Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Transkrypt

1 Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe obszary zainteresowań... 9 Literatura uzupełniająca Wprowadzenie do biologicznych baz danych Co to jest baza danych? Typy baz danych Biologiczne bazy danych Pułapki w bazach danych Pobieranie informacji z biologicznych baz danych Podsumowanie Literatura uzupełniająca Część druga Przyrównywanie sekwencji 3 Przyrównywanie sekwencji parami Podstawy ewolucyjne Homologia sekwencji a podobieństwo sekwencji Podobieństwo sekwencji a identyczność sekwencji Metody Macierze punktowania Istotność statystyczna przyrównania sekwencji Podsumowanie Literatura uzupełniająca Bioinformatyka_sklad.indd 5

2 VI Podstawy bioinformatyki 4 Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych Wyjątkowe wymagania związane z przeszukiwaniem baz danych Metoda heurystyczna BLAST FASTA Porównanie programów FASTA i BLAST Przeszukiwanie baz danych metodą opartą na algorytmie Smitha Watermana Podsumowanie Literatura uzupełniająca Przyrównanie wielu sekwencji Funkcja oceniająca Algorytmy wyczerpujące Algorytmy heurystyczne Kwestie praktyczne Podsumowanie Literatura uzupełniająca Profile i ukryte modele Markowa Macierze ocen specyficzne względem pozycji Profile Model Markowa i ukryty model Markowa Podsumowanie Literatura uzupełniająca Motywy białkowe i przewidywanie domen Identyfikacja motywów i domen w przyrównaniu wielu sekwencji Bazy danych motywów i domen białkowych oparte na wyrażeniach regularnych Bazy danych motywów i domen oparte na modelach statystycznych Bazy danych rodzin białkowych Wykrywanie motywów w nieprzyrównanych sekwencjach Logo sekwencyjne Podsumowanie Literatura uzupełniająca Część trzecia Przewidywanie genów i promotorów 8 Przewidywanie genów Kategorie programów służących do przewidywania genów Przewidywanie genów u Prokaryota Przewidywanie genów u Eukaryota Podsumowanie Literatura uzupełniająca Bioinformatyka_sklad.indd 6

3 VII 9 Przewidywanie promotorów i elementów regulatorowych Promotory i elementy regulatorowe u Prokaryota Promotory i elementy regulatorowe u Eukaryota Algorytmy służące do przewidywania Podsumowanie Literatura uzupełniająca Część czwarta Filogenetyka molekularna 10 Podstawy filogenetyki Ewolucja molekularna i filogenetyka molekularna Terminologia Filogeneza genów a filogeneza gatunków Formy reprezentacji drzew Dlaczego trudno znaleźć poprawne drzewo? Procedura Podsumowanie Literatura uzupełniająca Konstruowanie drzew filogenetycznych metody i programy Metody odległościowe Metody oparte na znakach Ocena drzewa filogenetycznego Programy filogenetyczne Podsumowanie Literatura uzupełniająca Część piąta Bioinformatyka strukturalna 12 Podstawowe informacje na temat struktury białek Aminokwasy Tworzenie się peptydu Kąty torsyjne Hierarchia Struktury drugorzędowe Struktura trzeciorzędowa Rozwiązywanie trójwymiarowej struktury białek Baza danych struktur białkowych Podsumowanie Literatura uzupełniająca Bioinformatyka_sklad.indd 7

4 VIII Podstawy bioinformatyki 13 Wizualizacja, porównanie i klasyfikacja struktur białkowych Wizualizacja struktur białek Analiza porównawcza struktur białkowych Klasyfikowanie struktur białkowych Podsumowanie Literatura uzupełniająca Przewidywanie struktury drugorzędowej białek Przewidywanie struktury drugorzędowej białek globularnych Przewidywanie struktury drugorzędowej białek trasbłonowych Przewidywanie splecionych helis Podsumowanie Literatura uzupełniająca Przewidywanie struktury trzeciorzędowej białek Metody Modelowanie homologiczne Rozpoznawanie zwoju Przewidywanie struktur białkowych ab initio CASP Podsumowanie Literatura uzupełniająca Przewidywanie struktury RNA Wstęp Typy struktur RNA Metody przewidywania struktury drugorzędowej RNA Podejście ab initio Podejście porównawcze Ocena jakości Podsumowanie Literatura uzupełniająca Część szósta Genomika i proteomika 17 Mapowanie, składanie i porównywanie genomów Mapowanie genomów Sekwencjonowanie genomów Składanie sekwencji genomowej Opisywanie genomów Genomika porównawcza Podsumowanie Literatura uzupełniająca Bioinformatyka_sklad.indd 8

5 IX 18 Genomika funkcjonalna Metody sekwencyjne Metody oparte na mikromacierzach Porównanie SAGE i mikromacierzy DNA Podsumowanie Literatura uzupełniająca Proteomika Technologia analizy ekspresji białek Modyfikacje potranslacyjne Sortowanie białek Oddziaływania między białkami Podsumowanie Literatura uzupełniająca Dodatki Dodatek 1 Ćwiczenia praktyczne Dodatek 2 Słownik Indeks rzeczowy Bioinformatyka_sklad.indd 9