CZĘŚĆ III OPISPRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)

Transkrypt

1 INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, Wrocław tel. / fax. (4871) , NIP: ; REGON: Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka. Dotacje na innowacje. Inwestujemy w Waszą przyszłość Nr referencyjny nadany przez Zamawiającego SZP/19/2015 CZĘŚĆ III OPISPRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ) WYKONANIE USŁUG BADAWCZYCH ORAZ EKSPERTYZ NIEZBĘDNYCH DO PRAWIDŁOWEJ REALIZACJI W ramach projektu: Utworzenie bazy danych immunogenetycznych polskiej populacji MultiGenBank Nr POIG /13 CPV: Usługi analizy systemu i programowania. CPV: Usługi badawcze i eksperymentalno rozwojowe

2 I. Termin realizacji: - do 5 tygodni od podpisania umowy, II. Opis przedmiotu zamówienia: Zakup usług badawczych oraz ekspertyz niezbędnych do prawidłowej realizacji projektu, w ramach przygotowania i konwersji danych scharakteryzowanych pod względem różnego typu polimorfizmów genetycznych. W szczególności przedmiotem zamówienia będzie wykonanie usług badawczych podzielonych na trzy zadania: Zadanie 1. Przedmiotem zamówienia jest weryfikacja i analiza danych genetycznych mikroorganizmów umieszczanych w bazie multigenbank. W ramach zamówienia wykonawca zweryfikuje sekwencje nukleotydowe o długości do 1600 nukleotydów w ilości 2700 z materiału dostarczonego przez zamawiającego. Wymagana jest jednokrotna weryfikacja z obydwu końców sekwencji. Efektem usługi powinno być uzyskanie danych o sekwencjach nukleotydowych. Warunki uczestnictwa: Co najmniej 7 letnie doświadczenie w obsłudze jednostek naukowych w zakresie pozyskiwania i weryfikacji danych z sekwencji nukleotydowych, metodą Sangera. Mozliwość jednoczesnej analizy co najmniej 90 próbek. Wykonawca musi posiadać certyfikat europejskiej organizacji kontroli jakości potwierdzający prawidłowe wykonywanie techniki sekwencjonownia DNA wystawiony nie wcześniej niż 1 rok przed upływem terminu składania ofert. Zadanie 2. Przedmiotem zamówienia jest analiza działania i możliwości stosowania algorytmu wspomagającego projektowanie syntetycznych sekwencji nukleotydowych kodujących białka syntaz poliketydowych. Algorytm ma mieć zastosowanie w ukierunkowanym uzyskiwaniu metabolitów wtórnych metodami biologii syntetycznej. W ramach usługi ma być zweryfikowana miedzy innymi poprawność tworzenia sekwencji i zgodność struktury projektowanych związków ze strukturami uzyskiwanymi. W tym celu powinno zostać przeanalizowanych wiele różnorodnych przypadków funkcjonowania tego algorytmu. Wymagana wiedza: Za wykonawcę spełniającego warunki i zdolnego do wykonania zamówienia Zamawiający uzna wykonawcę dysponującego osobami zdolnymi do wykonania zamówienia posiadającymi kwalifikacje i doświadczenie zawodowe, w szczególności: Będą posiadać wykształcenie wyższe biologiczne oraz co najmniej tytuł doktora z zakresu nauk biologicznych, udokumentowane co najmniej 7 letnie doświadczenie z zakresu bioinformatyki (min. 10 publikacji, w tym 5 z listy filadelfijskiej). Ponadto wykonawca musi dysponować osobą posiadającą udokumentowaną wiedzę w zakresie: genetyki mikroorganizmów, analiz bioinformatycznych, algorytmów analizy sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych np. Clustal, Blast, budowy baz danych zawierających sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe, analiz statystycznych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych biochemii metabolitów wtórnych Dodatkowo musi posiadać co najmniej 7 letnie doświadczenie w zakresie wymienionych umiejętności. Czas wykonania wynosi 5 tygodni. Zadanie 3. Przedmiotem zamówienia jest kompleksowa analiza profilu porównawczej hybrydyzacji genomowej (acgh) dla 24 próbek DNA oraz wyznaczenie profilu ekspresji polimorficznych genów z wykorzystaniem 40 par próbek RNA (próbka referencyjna oraz próbka badana) pochodzących od 40 pacjentów z wykorzystaniem techniki mikromacierzy wraz z analizą i interpretacją wyników. Warunki uczestnictwa: 2

3 Wykonawca musi dysponować wiedzą ekspercką i wieloletnim doświadczeniem w zakresie profilowania ekspresji genów i porównawczej hybrydyzacji genomowej na mikromacierzach oraz umiejętnością analiz bioinformatycznych otrzymanych wyników mikromacierzowych. Wykonawca musi posiadać kompletną aparaturę do wykonania i analiz badań na mikromacierzach w tym: bioanalizator, skaner oraz pakiet profesjonalnego oprogramowania do analizy wyników. Analizy wynikajce z usług i ekspertyz badawczych będą wykorzystane do realizacji projektu: Nr POIG /13 L.p. Nazwa przedmiotu zamówienia Parametry obligatoryjne 1. Zadanie 1. Tak/Nie Parametry oferowane Weryfikacja danych, selekcja i grupowania informacji z zakresu systematyki i taksonomii molekularnej na tle danych dostępnych globalnie. 2. Weryfikacja danych Weryfikacja sekwencji nukleotydowej w próbkach dostarczonego przez zamawiającego 3. Mozliwość dostarczania materiału w płytkach 96 dołkowych 4. Sekwencjonowanie odcinków 1600 par zasad w dwóch biegach o długości conajmniej 800 par zasad 5. Możliwość gromadzenia i przechowywania uzyskanych wyników na serwerze wykonawcy przez okres conajmniej jednego roku 6. Dostarczanie wyników w postaci plików tekstowych i chromatogramów 7. Mozliżliwość jednoczesnej weryfikacji co najmniej 90 próbek. 8. Wymogi wobec wykonawcy Co najmniej 7 letnie doświadczenie w obsłudze jednostek naukowych w zakresie pozyskiwania i weryfikacji danych z sekwencji nukleotydowych, metodą Sangera. 9. Wykonawca musi posiadać certyfikat europejskiej organizacji kontroli jakości potwierdzający prawidłowe wykonywanie techniki sekwencjonownia DNA wystawiony nie wcześniej niż 1 rok przed upływem terminu składania ofert. 10. Zadanie 2. Zaawansowana analiza bioinformatyczna sekwencji/informacji o metabolitach bakteryjnych 11. Analiza działania Przeprowadzenie analizy działania i możliwości stosowania algorytmu wspomagającego projektowanie synte- algorytmu tycznych sekwencji nukleotydowych kodujących białka syntaz poliketydowych. 12. Przygotowanie raportu z przeprowadzonych analiz. 13. Wymogi wobec wykonawcy Osoba posiadająca wykształcenie wyższe biologiczne oraz co najmniej tytuł doktora z zakresu nauk biologicznych. Co najmniej 7 letnie doświadczenie z zakresu bioinformatyki (min. 10 publikacji w tym 5 z listy filadelfijskiej). 14. Wykonawca musi dysponować osobą posiadajacą udokumentowaną wiedzę ekspercką w zakresie: genetyki mikroorganizmów, analiz bioinformatycznych, algorytmów analizy sekwencji nukleo-tydowych i aminokwasowych np. Clustal, Blast, 3

4 budowy baz danych zawierajace sekwencje nukleotydowe i aminokwasowe analiz statystycznych sekwencji nukleo-tydowych i aminokwasowych biochemii metabolitów wtórnych 15. Co najmniej 7 letnim doświadczeniem w zakresie wymienionych analiz. Zadanie 3. Kompleksowa analiza wykonana techniką mikromacierzy 16. Kompleksowa analiza profilu ekspresji polimorficznych genów człowieka z wykorzystaniem Wykonanie profilu ekspresyjnego genów polimorficznych z wykorzystaniem próbek RNA od 40 pacjentów (próbka referencyjna oraz próbka badana) na mikromacierzach oligonukleotydowych, o zawartości sond o długości 60 nukleotydów; 17. mi- kromacierzy Jeden szklany slajd o wymiarze 1x3 cala ma zawierać 8 mikromacierzy, co umożliwi jednoczesną hybrydyzację 8 różnych próbek RNA człowieka (format mikromacierzy 8x60K); 18. Sondy wchodzące w skład mikromacierzy są zsyntetyzowane bezpośrednio na slajdzie poprzez dodawanie kolejnych nukleotydów; 19. Zawartość mikromacierzy powstała przy wykorzystaniu następujących baz danych: RefSeqBuild 50, Ensemble Release 52, UnigeneBuild 216, GenBank (April 2009), BroadInstitute Human lincrnacatalog (Nov 2011), BroadInstitute TUCP transcriptscatalog (Nov 2011) 20. Kompleksowa analiza profilu ekspresji polimorficznych 21. genów człowieka będzie zawierała następujące etapy : - Izolacja materiału genetycznego RNA od 40 pacjentów (próbka referencyjna i próbka badana zawieszone w TRisolu lub w RNA-later); - Oznaczenie czystości wyizolowanego RNA z wykorzystaniem Bioanalizatora; - Znakowanie materiału genetycznego RNA barwnikami Cy3 i Cy5 z uwzględnieniem zestawu kontrolnego RNA jako wewnętrznej kontroli wyznakowania i hybrydyzacji; - Wykorzystanie zestawów do hybrydyzacji wyznakowanego materiału genetycznego z uwzględnieniem szkiełek nakrywkowych współtworzących komorę hybrydyzacyjną oraz zestawu buforów do płukania po hybrydyzacji; - Skanowanie mikromacierzy; - Normalizację mikromacierzy z wykorzystaniem oprogramowania do obróbki zeskanowanego slajdu pozwalające na sprawdzenie jakości zesknanowanego slajdu, - wygenerowanie plików pozwalających na analizę wyników; 22. Analiza wyników: statystyczne i bioinformatyczne opracowanie wyników profilu ekspresji genów z uwzględnieniem: klasteryzacji nadzorowanej i nienadzorowanej, analizy danych w zadanych podgrupach z możliwością porównania wyników w podgrupach; Analiza ścieżek ekspresyjnych, oraz wizualizację wyników; 23. Wykonanie zadania w terminie nie dłuższym niż 8 tygodni od czasu podpisania umowy 24. Kompleksowa analiza profilu porównawczej hybrydyzacji genomowej Wykonanie i kompleksowa analiza profilu porównawczej hybrydyzacji genomowej (CGH) przy użyciu zestawu mikromacierzy CGH 24 próbek DNA człowieka w celu oznaczenia zmian genetycznych przy pomocy mikromacierzy o formacie 8x60K w aplikacji porównawczej hybrydyzacji genomowej (CGH). W przypadku 16 próbek 4

5 wykonanie izolacji DNA z tkanki zawieszonej w RNA later, w przypadku 8 próbek wykonanie izolacji DNA z krwi pełnej. Slajdy o wymiarze 1x3 cala mają zawierać 8 mikromacierzy, umożliwiających jednoczesną hybrydyzację 8 różnych próbek DNA człowieka. Na każdej macierzy powinno być zawartych sond pokrywających regiony ISCA, sond pokrywających pozostałe regiony w genomie oraz 3886 sond do kontroli jakości. Zawartość sond na podstawie bazy danych UCSC hg19 (NCBI Build 37, Luty 2009). Wymagana mediana odległości między sondami - 60 KB, zwiększone zagęszczenie w regionach ISCA. Sondy wchodzące w skład mikromacierzy powinny być zsyntetyzowane bezpośrednio na slajdzie poprzez dodawanie kolejnych nukleotydów. Wymagane statystyczne opracowanie wyników z wykorzystaniem profesjonalnego oprogramowania do analizy mikromacierzy acgh Wykonanie usługi w terminie nie dłuższym niż 6 tygodni od czasu podpisania umowy I.OCZEKIWANE WARUNKI GWARANCJI Warunki serwisu gwarancyjnego 1. Gwarancja minimum 12 miesiące 5