INFORMATYKA W SELEKCJI

Transkrypt

1 INFORMATYKA W SELEKCJI

2 INFORMATYKA W SELEKCJI - zagadnienia 1. Dane w pracy hodowlanej praca z dużym zbiorem danych (Excel) 2. Podstawy pracy z relacyjną bazą danych w programie MS Access 3. Systemy statystyczne na przykładzie pakietu SAS i bezpłatnego pakietu R Z wykorzystaniem narzędzi programów Excel, SAS, R: 4. Wykorzystanie zależności cech w selekcji regresja 5. Analiza wariancji z modelem stałym i losowym (np. ocena h 2 ) 6. Ocena wartości hodowlanej z modelem mieszanym 7. Ocena efektów selekcji (m.in. trendu genetycznego)

3 INFORMATYKA W SELEKCJI WPROWADZENIE DO PAKIETU SAS Zasady pracy z programem Podstawy edycji danych

4 INFORMATYKA W SELEKCJI SAS to zintegrowany system oprogramowania, łączący: Pakiet statystyczny System zarządzania bazą danych Język programowania

5 SAS ANALIZA DANYCH różnorodne metody statystyczne wykonywanie wykresów bazy danych PROGRAM KOMERCYJNY roczna licencja POPRAWNOŚĆ poprawność obliczeń gwarantowana procedury stale uzupełniane

6 PRACA Z PROGRAMEM

7 PRACA Z PROGRAMEM PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WYKONANIE LOG BŁĘDY BRAK BŁĘDÓW OUTPUT INTERPRETACJA

8 PRACA Z PROGRAMEM OKNO PROGRAM EDITOR

9 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE TWORZENIE INSTRUKCJI, KTÓRE ZOSTANĄ WYKONANE PRZEZ PAKIET SAS INSTRUKCJE MUSZĄ ZAWIERAĆ: specyfikację pliku zawierającego dane format danych w pliku specyfikację metod statystycznych wpisanie instrukcji bezpośrednio w oknie skopiowanie instrukcji z zewnętrznego pliku

10 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WPISANIE INSTRUKCJI

11 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE SKOPIOWANIE INSTRUKCJI

12 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WYKONANIE INSTRUKCJI

13 PRACA Z PROGRAMEM OKNO LOG

14 OKNO LOG KOMUNIKATY W OKNIE LOG ZAWARTE SĄ INFORMACJE O PRZEBIEGU PROGRAMU, M. IN.: nazwa pliku zawierającego dane liczba analizowanych osobników liczba osobników z brakującymi danymi oraz informacje o ewentualnych błędach komunikaty w oknie LOG należy przeanalizować po wykonaniu instrukcji z okna PROGRAM EDITOR, a przed (!!! ) interpretacją wyników

15 OKNO LOG KOMUNIKATY BRAK BŁĘDU BŁĄD

16 PRACA Z PROGRAMEM OKNO OUTPUT

17 OKNO OUTPUT WYNIKI

18 PRZYDATNE KOMENDY ZAPISYWANIE ZAWARTOŚCI OKIEN DO PLIKU

19 PRZYDATNE KOMENDY PRZYWRACANIE ZAWARTOŚCI OKNA PROGRAM EDITOR USUWANIE ZAWARTOŚCI OKNA

20 PRZYDATNE KOMENDY PRZEŁĄCZANIE POMIĘDZY OKNAMI

21 PRACA Z PROGRAMEM STRUKTURA PROGRAMU

22 STRUKTURA PROGRAMU ZBIÓR DANYCH definicja zbioru danych wczytanie danych do programu Moduł DATA data nazwa; instrukcje opisujące dane; run; OBLICZENIA wybór procedur obliczeniowych wybór opcji dla procedur uruchomienie obliczeń Moduł PROC proc nazwa; instrukcje precyzujące procedurę; run;

23 STRUKTURA PROGRAMU /* wczytywanie danych */ data jagnieta ; infile I:/informatyka/dane.txt ; input nr masac wiek ; run ; /* analiza danych */ title analiza danych dla jagniat ; proc means data=jagnieta ; run; proc univariate data=jagnieta ; run ; proc sort data=jagnieta ; by WIEK ; run ;

24 STRUKTURA PROGRAMU /* wczytywanie danych */ data jagnieta ; infile I:/informatyka/dane.txt ; input nr masac wiek ; run ; /* analiza danych */ title analiza danych dla jagniat ; proc means data=jagnieta ; run; proc univariate data=jagnieta ; run ; proc sort data=jagnieta ; by WIEK ; run ; Nazwa zbioru danych Ścieżka do pliku Nazwy kolumn Tytuł Obliczanie średniej Obliczanie statystyk opisowych Sortowanie wg wieku

25 SAS PRACA Z PROGRAMEM SAS Okno PROGRAM EDITOR tworzenie programu Okno LOG komunikaty i błędy Okno OUTPUT - wyniki Przykładowy program SAS - prezentacja

26 INFORMATYKA W SELEKCJI Niektóre procedury SAS: proc means obliczanie średnich proc sort - sortowanie proc transpose - transpozycja układu danych proc univariate - analiza jednowymiarowych rozkładów prawdopodobieństwa (statystyka opisowa) proc corr, rank - korelacje proc reg - regresja liniowa proc anova - analiza wariancji przy równolicznych podgrupach proc glm - analiza wariancji przy nierównej liczebności grup proc mixed - szacowanie i predykcja efektów modelu mieszanego proc varcomp (method=type I, ML, REML) - szacowanie komponentów wariancji (metodą najm. kwadratów, metodami najw. wiarogodności)

27 INFORMATYKA W SELEKCJI Inny komercyjny system statystyczny StatSoft oferuje darmowy podręcznik internetowy: Alternatywa? Statystyczny shareware (program darmowy), np. pakiet R

28 INFORMATYKA W SELEKCJI WPROWADZENIE DO PAKIETU R Zasady pracy z programem Podstawy edycji danych

29 R PAKIET R różnorodne metody statystyczne tworzenie własnych programów bazy danych program darmowy: POPRAWNOŚĆ???

30 R KONSOLA PROGRAMU R

31 ODCZYTYWANIE DANYCH Z PLIKU komentarz # czytanie danych otwarcie pliku animals<-read.table("d:/dane.txt",dec=".") animals wypisanie zawartości pliku na ekran otwarcie pliku + nazwy kolumn animals<read.table("d:/dane.txt",dec=".",col.names=c('nr', 'masa','wzrost'))

32 OBLICZANIE STATYSTYK OPISOWYCH # obliczanie sumy sumamasa=sum(animals$masa) sumawzrost=sum(animals$wzrost) zastosowanie funkcji # obliczanie sredniej sredniamasa=mean(animals$masa) sredniwzrost=mean(animals$wzrost) # obliczanie odchylenia standardowego sdmasa1=sd(animals$masa) sdwzrost1=sd(animals$wzrost)

33 OBLICZANIE STATYSTYK OPISOWYCH zastosowanie pętli # obliczanie sumy N=50 sumamasa=0 sumawzrost=0 for (i in 1:N) { sumamasa=sumamasa+animals$masa[i] sumawzrost=sumawzrost+animals$wzrost[i] i=i+1 } wprowadzenie wzoru # obliczanie sredniej sredniamasa=sumamasa/n

34 OBLICZANIE STATYSTYK OPISOWYCH zastosowanie pętli # obliczanie odchylenia standardowego smasa=0 swzrost=0 for (i in 1:N) { smasa=smasa+(animals$masa[i]-sredniamasa)^2 swzrost=swzrost+(animals$wzrost[i]-sredniwzrost)^2 i=i+1 } sdmasa=sqrt(smasa/(n-1)) sdwzrost=sqrt(swzrost/(n-1))

35 TWORZENIE WYKRESÓW zastosowanie pętli #wykres zależnosci wzrostu od masy plot(animals$wzrost,animals$masa,xlab="wzrost",ylab= "masa",main="wykres rozrzutu") #histogram masy i wzrostu hist(animals$wzrost,prob=t,nclass=7,ylim=c(0,0.1), xlab="masa",ylab= czestotliwosc",main="histogram") lines(density(animals$wzrost,kernel=c("gaussian")), col="red") hist(animals$masa,prob=t,nclass=7,ylim=c(0,0.05), xlab="masa",ylab="czestotliwosc",main="histogram") lines(density(animals$masa),col="red")

36 LITERATURA

37

38 PAKIET R odczytywanie danych z pliku obliczanie prostych statystyk opisowych użycie funkcji tworzenie programu tworzenie wykresów

39 INFORMATYKA W SELEKCJI Od następnych ćwiczeń możliwość pracy nad indywidualnymi zbiorami danych Dane należy opracować statystycznie przy użyciu wybranego programu (SAS, R, Excel) Na ostatnich zajęciach prezentacja, omówienie i ocena projektów