Zakład Genetyki Medycznej OFERTA PORADNICTWA GENETYCZNEGO I BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH

Zakład Genetyki Medycznej OFERTA PORADNICTWA GENETYCZNEGO I BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH 2013

Szanowni Państwo, Działalność naukowa i diagnostyczna Zakładu Genetyki Medycznej Instytutu Matki i Dziecka koncentruje się na zagadnieniach genetyki klinicznej, a w szczególności diagnostyce wad, chorób i zespołów uwarunkowanych genetycznie oraz zagadnieniach poradnictwa dla rodzin ryzyka genetycznego. Jednym z praktycznych efektów działalności Zakładu jest wprowadzenie najnowocześniejszych metod biologii molekularnej do diagnostyki rutynowej chorób genetycznie uwarunkowanych. Zakład jest ośrodkiem referencyjnym w Polsce w zakresie diagnostyki klinicznej i molekularnej oraz poradnictwa genetycznego wielu chorób genetycznie uwarunkowanych. W Zakładzie zatrudniona jest wysoko wykwalifikowana kadra pracowników naukowo-badawczych i technicznych. Dysponujemy nowoczesną aparaturą badawczą i sprzętem laboratoryjnym. Prowadzone badania naukowe i diagnostyczne odpowiadają standardom światowym co znajduje potwierdzenie w wynikach weryfikowanych w krajowych i międzynarodowych systemach oceny jakości badań diagnostycznych. Zakład współpracuje z licznymi ośrodkami genetyki medycznej w kraju i za granicą, a pracownicy Zakładu są członkami międzynarodowych zespołów badawczych oraz krajowych i zagranicznych towarzystw naukowych Pragniemy przedstawić Państwu i Państwa Pacjentom ofertę badań, które są wykonywane w Zakładzie Genetyki Medycznej: - w Poradni Genetycznej - w pracowniach cytogenetyki - w zespole pracowni genetyki molekularnej, Warunki płatności za badania: Opłaty za wszystkie badania przedstawione w ofercie, zgodnie z cennikiem, można uiszczać w Kasie Instytutu Matki i Dziecka (niebieski budynek, parter) lub bezpośrednio na rachunek: Instytut Matki i Dziecka 11 1060 0076 0000 3310 0017 6382 Tytuł płatności: Płatne badanie molekularne lub cytogenetyczne. Zakład Genetyki Medycznej. Istnieje również możliwość wystawienia faktury po przesłaniu z próbką krwi odpowiednich danych. Dziękujemy za zainteresowanie naszą ofertą. t 2

Zakład Genetyki Medycznej OFERTA PORADNICTWA GENETYCZNEGO 2013 t 3

Oferta Poradni Genetycznej W Poradni Genetycznej istnieje możliwość uzyskania kompetentnej porady genetycznej dla osób i rodzin, w których rozpoznano lub istnieje podejrzenie choroby/wady wrodzonej uwarunkowanej genetycznie. Poradnictwo genetyczne oferowane pacjentom i ich rodzinom obejmuje: - ustalenie (weryfikację) rozpoznania choroby/wady genetycznej na podstawie cech klinicznych (analizy cech fenotypowych) oraz wyników badań specjalistycznych, - analizę i interpretację rodowodu, - zaplanowanie oraz przeprowadzenie specjalistycznych badań diagnostycznych ujętych w ofercie Pracowni Genetyki Molekularnej oraz Pracowni Cytogenetycznej oraz innych badań diagnostycznych (np. biochemicznych, badań wizualizacyjnych) niezbędnych do udzielenia wiarygodnej porady genetycznej, - omówienie wskazań (jeśli istnieją) do diagnostyki prenatalnej i poradnictwo w tym zakresie, - konsultacje małżeństw z niepowodzeniami rozrodu, - interpretację ryzyka genetycznego w kontekście typu uwarunkowania choroby Wskazania do konsultacji w poradni genetycznej: urodzenie dziecka z wadą/licznymi wadami wrodzonymi/cechami dysmorfii opóźnienie rozwoju psychoruchowego/niepełnosprawność intelektualna u dziecka wśród najbliższych krewnych opóźnienie rozwoju fizycznego i psychoruchowego, wady wrodzone, cechy dysmorfii w budowie ciała znaczne opóźnienie wzrastania: niedobór wysokości ciała/dysharmonia w budowie ciała/podejrzenie dysplazji szkieletowej pierwotny brak miesiączki zaburzenia napięcia mięśniowego (obniżenie/wzmożenie napięcia mięśniowego) współistniejące z opóźnieniem rozwoju urodzenie dziecka z aberracją chromosomową/chorobą monogenową jedno ze współmałżonków jest nosicielem strukturalnej aberracji chromosomowej matka jest nosicielką mutacji w genie choroby sprzężonej z chromosomem X obciążony wywiad rodzinny: przypadki wad wrodzonych, niepełnosprawność intelektualna choroby metaboliczne w rodzinie choroba matki/ojca/czynniki teratogenne w ciąży: leki, promieniowanie X, zw. chemiczne) nieprawidłowy wynik USG w ciąży wskazujący na możliwość choroby genetycznej nieprawidłowy wynik nieinwazyjnej diagnostyki prenatalnej (I/II trymestr ciąży). wiek matki > 35 lat, zaawansowany wiek ojca przed planowaną ciążą w przypadku: pokrewieństwa małżonków obciążonego wywiadu położniczego: poronienia samoistne, ciąża obumarła, zgony w okresie noworodkowym / niemowlęcym / przypadki wad wrodzonych i niepełnosprawności intelektualnej wśród krewnych Kontakt Zespół Poradni Genetycznej pracuje codziennie oprócz sobót i wolnych dni w godz. 8 14. W przypadku zainteresowania Państwa możliwością uzyskania porady genetycznej prosimy o kontakt telefoniczny, tel. (22) 32 77 138, (22) 32 77 490 lub poprzez pocztę elektroniczną: Dr med. Ewa Obersztyn, ewa.obersztyn@imid.med.pl oraz sekretariat Zakładu: sekretariat.genetyki@imid.med.pl t 4

Zakład Genetyki Medycznej OFERTA BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH WYKONYWANYCH W PRACOWNIACH CYTOGENETYKI 2013 t 5

Zakład Genetyki Medycznej pracownie cytogenetyki CENNIK BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH Usługa * Kod procedury Cena Kariotyp z limfocytów krwi obwodowej GEN-100 470 Kariotyp z płynu owodniowego GEN-101 995 Kariotyp z trofoblastu GEN-102 900 Hodowla fibroblastów skóry GEN-103A 241 Kariotyp z fibroblastów skóry GEN-103B 610 Test subtelomerowy metodą MLPA GEN-104 420 Izolacja DNA do badań cytogenetycznych GEN-105 100 Weryfikacja pochodzenia aberracji subtelomerowej metodą FISH GEN-105A 620 Weryfikacja pochodzenia aberracji chromosomowej metodą FISH z 1 sondą molekularną GEN-105B 530 Badanie diagnostyczne wybranych zespołów mikrodelecyjnych metodą MLPA Cena obejmuje badanie jednym z zestawów sond MRC - Holland: SALSA MLPA kit P-245 lub P-297 z weryfikacją nieprawidłowego wyniku; pełną informację o diagnozowanych nimi zespołach mikrodelecji / mikroduplikacji zawiera strona internetowa MRC - Holland (www.mrc-holland.com) GEN-122 420 Kariotyp molekularny (badanie metodą CGH do mikromacierzy - acgh GEN-123 1 600 * Prenatalne badanie cytogenetyczne może być wykonane tylko po uzgodnieniu z laboratorium terminu badania i przesłaniu próbki płynu owodniowego wraz z wypełnionym formularzem skierowania na badanie. Próbki krwi na badanie kariotypu mogą być przesyłane bez uzgodnienia terminu badania, ale tylko w poniedziałki i wtorki do godziny 13.00. Pozostałe, wymienione w cenniku badania cytogenetyczne wymagają uzgodnienia terminu badania oraz skierowania od lekarza genetyka klinicznego. Skierowanie musi zawierać szczegółowe uzasadnienie konieczności wykonania (opis kliniczny pacjenta) oraz pełne dane lekarza kierującego na badanie do ewentualnej konsultacji uzyskanego wyniku badania. t 6

Wzory skierowań stosowanych w Pracowniach Cytogenetyki t 7

t 8

t 9

t 10

Oferta Pracowni Cytogenetycznych - informacje uzupełniające - Badania cytogenetyczne stanowią podstawę pre- i postnatalnej diagnostyki specyficznych chorób i zespołów klinicznych uwarunkowanych aberracjami chromosomowymi. Umożliwiają one weryfikację rozpoznania klinicznego oraz określenie ryzyka powtórzenia się choroby w rodzinie. Podstawowe badanie cytogenetyczne polega na ocenie kariotypu pacjenta. Oceny tej dokonuje się w limfocytach krwi obwodowej a prenatalnie w komórkach płynu owodniowego lub trofoblastu. W standardowym badaniu kariotypu stosowane są metody cytogenetyki klasycznej. Polegają one na analizie, specyficznego dla każdego chromosomu, obrazu prążkowego uzyskiwanego po trawieniu chromosomów trypsyną i barwieniu odczynnikiem Giemzy. Badania wykonywane są zgodnie z zaleceniami Europejskiego Towarzystwa Cytogenetycznego i podlegają zewnętrznej kontroli jakości Labquality. Zasadnicze wskazania do badania kariotypu: - podejrzenie określonego zespołu chromosomowego na podstawie cech klinicznych - mnogie wady rozwojowe (u dziecka żyjącego lub zmarłego np. martwo urodzonego płodu) - niepełnosprawność intelektualna ze współistnieniem cech dysmorfii i/lub wad rozwojowych - niektóre izolowane wady rozwojowe u dziecka (np. w zakresie narządów płciowych) - niepowodzenia rozrodu - przypadki niepłodności - strukturalna aberracja chromosomowa w rodzinie Oceny kariotypu metodą konwencjonalną dokonuje się standardowo w próbkach pełnej krwi, pobranych na heparynę (minimum 3 ml krwi). Probówki z krwią należy szybką pocztą dostarczyć do Pracowni Cytogenetycznej Zakładu Genetyki Medycznej. Próbek nie wolno zamrażać. Czas oczekiwania na wynik kariotypu z limfocytów do 4 tygodni. Prenatalna ocena kariotypu Wskazania - większe od populacyjnego ryzyko aberracji chromosomowej u dziecka, które występuje w przypadku: wieku matki powyżej 35 roku nieprawidłowego wyniku przesiewowego testu biochemicznego i/lub USG wad rozwojowych płodu obecności aberracji chromosomowej u jednego z rodziców dziecka uprzedniego urodzenia dziecka z aberracją chromosomową Oceny kariotypu płodu dokonuje się w komórkach płynu owodniowego lub trofoblastu, uzyskanych odpowiednio poprzez amniopunkcję lub aspirację przez powłoki brzuszne. Próbki do badania muszą być dostarczone do laboratorium natychmiast po pobraniu. Czas oczekiwania na wynik badania wynosi od 10 do 14 dni. Ze względu na procedurę badań cytogenetycznych (konieczność hodowli komórek) konieczne jest uzgadnianie terminu i warunków każdego badania. t 11

Badania cytogenetyczne metodami cytogenetyki i biologii molekularnej W Pracowniach Cytogenetyki wykonuje się również badania umożliwiające identyfikację aberracji submikroskopowych oraz trudnych do diagnostyki metodami klasycznymi strukturalnych nieprawidłowości chromosomów (złożonych translokacji, chromosomów markerowych). W badaniach tych stosowane są metody cytogenetyki i biologii molekularnej takie jak: FISH, MLPA, CGH do mikromacierzy. Diagnostyka zespołów mikrodelecji / mikroduplikacji oraz aberracji subtelomerowych Wskazania: - cechy kliniczne sugerujące określony zespół mikrodelecji lub mikroduplikacji - cechy kliniczne sugerujące aberrację subtelomerową Metodą z wyboru w diagnostyce tych zaburzeń genetycznych jest obecnie metoda MLPA (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification) umożliwiająca ilościową ocenę kilkudziesięciu różnych sekwencji nukleotydowych DNA w jednym badaniu. Badania wykonywane są w DNA pacjenta izolowanym z próbki krwi pobranej na EDTA (ok. 5 ml krwi + 200 μl 0,5 M EDTA ph 8,0). Ze względu na konieczność równoczesnego badania próbek DNA od kilkunastu pacjentów czas oczekiwania na wynik wynosi ok. 4 6 tygodni. Do diagnostyki: - zespołów mikrodelecji/mikroduplikacji stosujemy zestawy sond SALSA MLPA KIT P245 oraz P297 (MRC Holland): SALSA MLPA kit P245-A2 Zespoły mikrodelecji/mikroduplikacji: - Zespoły delecji: 1p36; 2p16; 3q29; 9q22.3; 15q24, 17q21; 22q13 (Phelan-Mcdermid) oraz zespoły: - 5p15 (Cri du Chat) - 22q11 (DiGeorge a) - 10p15(DiGeorge a region 2) - 8q (Langer-Giediona) - 17p(Millera-Diekera) - Mikrodelecji NF1 - Pradera-Williego/Angelmana - MECP2/Xq28 duplikacji - Rubinstein-Taybi - Smitha-Magenis - 5q35.3 (Sotosa) - Wagr - Williamsa - 4p16.3 Wolfa-Hirschhorna SALSA MLPA kit P297-B1 Zespoły mikrodelecji: - 1q21.1 (zespół TAR) - 1q21.1 (zespół inny niż TAR) - 3q29-7q36.1-12p11.23-15q13-15q24.1-16p11-17q12-18q21.2-20p12.2 aberracji subtelomerowych - sondy SALSA MLPA KIT P 036 szybkiej pre- i postnatalnej identyfikacji aneuploidii chromosomów 13, 18, 21, X i Y - SALSA MLPA P 095 t 12

Identyfikacja nieprawidłowości, których pochodzenie chromosomowe nie może być ustalone w standardowej ocenie kariotypu W tych badaniach stosowana jest technika FISH, która wykorzystywana jest także do weryfikacji wyników badań uzyskanych metodą MLPA Kariotyp molekularny Pracownie Cytogenetyki ZGM stosują rutynowo najnowszą, rewolucjonizującą obecnie diagnostykę cytogenetyczną, metodę analizy genomu jaką jest metoda CGH do mikromacierzy (posiadamy odpowiedni sprzęt i duże doświadczenie w badaniach tą metodą). Umożliwia ona analizę całego genomu w jednym badaniu z bardzo dużą, nieosiągalną dotąd w badaniach cytogenetycznych, rozdzielczością. Umożliwia identyfikację i charakterystykę niezrównoważonych aberracji chromosomowych (delecji/duplikacji), które nie mogą być rozpoznane klasycznymi metodami cytogenetycznymi. W laboratoriach europejskich i amerykańskich stosowana jest jako pierwszy test diagnostyczny w przypadkach niepełnosprawności intelektualnej ze współistnieniem cech dyzmorfii i / lub wad rozwojowych. Wynikiem badania ta metodą jest tzw. kariotyp molekularny. Warunkiem wykonania kariotypu molekularnego jest skierowanie od lekarza genetyka zawierające opis kliniczny pacjenta. Kontakt W przypadku zainteresowania Państwa możliwością wykonania badań cytogenetycznych metodami klasycznymi prosimy o kontakt telefoniczny pod numer (22) 32 77 155 lub z Krystyną Jakubów Durską (tel. 0-602 611 741) Uzgodnień dotyczących badań metodami cytogenetyki i biologii molekularnej należy dokonywać pod telefonem (22) 32 77 191 t 13

t 14

Zakład Genetyki Medycznej OFERTA BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH WYKONYWANYCH W ZESPOLE PRACOWNI MOLEKULARNYCH ZGM 2013 t 15

Zakład Genetyki Medycznej - zespół pracowni genetyki molekularnej CENNIK BADAŃ DIAGNOSTYCZNYCH Lp. jednostka chorobowa 1 niepłodność męska gen / region OMIM CFTR 277180 2 mukowiscydoza (CF) CFTR 219700 3 zapalenie trzustki 4 zespół łamliwego chromosomu X (FraX) przedwczesne wygasanie czynności jajników (POF) Zespól ataksji i drżenia związany z FraX (FXTAS) zakres analizy Identyfikacja mutacji F508del i wszystkich innych mutacji (ponad 70) w eksonie 10 Sekwencjonowanie eksonów 4, 7, 9-11, w tym identyfikacja mutacji F508del i dele2,3 AZF 415000 Analiza 6 loci chromosomu Y CFTR PRSS1 SPINK1 FMR1 167800 FXMR 300624 POF 311360 FXTAS 300623 Identyfikacja mutacji F508del i wszystkich innych mutacji (ponad 70) w eksonie 10 Identyfikacja mutacji F508del i wszystkich innych mutacji (ponad 70) w eksonie 10 i mutacji dele2,3(21kb) Test MLPA Sekwencjonowanie wszystkich 27 eksonów (identyfikacja ponad 1800 mutacji) Identyfikacja ponad 600 mutacji w tym 16 mutacji występujących w Polsce najczęściej, CFTR (sekwencjonowanie eksonu 10)+dele2,3: PRSS1 (sekw. eksonów 2 i 3), SPINK1 (sekwencjonowanie eksonu 3) CFTR (sekwencjonowanie eksonów 9-11) + dele2,3: PRESS1 (sekw..eksonów 2 i 3), SPINK1 (sekwencjonowanie.eksonu 3) Badanie przesiewowe Hybrydyzacja Southerna 5 głuchota (DFNB) GJB2 220290 Sekwencjonowanie: eksonu 2 + IVS1+1G>A 6 zespół KID GJB2 148210 Sekwencjonowanie eksonu 2 7 8 9 rdzeniowy zanik mięśni (SMA) ataksja Friedreicha (FRDA) zespól Prader-Williego (PWS) SMN1 SMA-1 253300 SMA-2 253550 SMA-3 253400 Identyfikacja delecji eksonu 7 Test MLPA (badanie nosicielstwa) FXN 229300 Identyfikacja mutacji dynamicznej 15q11-13 176270 10 zespół Angelmana (AS) 15q11-13 105830 Test metylacji (chromosom 15) Analiza mikrosatelitów (chromosom 15q) Test MS-MLPA Test metylacji Mikrosatelity (chromosom 15q) Test MS-MLPA izolacja DNA procedura cena (zł) z izolacją GEN-01AE 150 bez izolacji GEN-01A 100 z izolacją GEN-01BE 450 bez izolacji GEN-01B 400 z izolacją GEN-01DE 300 bez izolacji GEN-01D 250 z izolacją GEN-02AE 150 bez izolacji GEN-02A 100 z izolacją GEN-02BE 200 bez izolacji GEN-02B 150 z izolacją GEN-02JE 440 bez izolacji GEN-02J 390 z izolacją GEN-02FE 2500 bez izolacji GEN-02F 2450 z izolacją GEN-02HE 600 bez izolacji GEN-02H 550 z izolacją GEN-03AE 490 bez izolacji GEN-03A 440 z izolacją GEN-03BE 800 bez izolacji GEN-03B 750 z izolacją GEN-04AE 200 bez izolacji GEN-04A 150 z izolacją GEN-04BE 650 bez izolacji GEN-04B 600 z izolacją GEN-05E 250 bez izolacji GEN-05 200 z izolacją GEN-37 200 bez izolacji GEN-37E 150 z izolacją GEN-06AE 320 bez izolacji GEN-06A 270 z izolacją GEN-06BE 440 bez izolacji GEN-06B 390 z izolacją GEN-07E 500 bez izolacji GEN-07 450 z izolacją GEN-08AE 360 bez izolacji GEN-08A 310 z izolacją GEN-08BE 900 bez izolacji GEN-08B 850 z izolacją GEN-08CE 550 bez izolacji GEN-08C 500 z izolacją GEN-09AE 360 bez izolacji GEN-09A 310 z izolacją GEN-09BE 900 bez izolacji GEN-09B 850 z izolacją GEN-09CE 550 bez izolacji GEN-09C 500 t 16

Lp. jednostka chorobowa 11 zespół Angelmana (AS) gen / region OMIM zakres analizy CDKL5 105830 Test MLPA UBE3A 105830 Sekwencjonowanie eksonów 7-16 izolacja DNA Procedura cena (zł) z izolacją GEN-09FE 440 bez izolacji GEN-09F 390 z izolacją GEN-09GE 1000 bez izolacji GEN-09G 950 12 fenyloketonuria (PKU) PAH 261600 Sekwencjonowanie eksonów: 5, 11, 12 w tym identyfikacja mutacji: R408W, IVS10, IVS12, R158Q. Sekwencjonowanie eksonów 1-4, 6-10, 13 z izolacją GEN-11BE 350 bez izolacji GEN-11B 300 z izolacją GEN-11CE 900 bez izolacji GEN-11C 850 13 wada cewy nerwowej MTHFR 601634 Identyfikacja polimorfizmów: A1298C i C677T z izolacją GEN-12E 270 bez izolacji GEN-12 220 14 hemochromatoza pierwotna (HFE) HFE 235200 Identyfikacja mutacji C282Y i H63D z izolacją GEN-14E 270 bez izolacji GEN-14 220 15 dystonia torsyjna typ 1 (DYT1) DYT1 128100 Sekwencjonowanie eksonu 5 (identyfikacja mutacji delgag) z izolacją GEN-17E 200 bez izolacji GEN-17 150 17 dystonia z dyskinezą typ 6 (DYT6) THAP1 602629 Sekwencjonowanie 3 eksonów z izolacją GEN-25E 350 bez izolacji GEN-25 300 PTPN11 163950 Sekwencjonowanie eksonów: 2-4, 7, 8, 12, 13 Sekwencjonowanie eksonów: 1, 5, 6, 9-11, 14, 15 z izolacją GEN-19AE 550 bez izolacji GEN-19A 500 z izolacją GEN-19BE 650 bez izolacji GEN-19B 600 18 zespół Noonan (NS) SOS1 610733 Sekwencjonowanie eksonów: 4, 5, 7-9,11-15, 17 Sekwencjonowanie eksonów: 2, 3, 6, 10, 16, 18-24 z izolacją GEN-19CE 1050 bez izolacji GEN-19C 1000 z izolacją GEN-19DE 1500 bez izolacji GEB-19D 1450 RAF1 611553 Sekwencjonowanie eksonów: 7, 12, 14, 17 Sekwencjonowanie eksonów:1-6, 8-11, 13, 15, 16 z izolacją GEN-19EE 350 bez izolacji GEN-19E 300 z izolacją GEN-19FE 1500 bez izolacji GEN-19F 1450 KRAS 609942 Sekwencjonowanie eksonów: 1-6 z izolacją GEN-19GE 600 bez izolacji GEN-19G 550 19 niepełnosprawność Intelektualna sprzężona z chromosomem X (MRX) zespól FraX procedura wydzielona- GEN-04 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów ARX 300419 Identyfikacja najczęstszych mutacji w eksonie 2 MECP2 300260 Test MLPA z izolacją GEN-21AE 1000 bez izolacji GEN-21A 950 z izolacją GEN-21BE 300 bez izolacji GEN-21B 250 z izolacją GEN-21CE 440 bez izolacji GEN-21C 390 MRX MRX1 309530 Test MLPA (14 genów) z izolacją GEN-21DE 600 bez izolacji GEN-21D 550 20 galaktozemia (GAL) GALT 230400 Identyfikacja mutacji Q188R i K285N (sekwencjonowanie eksonów 6-9) Sekwencjonowanie postałych eksonów z izolacją GEN-24AE 300 bez izolacji GEN-24A 250 z izolacją GEN-24BE 400 bez izolacji GEN-24B 350 t 17

Lp. 21 jednostka chorobowa pęcherzowe oddzielnie się naskórka postać dystroficzna, recesywna (epidermolysis bullosa dystrofica, RDEB) gen / region OMIM 226600 zakres analizy Identyfikacja najczęsciej występujących mutacji w genie COL7A1 (sekwencjonowanie. eksonów: 3-5, 16-20, 40-43, 55-59, 73-75, 92-94, 106-108, 114-118) Sekwencjonowanie pozostałych eksonów genu COL7A1 izolacja DNA Procedura cena (zł) z izolacją GEN-30AE 900 bez izolacji GEN-30A 850 z izolacją GEN-30CE 2250 bez izolacji GEN-30C 2200 22 pęcherzowe oddzielnie się naskórka postać dystroficzna, dominująca (epidermolysis bullosa dystrofica, DDEB) COL7A1 131750 Identyfikacja mutacji występującej najczęstszej p.g2043r Sekwencjonowanie. eksonów: 29-72, 76-112 Sekwencjonowanie. eksonów: 1-28, 113-118 z izolacją GEN-30EE 300 bez izolacji GEN-30E 250 z izolacją GEN-30FE 1675 bez izolacji GEN-30F 1625 z izolacją GEN-30GE 1225 bez izolacji GEN-30G 1175 LAMB3 LAMC2 LAMA3 LAMB3: R635X, c.1439_1443delcgtgt, c.965_966+8del, LAMC2: mutacja R349X, LAMA3: mutacje R661X (dawna nazwa R650X) z izolacją GEN-31AE 450 bez izolacji GEN-31A 400 LAMB3 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów z izolacją GEN-31BE 1650 bez izolacji GEN-31B 1600 23 pęcherzowe oddzielnie się naskórka postać łącząca (epidermolysis bullosa junctional, JEB) LAMC2 226650 226700 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów z izolacją GEN-31CE 1600 bez izolacji GEN-31C 1550 LAMA3 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów z izolacją GEN-31DE 2550 bez izolacji GEN-31D 2500 COL17A1 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów z izolacją GEN-31EE 3350 bez izolacji GEN-31E 3300 24 pęcherzowe oddzielnie się naskórka postać prosta (epidermolysis bullosa simplex, SEB) KRT5 KRT14 131900 131800 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Sekwencjonowanie wszystkich eksonów z izolacją GEN-32AE 700 bez izolacji GEN-32A 650 z izolacją GEN-32BE 560 bez izolacji GEN-32B 510 25 choroba Pelizaeusa- Merzbachera (PLP) PLP1 312080 312920 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Test MLPA z izolacją GEN-28AE 800 bez izolacji GEN-28A 750 z izolacją GEN-28BE 440 bez izolacji GEN-28B 390 26 zespól Retta (RTT) MECP2 312750 Sekwencjonowanie eksonów 2-4 Test MLPA z izolacją GEN-29AE 450 bez izolacji GEN-29A 400 z izolacją GEN-29BE 440 bez izolacji GEN-29B 390 27 zespól Costello (FCS) HRAS 218040 Sekwencjonowanie eksonów 2-5 z izolacją GEN-33AE 450 bez izolacji GEN-33A 400 28 nerwiakowłóniakowatość typu 1 (choroba von Reccklinghausena) (NF1) NF1 162200 Test MLPA z izolacją GEN-34AE 550 bez izolacji GEN-34A 500 t 18

Lp. jednostka chorobowa 29 zespól Leopard (LS) gen / region OMIM zakres analizy PTPN11 151100 Sekwencjonowanie eksonów 7, 12, 13 RAF1 611554 Sekwencjonowanie eksonów 6, 13, 16 izolacja DNA Procedura cena (zł) z izolacją GEN-35AE 300 bez izolacji GEN-35A 250 z izolacją GEN-35BE 300 bez izolacji GEN-35B 250 30 choroby IRF-6 zależne; zespól van derwoude (vdw), zespół płetwistości podkolanowej (zpp) IRF6 vdw 119300 zpp 119500 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Test MLPA z izolacją GEN-36AE 750 bez izolacji GEN-36A 700 z izolacją GEN-36BE 440 bez izolacji GEN-36B 390 31 Choroby związane z genem SLC2A1 (zespoły niedoboru transportera glukozy GLUT1) SLC2A1 606777 612126 601042 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Test MLPA z izolacją GEN-10AE 950 bez izolacji GEN-10A 900 z izolacją GEN-10BE 440 bez izolacji GEN-10B 390 32 Choroby związane z genem SCN1A (zespół Dravet, padaczka uogólniona z drgawkami gorączkowymi plus) SCN1A 607208 604403 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Test MLPA z izolacją GEN-15AE 2500 bez izolacji GEN-15A 2450 z izolacją GEN-15BE 440 bez izolacji GEN-15B 390 33 Choroba Parkinsona o wczesnym początku (PARK2) PARK2 600116 Sekwencjonowanie wszystkich eksonów Test MLPA z izolacją GEN-18AE 1300 bez izolacji GEN-18A 1250 z izolacją GEN-18BE 550 bez izolacji GEN-18B 500 34 Choroba Parkinsona o późnym początku (PARK8) LRRK2 607060 identyfikacja mutacji G2019S Panel patogennych mutacji punktowych Sekwencjonowanie 5 eksonów z izolacją GEN-20AE 250 bez izolacji GEN-20A 200 z izolacją GEN-20BE 650 bez izolacji GEN-20B 600 35 Choroba Parkinsona o późnym początku (PARK1 i 4) SNCA 168601 Panel patogennych mutacji punktowych Sekwencjonowanie 2 eksonów Test MLPA z izolacją GEN-22AE 350 bez izolacji GEN-22A 300 z izolacją GEN-22BE 550 bez izolacji GEN-22B 500 36 identyfikacja dowolnej (pojedynczej) mutacji znajdującej się w ofercie - - Z zastosowaniem metody sekwencjonowania DNA z izolacją GEN-23AE 300 bez izolacji GEN-23A 250 37 procedura nie uwzględniona w ofercie - - Stosownie do procedury z izolacją lub bez GEN-16 do uzgodnienia 38 diagnostyka prenatalna Badania prenatalne są wykonywane po wcześniejszych uzgodnieniach oraz po ustaleniu terminu. Cena danego badania x2 39 ocena zanieczyszczenia materiału biologicznego płodu (DNA) materiałem matczynym w diagnostyce prenatalnej Procedura wykonywana w celu wykluczenia kontaminacji próbki DNA płodu materiałem matczynym w przypadku gdy wynik analizy molekularnej wskazuje na potencjalną możliwość takiego zanieczyszczenia (np. matka jest nosicielką mutacji, którą wykryto w badanym materiale). Badanie wykonywane we współpracy z Pracownią Genetyczną Zakładu Medycyny Sądowej WUM nie dotyczy GEN-20 700+23% 40 izolacja DNA GEN-13 50 41 badanie "CITO" Cena danego badania +30% t 19

Informacje uzupełniające Niepłodność męska W około 40-60% przypadków męska niepłodność idiopatyczna uwarunkowana jest genetycznie. Badania molekularne w kierunku delecji w chromosomie Y oraz mutacji w genie CFTR są zalecane przez Światową Organizacje Zdrowia (WHO) jako niezbędne przed procedurą wspomaganego rozrodu (zapłodnienie in vitro, ICSI). Szacuje się, że około 25% mężczyzn z zaburzeniami płodności może mieć delecje w chromosomie Y, powodujące utratę funkcji genów odpowiedzialnych za prawidłowy przebieg spermatogenezy. a) Analiza delecji w chromosomie Y prowadzona jest zgodnie z zaleceniami European Molecular Genetics Quality Network i European Academy of Andrology. b. Analiza najczęstszych mutacji w genie CFTR b) Obustronny brak lub niedrożność przewodów nasiennych (ang. congenital bilateral absence of vas deferens, CBAVD) zaliczany jest obecnie do chorób CFTR zależnych, udowodniono bowiem, że przyczyną choroby są mutacje genu CFTR. W Zakładzie Genetyki Medycznej wykonujemy analizę 7 najczęściej występujących mutacji w genie CFTR odpowiedzialnych za obraz kliniczny CBAVD. Czas oczekiwania na wynik analizy: 2-3 tygodnie Mukowiscydoza Mukowiscydoza jest najczęściej występującą w populacji kaukaskiej chorobą genetycznie uwarunkowaną dziedziczoną jako cecha autosomalna recesywna. Mukowiscydoza jest chorobą wieloukładową, o wysoce heterogennej manifestacji klinicznej obejmującej zmiany w układzie oddechowym, trzustce, wątrobie i układzie rozrodczym męskim. Nosicielem mutacji odpowiedzialnej za wystąpienie choroby jest 1 osoba na 25. Diagnostyka molekularna mukowiscydozy polega na identyfikacji mutacji w genie CFTR. Celem badania diagnostycznego jest weryfikacja rozpoznania klinicznego oraz określenie nosicielstwa zmutowanego genu CFTR wśród krewnych chorego. Rodzinom, dla których zidentyfikowano mutacje w obu allelach genu CFTR, oferowana może być diagnostyka prenatalna choroby. Od 1997 roku Zakład uczestniczy w European Quality Network Cystic Fibrosis (CF) i posiada certyfikaty jakości wykonywanych analiz molekularnych. Możliwa jest identyfikacja ponad 1800 znanych zmian w genie CFTR. Czas oczekiwania na wynik analizy: 2-4 tygodnie. Zapalenie trzustki Zapalenie trzustki przejawia się klinicznie w dwóch postaciach: ostrej i przewlekłej. Cechą wspólną obu postaci choroby jest autodegradacja trzustki w przebiegu schorzenia. W Zakładzie Genetyki Medycznej u pacjentów z rozpoznaniem zapalenia trzustki prowadzi się analizę najczęstszych mutacji w genach CFTR, PRSS1 (gen kodujący kationowy trypsynogen) oraz SPINK1 (gen kodujący inhibitor proteaz serynowych), których defekty prowadzą do powstania klinicznego obrazu zapalenia trzustki. Czas oczekiwania na wynik analizy: 2 tygodnie. Niepełnosprawność intelektualna Zespół łamliwego chromosomu X Zespół łamliwego chromosomu X (FraX) - jest drugą po zespole Downa przyczyną niepełnosprawności intelektualnej. FraX dziedziczy się jako cecha sprzężoną z płcią. W populacji białej występuje z częstością 1/4000 u mężczyzn i 1/8000 u kobiet. Za większość przypadków zespołu odpowiada ekspansja (>200) trójnukleotydowych powtórzeń CGG w eksonie 1 genu FMR1. Obecność premutacji (59-200 powtórzeń CGG) w genie FMR1 wiąże się z podwyższonym ryzykiem przedwczesnego wygaśnięcia funkcji jajników (POF) u kobiet oraz wystąpieniem zespołu drżenia i ataksji związanego z zespołem FraX (FXTAS) u starszych mężczyzn. t 20

Czas oczekiwania na wynik analizy: - I etap (badanie przesiewowe): 2 tygodnie - II etap (hybrydyzacja): 1 miesiąc do uzgodnienia możliwość oznaczenia liczby powtórzeń CGG w zakresie do 120 Zespół KID Zespół zapalenia rogówki rybiej łuski- głuchoty (KID, Keratitis-Ichthyosis-Deafness Syndrome) to rzadka choroba genetyczna o dziedziczeniu autosomalnym dominującym związanym z mutacjami w genie GJB2. Gen GJB2 koduje koneksynę 26, która należy do grupy białek tzw. gap-junction protein, tworzących połączenia międzykomórkowe. Powstające kanały umożliwiają międzykomórkowy przepływ jonów i małych cząsteczek. Zaburzenia tego mechanizmu spowodowane mutacjami w genie GJB2 odpowiadają za objawy choroby (niedosłuch w KID spowodowany jest zaburzeniami potencjału czynnościowego wynikającym właśnie z zaburzeń transportu jonów w narządzie Cortiego). Mutacje warunkujące powstanie zespołu KID powstają w większości przypadków de novo. Najczęściej spotykana jest mutacja D50N (80%). Dla osoby z zespołem KID ryzyko urodzenia dziecka obciążonego tą chorobą wynosi 50%. Zespół ten charakteryzuje się wrodzonym niedosłuchem nerwowo-czuciowym i atypową erytrodemią o charakterze rybiej łuski (szerokie spektrum objawów) W 95% przypadków u chorych występuje zapalenie rogówki, oraz objawy skórne na dłoniach i podeszwach stóp. Proponowana analiza molekularna obejmuje sekwencjonowania eksonu 2 genu GJB2 Czas oczekiwania na wynik analizy: 2 tygodnie Izolowana postać głuchoty wrodzonej Głuchota jest najczęstszym obserwowanym defektem w obrębie narządów zmysłów, który dotyczy około 10% społeczeństwa. Szacuje się, że w populacji kaukaskiej głębokie uszkodzenie słuchu obecne jest u 1,3-2,3 na 1000 żywo urodzonych dzieci. W tej grupie około 70% przypadków stanowią formy głuchoty rodzinnej dziedziczonej w sposób autosomalny recesywny. Badania prowadzone nad molekularnymi podstawami słyszenia oraz jego uszkodzeń doprowadziły do identyfikacji części genów odpowiedzialnych za wystąpienie głuchoty. W tej puli, gen GJB2 odpowiada za znaczny odsetek przypadków rodzinnej głuchoty odbiorczej. Badanie nosicielstwa najczęściej wykrywanej mutacji (35delG) w tym genie w populacji Europejskiej pozwoliło oszacować jej częstość na 2%. Obecnie badamy ok. 290 znanych mutacji w genie GJB2. Czas oczekiwania na wynik analizy: 2-3 tygodnie Rdzeniowy zanik mięśni (SMA) Ksobny dziecięcy rdzeniowy zanik mięśni jest chorobą uwarunkowaną genetycznie, dziedziczoną jako cecha autosomalna recesywna. Częstość występowania choroby szacuje się na 1/6000-10000 urodzeń. Wystąpienie objawów choroby jest uwarunkowane uszkodzeniem genu SMN1. W ok. 95% przypadków jest to delecja fragmentu genu obejmująca jego 7 ekson. Możliwe jest badanie krewnych probanta z potwierdzonym molekularnie SMA pod kątem nosicielstwa delecji w genie SMN1. Analiza mutacji punktowych w genie SMN1 - badania prowadzone są w ramach projektu naukowego. Kwalifikacja do badań w porozumieniu z dr M. Jędrzejowską (IMDiK). Czas oczekiwania na wynik analizy: - analiza delecji eksonu 7 genu SMN1: 1 tydzień - analiza nosicielstwa delecji eksonu 7 genu SMN1: 3 tygodnie Ataksja Friedreicha (FRDA) Ataksja Friedreicha (FRDA) jest wieloukładową heterogenną pod względem obrazu klinicznego, chorobą neurodegeneracyjną o wieku zachorowania przed 25 rokiem życia (głownie pomiędzy 10 a 15). FRDA dziedziczy sie jako cecha autosomalna recesywna. Podłoże molekularne choroby stanowią t 21