1. KEGG 2. GO. 3. Klastry

Transkrypt

1 ANALIZA DANYCH 1. Wykład wstępny 2. Charakterystyka danych 3. Analiza wstępna genomiczna charakterystyka cech 4. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna 5. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna 6. Metodyka Genome-wide Association Studies 7. Opis programu preznaczonego do ostatecznej analizy 8. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 9. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 10. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 11. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 12. Przegląd literatury GWAS dla analizowanych cech 14. Prezentacje grup roboczych ostateczna analiza 15. Prezentacje grup roboczych ostateczna analiza

2 WSTĘP 1. KEGG 2. GO 3. Klastry

3 KEGG

4 KEGG

5 KEGG KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Cel opis funkcji systemów biologicznych biologiczna interpretacja danych molekularnych Połączenie informacji: genomicznych (dla gatunków o znanej sekwencji całego genomu) chemicznych ogólnoustrojowych danych metabolicznych Kanehisa Laboratories Japonia powiązanych ze sobą baz danych Copyright 2017 Joanna Szyda

6 KEGG komponenty 16 baz danych

7 KEGG komponenty stan na Copyright 2018, Joanna Szyda

8 KEGG pathway KEGG pathway Wizualizacja interakcji molekularnych i sieci reakcji metabolicznych Utworzone na podstawie informacji z publikacji naukowych

9 KEGG pathway Rodzaje ścieżek Metabolizm np. metabolizm lipidów Przetwarzanie informacji genetycznej np. transkrypcja Przetwarzanie informacji ze środowiska np. szlaki sygnałowe Procesy na poziomie komórki np. transport i katabolizm Procesy na poziomie organizmu np. układ immunologiczny Procesy chorobotwórcze np. choroby neurodegeneracyjne Projektowanie leków np. leki przeciwzapalne

10 KEGG pathway Sphingolipid metabolism - Homo sapiens (hsa00600) produkt genu cząsteczka zależność inna ścieżka

11 KEGG literatura

12 KEGG Enrichment Analysis

13 KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 1. QTL data base ( wybór regionów genomu odpowiedzialnych za analizowaną cechę

14 KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 2. Variant Effect Predictor ( adnotacja genomowa regionów

15 KEGG przykładowa ścieżka analizy bioinformatycznej 3. Kobas (kobas.cbi.pku.edu.cn/) identyfikacja ścieżek KEGG, test

16 KEGG testowanie hipotez H 0 : ścieżka KEGG nie jest częściej(rzadziej) reprezentowana wśród genów odpowiedzialnych za daną cechę H 1 : ścieżka jest częściej(rzadziej) reprezentowana wśród genów odpowiedzialnych za daną cechę H 0 : p b =p g H 1 : p b p g a max =0.01 Binomial test: Z = p b p g σ pb ~N 0,1

17 GO

18 GO

19 GO GO Gene Ontology Baza danych MySQL 1998 Usystematyzowane ontologie kategoryzują produkty genów w zakresie procesów biologicznych komponentów komórki funkcji molekularnych Hierarchia ontologii Różne gatunki

20 GO

21 GO stan na Copyright 2018, Joanna Szyda

22 GO Proces biologiczny Komponent komórki Funkcja molekularna seria zdarzeń realizowanych przez jeden lub więcej połączonych funkcji molekularnych np. signal transduction, pyrimidine metabolic process komponent komórki np. snucleus, ribosome czynności występujące na poziomie molekularnym np. catalytic activity, binding activity

23 GO Proces biologiczny Komponent komórki Funkcja molekularna Growth Chromosomal part Binding Bone growth Chromatin ATP binding Endochondral bone growth Euchromatin MutS complex Growth plate cartilage Nuclear developement euchromatin

24 GO literatura gkw1108.long

25 GO Enrichment Analysis

26 GO Enrichment Analysis

27 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Proces biologiczny

28 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Funkcja molekularna

29 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Komponent komórkowy

30 GO i KEGG Klastrowanie

31 GO Enrichment Analysis

32 GO Enrichment Analysis Clustering for GO terms

33 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Proces biologiczny

34 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Funkcja molekularna

35 GO Enrichment Analysis Wyniki dla ontologii Komponent komórkowy

36 1. KEGG 2. GO 3. Klastry