MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: Katarzyna Zacharczuk, Rafał Gierczyński
|
|
- Klaudia Kołodziej
- 5 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: Katarzyna Zacharczuk, Rafał Gierczyński OCENA PRZYDATNOŚCI NOWYCH ENZYMÓW RESTRYKCYJNYCH SFAAI ORAZ SMII DO RÓŻNICOWANIA IZOLATÓW YERSINIA ENTEROCOLITICA 4/O3 I 1B/O8 METODĄ ELEKTROFOREZY W ZMIENNYM POLU ELEKTRYCZNYM (PFGE) Zakład Bakteriologii NIZP PZH w Warszawie Kierownik: prof. dr hab. M. Jagielski W pracy przeprowadzono ocenę przydatności wybranych enzymów restrykcyjnych: SfaAI, SfiI, SmaI oraz SmiI do różnicowania izolatów Yersinia enterocolitica 4/O3 i 1B/O8 metodą REA PFGE. Wykazano użyteczność endonukleaz SfaAI oraz SfiI dla potrzeb genotypowania szczepów Y. enterocolitica Gram-ujemne pałeczki, należące do gatunku Yersinia enterocolitica są czynnikiem etiologicznym jersiniozy - ostrej, odzwierzęcej choroby występującej u ludzi oraz zwierząt. Do zakażenia dochodzi głównie drogą pokarmową w wyniku spożycia skażonych tymi bakteriami produktów spożywczych pochodzenia zwierzęcego, roślinnego a także wody. Za główny rezerwuar szczepów patogennych dla człowieka uznawane są świnie (1, 11). Jersinioza przybiera najczęściej charakter zatrucia pokarmowego, powodując stan zapalny jelita cienkiego oraz węzłów chłonnych krezki. W wyniku zakażenia pałeczkami Y. enterocolitica mogą wystąpić również powikłania w postaci reaktywnego zapalenia stawów, zespołu Reitera, rumienia guzowatego i innych zmian skórnych lub w obrębie tkanki łącznej. Chorobotwórcze dla człowieka szczepy Y. enterocolitica należą do biotypów 1B, 2, 3, 4, 5 oraz niektórych, spośród blisko 60 grup serologicznych (O3; O:5,27; O8; O9), podczas gdy większość szczepów niechorobotwórczych należy do biotypu 1A (1, 5). W Europie, a w szczególności w Polsce, od chorych najczęściej izolowane są pałeczki z grupy O3 i biotypu 4 (bioserotyp 4/O3). Jednakże, od roku 2004 w kraju wykrywa się również zakażenia ludzi wywoływane przez pałeczki Y. enterocolitica z grupy O8 i biotypu 1B (bioserotyp 1B/O8) (13). Szczepy tego bioserotypu charakteryzuje wysoka chorobotwórczość, dotychczas występowały one głównie w Ameryce Północnej (na obszarze USA) i były izolowane sporadycznie w Japonii (1). Dla potrzeb identyfikacji oraz typowania chorobotwórczych szczepów Y. enterocolitica obok metod genotypowych (6), zastosowanie znajdują również techniki molekularne, w tym najpowszechniej wykorzystywane są: PCR oraz PFGE ( Pulsed-Field Gel Electrophoresis - elektroforeza w zmiennym polu elektrycznym) (5, 17). Wyniki PFGE umożliwiają analizę polimorfizmu dużych fragmentów DNA generowanych poprzez trawienie kompletnego
2 134 K. Zacharczuk, R. Gierczyński Nr 2 chromosomu tzw. rzadko tnącymi enzymami restrykcyjnymi (przeważnie NotI i XbaI). Metoda ta w polskim piśmiennictwie jest również określana skrótem REA-PFGE (9) dla odróżnienia od analizy polimorfizmu kompletnych (nie trawionych enzymem restrykcyjnym) chromosomów. REA-PFGE uznawana jest za metodę referencyjną w genotypowaniu szczepów Y. enterocolitica, należących do tego samego bioserotypu (subtypowanie), ze względu na wysoką siłę dyskryminacji (potencjał różnicujący) oraz powtarzalność otrzymywanych wyników (2, 5, 6, 8, 11). Jednakże, ze względu na wysoki stopień podobieństwa genetycznego izolatów tego samego bioserotypu izolowanych od chorych z określonego obszaru (region geograficzny, kraj) przydatność REA-PFGE do subtypowania bywa często ograniczona. Ponadto występowanie profili (wzorów restrykcyjnych) składających się z dużej liczby nakładających się fragmentów DNA (prążków), z których jedynie kilka może być przydatnych do określenia genotypu, również ogranicza efektywność tej metody (5). Mimo podejmowanych prób dotychczas nie rozwiązano tego problemu (4, 5). Ponieważ liczba i wielkość fragmentów restrykcyjnych w metodzie REA-PFGE zależy od miejsca rozpoznawanego przez endonukleazę (długość i sekwencja nukleotydów) (16), celem prezentowanej pracy była ocena przydatności nowych enzymów restrykcyjnych SfaAI i SmiI do genotypowania pałeczek Y. enterocolitica. W świetle dostępnych danych piśmiennictwa oba te enzymy nie były dotychczas stosowane dla tych drobnoustrojów. Ponadto ocenie poddano również enzymy: SfiI i SmaI, które jedynie sporadycznie wykorzystywano w typowaniu Y. enterocolitica (5). MATERIAŁ I METODY S zczepy bakteryjne. W badaniach posłużono się reprezentatywnymi szczepami Yersinia enterocolitica (n=10) z kolekcji zagranicznych i kolekcji Zakładu Bakteriologii NIZP-PZH, reprezentujących bioserotypy 4/O3 i 1B/O8. Szczegółowe informacje dotyczące pochodzenia badanych szczepów podano w Tabeli I. Tabela I. Charakterystyka szczepów Y. enterocolitica użytych w pracy do oceny przydatności wybranych endonukleaz Numer Alternatywne szczepu oznaczenie szczepu Kolekcja szczepów* Grupa serologiczna Biotyp 1 WA-314 MPI O8 1B 2 85/05 PZH O8 1B IP IP O8 1B IP IP O8 1B IP IP O8 1B 6 305/96 PZH O /97 PZH O /98 PZH O /03 PZH O /96 PZH O3 4 * PZH (Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego Państwowy Zakład Higieny, Warszawa); MPI - (Max von Pettenkofer-Institut für Hygiene und Medizinische Mikrobiologie der Ludwig Maximilians Universität München, Monachium, Niemcy); IP - (Institut Pasteur, Paryż, Francja)
3 Nr 2 Enzymy restrykcyjne w różnicowaniu Y. enterocolitica 135 REA - PFGE. Przygotowanie bloczków. W celu uzyskania kompletnego DNA chromosomalnego, komórki bakteryjne immobilizowano w żelu agarozowym. Szczepy bakteryjne namnażano na podłożu stałym TSA przez 18 godz. w temp 27 ºC. Przygotowywano zawiesiny bakteryjne w buforze TE (10 mm Tris-HCl, ph 8,0; 1 mm EDTA, ph 8,0), o gęstości 8-10 w skali McFarlanda. Do 0,20 ml rozpuszczonej, 1% agarozy (SeaKem Gold Agarose, Lonza) o temperaturze 45 o C dodawano 0,25 ml zawiesiny bakteryjnej. Po wymieszaniu zawiesinę niezwłocznie przenoszono (0,1 ml) do form do przygotowywania bloczków (Bio-Rad). Bloczki agarozowe inkubowano w 5 ml buforu lizującego (50mM Tris-HCl, ph 8,0; 50mM EDTA, ph 8,0; 1% N-Laurylosarkozyl (Sigma) z dodatkiem 25µl proteinazy K (20 mg/ml) (Sigma) w temp. 55 ºC przez 2 h. Bufor usuwano i bloczki dwukrotnie płukano w łaźni wodnej z wytrząsaniem w temp. 50ºC w 10 ml wody dejonizowanej a następnie czterokrotnie w 10 ml buforu TE. Bloczki przechowywano w chłodni w 1 ml buforu TE do momentu użycia. Trawienie immobilizowanego D N A. Immobilizowane DNA bakteryjne (1/3 bloczka agarozowego) inkubowano przez okres min w 0,16 ml odpowiedniego dla danej endonukleazy buforu reakcyjnego dostarczonego przez producenta enzymu i zgodnie z jego zaleceniami. Bufor reakcyjny usuwano. Do próbówek z bloczkami dodawano 0,16 ml mieszaniny buforu reakcyjnego i odpowiedniego enzymu (SfaAI, SfiI, SmaI lub SmiI) w ilości odpowiadającej 20 jednostkom. Trawienie prowadzono przez 18 h w temperaturze zalecanej przez producenta enzymu (Fermentas, Litwa). Po zakończeniu trawienia usuwano bufor reakcyjny i do probówek dodawano 0,2 ml buforu (1x) Loading Dye Solution (Fermentas, Litwa), a następnie inkubowano nie krócej niż przez 15 min. Rozdział fragmentów restrykcyjnych genomowego DNA metodą P F G E. Rozdział elektroforetyczny fragmentów restrykcyjnych genomowego DNA badanych szczepów prowadzono w zmiennym polu elektrycznym (Clamped Homogeneous Electric Field) przy użyciu systemu CHEF-DR II (Bio-Rad, USA). Wybarwione bloczki zawierające imobilizowane fragmenty restrykcyjne umieszczano na zębach grzebienia do formowania dołków w żelu agarozowym, a następnie grzebień wstawiano do tacy do formowania żelu (Bio-Rad) i zalewano 1% roztworem agarozy (Agarose Prona Plus, E.U) w 0,5 x TBE (45 mm Tris, 45 mm kwas borowy, 1,0 mm EDTA ph 8,3) o temperaturze w zakresie o C. Po żelifikacji usuwano grzebień, a żel umieszczano w komorze elektroforetycznej i zalewano 1,7 l buforu elektroforetycznego (0,5 x TBE). Rozdział elektroforetyczny rozpoczynano niezwłocznie po schłodzeniu buforu do temperatury rozdziału wynoszącej 14 o C. Czas elektroforezy wynosił 24 h, okres pulsu oscylował w zakresie od 5 (initial) do 24 s (final switch time) przy natężeniu pola elektrycznego 6,0 V/cm. Jako marker masy molekularnej zastosowano Lambda Ladder PFGE Marker (New England, Biolabs). Po zakończeniu elektroforezy żel poddawano płukaniu z umiarkowanym wytrząsaniem w roztworze bromku etydyny 0,5 mg/l przez 30 min, a następnie w wodzie dejonizowanej przez okres nie krótszy niż 45 min i fotografowano w świetle UV (254 nm). WYNIKI W pracy oceniano przydatność enzymów restrykcyjnych: SmaI, SmiI, SfaAI, SfiI w analizie makrorestrykcyjnej genomowego DNA szczepów Y. enterocolitica z zastosowaniem elektroforezy w zmiennym polu elektrycznym (Ryc. 1A, 1B).
4 136 K. Zacharczuk, R. Gierczyński Nr 2 Ryc. 1A. Profile REA-PFGE uzyskane po trawieniu genomowego DNA szczepów Yersinia enterocolitica 1B/O8 i 4/O3 endonukleazami: SfiI i SfaAI. Numery ścieżek odpowiadają poszczególnym szczepom (Tabela I). M marker wielkości DNA. Wielkość fragmentów DNA wyrażono w tysiącach par zasad (kpz). Ryc. 1B. Profile REA-PFGE uzyskane po trawieniu genomowego DNA szczepów Yersinia enterocolitica 1B/O8 i 4/O3 endonukleazami: SmiI i SmaI. Numery ścieżek odpowiadają poszczególnym szczepom (Tabela I). M marker wielkości DNA. Wielkość fragmentów DNA wyrażono w tysiącach par zasad (kpz).
5 Nr 2 Enzymy restrykcyjne w różnicowaniu Y. enterocolitica 137 Wyniki typowania metodą PFGE analizowano przy użyciu programu Gel Compar II Version 5.10 (Applied Maths, Saint-Matris-Latem, Belgium). Podobieństwo genetyczne szczepów przedstawiono w postaci dendrogramów utworzonych z wykorzystaniem metody klasteryzacji UPMGA (Unweighted Pair Group Method using arithmetic Averages) oraz współczynnika podobieństwa Dice (1.%) (10) (Ryc. 2). Ryc. 2. Porównanie topologii dendrogramów genetycznego podobieństwa szczepów Yersinia enterocolitica 1B/O8 i 4/O3 uzyskanych w wyniku analizy profili REA-PFGE otrzymanych dla ocenianych endonukleaz: SfiI, SfaAI, SmiI i SmaI. Numery gałęzi dendrogramów odpowiadają poszczególnym szczepom (Tabela I). Oś rzędnych przedstawia skalę podobieństwa genetycznego wyrażonego w procentach. Przeprowadzone badania wykazały występowanie dwóch głównych grup wzorów restrykcyjnych (profili) genomowego DNA badanych izolatów. Podział ten dotyczył profili otrzymanych z każdym z użytych w badaniach enzymów restrykcyjnych. Każda grupa odpowiadała jednemu z dwóch użytych w badaniach bioserotypów Y. enterocolitica (1B/ O8 i 4/O3). Stopień zróżnicowania profili PFGE szczepów obu bioserotypów mieścił się w zakresie 34-54% w zależności od użytego enzymu restrykcyjnego odpowiednio: 34% (SmiI) > 36% (SfaAI) >42% (SfiI) > 54% (SmaI) (Ryc. 2).
6 138 K. Zacharczuk, R. Gierczyński Nr 2 Rozkład i liczba fragmentów restrykcyjnych DNA (prążków) w uzyskanych profilach PFGE zależała od użytej endonukleazy. Uzyskane profile PFGE badanych izolatów Y. enterocolitica składały się z fragmentów DNA o wielkości nie przekraczającej 400 kpz. Obserwowano dużą liczbę fragmentów DNA o wielkości poniżej 50 kpz, które charakteryzowało bardzo bliskie położenie względem siebie (nakładanie się prążków). Fragmenty te nie były przydatne w analizie podobieństwa. Analizie poddano jedynie prążki o drodze migracji krótszej niż ta jaką przebył najmniejszy prążek markera wielkości DNA (48.5 kpz) (Ryc.1A i B). Użycie enzymu SfaAI do restrykcyjnej analizy genomowego DNA badanych szczepów pozwoliło na uzyskanie złożonych profili PFGE, które charakteryzowały się obecnością od 16 do 20 (grupa serologiczna O8) oraz (grupa serologiczna O3) prążków (Ryc. 1A) Wielkość uzyskanych fragmentów restrykcyjnych mieściła się w zakresie od 50 do 350 kpz. W przypadku kolejnego użytego enzymu - SfiI dla badanych szczepów z grupy serologicznej O3 otrzymano prążków, natomiast dla grupy O8 liczba ta wyniosła (Ryc. 1A). Zakres wielkości uzyskanych fragmentów restrykcyjnych wynosił od 50 do 250 kpz. Trawienie SmiI i SmaI prowadziło do uzyskania profili składających się z od 8 do11 prążków w obu grupach badanych szczepów, przy czym zakres wielkości uzyskanych fragmentów restrykcyjnych dla obu tych enzymów wynosił kpz (Ryc. 1B). Profile PFGE otrzymane po użyciu enzymów SmiI oraz SmaI charakteryzowały się nierównomiernym rozkładem prążków. Większość fragmentów DNA (ok.70%) tworzących te profile, miała wielkość od 50 do 100 kpz, co prowadziło do kumulowania się prążków, które były położone blisko siebie, a nawet się nakładały. Pozostałe, pojedyncze prążki mieściły się w przedziale kpz i były wyraźnie rozdzielone (Ryc. 1B). Natomiast, profile uzyskane w wyniku trawienia endonukleazami SfaAI lub SfiI charakteryzował względnie równomierny rozkład prążków (Ryc. 1A). Zastosowanie enzymu SfiI umożliwiło zróżnicowanie wszystkich badanych szczepów, pozwalając na wyróżnienie 10 genotypów. Stwierdzony stopień zróżnicowania uzyskanych profili PFGE dla powyższego enzymu wynosił odpowiednio 17% dla grupy serologicznej O8 oraz 20% Y. enterocolitica O3 (Ryc. 2). Najwyższy stopień różnicowania (26%) w obrębie grupy serologicznej O8 stwierdzono dla enzymu SfaAI. Jednak w przypadku szczepów Y. enterocolitica O3 obserwowane zróżnicowanie było znacząco niższe (8%), wśród 5 izolatów wyodrębniono 4 profile wykazujące od 92 do 100% podobieństwa genetycznego (Ryc. 2). Dwa szczepy oznaczone numerami: 6 oraz 9 reprezentowały ten sam profil PFGE. Użycie enzymu SmiI, pozwoliło na wyróżnienie 9 profili PFGE pośród 10 badanych szczepów. Stopień zróżnicowania szczepów wynosił 9% i 18% odpowiednio dla grupy serologicznej O3 i O8 (Ryc.2). Dwa szczepy Y. enterocolitica O3 o numerach 6 i 7, charakteryzowały się identycznym wzorem restrykcyjnym. Typowanie badanych szczepów z użyciem enzymu SmaI umożliwiło zróżnicowanie wszystkich szczepów Y. enterocolitica O8 na poziomie 86% podobieństwa genetycznego (14% zróżnicowania) (Ryc. 2). Natomiast wśród 5 szczepów O3 wyróżniono 4 profile DNA stwierdzając niższy poziom zróżnicowania (11%). DYSKUSJA Restrykcyjna analiza immobilizowanego, chromosomalnego DNA i rozdział uzyskanych fragmentów w zmiennym polu elektrycznym (REA-PFGE) uważana jest za złoty standard
7 Nr 2 Enzymy restrykcyjne w różnicowaniu Y. enterocolitica 139 w genotypowaniu molekularnym wielu drobnoustrojów, np.: Escherichia coli, Campylobacter sp., Salmonella sp., Shigella sp., Streptococcus sp. jak również Y. enterocolitica (9, 12). Istotnym elementem decydującym o efektywności metody REA-PFGE jest dobór odpowiedniego enzymu restrykcyjnego. Większość laboratoriów dla potrzeb genotypowania izolatów Yersinia enterocolitica stosuje endonukleazy: NotI oraz XbaI. Używano również enzymów: XhoI, ApaI, SpeI, BlnI, SstI, NheI (3, 4, 6, 11). Jednakże enzymy te okazały się mało przydatne w genotypowaniu Y. enterocolitica, zwłaszcza izolatów należących do bioserotypu 4/O3. Szczepy Y. enterocolitica 4/O3 występują endemicznie w Polsce i są głównym etiologicznym czynnikiem jersiniozy. Ponadto stosunkowo niedawno pojawiły się w kraju zakażenia pałeczkami Y. enterocolitica należącymi do bioserotypu 1B/O8 (14). Szczepy z tego bioserotypu charakteryzują się wysoką chorobotwórczością. Obecnie wzrost liczby zakażeń u ludzi wywoływanych przez Y. enterocolitica 1B/O8 stanowi narastający problem w kraju. Dla pełnego poznania dróg szerzenia się zakażeń powodowanych przez te dwie grupy pałeczek Y. enterocolitica konieczne jest określenie stopnia pokrewieństwa izolatów wyosobnianych od chorych oraz prawdopodobnie pochodzących z jednego źródła. Metoda REA-PFGE, polecana do typowania tych drobnoustrojów posiada jednak ograniczoną zdolność różnicowania izolatów należących do tego samego bioserotypu, wyosobnianych w tym samym regionie geograficznym (5). Aby zwiększyć siłę różnicowania REA-PFGE zalecany jest dobór odpowiedniego (generującego profile zawierające powyżej 9 rozróżnialnych prążków (15)) enzymu restrykcyjnego, lub wykorzystanie łącznej siły różnicującej 2 lub 3 różnych enzymów (4,5), co wiąże się z koniecznością wykonania odpowiednio 2 lub 3 odrębnych analiz dla każdego badanego izolatu. To zaś znacząco podnosi koszt i pracochłonność analiz. Z tych przyczyn, wariant ten został pominięty w podjętych badaniach. Ograniczono się do poszukiwania optymalnego enzymu restrykcyjnego. W tym celu dokonano doboru i oceny efektywności innych niż wyżej wspomniane endonukleaz w genotypowaniu szczepów Y. enterocolitica 4/O3 i 1B/O8 metodą REA-PFGE. Ocenie poddano następujące endonukleazy: SfaAI, SfiI, SmaI i SmiI. Głównym kryterium przy wyborze enzymu była długość sekwencji rozpoznawanej przez daną endonukleazę. Autorzy większości prac w których typowano izolaty Y. enterocolitica metodą REA-PFGE stosowali enzymy, które rozpoznawały sekwencje nukleotydów o długości 6 pz (XbaI) lub 8 pz (NotI). Jednak mimo stosowania tych tzw. rzadko-tnących (16) endonukleaz, uzyskiwano profile o bardzo dużej liczbie prążków, co utrudniało interpretację wyników (5). Ponieważ występuje odwrotna zależność pomiędzy długością sekwencji rozpoznawanej przez endonukleazę a liczbą generowanych fragmentów restrykcyjnych, dlatego do badań własnych wybrano endonukleazy, których długość sekwencji rozpoznawanej wynosiła: 13 (SfiI), 8 (SmiI, SfaAI) oraz w pojedynczym przypadku 6 (SmaI) par zasad (16). Dendrogramy uzyskane w wyniku analizy podobieństwa wzorów restrykcyjnych wszystkich ocenianych endonukleaz pokazują obecność dwóch głównych grup profili PFGE odpowiadających dwóm obecnie wyróżnianym podgatunkom: Y. enterocolitica subsp. paleartica (szczepy 4/O3) i Y. enterocolitica subsp. enterocolitica (szczepy 1B/O8). Jest to zgodne z obserwacjami innych autorów świadczącymi o istnieniu korelacji pomiędzy profilem REA-PFGE a przynależnością szczepów Y. enterocolitica izolowanych z materiału klinicznego do określonej grupy serologicznej, biotypu bądź bioserotypu (2, 7, 11, 12). W tym świetle, uzyskane w badaniach własnych wyniki wskazują, że wszystkie
8 140 K. Zacharczuk, R. Gierczyński Nr 2 z ocenianych w pracy endonukleaz mogą służyć do różnicowania szczepów Y. enterocolitica obu podgatunków. Według zaproponowanych przez Tenovera i wsp. (15) kryteriów oceny pokrewieństwa szczepów bakteryjnych, rzetelna interpretacja profili PFGE jest możliwa tylko wtedy, gdy zawierają one co najmniej 10 rozróżnialnych prążków. Powyższy wymóg został spełniony dla enzymów SfiI oraz SfaAI, które generowały profile składające się odpowiednio z oraz prążków w zależności od grupy serologicznej. W przypadku użycia restryktazy SfiI mniejsza liczba prążków może wynikać z długości sekwencji rozpoznawanej przez ten enzym, która jest znacznie dłuższa niż ta rozpoznawana przez SfaAI. Odpowiednia liczba oraz równomierny rozkład fragmentów restrykcyjnych jest parametrem pozwalającym na analizę profili PFGE zgodnych z powyższymi zaleceniami. Natomiast powstała po enzymatycznym trawieniu SmaI bądź SmiI duża liczba nakładających się prążków o wielkości poniżej 100 kpz, powodowała występowanie profili PFGE, przy analizie których decydującą rolę miały jedynie pojedyncze, dobrze rozdzielone fragmenty restrykcyjne. Z tego względu efektywność SmiI, a zwłaszcza SmaI w procesie subtypowania jest ograniczona. Jak już wspomniano, zlewanie się ze sobą prążków o zbliżonej wielkości znacznie utrudnia interpretację wyników REA-PFGE. W odróżnieniu od innych drobnoustrojów (Klebsiella sp., Salmonella sp.) wzory restrykcyjne szczepów Y. enterocolitica, charakteryzują się dużą ilością fragmentów DNA. Dla NotI uzyskiwano ponad 40 prążków (7, 11), z których zdaniem Saken i wsp. (12) do dalszych analiz nadają się jedynie te o wielkości powyżej 100 kpz. Jak wynika z elektroforegramu przedstawionego przez tych autorów, wzory restrykcyjne badanych szczepów Y. enterocolitica zawierały mniej niż 15 prążków spełniających powyższe kryterium. Podobnie ograniczoną liczbę prążków przydatnych w typowaniu REA-PFGE autorzy ci stwierdzili dla endonukleaz: XbaI, SstI oraz NheI (12). W przeprowadzonych badaniach własnych stwierdzono, że najlepsze rezultaty różnicowania szczepów Y. enterocolitica 1B/O8 uzyskano stosując enzym restrykcyjny SfaAI. Stopień zróżnicowania wynosił 26%, co w porównaniu z pozostałymi enzymami ocenianymi w tej pracy, wskazuje, iż endonukleaza SfaAI może być szczególnie przydatna w typowaniu szczepów Y. enterocolitica 1B/O8. Natomiast, dla potrzeb określenia pokrewieństwa genetycznego szczepów 4/O3 wskazane wydaje się być stosowanie enzymu SfiI (stopień zróżnicowania - 20%). Celowość stosowania odrębnych endonukleaz w genotypowaniu izolatów Y. enterocolitica należących do różnych podgatunków uzasadniają też wyniki innych autorów wskazujące, że szczepy z bioserotypu 4/O3 są bardziej genetycznie homogenne niż szczepy 1B/O8 (2, 5, 11, 12). REA-PFGE jest metodą pracochłonną i czasochłonną, wymaga kosztownej aparatury oraz specjalistycznego oprogramowania komputerowego do analiz otrzymanych wyników. Mimo tych wad jest ona polecana jako standard w genotypowaniu Y. enterocolitica (4, 7, 11). Wyniki badań własnych wskazują, że endonukleazy SfaAI i SfiI mogą być użyteczne w różnicowaniu izolatów Y. enterocolitica. Enzymy te mogą być przydane, gdy zachodzi konieczność potwierdzenia genetycznej homogenności badanych izolatów - np. w epidemiologicznym dochodzeniu rozproszonych ognisk zakażeń pokarmowych, co wymaga użycia kilku różnych endonukleaz. Uznanie enzymów restrykcyjnych: SfaAI oraz SfiI za przydatne dla celów typowania izolatów Y. enerocolitica metodą REA-PFGE stanowi podstawę do dalszych badań mających na celu optymalizację parametrów rozdziału elektroforetycznego.
9 Nr 2 Enzymy restrykcyjne w różnicowaniu Y. enterocolitica 141 Autorzy pracy dziękują pani dr n. med. Jolancie Szych z Zakładu Bakteriologii NIZP PZH w Warszawie za udostępnienie szczepów Y. enterocolitica. K Zacharczuk, R Gierczyński ASSESSMENT OF NEW RESTRICTION ENZYMES: SFAAI AND SMII FOR THE DIFFERENTIATION OF Y. ENTEROCOLITICA BIOSEROTYPE 4/O3 AND 1B/O8 CLINICAL ISOLATES BY PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS (PFGE) SUMMARY Endonucleases SfaAI and SmiI have not been yet applied for Y. enterocolitica genotyping. Our goal was to evaluate usefulness of these endonucleases and two other rarely used (SfiI and SmaI) ones for the differentiation of Y. enterocoilitica clinical isolates by PFGE. Reference strains used in this study belong to the major agents of human yersiniosis in Poland, the bioserotype 4/O3 (n=5), and to the highly pathogenic bioserotype 1B/O8 (n=5) that has recently emerged in Poland. Our data indicated that all the tested enzymes are useful for distinguishing Y. enterocolitica strains of bioserotypes 4/O3 and 1B/O8 which are the most common representatives of the two Y. enterocolitica subspecies: palearctica and enterocolitica, respectively. Hovewer, only two enzymes: SfaAI and SfiI completely differentiated strains belonging to the same bioserotype. The discrimination power of these two enzymes varied depending on the bioserotype. SfaAI and SfiI were found to be the most discriminatory for Y. enterocolitica 1B/O8 and 4/O3, respectively. In conclusion, SfaAI and SfiI appear to be useful for the PFGE-subtyping of Y. enetrocolitica isolates to aid epidemiological investigations of foodpoisoning or dispersed-outbreaks. PIŚMIENNICTWO 1. Bottone EJ. Yersinia enterocolitica: overview and epidemiologic correlates. Microb Infect 1999; 1: Buchrieser C, Weagant SD, Kaspar CW. Molecular characterization of Yersinia enterocolitica by pulsed - field electrophoresis and hybrdization of DNA fragments to ail and pyv probes. Appl Environ Microbiol 1994; 60: Filetici E, Anastasio MP, Pourshaban M, Fantasia M. Genotypic and phenotypic characteristic of Yersinia spp. Isolates from food and man. Food Microbiol 2000; 17: Fredriksson-Ahoma M, Autio T, Korkeala H. Efficient subtyping of Yersinia enterocolitica bioserotype 4/O:3 with pulsed field electrophoresis. Lett Appl Microbiol 1999; 29: Fredriksson-Ahoma M, Stolle A, Korkeala H. Molecular epidemiology of Yersinia enterocolitica infections. FEMS Immunol Med Microbiol 2006; 47: Gierczyński R. Ocena przydatności wybranych markerów wirulencji do identyfikowania chorobotwórczych szczepów pałeczek Yersinia enterocolitica I. Fenotypowe markery związane z plazmidem pyv. Med Dośw Mikrobiol 2000; 52: Iteman I, Guiyoule A, Carniel E. Comparison of three molecular methods for typing and subtyping pathogenic Yersinia enterocolitica. J Med Microbiol 1996; 45: Jones TF, Bukingham SC, Bopp ChA, Ribot E i inni. From pig to pacifier: chitterling associated yersiniosis outbreak among black infants. Emerg Infect Dis 2003; 9: Krawczyk B, Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. Rozdział Analiza restrykcyjna chromosomalnego DNA połączona z elektroforezą pulsową. Wydawnictwo Politechniki Gdańskiej, Gdańsk 2008:
10 142 K. Zacharczuk, R. Gierczyński Nr Krawczyk B, Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii. Rozdział 15. Statystyczna analiza danych typowania genetycznego. Wydawnictwo Politechniki Gdańskiej, Gdańsk 2008: Nadjenski H, Iteman I, Carniel E. Efficient subtyping Yersinia enterocolitica strains by pulsed field electrophoresis. J Clin Microbiol 1994; 32: Saken E, Roggenkamp A, Aleksic S, Heesemann J. Characterisation of pathogenic Yersinia enterocolitica serogroups by pulsed-field gel electrophoresis of genomic NotI restriction fragments. J Med Microbiol 1994; 41: Schubert S, Bockemuhl J, Brendler U, Heesemann J. First isolation of virulent Yersinia enterocolitica O8, biotype 1B in Germany. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2003; 22: Rastawicki W, Szych J, Gierczyński R, Rokosz N. A dramatic increase of Yersinia enterocolitica serogrup O:8 infections in Poland. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2009, 47: Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, Mickelsen PA i inni. Interpreting chromosomal DNA restriction patterns produced by pulsed-field electrophoresis: criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995; 33: Węgleński P i inni. Genetyka molekularna. Rozdział 6.2. Enzymy restrykcyjne. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 1995: Wojciech L, Staroniewicz Z, Jakubczak A, Ugorski M. Typing of Yersinia enterocolitica isolates by ITS profiling, REP- and ERIC-PCR. J Vet Med B 2004; 51: Otrzymano: 1 VI 2009 r. Adres Autora: Warszawa, ul. Chocimska 24, Zakład Bakteriologii NIZP-PZH
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: Sebastian Wardak, Marek Jagielski 1
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: 63-77 Sebastian Wardak, Marek Jagielski 1 OCENA PRZYDATNOŚCI WYBRANYCH METOD GENOTYPOWYCH I FENOTYPOWYCH DO WEWNĄTRZGATUNKOWEGO RÓŻNICOWANIA PAŁECZEK CAMPYLOBACTER JEJUNI
Bardziej szczegółowoIdentyfikacja pałeczek Yersinia enterocolitica z wykorzystaniem spektroskopii mas typu MALDI-TOF
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2012, 64: 123-128 Identyfikacja pałeczek Yersinia enterocolitica z wykorzystaniem spektroskopii mas typu MALDI-TOF Rapid identification of Yersinia enterocolitica by matrix-assisted
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych
Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym
Bardziej szczegółowoMED. DOŚW. MIKROBIOL., 2014, 66: 89-98
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2014, 66: 89-98 Opracowanie szybkiego testu PCR-RFLP do identyfikacji pałeczek Yersinia enterocolitica bioserotypu 1B/O8 z epidemicznego szczepu tych drobnoustrojów izolowanych w
Bardziej szczegółowodr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
PFGE Pulsed Field Gel Electrophoresis dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego 1 PFGE Elektroforeza
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowoOPRACOWANIE ZESTAWU DIAGNOSTYCZNEGO DO GENETYCZNEGO TYPOWANIA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH METODĄ PCR MP
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2008, 60: 39-54 Beata Krawczyk, Karolina Stojowska, Justyna Leibner-Ciszak OPRACOWANIE ZESTAWU DIAGNOSTYCZNEGO DO GENETYCZNEGO TYPOWANIA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH METODĄ PCR MP Katedra
Bardziej szczegółowoGenotypowanie szczepów Clostridium perfringens izolowanych od chorych z objawami zatrucia pokarmowego oraz próbek żywności
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2016, 68: 191-201 Genotypowanie szczepów Clostridium perfringens izolowanych od chorych z objawami zatrucia pokarmowego oraz próbek żywności Genotyping Clostridium perfringens strains
Bardziej szczegółowoAutor: dr Mirosława Staniaszek
Zakład Hodowli Roślin Ogrodniczych Pracownia Genetyki i Hodowli Roślin Warzywnych Fot. J. Sobolewski Procedura identyfikacji genu Frl warunkującego odporność pomidora na Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoCorynebacterium diphtheriae
Porównanie wybranych molekularnych metod typowania Corynebacterium diphtheriae Comparison of selected molecular methods for Corynebacterium diphtheriae typing Aleksandra A. Zasada, Marek Jagielski Narodowy
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIE METOD GENOTYPOWYCH W DOCHODZENIU POKREWIEŃSTWA IZOLATÓW PAŁECZEK CAMPYLOBACTER COLI WYHODOWANYCH OD CHOREGO DZIECKA ORAZ OD PSA
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: 235-241 Sebastian Wardak 1, Urszula Duda 2, B. Wojsa 2 ZASTOSOWANIE METOD GENOTYPOWYCH W DOCHODZENIU POKREWIEŃSTWA IZOLATÓW PAŁECZEK CAMPYLOBACTER COLI WYHODOWANYCH OD
Bardziej szczegółowoGenotypowanie metodą REA-PFGE pałeczek Listeria monocytogenes izolowanych z próbek materiału klinicznego, próbek środowiskowych i próbek żywności
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2011, 63: 199-207 Agnieszka Kołakowska, Grzegorz Madajczak Genotypowanie metodą REA-PFGE pałeczek Listeria monocytogenes izolowanych z próbek materiału klinicznego, próbek środowiskowych
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoInvestigation of molecular virulence factors of Yersinia enterocolitica 1B/O8 human clinical isolates collected in Poland in 2009
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2013, 65: 233-243 Analiza profilu genetycznych markerów chorobotwórczości pałeczek Yersinia enterocolitica bioserotypu 1B/O8 wyizolowanych z materiału klinicznego w Polsce w 2009
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoZestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP
2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych
Bardziej szczegółowoTechniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne
Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów
Bardziej szczegółowo47 Olimpiada Biologiczna
47 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwia zan zadan Część A. Identyfikacja zawartości trzech probówek zawierających cukry (0 21 pkt) Zadanie A.1 (0 13 pkt) Tabela 1 (0 7 pkt)
Bardziej szczegółowoPCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji
Bardziej szczegółowoOporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane zaprezentowane poniżej zgromadzone zostały w ramach programu EARS-Net, który jest koordynowany przez
Informacja o aktualnych danych dotyczących oporności na antybiotyki na terenie Unii Europejskiej Październik 2013 Główne zagadnienia dotyczące oporności na antybiotyki przedstawione w prezentowanej broszurze
Bardziej szczegółowoTYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM
TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM Stefania Giedrys-Kalemba 7 110 Podstawowym zadaniem zespołu kontroli zakażeń jest prowadzenie systematycznego nadzoru i rejestracji zakażeń w celu
Bardziej szczegółowoOcena wpływu zastosowanych odczynników na szybkość uzyskania wyniku identyfikacji laseczki wąglika w teście RSI-PCR dla genu plcr
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2011, 63: 321-326 Aleksandra A. Zasada Ocena wpływu zastosowanych odczynników na szybkość uzyskania wyniku identyfikacji laseczki wąglika w teście RSI-PCR dla genu plcr Zakład Bakteriologii
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Salmonella species
Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoPolimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość
Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych jak oporność na leki, syntezę substancji
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoRÓNICOWANIE MLECZARSKICH SZCZEPÓW LACTOBACILLUS METOD PFGE
YWNO. Nauka. Technologia. Jako, 2006, 2 (47) Supl., 216-222 LIDIA MARKIEWICZ, ELBIETA BIEDRZYCKA, MARIA BIELECKA RÓNICOWANIE MLECZARSKICH SZCZEPÓW LACTOBACILLUS METOD PFGE S t r e s z c z e n i e Izolacja
Bardziej szczegółowoMED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: Sebastian Wardak, Marek Jagielski 1
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: 47-61 Sebastian Wardak, Marek Jagielski 1 OCENA PRZYDATNOŚCI WYBRANYCH METOD GENOTYPOWYCH I FENOTYPOWYCH DO WEWNĄTRZGATUNKOWEGO RÓŻNICOWANIA PAŁECZEK CAMPYLOBACTER JEJUNI
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoPROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH
PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH DOROTA ROMANISZYN KATEDRA MIKROBIOLOGII UJCM KRAKÓW Zakażenie krwi
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA
Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest podstawową techniką biologii molekularnej umożliwiającą powielenie określonego fragmentu DNA (najczęściej genu) w komórkach gospodarza np. bakteriach Escherichia
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych, jak oporność na leki, syntezę substancji
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja
Bardziej szczegółowoEvaluation of ITS-PCR and PCR MP techniques for Streptococcus agalactiae genetic differentiation
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2014, 66: 149-160 Ocena przydatności metod: ITS-PCR i PCR MP w genotypowaniu Streptococcus agalactiae Evaluation of ITS-PCR and PCR MP techniques for Streptococcus agalactiae genetic
Bardziej szczegółowo2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*
Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowobi ~ Zestaw dydal<tyczny umożliwiający przeprowadzenie izolacji genomowego DNA z bakterii EasyLation Genomie DNA INSTRUI<CJA DLA STUDENTÓW
Zestaw dydaktyczny EasyLation Genomie DNA Nr kat. DY80 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw dydal
Bardziej szczegółowoJolanta Szych, Aleksandra Jakubczak, Sebastian Wardak, Grzegorz Madajczak
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 29, 61: 311-319 Jolanta Szych, Aleksandra Jakubczak, Sebastian Wardak, Grzegorz Madajczak OCENA WRAŻLIWOŚCI NA WYBRANE ANTYBIOTYKI PAŁECZEK YERSINIA ENTEROCOLITICA I YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS
Bardziej szczegółowoZakład Bakteriologii Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego Państwowego Zakładu Higieny w Warszawie Kierownik: prof. dr hab. M.
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2011, 63: 305-314 Tomasz Wołkowicz 1, Jolanta Szych 1, Sebastian Wardak 2 Analiza podłoża genetycznego i mechanizmów rozprzestrzeniania się oporności na tetracyklinę populacji szczepów
Bardziej szczegółowoProgram ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii
Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej
Bardziej szczegółowoDr n. med. Dorota Żabicka, NPOA, KORLD, Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej NIL
Raport opracowany ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn. Narodowy Program Ochrony Antybiotyków na lata 06-00 Narodowy Instytut
Bardziej szczegółowoIdentyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2017, 69: 93-103 Roman Kotłowski Identyfikacja 20 nowych rejonów zmiennych w genomach Staphylococcus aureus przydatnych do genotypowania koagulazo-dodatnich gronkowców Identification
Bardziej szczegółowoMapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej
Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu
Bardziej szczegółowoMED. DOŚW. MIKROBIOL., 2013, 65: Natalia Rokosz-Chudziak, Waldemar Rastawicki, Katarzyna Zacharczuk, Rafał Gierczyński
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2013, 65: 245-254 Elektroforetyczna i immunologiczna analiza natywnych białek wydzielniczych wytwarzanych in vitro w warunkach indukcji Ysa (Yersinia secretion apparatus) przez izolaty
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych Nr kat. EM08 Wersja zestawu: 1.2012 www.dnagdansk.com Nr kat. EM08 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA GEL OUT przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej
Bardziej szczegółowoMED. DOŚW. MIKROBIOL., 2017, 69: Waldemar Rastawicki, Anna Chróst, Kornelia Gielarowiec
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2017, 69: 27-4 Ocena przydatności opracowanego we własnym zakresie lateksowego testu aglutynacyjnego do poszukiwania przeciwciał dla antygenów pałeczek Yersinia enterocolitica i
Bardziej szczegółowoANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18
ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18 A. Rybotypowanie bakterii w osadzie czynnym techniką ARDRA (ang. Amplified rdna Restriction Analysis) Informacje dotyczące analizowanych prób:
Bardziej szczegółowoSekcja Higieny i Epidemiologii, Wojskowy Instytut Medyczny w Warszawie
ZASADY POSTĘPOWANIA W OGNISKACH EPIDEMICZNYCH WYWOŁYWANYCH PRZEZ SZCZEPY STAPHYLOCOCCUS AUREUS. ZADANIA ZESPOŁU DS. ZAKAŻEN SZPITALNYCH lek. med.marta Kania-Pudło 1, mgr Katarzyna Bojarska 2, prof. dr
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, Warszawa. Zakład Biologii Molekularnej
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa 1 Ćwiczenie 1 Izolacja oraz
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych Nr kat. EM08 Wersja zestawu: 1.2014 www.dnagdansk.com 2 Nr kat. EM08 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA GEL OUT przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoMitochondrialna Ewa;
Mitochondrialna Ewa; jej sprzymierzeńcy i wrogowie Lien Dybczyńska Zakład genetyki, Uniwersytet Warszawski 01.05.2004 Milion lat temu Ale co dalej??? I wtedy wkracza biologia molekularna Analiza różnic
Bardziej szczegółowoZalecenia rekomendowane przez Ministra Zdrowia. KPC - ang: Klebsiella pneumoniae carbapenemase
Zalecenia dotyczące postępowania w przypadku identyfikacji w zakładach opieki zdrowotnej szczepów bakteryjnych Enterobacteriaceae wytwarzających karbapenemazy typu KPC * * KPC - ang: Klebsiella pneumoniae
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Basic DNA Purification Kit
Wersja zestawu 2.2 Sierpień 2019 GeneMATRIX Basic DNA Purification Kit 3 in 1: For Agarose, Plasmid and PCR/DNA Clean-Up Uniwersalny zestaw do oczyszczania produktów PCR / DNA po obróbce enzymatycznej,
Bardziej szczegółowoMetody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
Bardziej szczegółowoPresence of β-lactamase encoding genes in clinical isolates of Y. enterocolitica bioserotype 1B/O8mm isolated in Poland in Katarzyna Zacharczuk
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2018, 70: 149-157 DOI 10.32394/mdm.70.2.4 Charakterystyka obecności genetycznych determinantów warunkujących oporność pałeczek Y. enterocolitica bioserotypu 1B/O8 izolowanych w Polsce
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11
PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Bardziej szczegółowoMEDYCYNA DOŚWIADCZALNA I MIKROBIOLOGIA
MEDYCYNA DOŚWIADCZALNA I MIKROBIOLOGIA ORGAN NARODOWEGO INSTYTUTU ZDROWIA PUBLICZNEGO PAŃSTWOWEGO ZAKŁADU HIGIENY I POLSKIEGO TOWARZYSTWA MIKROBIOLOGÓW 3-4 ROK LXVI KWARTALNIK 2014 NARODOWY INSTYTUT ZDROWIA
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoSPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ
SPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ D1 LOW EEO i D1 MEDIUM EEO, D1 HIGH EEO D1 LOW EEO GQT; (Genetic Quality Tested) D2 HIGH GELLING TEMPERATURE D5 HIGH STRENGTH GEL Agaroza LM Agaroza LM GQT; (Genetic Quality
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowoMikrobiologia - Bakteriologia
Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych wybarwionych bezpośrednio preparatów, prezentowane na stronie internetowej Labquality
Bardziej szczegółowoZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ
ŻYW NO ŚĆ 3(20)Supl 1999 JOANNA CHMIELEWSKA, JOANNA KAWA-RYGIELSKA ZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ S t r e s z c z e n i e W pracy podjęto próbę wykorzystania metody
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody MLVA do genotypowania Corynebacterium diphtheriae. Badania wstępne 1
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2011, 63: 209-218 Aleksandra A. Zasada, Marek Jagielski,Magdalena Rzeczkowska, Aleksandra Januszkiewicz Zastosowanie metody MLVA do genotypowania Corynebacterium diphtheriae. Badania
Bardziej szczegółowoHARMONOGRAM ZAJĘĆ dla studentów Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR Mikrobiologia weterynaryjna II rok 2016/2017 semestr letni
HARMONOGRAM ZAJĘĆ dla studentów Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR Mikrobiologia weterynaryjna II rok 2016/2017 semestr letni Seminaria sala wykładowa Katedry Mikrobiologii (II piętro),
Bardziej szczegółowoTechniki biologii molekularnej Kod przedmiotu
Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych
Bardziej szczegółowoPRZYDATNO WYBRANYCH TECHNIK PCR W RÓNICOWANIU TERMOTOLERANCYJNYCH SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER
YWNO. Nauka. Technologia. Jako, 2005, 4 (45) Supl., 132 138 KINGA WIECZOREK, JACEK OSEK PRZYDATNO WYBRANYCH TECHNIK PCR W RÓNICOWANIU TERMOTOLERANCYJNYCH SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER S t r e s z c z e n i e
Bardziej szczegółowoNa tej pracowni wyjątkowo odpowiedzi na zadania należy udzielić na osobnym arkuszu odpowiedzi.
Pracownia biochemiczna arkusz zadań Czas: 90 min. Łączna liczba punktów do zdobycia: 30 Na tej pracowni wyjątkowo odpowiedzi na zadania należy udzielić na osobnym arkuszu odpowiedzi. Drodzy uczestnicy!
Bardziej szczegółowoPublikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
Nowoczesne metody diagnostyczne Diagnostyka laboratoryjna a wprowadzanie nowych metod diagnostycznych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej
Bardziej szczegółowoElżbieta Arłukowicz Streszczenie rozprawy doktorskiej
Elżbieta Arłukowicz Streszczenie rozprawy doktorskiej Analiza zmienności ilościowej i jakościowej tlenowej flory bakteryjnej izolowanej z ran przewlekłych kończyn dolnych w trakcie leczenia tlenem hiperbarycznym
Bardziej szczegółowoDr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska
Narzędzia diagnostyki molekularnej w typowaniu genetycznym (genotypowaniu) Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoWstęp. Key words: MSSCP, PCR RFLP, Staphylococcus spp., 16S rrna, 16S 23S rrna
Streszczenie Zakażenia szpitalne stanowią złożony problem dla współczesnego lecznictwa i są przyczyną przedłużonego leczenia, rekonwalescencji, zwiększonych kosztów a nawet wielu zgonów wśród pacjentów
Bardziej szczegółowoGel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617
Gel-Out Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 023-50, 023-250 Pojemność kolumny do izolacji DNA - do 20 µg DNA, minimalna pojemność - 2 µg DNA (przy zawartości
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Babesia canis
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400
Bardziej szczegółowoWYKRYWANIE OBECNOŚCI BAKTERII Z RODZAJU LISTERIA W ŻYWNOŚCI
ĆWICZENIE IV Autor i główny prowadzący dr Dorota Korsak WYKRYWANIE OBECNOŚCI BAKTERII Z RODZAJU LISTERIA W ŻYWNOŚCI Wstęp Rodzaj Listeria należy do typu Firmicutes wspólnie z rodzajem Staphylococcus, Streptococcus,
Bardziej szczegółowoWartość netto (zł) (kolumna 3x5)
Postępowanie WB.2420.9.2012.NG ZAŁĄCZNIK NR 6 Zadanie nr 2 L.p. Nazwa asortymentu parametry techniczne Ilość Nazwa wyrobu, nazwa producenta, określenie marki, modelu, znaku towarowego Cena jednostkowa
Bardziej szczegółowoMonitoring genetyczny populacji wilka (Canis lupus) jako nowy element monitoringu stanu populacji dużych drapieżników
Monitoring genetyczny populacji wilka (Canis lupus) jako nowy element monitoringu stanu populacji dużych drapieżników Wojciech Śmietana Co to jest monitoring genetyczny? Monitoring genetyczny to regularnie
Bardziej szczegółowoGenomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616
Genomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616 10 izolacji Nr kat. 995-10 Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 500 µg 1 Skład zestawu Składnik Ilość Temp. Przechowywania Kolumny
Bardziej szczegółowoDIAGNOSTYKA POLSKICH SZCZEPÓW WIRUSA MOZAIKI PEPINO (PEPINO MOSAIC VIRUS)
Progress in Plant Protection / Postępy w Ochronie Roślin, 47 (2) 2007 DIAGNOSTYKA POLSKICH SZCZEPÓW WIRUSA MOZAIKI PEPINO (PEPINO MOSAIC VIRUS) HENRYK POSPIESZNY, BEATA HASIÓW, NATASZA BORODYNKO Instytut
Bardziej szczegółowoKrętki: Brachyspira spp
Krętki: Brachyspira spp Taksonomia Krętki (łac. Spirochaetes) długie i cienkie bakterie Gram-ujemne, przypominające korkociągi Poruszają się ruchami rotacyjnymi przy pomocy jedynych w swoim rodzaju wewnętrznych
Bardziej szczegółowoMikrobiologia - Bakteriologia
Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne (sprawdzian wirtualny) Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych preparatów bezpośrednio wybarwionych, prezentowane na stronie
Bardziej szczegółowodystrybucji serotypów powodujących zakażenia inwazyjne w poszczególnych grupach wiekowych zapadalność na IChP w poszczególnych grupach wiekowych
Warszawa, 15.06.2015 Rekomendacje Pediatrycznego Zespołu Ekspertów ds. Programu Szczepień Ochronnych (PZEdsPSO) dotyczące realizacji szczepień obowiązkowych, skoniugowaną szczepionką przeciwko pneumokokom;
Bardziej szczegółowoNovabeads Food DNA Kit
Novabeads Food DNA Kit Novabeads Food DNA Kit jest nowej generacji narzędziem w technikach biologii molekularnej, umożliwiającym izolację DNA z produktów spożywczych wysoko przetworzonych. Metoda oparta
Bardziej szczegółowoROCZN. PZH, 1998, 49, 73-86
ROCZN. PZH, 1998, 49, 73-86 74 wane narzędzia i sprzęt medyczny. Przeniesienie grzybów Candida m oże nastąpić przez ręce personelu, bieliznę, pościel, sprzęt do pielęgnacji i leczenia. C elem pracy było
Bardziej szczegółowoAnna Litwiniec 1, Beata Choińska 1, Aleksander Łukanowski 2, Żaneta Świtalska 1, Maria Gośka 1
Anna Litwiniec 1, Beata Choińska 1, Aleksander Łukanowski 2, Żaneta Świtalska 1, Maria Gośka 1 1 Zakład Genetyki i Hodowli Roślin Korzeniowych, Pracownia Biotechnologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji
Bardziej szczegółowoSequence-based typing molekularne typowanie szczepów Legionella pneumophila w ramach międzynarodowego sprawdzianu external quality assessment
MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2013, 65: 103-110 Sequence-based typing molekularne typowanie szczepów Legionella pneumophila w ramach międzynarodowego sprawdzianu external quality assessment Sequence-based typing
Bardziej szczegółowo