KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)

Transkrypt

1 (pieczęć wydziału) KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu: Eksploracja danych w bioinformatyce 2. Kod przedmiotu: EksDaBio 3. Karta przedmiotu ważna od roku akademickiego: 2017/ Forma kształcenia: studia doktoranckie 5. Forma studiów: studia stacjonarne/studia niestacjonarne 6. Dyscyplina studiów: BIOCEYBERNTYKA I INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA 7. Profil studiów: akademicki 8. Specjalność: 9. Semestr: 10. Jednostka prowadząca przedmiot: Instytut Informatyki, RAu2 11. Prowadzący przedmiot: Prof. dr hab. inż. Andrzej Polański 12. Przynależność do grupy przedmiotów: przedmioty obowiązkowe 13. Status przedmiotu: 14. Język prowadzenia zajęć: polski/angielski 15. Przedmioty wprowadzające oraz wymagania wstępne: Znajomość matematyki, fizyki, informatyki na poziome magisterskim studiów inżynierskich. 16. Cel przedmiotu: Celem przedmiotu jest zrozumienie metodologii eksploracji danych dla potrzeb tworzenia modeli matematycznych oraz analizy danych we współczesnej biologii molekularnej i bioinformatyce. Obok zrozumienia i umiejętności stosowania modelowania matematycznego studenci opanowują także techniki posługiwania się najważniejszymi serwisami internetowymi związanymi z biologią molekularną i bioinformatyką. 17. Efekty kształcenia: Nr Opis efektu kształcenia Metoda sprawdzenia efektu kształcenia W1 Ma wiedzę dotyczącą współczesnej bionformatyki oraz jej powiązań z innymi naukami W2 W3 W4 U1 Zna zaawansowane narzędzia i serwisy związane z przechowywaniem i modelowaniem sekwencji biologicznych Ma wiedzę dotyczącą technologii zarządzania danymi biologicznymi oraz oprogramowaniem bioinformatycznym Zna techniki stosowania metod ontologii w bioinformatyce Potrafi sformułować problemy badawcze oraz studiować literaturę naukową Forma prowadzenia zajęć Odniesienie do efektów dla kierunku studiów RAU_B_W03 RAU_B_W07 RAU_B_W08 RAU_B_W05 RAU_B_W04 RAU_B_W06 RAU_B_W05 RAU_B_U01 U2 Umie pracować w grupie RAU_B_U14 U3 Posiada umiejętność przedstawiania wyników swoich badań RAU_B_U05 RAU_B_U02 RAU_B_U03 U4 Posiada umiejętność analizy wybranych typów danych bioinformatycznych RAU_B_U08 RAU_B_U11

2 RAU_B_U13 K1 Potrafi pracować samodzielnie RAU_B_K02 RAU_B_K05 K2 Rozumie potrzebę rozwijania warsztatu RAU_B_K05 metodologicznego 18. Formy zajęć dydaktycznych i ich wymiar (liczba godzin) W. : 2 x 8h = 16h 19. Treści kształcenia: Wykład I sem 1. Mechanizmy występujące w dziedziczeniu, modele populacyjne cech genetycznych i ocena ich parametrów 2. Powtórzenia tandemowe w DNA, znaczenie, wyszukiwanie, modelowanie 3. Mutacje w DNA, dane. 4. Mutacje w DNA, modele populacyjne i demograficzne i ich parametry. 5. Mutacje pojedynczego nukleotydu, bazy danych, modele matematyczne. II sem 1. Atrybutowe i regułowe reprezentacje wiedzy i ich zastosowania w biologii i genetyce. 2. Odkrywanie wiedzy na bazie zbiorów danych z wysokoprzepustowych eksperymentów biologii molekularnej 3. Ontologie biologiczne i genowe, bazy danych ontologii 4. Algorytmy wyszukiwania reguł decyzyjnych i ich zastosowania w biologii 5. Ocena jakości układów reguł decyzyjnych 20. Egzamin: nie Zaliczenie na podstawie dyskusji w trakcie wykładów oraz opcjonalnie na podstawie przedłożonego przez studenta opracowania pisemnego wybranego zagadnienia. 21. Literatura podstawowa: 1. A. D. Baxevanis, B. F. F. Ouellette. Bioinformatyka: podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, R. C. Deonier, S. Tavaré, and M. S. Waterman. Computational Genome Analysis: An Introduction. Springer, D. W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Press, Literatura uzupełniająca: 1. A. Polanski, and M. Kimmel. Bioinformatics. Springer, Nakład pracy studenta potrzebny do osiągnięcia efektów kształcenia Lp. Forma zajęć Liczba godzin kontaktowych / pracy studenta 1 Wykład 16/10 2 Ćwiczenia 0/0 3 Laboratorium 0/0 4 Projekt 0/0 5 Seminarium 0/0 6 Inne konsultacje 14/10 Suma godzin 30/ Suma wszystkich godzin: Liczba punktów ECTS: 2 semestry x 1 ECTS = 2ECTS 26. Liczba punktów ECTS uzyskanych na zajęciach z bezpośrednim udziałem nauczyciela akademickiego: Liczba punktów ECTS uzyskanych na zajęciach o charakterze praktycznym (laboratoria, projekty): 0

3 26. Uwagi: Efekty kształcenia w zakresie wiedzy weryfikowane są na bieżąco w trakcie wykładów, natomiast umiejętności podlegają weryfikacji poprzez formułowanie i rozwiązywanie zadań praktycznych. Efekty kształcenia w zakresie kompetencji społecznych sprawdzane są w trakcie pracy zespołowej nad przykładowymi problemami badawczymi oraz przy opracowywaniu i prezentacji raportów końcowych. Zatwierdzono: (data i podpis kierownika studiów doktoranckich)

4 INFORMACJE DODATKOWE Tabela pkt. 17 Przykładowe, ogólne kompetencje społeczne zgodne z Rozporządzeniem MNiSW: Tabela pkt. 17 Metoda sprawdzenia efektu kształcenia Egzamin pisemny: EP Egzamin ustny: EU Sprawdzian pisemny (przed ćwicz. lab., po zakończeniu partii materiału, itp.): SP Wykonanie ćwiczenia laboratoryjnego: CL Realizacja projektu: RP Przygotowanie sprawozdania ( z laboratorium/ projektu): PS Obrona projektu/sprawozdania: OP/OS Formy prowadzenia zajęć: Wykład tradycyjny: WT Wykład multimedialny: Ćwiczenia tablicowe: C Laboratorium; L Projekt: P Seminarium: S Tabela pkt. 23 Bilans nakładu pracy studenta Godziny kontaktowe Uczestnictwo w wykładach wg siatki godzin Uczestnictwo w ćwiczeniach wg siatki godzin Uczestnictwo w zajęciach projektowych wg siatki godzin Uczestnictwo w zajęciach laboratoryjnych wg siatki godzin Uczestnictwo w zajęciach seminaryjnych wg siatki godzin Uczestnictwo w konsultacjach poza zajęciami wg uznania prowadzącego pozycja inne Obrona sprawozdania laboratorium, projektu, itp. wg uznania prowadzącego pozycja inne

5 Godziny samodzielnej pracy wg uznania prowadzącego suma nie może przekroczyć liczby godz. kontaktowych Przygotowanie własne studenta do wykładu Przygotowanie własne studenta do ćwiczeń Przygotowanie własne studenta do laboratorium (w tym przygotowanie sprawozdania) Przygotowanie własne studenta do projektu (w tym przygotowanie sprawozdania) Przygotowanie własne studenta do seminarium Przygotowanie własne studenta do egzaminu, kolokwium, sprawdzianu, itp. pozycja inne Uczestnictwo w sprawdzeniu wiadomości (egzamin, kolokwium, itp.) pozycja inne