Możliwości wykorzystania archiwalnego DNA w badaniach filogenetycznych ryb

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Możliwości wykorzystania archiwalnego DNA w badaniach filogenetycznych ryb"

Transkrypt

1 Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie Wydział Ochrony Środowiska i Rybactwa mgr inż. Sławomir Ciesielski Możliwości wykorzystania archiwalnego DNA w badaniach filogenetycznych ryb Praca doktorska wykonana w Zakładzie Genetyki Ewolucyjnej pod kierunkiem Prof. dr hab. Mirosława Łuczyńskiego OLSZTYN 2001

2 Spis treści 1. Wstęp Materiał Materiały łuskowe Preparaty utrwalane w formalinie Pozostałości kostne Metody Izolacja DNA Łańcuchowa reakcja polimerazy Sekwencjonowanie DNA Analiza sekwencji DNA Czynności zapobiegające zanieczyszczeniom DNA Wyniki Materiały łuskowe Preparaty utrwalane w formalinie Pozostałości kostne Dyskusja Materiały łuskowe Preparaty utrwalane w formalinie Pozostałości kostne Podsumowanie Wnioski Literatura... 62

3 1. Wstęp Jednym z naczelnych zadań biologii ewolucyjnej jest wyjaśnienie, w jaki sposób rozwinął się dzisiejszy świat roślin i zwierząt. Większość cech obecnie żyjących organizmów zostało ukształtowanych w przeszłości, a na podstawie różnic między tymi cechami wnioskuje się o historycznym przebiegu zmian, które doprowadziły do dzisiejszych relacji między taksonami. Zagadnienia te wyjaśniane są poprzez analizy filogenetyczne, dzięki którym możliwe jest ukazanie powiązań nie tylko między oddzielnymi taksonami, ale również między populacjami, osobnikami a nawet między poszczególnymi genami (HILLIS i inni, 1996). W przeszłości analizy filogenetyczne przeprowadzane były prawie wyłącznie na cechach morfologicznych, fizjologicznych czy behawioralnych. Współcześnie przeprowadza się często rekonstrukcje filogenetyczne na podstawie wyników badań zróżnicowania molekularnego białek i kwasów nukleinowych (AVISE, 1994). Szczególnie sekwencjonowanie fragmentów jądrowego i mitochondrialnego DNA dostarcza ogromnej ilości danych, które z kolei stanowią podstawę dla analiz filogenetycznych. Wyniki badań molekularnych dostarczają danych, mających wiele zalet w porównaniu z wynikami badań morfologicznych. Jedną z ich podstawowych cech jest to, że dotyczą bezpośrednio struktury materiału genetycznego. Wcześniej badane cechy morfologiczne nie zawsze w sposób bezbłędny odzwierciedlały zależności między analizowanymi taksonami, wiadomo bowiem, iż wpływ na cechy fenotypowe mogą mieć chociażby warunki środowiskowe (BRIOLAY i inni, 1998). Dzięki bezpośredniemu badaniu cząsteczek DNA unika się więc niejednokrotnie formułowania błędnych wniosków filogenetycznych. Rekonstrukcja powiązań filogenetycznych na podstawie różnic w sekwencji DNA opiera się na analizie utrwalonych mutacji w obrębie badanych linii filogenetycznych. Szczególnie przydatne w tym względzie są mutacje punktowe: tranzycje (podstawienie jednej puryny w miejsce innej puryny lub podstawienie jednej pirymidyny w miejsce innej pirymidyny) i transwersje (zamiana puryny na pirymidynę lub odwrotnie) podczas gdy insercje czy delecje, chociaż prowadzą do zwiększenia 2

4 różnorodności genetycznej, niejednokrotnie uniemożliwiają identyfikację homologicznych genów, co jest warunkiem przeprowadzenia analizy filogenetycznej. (HILLIS, 1994). Szczególną cechą zmian ewolucyjnych zachodzących na poziomie molekularnym jest zależność pomiędzy czasem różnicowania się dwóch grup organizmów a dzielącymi je różnicami w budowie DNA. Niejednokrotnie zależność ta jest prostoliniowa, co może wskazywać na stałe tempo utrwalania się mutacji (SMITH, 1992). Przeprowadzone badania porównawcze sekwencji aminokwasów cytochromu c wykazały, że liczba podstawień aminokwasowych wzrasta wraz z odległością filogenetyczną porównywanych organizmów. Obserwacje te doprowadziły do postawienia hipotezy "zegara molekularnego" (ZUCKERKANDL i PAULING, 1965), według której zmiany molekularne zachodzą w stałym tempie, jakkolwiek jest ono różne dla różnych genów. Wiedząc kiedy dwa porównywane ze sobą gatunki oddzieliły się od wspólnego przodka oraz znając stopień zróżnicowania konkretnego fragmentu DNA można dokonać tzw. "kalibracji zegara molekularnego" (SMITH, 1992; SIMPSON, 1999). Pozwala to ustalić tempo dywergencji badanego fragmentu genomu, które jest charakterystyczne dla badanych gatunków. Proces rekonstrukcji powiązań filogenetycznych w oparciu o dane molekularne komplikuje między innymi fakt, że poszczególne pozycje nukleotydowe w sekwencjach DNA podlegających dywergencji mogą podlegać mutacji więcej niż jeden raz. Mimo rozwiniętych metod wnioskowania o zmianach ewolucyjnych na podstawie różnic między sekwencjami nukleotydowymi współcześnie istniejących taksonów, rozważania filogenetyczne są nadal stosunkowo spekulatywne. Zachodzące procesy ewolucyjne można by precyzyjnie opisać jedynie porównując sekwencje DNA współcześnie żyjących gatunków z odpowiednimi sekwencjami DNA ich wymarłych przodków. Dopiero niedawno udało się stwierdzić, że "archiwalne" tkanki roślin i zwierząt, liczące setki, tysiące a nawet miliony lat, często nadal przechowują w sobie informację genetyczną, którą można "odczytać" i wykorzystać w molekularnych studiach ewolucyjnych (PÄÄBO, 1993; HERRMANN i HUMMEL, 1993; COOPER i 3

5 WAYNE, 1998). Dysponując umiejętnością analizy DNA zachowanego w tkankach należących do wymarłych taksonów można bezpośrednio zmierzyć tempo ewolucji molekularnej (PÄÄBO, 1989). Ponadto sekwencje archiwalnego DNA są niejednokrotnie jedynym źródłem informacji o stanowisku systematycznym wymarłych już gatunków roślin i zwierząt (TAYLOR, 1996). Pierwsza publikacja analizująca sekwencję archiwalnego DNA ukazała się w 1984 (HIGUCHI i inni, 1984) i dotyczyła kwaggi (Equus quagga) - przedstawiciela koniowatych. Autorzy wyizolowali DNA z zasuszonego fragmentu skóry i poddali sekwencjonowaniu fragment genu I podjednostki oksydazy cytochromowej (CO I), co pozwoliło poznać stanowisko systematyczne tego gatunku. W następnych latach ukazywało się coraz więcej doniesień o możliwości wykorzystania archiwalnych tkanek w badaniach filogenetycznych. Większość prac koncentrowała się wokół zagadnień demograficznych dotyczących człowieka (STONE i STONEKING, 1993; HANDT i inni, 1994; ARNAIZ-VILLENA i inni, 1997; COOPER i inni, 1997; KRINGS i inni, 1997). Liczne publikacje dotyczą również pochodzenia i pozycji systematycznej zwierząt (COOPER i WAYNE, 1998). Wykorzystując kopalne fragmenty szkieletów udało się przybliżyć pozycję systematyczną mamuta (Mammuthus primigenius; HAGELBERG i inni, 1994; HÖSS i inni, 1994), leniwca olbrzymiego (Mylodon darwinii, HÖSS i inni, 1995), czy też antylopy błękitnej (Hippotragus leucophaeus, ROBINSON i inni, 1996). Ponadto, wykorzystując DNA zachowane w archiwalnych tkankach, możliwe było oszacowanie zmian w zróżnicowaniu genetycznym historycznej i współcześnie istniejącej populacji dzikiego królika (Oryctolagus cuniculus; HARDY i inni, 1995) oraz wilka (Canis lupus; ROY i inni, 1996). Analiza archiwalnego DNA może mieć również znaczenie aplikacyjne, co zostało ukazane w pracy COOPER A i współautorów (1996). Autorzy dowodzą, iż umiejętność odczytania informacji genetycznej z materiałów archiwalnych umotywowała reintrodukcję dzikiej kaczki na wyspie Laysan (Hawaje). W tym przypadku analiza genetyczna kości wydobytych z zastygłej lawy wulkanicznej udowodniła, że na wyspie tej przed wiekami występował omawiany gatunek kaczki. 4

6 Obecnie dzięki nowoczesnym technikom molekularnym możliwe jest badanie sekwencji DNA zachowanych w różnorakich materiałach tkankowych. Analizie genetycznej poddaje się takie tkanki jak mięśnie, kości, skóra oraz jej wytwory (na przykład włosy czy łuski, CIESIELSKI i BRZUZAN, 1999). Możliwe jest również odzyskanie informacji genetycznej z tkanek zatopionych w parafinie w celu wykonania preparatów histologicznych (GREER i inni, 1991) jak i z wykonanych już preparatów histologicznych (JACKSON i inni, 1989). Z powodzeniem udaje się izolować DNA z eksponatów muzealnych, zarówno zasuszonych jak i zakonserwowanych w alkoholu czy formalinie (SHEDLOCK i inni, 1997; WIRGIN i inni, 1997; VACHOT i MONNEROT, 1998). W zależności od sposobu konserwacji tkanek, zawarte w nich cząsteczki kwasów nukleinowych są mniej lub bardziej zdegradowane (KELMAN i MORAN, 1996). Cząsteczki DNA najlepiej zachowują się w tkankach poddanych zasuszeniu i zamrożeniu, natomiast dużo gorzej w tkankach zakonserwowanych w formalinie i w alkoholu (SHIOZAWA i inni, 1992). Analiza genetyczna archiwalnych tkanek zwierząt polega w większości przypadków na badaniu mitochondrialnego DNA (mtdna). Obecny w cytoplazmie komórek mitochondrialny DNA jest dwuniciową, kolistą cząsteczką o wielkości ± 500 par zasad (MEYER, 1993). W pojedynczej komórce może znajdować się od kilkuset do kilkunastu tysięcy mitochondriów. Każda cząsteczka mtdna składa się z 13 genów kodujących białka, 2 genów kodujących rybosomalny RNA (12S i 16S rrna) oraz 22 genów odpowiedzialnych za ekspresję transportującego RNA (trna). Białka kodowane przez genom mitochondrialny to: 7 podjednostek mitochondrialnej dehydrogenazy NADH (ND1, 2, 3, 4, 4L, 5, 6), cytochrom b, 3 podjednostki oksydazy cytochromowej c (CO I, II, III) oraz 2 podjednostki syntetazy ATP (ATP 6 i 8) (MEYER, 1993; MEYER, 1994). Ponadto w obrębie cząsteczki mtdna wyróżnia się odcinek o długości około 1000 par zasad określany jako region regulacyjny (ang. control region), którego sekwencje sprawują kontrolę nad procesami replikacji i transkrypcji mitochondrialnego DNA (CLAYTON, 1991). Schemat budowy cząsteczki mitochondrialnego DNA przedstawia Rysunek 1. 5

7 O H REGION REGULACYJNY T P F E V L L S H I Q M R G K D S O L Y CN A W Rysunek 1. Model cząsteczki mitochondrialnego DNA ryb (MEYER, 1994; zmienione). Kolorem niebieskim zaznaczono położenie genów kodujących trna, skróty oznaczają nazwy aminokwasów. O H i O L oznaczają miejsca, od których rozpoczyna się replikacja odpowiednio nici ciężkiej (H) i nici lekkiej (L). Figure 1. Piscine mitochondrial gene order (after MEYER, 1994; modified). Transfer RNA genes are shown in blue boxes, the amino acids are described by abbreviations. The origin of lagging-strand (L) synthesis is at O L, whereas the origin of leading-strand (H) is at O H. Szczególnymi własnościami genomu mitochondrialnego jest dziedziczenie go w linii żeńskiej oraz haploidalny charakter tego genomu (AVISE, 1989). Ponadto mtdna cechuje stosunkowo szybkie tempo ewolucji; ocenia się, iż mtdna ewoluuje u ssaków od 5 do 10 razy szybciej niż genom jądrowy (MEYER, 1994). Przeprowadzone do tej pory badania sugerują, że średnio tempo ewolucji genomu mitochondrialnego wynosi 1% dywergencji w ciągu jednego miliona lat (AVISE, 1989; SMITH, 1992). Ponadto tempo mutacji synonimowych (nie powodujących zmian kodowanych aminokwasów) w mitochondrialnych genach może być jeszcze dużo wyższe i osiągnąć 10% dywergencji w ciągu jednego miliona lat (MEYER, 1994). Powyższe cechy decydują o użyteczności 6

8 mitochondrialnego DNA w badaniu powiązań filogenetycznych między gatunkami oraz między populacjami danego gatunku (BILLINGTON i HEBERT, 1991; AVISE,1994; WIRGIN i WALDMAN, 1994; BRZUZAN, 2001). Najczęściej występującymi mutacjami w mitochondrialnym DNA są pojedyncze substytucje nukleotydowe, rzadziej natomiast pojawiają się insercje i delecje (MEYER, 1993). O ile pojedyncze mutacje notowane są praktycznie w każdej części genomu mitochondrialnego, to insercje i delecje stwierdzane są prawie wyłącznie w obrębie regionu regulacyjnego (BUROKER i inni, 1990; BILLINGTON i HEBERT 1991; NESBØ i inni, 1998; CIESIELSKI, 1998; BRZUZAN, 2000; BRZUZAN i CIESIELSKI, 2001). Schemat budowy regionu regulacyjnego mtdna przedstawia Rysunek 2. Jednymi z funkcjonalnych elementów tego regionu są sekwencje promotorowe transkrypcji mtrna obu nici (LSP, HSP), oraz sekwencje odpowiedzialne za przyłączenie czynnika transkrypcyjnego (TF). W części 5 regionu regulacyjnego zlokalizowane są sekwencje terminujące replikację (TAS 1, 2, 3, 4), natomiast w środkowej części tego odcinka obecne są bloki ewolucyjnie konserwatywnych sekwencji (CSBD, CSB1, CSB2, CSB3), których funkcje nie są jeszcze do końca poznane (SCHADEL i CLAYTON, 1996). TAS LSP HSP 5' 3' trna-p trna-f CSB D CSB TF Rysunek 2. Schemat budowy strukturalnej regionu regulacyjnego mtdna na przykładzie ryb siejowatych (BRZUZAN i CIESIELSKI, 2001). Region ten otoczony jest genami trna kodującymi prolinę i fenyloalaninę. W lewej części zaznaczono sekwencje terminujące transkrypcję (TAS 1, 2, 3 i 4). Bloki zaznaczone kolorem niebieskim odpowiadają regionom ewolucyjnie zakonserwowanych sekwencji (CSB D, CSB1, CSB2, CSB3). W prawej części regionu wyróżnia się sekwencje odpowiedzialne za przyłączanie się czynnika transkrypcyjnego (TF) oraz sekwencje inicjujące transkrypcję mtdna nici lekkiej (LSP) i nici ciężkiej (HSP). Figure 2. Structure of the control region in mtdna of coregonid fishes (BRZUZAN and CIESIELSKI, 2001). The control region is flanked by sequences that code for transfer RNAs (proline and phenyloalanine). The control region consists of conserved sections, including the termination associated sequences (TAS 1, 2, 3, and 4), evolutionary conserved sequences (CSB D, CSB 1, 2, 3), binding site for mitochondrial transcription factor (TF), and sites of initiation of transcription for the light and heavy strand (LSP, HSP). 7

9 Pomimo licznych elementów regulatorowych odcinek ten charakteryzuje się najszybszym tempem gromadzenia pojedynczych substytucji. Niestabilność strukturalna tego regionu sprawiła, że jest on często wykorzystywany w studiach nad zmiennością genetyczną ryb (BERNATCHEZ i inni, 1992; BROWN i inni, 1992; TINTI i inni, 1999; WANG i inni, 2000). Drugim stosunkowo często wykorzystywanym w badaniach filogenetycznych fragmentem genomu mitochondrialnego jest gen kodujący cytochrom b (ZARDOYA i MEYER, 1996; LYDEARD i ROY, 1997; BRIOLAY i inni, 1998; DURAND i inni, 1999). Cytochrom b jest białkiem wchodzącym w skład reduktazy cytochromu c enzymu łańcucha oddechowego mitochondrium. Badania zmienności aminokwasów tego białka oraz zróżnicowania nukleotydowego DNA umożliwiły wyróżnienie w obrębie tego genu regionów o większym i mniejszym stopniu zakonserwowania sekwencji (ESPOSTI i inni, 1993). Podobnie jak w przypadku innych genów mitochondrialnego DNA, w obrębie genu cytochrom b obserwuje się różne tempo gromadzenia mutacji w zależności od pozycji w kodonie, przy czym tranzycje znacznie przeważają nad transwersjami (BROWN i inni, 1982). Ponieważ tranzycje zachodzące na trzeciej pozycji kodonu nie powodują zmian w kodowanych aminokwasach, zazwyczaj w tej pozycji kodonu obserwuje się większą zmienność (LYDEARD i ROY, 1997). Tego rodzaju zmienność z powodzeniem można wykorzystać w typowaniu indywidualnych haplotypów w obrębie gatunku (DURAND i inni, 1999). Jednakże ze względu na częstość występowania mutacji synonimowych wynik analiz oddalonych filogenetycznie taksonów jest bardziej wiarygodny, gdy przeprowadza się je w oparciu o kodowane przez ten gen aminokwasy (ADACHI i HASEGAWA, 1996). Poznany charakter zmienności w obrębie genu cytochrom b czyni go użytecznym narzędziem w rozwiązywaniu wielu filogeograficznych i taksonomicznych problemów (ZARDOYA i MEYER, 1996). Przeprowadzone do tej pory studia nad archiwalnym DNA dotyczyły zazwyczaj ptaków i ssaków oraz człowieka (COOPER i WAYNE, 1998). Brakuje natomiast opracowań opisujących analizę DNA archiwalnych tkanek należących do innych grup zwierząt, w tym ryb. O ile autorowi wiadomo, do tej pory ukazało się zaledwie kilka 8

10 publikacji dotyczących możliwości badania archiwalnych DNA tej grupy kręgowców. W trzech z nich analizowana jest zmienność genetyczna całych populacji ryb, na podstawie badań DNA nabłonka kilkudziesięcioletnich zasuszonych łusek (MILLER i KAPUSCINSKI, 1997; NIELSEN i inni, 1997; MARTINEZ i inni, 2001). Kolejne dwie prace przedstawiają metody ekstrakcji kwasów nukleinowych z preparatów muzealnych ryb zakonserwowanych w formalinie (SHIOZAWA i inni, 1992; WIRGIN i inni, 1997). W 1998 roku ukazała się praca, ukazująca próbę analizy DNA z fragmentów kostnych łososi pacyficznych (BUTLER i BOWERS, 1998). Opisywano również próbę identyfikacji gatunkowej preparatów muzealnych ryb należących do rodziny Acipenseridae (DOUKAKIS i inni, 2000). Analiza archiwalnego DNA ryb może być szczególnie użyteczna zwłaszcza obecnie; w wyniku zmian warunków środowiskowych tylko w ciągu ostatniego stulecia wymarło wiele gatunków ryb, a pojedyncze okazy licznych gatunków obejrzeć można jedynie w muzeach przyrodniczych. Okazy muzealne zawierają DNA z utrwaloną w nim historią ewolucji gatunku. Umiejętność analizy DNA zakonserwowanych tkanek pozwala także ustalić powiązania filogenetyczne z gatunkami współcześnie żyjącymi oraz w uzasadnionych przypadkach zrewidować systematykę tych gatunków. Obecnie wykorzystywane techniki molekularne stwarzają również możliwość analizy DNA szczątków uzyskanych z wykopalisk archeologicznych i paleontologicznych. Fragmenty kostne takiego pochodzenia są zazwyczaj bardzo zniszczone, a tradycyjne metody morfologicznej identyfikacji gatunkowej często zawodzą. Dzięki analizie DNA zawartego w tego rodzaju tkankach możliwa jest identyfikacja gatunku, do którego pozostałości te należą (EVGRAFOV, 1994). Niewykluczone, że analiza DNA może ponadto wskazać też populację, z której dany osobnik pochodzi (COOPER i WAYNE, 1998). Analiza DNA zwartego w nabłonku zasuszonych łusek, preparatach muzealnych czy pozostałościach kostnych umożliwia poznanie informacji genetycznej o osobnikach a nawet całych populacjach zasiedlających kiedyś konkretny obszar. Tego rodzaju 9

11 informacje mogą więc być przydatne przy ewentualnych próbach restytucji różnych gatunków ryb. Główną trudnością w procesie genetycznej analizy archiwalnych tkanek jest fakt, iż zawarte w nich kwasy nukleinowe są najczęściej zdegradowane. Obecne w tego rodzaju tkankach łańcuchy DNA są najczęściej popękane i występują w odcinkach o długości rzędu kilkuset par zasad (PÄÄBO, 1993; KELMAN i MORAN, 1996). Ponadto nawet w przypadku mitochondrialnego DNA, który obecny jest w pojedynczej komórce w tysiącach kopii, liczba wyizolowanych cząsteczek DNA jest zazwyczaj ograniczona. Niezbędnym etapem badań jest więc zastosowanie łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR ang. Polymerase Chain Reaction; Rysunek 3), umożliwiającej powielenie wybranego fragmentu DNA (MULLIS i FALOONA, 1987). Technika ta "naśladuje" zjawisko replikacji DNA zachodzące w żywych komórkach. Do powielenia określonego odcinka DNA in vitro niezbędna jest obecność tak zwanych starterów (ang. primer), czyli sztucznie zsyntetyzowanych oligonukleotydów o długości zazwyczaj około 20 nukleotydów. Startery te muszą być komplementarne do sekwencji otaczających badany fragment DNA. Aby jednak startery mogły się przyłączyć konieczne jest podniesienie temperatury najpierw do około 90 C (denaturacja nici DNA), następnie zaś obniżenie jej do C, kiedy to startery przyłączają się do pojedynczych nici zdenaturowanego, matrycowego DNA. Startery podawane są w stężeniu na tyle wysokim, że reakcja ich łączenia się z matrycą znacznie przeważa nad reakcją renaturacji, czyli powtórnego łączenia się dwóch nici matrycy DNA. Wreszcie, w temperaturze około 72 C, termostabilna polimeraza DNA syntetyzuje nowe nici DNA korzystając z wolnych nukleotydów dodanych do mieszaniny reakcyjnej. W pierwszym cyklu reakcji syntetyzowane są odcinki DNA o różnej długości. Stopniowo w mieszaninie zaczynają przeważać fragmenty powielanego DNA, ograniczone starterami. Po pierwszym cyklu uzyskujemy z jednej wyjściowej cząsteczki DNA dwie potomne cząsteczki, produktem kolejnego cyklu są już cztery cząsteczki, a po 30 cyklach wytwarzane są już miliony kopii badanego fragmentu DNA. 10

12 Denaturacja nici DNA Przyłączanie starterów 1. cykl Polimeryzacja nowych nici DNA 2. cykl 3. cykl 4. cykl 5. cykl 30. cykl Rysunek 3. Schemat łańcuchowej reakcji polimerazy (ang. Polymerase Chain Reaction, PCR). Każdy cykl reakcji składa się z trzech podstawowych etapów: a) denaturacji nici DNA, b) przyłączania jednoniciowych starterów oraz c) polimeryzacji nowych nici przy udziale termostabilnej polimerazy DNA. Typowa reakcja składa się zazwyczaj z 30 cykli. Dysponując na początku reakcji jednym fragmentem DNA, po pierwszym cyklu otrzymuje się dwie kopie, po dwóch cyklach cztery a po trzydziestu cyklach liczba kopii wynosi Figure 3. The principle of the polymerase chain reaction (PCR). Every cycle of PCR consists of three stages: a) denaturation of DNA helix, b) annealing of specific single-stranded primers, and c) polymerisation of new DNA molecules. The typical PCR reaction usually consists of 30 cycles. First cycle generates two copies, second cycle - four copies, and after thirty cycles millions of copies of target DNA are present. 11

13 Główną zaletą techniki PCR jest to, że do przeprowadzenia reakcji teoretycznie wystarcza jedna cząsteczka wyjściowego DNA. Rozwój techniki PCR znacznie ułatwił analizowanie DNA otrzymanego z silnie zdegradowanych tkanek, liczących tysiące lat (PÄÄBO, 1989; PÄÄBO, 1993). Dysponując taką techniką można liczyć na to, że jeśli w badanym preparacie znajduje się choćby jeden fragment cząsteczki DNA to może on zostać powielony. W celu poznania kolejności ułożenia poszczególnych nukleotydów w obrębie analizowanego odcinka DNA uzyskane produkty PCR poddaje się sekwencjonowaniu. Zdobyte w ten sposób informacje pozwalają wnioskować o zależnościach filogenetycznych między badanymi osobnikami czy też tworzonymi przez nie grupami (MEYER, 1993). Zależności te przedstawia się zazwyczaj w formie tak zwanego drzewa filogenetycznego, składającego się z węzłów i gałęzi. Węzeł drzewa filogenetycznego przedstawia jednostkę taksonomiczną, natomiast gałąź to relacja między dwiema jednostkami taksonomicznymi. Długość gałęzi może być odzwierciedleniem różnic między tymi jednostkami, w takim przypadku długość gałęzi będzie zależna od liczby substytucji nukleotydowych. Wyróżnia się dwa podstawowe podejścia umożliwiające konstrukcje drzew filogenetycznych. Pierwsze z nich opiera się na dystansie genetycznym między analizowanymi sekwencjami DNA. Dane liczbowe wartości tego dystansu przedstawione są w postaci macierzy, stanowiąc podstawę wielu metod umożliwiających rekonstrukcję filogenezy. Do najpopularniejszych z nich należy metoda UPGMA (ang. Unweighted Pair Group Method with Arythmetic Averages; SNEATH i SOKAL, 1973). Podstawowym założeniem tej metody jest jednakowe tempo ewolucji wzdłuż wszystkich gałęzi dendrogramu. Równie popularna jest metoda Neighbor-Joining opisana przez SAITOU i NEI (1987), opierająca się na łączeniu sąsiadujących taksonów ("węzłów drzewa"). Należy zaznaczyć, że metody oparte na dystansie genetycznym są stosunkowo proste i pozwalają w krótkim czasie uzyskać dendrogramy odzwierciedlające zależności filogenetyczne pomiędzy badanymi taksonami. 12

14 Drugie podejście stosowane do konstruowania drzew filogenetycznych, polega na wykorzystaniu danych jakościowych. Wyróżnia się tu dwie podstawowe metody konstruowania drzew filogenetycznych na podstawie sekwencji nukleotydowych (HILLIS, 1994). Prostszą z nich jest Metoda maksymalnej oszczędności (ang. Parsimony; FITCH, 1971). Pozwala ona znaleźć taki schemat powiązań molekularnych, który do wyjaśnienia ewolucji analizowanej grupy taksonów wymaga najmniejszej liczby zmian mutacyjnych. W praktyce polega to na skonstruowaniu przy pomocy odpowiedniego algorytmu matematycznego wszystkich możliwych drzew i wyborze tego, do którego skonstruowania wymagana jest najmniejsza liczba mutacji w obrębie analizowanych sekwencji DNA. Równie często wykorzystuje się Metodę maksymalnego prawdopodobieństwa (ang. Maximum Likelihood; FELSENSTEIN, 1981). Metoda ta pozwala znaleźć taki dendrogram, który z największym prawdopodobieństwem określa relacje między analizowanymi sekwencjami DNA. W metodzie tej wszystkie pozycje nukleotydowe, każdej sekwencji DNA są analizowane indywidualnie. Obliczone prawdopodobieństwa wystąpienia poszczególnych zasad na każdej pozycji nukleotydowej są sumowane, dając końcowe prawdopodobieństwo dla każdego z możliwych drzew. Ponieważ uzyskiwane wartości prawdopodobieństwa są bardzo niskie, dla ułatwienia przedstawia się je w postaci logarytmicznej. Uzyskane w ten sposób wartości logarytmiczne są ujemne, a drzewo ukazujące z największym prawdopodobieństwem zależności filogenetyczne cechuje się wartością logarytmu jak najbardziej zbliżoną do zera. Głównym celem badań było opracowanie i przedstawienie metod, umożliwiających analizę DNA zawartego w różnego rodzaju archiwalnych tkankach ryb. Uzyskane dzięki zastosowanym metodom informacje genetyczne w postaci sekwencji nukleotydowych wykorzystano w badaniu powiązań filogenetycznych na poziomie wewnątrzgatunkowym. A. Podjęto próbę wykorzystania zbioru zasuszonych łusek troci wędrownej (Salmo trutta m. trutta L.) do scharakteryzowania populacji ryb, występujących w Dunajcu w latach 19 - sześciedziesiątych. Przeprowadzone analizy udowodniły, iż badane 13

15 łuski zanieczyszczone były materiałem biologicznym należącym do innego gatunku ryb. W konsekwencji uzyskano sekwencje nukleotydowe, których analiza dowiodła, że obce tkanki należały do ryb z rodzaju Thymallus. B. Przedstawiono metody umożliwiające analizę DNA eksponatów muzealnych zakonserwowanych w formalinie. Dzięki zastosowanym metodom udało się wyizolować DNA z zakonserwowanych w formalinie tkanek pelugi (Coregonus peled G.) i sielawy (Coregonus albula L.), u której dodatkowo określono haplotyp mtdna. C. Podjęto próbę analizy DNA pozostałości kostnych z wykopalisk archeologicznych. Skoncentrowano się na szczątkach należących do leszcza (Abramis brama L.), wykazano możliwość analizy genetycznej tego rodzaju tkanek pochodzących z różnych stanowisk archeologicznych i charakteryzujących się różnym wiekiem. Uzyskane dane pozwoliły stwierdzić duże zróżnicowanie mitochondrialnego DNA tego gatunku na terenie Polski. 14

16 2. Materiał 2.1. Materiały łuskowe Łuski pochodziły z 1954 roku i należały do troci wędrownych złowionych w rzece Dunajec. Materiał ten uzyskano z Instytutu Rybactwa Śródlądowego w Olsztynie (Zakład Rybactwa Rzecznego w Żabieńcu) dzięki uprzejmości prof. dr hab. Romana Sycha. Zbiór łusek stanowiło kilkadziesiąt małych kopert, każda z nich zawierała łuski pochodzące od jednego osobnika. Każda koperta zaopatrzona była w szczegółowy opis ryby od której pochodziły łuski. Dodatkowo przeprowadzone morfologiczne badanie łusek (Dr inż. I. Borzęcka; Instytut Rybactwa Śródlądowego w Olsztynie, Zakład Rybactwa Rzecznego w Żabieniecu) potwierdziło, iż łuski te zgodnie z opisem należą do troci. Do analizy genetycznej wybrano materiał zawarty w dziesięciu kopertach, które zawierały największą liczbę łusek Preparaty utrwalane w formalinie Analizowane w pracy tkanki pochodziły z okazów ryb zgromadzonych w Muzeum Przyrodniczym im. Janiny Wengris (Katedra Zoologii; UWM w Olsztynie). Badane tkanki pochodziły od dwóch gatunków ryb siejowatych: sielawy (Coregonus albula L.) złowionej w jeziorze Klawój w 1960 roku oraz pelugi (Coregonus peled G.), która została złowiona w 1989 roku w jeziorze Maróz. W przypadku sielawy pobrano fragmenty łuków skrzelowych, natomiast w przypadku pelugi pobrano próbę tkanki mięśniowej, z okolicy grzbietowej. Obydwa preparaty zakonserwowane były w 4% formalinie. Próby tkanek przechowywano do czasu badań genetycznych w temperaturze - 20 C Pozostałości kostne Do badań przeznaczono 8 prób, które stanowiły fragmenty kostne, zidentyfikowane morfologicznie jako pozostałości leszcza (Abramis brama L.). Próby pochodziły z pięciu różnych stanowisk archeologicznych (Rysunek 4). Trzy próby (Wolin 10, Wolin 12 i Wolin 16) pozyskane były ze stanowiska archeologicznego na Wyspie Wolin (CHEŁKOWSKI i inni, 2001), dwie na stanowisku Dąbki (Dąbki 19 i Dąbki 20), położonego u brzegu jeziora Bukowo (ILKIEWICZ, 1989). 15

17 MORZE BAŁTYCKIE WOLIN DĄBKI 25 KM ŻUBRONAJĆ DUDKA BRODNICA WARSZAWA Rysunek 4. Mapa północnej Polski przedstawiająca lokalizację stanowisk archeologicznych, z których pochodziły badane szczątki kostne leszczy (Abramis brama L.). Figure 4. Location of archaeological sites, from which samples of common bream (Abramis brama L.) were collected. Trzy pozostałe pochodziły ze stanowisk: Dudka (Dudka 25; GUMIŃSKI, 1995), Żubronajć (Żubronajć 26) i ze stanowiska Brodnica (Brodnica 27). Stan zachowanych fragmentów kostnych był różny, gdyż kości od momentu ich wykopania Tabela 1. Zestawienie i opis prób wykorzystanych w badaniu. Table 1. Description of archaeological fish bone samples examined in this study. Lp POCHODZENIE I NUMER PRÓBY WIEK PRÓBY (lata) RODZAJ KOŚCI CAŁKOWITA MASA KOŚCI (g) 1 WOLIN operculum 0,95 2 WOLIN cleithrum 1,60 3 WOLIN praeoperculum 0,95 4 DĄBKI operculum 0,30 5 DĄBKI cleithrum 0,48 6 DUDKA operculum 0,22 7 ŻUBRONAJĆ pharyngeum 0,28 8 BRODNICA operculum 0,70 16

18 przechowywane były w bliżej nie określonych warunkach. W Tabeli 1 zebrano podstawowe dane, charakteryzujące analizowane pozostałości kostne, natomiast Rysunek 5 przedstawia zdjęcia tych prób, wykonane bezpośrednio przed przystąpieniem do badań cm 1 cm cm 1 cm cm 1 cm & cm 1 cm Rysunek 5. Zdjęcia analizowanych szczątków kostnych leszcza (Abramis brama L.), pochodzących z pięciu stanowisk archeologicznych. Szczegóły dotyczące poszczególnych prób przedstawione są w Tabeli 1 Figure 5. Pictures of all examined bones of common bream (Abramis brama L.) collected from various archaeological sites. The detailed description is given in Table 1. 17

19 3. Metody 3.1. Izolacja DNA Materiały łuskowe Do izolacji DNA wykorzystano 10 prób, 8 z nich stanowiły łuski (4-5 łusek na jedną próbę) a dwie były wyciętymi skrawkami kopert z widocznym śladem zaschniętego nabłonka i śluzu (Rysunek 6). Materiał umieszczano w próbówce 1,5 ml, do której dodawano 1 ml roztworu trawiącego (100mM Tris-HCl; 10mM EDTA; ph 8.0; WHITMORE i inni, 1992; 0,5 mg proteinazy K; 0,25 mg DTT). Inkubacja trwała 24 godziny w temperaturze 65 C. W ciągu tego czasu próby były kilkakrotnie silnie wstrząsane. DNA ekstrahowane było raz fenolem i raz mieszaniną chloroformu i alkoholu izoamylowego (24:1). Po ekstrakcji górną fazę przenoszono do nowych probówek zawierających 1 ml izopropanolu. Po 15 minutach strącania próby były wirowane przez 15 minut ( g). Osad rozpuszczano w 70 % etanolu i ponownie poddawano wirowaniu, po czym osad DNA osuszano z alkoholu i zawieszano w sterylnej wodzie. Do czasu amplifikacji DNA było przetrzymywane w temperaturze - 20 C. Rysunek 6. Zdjęcie przedstawiające wewnętrzną stronę koperty, służącej do przechowywania pobranych łusek ryb. Przerywaną linią zaznaczono fragment z zaschniętym nabłonkiem i śluzem, który wykorzystano do izolacji DNA. Figure 6. The internal side of envelope, that was used to store the fish scales. Marked fragment of the envelope with the dry slime on it was cut out and used for DNA extraction 18

20 Preparaty utrwalane w formalinie Do izolacji DNA metodą opisaną przez SHIOZAWĘ i współautorów (1992) wykorzystano fragmenty łuków skrzelowych (o masie 0,4 g) sielawy oraz fragment tkanki mięśniowej (o masie 0,35 g) pelugi. Pobrane tkanki przemyto w buforze TE9 (500 mm TRIS, 20mM EDTA, 10mM NaCl, ph 9.0; SHIOZAWA i inni 1992) przez 24 godziny w temperaturze pokojowej. Następnie tkanki przeniesiono do 1,5 ml probówek zawierających 1 ml roztworu trawiącego [bufor TE9, 4 mg proteinazy K, 10 mg soli sodowej siarczanu dodecylu (SDS)]. Inkubacja trwała zazwyczaj 72 godziny i przebiegała w temperaturze 40 C. Po 24 i 48 godzinach do każdej probówki dodawano 4 mg proteinazy K i 10 mg SDS. Podczas inkubacji próby były intensywnie wstrząsane kilka razy dziennie. Strawione tkanki ekstrahowane były dwa razy fenolem i raz mieszaniną chloroformu i alkoholu izoamylowego (24:1). Po ekstrakcji górną fazę przenoszono do nowych probówek zawierających 0,5 ml roztworu strącającego, który był mieszaniną izopropanolu i 3M octanu sodowego (5:1). Po 15 minutach strącania próby przenoszono do wirówki i poddawano wirowaniu przez 15 minut ( g). Osad rozpuszczano w 70 % etanolu i probówki ponownie wirowano, po czym osad DNA osuszano z alkoholu i zawieszano w sterylnej wodzie. Do czasu amplifikacji DNA było przetrzymywane w temperaturze - 20 C. Druga z zastosowanych metod izolacji DNA opisana została przez SHEDLOCK'A i współautorów (1997). Tą metodą izolowano DNA jedynie z tkanki mięśniowej pelugi. Wstępny etap izolacji DNA polegał na przemywaniu zakonserwowanej w formalinie tkanki w 10 ml buforu GTE (100 mm glicyny, 10 mm tris- HCl, ph 8.0, 1mM EDTA; SHEDLOCK i inni, 1997). Proces ten odbywał się w temperaturze pokojowej, i polegał na ciągłym wstrząsaniu tkanki w buforze. Po 24 i 48 godzinach bufor GTE wymieniano na świeży, a po 72 godzinach bufor usunięto a tkankę wysuszono. Następnym etapem było trawienie tkanki w 0,5 ml buforu (1% SDS, 25 mmtris-hcl, ph 7,5, 100 mm EDTA; SHEDLOCK i inni, 1997) przez 24 godziny w temperaturze 40º C. Na początku do tego roztworu dodano 50 μl proteinazy K (20 mg/ml) oraz 20 μl DTT (8 mg/ml), po 19

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski Genomika Porównawcza Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski 1 Plan prezentacji 1. Rodzaje i budowa drzew filogenetycznych 2. Metody ukorzeniania drzewa

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Praca wykonana pod kierunkiem dr hab. Tomasza Grzybowskiego w Katedrze Medycyny Sądowej w Zakładzie Genetyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które

Bardziej szczegółowo

Acknowledgement. Drzewa filogenetyczne

Acknowledgement. Drzewa filogenetyczne Wykład 8 Drzewa Filogenetyczne Lokalizacja genów Some figures from: Acknowledgement M. Zvelebil, J.O. Baum, Introduction to Bioinformatics, Garland Science 2008 Tradycyjne drzewa pokrewieństwa Drzewa oparte

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia i inżynieria genetyczna

Biotechnologia i inżynieria genetyczna Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149 Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny M a ł g o r z a t a N a t o n e k - W i ś n i e w s k a, E w a S ł o t a Instytut Zootechniki

Bardziej szczegółowo

Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).

Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej

Bardziej szczegółowo

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii

Bardziej szczegółowo

Budowanie drzewa filogenetycznego

Budowanie drzewa filogenetycznego Szkoła Festiwalu Nauki 134567 Wojciech Grajkowski Szkoła Festiwalu Nauki, ul. Ks. Trojdena 4, 02-109 Warszawa www.sfn.edu.pl sfn@iimcb.gov.pl Budowanie drzewa filogenetycznego Cel Ćwiczenie polega na budowaniu

Bardziej szczegółowo

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215 StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215 100 ml, 250 ml, 500 ml Nr kat. 038-100, 038-250, 038-500 Nietosyczny roztwór wodny do przechowywania i zabezpieczania różnego rodzaju tkanek

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie SCENARIUSZ LEKCJI OPRACOWANY W RAMACH PROJEKTU: INFORMATYKA MÓJ SPOSÓB NA POZNANIE I OPISANIE ŚWIATA. PROGRAM NAUCZANIA INFORMATYKI Z ELEMENTAMI PRZEDMIOTÓW MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZYCH Autorzy scenariusza:

Bardziej szczegółowo

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 208956 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 381219 (22) Data zgłoszenia: 05.12.2006 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01)

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Dział programu Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) I. Od genu do cechy Budowa i funkcje kwasów

Bardziej szczegółowo

Badania genetyczne nad populacją jelenia w północno-wschodniej Polsce

Badania genetyczne nad populacją jelenia w północno-wschodniej Polsce Badania genetyczne nad populacją jelenia w północno-wschodniej Polsce Magdalena Niedziałkowska, Bogumiła Jędrzejewska, Jan Marek Wójcik Instytut Biologii Ssaków PAN w Białowieży Cele badań 1) Poznanie

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Dział programu I. Od genu do cechy Lp. Temat Poziom wymagań dopuszczający

Bardziej szczegółowo

Geny i działania na nich

Geny i działania na nich Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

1. Na podanej sekwencji przeprowadź proces replikacji, oraz do obu nici proces transkrypcji i translacji, podaj zapis antykodonów.

1. Na podanej sekwencji przeprowadź proces replikacji, oraz do obu nici proces transkrypcji i translacji, podaj zapis antykodonów. mrna 1. Na podanej sekwencji przeprowadź proces replikacji, oraz do obu nici proces transkrypcji i translacji, podaj zapis antykodonów. GGA CGC GCT replikacja CCT GCG CGA transkrypcja aminokwasy trna antykodony

Bardziej szczegółowo

Tematyka zajęć z biologii

Tematyka zajęć z biologii Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania

Bardziej szczegółowo

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika Spis treści 1. Zawartość 2 1.1 Składniki zestawu 2 2. Opis produktu 2 2.1 Założenia metody 2 2.2 Instrukcja 2 2.3 Specyfikacja

Bardziej szczegółowo

MARKERY MIKROSATELITARNE

MARKERY MIKROSATELITARNE MARKERY MIKROSATELITARNE Badania laboratoryjne prowadzone w Katedrze Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt SGGW w ramach monitoringu genetycznego wykorzystują analizę genetyczną markerów mikrosatelitarnych.

Bardziej szczegółowo

Wykład Bioinformatyka 2012-09-24. Bioinformatyka. Wykład 7. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM. Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki

Wykład Bioinformatyka 2012-09-24. Bioinformatyka. Wykład 7. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM. Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki Bioinformatyka Wykład 7 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Plan Bioinformatyka Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki Filogenetyka Bioinformatyczne narzędzia

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne

Algorytmy genetyczne Algorytmy genetyczne Motto: Zamiast pracowicie poszukiwać najlepszego rozwiązania problemu informatycznego lepiej pozwolić, żeby komputer sam sobie to rozwiązanie wyhodował! Algorytmy genetyczne służą

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

TEST Z CYTOLOGII GRUPA II

TEST Z CYTOLOGII GRUPA II TEST Z CYTOLOGII GRUPA II Zad. 1 (4p.) Rysunek przedstawia schemat budowy pewnej struktury komórkowej. a/ podaj jej nazwę i określ funkcję w komórce, b/ nazwij elementy oznaczone cyframi 2 i 5 oraz określ

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do. prania?

Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do. prania? 1 Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do prania? Czas trwania zajęć: 45 minut Potencjalne pytania badawcze: 1. Czy lipazy zawarte w proszku do prania rozkładają tłuszcze roślinne? 2. Jaka jest

Bardziej szczegółowo

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA AMFETAMINY Waldemar S. Krawczyk Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Komendy Głównej Policji, Warszawa (praca obroniona na Wydziale Chemii Uniwersytetu

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej.

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Wprowadzenie DNA i białka W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Białka: łańcuchy złożone z aminokwasów (kilkadziesiąt kilkadziesiąt

Bardziej szczegółowo

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie Zadbaliśmy o to, żeby wyposażenie w Klubie Młodego Wynalazcy było w pełni profesjonalne. Ważne jest, aby dzieci i młodzież, wykonując doświadczenia korzystały

Bardziej szczegółowo

Długoterminowe przechowywanie nasienia ryb jesiotrowatych - kriokonserwacja

Długoterminowe przechowywanie nasienia ryb jesiotrowatych - kriokonserwacja Innowacyjne techniki oceny biologicznej i ochrony cennych gatunków ryb hodowlanych i raków Długoterminowe przechowywanie nasienia ryb jesiotrowatych - kriokonserwacja Czy można przezwyciężyć śmierć i zatrzymać

Bardziej szczegółowo

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A... 1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO

ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO CZĘŚĆ TEORETYCZNA Metody badań i cechy w oparciu o które przeprowadzana jest klasyfikacja i identyfikacja mikroorganizmówh Struktura

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne Wymagania edukacyjne zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na czasie zakres podstawowy. Jest on

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa Nazwa Nazwa w j. ang. Wybrane problemy biologii molekularnej kwasy nukleinowe Selected problems of molecular biology

Bardziej szczegółowo

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1 Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH

Bardziej szczegółowo

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych

Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych ROZDZIAŁ 4 Izolowanie i amplifikacja kwasów nukleinowych Wojciech Garczorz Diagnostyka molekularna jest obecnie najszybciej rozwijającym się działem diagnostyki medycznej. W wielu dziedzinach medycyny

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

Opracował Arkadiusz Podgórski

Opracował Arkadiusz Podgórski Ewolucja jako źródło róŝnorodności biologicznej Opracował Arkadiusz Podgórski Ewolucja Ewolucja (łac. evilutio rozwinięcie) ciągły proces, polegający na stopniowych zmianach cech gatunkowych kolejnych

Bardziej szczegółowo

Testy nieparametryczne

Testy nieparametryczne Testy nieparametryczne Testy nieparametryczne możemy stosować, gdy nie są spełnione założenia wymagane dla testów parametrycznych. Stosujemy je również, gdy dane można uporządkować według określonych kryteriów

Bardziej szczegółowo

Recenzja rozprawy doktorskiej. mgr Marcina Jana Kamińskiego. pt. Grupa rodzajowa Ectateus (Coleoptera: Tenebrionidae) filogeneza i klasyfikacja.

Recenzja rozprawy doktorskiej. mgr Marcina Jana Kamińskiego. pt. Grupa rodzajowa Ectateus (Coleoptera: Tenebrionidae) filogeneza i klasyfikacja. Dr hab. Grzegorz Paśnik Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polska Akademia Nauk ul. Sławkowska 17, 31-016 Kraków Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Marcina Jana Kamińskiego pt. Grupa rodzajowa Ectateus

Bardziej szczegółowo

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier. ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie

Bardziej szczegółowo

podstawowy. Jest on niezastąpiony przy obiektywnej ocenie postępów ucznia w nauce.

podstawowy. Jest on niezastąpiony przy obiektywnej ocenie postępów ucznia w nauce. Wymagania edukacyjne zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na czasie zakres podstawowy. Jest on

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie: Wybrane zagadnienia z korelacji i regresji.

Ćwiczenie: Wybrane zagadnienia z korelacji i regresji. Ćwiczenie: Wybrane zagadnienia z korelacji i regresji. W statystyce stopień zależności między cechami można wyrazić wg następującej skali: Skala Guillforda Przedział Zależność Współczynnik [0,00±0,20)

Bardziej szczegółowo

Genetyka w nowej podstawie programowej

Genetyka w nowej podstawie programowej Genetyka w nowej podstawie programowej Dział Genetyka - III etap edukacyjny Rzetelna realizacja tego działu w gimnazjum jest kluczowa ze względu na to, że biotechnologia i inżynieria genetyczna jest omawiana

Bardziej szczegółowo

Jak powstają nowe gatunki. Katarzyna Gontek

Jak powstają nowe gatunki. Katarzyna Gontek Jak powstają nowe gatunki Katarzyna Gontek Powstawanie gatunków (specjacja) to proces biologiczny, w wyniku którego powstają nowe gatunki organizmów. Zachodzi na skutek wytworzenia się bariery rozrodczej

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne

Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne Wymagania edukacyjne z biologii nauczanej dwujęzycznie zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Wprowadzenie: Większość lądowych organizmów kręgowych część jonów amonowych NH + 4, produktu rozpadu białek, wykorzystuje w biosyntezie

Bardziej szczegółowo

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7 Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek

Bardziej szczegółowo

Imię i nazwisko...kl...

Imię i nazwisko...kl... Gimnazjum nr 4 im. Ojca Świętego Jana Pawła II we Wrocławiu SPRAWDZIAN GENETYKA GR. A Imię i nazwisko...kl.... 1. Nauka o regułach i mechanizmach dziedziczenia to: (0-1pkt) a) cytologia b) biochemia c)

Bardziej szczegółowo

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!)

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ======================================================== Ćwiczenie 2

Bardziej szczegółowo

Ekologia wyk. 1. wiedza z zakresu zarówno matematyki, biologii, fizyki, chemii, rozumienia modeli matematycznych

Ekologia wyk. 1. wiedza z zakresu zarówno matematyki, biologii, fizyki, chemii, rozumienia modeli matematycznych Ekologia wyk. 1 wiedza z zakresu zarówno matematyki, biologii, fizyki, chemii, rozumienia modeli matematycznych Ochrona środowiska Ekologia jako dziedzina nauki jest nauką o zależnościach decydujących

Bardziej szczegółowo

Procedura pobrania i transportu materiału do badania

Procedura pobrania i transportu materiału do badania Procedura pobrania i transportu materiału do badania A. Do badań cytogenetycznych - hematoonkologia A1. KARIOTYP - żywe komórki A2. FISH - żywe komórki A3. FISH materiał z bloczków parafinowych B. Do badań

Bardziej szczegółowo

Justyna Krystyna Ciepły Nr albumu 41624. Charakterystyka lekoopornych szczepów wirusa HIV 1 izolowanych w Polsce w 2008 roku

Justyna Krystyna Ciepły Nr albumu 41624. Charakterystyka lekoopornych szczepów wirusa HIV 1 izolowanych w Polsce w 2008 roku Warszawski Uniwersytet Medyczny Wydział Farmaceutyczny Oddział Analityki Medycznej Justyna Krystyna Ciepły Nr albumu 41624 Charakterystyka lekoopornych szczepów wirusa HIV 1 izolowanych w Polsce w 2008

Bardziej szczegółowo

Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy

Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy Zespół Szkół im. Ignacego Łukasiewicza w Policach PRZEDMIOTOWY SYSTEM OCENIANIA Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy I. Formy i metody sprawdzania i oceniania osiągnięć ucznia: Osiągnięcia

Bardziej szczegółowo

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ Puławy 2013 Opracowanie: Prof. dr hab. Iwona Markowska-Daniel, mgr inż. Kinga Urbaniak,

Bardziej szczegółowo

Syngen Gel/PCR Mini Kit

Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR ME Mini Kit Zestawy do oczyszczania DNA: - z żelu agarozowego - po reakcji PCR i innych reakcjach enzymatycznych - z żelu agarozowego z małą objętością elucji - po

Bardziej szczegółowo

EWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl

EWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl EWOLUCJA GENOMÓW Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Wykład 6 spis treści genomika mapowanie genomów początki ewolucji świat RNA świat wirusów (?) ewolucja genomów GENOMIKA

Bardziej szczegółowo

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu

Bardziej szczegółowo

Analiza zmienności czasowej danych mikromacierzowych

Analiza zmienności czasowej danych mikromacierzowych Systemy Inteligencji Obliczeniowej Analiza zmienności czasowej danych mikromacierzowych Kornel Chromiński Instytut Informatyki Uniwersytet Śląski Plan prezentacji Dane mikromacierzowe Cel badań Prezentacja

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UM http://www.amu.edu.pl/~ewas lgorytmy macierze punktowe (DotPlot) programowanie dynamiczne metody heurystyczne

Bardziej szczegółowo

2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów

2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów 2014-03-26 Analiza sekwencji promotorów 1 2014-03-26 TFy tworzą zawiły układ regulacyjny, na który składają się różne oddziaływania białko białko poprzez wytworzenie PĘTLI Specyficzne TFy Ogólne TFy Benfey,

Bardziej szczegółowo

Deproteinizacja jako niezbędny etap przygotowania próbek biologicznych

Deproteinizacja jako niezbędny etap przygotowania próbek biologicznych Deproteinizacja jako niezbędny etap przygotowania próbek biologicznych Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego. 1. Wstęp Określenie próbka biologiczna jest

Bardziej szczegółowo

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy PIWet Zakład Chorób Ryb Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy łososiowatych o (VHS), wirusa zakaźnej a martwicy układu krwiotwórczego (IHN)

Bardziej szczegółowo

Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl

Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl Strona 1 z 7 Adres strony internetowej, na której Zamawiający udostępnia Specyfikację Istotnych Warunków Zamówienia: www.imp.sosnowiec.pl Sosnowiec: Sukcesywna dostawa odczynników dla Instytutu Medycyny

Bardziej szczegółowo

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215 Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215 20 izolacji Nr kat. 895-20D Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 100 µg 1 Skład zestawu Składnik

Bardziej szczegółowo

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA

4. DNA podporządkowany człowiekowi manipulacje DNA . DN podporządkowany człowiekowi manipulacje DN Poznanie mechanizmów replikacji, transkrypcji i translacji oraz rozwój biochemii, genetyki i informatyki doprowadziły do wynalezienia metod pozwalających

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Statystyczna analiza danych

Statystyczna analiza danych Statystyczna analiza danych ukryte modele Markowa, zastosowania Anna Gambin Instytut Informatyki Uniwersytet Warszawski plan na dziś Ukryte modele Markowa w praktyce modelowania rodzin białek multiuliniowienia

Bardziej szczegółowo

2016-01-14. Sekwencje mikrosatelitarne. SNP Single Nucleotide Polymorphism (mutacje punktowe, polimorfizm jednonukleotydowy)

2016-01-14. Sekwencje mikrosatelitarne. SNP Single Nucleotide Polymorphism (mutacje punktowe, polimorfizm jednonukleotydowy) Sekwencje mikrosatelitarne Próba nr 1 GGGGGGGGGGGG 4x GG Próba nr 2 GGGGGGGGGGGGGGGG 6x GG Próba nr 1 GGGGGGGGG Próba nr 2 GGG GGGG SNP Single Nucleotide Polymorphism (mutacje punktowe, polimorfizm jednonukleotydowy)

Bardziej szczegółowo