Informatyka w selekcji - Wykªad 1

HTML
DOWNLOAD

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Informatyka w selekcji - Wykªad 1"

Julia Aneta Świderska
8 lat temu
Przeglądów:

1 Informatyka w selekcji - Wykªad 1 Tomasz Suchocki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocªawiu Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t

2 Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 2/34

3 Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Mo»na (a nawet trzeba) przerywa i zadawa pytania! Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 2/34

4 Podstawowe informacje o przedmiocie informatyka dyscyplina naukowa zajmuj ca si przetwarzaniem informacji. selekcja wybór zwierz t i ro±lin do rozmna»ania, powoduje zmian frekwencji genów w populacji. informatyka w selekcja??? Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 3/34

5 Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

6 Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

7 Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Estymacja genomowej warto±ci hodowlanej w Polsce: Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

8 Podstawowe informacje o przedmiocie Kiedy potrzebne jest zastosowanie informatyki w selekcji? Ogromne zbiory danych Estymacja genomowej warto±ci hodowlanej w Polsce: osobników markerów typu SNP dla ka»dego osobnika = rekordów Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 4/34

9 Podstawowe informacje o przedmiocie - Wykªady Wykªad 1 Wprowadzenie do pakietu R Wykªad 2 Analiza regresji liniowej Wykªad 3 Analiza wariancji Wykªad 4 Modele mieszane Wykªad 5 Analiza statystyczna w pakiecie SAS Wykªad 6 Bazy danych w programie MySQL Wykªad 7 Selekcja genomowa w Polsce Wykªad 8 Zaawansowane programowanie w pakiecie R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 5/34

10 Podstawowe informacje o przedmiocie- wiczenia wiczenia 1 Wprowadzenie do pakietu R wiczenia 2 Analiza regresji liniowej wiczenia 3 Analiza wariancji wiczenia 4 Modele mieszane wiczenia 5 Kolokwium 1 wiczenia 6 Analiza statystyczna czy u»yciu pakietu SAS wiczenia 7 Bazy danych w programie MySQL wiczenia 8 Kolokwium 2 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 6/34

11 Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Wykªady: czwartki 8:30 10:00 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 7/34

12 Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Wykªady: czwartki 8:30 10:00 12:30 14:00? wiczenia: czwartek 14:00 15:30 czwartek 15:30 17:00 Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 7/34

13 Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Terminy wykªadów i wicze«: Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 8/34

14 Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: 2 kolokwia, ka»de po 16 punktów minimum 16 punktów daje ocen pozytywn BRAK poprawek aktywno± obecno± Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 9/34

15 Podstawowe informacje o przedmiocie - Kontakt Gdzie mo»na mnie znale¹ : Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t (pokój 23) tomasz.suchocki@up.wroc.pl Konsultacje: indywidualnie lub Skype termin ustalany indywidualnie z prowadz cym Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 10/34

Podstawowe informacje o przedmiocie - http://theta.edu.

16 Podstawowe informacje o przedmiocie - Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 11/34

17 Wprowadzenie do R Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 12/34

18 Wprowadzenie do R Co to wogóle jest R? pakiet statystyczny mo»liwo±ci s jednak znacznie wi ksze! DARMOWY! zarówno w edukacji jak i biznesie Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 13/34

19 Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 14/34

20 Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 15/34

21 Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 16/34

22 Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 17/34

23 Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 18/34

24 Wprowadzenie do R - Korzystanie z pomocy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 19/34

25 Wprowadzenie do R - Wczytywanie danych read.table("±cie»ka",header={f,t},sep={";","\t"},ll={f,t}) ±cie»ka np.: "d:/inf/dane.txt" header czy wyst puje nagªówek w danych sep czym s oddzielane kolumny ll czy s "brakuj ce"dane Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 20/34

26 Wprowadzenie do R - Zapisywanie danych write.table(zmienna,"±cie»ka",col.names={f,t},row.names={f,t}, sep={";","\t"},quote={f,t}) zmienna któr zmienn chcemy zapisa col.names czy zapisa nazwy kolumn row.names czy zapisa nazwy wierszy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 21/34

27 Wprowadzenie do R - Rodzaje zmiennych Typ liczbowy Typ czynnikowy Typ znakowy Typ logiczny Wektor elementów Macierz Ramka danych Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 22/34

28 Wprowadzenie do R - Kalkulator Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 23/34

29 Wprowadzenie do R - Kalkulator Inne przydatne funkcje: pierwiastek kwadratowy: sqrt(x) zaokraglanie liczby do k znaków: round(x,digits=k) funkcje trygonometryczne: sin(x), cos(x), tan(x) warto± bezwzgl dna: abs(x) Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 24/34

30 Wprowadzenie do R - Wektory Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 25/34

31 Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 26/34

32 Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 27/34

33 Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 28/34

34 Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 29/34

35 Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 30/34

36 Wprowadzenie do R - Wykresy wykres plot y Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 31/34 x

37 Wprowadzenie do R - Wykresy wykres hist Frequency a Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 32/34

38 Wprowadzenie do R - Wykresy Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 33/34

39 Dzi kuj za uwag Tomasz Suchocki, Informatyka w selekcji Wykªad 1 34/34

Podobne dokumenty

Modele liniowe i mieszane na przykªadzie analizy danych biologicznych - Wykªad 1

Modele liniowe i mieszane na przykªadzie analizy danych biologicznych - Wykªad 1 Tomasz Suchocki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocªawiu Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t Plan wykªadu 1 Podstawowe