PAKIETY STATYSTYCZNE JOANNA SZYDA TOMASZ SUCHOCKI
WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki - projekt 3. Charakterystyka przedmiotu 4. Kontakt 5. Literatura Copyright 2017 Joanna Szyda
KATEDRA GENETYKI http://gen.edu.pl
KATEDRA GENETYKI 20 pracowników + doktoranci PRACOWNIE Biologicznych Podstaw Hodowli Zwierząt i Cytogenetyki Biologii Molekularnej Komórki Biostatystyki Genetyki Populacji i Cech Ilościowych
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI Pracownia biostatystyki: http://theta.edu.pl Copyright 2018 Joanna Szyda
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI GŁÓWNE KIERUNKI BADAŃ 1. Detekcja genów GWAS 2. Modelowanie fenotypowej zmienności cech obliczanie genomowej wartości hodowlanej 3. Bioinformatyka analiza sekwencji DNA
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI MATERIAŁ BADAŃ
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT CNV w sekwencjach całych genomów 155 buhajów Różne rasy: Brown Swiss 48 Guernsey 20 Fleckvieh 31 Simmental 16 Norwegian Red 26 Parda de la Montaña 4 Pezzata Rossa Italiana 3 Bruna Italiana 1 Avileña 2 Albera 1 Rubia Gallega 1 Toro de Lidia 1 Pirenaica 1
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Zastaw programów (pipeline)
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Ilość CNV
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Długość CNV
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Ilość CNV specyficznych dla rasy
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT krowy 1 998 Fleckvieh, 979 Braunvieh SNP GeneSeek Genomic Profiler TM HD, 70 026 SNPs Cecha liczba chorób racic (0-5) Copyright 2016, Joanna Szyda
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Pakiety SAS, ASReml y = m + l + b + s + a + p + e y liczba chorób l laktacja b rasa s efekt SNP a efekt addytywnie genetyczny p efekt trwały środowiskowy e błąd
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Pakiet R 301 SNP o znaczących efektach Copyright 2016, Joanna Szyda
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Program VEP Adnotacja funkcjonalna 301 SNP znaczących SNP 2% 1% 31% 57% 9% intergenic down/up stream (5Kbp) intron coding splice
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Metodyka analizy danych 2. Obecność 3. Pytania 4. Egzamin praktyczny - użycie komputera
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Wykład wstępny WSTĘP SAS 2. Wprowadzenie - środowisko Windows, Linux 3. Elementy analizy danych edycja danych 4. Elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa 5. Elementy analizy danych analiza wariancji 6. Elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 7. Elementy wizualizacji danych 8. Tworzenie zaawansowanych programów, manipulowanie dużymi zbiorami danych Copyright 2018, Joanna Szyda
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 9. Wprowadzenie 10. Elementy analizy danych edycja danych 11. Elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa, analiza wariancji 12. Elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 13. Elementy wizualizacji danych dystrybucja standardowa 14. Tworzenie prostych programów w pakiecie R 15. Podsumowanie - dyskusja R ZAKOŃCZENIE Copyright 2018, Joanna Szyda
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ 1. Obecność 2. Oceny: 2 kolokwia z wykorzystaniem komputera ocena bez poprawek tematyka wykłady + ćwiczenia praktyczna analiza biologicznych zbiorów danych Copyright 2018, Joanna Szyda
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ WSTĘP 1. Ćwiczenia wstępne - podział na grupy robocze, informacje o zbiorach danych 2. - 7. Analiza danych w pakiecie SAS 8. Kolokwium PROJEKT 1 9. 13. Analiza danych w pakiecie R 14. Kolokwium 15. Zaliczenie PROJEKT 2 Copyright 2018, Joanna Szyda
KONTAKT adres: Katedra Genetyki, Kożuchowska 7 konsultacje: termin ustalony indywidualnie z prowadzącym
KONTAKT http://theta.edu.pl/teaching/ Pakiety statystyczne
SKN Magda Mielczarek magda.mielczarek@upwr.edu.pl
LITERATURA 1. Wykłady 2. CRAWLEY M.J. (2007) The R book. Wiley 3. KLEINMAN K. i HORTON N.J. (2009) SAS and R: DataManagement, Statistical Analysis, and Graphics. CRC Press Copyright 2018, Joanna Szyda
LITERATURA - PROGRAMY http://support.sas.com/documentation/94/ Copyright 2017 Joanna Szyda
LITERATURA PROGRAMY http://www.r-project.org/ http://cran.r-project.org/doc/contrib/komsta-wprowadzenie.pdf
charakterystyka przedmiotu PAKIETY STATYSTYCZNE