Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska"

Transkrypt

1 Narzędzia diagnostyki molekularnej w typowaniu genetycznym (genotypowaniu) Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego 1

2 Odkrycia biologii molekularnej, które wpłynęły na rozwój diagnostyki molekularnej Data Odkrycia 1953 poznanie struktury heliakalnej dwuniciowego DNA 1958 izolacja polimerazy DNA I E. coli 1960 pierwsza technika hybrydyzacji 1969 hybrydyzacja in situ 1970 odkrycie enzymów restrykcyjnych yj y i odwrotnej transkryptazy 1975 Southern blotting 1977 sekwencjonowanie DNA 1983 pierwsza synteza oligonukleotydów 1985 analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych 1985 wynalezienie PCR zastosowanie fluorescencji w hybrydyzacji in situ (FISH) odkrycie termostabilnej polimerazy DNA optymalizacja PCR 1992 koncepcja real time PCR 1996 pierwsze aplikacje mikromacierzy DNA 2001 pierwsza wersja sekwencji ludzkiego genomu 2

3 Wybór metody diagnostycznej zależy od poruszanego problemu: wykrywanie identyfikacja typowanie (różnicowanie) badania taksonomiczne; filogeneza 3

4 środowisko Genotyp genom Metody genotypowe Metody wykorzystujące właściwości kwasów nukleinowych np. hybrydyzacja DNA DNA, mikromacierze oligonukleotydowe tzw. chip DNA Metody oparte na analizie kwasów nukleinowych analizie genu analizie fragmentu genu analizie genomu Ekspresja genu Klasyczne Biotypowanie Typowanie bakteriofagowe Typowanie bakteriocynowe Antybiogramy Metody fenotypowe Fenotyp Molekularne Analiza białek PAGE, MLEE Immunodiagnostyka 4

5 Wybór metody badawczej uzależniony jest od celu jaki chcemy osiągnąć Rodzina Rodzaj Gatunek Podgatunek Szczep Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie 16S rdna Rybotypowanie w systemie ARDRA Hybrydyzacja DNA DNA ITS PCR RFLP, PFGE Multilocus Enzyme Electrophoresis MLEE Analiza Profili Białkowych z całych komórek AFLP RAPD, AP PCR Rep PCR 5

6 Typowanie mikroorganizmów Typowanie jest to fenotypowa i/lub genotypowa analiza mikroorganizmów, i poniżej poziomugatunku lub podgatunku 6

7 Typowanie jest to fenotypowa i/lub genotypowa analiza izolatów bakteryjnych, poniżej poziomu gatunku lub podgatunku. stwierdzenie czy wśród badanego zbioru izolatów istnieją grupy wykazujące podobieństwo, świadczące o pochodzeniu klonalnym identyfikacja obecności i opisu dynamiki rozprzestrzeniania się poszczególnych szczepów bakteryjnych danego gatunku identyfikacja ogniska epidemicznego i dostarczenia przesłanek, co do sposobu jego wygaszenia Typowanie drobnoustrojów badanie śladów biologicznych biologicznych w kryminalistyce filogeneza (genetyka ewolucji) wykrywanie i charakterystyka elementów genetycznych y odpowiedzialnych za rozprzestrzenianie się, zjadliwość i lekooporność bakterii szukanie związków pomiędzy mechanizmami wirulencji wśród badanych szczepów; Metody typowania najczęściej wykorzystywane są do badań organizmów haploidalnych, jednak coraz częściej znajdują zastosowanie również w badaniach organizmów diploidalnych takich jak: drożdże, grzyby parazyty. 7

8 W trakcie wyboru markera powinniśmy kierować się: Poziomem zmienności organizmu niektóre fragmenty genomu mutują szybciej niż inne, a pożądany stopień polimorfizmu zależy od postawionego pytania Markery molekularne są narzędziami do uzyskiwania danych Organizmy blisko spokrewnione wymagają markerów bardzo zmiennych Do badania odległych genetycznie taksonów wykorzystujemy y ymniej polimorficzne fragmenty Markery kodominujące Identyfikują wszystkie allele w danym locus: RFLP, sekwencje, SNP, mikrosatelity np.str Markery dominujące ujawniają tylko dominującą formę alleliczną: RAPD, AFLP 8

9 Metody genotypowania Metoda genotypowania Udział w typowaniu szczepów Powtarzalność wyników Potencjał różnicujący Typowanie plazmidowe Większość Wystarczająca Wystarczający Hybrydyzacja (rybotypowanie oparte o Southern blot, Wszystkie Bardzo dobra Bardzo dobry mikromacierze) REA PFGE Wszystkie Dobra Bardzo dobry Rybotypowanie oparte o PCR Wszystkie Bardzo dobra Dobry PCR/RFLP Wszystkie Bardzo dobra Dobry PCR fingerprinting np. RAPD Wszystkie Dobra Bardzo dobry AFLP Wszystkie Bardzo dobra Bardzo dobry ADSRRS fingerprinting? Bardzo dobra Bardzo dobry PCR MP? Bardzo dobra Bardzo dobry Real time PCR Wszystkie Bardzo dobra? Sekwencjonowanie (MLST) Wszystkie Bardzo dobra Bardzo dobry 9

10 Identyfikacja szczepów bakteryjnych Antybiogramy, klasyczne serotypowanie fagotypowanie Pierwsze próby wprowadzania molekularnych testów do typowania 1970 PPA RFLP Hbrd Hybrydyzacja Southern 1985 PFGE Druga seria testów molekularnych do typowania Metody PCR: RAPD, AFLP, itp. Rozwój baz danych Powszechne stosowanie testów molekularnych MLVA MLST dlst Rep PCR Między narodowa wymiana danych??? Innowacyjne technologie sekwencjonowanie genomów, technologie oparte na genomice, spektroskopia 10

11 Analiza profili plazmidowych (ang.. PPA - Plasmid Profile Analysis) Po raz pierwszy została zastosowana w badaniach epidemiologicznych w roku 1988 Uważa się, że szczepy izogeniczne (należące do tej samej grupy) mają identyczny zestaw plazmidów Technika prosta, ale ograniczona do szczepów posiadających plazmidy, szczepy bezplazmidowe są nietypowalne Komórki niektórych gatunków bakterii, nawet szczepów, nabywają i tracą plazmidy spontanicznie Profile plazmidowe dla E.coli 11

12 ang.. REAP Restriction Enzyme Analysis of Plazmid Liczba i wielkość uzyskanych fragmentów DNA determinowana jest przez długość sekwencji rozpoznania dla określonego enzymu restrykcyjnego oraz charakter trawionego DNA (% składu par zasad GC). Statystycznie, w przypadku DNA z zawartością par GC około 50%, 4 nukleotydowa sekwencja rozpoznania powinna występować co 256 pz, 6 nukleotydowa co 4 kpz,a sekwencja 8 nukleotydowa co 65 kpz. 12

13 Rybotypowanie Wybrane fragmenty operonu rrn stanowią cel molekularny nowoczesnych technik rybotypowania: polimorficznego regionu pomiędzy genami rrs i rrl (ang. ITS PCR Internal Transcribed Spacer PCR) zmiennego regionu wewnątrz genu rrs regionu zawierającego geny rrs i rrl oraz rozdzielający je fragment polimorficzny regionu kodującego trna Promotory Polimorficzny region DNA Terminatory 5 rrs rrl rrf 3 Produkty genowe 16S RNA trna 23S RNA 5S RNA trna 13

14 Schemat eukariotycznego operonu rrn IGS 18S rdna ITS 1 5,8S rdna ITS 2 25S 28S rdna IGS IGS Intergenic Spacer, nietranskrybowany region oddzielający powtarzające się sekwencje ITS Internal Transcribed Spacer 14

15 Komórka bakterii Izolacja genomowego DNA METODY HYBRYDYZACYJNE METODY OPARTE NA TECHNICE PCR Trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi. Elektroforeza i transfer rozdzielonych fragmentów DNA na filtr. Hybrydyzacja z sondą komplementarną ą do rdna. RFLP zhybrydyzowanego y y z sondą rdna (rrn loci) rrn RFLP PCR regionu zmiennego między rrs rrl rdna. Polimorfizm długości produktów PCR ITS PCR RFLP produktów amplifikacji regionów operonu rrn ARDRA PCR regionu zawierającego gen kodujący 16S rrna Sekwencjonowanie otrzymanych produktów PCR. 15

16 Sekwencje repetytywne y w genotypowaniu 16

17 Wykorzystanie sekwencji repetytywnych w genotypowaniu bakterii Różnice w wielkości oraz liczbie kopii repetytywnych fragmentów DNA są podstawą różnicowania metodą rep PCR. Regiony takie najwcześniej zostały odkryte i opisane u Enterobacteriacae Rep PCR SSR ang. Short Sequence Repeat DR ang. Direct Repeat VNTR ang. Variable Number Tandem Repeat 17

18 Rep PCR Przykładem tego typu sekwencji są REP (ang. Repetitive Chromosomal Elements) o długości 38 pz i ERIC (ang. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus) o długości pz, obecne u bakterii Gram ujemnych. VNTR (ang ang. Variable Number Tandem Repeat epeat) Krótkie sekwencje nukleotydowe, powtarzające się wiele il razy w danym locus, o różnej liczbie kopii w zależności od szczepu, tworząc tym samym polimorfizm długości. 18

19 MLVA (ang ang. Multiple Locus Variable Number Tandem Repeats Analysis) Jd Jednoczesna amplifikacja wielu il loci o zróżnicowanej jliczbie tandemowych powtórzeń MLVA (ang. Multiple Locus Variable Number Tandem Repeats Analysis) odpowiada złożonej ł ż reakcji kjipcr (ang. multipleks l PCR). Powstały obraz prążków w elektroforezie żelowej można traktować jako genetyczny fingerprinting, stąd metoda znana jest też pod nazwą MLVF ang. Multiple Locus Variable Number Tandem Repeats Fingerprinting. 19

20 MLVA (ang. Multiple Locus Variable Number Tandem Repeats Analysis) dla Staphylococcus aureus 20

21 Typowanie spa Staphylococcus aureus Uzyskiwane sekwencje tandemowych powtórzeń ń są numerowane i poddawane analizie i porównawczej z wykorzystaniem oprogramowania Ridom StaphType (dostępny na stronie Powstały kod numeryczny ny oznacza a typ spa oraz zawiera informacje na temat wykrytych zmian w regionach powtarzalnych. 21

22 Techniki genotypowania oparte na analizie całego genomu, wykorzystujące reakcje PCR Metoda nie wymaga znajomości sekwencji genomowego DNA badanego drobnoustroju PCR-fingerprinting (RAPD, AP-PCR, DAF) LM-PCR techniki oparte na ligacji adaptorów 22

23 Techniki ikipcr PCR fingerprinting i Technika PCR fingerprinting jest uniwersalną metodą wykrywania polimorfizmu DNA polega na przypadkowym amplifikowaniu polimorficznego DNA poprzez dobór odpowiednich starterów wzór elektroforetyczny t = odcisk dikpalca 23

24 RAPD ang. Random Amplified Polymorphic DNA Przypadkowe amplifikowanie polimorficznego DNA Genom A Genom B A B Rozkład produktów reakcji RAPD w rozdziale elektroforetycznym 24

25 Techniki PCR fingerprinting RAPD, AP PCR, PCR, DAF Wymienione metody różnią się od siebie tylko długością stosowanych starterów RAPD (ang. Random Amplified Polymorphic DNA) 9 10 nt, temp. dołączania ą C, detekcja z BrEt; AP PCR (ang. Arbitrarily Primed PCR) nt, temp. dołączania poniżej 45 C,55 min; 40 cykli, detekcja przez autoradiografię; DAF ( ang. DNA Amplification Fingerprinting) g) 5 8 nt, temp. dołączania ą 30 C, 30 sekund; BrEt lub Ag. 25

26 Czynniki wpływające na wyniki reakcji RAPD Startery DNA Matrycowe DNA. Stężenie chlorku magnezu Stężenie deoksyrybonukletydów Polimeraza DNA i bufor reakcyjny Parametry amplifikacji. 26

27 Dokumentacja KM PG Różnicowanie metodą RAPD szczepów K. pneumoniae, w reakcji PCR użyto polimerazy Pwo M2 - marker wielkości DNA M2 (1008, 883, 615, 517, 466, 396 pz) K- - kontrola negatywna na reakcji PCR 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13 produkty reakcji RAPD dla kolejnych izolatów. Rozdział prowadzono w 6% żelu poliakryloamidowym. Różnicowanie metodą RAPD szczepów K. pneumoniae, w reakcji PCR użyto polimerazy Taq rekombinantowej M2 - marker wielkości DNA M2 (1008, 883, 615, 517, 466, 396 pz); K- kontrola negatywna reakcji PCR 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13 produkty reakcji RAPD dla kolejnych izolatów. Rozdział prowadzono w 6% żelu poliakryloamidowym. 27

28 Parametry amplifikacji Temperatura denaturacji może mieć wpływ na wzór produktu, inne parametry są niezmienialne, wzór produkowany w temperaturze denaturacji w 90 C jest podobny, ale nie identyczny co w 94 C. 28

29 Parametry amplifikacji Niska temperatura przyłączania startera DNA Przeważnie zakres stosowanych temperatur przyłączania wynosi od 25 C do 40 C ; Wraz ze wzrostem temperatury przyłączania w zakresie C następuje redukcja sygnału tła. Optymalna temperatura przyłączania starterów zależy od długości zastosowanego startera np. 10 nt 36 C; 18 nt i > C, przeważnie 40 C; rekomenduje się dłuższe startery, jeżeli będzie wytwarzana wystarczająca ilość produktów. 29

30 W niektórych reakcjach stosuje się dwie fazy: I. stosuje się 3 5 początkowych cykli, o relatywnie niskiej temperaturze przyłączania i często wydłużonym jego czasie, nawet C przez 5 minut; II. następnie stosuje się 30 cykli o wyższej temperaturze przyłączania, np C, trwającej 1 2 minuty Jednak tego typu reakcja nie zawsze jest konieczna, wystarczy zastosować niską temperaturę przyłączania, zwiększając tylko ilość cykli. 30

31 Z czego wynika polimorfizm RAPD Jest wynikiem mutacji w obrębie sekwencji komplementarnych do końca 3 startera oraz delecji lub insercji w pewnej odległości od miejsca wiązania startera Sekwencje repetytywne 31

32 Zastosowanie RAPD 1. Do analizy porównawczej izolatów RAPD dla szczepów Candida albicans Różnicowanie klinicznych szczepów wankomycyno opornych Enterococcus faecium metodą RAPD Dokumentacja KM PG 32

33 Analiza wzorów fingerprinting Interpretacja wzorów AP PCR, RAPD Jeżeli wzór AP PCR( RAPD) jest identyczny, bądź różnica dotyczy 3 i > prążków to interpretacja jest prosta, natomiast gdy różnica dotyczy 1 prążka, lub intensywność kilku prążków spada, konieczne staje się zmienienie warunków reakcji bądź sekwencji starterów. Tyler KD, Wang G, Tyler SD, Johnson WM. Factors affecting reliability and reproducibility of amplification based DNA fingerprinting i of representative ti bacterial pathogens. J Clin Microbiol 1997;35:

34 Kolekcja izolatów Izolacja DNA Amplifikacja PCR fragmentów genów Sekwencjonowanie (dideoxy) Kolekcja danych Określenie sekwencji nukleotydowej Nowe sekwencje alleli i weryfikacja ST Zgromadzenie danych sekwencji nukleotydowych Profile alleliczne i identyfikacja typu sekwencji (ST) Przydział ł ST do kompleksu k klonalnegol Analiza danych Badanie populacji Badania epidemiologiczne Analiza Sekwencji ML Diagram badawczy MLST Porównuje się profile alleliczne izolatów z centralną bazą danych 34

35 MLST Maiden M C J, Bygraves J A, Feil E, Morelli G, Russell J E, Urwin R, Zhang Q, Zhou J, Zurth K, Caugant D A, Feavers I M, Achtman M and Spratt B G (1998) Multilocus sequence typing: A portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proc. Natl. Acad. SiUSA Sci. USA, 95: Urwin R, Maiden MC. (2003) Multi locus sequence typing: a tool for global epidemiology. Trends Microbiol. Oct;11(10): David M. Aanensen* and Brian G. Spratt (2005) The multilocus sequence typingnetwork: network: mlst.net netnucleicacidsresearch Research, Vol. 33, Maiden MC. Multilocus sequence typing of bacteria.annu Rev Microbiol. 2006;60:

36 Gatunki Metody referencyjne * Metody alternatywne Staphylococcus aureus typowanie fagowe, REA-PFGE AP-PCR, VNTR-PCR, PCR/RFLP, PPA, ADSRRS, PCR- MP Streptococcus pneumoniae REA-PFGE Serotypowanie Enterokoki REA-PFGE rybotypowanie, yp RAPD, ADSRRS, PCR-MP Escherichia coli # Citrobacter, Proteus, Providencia REA-PFGE AP-PCR, REP-PCR, ADSRRS, PCR-MP Klebsiella, Serratia REA-PFGE PPA, ADSRRS, PCR-MP Enterobacter REA-PFGE, rybotypowanie Pseudomonas aeruginosa REA-PFGE Rybotypowanie, ARDRA Acinetobacter REA-PFGE PCR/RFLP, REP-PCR, ADSRRS, PCR-MP Clostridium difficile AP-PCR REA, PFGE, PCR-MP Mycobacterium tuberculosis IS16110 RFLP, spoligotyping g REP-PCR, VNTR-PCR, Southern Blot Mycobacterium avium REA-PFGE rybotypowanie Borrelia burgdorferi sensu lato immunodiagnostyka, PFGE PPA, PCR/ RFLP, RAPD, VNTR- PCR, real-time PCR Objaśnienia: REA PFGE, ang. Analiza restrykcyjna chromosomalnego DNA połączona z elektroforezą pulsową; AP PCR, ang. Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction; PPA, ang. Plasmid Profile Analysis analiza profili plazmidowych (z lub bez analizy restrykcyjnej); REA, Restriction Endonuclease Analysis analiza restrykcyjna chromosomalnego DNA z użyciem konwencjonalnej elektroforezy; RFLP ang. Restriction Fragment Length Polimorphism ; RAPD, ang. Random Amplified Polymorphic DNA, VNTR, ang. Variable Number Tandem Repeat, AFLP, ang. Amplified Fragment Length Polymorphism; ADSRRS ang. Amplification of DNA Fragments Surrounding Rare Restriction Sites; PCR MP, ang. PCR Melting Profiles; real time PCR amplifikacja w czasie rzeczywistym; REP PCR, ang. Repetitive Element Polymerase Chain Reaction *Rekomendowane na podstawie danych publikowanych i stałych opini ekspertów # E.coli O157:H7 musi być identyfikowane przez serotypowanie Dla bakterii gram ujemnych, analiza profili całych plazmidów, bez trawienia restrykcyjnego Wiele szczepów Clostridium difficile jest nietypowalna metodą PFGE z powodu problemów z degradacją DNA 36

37 Konkluzja Należy pamiętać, ę że w miarę ę upływu czasu i rozprzestrzeniania się drobnoustrojów, różnice fenotypowe i genotypowe pomiędzy ę szczepami wzrastają. Powinniśmy uwzględnić pewną elastyczność w interpretacji danych eksperymentalnych: małe różnice nie zawsze oznaczają nowy typ genetyczny. Powinniśmy również uwzględnić błąd eksperymentalny (niedokładność), nawet w przypadku pracy z wysoce różnicującą techniką. 37

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie

Bardziej szczegółowo

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Nowoczesne metody diagnostyczne Diagnostyka laboratoryjna a wprowadzanie nowych metod diagnostycznych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM

TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM Stefania Giedrys-Kalemba 7 110 Podstawowym zadaniem zespołu kontroli zakażeń jest prowadzenie systematycznego nadzoru i rejestracji zakażeń w celu

Bardziej szczegółowo

Rozprawa doktorska. mgr inż. Karolina Stojowska

Rozprawa doktorska. mgr inż. Karolina Stojowska Politechnika Gdańska Wydział Chemiczny Katedra Mikrobiologii Rozprawa doktorska Opracowanie nowych metod typowania genetycznego bakterii opartych o ligację adaptorów oligonukleotydowych do fragmentów restrykcyjnych

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE

GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE Bioinformatyka, wykład 3 (21.X.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.waw.pl tydzień temu Gen??? Biologiczne bazy danych historia Biologiczne bazy danych najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

Monitoring genetyczny populacji wilka (Canis lupus) jako nowy element monitoringu stanu populacji dużych drapieżników

Monitoring genetyczny populacji wilka (Canis lupus) jako nowy element monitoringu stanu populacji dużych drapieżników Monitoring genetyczny populacji wilka (Canis lupus) jako nowy element monitoringu stanu populacji dużych drapieżników Wojciech Śmietana Co to jest monitoring genetyczny? Monitoring genetyczny to regularnie

Bardziej szczegółowo

PUBLIKACJE METODYCZNE I STANDARDY

PUBLIKACJE METODYCZNE I STANDARDY PUBLIKACJE METODYCZNE I STANDARDY POST. MIKROBIOL., 2007, 46, 4, 367 378 http://www.pm.microbiology.pl DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W ZAKA ENIACH SZPITALNYCH Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii Wydzia³u Chemicznego

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów

Bardziej szczegółowo

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD

Markery klasy II -Polimorfizm fragmentów DNA (na ogół niekodujących): - RFLP - VNTR - RAPD Marker genetyczny- polimorficzna cecha jakościowa organizmu, którą charakteryzuje proste dziedziczenie (mendlowskie) oraz którą można dokładnie identyfikować metodami analitycznymi. Markery klasy I - Antygeny

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka

Bardziej szczegółowo

Sylabus Biologia molekularna

Sylabus Biologia molekularna Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do genetyki sądowej. Materiały biologiczne. Materiały biologiczne: prawidłowe zabezpieczanie śladów

Wprowadzenie do genetyki sądowej. Materiały biologiczne. Materiały biologiczne: prawidłowe zabezpieczanie śladów Wprowadzenie do genetyki sądowej 2013 Pracownia Genetyki Sądowej Katedra i Zakład Medycyny Sądowej Materiały biologiczne Inne: włosy z cebulkami, paznokcie możliwa degradacja - tkanki utrwalone w formalinie/parafinie,

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej

Bardziej szczegółowo

Mitochondrialna Ewa;

Mitochondrialna Ewa; Mitochondrialna Ewa; jej sprzymierzeńcy i wrogowie Lien Dybczyńska Zakład genetyki, Uniwersytet Warszawski 01.05.2004 Milion lat temu Ale co dalej??? I wtedy wkracza biologia molekularna Analiza różnic

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

Biologia molekularna

Biologia molekularna Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne i niestacjonarne

Bardziej szczegółowo

Tematyka zajęć z biologii

Tematyka zajęć z biologii Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Wk Wykrywanie polimorfizmów i mutacji Badania przesiewowe mutacji Wykrywanie znanych mutacji punktowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE WSTĘP 1. Mikromacierze ekspresyjne tworzenie macierzy przykłady zastosowań 2. Mikromacierze SNP tworzenie macierzy przykłady zastosowań MIKROMACIERZE EKSPRESYJNE

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS Nowiny Lekarskie 2006, 75, 5, 486 490 ALINA LICZBAŃSKA, ANNA WOŹNIAK, ANNA WAWROCKA, MACIEJ R. KRAWCZYŃSKI TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego PFGE Pulsed Field Gel Electrophoresis dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego 1 PFGE Elektroforeza

Bardziej szczegółowo

Dr hab.n.med. Renata Jacewicz

Dr hab.n.med. Renata Jacewicz GENOM CZŁOWIEKA >99,999% 0,0005% 65% Dr hab.n.med. Renata Jacewicz Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej 3% 32% 2013 Pracownia Genetyki Medycznej i Sądowej ZMS Dojrzałe erytrocyty, trzony włosów

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do genetyki medycznej i sądowej

Wprowadzenie do genetyki medycznej i sądowej Genetyka medyczno-sądowa Wprowadzenie do genetyki medycznej i sądowej Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej Ustalanie tożsamości zwłok Identyfikacja sprawców przestępstw Identyfikacja śladów

Bardziej szczegółowo

aktualności biomérieux Zakażenia wyzwanie dla mikrobiologa i epidemiologa czerwiec 2008 diagnostyka źródłem dobrego zdrowia

aktualności biomérieux Zakażenia wyzwanie dla mikrobiologa i epidemiologa czerwiec 2008 diagnostyka źródłem dobrego zdrowia 45 czerwiec 2008 aktualności biomérieux Zakażenia wyzwanie dla mikrobiologa i epidemiologa diagnostyka źródłem dobrego zdrowia Spis treści od wydawcy 2 od wydawcy 3 Epidemiologia molekularna możliwosci

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne

Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne Metody inżynierii genetycznej A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów /semestr

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Babesia canis

Ampli-LAMP Babesia canis Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400

Bardziej szczegółowo

Markery molekularne Autor tekstu: Michał Łuczak. Przegląd najbardziej popularnych technik

Markery molekularne Autor tekstu: Michał Łuczak. Przegląd najbardziej popularnych technik Markery molekularne Autor tekstu: Michał Łuczak Przegląd najbardziej popularnych technik W ciągu ostatniego ćwierćwiecza nastąpił olbrzymi postęp w zrozumieniu wielu procesów zachodzących we wszystkich

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013

CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 CENNIK PRODUKTÓW DNA-GDAŃSK 2013 ZESTAWY DO IZOLACJI I OCZYSZCZANIA DNA I RNA EXTRACTME PLASMID DNA KIT Nowość! izolacja plazmidowego DNA EXTRACTME DNA BACTERIA KIT Nowość! izolacja genomowego DNA z bakterii

Bardziej szczegółowo

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy

Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Polimorfizm genu mitochondrialnej polimerazy gamma (pol γ) w populacjach ludzkich Europy Praca wykonana pod kierunkiem dr hab. Tomasza Grzybowskiego w Katedrze Medycyny Sądowej w Zakładzie Genetyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

Laboratoria.net Innowacje Nauka Technologie

Laboratoria.net Innowacje Nauka Technologie Akceptuję W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Dr hab.n.med. Renata Jacewicz

Dr hab.n.med. Renata Jacewicz GENOM CZŁOWIEKA >99 % 0,05%(100MtDNA) 65% Dr hab.n.med. Renata Jacewicz Kierownik Pracowni Genetyki Medycznej i Sądowej 3% 32% 2013 Pracownia Genetyki Medycznej i Sądowej ZMS Dojrzałe erytrocyty, trzony

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Acta Sci. Pol., Biotechnologia 11 (2) 2012, 5-16

Acta Sci. Pol., Biotechnologia 11 (2) 2012, 5-16 Acta Sci. Pol., Biotechnologia 11 (2) 2012, 5-16 ISSN 1644 065X (print) ISSN 2083 8654 (on-line) PCR JAKO NARZĘDZIE DO IDENTYFIKACJI I RÓŻNICOWANIA DROBNOUSTROJÓW1 Marlena Marciniak, Małgorzata Robak Uniwersytet

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)

Definicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis) Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest

Bardziej szczegółowo

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH

Bardziej szczegółowo

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka

Bardziej szczegółowo

Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII "

Kurs pt.  MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII Warszawa, 6 lutego 2011 r. Szanowna Pani! Szanowny Panie! Niniejszym uprzejmie informuję, że organizowany jest Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII " Kurs odbędzie się w dniach

Bardziej szczegółowo

Zadanie 2.4. Cel badań:

Zadanie 2.4. Cel badań: Zadanie 2.4 Poszerzanie puli genetycznej buraka cukrowego przez doskonalenie procesu gynogenezy oraz podnoszenie odporności na wirus nekrotycznego żółknięcia nerwów i tolerancji na suszę Cel badań: Celem

Bardziej szczegółowo

Mapowanie i markery molekularne

Mapowanie i markery molekularne Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Mapowanie i markery molekularne mgr inż. Waldemar Skowron waldemar_skowron@sggw.pl MAPOWANIE polega na opracowaniu szczegółowych map chromosomów, które

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod przedmiotu

Bardziej szczegółowo

Zakażenia szpitalne/zakładowe

Zakażenia szpitalne/zakładowe /zakładowe Różne definicje: - zakażenie, które powstaje i rozwija się w trakcie pobytu chorego w szpitalu (lub po jego opuszczeniu), rozpoznane klinicznie i potwierdzone laboratoryjnie jest zakażeniem

Bardziej szczegółowo

PRZYDATNO WYBRANYCH TECHNIK PCR W RÓNICOWANIU TERMOTOLERANCYJNYCH SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER

PRZYDATNO WYBRANYCH TECHNIK PCR W RÓNICOWANIU TERMOTOLERANCYJNYCH SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER YWNO. Nauka. Technologia. Jako, 2005, 4 (45) Supl., 132 138 KINGA WIECZOREK, JACEK OSEK PRZYDATNO WYBRANYCH TECHNIK PCR W RÓNICOWANIU TERMOTOLERANCYJNYCH SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER S t r e s z c z e n i e

Bardziej szczegółowo

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony

Bardziej szczegółowo

MARKERY MOLEKULARNE dr Janusz Piechota dr Magdalena Wołoszyńska Plan wykładów:

MARKERY MOLEKULARNE dr Janusz Piechota dr Magdalena Wołoszyńska Plan wykładów: MARKERY MOLEKULARNE dr Janusz Piechota dr Magdalena Wołoszyńska Plan wykładów: Definicja słowa marker Markery związane z kwasami nukleinowymi rodzaje wykrywanie zastosowanie w diagnostyce medycznej, medycynie

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

3. Szczepy wzorcowe TCS

3. Szczepy wzorcowe TCS Nr kat. Nazwa 3. Szczepy wzorcowe TCS Selectrol to liofilizowane na krążkach, mikrobiologiczne szczepy wzorcowe pierwszej generacji. Zgodnie z umową licencyjną z Health Protection Agency Culture Collection

Bardziej szczegółowo

MARKERY MIKROSATELITARNE

MARKERY MIKROSATELITARNE MARKERY MIKROSATELITARNE Badania laboratoryjne prowadzone w Katedrze Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt SGGW w ramach monitoringu genetycznego wykorzystują analizę genetyczną markerów mikrosatelitarnych.

Bardziej szczegółowo

Przeglądanie bibliotek

Przeglądanie bibliotek Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)

Bardziej szczegółowo

Techniki znakowania cząsteczek biologicznych - opis przedmiotu

Techniki znakowania cząsteczek biologicznych - opis przedmiotu Techniki znakowania cząsteczek biologicznych - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki znakowania cząsteczek biologicznych Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TZCzB-W-S14_pNadGenSLPZU Wydział

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA 2016-2022 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)

Bardziej szczegółowo

Ilość TAK TAK TAK TAK TAK TAK

Ilość TAK TAK TAK TAK TAK TAK Postępowanie WB.2420.6.2013.NG ZAŁĄCZNIK NR 5 L.p. Nazwa asortymentu parametry techniczne Ilość Nazwa wyrobu, nazwa producenta, określenie marki, modelu, znaku towarowego Cena jednostkowa netto (zł) Wartość

Bardziej szczegółowo

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca

Bardziej szczegółowo

Mikrobiologia - Bakteriologia

Mikrobiologia - Bakteriologia Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne (sprawdzian wirtualny) Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych preparatów bezpośrednio wybarwionych, prezentowane na stronie

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia.

Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia. Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia www.ppnt.pl/laboratorium Laboratorium jest częścią modułu biotechnologicznego Pomorskiego Parku Naukowo Technologicznego Gdynia. poprzez:

Bardziej szczegółowo

Corynebacterium diphtheriae

Corynebacterium diphtheriae Porównanie wybranych molekularnych metod typowania Corynebacterium diphtheriae Comparison of selected molecular methods for Corynebacterium diphtheriae typing Aleksandra A. Zasada, Marek Jagielski Narodowy

Bardziej szczegółowo

Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA

Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA Organizacja genomu człowieka i sekwencjonowanie DNA Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Organizacja genów na ludzkim chromosomie.

Bardziej szczegółowo

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI WYMAGANE Załącznik nr 2 do rozporządzenia cz. I lit. M Lp 913-916

Bardziej szczegółowo

OCENA RÓŻNORODNOŚCI GENETYCZNEJ PRZY POMOCY MARKERÓW MOLEKULARNYCH ZASTOSOWANIE W EKOTOKSYKOLOGII

OCENA RÓŻNORODNOŚCI GENETYCZNEJ PRZY POMOCY MARKERÓW MOLEKULARNYCH ZASTOSOWANIE W EKOTOKSYKOLOGII PISMO POLSKIEGO TOWARZYSTWA PRZYRODNIKÓW IM. KOPERNIKA WYDAWANE PRZY WSPÓŁUDZIALE: AKADEMII GÓRNICZO-HUTNICZEJ, MINISTERSTWA NAUKI I SZKOLNICTWA WYŻSZEGO, POLSKIEJ AKADEMII UMIEJĘTNOŚCI TOM 113 ZESZYT

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do genetyki sądowej

Wprowadzenie do genetyki sądowej DNA - kwas deoksyrybonukleinowy Wprowadzenie do genetyki sądowej część 2 odwójna helisa ok. 3,2 miliardy par zasad (base pairs) A=T, G=C ok. 20 000-30 000 genów onad 99% identyczności w populacji; 1% różnic

Bardziej szczegółowo