Mikrobiologia 1. Metryczka Nazwa Wydziału: Program kształcenia WYDZIAŁ FARMACEUTYCZNY Z ODDZIAŁEM MEDYCYNY LABORATORYJNEJ ANALITYKA MEDYCZNA, STUDIA JEDNOLITE MAGISTERSKIE, STACJONARNE I NIESTACJONARNE Rok akademicki: 2018/2019 Nazwa modułu/przedmiotu: Kod przedmiotu Jednostka/i prowadząca/e kształcenie Kierownik jednostki/jednostek Rok studiów Semestr studiów (semestr, na którym realizowany jest przedmiot): Typ modułu/przedmiotu Osoby prowadzące Erasmus TAK/NIE Osoba odpowiedzialna za sylabus MIKROBIOLOGIA am_s_s0 ZAKŁAD MIKROBIOLOGII FARMACEUTYCZNEJ DR HAB. JOANNA STEFAŃSKA III V kierunkowy Prof. dr hab. Stefan Tyski, dr Anna Pietruczuk-Padzik, mgr Izabella Maciąg, mgr Iwona Makuch NIE Mgr Iwona Makuch Liczba punktów ECTS: 15 2. Cele kształcenia 1. Poznanie podstawowych zagadnień mikrobiologii ogólnej i lekarskiej, w tym lekooporności drobnoustrojów chorobotwórczych. 2. Poznanie podstawowych metod pracy w laboratorium mikrobiologicznym w zakresie bakteriologii, mikologii i wirusologii, w tym zasad BHP, klasycznych metod diagnostyki mikrobiologiczno-lekarskiej, metod biologii molekularnej i serologii, stosowanych w badaniach drobnoustrojów, praktycznych aspektów badań różnych materiałów klinicznych oraz badań lekooporności drobnoustrojów. 3. Poznanie zasad interpretacji wyników badań diagnostyczno-mikrobiologicznych w medycynie. Strona 1 z 7
2. Wymagania wstępne 1. Student zna podstawy biologii, w tym genetyki, chemii i biochemii z zakresu szkoły średniej oraz I i II roku studiów. 2. Student zna budowę i funkcjonowanie organizmu człowieka, jego narządów i tkanek. 3. Student potrafi posługiwać się podstawowym sprzętem laboratoryjnym oraz mikroskopem. 3. Przedmiotowe efekty kształcenia Lista efektów kształcenia Symbol przedmiotowego efektu kształcenia W1 W2 W3 W4 W5 W6 W7 W8 U1 Treść przedmiotowego efektu kształcenia zna podstawy metodyczne badań analitycznych (w tym: rozdzielczych, fotometrycznych, spektrometrycznych, elektrochemicznych, immunochemicznych, analizy enzymów i substratów, kwasów nukleinowych) i ich zastosowanie w medycynie laboratoryjnej w zakresie badań mikrobiologicznych zna rodzaje i charakterystykę materiału biologicznego, zasady i metodykę pobierania, transportu, przechowywania i przygotowania do analizy (w tym: miejsce i czas pobrania, wpływ czynników interferujących, dobór antykoagulantów, utrwalaczy i podłóż transportowych, temperatury), dotyczące specyfiki materiałów pobieranych do badań mikrobiologicznych zna patogenezę, patomechanizm, epidemiologię, główne objawy kliniczne, metody diagnostyki i zasady leczenia najważniejszych chorób wywołanych przez bakterie, grzyby i wirusy zna teoretyczne i praktyczne aspekty diagnostyki mikrobiologicznej oraz jej znaczenie dla rozpoznawania zakażeń, prognozowania przebiegu oraz oceny lekowrażliwości zna diagnostykę serologiczną chorób infekcyjnych oraz jej znaczenie dla rozpoznawania, różnicowania, monitorowania przebiegu choroby i oceny efektów leczenia w zakresie badań diagnostycznych drobnoustrojów, które przeprowadzane są w laboratoriach mikrobiologicznych zna podstawowe techniki badawcze cytogenetyki i biologii molekularnej i ich zastosowanie w diagnostyce chorób nie-infekcyjnych i infekcyjnych w zakresie biologii molekularnej zna metody oceny czynności układu immunologicznego we wrodzonych i nabytych zaburzeniach odporności rozumie zasady funkcjonowania aparatury stosowanej w medycynie laboratoryjnej potrafi wyjaśnić pacjentowi lub zleceniodawcy wpływ czynników przedlaboratoryjnych na jakość wyniku (w tym, konieczność powtórzenia badania) w zakresie dotyczącym badań mikrobiologicznych Odniesienie do efektu kierunkowego (numer) KW_11 KW_22 KW_30 KW_31 KW_33 KW_35 KW_36 KW_16 K_U01 M2_U01 M2_U03 potrafi pobierać materiał do badań, ocenić jego Strona 2 z 7
U2 U3 U4 U5 U6 U7 U8 przydatność, przechowywać i przygotowywać do analizy w przypadku materiałów do badań mikrobiologicznych, których pobranie może odbywać się w laboratorium mikrobiologicznym umie dobrać optymalne metody analityczne i ocenić wiarygodność wyników tych analiz w przypadku wyników badań mikrobiologicznych badań mikrobiologicznych w zakresie ogólnym (w tym przygotowywać podłoża mikrobiologiczne wykonywać różne techniki posiewów, zakładać hodowle, oceniać wzrost drobnoustrojów, przygotowywać i oceniać preparaty bakteriologiczne, wykonywać podstawowe próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne, oceniać lekowrażliwość) badań mikrobiologicznych przez zapewnienie odpowiednich warunków pracy (w tym: potrafi kontrolować procesy sterylizacji, czystość mikrobiologiczną środowiska, właściwą dezynfekcję rąk i dobór odpowiednich środków dezynfekcyjnych) badań mikrobiologicznych w zakresie badań konkretnych grup drobnoustrojów bakterii i grzybów (w tym wykonywać próby identyfikacyjne i oznaczenie lekowrażliwości z uwzględnieniem specyfiki grupy) badań mikrobiologicznych w zakresie badań materiałów klinicznych (w tym: dobór materiału badanego, pobranie i opracowanie, posiewy, barwienia, ocena wzrostu i preparatów, antybiogram) oraz ocenić uzyskane wyniki w odniesieniu do określonej patologii lub jednostki chorobowej potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki badań cytogenetycznych i molekularnych (w tym: analiza kariotypu, genów i czynników infekcyjnych) oraz profesjonalnie opracować i interpretować wyniki tych analiz w zakresie badań molekularnych czynników infekcyjnych K_U05 M2_U01 K_U06 K_U24 M2_U01 4. Formy prowadzonych zajęć Forma Liczba godzin Liczba grup Minimalna liczba osób w grupie Wykład 30 1 Seminarium Nie dotyczy Nie dotyczy Nie dotyczy Ćwiczenia 120 3/6 10/5 Strona 3 z 7
5. Tematy zajęć i treści kształcenia W1-W4 Wykład 1-4: Mikrobiologia i jej historia. Rozwój i znaczenie mikrobiologicznej diagnostyki. Organizmy prokariotyczne i eukariotyczne, wirusy, podstawy systematyki i taksonomii drobnoustrojów. Budowa komórki bakteryjnej, funkcje jej składników, formy przetrwalnikowe. Biochemia drobnoustrojów, hodowle drobnoustrojów. Podstawy genetyki drobnoustrojów. W1, W6 W5 Wykład 5: Bakterie istotne klinicznie charakterystyka, chorobotwórczość i mechanizmy patogenezy, leczenie. W1, W3, W4, W5 W6 Wykład 6: Antybiotyki i chemioterapeutyki mechanizmy działania i oporności. W4, W8 W7 Wykład 7: Grzyby chorobotwórcze, grzybice, leki przeciwgrzybicze. W1, W3 W8-W9 Wykład 8-9: Podstawy wirusologii, wirusy chorobotwórcze dla ludzi, choroby wirusowe. W1, W3 W10 Wykład 10: Szczepionki, szczepienia, preparaty przeciwciał, bakteriofagi, zakażenia szpitalne. W5, W7 W11 Wykład 11: Funkcjonowanie i wyposażenie nowoczesnego laboratorium mikrobiologicznego w szpitalu. W1, W5 C1 BHP w laboratorium mikrobiologicznym. Dezynfekcja i antyseptyka definicje; grupy środków dezynfekcyjnych i antyseptycznych; zasady postępowania przy skażeniu materiałem biologicznym; mycie i dezynfekcja rąk oraz walidacja kompetencji higieny rąk. Badanie czystości mikrobiologicznej środowiska (powietrze, powierzchnie). W1, U5 C2 Sterylizacja- metody sterylizacji, kontrola sterylizacji fizyczna, chemiczna i biologiczna. Przygotowywanie podłoży bakteriologicznych W1, U4, U5 C3 C4 -Techniki posiewów drobnoustrojów. Podłoża mikrobiologiczne ogólna charakterystyka i podział. Przygotowywanie i barwienie mikroskopowych preparatów mikrobiologicznych. W1, U4 C5 C6 - Wybrane próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne stosowane w identyfikacji drobnoustrojów. W1, W5, U4 C7-8 - Metody oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów (dyfuzyjno-krążkowa, E-testy, MIC, MBC). Metody liczenia drobnoustrojów. Metody typowania drobnoustrojów. Stosowanie zestawów komercyjnych w diagnostyce mikrobiologicznej W1, U4 C9 - Repetytorium z mikrobiologii ogólnej. W1, W5 C10- Rodzaj Mycobacterium - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość. Drobnoustroje wywołujące choroby przenoszone drogą płciową W3, W4, U6 C11 Rodzaj Staphylococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka. Rodzaj Micrococcus - ogólna charakterystyka, różnicowanie z rodzajem Staphylococcus. W3, W4, U6 C12 Rodzaje: Streptococcus, Enterococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka W3, W4, U6 C13 Rodzaje Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus - lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki. W3, W4, U6 C14 - Rodzaje Corynebacterium, Listeria - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka W3, W4, U6 C15- Grzyby - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady postępowania z materiałem klinicznym pobieranym do badań mykologicznych. W3, W4, U6 Strona 4 z 7
C16 - Rodzaj Bacillus. Beztlenowce - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, metody hodowli, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady postępowania z materiałem klinicznym pobieranym w kierunku beztlenowców W3, W4, U6 C17-19 - Gram-ujemne pałeczki niewybredne: fermentujące (rząd Enterobacteriales) i niefermentujące oraz Gramujemne pałeczki wybredne - ogólna charakterystyka, najważniejsze rodzaje i gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki W3, W4, U6 C20 - Repetytorium z mikrobiologii lekarskiej W3, W4 C21-29 Diagnostyka zakażeń układowych. Analiza mikrobiologiczna materiałów klinicznych - samodzielna praca studenta pod kontrolą asystenta W2, U1, U2, U3, U7 6. Sposoby weryfikacji efektów kształcenia Symbol przedmiotowego efektu kształcenia W1, W5,W6, U4, U5, U8 Symbole form prowadzonych zajęć Sposoby weryfikacji efektu kształcenia Kryterium zaliczenia C1-C9, W6 kolokwium testowe 60% poprawnych odpowiedzi W3, W4, U6 C10-C20 kolokwium testowe 60% poprawnych odpowiedzi W2, U1, U2, U3, U7 C21-C29 kolokwium opisowe 51% poprawnych odpowiedzi W2, U1, U2, U3, U7 W1, W3, W4, W5, W6, W7, W8 C21-C29 7. Kryteria oceniania Raporty z ćwiczeń W pełni prawidłowo opisany tok postępowania diagnostycznego W1-W11 Egzamin 60% poprawnych odpowiedzi Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium testowe i egzamin testowy Ocena Kryteria 2,0 (ndst) poniżej 60% 3,0 (dost) 60% 3,5 (ddb) Nieobowiązkowe 4,0 (db) Nieobowiązkowe 4,5 (pdb) Nieobowiązkowe 5,0 (bdb) Nieobowiązkowe Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium opisowe Ocena Kryteria 2,0 (ndst) poniżej 51% 3,0 (dost) 51% 3,5 (ddb) Nieobowiązkowe Strona 5 z 7
4,0 (db) Nieobowiązkowe 4,5 (pdb) Nieobowiązkowe 5,0 (bdb) Nieobowiązkowe Forma zaliczenia przedmiotu: raporty z ćwiczeń Ocena Zaliczenie bez oceny 8. Literatura Literatura obowiązkowa: 1. Hryniewicz W., Mészáros J. [red]: Antybiotyki w profilaktyce i leczeniu zakażeń; Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa 2001 2. Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.: Mikrobiologia lekarska. Wyd. Lek. PZWL, Warszawa 2007 3. Kunicki-Goldfinger W. J. H.: Życie bakterii; Wyd. nowe (VII zmienione) [red.]: Baj. J., Markiewicz Z. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2005 4. Maciąg I. E., Starościak B. J. [red.]: Mikrobiologia praktyczna. Materiały do ćwiczeń dla studentów Wydziału Farmaceutycznego i Oddziału Analityki Medycznej. Oficyna Wydawnicza WUM, Warszawa 2013 5. Heczko P.B., Wróblewska M., Pietrzyk A. [red.]: Mikrobiologia lekarska. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 2014 6. Szewczyk E. [red]: Diagnostyka bakteriologiczna. Wydanie II zmienione, Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2013 7. Gromadecki J., Wróbel R.: Składniki aktywne występujące w preparatach dezynfekcyjnych i antyseptycznych. Zakażenia 1/2010; s. 29-36 8. Kutrowska E.: Antyseptyki stosowane do leczenia ran i błon śluzowych oraz do celów profilaktycznych. Zakażenia 2/2009; s. 17-22 9. Röhm-Rodowald E., Jakimiak B., Chojecka A., Podgórska M.: Oporność drobnoustrojów na środki dezynfekcyjne. Zakażenia 3/2009; s. 5-9 10. Mycie i dezynfekcja rąk oraz sterylizacja materiały własne ZMF 11. Karpiuk I., Tyski S., Poszukiwanie nowych preparatów do terapii przeciwbakteryjnej. IV. Nowe związki przeciwbakteryjne, z grup aminoglikozydów, makrolidów i tetracyklin w badaniach klinicznych. Przegl. Epidemiol. 2015; 69: 865-870 12. Karpiuk I., Tyski S., Looking for the new preparations for antibacterial therapy V. New antimicrobial agents from the oxazolidinones group in clinical trials. Poszukiwanie nowych preparatow do terapii przeciwbakteryjnej V. Nowe zwiazki przeciwbakteryjne z grupy oksazolidynonow w badaniach klinicznych. Przegl. Epidemiol. 2017: 71 (2): 207-219 13. Materiały internetowe Krajowego Ośrodka Referencyjnego ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów (www.korld.edu.pl): Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki. Zakładki: Rekomendacje KORLD; Rekomendacje EUCAST Literatura uzupełniająca: 1. Baj J., Markiewicz Z. [red.]: Biologia molekularna bakterii. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2006 2. Gołąb J., Jakóbisiak M., Lasek W., Stokłosa T. [red]: Immunologia; Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2012 3. Krawczyk B., Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. Wyd. Politechniki Gdańskiej, Gdańsk 2008 4. Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red.]: Choroby zakaźne i pasożytnicze epidemiologia i profilaktyka. Alfa-medica press Bielsko-Biała 2007 5. Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red]: Wakcynologia. Wyd.II. Alfa-medica press, Bielsko-Biała 2007 6. Murray P. R., Rosenthal K. S., Pfaller M. A.: Mikrobiologia. Wyd. Elsevier Urban&Partner, Wrocław 2011 7. Piekarowicz A.: Podstawy wirusologii molekularnej. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa 2004 8. Tyski S.: Antyseptyka. W: Zakażenia szpitalne. Podręcznik dla zespołów kontroli zakażeń. Red. Heczko P.B., Wójkowska-Mach J., Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa 2009, str. 184-202 Strona 6 z 7
9. Krzyściak P., Skóra M., Macura A. B. : Atlas grzybów chorobotwórczych człowieka, MedPharm Polska, Wrocław 2011 10.I. Karpiuk, S. Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. I. Nowe antybiotyki i chemioterapeutyki dopuszczone do obrotu. Przegl. Epidemiol. 66 (4) 567-573 (2012) 11. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. II. Badania kliniczne, nowe antybiotyki ß laktamowe i inhibitory ß laktamaz. Przegl. Epidemiol. 67 (1) 135-140 (2013) 12. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów do terapii przeciwbakteryjnej. III. Nowe chemioterapeutyki przeciwbakteryjne z grupy chinolonów w badaniach klinicznych. Przegl. Epidemiol. 67 (3) 557-561 (2013) 9. Kalkulacja punktów ECTS (1 ECTS = od 25 do 30 godzin pracy studenta) Forma aktywności Liczba godzin Liczba punktów ECTS Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim: Wykład 30 1 Seminarium Nie dotyczy Nie dotyczy Ćwiczenia 120 4 Samodzielna praca studenta Przygotowanie studenta do zajęć 120 4 Przygotowanie studenta do zaliczeń 165 5,5 Inne (jakie?) Przygotowanie raportów z ćwiczeń 15 0,5 10. Informacje dodatkowe Razem 15 Dane kontaktowe: Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej, Warszawa ul. Oczki 3, tel. 22-628.08.22, email: zmf@wum.edu.pl; http://zmf.wum.edu.pl/informacje_analityka Podpis Kierownika Jednostki Podpis osoby odpowiedzialnej za sylabus Strona 7 z 7