Informatyka w selekcji - Wykªad 1

Informatyka w selekcji - Wykªad 1 Tomasz Suchocki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocªawiu Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t

Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 2/34

Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Mo»na (a nawet trzeba) przerywa i zadawa pytania! Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 2/34

Podstawowe informacje o przedmiocie informatyka dyscyplina naukowa zajmuj ca si przetwarzaniem informacji. selekcja wybór zwierz t i ro±lin do rozmna»ania, powoduje zmian frekwencji genów w populacji. informatyka w selekcja??? Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 3/34

Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Estymacja genomowej warto±ci hodowlanej w Polsce: Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Estymacja genomowej warto±ci hodowlanej w Polsce: 4 000 osobników 54 001 markerów typu SNP dla ka»dego osobnika 4 000 54 001 = 216 004 000 rekordów Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Wykªady Wykªad 1 Wprowadzenie do pakietu R Wykªad 2 Analiza regresji liniowej Wykªad 3 Analiza wariancji Wykªad 4 Modele mieszane Wykªad 5 Analiza statystyczna w pakiecie SAS Wykªad 6 Bazy danych w programie MySQL Wykªad 7 Selekcja genomowa w Polsce Wykªad 8 Zaawansowane programowanie w pakiecie R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 5/34

Podstawowe informacje o przedmiocie- wiczenia wiczenia 1 Wprowadzenie do pakietu R wiczenia 2 Analiza regresji liniowej wiczenia 3 Analiza wariancji wiczenia 4 Modele mieszane wiczenia 5 Kolokwium 1 wiczenia 6 Analiza statystyczna czy u»yciu pakietu SAS wiczenia 7 Bazy danych w programie MySQL wiczenia 8 Kolokwium 2 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 6/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Wykªady: czwartki 8:30 10:00 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 7/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Wykªady: czwartki 8:30 10:00 12:30 14:00? wiczenia: czwartek 14:00 15:30 czwartek 15:30 17:00 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 7/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Terminy wykªadów i wicze«: 29.09.2011 06.10.2011 13.10.2011 20.10.2011 27.10.2011 24.11.2011 03.11.2011 01.12.2011 10.11.2011 17.11.2011 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 8/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: 2 kolokwia, ka»de po 16 punktów minimum 16 punktów daje ocen pozytywn BRAK poprawek aktywno± obecno± Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 9/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - Kontakt Gdzie mo»na mnie znale¹ : Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t (pokój 23) e-mail: tomasz.suchocki@up.wroc.pl Konsultacje: indywidualnie lub Skype termin ustalany indywidualnie z prowadz cym Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 10/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - http://theta.edu.pl Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 11/34

Wprowadzenie do R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 12/34

Wprowadzenie do R Co to wogóle jest R? pakiet statystyczny mo»liwo±ci s jednak znacznie wi ksze! DARMOWY! zarówno w edukacji jak i biznesie www.r-project.org Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 13/34

Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 14/34

Wprowadzenie do R - Korzystanie z pomocy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 19/34

Wprowadzenie do R - Wczytywanie danych read.table("±cie»ka",header={f,t},sep={";","\t"},ll={f,t}) ±cie»ka np.: "d:/inf/dane.txt" header czy wyst puje nagªówek w danych sep czym s oddzielane kolumny ll czy s "brakuj ce"dane Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 20/34

Wprowadzenie do R - Zapisywanie danych write.table(zmienna,"±cie»ka",col.names={f,t},row.names={f,t}, sep={";","\t"},quote={f,t}) zmienna któr zmienn chcemy zapisa col.names czy zapisa nazwy kolumn row.names czy zapisa nazwy wierszy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 21/34

Wprowadzenie do R - Rodzaje zmiennych Typ liczbowy Typ czynnikowy Typ znakowy Typ logiczny Wektor elementów Macierz Ramka danych Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 22/34

Wprowadzenie do R - Kalkulator Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 23/34

Wprowadzenie do R - Kalkulator Inne przydatne funkcje: pierwiastek kwadratowy: sqrt(x) zaokraglanie liczby do k znaków: round(x,digits=k) funkcje trygonometryczne: sin(x), cos(x), tan(x) warto± bezwzgl dna: abs(x) Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 24/34

Wprowadzenie do R - Wektory Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 25/34

Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 26/34

Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 27/34

Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 28/34

Wprowadzenie do R - Wykresy wykres plot y 0 500 1000 1500 2000 2500 40 20 0 20 40 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 31/34 x

Wprowadzenie do R - Wykresy wykres hist Frequency 0 50 100 150 200 2 0 2 4 a Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 32/34

Wprowadzenie do R - Wykresy 3 2 1 0 1 2 3 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 33/34

Dzi kuj za uwag Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 34/34