Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
|
|
- Damian Kubiak
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych jak oporność na leki, syntezę substancji o charakterze antybiotyków (bakteriocyn), toksyn i innych związków. Plazmidy występują w formie kolistych cząsteczek DNA i różnią się między sobą pod względem wielkości oraz liczby kopii w komórce. W inżynierii genetycznej plazmidy wykorzystujemy często jako wektory do przenoszenia DNA pomiędzy komórkami tych samych lub różnych organizmów. Celem ćwiczenia jest izolacja z komórek E. coli plazmidów, które różnią się wielkością oraz liczbą kopii dwoma różnymi metodami. DNA plazmidowe puc19 i puc98 będzie wykorzystywane na kolejnych zajęciach/ Plazmidy: puc19, puc98, pk19mobgii, pbbrmcs-1 (Km R ), pmp Izolacja plazmidowego DNA za pomocą zestawu MINIPREP EXPRESS MATRIX (BIO 101) 5 ml hodowli E. coli zawierającej odpowiedni plazmid inkubować z wytrząsaniem przez noc w temp. 37ºC w płynnym podłożu LB uzupełnionym odpowiednim antybiotykiem w próbówce Eppednorfa odwirować 1,5 ml nocnej hodowli 1 min. przy 14 tys. RPM (UWAGA!!! żeby zwiększyć wydajność izolacji niskokopijnych plazmidów, można odwirować w tej samej próbówce dodatkową 1,5 ml porcję hodowli bakteryjnej) usunąć supernatant odsączając go za pomocą pompki wodnej osad bakteryjny dokładnie zawiesić w 150 l buforu TCG, nie pozostawiające zbitych grudek osadu bakterii dodać 300 l alkalicznego SDS (UWAGA! bufor przygotować na świeżo przed użyciem z 2N NaOH i 10% SDS) i delikatnie wymieszać przez odwracanie dodać 230 l buforu octanowego i delikatnie wymieszać przez odwracanie (powinien być widoczny biały osad) wirować 5 min. supernatant przenieść ostrożnie do nowej próbówki Epp. tak by nie pobrać białego osadu dodać 400 l EXPRESS MATRIX (UWAGA! zawiesinę dokładnie wymieszać przed dodaniem) i zmieszać przez odwracanie ok. 5 razy (DNA plazmidowe wiąże się do złoża silikonowego) wirować 30 sek., usunąć supernatant za pomocą pompki wodnej dodać 500 l 70% etanolu i wymieszać, tak aby cały osad doprowadzić do jednorodnej zawiesiny wirować 30 sek., dokładnie usunąć etanol odsączając za pomocą pompki wodnej osad podsuszyć w SpeedVacu (ok. 5 min) dodać 30 l wody i bardzo dokładnie wymieszać za pomocą końcówki do pipet (UWAGA! dokładne zawieszenie kompleksu złoże-dna zapewnia maksymalną wydajność elucji plazmidowego DNA) wirować 2 min. supernatant zawierający plazmidowe DNA przenieść do nowej próbówki Epp i zamrozić w temp. -20 Materiały bufor TC ph 8.0 Tris-HCl (ph 8.0) EDTA 10 mm 1 mm
2 bufor TCG glukoza Tris-HCl (ph 8.0) EDTA bufor octanowy octan potasu (5M) kwas octowy lodowaty H 2 O dest. 50 mm 25 mm 10 mm 60 ml 11.5 ml 28.5 ml alkaliczny SDS SDS 1% NaOH 0.2 M Przygotowany z 10% SDS i 2M NaOH bezpośrednio przed użyciem, 2. Izolacja plazmidowego DNA metodą Holmsa, Quigley a 5 ml hodowli E. coli zawierającej odpowiedni plazmid inkubować z wytrząsaniem przez noc w temp. 37ºC w płynnym podłożu LB uzupełnionym odpowiednim antybiotykiem w próbówce Eppednorfa odwirować 1,5 ml nocnej hodowli 1 min. przy 14 tys. RPM (UWAGA!!! żeby zwiększyć wydajność izolacji niskokopijnych plazmidów, można odwirować w tej samej próbówce dodatkową 1,5 ml porcję hodowli bakteryjnej) usunąć supernatant odsączając go za pomocą pompki wodnej osad bakteryjny bardzo dokładnie zawiesić w 350 l buforu STET, nie pozostawiające zbitych grudek bakterii (UWAGA bufor STET bardzo się pieni, należy pipetować go bardzo delikatnie) dodać 25 l lizozymu o stęż. 10 mg/ml, zamieszać końcówką pipety mieszankę umieścić we wrzącej łaźni wodnej na 40 sekund i natychmiast odwirować 10 min. supernatant przenieść ostrożnie do nowej próbówki Epp. tak by nie pobrać osadu z próbówki dodać 0,6 objętości izopropanolu, bardzo dokładnie wywieszać przez odwracanie wirować 15 min, supernatant delikatnie odsączyć za pomocą pompki próżniowej, a osad wypłukać 0,5 ml 70% etanolu, odwirować 5 min, supernatant delikatnie odsączyć za pomocą pompki próżniowej osad podsuszyć w SpeedVacu (ok. 5 min), a następnie rozpuścić w 20 l buforu TC + RNaza 20 g/ml) zamrozić w temp. -20 Bufor STET NaCl 0.1 M Tris HCl ph mm EDTA ph mm Triton X % bufor TC+RNaza Bufor TC + RNaza 20 g/ml
3 Ćwiczenie 2 Izolacja całkowitego DNA z bakterii Metody rozdziału DNA w żelach agarozowych Celem ćwiczenia jest izolacja genomowego (całkowitego DNA) bakterii oraz rozdział elektroforetyczny próbek genomowego DNA oraz plazmidowego DNA wyizolowanego na poprzednich zajęciach i porównanie obrazu elektroforetycznego. W przypadku rozdziału plazmidowego DNA należy zaobserwować zależność drogi migracji od wielkości cząsteczki plazmidu, obecność form konformacyjnych, ilości i jakości DNA, zależnie od zastosowanej metody izolacji plazmidu A) Izolacja genowego DNA za pomocą zestawu Genomic DNA Prep Plus Zasada działania zestawu do izolacji genomowego DNA opiera się (podobnie jak w przypadku plazmidu) na zdolności wiązania się DNA do złóż krzemionkowych w buforach o wysokiej sile jonowej. Komórki bakterii poddawane są lizie w uniwersalnym buforze lizującym (LT), zawierającym sole i detergenty niejonowe. Dodatkowo w procesie lizy uczestniczy silna proteaza (Proteinaza K). W tych warunkach dochodzi do lizy komórek i degradacji wszystkich białek. Następnie mieszanina nanoszona jest na minikolumnę ze specjalnym złożem krzemionkowym. DNA przechodząc przez złoże osiada na nim, zaś zanieczyszczenia zostają wypłukane z kolumny buforem A1 zawierającym 96% etanol. Oczyszczone DNA wymywane jest z kolumny niskojonowymi buforami np. buforem TC lub wodą. Stopień oczyszczenia DNA pozwala na jego wykorzystanie w analizie restrykcyjnej i PCR. Protokół izolacji genomowego DNA 1. W próbówce Eppendorfa odwirować ml (zależnie od gęstości) hodowli bakteryjnej (5 min./ 14 tys. RPM) 2. Osad zawiesić w 100 l buforu TE 3. Dodać 200l uniwersalnego buforu lizującego LT 4. Dodać 20 l roztworu Proteinazy K 5. Całość wymieszać i inkubować 20 min w temp. 37ºC 6. Przenieść próbówkę do 75ºC i inkubować przez 5 min. 7. Próbówkę intensywnie wytrząsać np. na worteksie przez 20 sek. 8. Wirować przez 5 min (15 tys. RPM) 9. Pobrać supernatant i nanieść na minikolumnę do czyszczenia genomowego DNA 10. Kolumnę umieścić nowej próbówce, a następnie wirować 1 min. (15 tys. RPM) 11. Wyjąc minikolumnę wraz z próbówką i dodać do kolumny 500 l r-ru płuczącego A1 12. Wirować 1 min przy 15 tys. RPM 13. Kolumnę umieścić nowej próbówce i dodać do kolumny 400 l r-ru płuczącego A1 14. Wirować 1 min przy 15 tys. RPM 15. Osuszoną kolumnę umieścić w nowej próbówce i do złoża znajdującego się na dnie kolumny dodać 30 l wody dejonizowanej. 16. Inkubować próbówkę przez 5 min. w temp. pokojowej 17. Kolumnę umieścić nowej próbówce i wirować 1 min przy 15 tys. RPM 18. Minikolumnę usunąć a oczyszczone DNA znajdujące się w eluacie zamrozić w -20ºC. 19. Sprawdzić ilość wyizolowanego DNA przez elektroforezę w żelu agarozowym. B) Elektroforeza agarozowa DNA Elektroforeza w żelach agarozowych i poliakrylamidowych jest techniką używaną do rozdziału, oznaczania i oczyszczania kwasów nukleinowych. Rozdział polega na migracji rozdzielanych substancji pod wpływem przyłożonego prądu elektrycznego. W obojętnym ph DNA ma ładunek ujemny i wędruje do anody. Stosowane techniki różnią się od siebie zdolnością rozdzielczą i zakresem rozdziału. Przygotowanie żelu agarozowego przygotować 100 ml 0,7% żelu agarozowego w buforze elektroforetycznym 1X stęż. TBE. Rozpuścić agarozę we wrzącej łaźni wodnej i gotować jeszcze przez co najmniej 10 min.
4 ostudzić żel do temp. ok. 60ºC i wylać żel do rynienki tak aby ustawiony nad nią grzebień został zanurzony w żelu i spowodował powstanie studzienek po zastygnięciu żelu (minimum 30 min) wyjąć grzebień i napełnić aparat buforem 1X stęż. TBE do wysokości 5 mm nad powierzchnię żelu Przygotowanie próbek DNA Do sprawdzenia ilości wyizolowanego DNA używany jest zwykle niewielka ilość (kilka l) uzyskanego w trakcie izolacji roztworu DNA. Dla zwiększenia objętości i ograniczenia strat przy nakładaniu do próbki dodajemy kilka l buforu TC lub wody. Do tak przygotowanej próbki dodajemy 6x stężonego buforu obciążającego (do końcowego stężenia 1X). Bufor obciążający służy do zagęszczenia próbki DNA tak by umożliwić jej nałożenie do studzienki w żelu. Bufor obciążający zawiera jeden lub dwa barwniki do elektroforezy tj. ksylen cyjanol (0,25%) i błękit bromofenolowy (0,25%) oraz 40% sacharozę lub 30% glicerol. Barwniki elektroforetyczne mirują w żelu razem z cząsteczkami DNA. Błękit bromofenolowy migruje ok. 2,2 razy szybciej niż ksylen cyjanol. Szybkość migracji błękitu bromofenolowego odpowiada szybkości migracji liniowej cząsteczki dsdna (dwuniciowe DNA) o wielkości 300pz, podczas gdy ksylen cyjanol migruje z szybkością równą fragmentom dsdna o wielkości 4000pz. UWAGA!!! próbki DNA do elektroforezy przygotowujemy w nowych próbówkach Epp, pozostałą część przechowujemy do dalszych oznaczeń. Całość przygotowanej próbki nakładamy na żel. włączyć zasilanie ze stabilizatora prądu do aparatu do elektroforezy, dla uzyskanie optymalnego rozdziału napięcie powinno wynosić ok. 5V/cm odległości pomiędzy elektrodami aparatu do elektroforezy (w naszym przypadku ok. 120V) prowadzić elektroforezę aż do momentu kiedy barwnik osiągnie 3/4 długości żelu wyłączyć zasilanie, wyjąć żel wraz z rynienką i umieścić w wanience zawierającej wodny roztwór bromku etydyny (0,5 mg/ml) barwić żel co najmniej min. podświetlić żel lampą UV i obserwować powstałe prążki DNA. Zaobserwować odmienną ruchliwość elektroforetyczną różnych form DNA plazmidowego i genomowego. UWAGA!!! Bromek etydyny jest silnym mutagenem - stosować rękawiczki i unikać bezpośredniego kontaktu roztworu bromku etydyny ze skórą Materiały bufor TBE-1 x stężony (Tris-boranowy) Tris base 10,8 g kwas borowy 5,5 g 0.5M EDTA ph ml H 2 O dest. do 1000 ml bufor obciążający błękit bromofenolowy 0,25% sacharoza 40%
5 Charakterystyka DNA: oznaczanie stężenia, ciężaru cząsteczkowego i form konformacyjnych DNA przez elektroforezę w żelu agarozowym. Elektroforeza w żelach agarozowych i poliakrylamidowych jest techniką używaną do rozdziału, oznaczania i oczyszczania kwasów nukleinowych i białek. Rozdział polega na migracji rozdzielanych substancji pod wpływem przyłożonego prądu elektrycznego. W obojętnym ph DNA ma ładunek ujemny i wędruje do anody. Stosowane techniki różnią się od siebie zdolnością rozdzielczą i zakresem rozdziału. Żele poliakrylamidowe są najbardziej efektywne, rozdzielają cząsteczki DNA o wielkości od 5 do 500 pz, a w pewnych warunkach można rozdzielić fragmenty DNA różniące się jednym nukleotydem. Można również rozdzielić dwa łańcuchy DNA o takiej samej długości jeśli różnią się one sekwencją nukleotydów. W żelach agarozowych można rozdzielić fragmenty od 200pz do 50000pz, ale ich zdolność rozdzielcza jest niższa. W elektroforezie w żelach agarozowych szybkość migracji liniowych cząstek DNA jest odwrotnie proporcjonalna do log 10 z ilości par zasad. Duże cząsteczki migrują wolniej, gdyż większa jest siła tarcia podczas migracji. Liniowe cząsteczki DNA zostają zorientowane przez pole elektryczne i migrują równolegle do lini pola. Na szybkość migracji fragmentów w żelu wpływa: wielkość fragmentów DNA - mniejsze fragmenty wędrują szybciej stężenie żelu: -wzrost stężenia żelu obniża szybkość migracji -wzrost stężenia żelu wpływa również na zakres rozdziału cząsteczek DNA Stężenie żelu Wielkość fragmentów efektywnie rozdzielanych 0,3% 5-60kpz 0,6% 1-20kpz 0,9% 0,5-7kpz 1,2% 0,4-6kpz 1,5% 0,2-3kpz 2% 0,1-2kpz konformacja DNA 3 formy konformacyjne plazmidowego DNA, superspiralna kolista (CCC), otwarta kolista (OC) i liniowa (L) wędrują przez żel z różną szybkością. Zwykle najszybciej wędruje forma CCC, następnie forma L, a najwolniej forma OC. Czasami jednak w zależności od stężenia żelu, wartości przyłożonego prądu i siły jonowej buforu forma liniowa wyprzedza formę CCC. By określić który prążek jest cząsteczką DNA o formie CCC można przeprowadzić doświadczenie polegające na elektroforezie próbki w żelach zawierających różne stężenia bromku etydyny (EtBr). Bromek etydyny rozwija superspiralne skręty DNA i powoduje, że forma CCC migruje wolniej. napięcie prądu Przy niskich napięciach szybkość migracji jest proporcjonalna do przyłożonego napięcia. Jeśli napięcie wzrasta to szybkość migracji cząstek DNA wzrasta w zależności od wielkości. Najlepsze rozdziały elektoforetyczne są otrzymywane przy zastosowaniu prądu ok. 5V/cm odległości pomiędzy elektrodami. Żele agarozowe używane są zwykle do horyzontalnej elektroforezy zanurzeniowej określanej jako "submarine electrophoresis", gdyż żel jest całkowicie zatopiony w buforze w którym wykonywana jest elektroforeza. Używane są trzy rodzaje buforów: boranowy (Tris Borate Electrophoretic buffer - TBE) octanowy (Tris Acetate Electrophoretic buffer - TAE) fosforanowy (Tris Phosphate Electrophoretic buffer - TPE) Bufory różnią się siłą jonową i pojemnością buforową. Najczęściej używany jest bufor boranowy-tbe. Przygotowany 10x stężony roztwór wyjściowy jest rozcieńczany do roztworu roboczego (1x) przed przygotowaniem żelu. Przygotowanie żelu.
6 Żele agarozowe są przygotowywane na płytkach szklanych lub w tzw. rynienkach. Przed wylaniem żelu na rynienkę należy zakleić plastrem jej boczne krawędzie lub umieścić rynienkę w aparacie do wylewania żeli. Objętość przygotowanego żelu zależy od pojemności płytki. W celu przygotowania żelu należy do odważonej agarozy dodać odpowiednią objętość buforu do elektroforezy np. TBE. Taką zawiesinę należy gotować do całkowitego rozpuszczenia agarozy, a następnie ochłodzić do temperatury ok. 45C. Żel wylać na uprzednio przygotowaną płytkę szklaną lub rynienkę i ustawić grzebień. Grzebień powinien być ustawiony równolegle do krawędzi żelu, a jego zęby powinny się znajdować w odległości ok. 0,5-1 mm od dolnej powierzchni. Żel krzepnie ok. 20 min. w zależności od temperatury otoczenia. Żele zawierające mniej niż 0,7% agarozy są przygotowywane w chłodni w temperaturze 4C. Po zastygnięciu żelu należy ostrożnie wyjąć grzebień przytrzymując delikatnie powierzchnię żelu. Przygotowany żel należy umieścić w aparacie do elektroforezy i zalać buforem 1 x TBE. Przygotowanie próbek DNA. Do sprawdzenia ilości wyizolowanego DNA używany jest zwykle 1l roztworu DNA. Dla zwiększenia objętości i ograniczenia strat przy nakładaniu do próbki dodajemy 4l buforu TC lub wody. Do tak przygotowanej próbki dodajemy 1l 6x stężonego buforu obciążającego. Bufor obciążający służy do zagęszczenia próbki DNA tak by umożliwić jej nałożenie do studzienki w żelu. Bufor obciążający zawiera jeden lub dwa barwniki do elektroforezy tj. ksylen cyjanol (0,25%) i błękit bromofenolowy (0,25%) oraz 40% sacharozę lub 30% glicerol. Barwniki elektroforetyczne migrują w żelu razem z cząsteczkami DNA. Błękit bromofenolowy migruje ok. 2,2 razy szybciej niż ksylen cyjanol. Szybkość migracji błękitu bromofenolowego odpowiada szybkości migracji liniowej cząsteczki dsdna (dwuniciowe DNA) o wielkości 300pz, podczas gdy ksylen cyjanol migruje z szybkością równą fragmentom dsdna o wielkości 4000pz. Po nałożeniu próbek na żel i podłączeniu do zasilacza ustawiamy napięcie na ok V. Elektroforezę prowadzimy do momentu, gdy błękit bromofenolowy osiągnie 3/4 długości żelu. Po odłączeniu napięcia żel przenosimy do naczynia zawierającego roztwór bromku etydyny. Bromek etydyny jest silnym mutagenem, dlatego czynności te należy wykonywać w rękawiczkach. Bromek etydyny Bromek etydyny jako barwnik akrydynowy wnika pomiędzy nici DNA specyficznie wybarwiając żel. Po oświetleniu żelu lampą UV 260 nm DNA świeci na czerwono. Również niezwiązany z DNA bromek świeci na czerwono. Dla odpłukania niespecyficznie związanego z żelem bromku, żel zostawiamy na kilka godzin w wodzie destylowanej. Czasami bromek etydyny jest dodawany bezpośrednio do żelu. W czasie elektroforezy bromek wędruje w przeciwnym kierunku niż DNA i jest usuwany z żelu wybarwiając specyficznie DNA.
7 Elektroforeza w zmiennym polu elektrycznym W elektroforezie w żelu agarozowym można rozdzielić efektywnie fragmenty DNA o wielkości do kilkudziesięciu tysięcy par zasad. Rozdziały takie można uzyskać w niskoprocentowych żelach (0,2%-0,35%), ale takie żele są bardzo nietrwałe i wymagają specjalnej obróbki. Rozdział dużych fragmentów rzędu kilkuset kpz uzyskuje się przez elektroforezę w zmiennym polu elektrycznym. Duże cząsteczki DNA są uwięzione w żelu i przy zmianie biegunów pola elektrycznego duże fragmenty wymagają dłuższego czasu na zmianę orientacji podczas, gdy krótsze fragmenty szybciej zmieniają orientację i szybciej migrują. W oryginalnie opisanej metodzie uzyskano rozdziały fragmentów o wielkości 2Mpz (mega par zasad), a dalsze usprawnienia metody umożliwiają rozdział 5Mpz DNA.
8 Ćwiczenie 4 Zastosowanie enzymów restrykcyjnych do konstrukcji mapy fizycznej DNA Celem ćwiczenia jest konstrukcja mapy fizycznej wstawki plazmidu puc98 przy użyciu enzymów restrykcyjnych. W trakcie ćwiczeń studenci przygotowują reakcje trawienia DNA pojedynczymi enzymami restrykcyjnymi i kombinacjami enzymów podwójnych, a następnie oznaczają wielkości fragmentów restrykcyjnych w oparciu o ruchliwość elektroforetyczną w żelu agarozowym i porównanie drogi migracji fragmentów DNA z markerami wielkości. Na tej podstawie konstruowana jest mapa restrykcyjna wstawki plazmidu puc98. Przygotowanie reakcji trawienia plazmidowego DNA enzymami restrykcyjnymi UWAGA!!! Enzymy restrykcyjne należy trzymać w lodzie!!!! Ważna jest kolejność dodawania składników mieszaniny: H 2 O, DNA, bufor, enzym!!! A) trawienia pojedynczymi enzymami UWAGA!!! końcowa objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 15µl puc98 EcoRI puc98 HindIII puc98 PstI 1,5 µl bufor EcoRI 1,5 µl enzym EcoRI 1,5 µl bufor HindIII 1,5 µl enzym HindIII 1,5 µl bufor PstI 1,5 µl enzym PstI końcowej 15 µl końcowej 15 µl końcowej 15 µl B) Trawienie podwójnymi kombinacjami enzymów restrykcyjnych UWAGA!!! końcowa objętość mieszaniny reakcyjnej wynosi 20µl puc98 EcoRI/HindIII puc98 EcoRI/PstI puc98 HindIII/PstI 1 µl bufor EcoRI 1 µl bufor HindIII 1 µl enzym EcoRI 1 µl enzym HindIII 1 µl bufor EcoRI 1 µl bufor PstI 1 µl enzym EcoRI 1 µl enzym PstI 1 µl bufor PstI 1 µl bufor HindIII 1 µl enzym PstI 1 µl enzym HindIII końcowej 20 µl końcowej 20 µl końcowej 20 µl Przygotowane mieszaniny reakcyjne wymieszać, krótko zwirować i inkubować w temp. 37ºC. W międzyczasie przygotować 1% żel agarozowy, rozpuścić, wylać do rynienki z ustawionym grzebieniem. Po zastygnięciu grzebień usunąć, a żel umieścić w aparacie do elektroforezy i zalać 1x stężonym buforem TBE. Po zakończeniu inkubacji mieszaniny reakcyjne krótko zwirować, do każdej dodać 2 µl buforu próbkowego i całość nanieść do studzienek w żelu. UWAGA!!! do pierwszej studzienki w żelu nanieść marker wielkości DNA (trawione enzymami EcoRI i HindIII DNA bakteriofaga λ lub marker typu drabinka). Prowadzić rozdział elektroforetyczny do momentu osiągnięcia przez barwnik 3/4 długości żelu. Po tym czasie żel wybarwić w roztworze bromku etydyny, obejrzeć w świetle UV i poddać obraz analizie w celu ustalenia wielkości fragmentów restrykcyjnych.
9 Wielkości fragmentów w ścieżkach podawane są od najmniejszych: Marker wielkości EcoRI/HindIII 2. Trawienie EcoRI 5200 pz 3. Trawienie HindIII 5200 pz 4. Trawienie PstI 812 pz, 1080 pz, 3330 pz 5. Trawienie Eco-Hind: 2600, 2600 (Uwaga: dwa fragmenty niemal jednakowej wielkości, stąd na żelu widoczny jeden intensywnie świecący prążek) 6. Trawienie Eco-Pst: 812 pz, 1080 pz, 3330 pz 7. Trawienie Pst-Hind pz, 812 pz, 1080 pz, 2700 pz
10 Ćwiczenie 5 Konstrukcja map restrykcyjnych - zadania 1. Kolisty plazmid trawiono restryktazami. Następujące fragmenty zostały zidentyfikowane w żelu agarozowym po cięciu poszczególnymi enzymami: a. EcoRI: 7.0 kpz b. SalI: 7.0 kpz c. HindIII: 4.0, 2.0, 1.0 kpz d. SalI + HindIII: 2.5, 2.0, 1.5, 1.0 kpz e. EcoRI + HindIII: 4.0, 2.0, 0.6, 0.4 kpz f. EcoRI + SalI: 2.9, 4.1 kpz Narysuj mapę restrykcyjną plazmidu. 2. Wektor plazmidowy pbs281 został pocięty enzymem BamHI (G^GATCC), który rozpoznaje tylko jedno miejsce w tej cząsteczce. Genomowe DNA człowieka zostało natomiast pocięte enzymem MboI (^GATC), dla którego w DNA człowieka występuje wiele miejsc restrykcyjnych. Pocięte cząsteczki zostały ze sobą zligowane. Rozpatrujemy tylko te cząsteczki, które powstały z ligacji plazmidu i fragmentu genomowego DNA. Odpowiedz na poniższe pytania: a. Jaka część cząsteczek może zostać przecięta enzymem MboI? b. Jaka część powstałych cząsteczek może zostać przecięta enzymem BamHI? c. Jaka część cząsteczek może zostać przecięta enzymem XorII (C^GATCG)? 3. Dane są różne enzymy restrykcyjne wraz z rozpoznawaną sekwencją i zaznaczonym miejscem cięcia. Określ jaki rodzaj końców jest uzyskiwany przy cięciu danym enzymem (lepkie, tępe) a w przypadku końców lepkich, z jakiego rodzaju nadmiernością mamy do czynienia? a. BamHI (G^GATCC) b. KpnI (GGTAC^C) c. SmaI (CCC^GGG) 4. Około 60% par zasad w ludzkim DNA stanowi AT. Jeśli ludzki genom ma 3 miliardy par zasad, ile razy w genomie wystąpią w przybliżeniu miejsca restrykcyjne dla poniższych enzymów? BamHI (miejsce restrykcyjne 5 -GGATCC-3 ) EcoRI (miejsce restrykcyjne 5 -GAATTC-3 ) HaeIII (miejsce restrykcyjne 5 -GGCC-3 ) TaqI (miejsce restrykcyjne 5 -TCGA-3 ) HindIII (miejsce restrykcyjne 5 -AAGCTT-3 ) PstI (miejsce restrykcyjne 5 -CTGCAG-3 ) SmaI (miejsce restrykcyjne 5 -CCCGGG-3 ) XbaI (miejsce restrykcyjne 5 -TCTAGA-3 ) AscI (miejsce restrykcyjne 5 -GGCGCGCC-3 ) 5. Fragment ludzkiego DNA z miejscem EcoRI na jednym końcu i HindIII na drugim końcu został wyznakowany 32 P na końcu EcoRI. Cząsteczka ta została częściowo strawiona innymi enzymami restrykcyjnymi: HhaI lub Sau3A i rozdzielona elektroforetycznie. Autoradiogram tego żelu: HhaI: 1.83; 1.41; 1.32; 0.39; 0.13 kb Sau3A: 1.83; 1.57; 0.93; 0.58; 0.48; 0.24 kb Nakreśl mapę restrykcyjną tego fragmentu.
11 6. Jak wiele fragmentów restrykcyjnych uzyskamy tnąc genomowe DNA człowieka poszczególnymi enzymami?: Sau3A (^GATC) BamHI (G^GATCC) SfiI (GGCCNNNN^NGGCC) Przyjmujemy, że wielkość genomu człowieka to 3x10 9 pz, a poszczególne pary zasad występują z częstością 50%. 7. Mamy liniowy fragment DNA długości 14.7 kpz.. Zawiera on miejsca restrykcyjne dla enzymów BamHI, EcoRI, HindIII. B E H B E -----I----I I I----I ,4 3,5 3 0,8 4 Lewy koniec fragmentu został wyznakowany 32 P. Jakie prążki wyznakowane radioaktywnie zaobserwujemy przy całkowitym cięciu poszczególnymi enzymami? Jakie prążki wyznakowane radioaktywnie zaobserwujemy przy niecałkowitym trawieniu poszczególnymi enzymami?
Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii
Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych, jak oporność na leki, syntezę substancji
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoPolimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość
Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowobi ~ Zestaw dydal<tyczny umożliwiający przeprowadzenie izolacji genomowego DNA z bakterii EasyLation Genomie DNA INSTRUI<CJA DLA STUDENTÓW
Zestaw dydaktyczny EasyLation Genomie DNA Nr kat. DY80 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw dydal
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoGenomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616
Genomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616 10 izolacji Nr kat. 995-10 Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 500 µg 1 Skład zestawu Składnik Ilość Temp. Przechowywania Kolumny
Bardziej szczegółowoGel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617
Gel-Out Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 023-50, 023-250 Pojemność kolumny do izolacji DNA - do 20 µg DNA, minimalna pojemność - 2 µg DNA (przy zawartości
Bardziej szczegółowoNovabeads Food DNA Kit
Novabeads Food DNA Kit Novabeads Food DNA Kit jest nowej generacji narzędziem w technikach biologii molekularnej, umożliwiającym izolację DNA z produktów spożywczych wysoko przetworzonych. Metoda oparta
Bardziej szczegółowoGenomic Midi AX. 20 izolacji
Genomic Midi AX Uniwersalny zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0517 20 izolacji Nr kat. 895-20 Pojemność kolumny do oczyszczania
Bardziej szczegółowoGenomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215
Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215 20 izolacji Nr kat. 895-20D Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 100 µg 1 Skład zestawu Składnik
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, Warszawa. Zakład Biologii Molekularnej
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa 1 Ćwiczenie 1 Izolacja oraz
Bardziej szczegółowoGenomic Maxi AX Direct
Genomic Maxi AX Direct Uniwersalny zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. Procedura bez etapu precypitacji. wersja 0517 10 izolacji Nr kat. 995-10D Pojemność kolumny
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych Nr kat. EM08 Wersja zestawu: 1.2014 www.dnagdansk.com 2 Nr kat. EM08 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA GEL OUT przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu
Bardziej szczegółowoSubDNA. Zestaw do elektroforezy horyzontalnej w żelu agarozowym z chłodzeniem* Instrukcja Obsługi
* SubDNA Zestaw do elektroforezy horyzontalnej w żelu agarozowym z chłodzeniem* Instrukcja Obsługi Numer katalogowy: 130-100 Numer katalogowy: 131-100* Aby uzys k ać pomoc techniczną (+48) 22 668 71 47
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych. Nr kat. EM08 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych Nr kat. EM08 Wersja zestawu: 1.2012 www.dnagdansk.com Nr kat. EM08 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA GEL OUT przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej
Bardziej szczegółowoZestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych. Nr kat. EM03 Wersja zestawu:
Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych Nr kat. EM03 Wersja zestawu: 1.2012 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA CLEAN-UP przeznaczony jest do szybkiego i wydajnego oczyszczania
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoGenomic Mini. 50 izolacji, 250 izolacji. Uniwersalny zestaw do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. wersja Nr kat.
Genomic Mini Uniwersalny zestaw do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. wersja 0517 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 116-50, 116-250 Zestaw do izolacji DNA z tkanek, bakterii, hodowli komórkowych.
Bardziej szczegółowoGenomic Mini AX Bacteria+ Spin
Genomic Mini AX Bacteria+ Spin Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z bakterii Gram-dodatnich. wersja 1017 100 izolacji Nr kat. 060-100MS Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji plazmidowego DNA
Nr kat. EM01 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji plazmidowego DNA EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM01 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Kit
E.coli Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli. Metoda chemiczna. wersja 1117 6 x 40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników
Bardziej szczegółowoSaccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna.
Saccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna. wersja 0916 6 x 20 transformacji Nr kat. 4010-120 Zestaw zawiera
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli
E.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli Wersja 0211 6x40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników do przygotowania sześciu
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Agarose-Out DNA Purification Kit
Wersja zestawu 7.1 Kwiecień 2019 GeneMATRIX Agarose-Out DNA Purification Kit Uniwersalny zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych kat. nr. E3540 EURx Ltd. 80-297 Gdansk Poland ul. Przyrodnikow 3, NIP
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoZestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych
Nr kat. EM07 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM07 I. PRZEZNACZENIE
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji totalnego DNA z bakterii. Nr kat. EM02 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji totalnego DNA z bakterii Nr kat. EM02 Wersja zestawu: 1.2012 Nr kat. EM02 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA BACTERIA przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej izolacji bakteryjnego
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej
Nr kat. EM05 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM05 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji genomowego DNA z bakterii
Nr kat. EM02 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji genomowego DNA z bakterii EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM02 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji plazmidowego DNA. Nr kat. EM01 Wersja zestawu:
Zestaw do izolacji plazmidowego DNA Nr kat. EM01 Wersja zestawu: 1.2012 www.dnagdansk.com Nr kat. EM01 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME PLASMID DNA przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej izolacji
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza
Bardziej szczegółowoSherlock AX. 25 izolacji, 100 izolacji
Sherlock AX Zestaw do izolacji genomowego DNA z materiałów o jego śladowej zawartości (plamy krwi, nasienia i śliny, włosy i sierść, tkanki zakonserwowane w parafinie i formalinie, tkanki świeże, krew
Bardziej szczegółowoGenomic Mini AX Milk Spin
Genomic Mini AX Milk Spin Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z próbek mleka. wersja 1017 100 izolacji Nr kat. 059-100S Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 15 μg. Produkt
Bardziej szczegółowoGenomic Mini AX Plant Spin
Genomic Mini AX Plant Spin Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z materiału roślinnego. wersja 1017 100 izolacji Nr kat. 050-100S Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 15 μg.
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoPlasmid Mini. 50 izolacji, 250 izolacji. Zestaw do izolacji plazmidów wysokokopijnych wersja Nr kat ,
Plasmid Mini Zestaw do izolacji plazmidów wysokokopijnych wersja 1016 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 020-50, 020-250 Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 20 µg. 1 Skład zestawu Składnik 50 izolacji
Bardziej szczegółowoZestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP
2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA
Ćwiczenia 2-4 KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest podstawową techniką biologii molekularnej umożliwiającą powielenie określonego fragmentu DNA (najczęściej genu) w komórkach gospodarza np. bakteriach Escherichia
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej
DNA BLOOD KIT Nr kat. EM05 Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej DNA BLOOD KIT www.dnagdansk.com Nr kat. EM05 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA BLOOD przeznaczony
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji totalnego DNA z drożdży
DNA YEAST KIT Nr kat. EM10 Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do izolacji totalnego DNA z drożdży EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. DNA YEAST KIT I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO
ĆWICZENIE 3 DGGE- ELEKTROFOREZA W ŻELU Z GRADIENTEM CZYNNIKA DENATURUJĄCEGO CZĘŚĆ TEORETYCZNA Metody badań i cechy w oparciu o które przeprowadzana jest klasyfikacja i identyfikacja mikroorganizmówh Struktura
Bardziej szczegółowoZestaw przeznaczony jest do całkowitej izolacji RNA z bakterii, drożdży, hodowli komórkowych, tkanek oraz krwi świeżej (nie mrożonej).
Total RNA Mini Plus Zestaw do izolacji całkowitego RNA. Procedura izolacji nie wymaga użycia chloroformu wersja 0517 25 izolacji, 100 izolacji Nr kat. 036-25, 036-100 Zestaw przeznaczony jest do całkowitej
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Cell Culture DNA Purification Kit
Wersja zestawu 3.3 Kwiecień 2019 GeneMATRIX Cell Culture DNA Purification Kit Zestaw do izolacji DNA z kultur komórek ludzkich i zwierzęcych kat. nr. E3555 EURx Ltd. 80-297 Gdansk Poland ul. Przyrodnikow
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Ćwiczenie 3 Izolacja i rozdział
Bardziej szczegółowoIzolowanie DNA i RNA z komórek hodowlanych. Ocena jakości uzyskanego materiału
II ROK KIERUNEK WETERYNARIA UJCM INSTRUKCJA DO ĆWICZEŃ LABORATORYJNYCH VIII Izolowanie DNA i RNA z komórek hodowlanych. Ocena jakości uzyskanego materiału 2013/2014 2 ĆWICZENIE VIII Preparatyka całkowitego
Bardziej szczegółowoPathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika
PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika Spis treści 1. Zawartość 2 1.1 Składniki zestawu 2 2. Opis produktu 2 2.1 Założenia metody 2 2.2 Instrukcja 2 2.3 Specyfikacja
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna ĆWICZENIE I PREPARATYKA RNA
Biologia Molekularna ĆWICZENIE I PREPARATYKA RNA ĆWICZENIE I (RNA) W komórkach występują trzy główne rodzaje RNA: mrna, trna, rrna. Największą pulę RNA stanowi rrna kodujące podjednostki rybosomów (u Eukariota
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Basic DNA Purification Kit
Wersja zestawu 2.2 Sierpień 2019 GeneMATRIX Basic DNA Purification Kit 3 in 1: For Agarose, Plasmid and PCR/DNA Clean-Up Uniwersalny zestaw do oczyszczania produktów PCR / DNA po obróbce enzymatycznej,
Bardziej szczegółowoumożliwiający wyl<rywanie oporności na HIV przy użyciu
Zestaw dydaktyczny Nr kat. OY255 Wersja zestawu: 1.2015 Zestaw dydaktyczny umożliwiający wyl
Bardziej szczegółowoPrzynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!)
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ======================================================== Ćwiczenie 2
Bardziej szczegółowoTotal RNA Zol-Out. 25 izolacji, 100 izolacji
Total RNA Zol-Out Zestaw do szybkiej izolacji ultraczystego, całkowitego RNA z odczynników opartych na mieszaninie fenolu oraz rodanku lub chlorowodorku guanidyny (TRIzol, TRI Reagent, RNAzol, QIAzol,
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży
Nr kat. EM10 Wersja: 1.2018 Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.blirt.eu 2 Nr kat. EM10 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży
Nr kat. EM10 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA YEAST przeznaczony
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit
GeneMATRI Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit Uniwersalny zestaw do oczyszczania DNA z bakterii Gram +, Gram - oraz drożdży kat. nr E3580 Wersja zestawu 1.1 Wrzesień, 2008 Uwaga: Minikolumny
Bardziej szczegółowoTechniki molekularne ćw. 1 1 z 6
Techniki molekularne ćw. 1 1 z 6 Instrukcja do ćwiczeń Nr 1. Temat: Izolacja całkowitego DNA z tkanki ssaczej metodą wiązania DNA do kolumny krzemionkowej oraz spektrofotometryczna ocena jego czystości
Bardziej szczegółowoZestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych
Cat. No. EM07.1 Wersja: 1.2017 NOWA WERSJA Zestaw do oczyszczania DNA po reakcjach enzymatycznych EXTRACTME jest zarejestrowanym znakiem towarowym BLIRT S.A. www.blirt.eu Nr kat. EM07.1 I. PRZEZNACZENIE
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia. Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2012
Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2012 www.dnagdansk.com Nr kat. EM06 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA SWAB & SEMEN przeznaczony jest do szybkiej
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 5 MECHANIZMY PROMUJĄCE WZROST ROŚLIN
ĆWICZENIE 5 MECHANIZMY PROMUJĄCE WZROST ROŚLIN CZĘŚĆ TEORETYCZNA Mechanizmy promujące wzrost rośli (PGP) Metody badań PGP CZĘŚĆ PRAKTYCZNA 1. Mechanizmy promujące wzrost roślin. Odczyt. a) Wytwarzanie
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11
PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Bardziej szczegółowoKOMETA DNA. Zestaw do elektroforezy horyzontalnej typu Commet assay (na 10 lub 20 preparatów) Instrukcja Obsługi
KOMETA DNA Zestaw do elektroforezy horyzontalnej typu Commet assay (na 10 lub 20 preparatów) Instrukcja Obsługi Numer katalogowy: 134-190 (10 preparatów) 134-196 (20 preparatów) Aby uzys k ać pomoc techniczną
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowoObsługa pipet automatycznych. 2,0 μl 10,0 μl 20,0 μl 20 μl 100 μl 200 μl
Obsługa pipet automatycznych Pipeta 2-2 μl Pipeta 2-2 μl 1 2 1 2 2 2 2, μl 1, μl 2, μl 2 μl 1 μl 2 μl Obsługa pipet automatycznych Pipeta 1-1 μl 1 5 5 1 1 μl 55 μl 1 μl W probówce A i B są plazmidy: jeden
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia
Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM06 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Farmacja 2016
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Farmacja 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa farmacjamolekularna@wum.edu.pl
Bardziej szczegółowoPlasmid Mini AX Gravity
!"# Plasmid Mini AX Gravity zestaw do izolacji ultraczystego plazmidowego DNA (plazmidy wysokokopijne) wersja 0515/I 100 izolacji Nr kat. 015-100 1 Skład zestawu Składnik Ilość Temp. Przechowywania Kolumny
Bardziej szczegółowoPlan ćwiczeń wykonywanych w ramach Pracowni Biologii Molekularnej, część II Ekspresja i oczyszczanie białek.
Pracownia Biologii Molekularnej Część II Plan ćwiczeń wykonywanych w ramach Pracowni Biologii Molekularnej, część II Ekspresja i oczyszczanie białek. Spis treści 1 I spotkanie: Ekspresja białka w komórkach
Bardziej szczegółowoPrzedmiot: Katedra Biologii Molekularnej
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoZestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0217
Plasmid Maxi AX Sil Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0217 2 izolacje Nr kat. 093-02S Pojemność kolumny do oczyszczania
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowoGenomic Micro AX Swab Gravity Plus
Genomic Micro AX Swab Gravity Plus Zestaw do izolacji genomowego DNA z wymazów metodą grawitacyjną. W skład zestawu wchodzą wymazówki. wersja 0517 100 izolacji Nr kat. 105-100P Pojemność kolumny do oczyszczania
Bardziej szczegółowo2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*
Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56
Bardziej szczegółowoInstrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia
1 Zakład Mikrobiologii UJK Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia 2 Zakład Mikrobiologii UJK Zakres materiału
Bardziej szczegółowoZestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0117
Plasmid Midi AX Zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji plazmidów niskoi wysokokopijnych. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0117 10 izolacji Nr kat. 092-10 Pojemność kolumny do oczyszczania DNA
Bardziej szczegółowoUniwersalny zestaw do izolacji DNA (GeDI)
Wersja zestawu 1.0 Listopad 2017 Uniwersalny zestaw do izolacji DNA (GeDI) Uniwersalny odczynnik do izolacji całkowitego DNA (GeDI) w zestawie z kolumienkami krzemionkowymi oraz buforami pozwalającymi
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit
Wersja zestawu 2.1 Kwiecień 2019 GeneMATRIX Bacterial & Yeast Genomic DNA Purification Kit Uniwersalny zestaw do oczyszczania DNA z bakterii Gram+, Gram- oraz drożdży kat. nr. E3580 EURx Ltd. 80-297 Gdansk
Bardziej szczegółowoGeneMATRIX Swab-Extract DNA Purification Kit
Wersja zestawu 4.3 Kwiecień 2019 GeneMATRIX Swab-Extract DNA Purification Kit Zestaw do izolacji DNA z wymazów kat. nr. E3530 EURx Ltd. 80-297 Gdansk Poland ul. Przyrodnikow 3, NIP 957-07-05-191 KRS 0000202039,
Bardziej szczegółowoZestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży
Nr kat. EM10 Wersja: 1.2018 Zestaw do izolacji genomowego DNA z drożdży EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.blirt.eu 2 Nr kat. EM10 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME
Bardziej szczegółowoNa tej pracowni wyjątkowo odpowiedzi na zadania należy udzielić na osobnym arkuszu odpowiedzi.
Pracownia biochemiczna arkusz zadań Czas: 90 min. Łączna liczba punktów do zdobycia: 30 Na tej pracowni wyjątkowo odpowiedzi na zadania należy udzielić na osobnym arkuszu odpowiedzi. Drodzy uczestnicy!
Bardziej szczegółowoGenomic Micro AX Blood Gravity 96-well
Genomic Micro AX Blood Gravity 96-well Zestaw do izolacji DNA z krwi w formacie płytek na 96 studzienek dedykowany do pracy z pipetą wielokanałową lub automatem typu liquid handler. 960 izolacji Nr kat.
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA. Wykonanie ćwiczenia 8. ELEKTROFOREZA BARWNIKÓW W ŻELU AGAROZOWYM
Wykonanie ćwiczenia 8. ELEKTROFOREZA BARWNIKÓW W ŻELU AGAROZOWYM Zadania: 1. Wykonać elektroforezę poziomą wybranych barwników w żelu agarozowym przy trzech różnych wartościach ph roztworów buforowych.
Bardziej szczegółowoModyfikacja genu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
Instrukcja do ćwiczeń nr 1 i 2 Modyfikacja genu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PR (wydłużania nakładających się odcinków) EL Wprowadzenie mutacji punktowych do genu blgb:
Bardziej szczegółowo