznych tj. zdolnych do wykorzystywania
Bardziej szczegółowoEkspresja białek w komórkach ssaczych
Ekspresja białek w komórkach ssaczych Ekspresja białek w komórkach ssaczych Używane powszechnie w laboratoriach ssacze linie komórkowe są zmodyfikowane w celu pełnienia roli gospodarza ekspresji białek
Bardziej szczegółowoEscherichia coli. System pbad
Escherichia coli System pbad System pbad System pbad został skonstruowany w oparciu o elementy regulacji transkrypcji operonu arabinozowego E. coli Elementy regulacji transkrypcji operonu arabinozowego
Bardziej szczegółowoWybór systemu ekspresyjnego
Wybór systemu ekspresyjnego Bakterie Escherichia coli Zalety: wysoki poziom ekspresji (do 500 mg/l hodowli) dobrze poznany system proste technologie niskie koszty Wady: brak modyfikacji potranslacyjnych
Bardziej szczegółowoRegulacja ekspresji operonu ksylozowego
Bacillus spp. Bacillus spp. A - komórka Bacillus megaterium pod mikroskopem B zdjęcie komórek B.megaterium rosnących w postaci długich łańcuszków. Mikroskopia skaningowa. (Visuals Unlimited) C kolonie
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoPL B1. POLITECHNIKA GDAŃSKA, Gdańsk, PL BUP 22/06. JÓZEF KUR, Wejherowo, PL MARTA WANARSKA, Lębork, PL
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 209469 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 374767 (22) Data zgłoszenia: 29.04.2005 (51) Int.Cl. C07H 21/04 (2006.01)
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna z genetyką
Biologia molekularna z genetyką P. Golik i M. Koper Konwersatorium 3: Analiza genetyczna eukariontów Saccharomyces cerevisiae Makrokierunek: Bioinformatyka i Biologia Systemów; 2016 Opracowano na podstawie
Bardziej szczegółowoSaccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna.
Saccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna. wersja 0916 6 x 20 transformacji Nr kat. 4010-120 Zestaw zawiera
Bardziej szczegółowoKonstrukcja wektora plazmidowego DNA do klonowania genów i/lub wektora plazmidowego do sekrecji w bakteriach mlekowych
Konstrukcja wektora plazmidowego DNA do klonowania genów i/lub wektora plazmidowego do sekrecji w bakteriach mlekowych Łukasz Tranda Promotor: doc. dr hab. Jacek Bardowski, IBB Promotor: dr hab. Edward
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Kit
E.coli Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli. Metoda chemiczna. wersja 1117 6 x 40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników
Bardziej szczegółowoDr hab. Anna Bębenek Warszawa,
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, 14.01. 2018 Instytut Biochemii i Biofizyki PAN Ul. Pawińskiego 5a 02-106 Warszawa Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Płachty Pod Tytułem Regulacja funkcjonowania
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów. Ekspresja białek w komórkach owadzich
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja białek w komórkach owadzich Ekspresja białek w komórkach owadzich Spodoptera frugiperda dawca komórek z których wyprowadzono linie komórkowe Sf9 i Sf21 wykorzystywane
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli
E.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli Wersja 0211 6x40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników do przygotowania sześciu
Bardziej szczegółowoOlimpiada Biologiczna
Olimpiada Biologiczna Informator narzędzia bioinformatyczne Katarzyna Grudziąż, Takao Ishikawa Warszawa, luty 2019 r. Bioinformatyka to dziedzina nauki łącząca w sobie wiedzę z dziedziny biologii z wykorzystaniem
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Saccharomyces carlsbergensis Nowe szczepy w browarnictwie 4 Drożdże transgeniczne Saccharomyces carlsbergensis 5 6 Wśród wielu etapów produkcji piwa, proces pierwotnej i wtórnej fermentacji stwarza
Bardziej szczegółowoDefinicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)
Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna
Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoScreening, klonowanie, ekspresja i oczyszczanie białek
Screening, klonowanie, ekspresja i oczyszczanie białek Kiedy gen jest znany Dostępna sekwencja DNA sekwencjonowanie genomu, biblioteki Dostępna sekwencja białka sekwencjonowanie białka Techniki pozyskania
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoThe Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
Bardziej szczegółowoIzolacja i oczyszczanie białek
Izolacja i oczyszczanie białek Cel, w jakim ma być wykorzystane białko, determinuje dobór materiału biologicznego, z którego jest ono izolowane oraz metody jego oczyszczania. Zależą one od tego, czy otrzymywane
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji http://wiki.biol.uw.edu.pl/ Co to są drożdże? Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów Jednokomórkowe
Bardziej szczegółowoZasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny
Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny Zadanie 1 1 pkt. za prawidłowe podanie typów dla obydwu zwierząt oznaczonych literami A oraz B. A. ramienionogi, B. mięczaki A.
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 2
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 2 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoMaking the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad Takao Ishikawa Faculty of Biology, University of Warsaw, Poland Performance of Polish students at IBO Gold Silver Bronze Merit
Bardziej szczegółowoWYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka
Bardziej szczegółowoAdam Dawidowski Klasa III b. mgr Beata Ulczyńska
Adam Dawidowski Klasa III b (autor) mgr Beata Ulczyńska (opiekun) BADANIE WPŁYWU GENU orf654 Z OPERONU mboii NA ZJAWISKO PRZESUNIĘCIA RAMKI ODCZYTU TRANSLACJI -1 W ZMUTOWANYM GENIE mboiim2δ I Akademickie
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?
Bardziej szczegółowoProkariotyczne systemy ekspresyjne Prokaryotic expression systems
Postepy Hig Med Dosw (online), 2013; 67: 119-129 e-issn 1732-2693 www.phmd.pl Review Received: 2012.06.23 Accepted: 2013.01.04 Published: 2013.03.01 Prokariotyczne systemy ekspresyjne Prokaryotic expression
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoprof. dr hab. Dariusz Bartosik Zakład Genetyki Bakterii Instytut Mikrobiologii Uniwersytet Warszawski ul. Miecznikowa Warszawa
prof. dr hab. Dariusz Bartosik Zakład Genetyki Bakterii Instytut Mikrobiologii Uniwersytet Warszawski ul. Miecznikowa 1 02-096 Warszawa Warszawa, 27.11.2016 Recenzja rozprawy doktorskiej mgr. Piotra Kopera
Bardziej szczegółowoWYKŁAD: Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Klasyczny przepływ informacji. Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach
WYKŁAD: Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach Prof. hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Białka Retrowirusy Białka Klasyczny
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Ekspresja genów jest regulowana
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 1
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 1 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoSPIS TREŚCI WYKAZ SKRÓTÓW WSTĘP... 15
SPIS TREŚCI WYKAZ SKRÓTÓW... 11 WSTĘP... 15 CZĘŚĆ I. BIOPROCESY W PRODUKCJI BIOFARMACEUTYKÓW I BIOKOSMECEUTYKÓW: SYSTEMY BIOLOGICZNE I WYBRANE PROCESY UPSTREAM... 17 1. TECHNOLOGICZNE PODSTAWY HODOWLI
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Bardziej szczegółowoPytania Egzamin magisterski
Pytania Egzamin magisterski Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Krótko omów jakie informacje powinny być zawarte w typowych rozdziałach publikacji naukowej: Wstęp, Materiały i Metody,
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji } http://wiki.biol.uw.edu.pl/ 2 Co to są drożdże? } Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów } Jednokomórkowe
Bardziej szczegółowobiałka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne http://www.umass.edu/molvis/bme3d/materials/jtat_080510/exploringdna/ch_flex/chapter.htm czynniki transkrypcyjne (aktywatory/represory)
Bardziej szczegółowoTranslacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Bardziej szczegółowoMapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej
Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Czy priony zawsze są szkodliwe? SPIS TREŚCI: Wprowadzenie. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. Karty pracy. 1.
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowoNośnikiem informacji genetycznej są bardzo długie cząsteczki DNA, w których jest ona zakodowana w liniowej sekwencji nukleotydów A, T, G i C
MATERIAŁ GENETYCZNY KOMÓRKI BIOSYNTEZA BIAŁEK MATERIAŁ GENETYCZNY KOMÓRKI Informacja genetyczna - instrukcje kierujące wszystkimi funkcjami komórki lub organizmu zapisane jako określone, swoiste sekwencje
Bardziej szczegółowoBożena Nejman-Faleńczyk
Kontrola replikacji fagów lambdoidalnych niosących geny toksyn Shiga w świetle potencjalnych nowych metod ich wykrywania i terapii zakażeń enterokrwotocznymi szczepami Escherichia coli Bożena Nejman-Faleńczyk
Bardziej szczegółowoRegulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Bardziej szczegółowoPromotor pracy doktorskiej: prof. dr hab. Jacek Bardowski Promotor pomocniczy: dr Urszula Zielenkiewicz
prof. dr hab. Dariusz Bartosik Zakład Genetyki Bakterii Instytut Mikrobiologii Uniwersytet Warszawski Miecznikowa 1 02-096 Warszawa Warszawa, 25.07.2014 Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Iwony Brzozowskiej
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji http://www.igib.uw.edu.pl/ Co to są drożdże? Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów Jednokomórkowe (lub
Bardziej szczegółowoInformacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowo(86)Data i numer zgłoszenia międzynarodowego: 29.12.1994,PCT/US94/13268
RZECZPOSPOLITA POLSKA Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (12) OPIS PATENTOWY (19)PL (11)180818 (13) B1 (21 ) Numer zgłoszenia: 321039 (22) Data zgłoszenia: 29.12.1994 (86)Data i numer zgłoszenia
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji http://www.igib.uw.edu.pl/ Co to są drożdże? Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów Jednokomórkowe (lub
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoTHE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
Bardziej szczegółowoSpis treści. Wstęp. Obiekt. Pracownia Biologii Molekularnej. Część II. Ekspresja i oczyszczanie białek
Pracownia Biologii Molekularnej Część II Ekspresja i oczyszczanie białek Spis treści 1 Wstęp 2 Obiekt 3 Namnażanie białka w komórkach bakterii Escherichia Coli 3.1 Pożywki do hodowli 3.2 Rozwój hodowli
Bardziej szczegółowoProkaryotyczne i eukaryotyczne systemy nadekspresji bia lek.
Prokaryotyczne i eukaryotyczne systemy nadekspresji bia lek. Czyli jak produkować dużo, latwo i tanio dr ebiewski Zak lad Biotechnologii, Wydzia l Biologii i Nauk o Ziemi, Uniwersytet Miko laja Kopernika,
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoMATERIAŁY DO BLOKU INŻYNIERIA GENETYCZNA
MATERIAŁY DO BLOKU INŻYNIERIA GENETYCZNA 1. AMPLIFIKACJA FRAGMENTU DNA METODĄ PCR Otrzymywanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA możliwe jest przy zastosowaniu procedur klonowania lub znacznie
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoAnaliza stabilności białka DnaA Escherichia coli w regulacji inicjacji replikacji DNA
INSTYTUT MIKROBIOLOGII ZAKŁAD GENETYKI BAKTERII prof. dr hab. Dariusz Bartosik Warszawa, 18.02.2019 Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Marty Gross, pt. Analiza stabilności białka DnaA Escherichia coli w
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoWNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE GMO
WNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE GMO 1. Informacje o użytkowniku GMO i osobach odpowiedzialnych za realizację planowanego zamkniętego użycia GMO 1.1 (*) Nazwa i siedziba użytkownika lub imię,
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOTECHNOLOGII Piotr Solarczyk
PODSTAWY BIOTECHNOLOGII Piotr Solarczyk EFEKT KOŃCOWY Po zakończeniu seminarium powinieneś umieć: wyjaśnić pojęcia plazmid, fag, wektor, wektor ekspresyjny i czółenkowy, klonowanie, transfekcja, transformacja,
Bardziej szczegółowoWarszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173
Warszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173 ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ŚRODOWISKA 1) z dnia 18 lipca 2016 r. w sprawie określenia wzorów wniosków oraz zgłoszeń związanych z zamkniętym użyciem mikroorganizmów
Bardziej szczegółowoAgenda: Wynalazek jako własnośd intelektualna. Co może byd wynalazkiem. Wynalazek biotechnologiczny. Ochrona patentowa
dr Bartosz Walter Agenda: Wynalazek jako własnośd intelektualna Co może byd wynalazkiem Wynalazek biotechnologiczny Ochrona patentowa Procedura zgłoszenia patentowego Gdzie, kiedy i jak warto patentowad
Bardziej szczegółowoUkończono projekt poznania ludzkiego genomu (2003) oraz projekty poznania genomów wielu zwierząt modelowych Co wynika z tej informacji?
Ukończono projekt poznania ludzkiego genomu (2003) oraz projekty poznania genomów wielu zwierząt modelowych Co wynika z tej informacji? -znamy całkowitą sekwencję (kolejność nukleotydów) -funkcja wielu
Bardziej szczegółowo(12) TŁUMACZENIE PATENTU EUROPEJSKIEGO (19) PL (11) PL/EP (96) Data i numer zgłoszenia patentu europejskiego:
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) TŁUMACZENIE PATENTU EUROPEJSKIEGO (19) PL (11) PL/EP 1926749 (96) Data i numer zgłoszenia patentu europejskiego: 26.08.06 06791678.3 (13) (1) T3 Int.Cl. C07K 14/81 (06.01) Urząd
Bardziej szczegółowoMIKROORGANIZMY W PRODUKCJI KOSMETYKÓW I WYBRANYCH FARMACEUTYKÓW. wykłady
MIKROORGANIZMY W PRODUKCJI KOSMETYKÓW I WYBRANYCH FARMACEUTYKÓW wykłady 1 PRODUKCJA BIOMASY 2 RYS HISTORYCZNY Ludwik Pasteur, I połowa XIX wieku proces fizjologiczny bakterii i drożdży pojęcie aseptyki,
Bardziej szczegółowoDrożdże piekarskie jako organizm modelowy w genetyce
Drożdże piekarskie jako organizm modelowy w genetyce W dobie nowoczesnych, szybko rozwijających się metod sekwencjonowania DNA, naukowcy bez problemu potrafią zidentyfikować kolejność par nukleotydowych
Bardziej szczegółowo6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.
ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie
Bardziej szczegółowo================================================================= Ćwiczenie 6 Oznaczanie aktywności bakteryjnej β-galaktozydazy Materiały:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ================================================================= Ćwiczenie
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoPodstawy biologii. Informacja, struktura i metabolizm.
Podstawy biologii Informacja, struktura i metabolizm. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Bardziej szczegółowoInwestycja w przyszłość czyli znaczenie ochrony własności przemysłowej dla współczesnej biotechnologii
Inwestycja w przyszłość czyli znaczenie ochrony własności przemysłowej dla współczesnej biotechnologii Zdolność patentowa wynalazków biotechnologicznych aspekty praktyczne dr Małgorzata Kozłowska Ekspert
Bardziej szczegółowoMechanizmy kontroli ekspresji genów w regulacji rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych
Mechanizmy kontroli ekspresji genów w regulacji rozwoju bakteriofagów lambdoidalnych Sylwia Bloch Bakteriofagi lambdoidalne to grupa wirusów bakteryjnych, zaliczanych do rodziny Siphoviridae, których najlepiej
Bardziej szczegółowo