TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM"

Transkrypt

1 TYPOWANIE MOLEKULARNE W DOCHODZENIU EPIDEMIOLOGICZNYM Stefania Giedrys-Kalemba Podstawowym zadaniem zespołu kontroli zakażeń jest prowadzenie systematycznego nadzoru i rejestracji zakażeń w celu określenia na poszczególnych oddziałach poziomu i ryzyka zakażeń, szczególnie o charakterze epidemicznym. Analiza epidemiologiczna różnych danych zbieranych przez członków zespołu i personel oddziałów opracowana w oparciu o zalecane wskaźniki epidemiologiczne, w tym wyniki dochodzenia epidemiologicznego prowadzonego w ogniskach epidemicznych, stanowi podstawę wprowadzenia lub weryfikacji procedur eliminujących lub przynajmniej ograniczających ryzyko wystąpienia zakażenia szpitalnego. Jednym z elementów nadzoru nad zakażeniem jest nadzór mikrobiologiczny. Celem nadzoru mikrobiologicznego jest analiza czynników etiologicznych i ich wrażliwości na antybiotyki różnych form klinicznych zakażeń. Izolacja i identyfikacja czynnika etiologicznego zakażenia (przynajmniej do gatunku) oraz określenie jego wrażliwości na antybiotyki wraz z wykryciem mechanizmu oporności należy do podstawowych zadań laboratorium mikrobiologicznego. Obok klasycznych metod hodowli uważanych za,,złoty standard w diagnostyce mikrobiologicznej wykonywane są również badania serologiczne, polegające na wykryciu antygenu lub swoistych dla danego drobnoustroju przeciwciał, jednak w dochodzeniu epidemiologicznym mają one mniejsze znaczenie. Do dodatkowych zadań laboratorium związanych z kontrolą zakażeń szpitalnych należy przekazywanie okresowych raportów o czynnikach etiologicznych zakażeń i lekooporności drobnoustrojów w oddziałach, monitorowanie mechanizmów oporności drobnoustrojów alarmowych, udział w dochodzeniu epidemiologicznym. Do ważniejszych drobnoustrojów alarmowych należą: metycylinooporne gronkowce złociste (MRSA), enterokoki o wysokiej oporności na aminoglikozydy (HLAR) i oporne na wankomycynę (VRE), pałeczki Gram-ujemne wytwarzające β-laktamazy typu ESBL, AmpC czy metalo-

2 enzymy, oporne gatunki Candida. W codziennej praktyce do patogenów alarmowych można zaliczyć każdy gatunek, który w warunkach danego oddziału czy szpitala wywoła zakażenie o charakterze epidemii lub występuje endemicznie. Systematyczne narastanie oporności drobnoustrojów na antybiotyki, zmienność czynników etiologicznych zakażeń, wzrost zakażeń oportunistycznych i dodatkowych czynników ryzyka zakażenia związanych z inwazyjną diagnostyką i leczeniem wymagają obecnie prowadzenia stałej i profesjonalnej kontroli ekosystemu szpitala oraz rejestracji zakażeń, szczególnie wywołanych przez patogeny alarmowe. Ze względu na te problemy niezbędna jest ścisła współpraca laboratorium mikrobiologicznego z personelem medycznym oddziałów oraz zespołem kontroli zakażeń. Wyniki nadzoru epidemiologicznego w połączeniu z analizą czynników etiologicznych zakażenia i ich wrażliwości na leki pozwalają na ocenę zagrożenia epidemicznego w oddziale/szpitalu i wdrożenia procedur postępowania zapobiegawczego. Są także podstawą do opracowania receptariusza szpitalnego, profilaktyki okołooperacyjnej i zasad terapii empirycznej w oddziałach. Zasady doboru materiału do badań epidemiologicznych Dochodzenie epidemiologiczne w ognisku epidemicznym ma na celu określenie przyczyn powstania epidemii, wygaszenie ogniska i wprowadzenie działań zapobiegawczych. Obejmuje również mikrobiologiczne opracowanie ogniska: wykrycie czynnika etiologicznego zakażenia u chorych, ustalenie źródła i dróg szerzenia się zakażeń oraz utrzymywania się szczepów epidemicznych czy endemicznych w środowisku. Często wymaga przeprowadzenia dodatkowych badań mikrobiologicznych środowiska oraz wykrycia nosicielstwa drobnoustrojów patogennych u personelu i innych pacjentów, a następnie określenia pokrewieństwa szczepów izolowanych z różnych próbek od chorych i personelu oraz ze środowiska. Właściwe pobranie i transport materiału jako pierwszy etap badania mikrobiologicznego jest niezwykle istotnym elementem decydującym o sukcesie i wiarygodności hodowli drobnoustrojów, jednak każdy etap badania mikrobiologicznego ma wpływ na ostateczny wynik badania, jego interpretację kliniczną i epidemiologiczną. Największą wartość diagnostyczną w wykrywaniu czynnika etiologicznego zakażenia mają próbki materiałów fizjologicznie jałowych, jak: krew, płyn mózgowo-rdzeniowy i inne płyny ustrojowe (opłucnowy, stawowy, otrzewnowy), punktaty i aspiraty z ropni głębokich, bronchoaspiraty, popłuczyny oskrzelowe. Dodatnie posiewy wymazów z miejsca operowanego, miejsca wprowadzenia cewnika, górnych dróg oddecho- 111

3 wych, a także moczu, kału czy plwociny zawsze wymagają dokonania analizy pod kątem obecności flory fizjologicznej, nosicielstwa drobnoustrojów patogennych czy przypadkowej kolonizacji. Materiały kliniczne należy pobierać w ostrym okresie choroby lub w okresie zaostrzenia, przed podaniem antybiotyku. Badanie personelu lub innych chorych bez objawów zakażenia w kierunku nosicielstwa epidemicznych drobnoustrojów należy wykonać w możliwie jak najkrótszym czasie od momentu podejrzenia ogniska epidemicznego. Najczęściej pobiera się próbki z przedsionka nosa, jamy nosowo- -gardłowej, wybranych okolic skóry, kał. Także próbki ze środowiska, sprzętu lub pokarmu pobiera się w okresie wystąpienia zakażeń krzyżowych, ewentualnie cyklicznie w przypadku zakażeń endemicznych. Szczegółowe zasady pobierania i transportu materiałów do badań mikrobiologicznych zawarte są w licznych opracowaniach. Przygotowanie odpowiednich procedur dotyczących poszczególnych oddziałów szpitala należy do obowiązków współpracującego ze szpitalem laboratorium mikrobiologicznego. 112 Metody stosowane w dochodzeniu epidemiologicznym W dochodzeniu epidemiologicznym niezwykle ważny jest dobór właściwej techniki typowania określonego gatunku szczepów izolowanych od chorych i nosicieli oraz ze środowiska, np. szczepów MRSA. Wykazanie identycznych cech badanych szczepów MRSA pozwala zaliczyć je do tego samego klonu i potwierdza epidemiczny, krzyżowy charakter wywoływanych przez nie zakażeń. W powiązaniu z danymi klinicznymi, występowaniem u nosicieli i innymi danymi epidemiologicznymi typowanie szczepów umożliwia ustalenie potencjalnych rezerwuarów drobnoustrojów patogennych i możliwości ich rozprzestrzeniania się, a w efekcie weryfikację odpowiednich procedur postępowania. Optymalna metoda wewnątrzgatunkowego różnicowania szczepów powinna być prosta i szybka w wykonaniu, tania, w miarę uniwersalna, ale specyficzna, dawać wiarygodne wyniki, powtarzalne w różnych laboratoriach. W dochodzeniu epidemiologicznym do ustalenia pokrewieństwa szczepów wykorzystuje się klasyczne metody mikrobiologiczne oparte na ocenie cech fenotypowych drobnoustrojów oraz nowoczesne metody molekularne analizujące materiał genetyczny organizmu, unikatowy i stały w porównaniu z cechami fenotypowymi, które mogą być modyfikowane przez czynniki środowiskowe. Wszystkie metody mają swoje wady i zalety, trudno znaleźć metodę idealną.

4 Metody fenotypowe W rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej różnicowanie drobnoustrojów i określenie gatunku przeprowadza się głównie na podstawie analizy cech fenotypowych. Na odpowiednich zestawach podłoży stosowanych do poszczególnych materiałów klinicznych lub innych próbek ocenia się wzrost i morfologię kolonii, ewentualnie niektóre cechy biochemiczne (podłoża wybiórczo-różnicujące) oraz morfologię komórek (wykorzystuje się głównie metodę barwienia Grama). Następnie przeprowadza się ukierunkowane badanie cech biochemicznych drobnoustroju, które często pozwala na określenie rodzaju lub gatunku. Niekiedy ustalenie gatunku wymaga dodatkowo wykonania badania serologicznego wykorzystującego swoiste surowice odpornościowe dla wybranych antygenów drobnoustroju (tzw. typowanie serologiczne), rzadziej wykrycia zdolności wytwarzania toksyny. Uznanie drobnoustroju za czynnik etiologiczny zakażenia wiąże się z określeniem jego wrażliwości na antybiotyki i mechanizmów oporności w celu zastosowania optymalnego leczenia. Wykonanie antybiogramu powinno być przeprowadzone zgodnie z obowiązującymi standardami i rekomendacjami, aktualizowanymi praktycznie każdego roku. Spośród rutynowych metod mikrobiologicznych do porównania szczepów tego samego gatunku i serotypu w dochodzeniu epidemiologicznym stosuje się najczęściej wzory antybiogramów, rzadziej profil biochemiczny. Do metod stosowanych głównie w badaniach epidemiologicznych należy typowanie fagowe, wykorzystujące odpowiednie zestawy bakteriofagów litycznych oraz typowanie bakteriocynowe, określające zdolność wytwarzania przez dany szczep bakteriocyn i wrażliwość na określone bakteriocyny. Dobre możliwości typowania i różnicowania szczepów dają metody stosowane w badaniach naukowych, jak analiza profili białkowych całych komórek, typowanie izoenzymatyczne, immunobloting. W celu dokładnego zidentyfikowania szczepów często konieczne jest korzystanie z kilku metod fenotypowych jednocześnie. Są one dość kosztowne i pracochłonne, mają różną powtarzalność wyników i możliwości różnicowania. Mogą być trudne i niejednoznaczne w interpretacji, szczególnie w przypadku szczepów o charakterze endemicznym oraz izolowanych z różnych oddziałów lub szpitali. Powszechnie obserwuje się zjawisko zmienności fenotypowej szczepów obecność lub brak danej cechy fenotypowej jako ekspresji genu może być modyfikowana przez warunki środowiskowe (specyfika oddziału, wykonywane zabiegi, stosowane środki dezynfekcyjne, antybiotyki), a także czynniki związane z chorym (miejsce zakażenia, obecność konkurującej flory fizjologicznej, mechanizmy obronne, stosowane leki). 113

5 114 Metody genotypowe Rozwój biologii molekularnej w ostatnich dziesięcioleciach stał się znakomitym uzupełnieniem, a nawet alternatywą dla tradycyjnej diagnostyki mikrobiologicznej. Metody genetyczne umożliwiają znaczne skrócenie czasu trwania tradycyjnego postępowania diagnostycznego, a co najważniejsze, pozwalają nie tylko na dokonanie bardziej precyzyjnego i jednoznacznego różnicowania gatunkowego, ale również na wykazanie zróżnicowania szczepów w obrębie gatunku. Opierają się na poszukiwaniu lub analizie unikatowych sekwencji DNA lub RNA charakterystycznych dla określonego drobnoustroju. Różnorodność układu fragmentów kwasów nukleinowych tworzących polimorfizm wewnątrzgatunkowy wynika z powszechnie zachodzących w naturze procesów rearanżacji sekwencji nukleotydowych, insercji lub delecji pojedynczych par zasad. Metody genotypowe są niezależne od warunków środowiskowych, bardziej powtarzalne i wykazują większą zdolność różnicującą w obrębie gatunku niż metody fenotypowe. Metody genetyczne stosuje się wróżnych celach: do identyfikacji bakterii, wirusów, grzybów, pierwotniaków w materiale klinicznym in situ lub po izolacji (Mycobacterium, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Borrelia burgdorferi, Legionella pneumophila, Clostridium difficile, Ehrlichia, Candida, HBV, HCV, CMV, HSV), do identyfikacji genów oporności na antybiotyki (meca, ermb, mefa, gyra, kata, rpob), do identyfikacji genów kodujących czynniki wirulencji (toksyny Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Clostridium difficile, Escherichia coli, Bacillus anthracis, Helicobacter pylori), do precyzyjnej analizy ewolucyjnej i filogenetycznej oraz ostatecznej taksonomii drobnoustrojów, w epidemiologii szpitalnej do typowania szczepów w obrębie gatunku w celu ustalenia źródła zakażenia i transmisji szczepów epidemicznych/endemicznych na oddziale, również do porównywania szczepów izolowanych od tego samego chorego z różnych materiałów lub wróżnym czasie. Techniki biologii molekularnej wykorzystywane w badaniach epidemiologicznych Metody genotypowania szczepów do celów epidemiologicznych wykorzystują najczęściej techniki oparte na analizie restrykcyjnej całego materiału genetycznego drobnoustroju lub polegające na amplifikacji (powieleniu)

6 fragmentu DNA metodą PCR (polymerase chain reaction łańcuchowa reakcja polimerazy) z odpowiednimi starterami (primers). Analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych metoda RFLP z wykorzystaniem enzymów restrykcyjnych (endonukleazy) Każdy enzym ma zdolność rozpoznawania i trawienia charakterystycznej dla siebie sekwencji DNA. Otrzymuje się mniejsze fragmenty, które rozdzielane są w żelu agarozowym. Powstaje odpowiedni układ prążków, charakterystyczny dla szczepu. Metoda RFLP (restriction fragment lenght polymorphism) może dotyczyć polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych DNA chromosomalnego (restriction endonuclease analysis REA), DNA plazmidowego (restriction endonuclease analysis of plasmid REAP), poszczególnych genów (locus specific RFLP, np. gen meca i spa u szczepów MRSA), a także genów kodujących rrna tworzących operony (rybotypowanie). W analizie restrykcyjnej DNA chromosomalnego endonukleazy z wysoką częstością rozpoznają miejsce trawienia, na które składają się sekwencje co 4 6 par zasad. Powstają fragmenty o długości około pz. Metoda może być stosowana dla każdego drobnoustroju hodowlanego, ma bardzo dobrą zdolność różnicującą. Otrzymuje się dużą liczbę fragmentów DNA różniących się kilkoma parami zasad, co może utrudniać interpretację otrzymanych wzorów. Analiza restrykcyjna DNA plazmidowego polega na wyizolowaniu plazmidów z poszczególnych szczepów,rozdzieleniu w żelu agarozowym, a następnie trawieniu enzymami restrykcyjnymi. Jest to metoda prosta i szybka, jedna z najwcześniej stosowanych. Może być wykorzystana jedynie do badania szczepów posiadających plazmidy (gronkowce, enterokoki, pałeczki Gram-ujemne). Plazmidy jako pozachromosomalne DNA należą do elementów ruchomych komórki. Są wymieniane w procesach koniugacji, mogą ulec transpozycji do chromosomu, komórka może,,zgubić plazmid. Zmienność bakterii w tym zakresie powoduje, że analizę plazmidową stosuje się do porównywania szczepów izolowanych w zbliżonym okresie. Metoda nie nadaje się do długoterminowych badań porównawczych. Analiza makrorestrykcyjna chromosomalnego DNA połączona z elektroforezą w zmiennym polu elektrycznym REA-PFGE (restriction enzyme analysis pulse field gel electrophoresis) jest odmianą metody RFLP. Izoluje się cały materiał genomowy drobnoustroju, zatapia w bloczku agarozowym chroniących DNA drobnoustroju przed naruszeniem i poddaje trawieniu rzadko tnącymi endonukleazami (np. SmaI Staphylococcus, Streptococcus pneumoniae, XbaI Klebsiella, SfiI Proteus, Candida). Otrzymuje się dużych fragmentów, charakterystycznych dla danego mikroorganizmu, większych niż w klasycznej 115

7 116 metodzie RFLP, o długości od kpz do 1000 kpz, które następnie rozdziela się w zmiennym polu elektrycznym (elektroforeza pulsacyjna). Wzory polimorfizmu długości dużych fragmentów restrykcyjnych są łatwiejsze do interpretacji niż w klasycznej metodzie RFLP. Analizę pokrewieństwa otrzymanych wzorów genetycznych niewielkich grup (około 30 szczepów) z minimalną liczbą 10 prążków w rozdziale elektroforetycznym można przeprowadzić wizualnie według kryteriów Tenovera. Szczepy niewykazujące różnic w liczbie i układzie prążków określa się jako identyczne, wykazujące różnice w 1 3 prążkach blisko spokrewnione, 4 5 prążkach potencjalnie spokrewnione, > 6 prążków różne, niespokrewnione. Do analizy pokrewieństwa większych grup szczepów służą rozbudowane techniki komputerowe. Metodę PFGE charakteryzuje bardzo wysoka zdolność różnicująca (siła dyskryminacji), duża powtarzalność i możliwość porównywania wyników pomiędzy laboratoriami. Powszechne stosowanie techniki PFGE ogranicza konieczność posiadania specjalnej aparatury oraz kosztownych odczynników. Metoda jest pracochłonna, analiza trwa kilka dni. Obecnie jest to metoda szeroko wykorzystywana w typowaniu szczepów różnych drobnoustrojów, uznana za,,złoty standard w epidemiologii szpitalnej. Przykłady wykorzystania metody PFGE w dochodzeniu epidemiologicznym: Analiza ogniska epidemicznego przeprowadzona na oddziale neonatologicznym z powodu wystąpienia w ciągu jednego tygodnia u sześciu noworodków objawów liszajca pęcherzowego (impetigo bullosa). Typowaniu poddano szczepy Staphylococcus aureus wyizolowane ze zmian skórnych lub pępka noworodków oraz z przedsionka nosa od nosicieli wśród personelu (u matek nie stwierdzono nosicielstwa) ryciny 7.1a i 7.1b. Porównanie uzyskanych wzorów genetycznych wykazało, że wszystkie noworodki uległy zakażeniu identycznym typem genetycznym gronkowca, który oznaczono jako typ A. Został on równocześnie zidentyfikowany u jednej osoby z personelu położnej, która odbierała poród pierwszego z zakażonych noworodków. U pozostałych nosicieli izolowano inne typy genetyczne: B (2 pracowników oddziału położniczego), C (7 pracowników oddziału położniczego, izolacyjnego i noworodkowego), D (2 pracowników oddziału położniczego) oraz 9 różnych wzorów unikatowych. Metoda PFGE pozwoliła potwierdzić transmisję zakażenia na oddziale i wskazała prawdopodobne źródło zakażenia. Wykazano także zróżnicowanie populacji Staphylococcus aureus wśród nosicieli oraz transmisję szczepów pomiędzy oddziałami (typ C). Wyniki podkreślają znaczenie znanej od dawna zasady przestrzegania higieny i mycia rąk pomiędzy każdym nowym kontaktem z pacjentem. Analiza zakażeń w oddziale neonatologicznym i oddziale intensywnej terapii noworodka.

8 a) b) Rycina 7.1a i 7.1b. Analiza makrorestrykcyjna chromosomalnego DNA szczepów Staphylococcus aureus izolowanych ze zmian skórnych od noworodków oraz od nosicieli wśród personelu metoda REA-PFGE (ze zbiorów katedry Mikrobiologii i Immunologii PAM). Objaśnienia: 7.1a: M marker masy molekularnej; 1 6, 11 typ genetyczny A; 7, 10 typ genetyczny D; 7, 9 wzory unikatowe. 7.1b: M marker masy molekularnej; 1, 2, 8 11 wzory unikatowe; 6, 7, 12, 13 typ genetyczny C. Wciągu kilku miesięcy od 8 noworodków o małej lub bardzo małej urodzeniowej masie ciała z objawami zakażenia wyizolowano z materiałówklinicznych 12 szczepów Serratia marcescens. Analiza genetyczna wykazała, że szczepy pochodzące od 5 noworodków z oddziału intensywnej terapii noworodka i 2 z oddziału neonatologicznego miały identyczny układ prążków oraz fenotyp ESBL-dodatni potwierdza to obecność epidemicznego klonu 117

9 Rycina 7.2. Analiza makrorestrykcyjna chromosomalnego DNA szczepo w Serratia marcescens izolowanych z zakaz en od noworodko w z oddziału neonatologicznego oraz intensywnej opieki noworodka metoda REA-PFGE (ze zbioro w katedry Mikrobiologii i Immunologii PAM). odpowiedzialnego za zakaz enia; od jednego noworodka izolowano szczep o wzorze unikatowym (zakaz enie pochodza ce z innego z ro dła) rycina 7.2. Rycina 7.3 przedstawia przykłady wzoro w restrykcyjnych 29 szczepo w Klebsiella pneumoniae izolowanych w cia gu roku od noworodko w. Rycina 7.3. Wzory restrykcyjne wybranych szczepo w Klebsiella pneumoniae izolowanych od noworodko w skolonizowanych, z zakaz eniami nabytymi oraz wrodzonymi metoda REA-PFGE (ze zbioro w katedry Mikrobiologii i Immunologii PAM). Objas nienia: M marker masy molekularnej, A, B, C, D typ genetyczny, U wzo r unikatowy. 118

10 Stwierdzono 4 typy genetyczne oraz kilka wzorów unikatowych. Szczepy należące do najczęściej izolowanego typu genetycznego A miały różne fenotypy: ESBL-dodatni i ESBL-ujemny. Te same typy genetyczne Klebsiella pneumoniae izolowano od noworodków skolonizowanych (głównie dzieci donoszone) oraz z zakażeniami nabytymi i wrodzonymi (dzieci z czynnikami ryzyka zakażenia). Badania genetyczne potwierdziły selekcję opornych szczepów o charakterze epidemicznym w środowisku i ich transmisję między oddziałami, prawdopodobnie także kolonizację u matek (zakażenie wrodzone). Utrzymywanie się szczepów szpitalnych o epidemicznym charakterze na oddziałach wymaga zwiększenia reżimu sanitarnego oraz weryfikacji standardów postępowania profilaktycznego oraz terapeutycznego. Analiza zmienności materiału genetycznego z wykorzystaniem techniki PCR Podstawą reakcji PCR jest zasada komplementarności, czyli zdolność łączenia się wybranego odcinka DNA ( pz) z dwoma odpowiednio dobranymi oligonukleotydami (starter). Odnajdują one miejsca wiązania na obu niciach DNA i ograniczają fragment wybrany do amplifikacji. Reakcję amplifikacji katalizuje termostabilna polimeraza DNA. Reakcja PCR składa się z cykli. Każdy cykl zachodzi w trzech różnych temperaturach i obejmuje kilka etapów: denaturację (temperatura C) rozdzielenie podwójnej nici matrycowego DNA, przyłączenie starterów (temperatura C) wiążących się komplementarnie z pojedynczymi nićmi DNA wyznaczenie regionu do powielenia, syntezę nowych nici (temperatura około 70 C) komplementarne przyłączanie nukleotydów w obecności polimerazy. Produkty amplifikacji (zwielokrotnione kopie poszukiwanego fragmentu DNA) można rozdzielić elektroforetycznie w żelu agarozowym lub poliakrylamidowym, wykryć metodą hybrydyzacji ze swoistą sondą, a nawet odczynem ELISA. Istnieje wiele odmian wykorzystania metody PCR do typowania epidemiologicznego. Techniki PCR wymagaja ce znajomości amplifikowanej sekwencji Do technik tych zalicza się PCR-RFLP i Rep-PCR. PCR-RFLP polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych otrzymany w wyniku trawienia produktu PCR endonukleazami. Amplifikacja dotyczy charakterystycznego, specyficznego dla gatunku fragmentu DNA o znanej sekwencji nukleotydów (np. gen reca u Acinetobacter). Produkty reakcji PCR poddaje się następnie trawieniu enzymami restrykcyjnymi i rozdziałowi w żelu agarozowym lub poliakrylamidowym. Powstają charakterystyczne dla każdego izolatu wzory prążków, wykazu- 119

11 120 jące polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych DNA. Technikę PCR-RFLP można stosować dla większości drobnoustrojów (Pseudomonas, Acinetobacter, Xanthomonas, Staphylococcus, Streptococcus, a także Neisseria meningitidis, Helicobacter pylori, Listeria monocytogenes, Chlamydia trachomatis, Borrelia). Technikę PCR-RFLP wykorzystywano do analizy wysoce zakonserwowanych genów, kodujących rybosomalne RNA rybotypowanie. Występują one u wszystkich organizmów bakteryjnych, zlokalizowane są w operonach rm i rozdzielone polimorficznymi regionami o dużym zróżnicowaniu. Amplifikację określonego fragmentu DNA, połączoną dodatkowo z analizą restrykcyjną ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction), stosowano do różnicowania szczepów Acinetobacter, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecium, Serratia marcescens, Listeria monocytogenes. Rep-PCR (repetitive extragenic palindromic pozagenowe sekwencje powtórzone). Wykorzystuje się występowanie u drobnoustrojów znanych powtórzonych fragmentów DNA, rozrzuconych po całym genomie. Najwcześniej wykryto je u pałeczek Gram-ujemnych (38-nukleotydowe sekwencje REP u E. coli, 126-nukleotydowe ERIC u Enterobacteriaceae), należą do nich stałe sekwencje kodujące trna. Amplifikacja powtarzających się fragmentów, w zależności od użytych starterów, pozwala uzyskać dużą liczbę produktów o różnej wielkości i ilości u poszczególnych szczepów. Startery oparte na sekwencjach REP i ERIC wykorzystywano do typowania szczepów Enterobacter, Citrobacter, Acinetobacter, MRSA, Streptococcus pneumoniae, Neisseria, a także grzybów Aspergillus fumigatus. Do niedawno odkrytych powtarzających się sekwencji, wykazujących polimorfizm długości indywidualny dla organizmu należą krótkie sekwencje nukleotydowe VNTR (Variable Number Tandem Repeat), wykorzystywane do różnicowania Staphylococcus aureus, Bacillus anthracis, Yersinia pestis, Helicobacter pylori, Haemophilus influenzae, a także typu DR (Direct Repeats) stosowane do genotypowania Mycobacterium tuberculosis complex na całym świecie (metoda spoligotyping). Techniki niewymagaja ce znajomości amplifikowanej sekwencji Określa się je angielskim terminem fingerprinting, co tłumaczy się jako,,genetyczny odcisk palca lub nazwą MAAP (Multiple Arbitrary Amplicon Profiling wielokrotna i przypadkowa analiza fragmentów polimorficznych). Polegają na amplifikacji polimorficznych fragmentów DNA komplementarnych do starterów o,,przypadkowo dobranej sekwencji. Niespecyficzne startery przyłączają się w różnych miejscach chromosomalnego DNA, co powoduje, że otrzymuje się indywidualny dla każdego szczepu,,odcisk palca, złożony z fragmentów DNA o różnej wielkości

12 i ilości. Rozdział elektroforetyczny losowo uzyskanych produktów PCR daje charakterystyczny wzór prążków i umożliwia wykrycie polimorfizmu pomiędzy badanymi izolatami jednego gatunku. Metody PCR fingerprinting występują w wielu odmianach. Różnice dotyczą m.in. długości startera, warunków amplifikacji, sposobu rozdziału produktów. Techniki te mają duże możliwości dyskryminacyjne, jednak ich wykorzystanie ogranicza lub uniemożliwia kryterium powtarzalności. Możliwość uzyskania powtarzalnych wyników w obrębie jednego laboratorium jest zwykle określana jako umiarkowana, w obrębie kilku jako słaba. Ze względu na szybkość i łatwość wykonania metody te są często stosowane w analizie zakażeń szpitalnych dotyczących jednego oddziału lub szpitala. Badanie zawsze powinno być poprzedzone dokładnym ustaleniem warunków reakcji optymalizacja metody. Najczęściej stosowane techniki to PC-RAPD, AP-PCR i DAF. PCR-RAPD (random amplified polymorphic DNA przypadkowa amplifikacja polimorficznych odcinków DNA). Startery mają długość pz, otrzymane produkty amplifikacji są rozdzielane w żelu agarozowym. Jest to metoda najchętniej wykorzystywana w badaniach epidemiologicznych. Stosowano ją w typowaniu różnych drobnoustrojów, gronkowców, enterokoków, pałeczek Gram-ujemnych z rodziny Enterobacteriaceae oraz pałeczek niefermentujących, a także grzybów drożdżopodobnych z rodzaju Candida. Na rycinach 7.4a i 7.4b przedstawiono wyniki typowania metodą PCR- -RAPD grzybów drożdżopodobnych z gatunku Candida albicans izolowanych od pacjentów z oddziału intensywnej terapii z różnych materiałów klinicznych oraz z miejsc fizjologicznego występowania (ontocenoza). Przeprowadzenie wstępnej standaryzacji metody PCR-RAPD według schematu zaproponowanego przez Taguchi i Wu oraz zastosowanie kombinacji dwóch starterów pozwoliło ustalić optymalne stężenia substratów reakcji i umożliwiło precyzyjną identyfikację wewnątrzgatunkową badanych szczepów. Stwierdzono duże zróżnicowanie wewnątrzgatunkowe w obrębie analizowanego gatunku, co wskazuje na endogenne pochodzenie większości szczepów. Wykazano transmisję szczepów pomiędzy ontocenozami u tej samej osoby oraz transmisję międzyosobniczą szczepy o identycznych lub podobnych genotypach izolowano z ontocenoz i materiałów klinicznych od różnych chorych. Niektóre typy genetyczne Candida albicans utrzymywały się na oddziale intensywnej terapii przez kilka, kilkanaście miesięcy. U jednych chorych odpowiedzialne były jedynie za kolonizację, u innych wywoływały zakażenia. Biorąc pod uwagę fakt, że chory na oddziale intensywnej terapii jest pacjentem leżącym, najprawdopodobniej personel ułatwia transmisję szczepów pomiędzy pacjentami, a także pomiędzy ontocenozami u tego samego pacjenta. Stan taki wymaga zwrócenia większej uwagi na system kontroli zakażeń szpitalnych i zaostrzenia reżimu sanitarnego wśród personelu. 121

13 a) b) Rycina 7.4. Wzory restrykcyjne grzybo w z gatunku Candida albicans izolowanych od pacjento w z OIT metoda PCR-RAPD (ze zbioro w katedry Mikrobiologii i Immunologii PAM); a ro z ne wzory restrykcyjne szczepo w izolowanych z materiało w klinicznych oraz z miejsc fizjologicznego wyste powania u czterech pacjento w, b identyczne wzory restrykcyjne szczepo w (typy genetyczne: C, B, H) izolowane od ro z nych pacjento w Objas nienia: p pacjent, ju jama ustna, plw plwocina, BAL popłuczyny pe cherzykowo-oskrzelowe, odb odbyt, m mocz, pal okolica mie dzypalcowa stopy. 122

14 AP-PCR (arbitrary primed PCR PCR z użyciem starterów o sekwencjach przypadkowych). Równocześnie stosowane mogą być dwa różne startery o wielkości około 7 10 pz, produkty amplifikacji rozdzielane są w żelu poliakrylamidowym, uzyskany profil jest bardziej skomplikowany niż w przypadku RADP. DAF (DNA amplification fingerprinting amplifikacja polimorficznych odcinków DNA). Zastosowanie starterów o długości 5 15 pz w stężeniach dziesięciokrotnie wyższych umożliwia uzyskanie najbardziej skomplikowanego profilu. Inne metody Są to techniki oparte na ligacji adaptorów oligonukleotydowych LM- -PCR (Ligation Mediated PCR). W reakcji PCR wykorzystuje się adaptory oligonukleotydowe, które dołącza się do fragmentów restrykcyjnych DNA. Znajomość analizowanej sekwencji nie jest wymagana. AFLP (amplified fragment lenght polymorphism polimorfizm długości amplifikowanego fragmentu DNA). Metoda jest połączeniem techniki PCR i RFLP. Polega na wybiórczej amplifikacji odpowiednio przygotowanych fragmentów DNA genomowego. Kolejne etapy to: trawienie całego DNA z użyciem odpowiednio dobranych enzymów restrykcyjnych, ligacja otrzymanych fragmentów DNA z zaprojektowanym odpowiednio adaptorem, selektywna amplifikacja produktów ligacji z zastosowaniem dwóch starterów homologicznych do sekwencji adaptor miejsce restrykcyjne, elektroforeza produktów i autoradiografia otrzymanych rozdziałów. Metodę cechuje duża powtarzalność i siła dyskryminacyjna. Bardziej jest przydatna w badaniach taksonomicznych. ADSRRS (amplification of DNA fragments surrounding rare restriction sites amplifikacja fragmentów DNA otaczających miejsca dla enzymów restrykcyjnych rzadko tnących). Stosuje się dwa enzymy restrykcyjne: często tnący i rzadko tnący, dwa adaptory:,,długi i,,krótki oraz odpowiednio zaprojektowane startery, co powoduje, że tylko niewielka część fragmentów genomowego DNA ulega amplifikacji. Po rozdziale elektroforetycznym w żelu poliakrylamidowym i barwieniu bromkiem etydyny niewielka liczba produktów PCR jest łatwa w interpretacji. Raz ustalone enzymy restrykcyjne i adaptory mogą być stosowane do badań DNA spokrewnionych ze sobą gatunków. Metoda była stosowana w badaniach epidemiologicznych Acinetobacter baumannii, Serratia marcescens, Enterococcus faecium. PCR-MP (PCR melting profile profile fragmentów DNA o różnych temperaturach topnienia). W metodzie wykorzystuje się adaptory oligonukleotydowe oraz różnice w temperaturach topnienia fragmentów restrykcyjnych DNA zależne od zawartości par GC i ich długości. Obniżenie temperatury denaturacji 123

15 w cyklach PCR powoduje dodatkowo zmniejszenie liczby amplifikowanych fragmentów. W wyniku rozdziału elektroforetycznego otrzymuje się charakterystyczny dla szczepu wzór prążków. Metoda jest powtarzalna, ma wysoki potencjał różnicujący. Te same enzymy restrykcyjne, adaptory i startery mogą być wykorzystane do analizy różnych drobnoustrojów, co obniża koszty. Metodę stosowano do typowania szczepów Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus. MLST (multilocus sequence typing). Metoda polega na sekwencjonowaniu fragmentów wybranych genów i ustaleniu typu sekwencyjnego, który identyfikuje się z wykorzystaniem internetowej bazy danych. Profile MLST lepiej określają przynależność do międzynarodowych klonów epidemicznych, słabiej różnicują szczepy w lokalnych badaniach epidemiologicznych. W dochodzeniu epidemiologicznym niezwykle ważny jest właściwy dobór technik typowania badanych szczepów, który w powiązaniu z danymi klinicznymi pozwala na prawidłową interpretację wyników. Przy wyborze metody typowania genetycznego szczepów w celach epidemiologicznych należy przede wszystkim uwzględnić, czy spełnia ona kryteria pozwalające na jej pełną wiarygodność. Istotne cechy wiarygodności metody stanowią: typowalność otrzymywanie wyniku dla każdego izolatu danego gatunku, powtarzalność kilkakrotne uzyskanie identycznych wyników z tej samej próbki, siła dyskryminacyjna rozróżnianie szczepów epidemiologicznie niespokrewnionych (szczepy unikatowe). Wykonanie analizy spełniającej powyższe kryteria wymaga przeprowadzenia optymalizacji zastosowanej metody. Brak standaryzacji badań jest najczęstszą przyczyną uniemożliwiającą uzyskanie powtarzalności wyników, powoduje błędną ich interpretację i ogranicza szersze zastosowanie metod genetycznych w epidemiologii szpitalnej.

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Narzędzia diagnostyki molekularnej w typowaniu genetycznym (genotypowaniu) Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w

Bardziej szczegółowo

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie

Bardziej szczegółowo

Mikrobiologia - Bakteriologia

Mikrobiologia - Bakteriologia Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych wybarwionych bezpośrednio preparatów, prezentowane na stronie internetowej Labquality

Bardziej szczegółowo

Narodowy Instytut Leków ul. Chełmska 30/34, 00-725 Warszawa Tel. 022 851-46-70, Fax. 022 841-29-49 www.korld.edu.pl Warszawa, dn. 21.10.2009r.

Narodowy Instytut Leków ul. Chełmska 30/34, 00-725 Warszawa Tel. 022 851-46-70, Fax. 022 841-29-49 www.korld.edu.pl Warszawa, dn. 21.10.2009r. Narodowy Instytut Leków ul. Chełmska 30/34, 00-725 Warszawa Tel. 022 851-46-70, Fax. 022 841-29-49 www.korld.edu.pl Warszawa, dn. 21.10.2009r. Wytyczne postępowania w przypadku wykrycia szczepów pałeczek

Bardziej szczegółowo

SHL.org.pl SHL.org.pl

SHL.org.pl SHL.org.pl Kontrakty na usługi dla szpitali SIWZ dla badań mikrobiologicznych Danuta Pawlik SP ZOZ ZZ Maków Mazowiecki Stowarzyszenie Higieny Lecznictwa Warunki prawne dotyczące konkursu ofert Ustawa z dnia 15 kwietnia

Bardziej szczegółowo

Mikrobiologia - Bakteriologia

Mikrobiologia - Bakteriologia Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne (sprawdzian wirtualny) Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych preparatów bezpośrednio wybarwionych, prezentowane na stronie

Bardziej szczegółowo

I. Wykaz drobnoustrojów alarmowych w poszczególnych jednostkach organizacyjnych podmiotów leczniczych.

I. Wykaz drobnoustrojów alarmowych w poszczególnych jednostkach organizacyjnych podmiotów leczniczych. Instrukcja Głównego Inspektora Sanitarnego dotycząca raportowania występowania zakażeń zakładowych i drobnoustrojów alarmowych z dnia 02 stycznia 2012 r. W celu zapewnienia jednolitego sposobu sporządzania

Bardziej szczegółowo

Zalecenia rekomendowane przez Ministra Zdrowia. KPC - ang: Klebsiella pneumoniae carbapenemase

Zalecenia rekomendowane przez Ministra Zdrowia. KPC - ang: Klebsiella pneumoniae carbapenemase Zalecenia dotyczące postępowania w przypadku identyfikacji w zakładach opieki zdrowotnej szczepów bakteryjnych Enterobacteriaceae wytwarzających karbapenemazy typu KPC * * KPC - ang: Klebsiella pneumoniae

Bardziej szczegółowo

SHL.org.pl SHL.org.pl

SHL.org.pl SHL.org.pl Krystyna Paszko Monitorowanie patogenów alarmowych w Szpitalu św. Wojciecha w Gdańsku nowe przepisy i ich konsekwencje dla monitorowania patogenów alarmowych XII Konferencja naukowo-szkoleniowa SHL Stare

Bardziej szczegółowo

Badanie mikrobiologiczne płynów z jam ciała

Badanie mikrobiologiczne płynów z jam ciała Badanie mikrobiologiczne płynów z jam ciała Dorota Olszańska Zakład Diagnostyki Mikrobiologicznej i Immunologii Infekcyjnej USK w Białymstoku Kierownik Prof. Dr hab. n. med. Elżbieta Tryniszewska Cel badań

Bardziej szczegółowo

CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ

CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ (obowiązuje od 01 czerwca 2015 roku) załącznik nr 4 do regulaminu organizacyjnego CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ Zakład Diagnostyki Mikrobiologicznej - siedziba ul. Św. Józefa 53-59 oraz ul. Konstytucji

Bardziej szczegółowo

NAJCZĘSTSZE CZYNNIKI ETIOLOGICZNE ZAKAŻEŃ DIAGNOZOWANYCH W SZPITALACH WOJEWÓDZTWA LUBUSKIEGO R.

NAJCZĘSTSZE CZYNNIKI ETIOLOGICZNE ZAKAŻEŃ DIAGNOZOWANYCH W SZPITALACH WOJEWÓDZTWA LUBUSKIEGO R. NAJCZĘSTSZE CZYNNIKI ETIOLOGICZNE ZAKAŻEŃ DIAGNOZOWANYCH W SZPITALACH WOJEWÓDZTWA LUBUSKIEGO 15.12.2017R. LEK. MED. DOROTA KONASZCZUK LUBUSKI PAŃSTWOWY WOJEWÓDZKI INSPEKTOR SANITARNY W GORZOWIE WLKP. Zakażenia

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI Wykłady (16 godz.): Środa 12.15-13.45 Ćwiczenia (60 godz.) środa: 9.45-12.00

Bardziej szczegółowo

PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH

PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH PROBLEMY TERAPEUTYCZNE WTÓRNYCH ZAKAŻEŃ KRWI POWODOWANE PRZEZ PAŁECZKI Enterobacterales W PRAKTYCE ODDZIAŁÓW ZABIEGOWYCH I ZACHOWAWCZYCH DOROTA ROMANISZYN KATEDRA MIKROBIOLOGII UJCM KRAKÓW Zakażenie krwi

Bardziej szczegółowo

Stefania Giedrys-Kalemba Mikrobiologia i jej udział w rozwoju medycznej diagnostyki laboratoryjnej. Studia Ecologiae et Bioethicae 8/2, 335-340

Stefania Giedrys-Kalemba Mikrobiologia i jej udział w rozwoju medycznej diagnostyki laboratoryjnej. Studia Ecologiae et Bioethicae 8/2, 335-340 Stefania Giedrys-Kalemba Mikrobiologia i jej udział w rozwoju medycznej diagnostyki laboratoryjnej Studia Ecologiae et Bioethicae 8/2, 335-340 2010 Prof. Stefania Giedrys-Kalemba Katedra i Zakład Mikrobiologii

Bardziej szczegółowo

WIEDZA. Zna podstawy prawne realizacji programu kontroli zakażeń.

WIEDZA. Zna podstawy prawne realizacji programu kontroli zakażeń. Załącznik nr 7 do zarządzenia nr 12 Rektora UJ z 15 lutego 2012 r. Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Nazwa studiów: Kontrola zakażeń w jednostkach opieki zdrowotnej Typ studiów:

Bardziej szczegółowo

z dnia 11 marca 2005 r. (Dz. U. z dnia 3 kwietnia 2005 r.)

z dnia 11 marca 2005 r. (Dz. U. z dnia 3 kwietnia 2005 r.) Dz.U.05.54.484 ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA z dnia 11 marca 2005 r. w sprawie rejestrów zakażeń zakładowych oraz raportów o występowaniu tych zakażeń (Dz. U. z dnia 3 kwietnia 2005 r.) Na podstawie

Bardziej szczegółowo

1. Wykonanie preparatów bezpośrednich i ich ocena: 1a. Wykonaj własny preparat bezpośredni ze śliny Zinterpretuj i podkreśl to co widzisz:

1. Wykonanie preparatów bezpośrednich i ich ocena: 1a. Wykonaj własny preparat bezpośredni ze śliny Zinterpretuj i podkreśl to co widzisz: Ćwiczenie 2 2018/19 1. Wykonanie preparatów bezpośrednich i ich ocena: 1a. Wykonaj własny preparat bezpośredni ze śliny Zinterpretuj i podkreśl to co widzisz: obecność nabłonków, leukocytów, pałeczek Gram(+),

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

Nazwa studiów: KONTROLA ZAKAŻEŃ W JEDNOSTKACH OPIEKI ZDROWOTNEJ Typ studiów: doskonalące WIEDZA

Nazwa studiów: KONTROLA ZAKAŻEŃ W JEDNOSTKACH OPIEKI ZDROWOTNEJ Typ studiów: doskonalące WIEDZA Załącznik nr 8 do zarządzenia nr 68 Rektora UJ z 18 czerwca 2015 r. Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Nazwa studiów: KONTROLA ZAKAŻEŃ W JEDNOSTKACH OPIEKI ZDROWOTNEJ Typ studiów:

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego

Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego Paweł Gruszczyński Zakład Diagnostyki Mikrobiologicznej WCPiT I Zjazd Polskiego Towarzystwa Pneumonologii Dziecięcej Poznań,

Bardziej szczegółowo

ZAŁĄCZNIK DO PRZEGLĄDU ZLECEŃ

ZAŁĄCZNIK DO PRZEGLĄDU ZLECEŃ ZŁĄCZNIK DO PRZEGLĄDU ZLECEŃ Lp. Badany obiekt Badane cechy Metoda badawcza Metoda () kał, wymaz z kału, wymaz z odbytu, szczep Obecność pałeczek Salmonella i Shigella Metoda hodowlano- 1. biochemiczno-

Bardziej szczegółowo

MATERIAŁY Z GÓRNYCH DRÓG ODDECHOWYCH - badanie bakteriologiczne + mykologiczne

MATERIAŁY Z GÓRNYCH DRÓG ODDECHOWYCH - badanie bakteriologiczne + mykologiczne CENNIK ZAKŁADU DIAGNOSTYKI LABORATORYJNEJ PRACOWNIA MIKROBIOLOGII OBOWIĄZUJĄCY OD DNIA (zgodnie z treścią zarządzenia) (badania prywatne) Lp USŁUGA MATERIAŁ CZAS OCZEKIWANIA CENA BADANIA PODSTAWOWEGO SKIEROWANIE

Bardziej szczegółowo

Wpływ racjonalnej antybiotykoterapii na lekowrażliwość drobnoustrojów

Wpływ racjonalnej antybiotykoterapii na lekowrażliwość drobnoustrojów WOJSKOWY SZPITAL KLINICZNY Wpływ racjonalnej BYDGOSZCZ antybiotykoterapii na lekowrażliwość drobnoustrojów 10 Wojskowy Szpital Kliniczny z Polikliniką SP ZOZ w Bydgoszczy dr n. med. Joanna Sierzputowska

Bardziej szczegółowo

WYTYCZNE W-0018_001 WYTYCZNE WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH. Data wprowadzenia: 10-10-2010

WYTYCZNE W-0018_001 WYTYCZNE WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH. Data wprowadzenia: 10-10-2010 WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ Data wprowadzenia: 1 / 6 Nazwisko Stanowisko Data Podpis Opracował Tadeusz Gadomski Kierownik 10.10.2010 ZaakceptowałBożena Szelągowska Pełnomocnik ds. Zarządzania Jakością 10.10.2010

Bardziej szczegółowo

Zakażenia szpitalne/zakładowe

Zakażenia szpitalne/zakładowe /zakładowe Różne definicje: - zakażenie, które powstaje i rozwija się w trakcie pobytu chorego w szpitalu (lub po jego opuszczeniu), rozpoznane klinicznie i potwierdzone laboratoryjnie jest zakażeniem

Bardziej szczegółowo

SHL.org.pl SHL.org.pl

SHL.org.pl SHL.org.pl Najważniejsze zagrożenia epidemiczne w oddziałach dziecięcych w Polsce Dr med. Paweł Grzesiowski STOWARZYSZENIE HIGIENY LECZNICTWA SZPITAL SPECJALISTYCZNY ŚW. ZOFII W WARSZAWIE FUNDACJA INSTYTUT PROFILAKTYKI

Bardziej szczegółowo

Zakład Mikrobiologii Klinicznej [1]

Zakład Mikrobiologii Klinicznej [1] Zakład Mikrobiologii Klinicznej [1] Dane kontaktowe: Tel. 41 36 74 710, 41 36 74 712 Kierownik: dr n. med. Bonita Durnaś, specjalista mikrobiologii Personel/Kadra: Diagności laboratoryjni: mgr Dorota Żółcińska

Bardziej szczegółowo

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448 ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448 wydany przez POLSKIE CENTRUM AKREDYTACJI 01-382 Warszawa ul. Szczotkarska 42 Wydanie nr 12, Data wydania: 29 września 2014 r. Nazwa i adres AB 448 WOJEWÓDZKA

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

Rekomendacje diagnostyczne inwazyjnych zakażeń bakteryjnych nabytych poza szpitalem M. Kadłubowski, A. Skoczyńska, W. Hryniewicz, KOROUN, NIL, 2009

Rekomendacje diagnostyczne inwazyjnych zakażeń bakteryjnych nabytych poza szpitalem M. Kadłubowski, A. Skoczyńska, W. Hryniewicz, KOROUN, NIL, 2009 Opracowanie: Marcin Kadłubowski, Anna Skoczyńska, Waleria Hryniewicz Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. Diagnostyki Bakteryjnych Zakażeń Ośrodkowego Układu Nerwowego (KOROUN) Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

DIAGNOSTYKA BEZPOŚREDNIA. Joanna Kądzielska Katedra Mikrobiologii Lekarskiej Warszawski Uniwersytet Medyczny

DIAGNOSTYKA BEZPOŚREDNIA. Joanna Kądzielska Katedra Mikrobiologii Lekarskiej Warszawski Uniwersytet Medyczny DIAGNOSTYKA BEZPOŚREDNIA Joanna Kądzielska Katedra Mikrobiologii Lekarskiej Warszawski Uniwersytet Medyczny BADANIA MIKROBIOLOGICZNE CHORZY OZDROWIEŃCY BEZOBJAWOWI NOSICIELE OSOBY Z KONTAKTU PERSONEL MEDYCZNY

Bardziej szczegółowo

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ AZOOSPERMIA badanie wykrywa delecje w regionie długiego ramienia chromosomu Y w fragmencie zwanym AZF, będące często przyczyną azoospermii lub oligospermii o podłożu

Bardziej szczegółowo

MIKROBIOLOGIA DLA STUDENTÓW III ROKU WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Z ODDZIAŁEM NAUCZANIA W JĘZYKU ANGIELSKIM - PROGRAM 2015/2016

MIKROBIOLOGIA DLA STUDENTÓW III ROKU WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Z ODDZIAŁEM NAUCZANIA W JĘZYKU ANGIELSKIM - PROGRAM 2015/2016 MIKROBIOLOGIA DLA STUDENTÓW III ROKU WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Z ODDZIAŁEM NAUCZANIA W JĘZYKU ANGIELSKIM - PROGRAM 2015/2016 Wykłady 7 h, Seminaria - 7 h, Ćwiczenia 20 h Zajęcia kończą się egzaminem Punkty

Bardziej szczegółowo

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane zaprezentowane poniżej zgromadzone zostały w ramach programu EARS-Net, który jest koordynowany przez

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane zaprezentowane poniżej zgromadzone zostały w ramach programu EARS-Net, który jest koordynowany przez Informacja o aktualnych danych dotyczących oporności na antybiotyki na terenie Unii Europejskiej Październik 2013 Główne zagadnienia dotyczące oporności na antybiotyki przedstawione w prezentowanej broszurze

Bardziej szczegółowo

Nowoczesna diagnostyka mikrobiologiczna

Nowoczesna diagnostyka mikrobiologiczna Nowoczesna diagnostyka mikrobiologiczna 1 2 Nowoczesne laboratorium mikrobiologiczne połączenie metod manualnych i automatyzacji Nowoczesne laboratorium mikrobiologiczne To nie tylko sprzęt diagnostyczny,

Bardziej szczegółowo

Sekcja Higieny i Epidemiologii, Wojskowy Instytut Medyczny w Warszawie

Sekcja Higieny i Epidemiologii, Wojskowy Instytut Medyczny w Warszawie ZASADY POSTĘPOWANIA W OGNISKACH EPIDEMICZNYCH WYWOŁYWANYCH PRZEZ SZCZEPY STAPHYLOCOCCUS AUREUS. ZADANIA ZESPOŁU DS. ZAKAŻEN SZPITALNYCH lek. med.marta Kania-Pudło 1, mgr Katarzyna Bojarska 2, prof. dr

Bardziej szczegółowo

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia S Y LA BUS MODUŁU In f o r m acje o gólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Mikrobiologia Obowiązkowy Nauk o Zdrowiu

Bardziej szczegółowo

Rozprawa doktorska. mgr inż. Karolina Stojowska

Rozprawa doktorska. mgr inż. Karolina Stojowska Politechnika Gdańska Wydział Chemiczny Katedra Mikrobiologii Rozprawa doktorska Opracowanie nowych metod typowania genetycznego bakterii opartych o ligację adaptorów oligonukleotydowych do fragmentów restrykcyjnych

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 SEMESTR LETNI

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 SEMESTR LETNI Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 SEMESTR LETNI Wykłady (16 godz.): Środa 12.15-13.45 Ćwiczenia (60 godz.) środa: 9.45-12.00

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z mikrobiologii klinicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2015/2016

Program ćwiczeń z mikrobiologii klinicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2015/2016 Program ćwiczeń z mikrobiologii klinicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2015/2016 SEMESTR ZIMOWY Wykłady (14 godz.): Ćwiczenia (60 godz.): Wtorek 15.00 16.30 sala

Bardziej szczegółowo

- podłoża transportowo wzrostowe..

- podłoża transportowo wzrostowe.. Ćw. nr 2 Klasyfikacja drobnoustrojów. Zasady pobierania materiałów do badania mikrobiologicznego. 1. Obejrzyj zestawy do pobierania materiałów i wpisz jakie materiały pobieramy na: - wymazówki suche. -

Bardziej szczegółowo

Interpretacja wg EUCAST S-wrażliwy I-średniowrażliwy R - oporny

Interpretacja wg EUCAST S-wrażliwy I-średniowrażliwy R - oporny Ćwiczenie 1 2016/17 1. Odczytaj przygotowane antybiogramy metodą dyfuzyjno-krążkową wg następującego schematu: Badany szczep -. Nazwa antybiotyku/chemioter apeutyku Strefa - mm Interpretacja wg EUCAST

Bardziej szczegółowo

Protokoły do zajęć praktycznych z mikrobiologii ogólnej i żywności dla studentów kierunku: Dietetyka

Protokoły do zajęć praktycznych z mikrobiologii ogólnej i żywności dla studentów kierunku: Dietetyka Protokoły do zajęć praktycznych z mikrobiologii ogólnej i żywności dla studentów kierunku: Dietetyka Protokół I, zajęcia praktyczne 1. Demonstracja wykonania preparatu barwionego metodą Grama (wykonuje

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Harmonogram zajęć z Mikrobiologii z parazytologią i Immunologii dla studentów II roku kierunku lekarskiego WL 2018/2019 GRUPA 5

Harmonogram zajęć z Mikrobiologii z parazytologią i Immunologii dla studentów II roku kierunku lekarskiego WL 2018/2019 GRUPA 5 Harmonogram zajęć z Mikrobiologii z parazytologią i Immunologii dla studentów II roku kierunku lekarskiego WL 2018/2019 GRUPA 5 GRUPY ĆWICZENIOWE 51, 52 : 8.00-10.30 Wtorek: 17.00-19.30 Data Godzina Rodzaj

Bardziej szczegółowo

Zarządzanie ryzykiem. Dr med. Tomasz Ozorowski Sekcja ds. kontroli zakażeń szpitalnych Szpital Kliniczny Przemienienia Pańskiego UM w Poznaniu

Zarządzanie ryzykiem. Dr med. Tomasz Ozorowski Sekcja ds. kontroli zakażeń szpitalnych Szpital Kliniczny Przemienienia Pańskiego UM w Poznaniu Zarządzanie ryzykiem Dr med. Tomasz Ozorowski Sekcja ds. kontroli zakażeń szpitalnych Szpital Kliniczny Przemienienia Pańskiego UM w Poznaniu Szkolenie Małopolskiego Stowarzyszenia Komitetów i Zespołów

Bardziej szczegółowo

Przedmiot : Mikrobiologia

Przedmiot : Mikrobiologia UNIWERSYTET MEDYCZNY W BIAŁYMSTOKU ZAKŁAD MIKROBIOLOGII 15-222 Białystok, ul. A. Mickiewicza 2C tel. / fax 085 748 5562 II Rok Wydział Lekarski - Kierunek Lekarski Przedmiot : Mikrobiologia Semestr letni

Bardziej szczegółowo

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia

S Y LA BUS MODUŁU. In f o r m acje o gólne. Mikrobiologia S Y LA BUS MODUŁU In f o r m acje o gólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Mikrobiologia Obowiązkowy Nauk o Zdrowiu

Bardziej szczegółowo

CENNIK BADANIA Z ZAKRESU DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ

CENNIK BADANIA Z ZAKRESU DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ CENNIK BADANIA Z ZAKRESU DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ ADRES,TELEFON, E-MAIL ul. Hubalczyków 1, 76-200 Słupsk Rejestracja: 59 8460 188 faks: 59 8460 198 e-mail: mikrobiologia@szpital.slupsk.pl GODZINY

Bardziej szczegółowo

Typ badania laboratoryjnego, które dało dodatni wynik. na obecność laseczki wąglika: - badania

Typ badania laboratoryjnego, które dało dodatni wynik. na obecność laseczki wąglika: - badania Rodzaje biologicznych czynników chorobotwórczych podlegających Zgłoszeniu, typy badań laboratoryjnych w kierunku biologicznych czynników chorobotwórczych, które dały dodatni wynik, oraz okoliczności dokonywania

Bardziej szczegółowo

Badanie na obecność pałeczek CPE Informacje dla pacjentów

Badanie na obecność pałeczek CPE Informacje dla pacjentów Badanie na obecność pałeczek CPE Informacje dla pacjentów Uwaga: z pytaniami dotyczącymi informacji zawartych w tej ulotce, należy zwracać się do lekarza prowadzącego lub pielęgniarki. Czym jest CPE W

Bardziej szczegółowo

Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. Bakteriologiczne badanie krwi. Metoda badawcza

Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. Bakteriologiczne badanie krwi. Metoda badawcza adania materiału klinicznego i sporali. L.p. Rodzaj oznaczenia / pomiaru Metoda badawcza Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. akteriologiczne badanie krwi w kierunku bakterii tlenowych instrukcja badawcza

Bardziej szczegółowo

PROGRAM ZAJĘĆ Z MIKROBIOLOGII DLA STUDENTÓW II ROKU WYDZIAŁU FARMACEUTYCZNEGO W ROKU AKADEMICKIM 2018/2019 SEMESTR LETNI

PROGRAM ZAJĘĆ Z MIKROBIOLOGII DLA STUDENTÓW II ROKU WYDZIAŁU FARMACEUTYCZNEGO W ROKU AKADEMICKIM 2018/2019 SEMESTR LETNI PROGRAM ZAJĘĆ Z MIKROBIOLOGII DLA STUDENTÓW II ROKU WYDZIAŁU FARMACEUTYCZNEGO W ROKU AKADEMICKIM 2018/2019 SEMESTR LETNI WYKŁADY (30 h) - raz w tygodniu (2h) Poniedziałek 8.30-10.00 ĆWICZENIA (60 h ) -

Bardziej szczegółowo

Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych

Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Załącznik nr 2 do zarządzenia nr 100 Rektora UJ z 2 października 2017 r. Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Tabela odniesienia efektów kształcenia dla studiów podyplomowych

Bardziej szczegółowo

Sytuacja epidemiologiczna w zakresie zakażeń szpitalnych, w województwie opolskim

Sytuacja epidemiologiczna w zakresie zakażeń szpitalnych, w województwie opolskim Sytuacja epidemiologiczna w zakresie zakażeń szpitalnych, w województwie opolskim { Opole, dnia 22.10.2014r. Wojewódzka Stacja Sanitarno Epidemiologiczna w Opolu CO WIEMY o zakażeniach szpitalnych? Ustawa

Bardziej szczegółowo

Badania w kierunku wirusów oddechowych 6. Badania w kierunku wirusów RS

Badania w kierunku wirusów oddechowych 6. Badania w kierunku wirusów RS Badania wirusologiczne pozycja cennika metoda ceny złotych 1. Badania wirusologiczne kału w kierunku Enterowirusów PB-SW-09, wyd. 02 z dnia 30.04.2015 r. 254,00 -hodowla GMK 2. Badanie wirusologiczne płynu

Bardziej szczegółowo

Charakterystyka wzorów lekowrażliwości szpitalnych szczepów Clostridium difficile w Polsce oraz badanie mechanizmów oporności na wybrane leki

Charakterystyka wzorów lekowrażliwości szpitalnych szczepów Clostridium difficile w Polsce oraz badanie mechanizmów oporności na wybrane leki STRESZCZENIE W JĘZYKU POLSKIM Charakterystyka wzorów lekowrażliwości szpitalnych szczepów Clostridium difficile w Polsce oraz badanie mechanizmów oporności na wybrane leki Clostridium difficile to Gram-dodatnia,

Bardziej szczegółowo

Monitorowanie oporności w Polsce dane sieci EARS-Net

Monitorowanie oporności w Polsce dane sieci EARS-Net Monitorowanie oporności w Polsce dane sieci EARS-Net Dorota Żabicka Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej Krajowy Ośrodek Referencyjny ds. LekowrażliwościDrobnoustrojów, Narodowy Instytut Leków,

Bardziej szczegółowo

Podsumowanie europejskiego badania nt. rozpowszechnienia bakterii opornych na karbapenemy. Podsumowanie. Projekt EuSCAPE

Podsumowanie europejskiego badania nt. rozpowszechnienia bakterii opornych na karbapenemy. Podsumowanie. Projekt EuSCAPE Podsumowanie europejskiego badania nt. rozpowszechnienia bakterii opornych na karbapenemy Październik 2013 Podsumowanie Celem Europejskiego Badania nt. Rozpowszechnienia Pałeczek Enteriobacteriaceae Wytwarzających

Bardziej szczegółowo

Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy (CPE) w Polsce sytuacja w 2016

Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy (CPE) w Polsce sytuacja w 2016 Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy (CPE) w Polsce sytuacja w 206 Autorzy Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej NIL: Dorota Żabicka Katarzyna Bojarska Małgorzata Herda

Bardziej szczegółowo

Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej

Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu

Bardziej szczegółowo

Podsumowanie najnowszych danych dotyczących oporności na antybiotyki w krajach Unii Europejskiej Dane z monitorowania sieci EARS-Net

Podsumowanie najnowszych danych dotyczących oporności na antybiotyki w krajach Unii Europejskiej Dane z monitorowania sieci EARS-Net EUROPEJSKI DZIEŃ WIEDZY O ANTYBIOTYKACH A European Health Initiative EUROPEJSKIE CENTRUM DS. ZAPOBIEGANIA Podsumowanie najnowszych danych dotyczących oporności na antybiotyki w krajach Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Program zajęć MIKROBIOLOGIA rok III, kierunek: Lekarski rok 2016/17

Program zajęć MIKROBIOLOGIA rok III, kierunek: Lekarski rok 2016/17 Program zajęć MIKROBIOLOGIA rok III, kierunek: Lekarski rok 2016/17 Wykłady 7 h, Seminaria - 7 h, Ćwiczenia 20 h Zajęcia kończą się egzaminem, Punkty ECTS: 5 Wykłady: W. 1 Antybiotyki - mechanizmy oporności,

Bardziej szczegółowo

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej

Oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Podsumowanie danych z 2014 roku o oporności na antybiotyki w Unii Europejskiej Dane z monitorowania sieci EARS-Net Listopad 2015 Poważne zagrożenie: oporność na antybiotyki w Unii Europejskiej Oporność

Bardziej szczegółowo

Osiągnięcia Katedry i Zakładu Mikrobiologii

Osiągnięcia Katedry i Zakładu Mikrobiologii Osiągnięcia Katedry i Zakładu Mikrobiologii Katedra i Zakład Mikrobiologii została powołana Zarządzeniem Rektora Akademii Medycznej z 1985 roku. Pierwszym jej Kierownikiem był Prof. dr hab. n. med. Zenon

Bardziej szczegółowo

L.p. Nazwa badania. Czas oczekiwania na wynik. Pobranie materiału do badania BADANIA MIKROBIOLOGICZNE - POSIEWY

L.p. Nazwa badania. Czas oczekiwania na wynik. Pobranie materiału do badania BADANIA MIKROBIOLOGICZNE - POSIEWY Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II Ośrodek Nowoczesnej Diagnostyki Laboratoryjnej Pracownia Mikrobiologii ul. Prądnicka 80, 31-202 Kraków Tel. 12 614 24 85, 614 24 08 Załącznik 1 LISTA

Bardziej szczegółowo

Klebsiella pneumoniae New Delhi alert dla polskich szpitali

Klebsiella pneumoniae New Delhi alert dla polskich szpitali Klebsiella pneumoniae New Delhi alert dla polskich szpitali Jak zatrzymać falę zakażeń powodowanych przez drobnoustrój o skrajnej oporności na antybiotyki? Tomasz Ozorowski Analiza faktów FAKT 1. SKRAJNA

Bardziej szczegółowo

Szpitalne ogniska epidemiczne w Polsce w 2014 roku

Szpitalne ogniska epidemiczne w Polsce w 2014 roku Szpitalne ogniska epidemiczne w Polsce w 2014 roku Izabela Kucharska Alicja Rychlewska Departamentu Zapobiegania oraz Zwalczania Zakażeń i Chorób Zakaźnych u Ludzi Główny Inspektorat Sanitarny Warszawa

Bardziej szczegółowo

AKTUALNOÂCI BINET. Nr 10/ Drogie Koleżanki i Koledzy. Inwazyjna choroba meningokokowa w 2015 roku

AKTUALNOÂCI BINET. Nr 10/ Drogie Koleżanki i Koledzy. Inwazyjna choroba meningokokowa w 2015 roku www.koroun.edu.pl Drogie Koleżanki i Koledzy Witamy serdecznie, oddajemy w Państwa ręce kolejny numer Aktualności BINet. Jest on poświęcony epidemiologii inwazyjnych zakażeń wywoływanych przez Neisseria

Bardziej szczegółowo

SHL.org.pl SHL.org.pl

SHL.org.pl SHL.org.pl NOWE PRZEPISY W SPRAWIE CZYNNIKÓW ALARMOWYCH, REJESTRACJI I RAPORTOWANIA ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH Dr med. Paweł Grzesiowski STOWARZYSZENIE HIGIENY LECZNICTWA FUNDACJA INSTYTUT PROFILAKTYKI ZAKAŻEŃ 1.03.2012

Bardziej szczegółowo

STANDARDY AKREDYTACYJNE A BEZPIECZEŃSTWO EPIDEMIOLOGICZNE mgr Katarzyna Konrad Paprotnia, 26 maja 2011 r. Idea akredytacji placówek służby zdrowia powstała w USA w 1898 roku, jako odpowiedź na niską jakość

Bardziej szczegółowo

Ochrony Antybiotyków. AktualnoŚci Narodowego Programu. Podsumowanie aktualnych danych nt. oporności na antybiotyki w Unii Europejskiej.

Ochrony Antybiotyków. AktualnoŚci Narodowego Programu. Podsumowanie aktualnych danych nt. oporności na antybiotyki w Unii Europejskiej. AktualnoŚci Narodowego Programu Ochrony Antybiotyków Numer 3/2016 Podsumowanie aktualnych danych nt. oporności na antybiotyki w Unii Europejskiej. Dane z monitorowania sieci EARS-Net (listopad 2016) Opracowanie:

Bardziej szczegółowo

OGÓLNY PLAN ĆWICZEŃ I SEMINARIÓW Z MIKROBIOLOGII OGÓLNEJ dla studentów STOMATOLOGII w roku akademickim semestr zimowy Seminarium 1.

OGÓLNY PLAN ĆWICZEŃ I SEMINARIÓW Z MIKROBIOLOGII OGÓLNEJ dla studentów STOMATOLOGII w roku akademickim semestr zimowy Seminarium 1. OGÓLNY PLAN ĆWICZEŃ I SEMINARIÓW Z MIKROBIOLOGII OGÓLNEJ dla studentów STOMATOLOGII w roku akademickim 2014-2015 semestr zimowy Seminarium 1. Wykład: Ziarniaki Gram-dodatnie i Gramujemne Środa 11.00-12.00

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z Mikrobiologii i Diagnostyki Mikrobiologicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019

Program ćwiczeń z Mikrobiologii i Diagnostyki Mikrobiologicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 Program ćwiczeń z Mikrobiologii i Diagnostyki Mikrobiologicznej dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2018/2019 SEMESTR ZIMOWY Wykłady (14 godz.): Ćwiczenia (60 godz.): Wtorek

Bardziej szczegółowo

ZAKAŻENIA SZPITALNE. Michał Pytkowski Zdrowie Publiczne III rok

ZAKAŻENIA SZPITALNE. Michał Pytkowski Zdrowie Publiczne III rok ZAKAŻENIA SZPITALNE Michał Pytkowski Zdrowie Publiczne III rok REGULACJE PRAWNE WHO Ustawa z dnia 5 grudnia 2008 r. o zapobieganiu oraz zwalczaniu zakażeń i chorób zakaźnych u ludzi Rozporządzenie Ministra

Bardziej szczegółowo

Co to jest CPE/NDM? Czy obecność szczepu CPE/NDM naraża pacjenta na zakażenie?

Co to jest CPE/NDM? Czy obecność szczepu CPE/NDM naraża pacjenta na zakażenie? Aktualne problemy związane z diagnostyką, leczeniem i rozprzestrzenianiem zakażeń szczepami wielolekoopornymi, a także przygotowania do Światowych Dni Młodzieży to główne tematy narady kierowników oddziałów

Bardziej szczegółowo

S YL AB US MODUŁ U. I nforma cje ogólne. Mikrobiologia i Biologia

S YL AB US MODUŁ U. I nforma cje ogólne. Mikrobiologia i Biologia S YL AB US MODUŁ U I nforma cje ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Mikrobiologia i Biologia Obowiązkowy Nauk

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

ETIOLOGIA ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH REJESTROWANYCH W SZPITALU UNIWERSYTECKIM NR 2 W BYDGOSZCZY W LATACH

ETIOLOGIA ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH REJESTROWANYCH W SZPITALU UNIWERSYTECKIM NR 2 W BYDGOSZCZY W LATACH PRACA ORYGINALNA ETIOLOGIA ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH REJESTROWANYCH W SZPITALU UNIWERSYTECKIM NR 2 W BYDGOSZCZY W LATACH 2015 2017 ETIOLOGY OF HOSPITAL INFECTIONS REGISTERED IN UNIVERSITY HOSPITAL NO. 2 IN BYDGOSZCZ

Bardziej szczegółowo

Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA

Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger

Bardziej szczegółowo

Przedmiot zamówienia -Specyfikacja cenowa

Przedmiot zamówienia -Specyfikacja cenowa Przedmiot zamówienia -Specyfikacja cenowa Zał nr 1 do SIWZ Grupa 1: gotowe podłoża, testy i odczynniki Podłoża na płytkach petriego o średnicy 90 mm, podłoża w probówkach,testy i odczynniki mikrobiologiczne

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Nowoczesne metody diagnostyczne Diagnostyka laboratoryjna a wprowadzanie nowych metod diagnostycznych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn.

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn. Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn. Narodowy Program Ochrony Antybiotyków na lata 2016-2020 EARS-Net (do 2010

Bardziej szczegółowo

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Strona/ stron 1/8 WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Symbol oznacza metody akredytowane, zawarte w Zakresie

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA

SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Załącznik nr 2 1 PAKIET NR II SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Automatyczny analizator mikrobiologiczny do identyfikacji i oznaczania lekowrażliwości drobnoustrojów na antybiotyki z określeniem wartości

Bardziej szczegółowo

ZAŁĄCZNIK Nr 1. Biologiczny czynnik chorobotwórczy podlegający zgłoszeniu

ZAŁĄCZNIK Nr 1. Biologiczny czynnik chorobotwórczy podlegający zgłoszeniu ZAŁĄCZNIK Nr 1 WYKAZ BIOLOGICZNYCH CZYNNIKÓW CHOROBOTWÓRCZYCH PODLEGAJĄCYCH ZGŁOSZENIU ORAZ OKOLICZNOŚCI DOKONYWANIA ZGŁOSZENIA DODATNICH WYNIKÓW BADAŃ W KIERUNKU BIOLOGICZNYCH CZYNNIKÓW CHOROBOTWÓRCZYCH

Bardziej szczegółowo

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus flavus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym

Bardziej szczegółowo

ZAKAZENIA ZAKLADOWE (SZPITALNE): - RAPORTY ROCZNE DROBNOUSTROJÓW ALARMOWYCH ZA ROK 2005, - OGNISKA ZAKAZEN SZPITALNYCH W LATACH 2001-2005.

ZAKAZENIA ZAKLADOWE (SZPITALNE): - RAPORTY ROCZNE DROBNOUSTROJÓW ALARMOWYCH ZA ROK 2005, - OGNISKA ZAKAZEN SZPITALNYCH W LATACH 2001-2005. ZAKAZENIA ZAKLADOWE (SZPITALNE): - RAPORTY ROCZNE DROBNOUSTROJÓW ALARMOWYCH ZA ROK 2005, - OGNISKA ZAKAZEN SZPITALNYCH W LATACH 2001-2005. lek. med. Maria Szulc WSSE SZCZECIN Wedlug definicji WHO ZAKAZENIE

Bardziej szczegółowo

3. Szczepy wzorcowe TCS

3. Szczepy wzorcowe TCS Nr kat. Nazwa 3. Szczepy wzorcowe TCS Selectrol to liofilizowane na krążkach, mikrobiologiczne szczepy wzorcowe pierwszej generacji. Zgodnie z umową licencyjną z Health Protection Agency Culture Collection

Bardziej szczegółowo

Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy(cpe)

Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy(cpe) Pałeczki jelitowe Enterobacteriaceae wytwarzające karbapenemazy(cpe) w Polsce sytuacja w 206 Autorzy Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej NIL: Dorota Żabicka Katarzyna Bojarska Małgorzata Herda

Bardziej szczegółowo

Patogeny wielooprone (MDRO)

Patogeny wielooprone (MDRO) (MDRO) Badanie prospektywne oceniające przenoszenie patogenów związanych z opieką zdrowotną (wieloopornych szczepów bakterii patogenów alarmowych) za pośrednictwem rąk PACJENTÓW Przenoszenie patogenów

Bardziej szczegółowo

Nazwa i typ aparatu:.. Lp. Opis parametru Kryterium Parametr wymagany

Nazwa i typ aparatu:.. Lp. Opis parametru Kryterium Parametr wymagany Załącznik nr 3. Aparat do detekcji wzrostu drobnoustrojów z krwi i płynów ustrojowych Parametry graniczne. Nazwa i typ aparatu:.. Lp. Opis parametru Kryterium Parametr wymagany Parametr oferowany 1 Hodowla

Bardziej szczegółowo

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn.

Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn. Dane opracowane ze środków finansowych będących w dyspozycji Ministra Zdrowia w ramach realizacji programu polityki zdrowotnej pn. Narodowy Program Ochrony Antybiotyków na lata 2016-2020 W sieci EARS-Net

Bardziej szczegółowo