PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE

WSTĘP 1. Mikromacierze ekspresyjne tworzenie macierzy przykłady zastosowań 2. Mikromacierze SNP tworzenie macierzy przykłady zastosowań

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/chip/chip.html

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY hodowla komórek np. w różnych warunkach ekspresja genów w warunkach tlenowych ekspresja genów w warunkach beztlenowych

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY ekstrakcja RNA warunki tlenowe warunki beztlenowe

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY synteza znakowanego fluorescencyjnie DNA warunki tlenowe warunki beztlenowe

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY Przyłączanie DNA do komórek mikromacierzy ATTC ATTC ATTC GGTA GGTA GGTA każda komórka zawiera fragment innego Copyright 2013, genu Joanna Szyda

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY odczyt fluorescencji poziom ekspresji RNA w warunkach tlenowych w warunkach beztlenowych

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY Interpretacja wyników ekspresja głównie w warunkach tlenowych ekspresja w obu środowiskach ekspresja głównie w warunkach beztlenowych

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - PRZEGLĄD KOMERCYJNE MIKROMACIERZE GENOMOWE (przegląd) Affymetrix Roche Agilent Liczba spotów 6 000 000 1 000 000 1 000 000 Długość próby 25 pz 60 pz 60 pz Liczba spotów / gen 4-11 2-12 2-50 sekwencje genów sekwencje egzonów sekwencje oligonukleotydowe Copyright 2015, Joanna Szyda

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - ZASTOSOWANIE WYKORZYSTANIE DANYCH Z MIKROMACIERZY EKSPRESYJNYCH ANALIZA NA POZIOMIE EKSPRESJI CAŁEGO GENOMU ANALIZA TRANSKRYPTOMU 1. Porównanie poziomu ekspresji genów w różnych warunkach poszukiwanie genów warunkujących dany fenotyp analiza powiązań między poszczególnymi genami 2. Medycyna diagnozowanie stanów chorobowych projektowanie leków Copyright 2014, Joanna Szyda

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - ZASTOSOWANIE

MIKROMACIERZE SNP i CNV MIKROMACIERZE SNP / CNV

MIKROMACIERZE SNP - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY Identyfikacja genotypów SNP (wiele metod) odczyt fluorescencji A G AA GG AG

MIKROMACIERZE SNP - TWORZENIE GENEROWANIE MIKROMACIERZY Identyfikacja genotypów SNP odczyt fluorescencji Wiele różnych technik np. Affymetrix, Illumina Illumina A A G G LaFramboise, Nucl. Acids Res. (2009) 37 (13): 4181-4193 2015, Joanna Szyda

MIKROMACIERZE SNP - TWORZENIE Ludzki chromosom 21 Mikromacierz Illumina HumanHap550 Genotypy 112 próbek HapMap po oczyszczeniu sygnału fluorescencyjnego Jakie genotypy doczytujemy w tej próbce? A A G G LaFramboise, Nucl. Acids Res. (2009) 37 (13): 4181-4193 2015, Joanna Szyda

MIKROMACIERZE SNP - TWORZENIE DANE RZECZYWISTE MIKROMACIERZE SNP ~ 2 500 000 SNP człowiek 500 000 SNP bydło 54 000 SNP koń 54 000 SNP owca 170 000 SNP pies 60 000 SNP świnia

MIKROMACIERZE SNP - ZASTOSOWANIE WYKORZYSTANIE DANYCH Z MIKROMACIERZY SNP ANALIZA NA POZIOMIE SEKWENCJI DNA ANALIZA GENOMU 1.Poszukiwanie powiązań pomiędzy fenotypem a genotypem bezpośrednio detekcja genów warunkujących fenotyp pośrednio detekcja SNP pozostających w nierównowadze z genami 2.Medycyna (wczesne) diagnozowanie stanów chorobowych 3.Selekcja (wczesny) wybór zwierząt do hodowli 4.Bioróżnorodność zróżnicowanie pomiędzy osobnikami na postawie DNA

MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE - ZASTOSOWANIE

PODSUMOWANIE PRZEMYSŁOWE TECHNOLOGIE PRODUKCJI DANYCH 1. Szybkość generowania danych równocześnie dla całego genomu równocześnie dla kilku próbek = organizmów automatyzacja miniaturyzacja 2. Możliwość zastosowania dostępność sekwencji genomów dostępność komputerów i oprogramowania 3. Wysoki poziom błędu technicznego