Modele liniowe i mieszane na przykªadzie analizy danych biologicznych - Wykªad 1

Modele liniowe i mieszane na przykªadzie analizy danych biologicznych - Wykªad 1 Tomasz Suchocki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocªawiu Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierz t

Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 2/36

Plan wykªadu 1 Podstawowe informacje o przedmiocie 2 Wst p do pakietu R Mo»na (a nawet trzeba) przerywa i zadawa pytania! Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 2/36

Podstawowe informacje o przedmiocie Model statystyczny hipoteza lub ukªad hipotez, sformuªowanych w sposób matematyczny (odpowiednio w postaci równania lub ukªadu równa«), który przedstawia powi zania wyst puj ce pomi dzy rozpatrywanymi zjawiskami rzeczywistymi. Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 3/36

Podstawowe informacje o przedmiocie Model statystyczny hipoteza lub ukªad hipotez, sformuªowanych w sposób matematyczny (odpowiednio w postaci równania lub ukªadu równa«), który przedstawia powi zania wyst puj ce pomi dzy rozpatrywanymi zjawiskami rzeczywistymi. Modele statystyczne dzielimy na: liniowe np. regresja liniowa, ANOVA; nieliniowe. Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 3/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Wykªady Wykªad 1 Wprowadzenie do pakietu R Wykªad 2 Analiza regresji liniowej w pakiecie R Wykªad 3 Analiza wariancji w pakiecie R Wykªad 4 Porównywanie modeli przy pomocy kryterium informacyjnych Wykªad 5 Modele mieszane w pakiecie R Wykªad 6 Estymacja parametrów wariancji w pakiecie R Wykªad 7 Porównywanie modeli mieszanych oraz testowanie istotno±ci ich parametrów wariancji Wykªad 8 Prezentacje studentów Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 4/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - wiczenia wiczenia 1 Wprowadzenie do pakietu R wiczenia 2 Analiza regresji liniowej w pakiecie R wiczenia 3 Analiza wariancji w pakiecie R wiczenia 4 Porównywanie modeli przy pomocy kryterium informacyjnych wiczenia 5 Kolokwium wiczenia 6 Modele mieszane w pakiecie R wiczenia 7 Estymacja parametrów wariancji w pakiecie R wiczenia 8 Prezentacje studentów Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 5/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Wykªady: wtorek 16:00 17:30 sala 8W wiczenia: pi tek 8:30 10:00 pi tek 10:00 11:30 pi tek 11:30 13:00 Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 6/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Terminy Terminy wykªadów i wicze«: 02.10.2012 i 05.10.2012 09.10.2012 i 12.10.2012 16.10.2012 i 19.10.2012 23.10.2012 i 26.10.2012 27.11.2012 i 30.11.2012 30.10.2012 i 02.11.2012 06.11.2012 i 09.11.2012 13.11.2012 i 16.11.2012 20.11.2012 i 23.11.2012 Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 7/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: kolokwium 16 punktów projekt (grupy 4-o osobowe) 16 punktów Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 8/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: kolokwium 16 punktów projekt (grupy 4-o osobowe) 16 punktów 16 punktów daje ocen pozytywn Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 8/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: kolokwium 16 punktów projekt (grupy 4-o osobowe) 16 punktów 16 punktów daje ocen pozytywn poprawki? Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 8/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: kolokwium 16 punktów projekt (grupy 4-o osobowe) 16 punktów 16 punktów daje ocen pozytywn poprawki? aktywno± Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 8/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Oceny Warunki zaliczenia: kolokwium 16 punktów projekt (grupy 4-o osobowe) 16 punktów 16 punktów daje ocen pozytywn poprawki? aktywno± obecno± Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 8/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - Kontakt Gdzie mo»na mnie znale¹ : Katedra Genetyki (pokój 23) e-mail: tomasz.suchocki@up.wroc.pl Konsultacje: wtorek 13:00 15:00 Katedra Genetyki (pokój 23) termin ustalany indywidualnie z prowadz cym Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 9/36

Podstawowe informacje o przedmiocie - http://theta.edu.pl Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 10/36

Wprowadzenie do R Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 11/36

Wprowadzenie do R Co to wogóle jest R? pakiet statystyczny mo»liwo±ci s jednak znacznie wi ksze! DARMOWY! zarówno w edukacji jak i biznesie www.r-project.org Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 12/36

Wprowadzenie do R - Instalacja Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 13/36

Wprowadzenie do R - Korzystanie z pomocy Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 18/36

Wprowadzenie do R - Wczytywanie danych read.table("±cie»ka",header={f,t},sep={";","\t"},ll={f,t}) ±cie»ka np.: "d:/inf/dane.txt" header czy wyst puje nagªówek w danych sep czym s oddzielane kolumny ll czy s "brakuj ce"dane setwd("±cie»ka") zmieniamy katalog roboczy (setwd("d:/inf/")) Jakie s zalety uzywania ramki danych? Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 19/36

Wprowadzenie do R - Wczytywanie danych Jak wczyta takie dane? Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 20/36

Wprowadzenie do R - Wczytywanie danych read.fwf("±cie»ka",header={f,t},width=c(n 1,..., n k )) ±cie»ka np.: "d:/inf/dane.txt" header czy wyst puje nagªówek w danych width dªugo± (ilo± znaków) kolejnych zmiennych Jakie s zalety uzywania ramki danych? Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 21/36

Wprowadzenie do R - Zapisywanie danych write.table(zmienna,"±cie»ka",col.names={f,t},row.names={f,t}, sep={";","\t"},quote={f,t}) zmienna któr zmienn chcemy zapisa col.names czy zapisa nazwy kolumn row.names czy zapisa nazwy wierszy quote zaznacza tryb znakowy czy nie Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 22/36

Wprowadzenie do R - Zapisywanie danych cat(zmienna,"±cie»ka",append={f,t},sep={";","\t"}) zmienna któr zmienn chcemy zapisa append dopisa wyniki do istniej cego pliku, czy stworzy nowy i nadpisa stary Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 23/36

Wprowadzenie do R - typy zmiennych Typ liczbowy (is.numeric(), as.numeric()) Typ czynnikowy (is.factor(), as.factor()) Typ znakowy (is.character(), as.character()) Typ logiczny (is.logical(), as.logical()) Wektor elementów Lista Macierz Ramka danych Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 24/36

Wprowadzenie do R - Kalkulator Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 25/36

Wprowadzenie do R - Kalkulator Inne przydatne funkcje: pierwiastek kwadratowy: sqrt(x) zaokraglanie liczby do k znaków: round(x,digits=k) funkcje trygonometryczne: sin(x), cos(x), tan(x) warto± bezwzgl dna: abs(x) Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 26/36

Wprowadzenie do R - Wektory Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 27/36

Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 28/36

Wprowadzenie do R - Macierze Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 29/36

Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 30/36

Wprowadzenie do R - Indeksy Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 31/36

Wprowadzenie do R - Wykresy wykres plot y 0 500 1000 1500 2000 2500 40 20 0 20 40 Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 32/36 x

Wprowadzenie do R - Wykresy wykres hist Frequency 0 50 100 150 200 2 0 2 4 a Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 33/36

Wprowadzenie do R - Wykresy 3 2 1 0 1 2 3 Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 34/36

Wprowadzenie do R - Programowanie Czy w pakiecie R mo»na tworzy wªasne programy? function for while if... else ) Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 35/36

Dzi kuj za uwag Tomasz Suchocki, Modele liniowe... Wykªad 1 36/36