Mikrobiologia MIKROBIOLOGIA. am_s_s0 PROF. DR HAB. STEFAN TYSKI III. kierunkowy NIE. Mgr Iwona Makuch

Transkrypt

1 Mikrobiologia 1. Metryczka Nazwa Wydziału: Program kształcenia WYDZIAŁ FARMACEUTYCZNY Z ODDZIAŁEM MEDYCYNY LABORATORYJNEJ ANALITYKA MEDYCZNA, STUDIA JEDNOLITE MAGISTERSKIE, STACJONARNE I NIESTACJONARNE Rok akademicki: 2016/2017 Nazwa modułu/przedmiotu: Kod przedmiotu Jednostka/i prowadząca/e kształcenie Kierownik jednostki/jednostek Rok studiów Semestr studiów (semestr, na którym realizowany jest przedmiot): Typ modułu/przedmiotu Osoby prowadzące Erasmus TAK/NIE Osoba odpowiedzialna za sylabus MIKROBIOLOGIA am_s_s0 ZAKŁAD MIKROBIOLOGII FARMACEUTYCZNEJ PROF. DR HAB. STEFAN TYSKI III V kierunkowy Prof. dr hab. Stefan Tyski, dr Anna Pietruczuk-Padzik, mgr Izabela Maciąg, mgr Iwona Makuch NIE Mgr Iwona Makuch Liczba punktów ECTS: Cele kształcenia 1. Poznanie podstawowych zagadnień mikrobiologii ogólnej i lekarskiej, w tym lekooporności drobnoustrojów chorobotwórczych. 2. Poznanie podstawowych metod pracy w laboratorium mikrobiologicznym w zakresie bakteriologii, mikologii i wirusologii, w tym zasad BHP, klasycznych metod diagnostyki mikrobiologiczno-lekarskiej, metod biologii molekularnej i serologii, stosowanych w badaniach drobnoustrojów, praktycznych aspektów badań różnych materiałów klinicznych oraz badań lekooporności drobnoustrojów. 3. Poznanie zasad interpretacji wyników badań diagnostyczno-mikrobiologicznych w medycynie. Strona 1 z 7

2 2. Wymagania wstępne 1. Student zna podstawy biologii, w tym genetyki, chemii i biochemii z zakresu szkoły średniej oraz I i II roku studiów. 2. Student zna budowę i funkcjonowanie organizmu człowieka, jego narządów i tkanek. 3. Student potrafi posługiwać się podstawowym sprzętem laboratoryjnym oraz mikroskopem. 3. Przedmiotowe efekty kształcenia Lista efektów kształcenia Symbol przedmiotowego efektu kształcenia W1 W2 W3 W4 W5 W6 W7 W8 U1 U2 Treść przedmiotowego efektu kształcenia zna podstawy metodyczne badań analitycznych (w tym: rozdzielczych, fotometrycznych, spektrometrycznych, elektrochemicznych, immunochemicznych, analizy enzymów i substratów, kwasów nukleinowych) i ich zastosowanie w medycynie laboratoryjnej w zakresie badań mikrobiologicznych zna rodzaje i charakterystykę materiału biologicznego, zasady i metodykę pobierania, transportu, przechowywania i przygotowania do analizy (w tym: miejsce i czas pobrania, wpływ czynników interferujących, dobór antykoagulantów, utrwalaczy i podłóż transportowych, temperatury), dotyczące specyfiki materiałów pobieranych do badań mikrobiologicznych zna patogenezę, patomechanizm, epidemiologię, główne objawy kliniczne, metody diagnostyki i zasady leczenia najważniejszych chorób wywołanych przez bakterie, grzyby i wirusy zna teoretyczne i praktyczne aspekty diagnostyki mikrobiologicznej oraz jej znaczenie dla rozpoznawania zakażeń, prognozowania przebiegu oraz oceny lekowrażliwości zna diagnostykę serologiczną chorób infekcyjnych oraz jej znaczenie dla rozpoznawania, różnicowania, monitorowania przebiegu choroby i oceny efektów leczenia w zakresie badań diagnostycznych drobnoustrojów, które przeprowadzane są w laboratoriach mikrobiologicznych zna podstawowe techniki badawcze cytogenetyki i biologii molekularnej i ich zastosowanie w diagnostyce chorób nie-infekcyjnych i infekcyjnych w zakresie biologii molekularnej zna metody oceny czynności układu immunologicznego we wrodzonych i nabytych zaburzeniach odporności rozumie zasady funkcjonowania aparatury stosowanej w medycynie laboratoryjnej potrafi wyjaśnić pacjentowi lub zleceniodawcy wpływ czynników przedlaboratoryjnych na jakość wyniku (w tym, konieczność powtórzenia badania) w zakresie dotyczącym badań mikrobiologicznych potrafi pobierać materiał do badań, ocenić jego przydatność, przechowywać i przygotowywać do analizy Odniesienie do efektu kierunkowego (numer) KW_11 KW_22 KW_30 KW_31 KW_33 KW_35 KW_36 KW_16 K_U01 M2_U01 M2_U03 K_U05 M2_U01 Strona 2 z 7

3 U3 U4 U5 U6 U7 U8 w przypadku materiałów do badań mikrobiologicznych, których pobranie może odbywać się w laboratorium mikrobiologicznym umie dobrać optymalne metody analityczne i ocenić wiarygodność wyników tych analiz w przypadku wyników badań mikrobiologicznych badań mikrobiologicznych w zakresie ogólnym (w tym przygotowywać podłoża mikrobiologiczne wykonywać różne techniki posiewów, zakładać hodowle, oceniać wzrost drobnoustrojów, przygotowywać i oceniać preparaty bakteriologiczne, wykonywać podstawowe próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne, oceniać lekowrażliwość) badań mikrobiologicznych przez zapewnienie odpowiednich warunków pracy (w tym: potrafi kontrolować procesy sterylizacji, czystość mikrobiologiczną środowiska, właściwą dezynfekcję rąk i dobór odpowiednich środków dezynfekcyjnych) badań mikrobiologicznych w zakresie badań konkretnych grup drobnoustrojów bakterii i grzybów (w tym wykonywać próby identyfikacyjne i oznaczenie lekowrażliwości z uwzględnieniem specyfiki grupy) badań mikrobiologicznych w zakresie badań materiałów klinicznych (w tym: dobór materiału badanego, pobranie i opracowanie, posiewy, barwienia, ocena wzrostu i preparatów, antybiogram) oraz ocenić uzyskane wyniki w odniesieniu do określonej patologii lub jednostki chorobowej potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki badań cytogenetycznych i molekularnych (w tym: analiza kariotypu, genów i czynników infekcyjnych) oraz profesjonalnie opracować i interpretować wyniki tych analiz w zakresie badań molekularnych czynników infekcyjnych K_U06 K_U24 M2_U01 4. Formy prowadzonych zajęć Forma Liczba godzin Liczba grup Minimalna liczba osób w grupie Wykład 30 1 Seminarium Nie dotyczy- Nie dotyczy Nie dotyczy Ćwiczenia 120 3/6 10/5 5. Tematy zajęć i treści kształcenia Strona 3 z 7

4 W1-W4 Wykład 1-4: Mikrobiologia i jej historia. Rozwój i znaczenie mikrobiologicznej diagnostyki. Organizmy prokariotyczne i eukariotyczne, wirusy, podstawy systematyki i taksonomii drobnoustrojów. Budowa komórki bakteryjnej, funkcje jej składników, formy przetrwalnikowe. Biochemia drobnoustrojów, hodowle drobnoustrojów. Podstawy genetyki drobnoustrojów. W1, W6 W5 Wykład 5: Bakterie istotne klinicznie charakterystyka, chorobotwórczość i mechanizmy patogenezy, leczenie. W1, W3, W4, W5 W6 Wykład 6: Antybiotyki i chemioterapeutyki mechanizmy działania i oporności. W4, W8 W7 Wykład 7: Grzyby chorobotwórcze, grzybice, leki przeciwgrzybicze. W1, W3 W8-W9 Wykład 8-9: Podstawy wirusologii, wirusy chorobotwórcze dla ludzi, choroby wirusowe. W1, W3 W10 Wykład 10: Szczepionki, szczepienia, preparaty przeciwciał, bakteriofagi, zakażenia szpitalne. W5, W7 W11 Wykład 11: Funkcjonowanie i wyposażenie nowoczesnego laboratorium mikrobiologicznego w szpitalu. W1, W5 C1 C2 BHP w laboratorium mikrobiologicznym. Techniki posiewów drobnoustrojów. Podłoża mikrobiologiczne ogólna charakterystyka i podział. Przygotowywanie i barwienie mikroskopowych preparatów mikrobiologicznych. W1, U4 C3 Wybrane próby hodowlane, biochemiczne i serologiczne stosowane w identyfikacji drobnoustrojów. W1, W5, U4, C4 Dezynfekcja i antyseptyka definicje; grupy środków dezynfekcyjnych i antyseptycznych; zasady postępowania przy skażeniu materiałem biologicznym; mycie i dezynfekcja rąk oraz walidacja kompetencji higieny rąk. Badanie czystości mikrobiologicznej środowiska (powietrze, powierzchnie). W1, U5 C5 Sterylizacja- metody sterylizacji, kontrola sterylizacji fizyczna, chemiczna i biologiczna. Przygotowywanie podłoży bakteriologicznych W1, U4, U5 C6-7 - Metody oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów (dyfuzyjno-krążkowa, E-testy, MIC, MBC). Metody liczenia drobnoustrojów. Metody typowania drobnoustrojów. Stosowanie zestawów komercyjnych w diagnostyce mikrobiologicznej W1, U4 C8-9 - Metody diagnostyki molekularnej w mikrobiologii - rodzaje i znaczenie plazmidów naturalnie występujących w bakteriach; analiza wzorów plazmidowych; PCR i jej odmiany. Metody molekularne w epidemiologii: RAPD, RFLP, PFGE, rybotypowanie. Diagnostyka drobnoustrojów trudnych w hodowli z wykorzystaniem metod molekularnych.ypowanie. Diagnostyka drobnoustrojów trudnych w hodowli z wykorzystaniem metod molekularnych. W6, U8 C10 - Repetytorium z mikrobiologii ogólnej i diagnostyki molekularnej. W1, W5, W6 C11- Rodzaj Mycobacterium - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość. Drobnoustroje wywołujące choroby przenoszone drogą płciową W3, W4, U6 C12 Rodzaj Staphylococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki. Rodzaj Micrococcus - ogólna charakterystyka, różnicowanie z rodzajem Staphylococcus. W3, W4, U6 C13 Rodzaje: Streptococcus, Enterococcus - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki W3, W4, U6 C14 - Rodzaje Corynebacterium, Listeria - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, Strona 4 z 7

5 diagnostyka W3, W4, U6 C15- Grzyby - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady postępowania z materiałem klinicznym pobieranym do badań mykologicznych. W3, W4, U6 C16 - Rodzaj Bacillus. Beztlenowce - ogólna charakterystyka, najważniejsze gatunki, chorobotwórczość, metody hodowli, diagnostyka, lekowrażliwość. Zasady postępowania z materiałem klinicznym pobieranym w kierunku beztlenowców W3, W4, U6 C Gram-ujemne pałeczki niewybredne: fermentujące (rodzina Enterobacteriaceae) i niefermentujące oraz Gramujemne pałeczki wybredne- ogólna charakterystyka, najważniejsze rodzaje i gatunki, chorobotwórczość, diagnostyka, lekowrażliwość, mechanizmy oporności na antybiotyki W3, W4, U6 C19 - Repetytorium z mikrobiologii lekarskiej W3, W4 C20-27 Diagnostyka zakażeń układowych. Analiza mikrobiologiczna materiałów klinicznych - samodzielna praca studenta pod kontrolą asystenta W2, U1, U2, U3, U7 C28 - Praca przyszpitalnego laboratorium mikrobiologicznego organizacja pracy w laboratorium, tok badania mikrobiologicznego, automatyzacja, metody serologiczne i genetyczne. Zakażenia szpitalne. W2, U1, U2, U3, U7 6. Sposoby weryfikacji efektów kształcenia Symbol przedmiotowego efektu kształcenia W1, W5,W6, U4, U5, U8 Symbole form prowadzonych zajęć Sposoby weryfikacji efektu kształcenia Kryterium zaliczenia C1-C10, W6 kolokwium testowe 60% poprawnych odpowiedzi W3, W4, U6 C11-C19 kolokwium testowe 60% poprawnych odpowiedzi W2, U1, U2, U3, U7 C20-C28 kolokwium opisowe 51% poprawnych odpowiedzi W2, U1, U2, U3, U7 W1, W3, W4, W5, W6, W7, W8 C20-C28 7. Kryteria oceniania Raporty z ćwiczeń W pełni prawidłowo opisany tok postępowania diagnostycznego W1-W11 Egzamin 60% poprawnych odpowiedzi Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium testowe i egzamin testowy Ocena Kryteria 2,0 (ndst) poniżej 60% 3,0 (dost) 60% 3,5 (ddb) Nieobowiązkowe 4,0 (db) Nieobowiązkowe 4,5 (pdb) Nieobowiązkowe 5,0 (bdb) Nieobowiązkowe Forma zaliczenia przedmiotu: kolokwium opisowe Strona 5 z 7

6 Ocena Kryteria 2,0 (ndst) poniżej 51% 3,0 (dost) 51% 3,5 (ddb) nieobowiązkowe 4,0 (db) nieobowiązkowe 4,5 (pdb) nieobowiązkowe 5,0 (bdb) nieobowiązkowe Forma zaliczenia przedmiotu: raporty z ćwiczeń Ocena Zaliczenie bez oceny 8. Literatura Literatura obowiązkowa: 1. Hryniewicz W., Mészáros J. [red]: Antybiotyki w profilaktyce i leczeniu zakażeń; Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.: Mikrobiologia lekarska. Wyd. Lek. PZWL, Warszawa Kunicki-Goldfinger W. J. H.: Życie bakterii; Wyd. nowe (VII zmienione) [red.]: Baj. J., Markiewicz Z. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa Maciąg I. E., Starościak B. J. [red.]: Mikrobiologia praktyczna. Materiały do ćwiczeń dla studentów Wydziału Farmaceutycznego i Oddziału Analityki Medycznej. Oficyna Wydawnicza WUM, Warszawa Heczko P.B., Wróblewska M., Pietrzyk A. [red.]: Mikrobiologia lekarska. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa Wolinowska R.: Metody molekularne w diagnostyce mikrobiologicznej. Oficyna Wydawnicza WUM, Warszawa, 2010 oraz uzupełnienia 7. Szewczyk E. [red]: Diagnostyka bakteriologiczna. Wydanie II zmienione, Wyd. Naukowe PWN, Warszawa Gromadecki J., Wróbel R.: Składniki aktywne występujące w preparatach dezynfekcyjnych i antyseptycznych. Zakażenia 1/2010; s Kutrowska E.: Antyseptyki stosowane do leczenia ran i błon śluzowych oraz do celów profilaktycznych. Zakażenia 2/2009; s Röhm-Rodowald E., Jakimiak B., Chojecka A., Podgórska M.: Oporność drobnoustrojów na środki dezynfekcyjne. Zakażenia 3/2009; s Mycie i dezynfekcja rąk oraz sterylizacja materiały własne ZMF 12. Materiały internetowe Krajowego Ośrodka Referencyjnego ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów ( Rekomendacje doboru testów do oznaczania wrażliwości bakterii na antybiotyki i chemioterapeutyki. Zakładki: Rekomendacje KORLD; Rekomendacje EUCAST Literatura uzupełniająca: 1. Baj J., Markiewicz Z. [red.]: Biologia molekularna bakterii. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa Gołąb J., Jakóbisiak M., Lasek W., Stokłosa T. [red]: Immunologia; Wyd. Naukowe PWN, Warszawa Krawczyk B., Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. Wyd. Politechniki Gdańskiej, Gdańsk Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red.]: Choroby zakaźne i pasożytnicze epidemiologia i profilaktyka. Alfa-medica press Bielsko-Biała Magdzik W., Naruszewicz-Lesiuk D., Zieliński A. [red]: Wakcynologia. Wyd.II. Alfa-medica press, Bielsko-Biała 2007 Strona 6 z 7

7 6. Murray P. R., Rosenthal K. S., Pfaller M. A.: Mikrobiologia. Wyd. Elsevier Urban&Partner, Wrocław Piekarowicz A.: Podstawy wirusologii molekularnej. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa Tyski S.: Antyseptyka. W: Zakażenia szpitalne. Podręcznik dla zespołów kontroli zakażeń. Red. Heczko P.B., Wójkowska-Mach J., Wyd. Lekarskie PZWL, Warszawa 2009, str Krzyściak P., Skóra M., Macura A. B. : Atlas grzybów chorobotwórczych człowieka, MedPharm Polska, Wrocław I. Karpiuk, S. Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. I. Nowe antybiotyki i chemioterapeutyki dopuszczone do obrotu. Przegl. Epidemiol. 66 (4) (2012) 11. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów w terapii przeciwbakteryjnej. II. Badania kliniczne, nowe antybiotyki ß laktamowe i inhibitory ß laktamaz. Przegl. Epidemiol. 67 (1) (2013) 12. I.Karpiuk, S.Tyski: Poszukiwanie nowych preparatów do terapii przeciwbakteryjnej. III. Nowe chemioterapeutyki przeciwbakteryjne z grupy chinolonów w badaniach klinicznych. Przegl. Epidemiol. 67 (3) (2013) 9. Kalkulacja punktów ECTS (1 ECTS = od 25 do 30 godzin pracy studenta) Forma aktywności Liczba godzin Liczba punktów ECTS Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim: Wykład 30 1 Seminarium Nie dotyczy Nie dotyczy Ćwiczenia Samodzielna praca studenta Przygotowanie studenta do zajęć Przygotowanie studenta do zaliczeń 165 5,5 Inne (jakie?) Przygotowanie raportów z ćwiczeń 15 0,5 10. Informacje dodatkowe Razem 15 Dane kontaktowe: Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej, Warszawa ul. Oczki 3, tel , zmf@wum.edu.pl; Podpis Kierownika Jednostki Podpis osoby odpowiedzialnej za sylabus Strona 7 z 7