biologia molekularna CLONTECH

Transkrypt

1 biologia molekularna CLONTECH Clontech Laboratoires to najnowszy członek Takara Bio Group, która jest światowym liderem w produkcji rozwiązań dedykowanych technikom molekularnym. Dostarczając odczynniki, gotowe zestawy oraz specjalistyczne wsparcie, Clontech pomaga naukowcom w badaniach związanych z odkrywaniem, regulacją i funkcją genów. Clontech oferuje szeroką gamę narzędzi inżynierii genetycznej od enzymów i zestawów do odwrotnej transkrypcji,, real-time i bezpośredniego przez zaawansowane systemy klonowania i ekspresyjne, kończąc na systemach reporterowych i narzędziach do badania funkcji białek. Oferta firmy Clontech Laboratories zawiera szeroką gamę polimeraz zarówno do rutynowych reakcji (Titanium Polymerase/Titanium_Taq_DNA_Polymerase?sitex=10023:22372:US Taq, 2), jak również enzymy dedykowane zastosowaniom, w których wierność kopiowania jest kluczowa (Advantage HD). Wśród proponowanych rozwiązań znajdują się również polimerazy i zestawy do amplifikowania fragmentów o długości do 41 kb long (Advantage and_gc-rich_/advantage_gc_genomic_la_dna_polymerase?sitex=10023:22372:us Genomic LA). Na szczególną uwagę zasługują zestawy EcoDry TM, które pozwalają na wygodne i długie przechowywanie w pokojowej temperaturze. Zestawy te zawierają zliofilizowane premiksy i wymagają jedynie dodania próby i starterów. Seria Terra TM umożliwia bezpośrednią reakcję z tkanek roślinnych i zwierzęcych, prób z kart FTA, a także preparatów parafinowych. Zestawy te eliminują konieczność izolacji i oczyszczania DNA. Direct_Polymerase_Mix?sitex=10023:22372:US Terra umożliwia przeprowadzenie całej procedury w jednym etapie lub podzielenie otrzymanego DNA na kilka probówek, dla przeprowadzenia oddzielnych analiz. Aparat Aparat Dodaj bezpośrednio Dodaj buforu 1) 25 C przez 5 min Stała próbka do próbówki ekstrakcyjnego 2) 98 przez 2 min tkanki (<1mm 3) Rozpipetuj do Reakcja lub < 5mg) bufor Reakcja probówek ekstrakcyjny 22 RT- Odwrotna transkryptaza TM to wyjątkowy enzym o wysokiej jakości pozwalający na syntezę cdna o pełnej długości (do 14,7 kb) niezależnie od ilości RNA. Enzym ten idealnie nadaje się do klonowania, konstruowania bibliotek i jest polecany przy zestawach z rodziny SMATer TM. MMLV to druga z proponowanych odwrotnych transkryptaz. Pozwala ona na syntezę wysokiej jakości cdna do 11,7 kb z niemal każdego transkryptu. Ten enzym polecany jest do reakcji qrt- i jest dostępny w tradycyjnym formacie roztworu, jak również unikatowym formacie TM (RNA to cdna Premix). q Oferta Clontech dotycząca reakcji z detekcją w czasie rzeczywistym obejmuje wygodny, gotowy do użycia premiks q. Jest to zaprojektowany specjalnie do real-time dwukrotnie stężony premiks zawierający barwnik SYBR Green I. Zestaw ten zapewnia wysoką specyficzność i podwyższoną wydajność. Wśród proponowanych rozwiązań godnym uwagi jest również zestaw z rodziny Terra TM do bezpośredniej reakcji q z tkanek (Terra TM SYBR Premix). Łączy on zalety zestawów Terra i premiksów SYBR, pozwalając jednocześnie na amplifikację sekwencji bogatych w pary GC.

2 Klonowanie Zestawy In-Fusion Cloning Kits pozwalają na ukierunkowane wklonowanie dowolnego produktu reakcji (lub wielu produktów) do dowolnego zlinearyzowanego wektora w zaledwie 15 minut! In-Fusion nie wymaga żadnego przygotowania produktu (trawienia enzymami restrykcyjnymi, ligacji, fosforylacji itd.). Wydajność zestawu In-Fusion wynosi ponad 95%. Specjalna mieszanina enzymów In-Fusion wydajnie i precyzyjnie łączy fragmenty i zlinearyzowany wektor wykorzystując homologiczne sekwencje 15 bp znajdujące się na ich końcach. Ponadto Clontech oferuje zestawy z rodziny SMARTer do syntezy cdna, które następnie może być wykorzystane do konstruowania bibliotek, wirtualnego NorthernBlot, sekwencjonowania, RACE, qrt-, analiz z wykorzystaniem mikromacierzy. Protokół w jednej probówce x x Zrekombinowany wektor Powiel gen badany Startery specyficzne dla genu wydłużone o 15 bp homologiczne do końców wektora Produkt Dowolny zlinearyzowany wektor Enzym In-Fusion tworzy jednoniciowe fragmenty na końcach produktu oraz wektora, które ulegają fuzji dzięki homologii 15 bp odcinków Konstrukcja bibliotek cdna Wprowadzona przez Clontech rewolucyjna technologia SMART pozwala na syntezę cdna o pełnej długości i znanych sekwencjach końców 3 i 5. Technologia ta wykorzystuje aktywność terminalnej transferazy i zmiany matrycy odwrotnych transkryptaz MMLV wprowadzając na obu końcach cdna adaptory o znanych sekwencjach. Wprowadzenie tych miejsc wiązania starterów w trakcie syntezy pierwszej nici eliminuje potrzebę żmudnej syntezy drugiej nici i ligacji adaptorów. Na technologii SMART opartych jest wiele produktów Clontech. Poczynając od zestawów do odwrotnej transkryptazy SMARTScribe Reverse Transcriptase po zestawy do syntezy cdna SMARTer cdna czy dedykowane platformom do sekwencjonowania SMARTerUltra Low for Illumina Sequencing. 23

3 Materiał wyjściowy Synteza pierwszej nici cdna SMARTer oligo adaptor 5' poly A 5' SMARTScribe MMLV RT poly A dt Jeden etap Starter Oligo (dt) z dodatkową sekwencją Synteza drugiej nici cdna Amplifikacja przez LD- lub wydłużanie starterów cdna o pełnej długości da dt Matryca dla real-time Sekwencjonowanie next-generation Bezpośrednia amplifikacja genu Tworzenie bibliotek Systemy ekspresyjne Bogata oferta systemów ekspresyjnych Clontech obejmuje zarówno systemy oparte na lentiwirusach, retrowirusach, adenowirusach, jak i systemy indukowane (Tet-On 3G, Tet-On/Tet-Off, Tet-Express ). Na szczególną uwagę zasługuje Tet-Express, który pozwala na indukowaną ekspresję z wykorzystaniem tylko jednego wektora oraz bez konieczności stosowania doksycykliny. Wystarczy dodać do pożywki Tet-Express, aby wywołać ekspresję dowolnego genu pod kontrolą promotora zawierającego TRE. Clontech oferuje również zoptymalizowane czynniki transfekcyjne Xfect oparte na polimerze, które tworzą z DNA biodegradowalne, nietoksyczne nanocząstki, z wysoką wydajnością dostarczając DNA bez efektów toksycznych. Do tej rodziny produktów należą też Xfect mesc dla mysich embrionalnych komórek macierzystych oraz Xfect Protein dla wydajnego dostarczania dużych ilości białek. RACE Hybrydyzacja Sondy do pomiarów Ponadto w ofercie firmy Clontech znajdują się kolumny do oczyszczania produktów, plazmidy shrna i produkty związane z RNAi, systemy reporterowe oparte na białkach fluorescencyjnych, produkty do badań na komórkach macierzystych, zestawy do badania szlaków sygnałowych. 24

4 biologia molekularna TAKARA Takara Bio jest światowym liderem w produkcji narzędzi dedykowanych technikom molekularnym. W ofercie znajduje się szeroka gama systemów amplifikacji DNA technikami (w tym Real-Time ), jak również zestawy do izolacji i oczyszczania DNA/RNA, do klonowania i znakowania, enzymy restrykcyjne, wektory ekspresyjne (zarówno bakteryjne, wirusowe i drożdżowe), czy systemy do mutagenezy i analizy mutacji. Takara Bio oferuje również produkty do immunologii i inżynierii białkowej. Polimerazy W większości polimeraz firma Takara Bio zastosowała swoją opatentowaną technologię LA Technology (Long and Accurate Technology). Produkty te posiadają aktywność naprawczą dzięki czemu znacznie rzadziej popełniają błędy, pozwalają na wierną amplifikację nawet długich odcinków z wysoką wiernością i dużą wydajnością. 5 GATCTG 3 CTAGATCGGAT 5 (Template DNA) G 5 GATCT 3 CTAGATCGGAT 5 A 5 GATCT 3 CTAGATCGGAT 5 5 GATCTA 3 CTAGATCGGAT 5 Inhibition of extension by incorporation of incorrect bases Removal of incorrect bases through 3 5 exonuclease activity Incorporation of correct bases Smooth extension resumed Szeroka oferta polimeraz firmy Takara Bio obejmuje pełen zakres enzymów do każdego rodzaju reakcji. Dostępne są zarówno enzymy do rutynowych reakcji Products/Taq_and_Premix_Taq?sitex=10034:22372:US (TaKaRa Taq ), jak również polimerazy o znacznie zwiększonej szybkości powielania (SpeedSTAR, TaKaRa Z-Taq ), wierności (PrimeSTAR HS, TaKaRa Ex Taq ) oraz powielające długie matryce (do 48kb) i bogate w pary GC (TaKaRa LA Taq ). Wszystkie polimerazy występują również w wersji Hot Start. Istotną grupą produktów związanych z techniką jest szereg zestawów do wykrywania patogenów bakteryjnych i wirusowych w tym Mycoplasma, Verocytotxin, Salmonella, Campylobacter, Clostridium, Papillomavirus (HPV) i innych. Dla osób ceniących wygodę polecamy technologię Load N Go. Master_Mix?sitex=10034:22372:US Produkty SapphireAmp oraz Master_Mix?sitex=10034:22372:US EmeraldAmp są to gotowe premiksy, zawierające barwnik i bufor obciążający do rozdziału w żelu. Wystarczy jedynie dodać matrycę DNA i startery. Próbki po reakcji można nakładać bezpośrednio na żel, nie jest konieczne dodawanie żadnych odczynników. Próbki te można również użyć bezpośrednio do sekwencjonowania, czy klonowania nie jest wymagane ich oczyszczanie. Do rozdziału elektroforetycznego idealnie nadaje się kompaktowy, szybki i precyzyjny aparat MUPID-One. Dodaj próbkę i startery Reakcja Bezpośrednio przenieś na żel 25

5 Polimerazy RT- Odwrotna transkryptaza (PrimeScript RTase) poza wyjątkowo wysoką wydajnością, charakteryzuje się obniżoną temperaturą działania: 42 C, co umożliwia powielanie matryc o skomplikowanej strukturze drugorzędowej bez ryzyka degradacji RNA. TaKaRa oferuje również odwrotną transkryptazę (AMV Reverse Transcriptase XL ), pracującą w wyższych temperaturach (do 60 C) i znajdującą zastosowania w aplikacjach typu 3` i 5` RACE. Wszystkie zestawy do odwrotnej transkrypcji występują w wersji dwuetapowej, jak również One Step, umożliwiającej wykonanie całej reakcji w jednej probówce, co pozwala zaoszczędzić czas i zdecydowanie zmniejsza ryzyko kontaminacji. Polimerazy Real Time / q TakaraBio posiada w swojej ofercie premixy do reakcji Real Time przy wykorzystaniu znakowania barwnikiem SYBR Green I (SYBR Premix Ex Taq ), jak również sondami TaqMan (Premix Ex Taq ). Zestawy te zawierają RNazę Tli RNase H, która zapobiega hamowaniu reakcji przez hybrydy mrna/cdna. Probe Detection Method SYBR Detection Method Osobną gałąź produktów stanowią zestawy do RT-q, czyli reakcji Real Time poprzedzonej odwrotną transkrypcją 26 (One Step SYBR PrimeScript RT- Kit, One Step PrimeScript RT- Kit). Znaleźć tu można między innymi odczynniki do bezpośredniej amplifikacji cdna z hodowli komórkowych, lub niewielkich ilości Real_Time?sitex=10034:22372:US RNA (CellAmp Whole Transcriptome Amplification Kit ). Inne rozwiązania do biologii molekularnej firmy TakaraBio: Zestawy i odczynniki do klonowania i mapowania, w tym bakteryjny Enforcement Cloning System pkf3 nie wymagający screeningu kolonii, jak również wektory wirusowe (Adenovirus ExpresionVectorKi t )i drożdżowe (AureobasidinA Pyri t hiamine) Zestawy do izolacji i oczyszczania DNA/RNA i białek, obejmują takie produkty jak Dr. GenTLE do rutynowej izolacji DNA z drożdży, DEXPAT do izolacji DNA z preparatów parafinowych (FFPE), czy Fruit-mate, służący do oczyszczenia wyizolowanego RNA z polisacharydów i polifenoli. Enzymy restrykcyjne i inne enzymy modyfikujące (ligazy, nukleazy) Pełna lista restryktaz firmy TakaraBio znajduje się na naszej stronie internetowej. Dodatkowo, w ofercie firmy TakaraBio można znaleźć komórki kompetentne, zestawy do znakowania DNA, matryce kontrolne do mikromacierzy, a także proste odczynniki takie jak IPTG, X-Gal, Proteinaza K i wiele innych. Zapoznaj się również z ofertą dla biologii molekularnej pozostałych naszych producentów: Nunc/Greiner - probówki, płytki, szkiełka, naczynia hodowlane Bio-Tek - czytniki mikropłytkowe, pomiar w mikroobjętościach, aparatura liquid-handling Vector Laboratories - zestawy do hybrydyzacji in situ, systemy znakowania kwasów nukelinowych

6 TERMOCYKLER Dice TP600 posiada funkcję gradientową umożliwiającą osiągnięcie zróżnicowania temperatury do 20 C w obrębie bloku grzejnego, na każdym etapie amplifikacji. Dzięki temu można przeprowadzić analizę temperatury anilingu i dokonać optymalizacji warunków reakcji w pojedynczym eksperymencie. Ponadto ruchomy panel zawierający zarówno wyświetlacz LCD jak i panel kontrolny sprawia że termocykler jest elegancki i kompaktowy. Urządzenie obsługuje 96 probówek 0.2 ml, lub 96-dołkową płytkę do u. MUPID-One jest jednym z najciekawszych aparatów do elektroforezy agarozowej oferowanych dziś na rynku. Specjalnie zaprojektowany, programowalny zasilacz jest przyłączony bezpośrednio do komory elektroforetycznej (bez użycia kabli) co sprawia, że urządzenie jest wyjątkowo kompaktowe, a jednocześnie posiada doskonałe parametry czasu i precyzji rozdziału. Urządzenie jest sprzedawane razem z tackami i komorą do wylewania żeli, jak również kompletem grzebieni. Mimo swoich niewielkich rozmiarów Mupid-One umożliwia rozdział do 104 próbek jednocześnie. Termocykler Dice TP600 dzięki konstrukcji pokrywy typu "wysuń i podnieś" nakładanie próbek jest wyjątkowo wygodne ruchomy panel kontrolny może być podniesiony pod dowolnym kątem, umożliwiając swobodny dostęp do przycisków i wyraźny odczyt z ekranu LCD graficzny interfejs użytkownika czyni programowanie szybkim i łatwym operowanie panelem kontrolnym, dzięki rozwijanemu menu oraz alfa-numerycznej klawiaturze obsługiwanej podobnie jak w telefonach komórkowych, jest proste i czytelne. wysoko-wydajny system grzewczo-chłodzący Peltiera reakcja może być błyskawicznie uruchomiona dzięki 8 rodzajom preinstalowanych protokołów funkcja przedłużenia czasu reakcji - umożliwia długi funkcja zwiększenia temperatury - pozwala na touch down (część cykli zaprogramowana jest na zmienną temperaturę przyłączania się primerów) 27