ko sm o s PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika Tom 48, 1999 Numer 3 (244) Strony
|
|
- Bogna Zakrzewska
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 ko sm o s Tom 48, 1999 Numer 3 (244) Strony PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika ZBIGNIEW DOMIŃSKI Department of Biochemistry and Biophysics, Program in Molecular Biology and Biotechnology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27599, USA dominski@med.unc.edu APOPTOZA: ŚMIERĆ KOMÓREK W ŻYCIU ORGANIZMÓW ZWIERZĘCYCH DWA OBLICZA ŚMIERCI KOMOREK Śmierć komórek w przyrodzie może przebiegać według jednego z dwóch krańcowo odmiennych schematów: nekrozy bądź apoptozy (Ryc. 1). Nekroza zachodzi w sposób przypadkowy i niekontrolowany, zwykle w wyniku mechanicznego uszkodzenia tkanek lub działania silnych czynników stresowych, takich jak niedotlenienie, zmiany temperatury, czy ekspozycja na związki toksyczne. Na poziomie molekularnym krytycznymi wydarzeniami wyzwalającymi nekrozę jest utrata przez błonę cytoplazmatyczną zdolności do selektywnej przepuszczalności oraz gwałtowny spadek komórkowego zaopatrzenia w A T P (W y l l ie i współaut. 1980). Bezpośrednią konsekwencją tych wydarzeń jest niekontrolowane pobieranie przez uszkodzone komórki wody, zmiana wewnątrzkomórkowego składu jonowego i w dalszej kolejności, nieodwracalne uszkodzenie mitochondriów, pogłębiające deficyt energetyczny komórki. Ostatecznym aktem całkowitego załamania się homeostazy komórkowej jest pękanie komórek oraz wydostawanie się zawartości cytoplazmatycznej i jądrowej do przestrzeni międzykomórkowej. Fragmenty obumarłych komórek wychwytywane są przez wyspecjalizowane komórki systemu immunologicznego, których masowa migracja powoduje wystąpienie w rejonie śmierci nekrotycznej ostrej reakcji zapalnej i często wtórnego uszkodzenia przyległych tkanek. Nekroza jako wynik pasywnej degeneracji oraz przejaw patologii nie pełni w organizmach wielokomórkowych ważnych funkcji biologicznych. Apoptoza, w przeciwieństwie do nekrozy, jest fizjologicznym procesem aktywnej samodestrukcji, zależnym od ciągłego dopływu ATP (A r e n d t s i W y l l ie 1991). Apoptoza, określana także jako zaprogramowana śmierć komórek, jest powszechnie wykorzystywana przez organizmy tkankowe do kontrolowanej eliminacji komórek na różnych etapach rozwoju osobniczego (Ja c o b s o n i współaut. 1997). Śmierć komórek za pośrednictwem apoptozy stanowi podstawę morfogenezy umożliwiając zanik bezużytecznych organów i tkanek oraz kształtowanie części ciała, na przykład dłoni, poprzez obumieranie tkanki wypełniającej przestrzeń pomiędzy palcami. Apoptoza pełni kluczową rolę w rozwoju układu nerwowego powodując eliminację około 85% komórek nerwowych, które nie wytworzyły funkcjonalnych połączeń z innymi komórkami. Apoptozie ulega około 95% tymocytów pozbawionych prawidłowo ukształtowanych receptorów antygenowych. U prostszych organizmów zwierzęcych apoptoza jest kluczowym elementem metamorfozy, kontrolując przekształcanie larwy w owada czy kijanki w żabę. Apoptoza pełni również istotną rolę po zakończeniu procesów rozwojowych, umożliwiając wymianę komórek we wszystkich niemal tkankach i precyzyjną regulację ich liczby zgodnie z bieżącymi potrzebami dojrzałego organizmu. Apoptoza jest odpowiedzialna za uwarunkowane hormonalnie zanikanie nabłonka macicy, gruczołów mlecznych, prostaty, grasicy oraz innych narządów i tkanek. Szacuje się, że w dojrzałym organizmie człowieka w efekcie nieprzerwanego procesu odnowy tkankowej, codziennie eliminacji ulega niewiarygodna liczba 1011 komórek. Apoptoza pełni wreszcie bardzo ważną funkcję ochronną, prowadzi bowiem
2 386 Z b ig n ie w D o m iń s k i do usuwania powstających w trakcie życia organizmu szkodliwych komórek, takich jak komórki nowotworowe czy komórki zainfekowane wirusami. domeną organizmów wielokomórkowych (Am e i- sen 1996). Pewne formy śmierci komórkowej, przypominające w przebiegu apoptozę organizmów tkankowych wykryto ostatnio w niektó- Rye. 1. Schematyczny przebieg oraz podstawowe cechy odróżniające dwa mechanizmy śmierci komórek w przyrodzie: nekrozy (lewa strona) i apoptozy (prawa strona). Wykształcenie mechanizmu apoptycznej śmierci komórkowej stanowiło zapewne jedną z podstawowych i wczesnych zdobyczy ewolucyjnych, umożliwiających powstanie i stopniową komplikację budowy organizmów wielokomórkowych. Apoptoza występuje prawdopodobnie we wszystkich organizmach zwierzęcych, jej obecność wykryto między innymi u hydry. Zjawisko apoptozy, choć nie na taką skalę, stwierdzono także w organizmach roślinnych. Wbrew wcześniejszym przypuszczeniom zaprogramowana śmierć komórkowa nie jest wyłączną rych jednokomórkowych organizmach eukariotycznych, na przykład w orzęsku Tetrahymena thermophila. Istnienie kontrolowanej śmierci komórkowej w tych organizmach może stanowić cenny mechanizm pozwalający na redukcję liczebności kolonii w warunkach ograniczonego dostępu środków pokarmowych. Prymitywne formy kontrolowanej śmierci w organizmach jednokomórkowych są prawdopodobnie ewolucyjnym zaczątkiem apoptozy w wyższych organizmach zwierzęcych. PRZEBIEG I LOGIKA APOPTOZY Apoptoza z punktu widzenia morfologicznego jest przeciwieństwem nekrozy i zachodzi w wyniku kurczenia i fragmentacji komórek, nie zaś ich pęcznienia i pękania (Arendts i W yllie 1991) (Rye. 1). Pierwszym, łatwo dostrzegalnym etapem apoptozy jest kondensacjajądra komórkowego i agregacja chromatyny na jednym z biegunów błony jądrowej. Stopniowej kondensacji ulega także cytoplazma, a gładka zazwyczaj błona komórkowa przybiera nieregularną, pofałdowaną strukturę. Skurczone jądro rozpada się ostatecznie na wiele części, podczas gdy wypukłości cytoplazmatyczne odrywają się od powierzchni komórki przyjmując postać tak zwanych ciałek apoptycznych. Ciałka apoptyczne, zawierające często całe mitochondria i fragmenty jądra komórkowego, dostają się do przestrzeni międzykomórkowej, gdzie ulegają natychmiastowej fagocytozie przez sąsiednie komórki. Apoptyczne obumieranie komórek nie powoduje migracji wyspecjalizowanych komórek układu odpornościowego i zachodzi bez wywoływania stanu zapalnego.
3 Apoptoza śmierć komórek 387 Charakterystycznym zmianom morfologicznym w komórkach przechodzących apoptozę towarzyszy szereg zmian biochemicznych. Jedną z takich zmian jest aktywacja transglutaminazy, enzymu katalizującego powstawanie w białkach błony cytoplazmatycznej wiązań pomiędzy lizyną i glutaminą. Dzięki aktywności tego enzymu błona cytoplazmatyczna komórek przechodzących apoptozę przypomina zwartą skorupę białkową, nierozpuszczalną w silnych detergentach. Błona cytoplazmatyczna jest równocześnie miejscem szeregu innych, słabo poznanych modyfikacji biochemicznych, umożliwiających rozpoznanie i natychmiastową fagocytozę ciałek apoptycznych przez sąsiednie komórki. Procesem uważanym za wizytówkę apoptozy i często stosowanym dla odróżnienia tego typu śmierci komórkowej od nekrozy, jest fragmentacja chromosomalnego DNA w przestrzeniach pomiędzy nukleosomami. W efekcie, DNA izolowany z komórek ulegających apoptozie składa się z fragmentów o wielokrotności około 200 nukleotydów. Wszystkie zmiany morfologiczne i biochemiczne zachodzące podczas apoptozy mają głęboki sens biologiczny i sprawiają, że utrata znacznych części organów czy tkanek nie powoduje szkodliwych konsekwencji dla organizmu. Dla prawidłowego przebiegu apoptozy kluczowe znaczenie majak najdłuższe utrzymanie w obumierającej komórce podstawowych procesów metabolicznych i nieprzerwanego dopływu energii. Właściwości tych nie tracą także ciałka apoptyczne, których błona cytoplazmatyczna zachowuje zdolność nie tylko do selektywnej przepuszczalności, lecz także do fagocytozy innych, mniejszych ciałek apoptycznych. Ograniczona aktywność metaboliczna, wsparta funkcją transglutaminazy, skutecznie zapobiega pęcznieniu i pękaniu ciałek apoptycznych i w konsekwencji, wydostawaniu się ich zawartości do przestrzeni międzykomórkowej. Zachowanie integralności zewnętrznej błony komórkowej przez ciałka apoptyczne ma dodatkowe znaczenie w przypadku apoptozy indukowanej przez infekcję wirusową, bowiem uniemożliwia wydostanie się uformowanych wirionów do przestrzeni międzykomórkowej i ich dalsze rozprzestrzenianie. Nie bez znaczenia jest także fragmenatcja wewnątrzkomórkowego DNA, której efektem jest inaktywacja genomu wirusowego. Kondensacja cytoplazmy i jądra komórkowego oraz powstawanie ciałek apoptycznych służy zapewne ich łatwej konsumpcji przez sąsiednie komórki tkanki, które w przeciwieństwie do wyspecjalizowanych komórek żernych układu immunologicznego posiadają jedynie ograniczoną zdolność do fagocytozy. Przechwytywanie i metabolizm ciałek apoptycznych przez sąsiednie komórki sprawia, że apoptoza jest procesem nadzwyczaj ekonomicznym. Przemiana poczwarki w dojrzałą postać owada dokonuje się przy niemal całkowitej izolacji od środowiska zewnętrznego, tylko w oparciu o energię zmagazynowaną w eliminowanych komórkach poczwarki. Apoptoza, ze względu na szybkie tempo zmian morfologicznych i brak reakcji zapalnej, pomimo powszechnego charakteru, przez wiele lat umykała uwadze histologów i przedstawicieli innych dyscyplin naukowych. Występowanie w organizmie człowieka innego niż nekroza typu śmierci komórkowej opisane zostało po raz pierwszy w 1971 roku, w artykule Shrinkage necrosis: a distine mode of cellular death (Ke r r 1971). Bardziej szczegółowy przebieg tego typu śmierci komórek przedstawiony został rok później w artykule.apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in tissue kinetics (Ke rr i współaut. 1972). Wprowadzony wówczas do literatury termin apoptoza (apoptosis) oznacza w grece opadanie liści z drzew lub płatków z kwiatów i nawiązuje do biologicznie zaprogramowanej, cyklicznie zachodzącej śmierci. Potencjalne znaczenie apoptozy w przyrodzie nie od razu dotarło do świadomości środowiska naukowego. Obie, historyczne już prace na temat apoptozy, przeminęły właściwie niezauważone, nie wpływając w większym stopniu na zmianę dominującego wówczas poglądu o patologicznym i degenaracyjnyrn charakterze śmierci komórkowej. Jeszcze pod koniec lat 80-tych Amerykańskie Towarzystwo do Badań nad Rakiem odrzuciło propozycję zorganizowania specjalnego spotkania na temat apoptozy w obawie przed niedostateczną liczbą uczestników. Niedługo potem apoptoza urosła do rangi jednego z najważniejszych i jednocześnie najatrakcyjniejszych tematów badawczych w naukach bio-medycznych. Do szybkiego wzrostu zainteresowania apoptozą przyczyniły się między innymi obserwacje wskazujące na jej rolę w etiologii szeregu chorób człowieka. O skali tego zainteresowania najlepiej świadczy liczba około 20 tysięcy publikacji dotyczących różnych aspektów apoptozy, które ukazały się w ciągu ostatnich 5 lat w czasopismach naukowych na świecie. Rezultatem współczesnej fascynacji apoptozą jest szereg spektakularnych odkryć, które przybliżyły zrozumienie tego procesu na poziomie molekularnym i uświadomiły fundamentalne znaczenie śmierci komórek w życiu wyższych organizmów zwierzęcych.
4 388 Z b ig n ie w D o m iń s k i GENETYCZNA KONTROLA APOPTOZY Śmierć komórek z oczywistych względów musi się znajdować pod bardzo ścisłą i wielostronną kontrolą genetyczną. Kluczem do poznania mechanizmów kontrolujących apoptozę stały się badania nad niewielkim nicieniem z gatunku Caenorhabditis elegans (E l l is i współaut. 1991). Spośród 1090 komórek somatycznych tego organizmu, 131 ulega precyzyjnie zaprogramowanej eliminacji za pośrednictwem apoptozy. Śmierć komórek w trakcie rozwoju osobniczego C. elegans jest uzależniona od aktywności dwóch genów, ced-3 i ced-4 (ang. cell death). Mutacje w którymkolwiek z tych genów blokują apoptozę i umożliwiają przeżycie większości z przeznaczonych do eliminacji komórek. Paradoksalnie, ocalone w ten sposób komórki są zdolne do częściowego różnicowania i wypełniania ograniczonych funkcji w dojrzałych osobnikach C. elegans. Mutanty C. elegans, pomimo nieco większej masy, nie odbiegają pod względem zachowania i wyglądu od osobników typu dzikiego, prowokując pytanie o ewolucyjny sens zaprogramowanej śmierci komórkowej w tym organiźmie. Ekspresja genów ced-3 i ced-4, określanych czasami jako geny śmierci, nie jest ograniczona jedynie do komórek eliminowanych za pomocą apoptozy i zachodzi we wszystkich komórkach nicienia. Komórki wchodzące w skład dojrzałych osobników unikają apoptozy dzięki aktywności genu ced-9, który jest negatywnym regulatorem genów śmierci ced-3 i ced-4. Ochronnego efektu genu życia ced-9 pozbawione są jedynie komórki przechodzące apoptozę, w których gen ten nie ulega ekspresji. Mutacje inaktywujące gen ced-9 są letalne, bowiem powodują śmierć wszystkich komórek organizmu na etapie embrionalnym. CED-9 I RODZINA BIAŁEK BCL-2 Pod względem funkcjonalnym gen ced-9 wykazywał szereg wspólnych cech ze ssaczym onkogenem bcl-2, którego silna nadekspresja jest odpowiedzialna za powstawanie niektórych chłoniaków komórek B (ang. B-cell lymphomas) (H e n g a r t n e r i H o r v it z 1994). Gen bcl-2 jest nietypowym onkogenem; w przeciwieństwie do wielu innych onkogenów, jego udział w procesie transformacji nowotworowej nie polega na stymulacji podziałów komórkowych, lecz na podnoszeniu oporności komórek nowotworowych na czynniki zewnętrzne normalnie wywołujące apoptozę. Najbardziej uderzającym potwierdzeniem podobieństwa funkcjonalnego obu genów była obserwacja, że nadekspresja ludzkiego genu bcl-2 może częściowo powstrzymać apoptozę komórek C. elegans zawierających mutację w genie ced-9. Zdolność genu ssaczego do wypełniania podobnych funkcji w komórkach organizmu bezkręgowego wskazuje na zadziwiającą niezmienność ewolucyjną apoptycznej śmierci komórkowej. Podobieństwo funkcjonalne pomiędzy genami ced-9 i bcl-2 znajduje potwierdzenie na poziomie strukturalnym: białka Ced- 9 i Bcl-2 wykazują ogólne podobieństwo sekwencji aminokwasowych oraz zawierają kilka tak zwanych regionów BH (ang. bcl-2 homology) 0 szczególnie silnej tendencji do stałości ewolucyjnej. Myszy pozbawione funkcjonalnego genu bcl-2 charakteryzują się zaskakująco normalnym rozwojem i fenotypem jedynymi łatwo dostrzegalnymi cechami zewnętrznymi są nieco zmniejszone uszy i wcześnie siwiejąca sierść), jednak umierają na stosunkowo wczesnym etapie życia na skutek apoptycznej śmierci komórek limfoidalnych. Obserwacje te wskazywały na tkankowo-specyficzny charakter genu bcl-2 1nasuwały przypuszczenie, że inne genny pełnią analogiczną funkcję w pozostałych tkankach organizmu. Rzeczywiście, w stosunkowo krótkim czasie w komórkach ssaków zidentyfikowano drugi gen anty-apoptyczny, bcl-xl, który reguluje apoptozę w komórkach nerwowych. Myszy pozbawione aktywnego genu bcl-xl umierają na etapie embrionalnym na skutek masowej apoptozy neuronów centralnego układu nerwowego. Obecność w organizmach ssaków większej niż w przypadku C. elegans liczby genów anty-apoptycznych jest zapewne odzwierciedleniem bardziej skomplikowanej budowy i złożoności procesów rozwojowych tych organizmów. Oprócz białek anty-apoptycznych, w komórkach ssaków wykryto liczną grupę białek strukturalnie zbliżonych do Bcl-2 i Bcl-xL, jednak wykazujących przeciwstawne, pro-apoptyczne właściwiości, na przykład Bax, Bcl-xS i Bad. Wspólnie białka te tworzą jedną, szybko powiększającą się rodzinę Bcl-2/Ced-9 (Re ed 1998). Cechą charakterystyczną białek rodziny Bcl-2/Ced-9 jest zdolność do wzajemnego oddziaływania i tworzenia homo- i heterodimerów. Przyjmuje się, że tworzenie dimerów składających się z obu białek pro-apoptycznych rodziny Bcl-2 prowadzi do apoptozy, podczas gdy tworzenie dimerów składających się z białek antyapoptycznych nadaje komórkom oporność na
5 Apoptoza śmierć komórek 389 apoptozę. Heterodimeiyzacja pro- i anty-apoptycznych przedstawicieli rodziny hamuje biologiczną aktywność każdego z partnerów. Podatność komórek na apoptozę jest zatem uzależniona od wzajemnego stosunku ilościowego białek pro- i anty-apoptycznych i w konsekwencji, komórkowego stężenia aktywnych homodimerów zawierających białka o tym samym charakterze. Istotną właściwością niemal wszystkich białek z rodziny Bcl-2/Ced-9 jest obecność na końcu karboksylowym tak zwanej domeny transmembranowej, składającej się z szeregu aminokwasów hydrofobowych. Domena ta jest odpowiedzialna za lokalizację białek rodziny Bcl-2/Ced-9 w obrębie błon wewnątrzkomórkowych, głównie w obrębie zewnętrznej błony mitochondrialnej. Amino-końcowa część tych białek jest skierowana do cytozolu, gdzie uczestniczy w dodatkowych oddziaływaniach, modyfikujących ich właściwości biologiczne. Pomimo intensywnych badań biochemiczna funkcja białek z rodziny Bcl-2 jest słabo zrozumiana i pozostaje jedynie przedmiotem licznych spekulacji. Rozszyfrowanie mechanizmu działania tych białek na poziomie molekularnym, ze względu na ich rożnorodność, jak i nietypową lokalizację w obrębie błon wewnątrzkomórkowych, stanowi jedno z największych wyzwań współczesnej biologii molekularnej. CED-3 I ŚMIERCIONOŚNE KASPAZY Gdy w 1993 roku sklonowano ced-3, jeden z dwóch genów śmierci z C. elegans, stwierdzono, że sekwencja aminokwasowa białka kodowanego przez ten gen wykazuje podobieństwo do specyficznej proteazy ludzkiej, tak zwanej ICE (ang. interleukin-1(3 converting enzyme) (Yu an i współaut. 1993). Proteaza ICE jest odpowiedzialna za przekształcenie nieaktywnego prekursora interleukiny-1{3(il-1(3) w formę biologicznie aktywną, uczestniczącą w wywoływaniu stanów zapalanych. Aktywacja IL-1J3 przez ICE polega na wprowadzeniu pojedynczego proteolitycznego cięcia bezpośrednio za asparaginą w pozycji 116 pro-interleukiny. ICE należy do unikalnej grupy proteaz komórkowych wykorzystujących w procesie katalitycznym jedną ze swych reszt cysternowych. Stwierdzenie podobieństwa pomiędzy białkami Ced-3 i ICE wskazywało na centralną rolę proteaz cysternowych w procesie apoptycznej śmierci komórek i spowodowało intensywne poszukiwania innych enzymów o zbliżonych właściwościach biochemicznych. W krótkim czasie z komórek ssaków wyizolowano kilkanaście białek wykazujących silne podobieństwo strukturalne do Ced-3 i ICE. Białka te tworzą wspólną rodzinę proteaz, których cechą charakterystyczną jest udział reszty cysteinowej w procesie katalitycznym i trawienie białek bezpośrednio za asparaginą (N i c h o l s o n i T h o r n b e r r y 1997). Dla podkreślenia obu unikalnych właściwości biochemicznych, proteazy te określa się jako kaspazy (ang. caspases, cysteine aspartate-specific proteases). Kaspazy są heterodimerami, składającymi się z dwóch podjednostek o różnej masie cząsteczkowej (N ic h o l s o n i T h o r n b e r r y 1997). Chociaż reszta cysteinowa pełniąca kluczową rolę w katalizie znajduje się w obrębie większej podjednostki kaspazy, mniejsza podjednostka, jako nośnik kilku aminokwasów wchodzących w skład centrum aktywnego, jest niezbędna do uformowania proteolitycznie aktywnego białka. Kaspazy, podobnie jak inne proteazy komórkowe, syntetyzowane są jako nieaktywne prekursoiy (zymogeny). Prekursoiy kaspaz są zorganizowane według podobnego planu budowy i składają się z N-końcowej prodomeny o różnej długości oraz dwóch podjednostek rozdzielonych centralną domeną regulatorową. Dojrzewanie i aktywacja kaspaz polega na proteolitycznym odcięciu prodomeny oraz centralnej domeny regulatorowej i uwolnieniu obu podjednostek. Miejsca, w których dochodzi do proteolitycznego trawienia pro-kaspaz znajdują się w bezpośrednim sąsiedztwie asparagin sugerując, że w procesie aktywacji uczestniczą same kaspazy lub inne proteazy o podobnej specyfice substratowej. Nie wszystkie kaspazy są związane z apoptozą. Oprócz ICE, obecnie określanej jako kaspaza 1, co najmniej dwie inne kaspazy biorą udział w aktywacji cytokin i funkcjonowaniu układu odpornościowego. Zmodyfikowane genetycznie myszy pozbawione aktywności kaspazy 1 nie wykazują żadnych dostrzegalnych zmian w przebiegu apoptozy i defektów rozwojowych. Zgodnie z rolą kaspazy 1 w procesach immunologicznych, mutanty te charakteryzują się ograniczoną zdolnością do indukowania reakcji zapalnej. Spośród wyizolowanych do tej pory kilkunastu ssaczych kaspaz apoptycznych, bardzo zbliżona do Ced-3 jest kaspaza 3, wcześniej znana pod nazwą CPP 32. Oba białka wykazują około 35% identyczności i 60% podobieństwa sekwencji aminokwasowych, a także posiadają silnie konserwowany we wszystkich kaspazach pięcio-aminokwasowy region zawierający katalityczną cysteinę. W przeciwieństwie do ICE, kaspaza 3 jest niezbędna do rozwoju organizmu. Delecja genu kodującego tę proteazę z genomu myszy powoduje masową akumulację komórek nerwowych w mózgu i w efekcie śmierć mutantów na wczesnych etapach rozwoju embrionalnego. Ta drastyczna redukcja apo-
6 390 Z b ig n ie w D o m iń s k i ptozy w zmutowanych myszach stanowiła jeden z pierwszych i najbardziej dobitnych dowodów na udział kaspaz w procesie apoptycznej śmierci komórkowej. Podobnie jak w przypadku mutacji w genie bcl-2, uderzający jest selektywny charakter mutacji w genie kodującym kaspazę 3 i brak wyraźnych zmian w innych tkanakach i organach. Specyficzność tkankowa jest prawdopodobnie jednym z powodów tłumaczących występowanie w wyższych organizmach zwierzęcych wielu odrębnych kaspaz. Mnogość i różnorodność kaspaz znajduje ponadto wytłumaczenie w ich selektywności substratowej. Poszczególne kaspazy, chociaż przecinają białka zawsze bezpośrednio za asparaginą, rozpoznają dodatkowo trzy aminokwasy poprzedzające asparaginę od strony aminowej. Sekwencja wszystkich trzech aminokwasów, a w szczególności charakter biochemiczny pierwszego z nich, jest głównym wyznacznikiem specyficzności tej klasy proteaz. Ze względu na stosunkowo niskie prawdopodobieństwo wystąpienia określonych sekwencji aminokwasowych w bezpośrednim sąsiedztwie asparaginy, poszczególne kaspazy rozpoznają jedynie niewielką liczbę białek, wprowadzając w ich obrębie jedno, rzadziej dwa proteolityczne cięcia. W efekcie, proteoliza za pośrednictwem kaspaz nie prowadzi do całkowitej hydrolizy białek, charakterystycznej dla mniej specyficznych proteaz. W ostatnich latach zidentyfikowano kilkadziesiąt substratów białkowych ulegających proteolitycznej fragmentacji za pośrednictwem kaspaz w trakcie apoptycznej śmierci komórkowej (Cryns i Y uan 1998). Pierwszym zidentyfikowanym substratem kaspazy 3 była polimeraza poli(adp-rybozy) (PARP), białko jądrowe uczestniczące w naprawie DNA i utrzymywaniu integralności genomu. Enzym ten ulega aktywacji w obecności uszkodzonego i jedno niciowego DNA prowadząc między innymi do modyfikacji enzymów uczestniczących w naprawie DNA. Aktywacja PARP na skutek zachodzącej masowo w czasie apoptozy degradacji DNA prowadzić mogłaby do szybkiego obniżenia wewnątrzkomórkowego poziomu ATP, utrudniając tym samym prawidłowy przebieg apoptozy, zależnej od ciągłego dopływu energii. W czasie apoptozy proteolitycznej inaktywacji ulegają także inne enzymy związane z naprawą i replikacją DNA, a także kluczowe białka związane z innymi podstawowymi procesami komórkowymi, jak transkrypcja, składanie RNA, translacja i regulacja cyklu komórkowego. Oprócz białek enzymatycznych, substratami kaspaz są także białka strukturalne, których proteolityczna fragmentacja jest przyczyną charakterystycznych zmian morfologicznych w czasie apoptozy. Fragmentacja lamin, przylegających do błony jądrowej i stanowiących wy ściółkę do której przymocowany jest DNA, powoduje na przykład tak typowe dla apoptozy zjawiska, jak biegunowa dystrybucja chromatyny i rozpad jądra komórkowego. Ekspresja w komórkach zmodyfikowanych lamin, opornych na działanie kaspaz, całkowicie zapobiega tym zmianom lub opóźnia moment ich wystąpienia w czasie śmierci apoptycznej. Ograniczona proteolityczna fragmentacja aktyny i innych białek cytoszkieletu prowadzi do kondensacji cytoplazmy, utraty kontaktu z sąsiednimi komórkami i rozpadu na ciałka apoptyczne. Zależna od kaspaz proteoliza ma selektywny charakter i obejmuje tylko ograniczoną grupę białek komórkowych. Fragmentacja tych białek zachodzi według ściśle określonego scenariusza, prowadząc do systematycznego i uporządkowanego demontażu poszczególnych struktur komórkowych i inaktywacji podstawowych procesow metabolicznych. Proteolityczna fragmentacja niewielkiej grupy białek nie wiąże się prawdopodobnie z żadnymi funkcjami biologicznymi i zachodzi na zasadzie przypadkowości. Obok białek ulegających inaktywacji w czasie apoptozy, w komórkach ssaków zidentyfikowano grupę białek, które w wyniku ograniczonej proteolizy za pośrednictwem kaspaz ulegają aktywacji bądź funkcjonalnej modyfikacji (C ryns i Y uan 1998). Do grupy tej należą na przykład niektóre kinazy, które po odcięciu fragmentu białka przechodzą w stan konstytutywnej aktywacji i są odpowiedzialne między innymi za biochemiczną modyfikację błon komórkowych, niezbędną w procesie wchłaniania ciałek apoptycznych przez otaczające komórki. Do białek komórkowych, których aktywność ulega modyfikacji na skutek proteolitycznej fragmentacj należą także anty-apoptyczne białka z rodziny Bcl-2. Białka te w wyniku precyzyjnego trawienia proteolitycznego przez jedną z kaspaz, ulegają przekształceniu do białek o przeciwstawnym, pro-apoptycznym charakterze, dodatkowo przyspieszając, zamiast hamować, śmierć komórkową. Istnienie tego typu samonakręcającej się śmiercionośnej spirali jest zjawiskiem powszechnym w przebiegu apoptozy i stanowi przykład logiki tego procesu, w którym raz zainicjowany mechanizm prowadzi do szybkiej i nieodwracalnej dezintegracji komórki. Jednym z ciekawszych białek, ulegających aktywacji w obecności kaspaz jest nukleaza odpowiedzialna za demontaż największej i najważniejszej struktury komórkowej, chromatyny (Wyllie 1998). Rozpad chromatyny na małe fragmenty, składające się z różnej liczby nu-
7 Apoptoza śmierć komórek 391 kleosomów, zaobserwowany został stosunkowo wcześnie w badaniach nad apoptozą i od tego czasu służył jako cecha odróżniająca ten typ śmierci komórkowej od nekrozy, w trakcie której dochodzi do całkowitej degradacji DNA przez nukleazy uwolnione z rozpadających się lizosomów. Próba identyfikacji nukleazy odpowiedzialnej za przecinanie DNA między nukleosomami przez wiele lat stanowiła standardowe i priorytetowe przedsięwzięcie w badaniach nad apoptozę. Poszukiwaniom nukleazy apoptycznej towarzyszyła niewzruszona wówczas wiara w centralną i sprawczą rolę fragmentacji DNA w indukcji śmierci komórek. Nukleaza odpowiedzialna za apoptyczną fragmenatcję DNA została wyizolowana dopiero w 1998, to jest ponad 20 lat po odkryciu tego zjawiska przez grupę radiologów w tymocytach naświetlanych promieniami jonizującymi. Nukleaza ta, określona jako CAD (ang. caspase-activated deoxyribonuclease), jest obecna w cytozolu wszystkich analizowanych komórek w formie nieaktywnej, w kompleksie z podjednostką inhibitorową. Aktywacja kaspaz w trakcie apoptozy prowadzi do proteolizy inhibitora i przemieszczenia aktywnej nukleazy do jądra komórkowego, gdzie uczestniczy we fragmentacji DNA. Nadekspresja podjednostki inhibitorowej opornej na proteolizę umożliwia zablokowanie fragmentacji DNA lecz nie wpływa na inne typowe dla apoptozy zmiany biochemiczne i morfologiczne. Jedną z podstawowych funkcji kaspaz jest aktywacja innych kaspaz. W trakcie apoptozy dochodzi do kaskady proteolitycznej, w wyniku której aktywacja jednej kaspazy umożliwia obróbkę i aktywację innych cząsteczek tego samego typu oraz kaspaz o odmiennej specyfice substratowej. Kaskada proteaz, mająca kluczowe znaczenie w procesie krzepnięcia krwi i aktywacji dopełniacza, w przypadku kaspaz może prowadzić do odpowiedniego wzmocnienia sygnału, gwarantującego szybki i nieodwracalny przebieg apoptozy. CED-4 I AKTYWACJA KASPAZ O ile obróbka prekursorów kaspaz przez już aktywne kaspazy jest łatwa do zrozumienia, problemem pozostawała aktywacja pierwszej kaspazy, inicjującej proces kaskadowy. Szczegółowa analiza aktywacji kaspazy Ced-3 w C. elegans wykazała, że rola ta przypada białku kodowanemu przez drugi gen śmierci tego organizmu, Ced-4. Funkcja białka Ced-4, zlokalizowanego w obrębie cytozolu komórkowego, polega na stymulowaniu w obecności źródła energii autokatalitycznej aktywacji Ced-3 (H e n g a r t - n e r 1997). Prekursor Ced-3, po utworzeniu kompleksu z Ced-4 i ATP, przechodzi zmiany konformacyjne, które umożliwiają wycięcie jego własnej domeny regulatorowej i utworzenie aktywnego enzymu, inicjującego kaskadę proteolityczną. Białko Ced-4 posiada także zdolność do oddziaływania z anty-apoptycznym białkiem Ced-9, występującym w komórkach. Przyjmuje się, że tworzenie kompleksu pomiędzy tymi białkami prowadzi do przemieszczenia Ced-4 z cytozolu do zewnętrznej błony mitochondrialnej, gdzie zlokalizowny jest Ced-9, zapobiegając tym samym aktywacji znajdującej się w cytozolu pro-caspazy Ced-3. W podsumowaniu, dotychczasowe badania nad apoptozą u C. elegans wykazały stosunkowo prostą organizację aparatu śmierci komórkowej w tym organiźmie: aktywność pojedynczej kaspazy Ced-3, bezpośrednio odpowiedzialnej za śmierć komórkową, jest precyzyjnie regulowana przez jeden aktywator (Ced-4) i jeden inhibitor (Ced-9) (Ryc. 2). Ryc. 2. Samoaktywacja pro-kaspazy Ced-3 za pośrednictwem białka adoptorowego Ced-4 i ATP. Białko Ced-9 związane z zewnętrzną błoną mitochondrialną i obecne w komórkach C. elegans nie przechodzących apoptozy, zapobiega przekształceniu Ced-3 w aktywną kaspazę poprzez usuwanie Ced-4 z cytozolu i niedopuszczanie do tworzenia kompleksu aktywacyjnego. Bardziej skomplikowany przebieg ma aktywacja kaspaz w komórkach ssaczych. Homologiem Ced-4 jest w komórkach organizmów wyższych czynnik cytozolowy, określany jako Apaf-1 (ang. apoptosis activating factor 1). Białko to, wyizolowane w 1998, jest obecne we wszystkich analizowanych typach komórek, wykazując szczególnie wysoką ekspresję w tkankach i narządach o intensywnej apoptozie, takich jak śledziona, obwodowe leukocyty oraz embrionalny mózg i płuca. Apaf-1 umożliwia
8 392 Z b ig n ie w D o m iń s k i dojrzewanie jednej z pro-kaspaz ssaczych, prokaspazy 9, i jej przekształcenie w aktywną kaspazę 9 (H e n g a r t n e r 1997). W przeciwieństwie do mechanizmu aktywacji Ced-3 w C. elegans, aktywacja kaspazy 9 przez Apaf-1, oprócz źródła energii, wymaga dodatkowego czynnika cytoplazmatycznego, którego identyfikacja stanowiła jedną z większych niespodzianek biochemicznych ostatnich lat. Czynnikiem tym okazał się cytochrom c, którego powszechnie znaną funkcją jest udział w mitochondrialnym łańcuchu oddechowym i syntezie ATP. Cytochrom c jest syntetyzowany przez cytoplazmatyczne rybosomy jako apocytochrom c, po czym ulega translokacji do mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej, gdzie po przyłączeniu grupy hemowej, tworzy aktywny cytochrom c (holocytochrom c). Ekstrakty cytoplazmatyczne pozbawione cytochromu c tracą zdolność do aktywowania kaspaz, którą w pełni odzyskują po dodaniu komercjalnie dostępnego (a więc biochemicznie czystego) holocytochromu c, lecz nie apocytochromu c. Bliższa analiza mikroskopowa mitochondriów wykazała, że uwalnianie cytochromu c z przestrzeni międzybłonowej do cytozolu stanowi jedną z wcześniejszych zmian w komórkach poddanych bodźcom pro-apoptycznym (R e e d 1997). Inaktywacja łańcucha oddechowego mitochondriów na skutek utraty cytochromu c początkowo wydawała sie przeczyć kluczowej roli ATP w apoptozie. Obecnie przyjmuje się, że uwalnianie cytochromu do cytozolu zachodzi stopniowo i nie wyklucza dostaw niezbędnej energii, koniecznej do zakończenia procesu dezintegracji komorki. Bliska lokalizacja pro- i antyapoptycznych białek z rodziny Bcl-2 oraz cytochromu c w obrębie błon mitochondrialnych nie wydaje się być dziełem przypadku. Pro-apoptyczne białka rodziny ułatwiają wydostawanie się cytochromu do cytozolu, podczas gdy białka o właściwościach anty-apotycznych, na przykład Bcl-2, wywołują przeciwstawny efekt, zatrzymując cytochrom c w przestrzeni międzybłonowej (R e e d 1998). Udział białek z grupy Bcl-2 w regulacji uwalniania cytochromu c ma prawdopodobnie związek z ich potencjalną zdolnością do tworzenia kanałów jonowych w błonach komórkowych. Na właściwości takie wskazuje struktura trójwymiarowa kilku przedstawicieli rodziny Bcl-2, przypominająca domeny niektórych toksyn bakteryjnych, na przykład dyfterytu, oraz badania przy zastosowaniu syntetycznych membran lipidowych. Przypuszcza się, że rola białek anty-apoptycznych może polegać na ograniczaniu zdolności kanałów jonowych formowanych przez białka pro-apoptyczne do przepuszczania jonów i niewielkich białek, jak cytochrom c. Hipoteza ta nie znalazła jednak dotychczas przekonywującego potwierdzenia eksperymentalnego. Alternatywna hipoteza sugeruje, że uwalnianie cytochromu cdo cytozolu związane jest z drastycznymi zmianami w potencjale elektro-chemicznym błon mitochondrialnych. Bezpośrednim efektem tych zmian mogłoby być pęcznienie mitochondriów i pękanie zewnętrznej błony prowadzące do uwolnienia cytochromu c. Niewątpliwie, ostatnie odkrycia wskazujące na rolę białek z rodziny Bcl-2 w regulacji uwalniania cytochromu c dodatkowo skomplikowały i tak niejasny mechanizm działania tych białek w apoptozie. Szereg badań sugeruje, że oprócz regulacji wypływu cytochromu c, białka z rodziny Bcl-2 wpływają na aktywację kaspaz poprzez bezpośrednie oddziaływanie z Apaf-1 (R e e d 1998). Podobie jak w komórkach C. elegans, białka anty-apoptyczne mogłyby neutralizować funkcję Apaf-1 poprzez zmianę jego lokalizacji z cytozolowej na błonową. Podwójna rola białek anty-apoptycznych w hamowaniu aktywności kaspaz może stanowić skuteczny mechanizm zabezpieczający przed niepożądaną indukcją śmierci komórkowej. Autoaktywacja kaspaz przy udziale cytochromu c i Apaf-1 nie jest jedynym mechanizmem umożliwiającym inicjację kaskady proteolitycznej. W niektórych komórkach za autoaktywację innej z kaspaz, kaspazy 11, odpowiedzialny jest odmienny w charakterze kompleks białkowy, tworzony w pobliżu błony cytoplazmatycznej i związany z receptorami powierzchniowymi, takimi jak TNFR (ang. tumor necrosis factor receptor) czy Fas (N a g a t a 1997). Sygnałem prowadzącym do autoaktywacji kaspazy 11 jest związanie się receptora z jego naturalnym ligandem. W odróżnieniu od autoaktywacji kaspazy 9 za pośrednictwem Apaf-1, dojrzewanie kaspazy 11 za pośrednictwem kompleksu receptorowego jest niezależne od cytochromu c i w konsekwencji, nie jest blokowane przez antyapoptyczne białka z rodziny Bcl-2. Receptory typu Fas są obecne w dużej ilości na powierzchni na przykład zaktywowanych limfocytów B. Kontakt receptora Fas ze specyficznym ligandem FasL obecnym na powierzchni cytotoksycznych limfocytów T jest powszechnym sposobem apoptycznej eliminacji komórek B po zakończeniu ich roli w zwalczaniu infekcji organizmu. Cyto toksyczne limfocyty T dysponują także trzecim i najprostszym mechanizmem wewnątrzkomórkowej aktywacji kaspaz, polegającym na wprowadzeniu do eliminowanych komórek granzymu B. Granzym B jest proteazą
9 Apoptoza śmierć komórek 393 serynową, która trawi białka bezpośrednio za asparaginą, wykazuje zatem podobną do caspaz specyfikę substratową. Enzym ten, po wprowadzeniu do komórek przez cytotoksyczne limfocyty T, umożliwia aktywację kaspaz bez konieczności wstępnej autoaktywacji. Kaspazy, ulegające autoaktywacji w obecności takich białek regulatorowych jak Ced-4 lub Apaf-1, określane są jako kaspazy inicjatorowe. Cechą tych kaspaz, obejmujących Ced-3 oraz kaspazy 9 i 11, jest obecność w ich prekursorach długiej N-końcowej prodomeny, która stanowi fizyczny łącznik umożliwiający oddziaływanie z białkami regulatorowymi. Pozostałe kaspazy, tak zwane efektorowe, ulegają aktywacji za pośrednictwem kaspaz inicjatorowych oraz innych kaspaz efektorowych i posiadają jedynie krótkie prodomeny. Odkrycia kilku ostatnich lat uświadomiły, że podstawowe elementy śmierci apoptycznej, to jest kaspazy i CAD, występują w cytoplazmie wszystkich komórek organizmu w formie nieaktywnej. W określonych warunkach białka te przechodzą proces natychmiastowej aktywacji umożliwiając śmierć komórek, w których się znajdują. W przeciwieństwie do coraz bardziej przejrzystego przebiegu efektorowej fazy apoptozy, mechanizmy regulacyjne, które decydują o życiu lub śmierci komórki nadal pozostają całkowicie nieznane. Niewątpliwie, każda komórka znajduje się pod nieustannym wpływem niezliczonych bodźców wewnątrz- i zewnątrzkomórkowych, w integracji których uczestniczy ogromna liczba komponentów komórkowych i dróg sygnałowych. Przypuszcza się, że ostatecznym odbiorcą tych sygnałów, po ich odpowiednim przetworzeniu, są białka pro- i anty-apoptyczne z rodziny Bcl-2, któiych wzajemne relacje funkcjonalne i ilościowe podlegają nieustannym modyfikacjom, umożliwiając bądź utrzymanie status quo i kontynuację życia, bądź prowadząc do uwalniania cytochromu c z mitochondriów i śmierci komórki (Tsujimoto 1998). APOPTOZA W POWSTAWANIU I LECZENIU CHORÓB CZŁOWIEKA Zrozumienie mechanizmów śmierci komórkowej jest ważne nie tylko z racji powszechnego występowania apoptozy w rozwoju organizmów zwierzęcych, lecz także ze względu na udział apoptozy w etiologii wielu chorób człowieka. W prawidłowo funkcjonującym organizmie śmierć i podziały komórkowe są ściśle zrównoważone utrzymując populację komórkową w poszczególnych tkankach i narządach na pożądanym poziomie. Zaburzenia tej równowagi prowadzą do patologicznego ubytku komórek badź ich nadmiaru i związanych z tym stanów chorobowych (Thompson 1995). Do grupy chorób wynikających z nadmiernej apoptozy zalicza się między innymi różne formy schorzeń neurodegeneratywnych i AIDS, zaś do drugiej grupy, związanej z niedostateczną apoptozą, między innymi choroby autoimmunologiczne i nowotwory. Schorzenia neurodegeneratywne, powodowane stopniową utratą komórek nerwowych na skutek apoptozy, obejmują między innymi choroby Alzheimera, Parkinsona, Huntingtona oraz różne formy degeneracji móżdżku czy nerwów ruchowych rdzenia kręgowego. Podłoże molekularne tych chorób jest na ogół nieznane. Chorobą o ogromnym znaczeniu społecznym, w trakcie której dochodzi do nadmiernej apoptozy, jest AIDS. Rozwoj AIDS jest bezpośrednio związany z utratą tak zwanych pomocniczych komórek T (ang. helper T cells), które ulegają apoptozie w odpowiedzi na rozlegulowaną stymulację ich receptora CD4 przez białko gpl20 otoczki wirusa HIV. Typowymi stanami patologicznymi związanymi ze śmiercią komórkowa są ponadto zawał serca i wylew, których efektem jest częściowe niedokrwienie organów i śmierć komórek na skutek zarówno apoptozy, jak i nekrozy. Wzmożona apoptoza może mieć także związek z postępującą utratą chondrocytów w osteoporozie. Apoptoza hepatocytów stymulowana przez takie toksyny jak alkohol, prowadzi z kolei do postępującego uszkodzenia funkcji wątroby. Najpowszechniejszą chorobą, związaną z niedostatecznym tempem apoptozy jest rozwój nowotworów. Prawidłowo regulowana apoptoza uważana jest obecnie za jeden z pierwszoplanowych mechanizmów obronnych, umożliwiających skuteczną eliminację powstających w organiźmie komórek nowotworowych. Sygnałem, który prowadzi do uruchomienia programu śmierci apoptycznej w komórkach przechodzących transformację nowotworową jest nieskoordynowana z innymi zmianami komórkowymi aktywacja genów cyklu komórkowego, między innymi onkogenów. Zachodząca w takich przypadkach apoptoza kontrolowana jest przez białko p53, którego podstawową funkcją jest aktywacja transkiypcyjna niewielkiej grupy genów (Levine 1997). Białko p53 w odpowiedzi na zaburzenia w kontroli podziałów komórkowych wzmaga ekspresję między innymi genu kodującego pro-apoptyczne białko Bax, pośred
10 394 Z b ig n ie w D o m iń s k i nio powodując uwalnianie cytochromu c z mitochondriów i aktywację kaspaz w transformowanych komórkach. Rygorystyczna kontrola funkcjonalnej integralności genomu za pośrednictwem białka p53 nie stanowi niestety bezwzględnego i niezawodnego zabezpieczenia przed powstawaniem komórek nowotworowych. Cześć z nich wyłamuje się spod nadzorczej funkcji białka p53 i kontynuuje podziały prowadząc do rozwoju choroby nowotworowej. Komórki nowotworowe podlegające szybkim cyklom replikacyjnym na skutek zaktywowanych onkogenów wykazują jednak, w odróżnieniu od prawidłowo dzielących się komórek organizmu, znacznie podwyższona wrażliwość na czynniki uszkadzające DNA lub zakłócające metabolizm kwasów nukleinowych. Do grupy tej zaliczają się między innymi związki alkilujące DNA (na przykład mitomycyna C), czynniki interkalujące (np. aktynomycyna D), kompleksy metali (np. cis-platyna), analogi nukleozydów (np. 5-fluorouracyl) oraz promieniowanie jonizujące. Komórki nowotworowe w obecności już niewielkich dawek każdego z tych czynników, łatwo tolerowanych przez komórki prawidłowe, przechodzą natychmiastową apoptozę w indukcji której główna rola ponownie przypada białku p53. Indukcja apoptozy w komórkach nowotworowych w obecności czynników wpływających na metabolizm DNA znajduje wytłumaczenie w tak zwanej hipotezie konfliktu (Fish er 1994). Zgodnie z tą hipotezą w komórkach nowotworowych dochodzi do integracji dwóch sprzecznych sygnałów wzrostowych: jednego, napędzającego podziały komórkowe w wyniku aktywacji onkogenów i drugiego (nadzorowanego podobnie jak indukcja apoptozy, przez białko p53), nakazującego komórce zatrzymanie cyklu komórkowego i naprawę DNA (Ryc. 3). Podczas gdy obecność uszkodzeń w DNA w dzielących się prawidłowo komórkach prowadzi do represji genów cyklu komórkowego, zahamowania podziałów i naprawy uszkodzeń, w komórkach nowotworowych nieprawidłowo stymulowanych do podziałów zaktywowanyrni onkogenami, odpowiedzią jest apoptoza. W przeciwieństwie do organizmówjednokomórkowych, podwyższona wrażliwość komórek nowotworowych nie wynika zatem z letalnego efektu uszkodzeń, lecz z uruchomienia wewnętrznego programu śmierci apoptycznej. Zdolność czynników chemicznych i fizycznych zakłócających metabolizm DNA do indukowania apoptozy komórek nowotworowych, lecz nie komórek prawidłowych, leży u podstaw skuteczności chemoterapii i naświetlania, dwóch podstawowych metod leczenia nowotworów. Zgodnie z powszechną jeszcze do niedawna opinią, skuteczność takich terapii wynikała z selektywnej śmierci szybko dzielących się komórek. Warto podkreślić, że dodatkową zaletą eliminowania komórek nowotworowych za pomocą indukowanej apoptozy jest ich szybka i bezobjawowa resorbcja przez otaczające komórki i brak stanów zapalnych, typowych dla nekrozy. Niestety, ta skuteczna i pożądana metoda leczenia nie znajduje zastosowania w przypadku tych wszystkich nowotworów, w których następuje inaktywacja białka p53 i zablokowanie jego zdolności do indukowanej apoptozy. Zmiany w genie p53 stwierdzono w ponad połowie z około 2500 przeanalizowanych ludzkich nowotworów i linii komórkowych (Le v in e 1997). W komórkach pozbawionych funkcjonalnego białka p53, obecność uszkodzeń DNA indukowanych za pomocą promieniowania jonizującego lub czynników chemicznych nie prowadzi do zahamowania cyklu komórkowego i replikacji, wzmagając w konsekwencji destabilizację genetyczną. Jej typowymi objawami jest wielokrotnie zwiększona częstość mutacji spontanicznych oraz delecji, duplikacji i translokacji chromosomalnych. Wzrost niestabilności genetycznej jest czynnikiem sprzyjającym powstawaniu fenotypu Ryc. 3. Model ilustrujący hipotezę konfliktu. Obecność uszkodzeń DNA w prawidłowo dzielących się komórkach prowadzi do zależnego od białka p53 zablokowania cyklu komórkowego i rozpoczęcia naprawy DNA. Komórki nowotworowe, niezdolne do zahamowania cyklu komórkowego w wyniku niekontrolowanej aktywacji onkogenów, przechodzą w tych warunkach apoptozę, także zależną od białka p53. charakterystycznego dla późnych etapów rozwoju nowotworów, to jest zdolności do przerzutów i naciekania innych tkanek. Stosowanie chemoterapii i naświetlania w leczeniu nowotworów pozbawionych białka p53 może zatem prowadzić do wzrostu inwazyjności komórek zamiast do ich eliminacji, to jest przynosić skutki odwrotne do zamierzonych. Przykład ten
11 Apoptozą śmierć komórek 395 wskazuje na bezsporne korzyści jakie może przynieść pełniejsza koordynacja działań kilinicznych z wiedzą o zmianach genetycznych, zachodzących w określonych typach nowotworów. Apoptozą kontrolowana przez p53 stanowi także potężny oręż organizmów zwierzęcych w walce z wirusami onkogennymi (W h it e 1993). Apoptozą zainfekowanych komórek ma prawdziwie altruistyczny charakter, bowiem zapobiega rozprzestrzenianiu wirusa na sąsiednie komórki i uniemożliwia transformację nowotworową, chroniąc przed śmiercią cały organizm. Niektóre z tych wirusów, na przykład adenowirus, wirus SV40 i EBV (ang. Epstein- Barr virus) kodują białka, których zadaniem jest powstrzymanie apoptozy zainfekowanych komórek i przedłużenie czasu niezbędnego dla namnożenia wirionów. Genom adenowirusa koduje na przykład aż dwa białka hamujące apoptozę zainfekowanych komórek za pomocą niezależnych mechanizmów. Jedno z białek czyni to poprzez bezpośrednie wiązanie się z p53 i znoszenie jego zdolności do transkrypcyjnej aktywacji genów pro-apoptycznych, podczas gdy drugie jest odpowiednikiem komórkowego anty-apoptycznego białka Bcl-2. Niektóre z wirusów wyspecjalizowały się w produkcji białek blokujących funkcję kaspaz. Analiza mechanizmów wykorzystywanych przez wirusy w celu powstrzymania apoptozy komórek stanowi nie tylko cenne źrodło informacji o mechanizmach śmierci komórkowej, lecz także może mieć znaczenie praktyczne, umożliwiając w przyszłości skuteczną walkę z niektórymi wirusmi onkogennymi. Korzyści terapeutyczne wynikające z indukcji apoptozy w komórkach nowotworowych skłoniły do poszukiwania skutecznych metod przeciwstawnego działania, to jest ograniczania apoptozy w stanach chorobowych wynikających z jej nadmiernego tempa. Jeszcze do niedawna ogromne nadzieje wiązano na przykład z zastosowaniem niskocząsteczkowych inhibitorów kaspaz jako skutecznego środka w zapobieganiu pozawałowych i poudarowych uszkodzeń mięśnia sercowego i innych narządów na skutek apoptozy niedotlenionych komórek. Do grupy silnych inhibitorów, zdolnych do przenikania do wnętrza komórek, należą między innymi zmodyfikowane chemicznie peptydy, składające się z 4 aminokwasów o sekwencji specyficznie rozpoznawanej przez poszczególne kaspazy (N ic h o l s o n i T h o r n b e r r y 1997). Niestety, w świetle ostatnich badań inhibitory takie, choć skuteczne w hamowaniu aktywności kaspaz, nie chronią komórek przed śmiercią powodowaną przez uwalnianie cytochromu c do cytozolu i stopniową degeneracją mitochondriów (R e e d 1998). Zachodząca w takich przypadkach śmierć komórek przypomina nekrozę i może prowadzić do wystąpienia reakcji zapalnej, czyniąc terapię za pomocą inhibitorów kaspaz bardziej szkodliwą niż pożyteczną. Bardziej obiecujące wydają się działania polegające na blokowania apoptozy na etapie wstępnym, poprzedzającym aktywację kaspaz, na przykład poprzez indukcję anty-apoptycznych białek z rodziny Bcl-2 lub specyficzną inhibicję ich antagonistów. Nadchodzące lata wykażą, czy rosnąca w lawinowym tempie wiedza o mechanizmach apoptozy doprowadzi do opracowania skutecznych środków farmakologicznych i metod leczenia chorób, których podłożem są zaburzenia w genetycznie zaprogramowanej śmierci komórek. Serdecznie dziękuję kolegom i koleżankom z Chapel Hill za krytyczną analizę tekstu. APOPTOSIS: THE SIGNIFICANCE OF CELL DEATH IN THE LIFE OF ANIMALS Cells can die by necrosis or apoptosis. Necrosis is accidental and pathological and occurs as a result of severe tissue injury. At the molecular level, necrosis is caused by rapid depletion of ATP and inability of the plasma membrane to regulate osmotic pressure. Cells swell and rupture due to uncontrolled influx of water and ions. Release of the cellular content into the surrounding space leads to an inflammatory response often causing secondary tissue damage. Unlike necrosis, apoptosis is a highly ordered process of physiological cell death dependent on a constant supply of ATP. Apoptosis is used for controlled deletion of unwanted cells and plays a fundamental role during early stages of development, allowing for body sculpturing and tissue remodeling. Apoptosis is also important during adulthood for maintaining the tissue homeostasis and adjusting the number of cells to the current needs of the Sum m ary organism. Finally, apoptosis has a protective function by allowing removal of potentially harmful cells, such as transformed and virally infected cells. Apoptosis results from activation of a genetically encoded and evolutionarily conserved suicide program that leads to a series of distinct morphological and biochemical changes. Typical morphological changes include rapid cell condensation and plasma membrane blebbing. The hallmark of the biochemical changes associated with apoptosis is the fragmentation of DNA into multimers of 200 base pairs the chromatin being cleaved within interchromosomal sites. In the final stage of apoptosis, the dying cells are divided into small, membranebound apoptotic bodies, which are rapidly phagocytosed by neighboring cells and cause no inflammation. The basic components of apoptosis were first identified in the nematode worm Caenorhabditis elegans. In the center of the
12 396 Z b ig n ie w D o m iń s k i apoptotic cell death machinery are caspases, a family of novel cysteine proteases with specificity for aspartate residues. Activation of these proteases by various mechanisms results in a highly orchestrated and hierarchical process of disassembling of cellular structures and inactivating the key metabolic processes. In mammalian cells, activation of caspases is regulated by a Bcl-2 family of proand anti-apoptotic proteins, as well as cytochrome c, which is rapidly released from mitochondria in response to apoptotic stimuli. Inappropriate apoptosis contributes to many human diseases, including AIDS, cancer, neurodegenerative disorders, and cardio-vascular injury. LITERATURA A m e is e n J. C., The origin of programmed cell death. Science 272, A r e n d t s M. J., W y l l ie A. H., Apoptosis: mechanism and roles in pathology. Int. Rev. Exp. Pathol. 32, C r y n s V., Y u a n J., Proteases to die for. Genes & Dev. 12, E l l is R. E., Y u a n J., H o r v it z H. R., Mechanisms and functions of cell death. Ann. Rev. Cell Biol. 7, F is h e r D. E., Apoptosis in cancer therapy: crossing the threshold. Cell 78, H e n g a r t n e r M. O., CED-4 is a stranger no more. Nature 388, H e n g a r t n e r M. O., H o r v it z H. R., C. elegans cell survival gene ced-9 encodes a functional homolog of the mammalian proto-oncogene bcl-2. Cell 76, J a c o b s o n M. D., W e i l M., R a f f M. C., Programmed cell death in animal development. Cell 88, K e r r, J. F. R., Shrinkage necrosis: a distinct mode of cellular death. J. Path. 105, K e r r J. F. R., W y l l ie A. H., C u r r ie A. R., Apoptosis: a basic biological phenomenon with wide-ranging implications in tissue kinetics. Br. J. Cancer 26, L e v in e A. J., p53, the cellular gatekeeper for growth and division. Cell 88, N a g a t a S., Apoptosis by death factor. Cell 8 8, N ic h o l s o n D. W., T h o r n b e r r y N. A., Caspases: killer proteases. Trends Bioch. Sci. 2 2, R e e d, J. C., Cytochrome c: can t live with it-can t live without it. Cell 9 1, R e e d J. C., Bcl-2 family proteins. Oncogene 17, T h o m p s o n C. B., Apoptosis in the pathogenesis and treatment of disease. Science 2 6 7, T s u j im o t o Y., Role of Bel-2family proteins inapoptosis: apoptosomes or mitochondria? Genes to Cells 3, W h it e, E., Death-defying act: a meeting review on apoptosis. Genes & Dev. 7, W y l l ie A., An endonuclease at last. N a tu r e 3 9 1, W y l l ie A. H., K e r r J. F. R., C u r r ie A. R., Cell death: the significance of apoptosis. Int. Rev. Cyt. 6 8., Y u a n J., S h a h a m S., L e d o u x S., E l l is H. M., H o r v it z H. R., The C. elegans cell death gene ced-3 encodes a protein similar to mammalian interleukin-lb-converting enzyme. Cell 7 5,
Fizjologia człowieka
Fizjologia człowieka Wykład 2, część A CZYNNIKI WZROSTU CYTOKINY 2 1 Przykłady czynników wzrostu pobudzających proliferację: PDGF - cz.wzrostu z płytek krwi działa na proliferację i migrację fibroblastów,
CHOROBY NOWOTWOROWE. Twór składający się z patologicznych komórek
CHOROBY NOWOTWOROWE Twór składający się z patologicznych komórek Powstały w wyniku wielostopniowej przemiany zwanej onkogenezą lub karcinogenezą Morfologicznie ma strukturę zbliżoną do tkanki prawidłowej,
Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
OPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011
OPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011 DLACZEGO DOROSŁY CZŁOWIEK (O STAŁEJ MASIE BIAŁKOWEJ CIAŁA) MUSI SPOŻYWAĆ BIAŁKO? NIEUSTAJĄCA WYMIANA BIAŁEK
Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane. Genetyczne podłoże nowotworzenia
Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Genetyczne podłoże nowotworzenia Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Połączenia komórek
TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI Michał M. Dyzma PLAN REFERATU Historia badań nad wapniem Domeny białek wiążące wapń Homeostaza wapniowa w komórce Komórkowe rezerwuary wapnia Białka buforujące Pompy wapniowe
Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów
Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl
Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
WYBRANE SKŁADNIKI POKARMOWE A GENY
WYBRANE SKŁADNIKI POKARMOWE A GENY d r i n ż. Magdalena Górnicka Zakład Oceny Żywienia Katedra Żywienia Człowieka WitaminyA, E i C oraz karotenoidy Selen Flawonoidy AKRYLOAMID Powstaje podczas przetwarzania
października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Lekarski. Udział mikrorna w procesie starzenia się ludzkich limfocytów T. Joanna Frąckowiak
Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Lekarski Udział mikrorna w procesie starzenia się ludzkich limfocytów T Joanna Frąckowiak Rozprawa doktorska Praca wykonana w Katedrze i Zakładzie Fizjopatologii Gdańskiego
Składniki diety a stabilność struktury DNA
Składniki diety a stabilność struktury DNA 1 DNA jedyna makrocząsteczka, której synteza jest ściśle kontrolowana, a powstałe błędy są naprawiane DNA jedyna makrocząsteczka naprawiana in vivo Replikacja
Ruch zwiększa recykling komórkowy Natura i wychowanie
Wiadomości naukowe o chorobie Huntingtona. Prostym językiem. Napisane przez naukowców. Dla globalnej społeczności HD. Ruch zwiększa recykling komórkowy Ćwiczenia potęgują recykling komórkowy u myszy. Czy
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej)
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej) Nadzieja Drela ndrela@biol.uw.edu.pl Konspekt do wykładu
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA 2007 by National Academy of Sciences Kornberg R D PNAS 2007;104:12955-12961 Struktura chromatyny pozwala na różny sposób odczytania informacji zawartej w DNA. Możliwe staje
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
Geny, a funkcjonowanie organizmu
Geny, a funkcjonowanie organizmu Wprowadzenie do genów letalnych Geny kodują Białka Kwasy rybonukleinowe 1 Geny Występują zwykle w 2 kopiach Kopia pochodząca od matki Kopia pochodząca od ojca Ekspresji
Transport przez błony
Transport przez błony Transport bierny Nie wymaga nakładu energii Transport aktywny Wymaga nakładu energii Dyfuzja prosta Dyfuzja ułatwiona Przenośniki Kanały jonowe Transport przez pory w błonie jądrowej
Wykład 13. Regulacja cyklu komórkowego w odpowiedzi na uszkodzenia DNA. Mechanizmy powstawania nowotworów
Wykład 13 Regulacja cyklu komórkowego w odpowiedzi na uszkodzenia DNA Mechanizmy powstawania nowotworów Uszkodzenie DNA Wykrycie uszkodzenia Naprawa DNA Zatrzymanie cyklu kom. Apoptoza Źródła uszkodzeń
Nukleotydy w układach biologicznych
Nukleotydy w układach biologicznych Schemat 1. Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy Schemat 2. Dinukleotyd NADP + Dinukleotydy NAD +, NADP + i FAD uczestniczą w procesach biochemicznych, w trakcie których
Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17
Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony
Badanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej
Badanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej PRAKTIKUM Z BIOLOGII KOMÓRKI () ćwiczenie prowadzone we współpracy z Pracownią Biofizyki Komórki Badanie dynamiki białek
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Podstawy mikrobiologii. Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej
Podstawy mikrobiologii Wykład 3 Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej Budowa wirusów Wirusy nie mają budowy komórkowej, zatem pod względem biologicznym nie są organizmami Ŝywymi! Są to twory nukleinowo
Do moich badań wybrałam przede wszystkim linię kostniakomięsaka 143B ze względu na jej wysoki potencjał przerzutowania. Do wykonania pracy
Streszczenie Choroby nowotworowe stanowią bardzo ważny problem zdrowotny na świecie. Dlatego, medycyna dąży do znalezienia nowych skutecznych leków, ale również rozwiązań do walki z nowotworami. Głównym
Komórka eukariotyczna
Komórka eukariotyczna http://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=plik:hela_cells_stained_with_hoechst_33258.jpg cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii,
Wprowadzenie do biologii molekularnej.
Wprowadzenie do biologii molekularnej. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Biologia molekularna zajmuje się badaniem biologicznych
Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii. Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Copyright by Wydział Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii
Czy żywność GMO jest bezpieczna?
Instytut Żywności i Żywienia dr n. med. Lucjan Szponar Czy żywność GMO jest bezpieczna? Warszawa, 21 marca 2005 r. Od ponad połowy ubiegłego wieku, jedną z rozpoznanych tajemnic życia biologicznego wszystkich
Tematy- Biologia zakres rozszerzony, klasa 2TA,2TŻ-1, 2TŻ-2
Tematy- Biologia zakres rozszerzony, klasa 2TA,2TŻ-1, 2TŻ-2 Nr lekcji Temat Zakres treści 1 Zapoznanie z PSO, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową PSO, wymagania edukacyjne i podstawa programowa
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej
Rozwój metod dozymetrii biologicznej oraz biofizycznych markerów i indykatorów wpływu promieniowania na organizmy żywe
Rozwój metod dozymetrii biologicznej oraz biofizycznych markerów i indykatorów wpływu promieniowania na organizmy żywe Marcin Kruszewski Centrum Radiobiologii i Dozymetrii Biologicznej Instytut Chemii
Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Śmierć komórki znaczenie dla organizmu
70 Śmierć komórki znaczenie dla organizmu Konspekt zajęć edukacyjnych Aleksandra Szydłowska, Ilona Żeber-Dzikowska, Urszula Poziomek Temat: Czy śmierć komórki ma negatywne znaczenie dla organizmu? Przedmiot:
NON-HODGKIN S LYMPHOMA
NON-HODGKIN S LYMPHOMA Klinika Hematologii, Nowotworów Krwi i Transplantacji Szpiku We Wrocławiu Aleksandra Bogucka-Fedorczuk DEFINICJA Chłoniaki Non-Hodgkin (NHL) to heterogeniczna grupa nowotworów charakteryzująca
Fizjologia nauka o czynności żywego organizmu
nauka o czynności żywego organizmu Stanowi zbiór praw, jakim podlega cały organizm oraz poszczególne jego układy, narządy, tkanki i komórki prawa rządzące żywym organizmem są wykrywane doświadczalnie określają
Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp:
Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów Wstęp: Wśród technik biologii molekularnej jedną z najczęściej stosowanych jest technika fluorescencyjna. Stosując technikę fluorescencyjną można
Wykład 5. Remodeling chromatyny
Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.
Szczegółowy harmonogram ćwiczeń Biologia medyczna w Zakładzie Biologii w roku akademickim 2017/2018 Analityka Medyczna I rok
Szczegółowy harmonogram ćwiczeń Biologia medyczna w Zakładzie Biologii w roku akademickim 2017/2018 Analityka Medyczna I rok Przedmiot Wykłady Ćwiczenia Poniedziałek 8.00 10.15 grupa V Wtorek 11.00 13.15
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD
Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN Jaka jest rola kinaz MA (generalnie)? Do czego służy roślinom (lub generalnie) fosfolipaza D? Czy u roślin występują hormony peptydowe? Wymień znane Ci rodzaje receptorów
Wykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Pytania Egzamin magisterski
Pytania Egzamin magisterski Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Krótko omów jakie informacje powinny być zawarte w typowych rozdziałach publikacji naukowej: Wstęp, Materiały i Metody,
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych. źródło: (3)
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych źródło: (3) Interakcje białko-białko Ze względu na zadanie: strukturalne lub funkcjonalne. Ze względu na właściwości fizyczne: stałe lub
STRESZCZENIE PRACY DOKTORSKIEJ
mgr Bartłomiej Rospond POSZUKIWANIE NEUROBIOLOGICZNEGO MECHANIZMU UZALEŻNIENIA OD POKARMU - WPŁYW CUKRÓW I TŁUSZCZÓW NA EKSPRESJĘ RECEPTORÓW DOPAMINOWYCH D 2 W GRZBIETOWYM PRĄŻKOWIU U SZCZURÓW STRESZCZENIE
Priony. co dobrego mówią nam drożdże? Takao Ishikawa Zakład Biologii Molekularnej Uniwersytet Warszawski
Priony co dobrego mówią nam drożdże? Takao Ishikawa Zakład Biologii Molekularnej Uniwersytet Warszawski Choroba Kreutzfeldta-Jakoba Pierwsze opisy pochodzą z lat 30. XX wieku Zakaźna choroba, często rodzinna
KURS PATOFIZJOLOGII WYDZIAŁ LEKARSKI
KURS PATOFIZJOLOGII WYDZIAŁ LEKARSKI CELE KSZTAŁCENIA Patologia ogólna łączy wiedzę z zakresu podstawowych nauk lekarskich. Stanowi pomost pomiędzy kształceniem przed klinicznym i klinicznym. Ułatwia zrozumienie
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Prezentuje: Magdalena Jasińska
Prezentuje: Magdalena Jasińska W którym momencie w rozwoju embrionalnym myszy rozpoczyna się endogenna transkrypcja? Hipoteza I: Endogenna transkrypcja rozpoczyna się w embrionach będących w stadium 2-komórkowym
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Uniwersytet Łódzki, Instytut Biochemii
Życie jest procesem chemicznym. Jego podstawą są dwa rodzaje cząsteczek kwasy nukleinowe, jako nośniki informacji oraz białka, które tę informację wyrażają w postaci struktury i funkcji komórek. http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1959/press.html?print=1
SEMINARIUM 8:
SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,
Plan wykładu: Budowa chromatyny - nukleosomy. Wpływ nukleosomów na replikację i transkrypcję
Nukleosomy 1 Plan wykładu: Budowa chromatyny - nukleosomy Wpływ nukleosomów na replikację i transkrypcję Metody pozwalające na wyznaczanie miejsc wiązania nukleosomów Charakterystyka obsadzenia nukleosomów
starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg
STRESZCZENIE Przewlekła białaczka limfocytowa (PBL) jest najczęstszą białaczką ludzi starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg kliniczny, zróżnicowane rokowanie. Etiologia
Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Regulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Transport makrocząsteczek
Komórka eukariotyczna cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii, dzięki której organizm uzyskuje energię biosynteza białka i innych związków Transport
Mam Haka na Raka. Chłoniak
Mam Haka na Raka Chłoniak Nowotwór Pojęciem nowotwór określa się niekontrolowany rozrost nieprawidłowych komórek w organizmie człowieka. Nieprawidłowość komórek oznacza, że różnią się one od komórek otaczających
Dopasowanie sekwencji (sequence alignment)
Co to jest alignment? Dopasowanie sekwencji (sequence alignment) Alignment jest sposobem dopasowania struktur pierwszorzędowych DNA, RNA lub białek do zidentyfikowanych regionów w celu określenia podobieństwa;
Antyoksydanty pokarmowe a korzyści zdrowotne. dr hab. Agata Wawrzyniak, prof. SGGW Katedra Żywienia Człowieka SGGW
Antyoksydanty pokarmowe a korzyści zdrowotne dr hab. Agata Wawrzyniak, prof. SGGW Katedra Żywienia Człowieka SGGW Warszawa, dn. 14.12.2016 wolne rodniki uszkodzone cząsteczki chemiczne w postaci wysoce
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa,
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, 14.01. 2018 Instytut Biochemii i Biofizyki PAN Ul. Pawińskiego 5a 02-106 Warszawa Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Płachty Pod Tytułem Regulacja funkcjonowania
Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego
Aleksandra Sałagacka Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego Pracownia Biologii Molekularnej i Farmakogenomiki
Nowe terapie choroby Huntingtona. Grzegorz Witkowski Katowice 2014
Nowe terapie choroby Huntingtona Grzegorz Witkowski Katowice 2014 Terapie modyfikujące przebieg choroby Zahamowanie produkcji nieprawidłowej huntingtyny Leki oparte o palce cynkowe Małe interferujące RNA
mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
// // Zastosowanie pól magnetycznych w medycynie. Wydanie drugie. Autor: Aleksander Sieroń.
// // Zastosowanie pól magnetycznych w medycynie. Wydanie drugie. Autor: Aleksander Sieroń. Prof. Aleksander Sieroń jest specjalistą z zakresu chorób wewnętrznych, kardiologii i medycyny fizykalnej. Kieruje
Organizacja tkanek - narządy
Organizacja tkanek - narządy Architektura skóry tkanki kręgowców zbiór wielu typów komórek danej tkanki i spoza tej tkanki (wnikają podczas rozwoju lub stale, w trakcie Ŝycia ) neurony komórki glejowe,
FOCUS Plus - Silniejsza ryba radzi sobie lepiej w trudnych warunkach
FOCUS Plus - Silniejsza ryba radzi sobie lepiej w trudnych warunkach FOCUS Plus to dodatek dostępny dla standardowych pasz tuczowych BioMaru, dostosowany specjalnie do potrzeb ryb narażonych na trudne
KARTA PRZEDMIOTU CYTOFIZJOLOGIA/SYLABUS
KARTA PRZEDMIOTU CYTOFIZJOLOGIA/SYLABUS Wydział Kierunek studiów Jednostka organizacyjna prowadząca kierunek Poziom kształcenia Forma studiów Profil kształcenia Jednostka organizacyjna prowadząca przedmiot
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Uwaga: tkanka tłuszczowa (adipose tissue) NIE wykorzystuje glicerolu do biosyntezy triacylogliceroli Endo-, para-, i autokrynna droga przekazu informacji biologicznej.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Czy priony zawsze są szkodliwe? SPIS TREŚCI: Wprowadzenie. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. Karty pracy. 1.
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?
Radiobiologia. Dawki promieniowania. Oddziaływanie promieniowania jonizującego z materią. Jonizacja. Wzbudzanie
Radiobiologia Oddziaływanie promieniowania jonizującego z materią Podczas przechodzenia promieniowania jonizującego przez warstwy ośrodka pochłaniającego jego energia zostaje zaabsorbowana Jonizacja W
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz. III): Aktywacja i funkcje efektorowe limfocytów B
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz. III): Aktywacja i funkcje efektorowe limfocytów B Nadzieja Drela ndrela@biol.uw.edu.pl Konspekt wykładu Rozpoznanie antygenu
TRANSLACJA II etap ekspresji genów
TRANSLACJA II etap ekspresji genów Tłumaczenie informacji genetycznej zawartej w mrna (po transkrypcji z DNA) na aminokwasy budujące konkretne białko. trna Operon (wg. Jacob i Monod) Zgrupowane w jednym
biologia w gimnazjum OBWODOWY UKŁAD NERWOWY
biologia w gimnazjum 2 OBWODOWY UKŁAD NERWOWY BUDOWA KOMÓRKI NERWOWEJ KIERUNEK PRZEWODZENIA IMPULSU NEROWEGO DENDRYT ZAKOŃCZENIA AKSONU CIAŁO KOMÓRKI JĄDRO KOMÓRKOWE AKSON OSŁONKA MIELINOWA Komórka nerwowa
Spis treści. 1. Wiadomości wstępne Skład chemiczny i funkcje komórki Przedmowa do wydania czternastego... 13
Przedmowa do wydania czternastego... 13 Częściej stosowane skróty... 15 1. Wiadomości wstępne... 19 1.1. Rys historyczny i pojęcia podstawowe... 19 1.2. Znaczenie biochemii w naukach rolniczych... 22 2.
Nowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
WYKŁAD: Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Klasyczny przepływ informacji. Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach
WYKŁAD: Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach Prof. hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Białka Retrowirusy Białka Klasyczny
BIOLOGIA KOMÓRKI - KARIOKINEZY
BIOLOGIA KOMÓRKI - KARIOKINEZY M A Ł G O R Z A T A Ś L I W I Ń S K A 60 µm 1. KOMÓRKI SĄ ZBYT MAŁE, BY OBSERWOWAĆ JE BEZ POWIĘKSZENIA Wymiary komórek podaje się w mikrometrach (µm): 1 µm = 10-6 m; 1000
Wykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT
Wykład 9: Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) odrębność genetyczna, która czyni każdego z nas jednostką unikatową Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej HUMAN GENOME
DNA musi współdziałać z białkami!
DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji
MAM HAKA NA CHŁONIAKA
MAM HAKA NA CHŁONIAKA CHARAKTERYSTYKA OGÓLNA Chłoniaki są to choroby nowotworowe, w których następuje nieprawidłowy wzrost komórek układu limfatycznego (chłonnego). Podobnie jak inne nowotwory, chłoniaki
Translacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Podkowiańska Wyższa Szkoła Medyczna im. Z. i J. Łyko. Syllabus przedmiotowy 2016/ /2019
Podkowiańska Wyższa Szkoła Medyczna im. Z. i J. Łyko Syllabus przedmiotowy 2016/2017-2018/2019 Wydział Fizjoterapii Kierunek studiów Fizjoterapia Specjalność ----------- Forma studiów Stacjonarne / Niestacjonarne
NUTRIGENOMIKA na co mają geny apetyt. Ewa Róg - Zielińska
NUTRIGENOMIKA na co mają geny apetyt Ewa Róg - Zielińska NUTRIGENOMIKA badanie zależności między żywieniem a odpowiedzią organizmu na poziomie ekspresji genów dieta ma wpływ na każdy etap ekspresji - na
Czynniki genetyczne sprzyjające rozwojowi otyłości
Czynniki genetyczne sprzyjające rozwojowi otyłości OTYŁOŚĆ Choroba charakteryzująca się zwiększeniem masy ciała ponad przyjętą normę Wzrost efektywności terapii Czynniki psychologiczne Czynniki środowiskowe
Informacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Immunologia komórkowa
Immunologia komórkowa ocena immunofenotypu komórek Mariusz Kaczmarek Immunofenotyp Definicja I Charakterystyczny zbiór antygenów stanowiących elementy różnych struktur komórki, związany z jej różnicowaniem,
Mechanizm działania terapii fotodynamicznej w diagnozowaniu i leczeniu nowotworów. Anna Szczypka Aleksandra Tyrawska
Mechanizm działania terapii fotodynamicznej w diagnozowaniu i leczeniu nowotworów Anna Szczypka Aleksandra Tyrawska Metody fotodynamiczne PDT Technika diagnostyczna i terapeutyczna zaliczana do form fotochemioterapii
cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma Jądro komórkowe
Komórka eukariotyczna http://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=plik:hela_cells_stained_with_hoechst_33258.jpg cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii,