O C E N A. Pracy doktorskiej mgr Katarzyny Piekarowicz, doktorantki w Pracowni Białek Jądrowych Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego

Podobne dokumenty
Prof. dr hab. Maria Jolanta Rędowicz Warszawa, 22 września 2016 r. Kierownik Pracowni Molekularnych Podstaw Ruchów Komórkowych

Ocena rozprawy na stopień doktora nauk medycznych lekarz Małgorzaty Marii Skuzy

Do oceny przedstawiono oprawioną rozprawę doktorską zawierającą 133 strony

Poznań, r.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Arkadiusza Płowca pod tytułem "Wpływ prebiotyków i symbiotyków podanych in ovo na zmianę ekspresji genomu kury"

O C E N A. Tytuł pracy: "Regulacja receptora dla witaminy D (VDR) przez dwie ścieżki sygnałowe"

Ocena rozprawy doktorskiej. Mgr Pauliny Smyk pt.: Wpływ wybranych ksenobiotyków na zmiany parametrów

[2ZPK/KII] Inżynieria genetyczna w kosmetologii

Rozprawy doktorskiej mgr Anny Marii Urbaniak-Brekke. pt.: Aktywność społeczności lokalnych w Polsce i Norwegii

Gliwice, 15 września 2016

Recenzja. Ocena merytoryczna pracy

Ocena. wykonanej pod kierunkiem prof. dr hab. med. Małgorzaty Polz-Docewicz

Biologia komórki i biotechnologia w terapii schorzeń narządu ruchu

Indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste

Ocena pracy doktorskiej. mgr Beaty Jakusik. pt. Ocena żywienia dojelitowego według programu Fast Track u chorych

Zabrze r. Recenzja rozprawy na stopień doktora nauk medycznych lekarza Cypriana Olchowy

Ocena rozprawy doktorskiej lek. wet. Dagmary Winiarczyk. Przydatność proteomiki w rozpoznawaniu nefropatii różnego pochodzenia u psów

Wymagania edukacyjne

OCENA Rozprawy doktorskiej mgr Aksany Varabyovej Biogeneza dysmutazy ponadtlenkowej 1 w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii

Recenzja. promotor: dr hab. Marianna Kotowska-Jelonek, prof. PŚk

ZAKŁAD MEDYCYNY RATUNKOWEJ UNIWERSYTETU MEDYCZNEGO W BIAŁYMSTOKU

kwestionariusze badania ankietowego, karta badania, broszura informacyjna dla pacjentek,

1. Podstawa prawna oraz kryteria przyjęte do oceny rozprawy doktorskiej

Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII

Ocena pracy doktorskiej mgr. inż. Adama Ząbka zatytułowanej:

Gospodarka witaminą B1 u chorych przewlekle hemodializowanych

Recenzja pracy doktorskiej Pani mgr Olgi Żołnierkiewicz pt. Chemiczna synteza zoptymalizowanego genu taqiirm

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 3. Poznanie sposobów i typów hodowli komórek i tkanek zwierzęcych oraz metodyki pracy w warunkach sterylnych.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Olgi Andrzejczak. pt. Badania osadu czynnego z zastosowaniem technik cyfrowej analizy obrazu mikroskopowego

Wrocław, 15 grudnia 2017 r.

Dr hab. Andrzej Suchanowski prof. nadzw. Gdańsk r.

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ

Warszawa, 7 grudnia 2015 r.

Recenzja pracy doktorskiej mgr Tomasza Świsłockiego pt. Wpływ oddziaływań dipolowych na własności spinorowego kondensatu rubidowego


RECENZJA. Rozprawy doktorskiej mgr Mateusza Nowickiego. Ocena wybranych elementów niszy szpikowej u pacjentów poddawanych

dr hab. inż. Katarzyna Materna Poznań, Wydział Technologii Chemicznej Politechnika Poznańska

Dr hab. n.med. prof. nadzw. Elżbieta Rębas Zakład Neurochemii Molekularnej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi

Dotyczy pisania pracy dyplomowej w formie pracy przeglądowej

Efektywność metod diagnozy ryzyka personalnego i jej percepcja

Lublin 30 lipca 2017r.

WIEDZA. wskazuje lokalizacje przebiegu procesów komórkowych

Przedstawiona do recenzji praca porusza ciekawe i me tylko medycznie, ale i

Recenzja rozprawy doktorskiej

STRESZCZENIE. rozprawy doktorskiej pt. Zmienne jakościowe w procesie wyceny wartości rynkowej nieruchomości. Ujęcie statystyczne.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Bartosza Rymkiewicza pt. Społeczna odpowiedzialność biznesu a dokonania przedsiębiorstwa

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie

Dr hab. n. med. Beata Czarnecka, Prof. U.M. Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego. w Poznaniu

RECENZJA. rozprawy doktorskiej Jolanty GRZEBIELUCH nt. "Znaczenie strategii marketingowej w

PLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W ROKU 2019/2020. Nazwa modułu ECTS Semestr I Semestr II. Liczba godzin z.

Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii

Dr hab. med. Cezary Piwkowski Poznań, Recenzja. pracy naukowej na stopień doktora nauk medycznych mgr Kingi Gryglickiej p.t.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Piotra Biniarza pt. Optymalizacja produkcji, oczyszczanie i badanie właściwości biosurfaktantów

RECENZJA. rozprawy doktorskiej lek. med. Anny Rybeczki-Gacek pt. Rehabilitacja uzdrowiskowa pacjentów w przebiegu wirusowego zapalenia wątroby typu C.

WARSZAWSKI UN1WERSYTET MEDYCZNY MEDICAL UNIVERSITY OF WARSAW

głównie do cytowania Rekomendacji Polskiego Towarzystwa Ginekologicznego. Test podwójny jest omówiony pobieżnie i Autor poświęca mu znacznie mniej

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Prof. dr hab. Zbigniew Adamiak Olsztyn, Katedra Chirurgii i Rentgenologii z Kliniką Wydział Medycyny Weterynaryjnej UWM Olsztyn RECENZJA

Testowanie hipotez statystycznych

dr hab. n. med. Czesław Żaba Kierownik Katedry i Zakładu Medycyny Sądowej Uniwersytetu Medycznego im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu

Zakład Chemii Bioorganicznej, Wydział Chemiczny Wrocław

OCENA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. pt Ocena jakości życia nosicielek mutacji genu BRCA1 po profilaktycznej operacji narządu rodnego

Stacja Zasobów Genetycznych Drobiu Wodnego w Dworzyskach. Recenzja rozprawy doktorskiej. pt. ANALIZA CECH MIĘSNYCH WYBRANYCH GRUP KACZEK PEKIN ZE STAD

ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) / z dnia r.

Seminarium Wpływ realizacji pobytów stażowych (szkoleniowych) na rozwój potencjału dydaktycznego postdoców i doktorantów

Autor: mgr inż. Agata Joanna Czerniecka. Tytuł: Nowa metoda obliczeniowa porównywania sekwencji białek

WYDZIAŁ BIOCHEMII, BIOFIZYKI I BIOTECHNOLOGII Pracownia Genetyki Molekularnej i Wirusologii. Kierownik Prof. dr hab. HANNA ROKITA

Zadania ze statystyki, cz.7 - hipotezy statystyczne, błąd standardowy, testowanie hipotez statystycznych

Ocena rozprawy doktorskiej mgr piel. Bożeny Seczyńskiej pt.:

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Recenzja rozprawy doktorskiej. mgr Marcina Jana Kamińskiego. pt. Grupa rodzajowa Ectateus (Coleoptera: Tenebrionidae) filogeneza i klasyfikacja.

Prof. nadzw. PG dr hab. inż. Piotr Grudowski Gdańsk Wydział Zarządzania i Ekonomii

3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu

2. Wprowadzenie do zagadnień obliczania zmian położenia środka ciężkości ciała oraz odzyskiwania energii podczas chodu fizjologicznego

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Stosowanie metod alternatywnych dla badań na zwierzętach do celów rozporządzenia REACH

Prof. dr hab. n. med. Zbigniew Kopański Kraków r. Wydział Nauk o Zdrowiu Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego

Kryteria oceny pracy doktoranta przez opiekuna naukowego

S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne

WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP

Prof. dr hab. Stanisław Swadźba Katedra Ekonomii Uniwersytet Ekonomiczny w Katowicach

Metody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne

prof. dr hab. Barbara Kożuch Uniwersytet Jagielloński

Wrocław, Ogólna charakterystyka rozprawy

Lublin, 1 kwietnia 2016 r. Prof. dr hab. Wiesław I. Gruszecki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie

informacje zawarte w tych podrozdziałach są szczególne cenne dla praktyki klinicznej z punktu widzenia diagnostyki różnicowej. Część wstępu dotycząca

Katedra i Klinika Kardiologii Wydział Lekarski Kształcenia Podyplomowego Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg

Podstawa formalna recenzji Uwagi ogólne Ocena rozprawy

Materiał i metody. Wyniki

Ocena merytoryczna pracy 2.1. Sformułowanie problemu naukowego i aktualność tematyki badań

prof. dr hab. Barbara Kożuch Uniwersytet Jagielloński

RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Sebastiana Schaba pod tytułem Technologia wytwarzania granulowanych nawozów wieloskładnikowych typu NP i NPK

mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii

Transkrypt:

Kraków, 3.10.2016 O C E N A Pracy doktorskiej mgr Katarzyny Piekarowicz, doktorantki w Pracowni Białek Jądrowych Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego Tytuł pracy: "Wektor wirusowy zawierający mięśniowo specyficzny promotor hybrydowy jako narzędzie w terapii genowej laminopatii" Najważniejszym czynnikiem ograniczającym kliniczne wykorzystywanie możliwości terapii genowych które teoretycznie mogą korygować przyczyny chorób uwarunkowanych genetycznie, a nie jedynie łagodzić ich skutki jest dostępność odpowiednich wektorów, pozwalających na skuteczne i bezpieczne dostarczenie transgenu do komórek. Ważnym elementem mogącym zwiększyć skuteczność i bezpieczeństwo terapii jest zastosowanie właściwych kaset ekspresyjnych, pozwalających na uzyskanie odpowiedniego poziomu ekspresji transgenu. W wielu przypadkach wskazane jest również jednoczesne ograniczenie ekspresji do konkretnego typu komórek. Dotyczy to np. potencjalnych terapii dystrofii mięśniowych, w których ekspresja prawidłowych wersji transgenów powinna osiągać fizjologiczny i stabilny poziom, a jednocześnie powinna ograniczać się do mięśni szkieletowych i mięśnia sercowego. Jednym z najważniejszych czynników decydujących o jakości kasety ekspresyjnej, czyli o efektywności i specyficzności ekspresji transgenu jest wybór lub stworzenie odpowiedniego promotora. Tego zadania konstrukcji promotora pozwalającego na uzyskanie wysokiej i specyficznej mięśniowo ekspresji transgenu podjęła się w swojej pracy pani mgr Katarzyna Piekarowicz. Doktorantka potraktowała swoje zadanie bardzo szeroko. Jej głównym celem była konstrukcja promotora, w tym określenie znaczenia funkcjonalnego jego części składowych. Ponadto, pani mgr Katarzyna Piekarowicz zdecydowała się na opracowanie modelu badawczego in vitro do analizy wpływu mutacji w genie kodującym laminę A na funkcje hodowanych komórek, oraz podjęła się przygotowania wektorów wirusowych do przetestowania skonstruowanego promotora w układzie in vitro i in vivo. Temat pracy był więc istotny tak poznawczo jak i aplikacyjnie. Było to też zadanie bardzo ambitne i obarczone dużym ryzykiem.

Przygotowywanie konstruktów, a następnie ich testowanie jest czasochłonne, wymaga dużego nakładu pracy i często kończy się niepowodzeniem. Jeśli zadanie uda się zrealizować, jego efekty mimo że stanowią podstawę przeprowadzonych badań zwykle opisuje się jedynie w kilku zdaniach metodyki. Dlatego wybór tematu przez Doktorantkę był odważny i zasługuje na uznanie. Realizacja projektu wymagała zastosowania przez Doktorantkę klasycznych technik z zakresu biologii komórki i biologii molekularnej, z elementami analiz bioinformatycznych. Metody obejmowały konstrukcję i namnażanie wektorów plazmidowych, wprowadzenie mutacji do transgenów, liczne i złożone ligacje, analizy restrykcyjne, tworzenie i namnażanie wektorów lentiwirusowych i wektorów AAV, transfekcje i transdukcje komórek in vitro, analizy aktywności promotora z wykorzystaniem genu reporterowego, wyprowadzanie zmodyfikowanych genetycznie linii komórkowych, podstawowe testy funkcjonalne komórek (przeżywalności i proliferacji), analizy ekspresji genów na poziomie mrna (qrt PCR) i białka (western blotting, cytometria przepływowa), analizy lokalizacji i mobilności białek w komórce (barwienia immunohistochemiczne i testy FRAP), analizy histologiczne tkanek uzyskanych od zwierząt po podaniu wektorów wirusowych itp. Metodyka pracy była więc różnorodna i dobrana w sposób pozwalający na realizację wyznaczonych zadań. Badania przeprowadzone zostały przez Doktorantkę z wykorzystaniem kilku linii komórkowych: mysich mioblastów C2C12 i fibroblastów NIH3T3, szczurzych kardiomiocytów H9C2, ludzkich komórek embrionalnych nerki HEK293 i HEK293 FT, komórek raka szyjki macicy HeLa, nowotworu wątroby HepG2, śródbłonka mikronaczyniowego HDMEC oraz fibroblastów skóry NHDF. Doktorantka prowadziła również hodowle pierwotnych fibroblastów skóry uzyskanych od osób chorych na laminopatie. Część badań została przeprowadzona na myszach, u których analizowano poziom ekspresji transgenu po podaniu wektorów AAV. Najważniejsze moim zdaniem wyniki uzyskane przez Doktorantkę to: i) skonstruowanie promotora pozwalającego na wysoki poziom ekspresji transgenu w mięśniach szkieletowych i w mięśniu sercowym, przy zachowaniu znacznej specyficzności tkankowej, ii) wykazanie, że najważniejszym elementem przygotowanego promotora, decydującym o poziomie ekspresji transgenu jest intron zawierający sekwencję SIE, iii) potwierdzenie braku toksyczności przygotowanego konstruktu tak in vitro jak in vivo. Rozprawa doktorska mgr Katarzyny Piekarowicz liczy 186 stron maszynopisu, w tym 68 rysunków i fotografii oraz 18 tabel. Cytowane piśmiennictwo to 285 pozycji. Praca zbudowana jest w sposób klasyczny i obejmuje: Streszczenie, anglojęzyczny Abstract, Wstęp z wyodrębnionymi w osobny podrozdział Założeniami i Celami Pracy,

Materiały i Metody, Wyniki i Dyskusję z wyodrębnionym Podsumowaniem. Całość poprzedzona jest Spisem Treści, a zakończona Wykazem Skrótów, Spisem Tabel, Spisem Rysunków, Bibliografią i listą osiągnięć Doktorantki. Zarówno kompozycja pracy jak i zawartość poszczególnych części jest prawidłowa, a spis treści oraz spisy tabel, rysunków i skrótów są dobrze przygotowane i ułatwiają lekturę pracy. Streszczenie jest napisane poprawnie, choć w sposób nietypowy. Nie ma w nim klasycznego wprowadzenia, opisu badań i ich wyników zakończonego ogólnym podsumowaniem. Zamiast tego Streszczenie składa się z trzech raczej niezależnych części podsumowujących trzy etapy badań. Wolę układ klasyczny, ale taka forma jest również akceptowalna, zwłaszcza przy pracy metodycznej. Liczący 32 strony Wstęp jest prawidłowo skomponowany, napisany ciekawie i dobrze wprowadza w tematykę badań. Wstęp rozpoczyna się od ogólnego omówienia dystrofii mięśniowych, w tym zwłaszcza dystrofii mięśniowej Emery'ego Dreifussa, scharakteryzowania lamin i białek oddziałujących z laminami, przedstawienia komórkowych i zwierzęcych modeli laminopatii oraz krótkiego omówienia terapii stosowanych w dystrofiach, z zaznaczeniem potencjalnych możliwości wykorzystania terapii genowych. Ta część Wstępu napisana jest ciekawie, z wyraźnym nastawieniem na uzasadnienie podjęcia tematu badań. Opis świadczy o dobrym zrozumieniu przez Doktorantkę biologicznych konsekwencji mutacji występujących w laminach, a nie jedynie przytaczaniu danych korelacyjnych. Udało się przede wszystkim uniknąć leksykalności, która często charakteryzuje wstępy tekst jest dobrze skomponowany, logicznie uporządkowany, bez przeładowania zbędnymi szczegółami. W kolejnej części Doktorantka omawia wektory stosowane w próbach terapii genowych dystrofii mięśniowych, zwłaszcza lentiwirusowe i AAV, co stanowi dobre wprowadzenie do głównego tematu pracy. Następna część to omówienie możliwości modyfikacji wektorów, tak by zwiększyć ich specyficzność na etapie transdukcji i transkrypcji. Ta część jest dobrym materiałem na pracę przeglądową. Wstęp kończy się krótkim opisem dotychczasowych prób terapii genowych dystrofii mięśniowych. Całość napisana jest dobrym językiem, choć zdarzają się potknięcia stylistyczne, nawiązujące do tekstów anglojęzycznych np. "badania kliniczne adresowane na terapię dystrofii". Mam też wątpliwości co do niektórych stwierdzeń. Doktorantka pisze np., że wektory adenowirusowe charakteryzuje bardzo duża pojemność to prawda w odniesieniu do wektorów typu gutless, w których można umieścić kasetę wielkości nawet 35 kb. Typowe wektory adenowirusowe mają pojemność ok. 9.5 kb, czyli więcej niż AAV, ale wciąż niewystarczająco na umieszczenie dużych sekwencji kodujących. Brakuje mi też jasnego wskazania dlaczego podjęta została praca nad promotorem przeznaczonym

do terapii genowej dystrofii, skoro dotychczasowe próby terapii tego typu, mimo uzyskiwania ekspresji białka terapeutycznego, miały bardzo ograniczony efekt leczniczy. Można domyślać się, że kluczowe jest dążenie do zwiększenia poziomu ekspresji i specyficzności warto byłoby to jednak wyraźniej podkreślić, zwłaszcza w kontekście informacji o możliwym toksycznym efekcie silnej nadekpresji transgenów. Generalnie, Wstęp tworzy jednak dobrą i logiczną całość, a dobór treści i sposób omawiania zagadnień potwierdzają bardzo dobrą orientację Doktorantki w tematyce badań. Cele pracy omówione są wyczerpująco i szczegółowo. Są bardzo ambitne i mogą sprawiać wrażenie ujęcia zbyt szerokiego. Być może lepiej byłoby wskazać które zadania badawcze są kluczowe. Niemniej cele pracy są dobrze i przekonująco uzasadniane. Doktorantka na 32 stronach opisuje metody stosowane w pracy. Opisy te są obszerne i dokładne, w pełni wystarczające do powtórzenia przeprowadzonych doświadczeń. Dobrym pomysłem jest podanie składu wszystkich buforów i numerów katalogowych używanych odczynników to może być pomocne zwłaszcza w przypadku przeciwciał. Doktorantka podaje także informację gdzie były robione analizy i kto je wykonywał, jeśli nie były wykonywane przez nią osobiście. Opisana metodyka jest prawidłowa. Mam jedynie zastrzeżenie do potraktowania testu z zastosowaniem sulforodaminy B jako metody określania proliferacji komórek. Test ten pozwala na określenie poziomu białka, a pośrednio na porównanie liczby komórek (o ile nie dochodzi hipertrofii). Liczba komórek po okresie hodowli to jednak wypadkowa proliferacji i żywotności. Proliferacja powinna być analizowana z wykorzystaniem bardziej specyficznych testów, albo badany parametr powinien być określony precyzyjniej. Mam też wątpliwości co do podawania noworodkom mysim co najmniej 30 μl roztworu domięśniowo. Jeśli było to faktycznie podanie domięśniowe, to trzeba się liczyć z uszkodzeniem mięśnia. "Co najmniej" sugeruje, ze objętości nie były równe to może mieć wpływ na lokalizację wektorów i skuteczność transdukcji. W jaki sposób podawano wektory? Ile było miejsc podania, do którego mięśnia i jaka była objętość jednorazowej iniekcji? Wyniki (zajmujące 62 strony) są bardzo szczegółowo opisane i zilustrowane wykresami oraz zdjęciami. Są raczej dokładną analizą poszczególnych doświadczeń niż syntetycznym przedstawieniem postępu prac. To może być uzasadnione typem pracy, która ma charakter metodyczny. Niemniej zastanawiałabym się nad przedstawianiem analiz, które potem sama Doktorantka uznaje za mogące wprowadzać w błąd np. przy pomiarach aktywności lucyferazy w medium bez uwzględnienia wpływu stopniowego zagęszczania pożywki. Analiza wyników jest

jednak ostrożna i uwzględniająca możliwe pułapki metodyczne, co wskazuje na dobre zrozumienie zarówno możliwości jak i ograniczeń stosowanych metod. Opis prowadzony jest konsekwentnie, może być więc uznany za prawidłowy. Pierwsza część opisu dotyczy układów modelowych do badania konsekwencji mutacji w obrębie genu kodującego laminę A. Doktorantka wykorzystała trzy strategie: i) izolację fibroblastów z biopsji skóry pobranych od pacjentów (udało się pobrać materiał od czterech osób, w tym od jednej z mutacją w laminie A), ii) hodowle linii komórkowych różniące się poziomem laminy A i C (to podejście budzi moje duże wątpliwości, ze względu na odmienność wykorzystywanych linii różnice w poziomie laminy są tylko jednym z wielu czynników i różnice funkcjonalne między liniami w żadnym wypadku nie mogą być przypisywane odmienności w poziomie laminy A i C, poza bardzo specyficznymi sytuacjami np. wzajemnej proporcji czy lokalizacji obu białek), iii) transferu do linii komórkowej genu laminy, w tym laminy z wprowadzonymi mutacjami. Ta strategia wydaje mi się najbardziej obiecująca, zwłaszcza po wyprowadzeniu linii stabilnie zmodyfikowanych. Mogą być one wykorzystywane do analizy zmian funkcjonalnych w komórkach wykazujących ekspresję prawidłowej i zmutowanej laminy. Jestem też ciekawa, czy Doktorantka brała pod uwagę uzyskanie linii z nokautem laminy endogennej i ekspresją wyłącznie formy wprowadzonej w formie transgenu? Prezentacja wyników jest prawidłowa, choć na Ryc. 4.1. przydała by się moim zdaniem kontrola pokazująca fibroblasty z laminą prawidłową, a nie wyłącznie formy zmutowane. Na str. 77 Doktorantka wspomina o odmiennej lokalizacji emeryny w trakcie mitozy, odwołując się do Ryc. 4.2, gdzie takiej informacji nie ma. To chyba niezręczność stylistyczna, ale lepiej było te wyniki pokazać, albo wspomnieć, że nie są prezentowane. Na Ryc. 4.10 wkradł się błąd zdjęcie pokazujące nałożenie barwień przy prawidłowej laminie A jest duplikatem zdjęcia pokazującego komórki z mutacją D446V. W kolejnej części Doktorantka opisuje konstrukcję promotora hybrydowego. Moim zdaniem to najbardziej wartościowa część pracy, zwłaszcza zastosowanie konstrukcji modułowej i analiza skutków delecji poszczególnych elementów promotora. Bardzo ciekawym wynikiem jest obserwacja znaczenia obecności sekwencji intronowej, a stosunkowo mniejszego wpływu typowych sekwencji enhancerowych. Doświadczenia związane ze specyficznością mięśniową są natomiast trudne do interpretacji, głównie z względu na odmienną efektywność transfekcji różnych linii komórkowych. Czy Doktorantka brała pod uwagę zastosowanie innej strategii do analizy specyficzności? Można by wykorzystać np. wektor z dwoma kasetami ekspresyjnymi, zawierającymi porównywane promotory regulujące

ekspresję dwóch białek fluorescencyjnych. W takim przypadku proporcja ekspresji obu form analizowana cytometrycznie mogłaby być miarą względnej aktywności promotorów w danym typie komórek, niewrażliwą na efektywność transfekcji. Kłopotliwa jest też interpretacja analizy statystycznej wyników przedstawionych na Ryc. 4.28, pokazujących wpływ delecji na aktywność promotora hybrydowego. Opis nie w pełni przystaje do zaznaczonych istotności, Doktorantka wspomina też, że inne wnioski uzyskuje się po porównywaniu dwóch prób a nie wszystkich. Być może przyczyną kłopotu jest wybór testu posteriori (test Dunna) w analizie wariancji, który służy do porównań wielokrotnych. Lepszy chyba byłby test Dunnetta do porównań wielu grup z kontrolą. W kolejnej części Doktorantka opisuje konstrukcje wektora lentiwirusowego. Na duże uznanie zasługuje systematyczność doświadczeń i wszechstronność badań mających na celu wykluczenie kolejnych przypuszczalnych przyczyn niespodziewanych wyników zarówno związanych ze zmniejszeniem miana uzyskiwanych wektorów lentiwirusowych jak i mniejszą skutecznością opracowanej kasety po wprowadzeniu jej do genomu transdukowanych komórek. Sądzę natomiast, że w badaniach wpływu różnicowania na aktywność promotorów lepiej byłoby użyć linii stabilnie stransdukowanych. Indukcja różnicowania stabilnych linii C2C12 pozwoliła by na uniknięcie wpływu utraty plazmidu podczas dłuższej hodowli. Pechowo na Ryc. 4.39 ponownie doszło do zduplikowania zdjęcia ten sam obraz mikroskopowy podpisany jest jako EGFP w komórkach HEK298 MH EGFP (błędnie) i DES EGFP. Ostatnia część Wyników poświęcona jest opisowi oceny aktywności i specyficzności promotora MH in vivo. To bardzo ciekawa część pracy, z analizą poziomu białka EGFP pozwalającą stwierdzić, że główny cel pracy stworzenie silnego i specyficznego mięśniowo promotora powiódł się. Największym ograniczeniem tej części badań jest zbyt mała liczba zwierząt. Rozumienie zasady 3R jako minimalizacji liczby zwierząt w grupie jest często przeciwskuteczne doświadczenia muszą być powtórzone i nie pozwalają na wyciągnięcie ostatecznych wniosków. W takiej analizie powinno się użyć co najmniej 5 osobników na grupę. To nie zarzut w stosunku do Doktorantki, a raczej opinia o charakterze ogólnym. Analizy ekspresji transgenu na poziomie mrna w tym doświadczeniu są trudne do interpretacji i generalnie nie pozwalają na jasną konkluzję. Dobrym pomysłem była normalizacja poziomu ekspresji transgenu do liczby kopii genomu wirusowego. Zastanawiałam się, czy bezpośrednie wykorzystanie detekcji sekwencji wirusowej jako genu referencyjnego nie pozwoliłoby ocenić poziomu ekspresji uwzględniającego poziom transdukcji. Analizy wykonane przez Doktorantkę na

poziomie mrna pokazują, że uzyskany promotor jest aktywny. Wyniki detekcji białka są natomiast znacznie bardziej przekonujące i wskazują na wysoką aktywność, a jednocześnie specyficzność konstruktu. Dyskusja obejmuje 18 stron i skupia się przede wszystkim na podsumowaniu uzyskanych wyników oraz ich omówieniu w świetle wcześniej opublikowanych prac i możliwych potencjalnych zastosowań praktycznych. Składa się z trzech głównych części odpowiadających głównym zagadnieniom, którym poświęcone były badania. Taka konstrukcja jest konsekwencją przyjętej koncepcji projektu. Materiał zawarty w doktoracie mógłby się stać dobrą podstawą do przygotowania trzech prac doktorskich. Wtedy możliwe byłoby głębsze potraktowanie każdego tematu i przeprowadzenie doświadczeń pozwalających na lepsze zrozumienie obserwowanych zależności. Doktorantka przyjęła inne rozwiązanie przeprowadzanie badań bardzo szerokich, ukierunkowujących przyszłe doświadczenia. Przy takim założeniu badania muszą być bardziej opisowe, bez podejścia mechanistycznego, a wiele ciekawych pytań pozostaje na razie bez odpowiedzi. Doktorantka zadaje je w dyskusji i przypuszczalnie już zaczęła prowadzić doświadczenia by odpowiedzieć na niektóre z nich. Projekt był przede wszystkim metodyczny, nastawiony na przygotowanie narzędzi na przyszłość, i ryzykowny. Udało się go dobrze zrealizować, a najważniejszy cel przygotowanie promotora został osiągnięty. W pierwszej części Dyskusji omówione są modele wykorzystywane w badaniach nad laminopatiamii. Dużo uwagi poświęca Doktorantka możliwości uzyskiwania fibroblastów (lub mioblastów) od pacjentów i ograniczeniom takiego podejścia, zwłaszcza dość krótkiemu czasowi możliwego utrzymania komórek w hodowli i trudnościom z uzyskaniem prawidłowej kontroli. Ciekawa jestem opinii Autorki na temat możliwości o której nie wspomina w Dyskusji, czyli możliwości przygotowania z uzyskanych fibroblastów indukowanych komórek pluripotencjalnych (ipsc). To pozwoliłoby na ich długotrwałe utrzymanie w hodowli, różnicowanie w kierunku kardiomiocytów lub mięśni szkieletowych i przygotowanie odpowiednich kontroli. Autorka stawia w Dyskusji dobre pytania i wskazuje doświadczenia jakie należałoby wykonać, by uzyskane dotychczas wyniki (które na razie mogą pozwolić na postawienie hipotez) doprowadziły do konkluzji. Niewątpliwie warto byłoby np. sprawdzić bezpośrednio czy lamina w komórkach HEK293 rzeczywiście podlega proeolizie i co powoduje, że może to być aktywność specyficzna dla tej linii komórkowej. Byłabym natomiast bardzo ostrożna w wyciąganiu daleko idących wniosków dotyczących komórek pierwotnych czy sytuacji in vivo na podstawie wyników uzyskanych na unieśmiertelnionych liniach komórkowych. Stwierdzenie, że HEK293 mają pewne cech komórek nerwowych, nawet jeśli udokumentowane

publikacyjnie, nie pozwala na wnioskowanie na temat podobieństwa sugerowanego mechanizmu do opisanego dla komórek nerwowych, na co zresztą Doktorantka słusznie zwraca uwagę. Generalnie, wnioskowanie o patomechanizmie choroby na podstawie badań unieśmiertelnionych linii wymaga wyjątkowej ostrożności i zadawania jedynie takich pytań na które tego typu układ może dać odpowiedź. Dalsze części Dyskusji poświęcone są konstrukcji mięśniowego promotora hybrydowego oraz badaniu jego aktywności i specyficzności in vitro i in vivo. Uzyskane przez Doktorantkę wyniki pokazują, że udało jej się uzyskać wektor AAV zawierający kasetę ekspresyjną z promotorem pozwalającym na wysoką i mięśniowo specyficzną produkcję białka reporterowego. Co ważne, wektor był efektywny i w mięśniach szkieletowych i w mięśniu sercowym. Wybór promotora CMV i DES jako promotorów kontrolnych jest racjonalny, jeśli celem było scharakteryzowanie uzyskanego promotora. Jeśli jednak cel był przede wszystkim aplikacyjny a tak można wnioskować z ukierunkowania pracy to warto chyba było wykonać doświadczenia, przynajmniej w układzie in vivo, z promotorem E1α. W doświadczeniach in vitro wykazywał on bardzo dużą aktywność, i w przeciwieństwie do promotora CMV, nie jest promotorem wirusowym. Wykazanie np. wyższej specyficzności promotora hybrydowego byłoby dobrym argumentem przemawiającym za wykorzystywaniem właśnie tego konstruktu. Warto byłoby również przeprowadzić doświadczenia zasugerowane przez Doktorantkę w Dyskusji porównanie poziomów metylacji promotorów w różnych punktach czasowych i sprawdzenie na ile rola sekwencji intronowej wynika ze stabilizacji transkryptu a na ile z nasilania ekspresji i ułatwiania interakcji promotora z czynnikami transkrypcyjnymi. Generalnie, Dyskusja napisana jest poprawnie. Unikałabym jedynie określeń wartościujących, typu "badania były wszechstronne", "analizy przeprowadzono starannie". To jednak tylko subiektywne odczucie dotyczące stylu, a nie meritum. Zawarte w Dyskusji wnioskowanie jest nieco spekulatywne ze względu na typ uzyskanych w pracy danych, ale uzasadnione. Wnioski wyodrębnione w osobny podrozdział stanowią listę najważniejszych obserwacji poczynionych w trakcie realizacji pracy. Są one jasno sformułowane i mają potwierdzenie w wynikach doświadczeń. Jedynie wniosek no 5 o stwierdzeniu dodatkowego mechanizmu kontroli potranskrypcyjnej w komórkach HEK293 jest zbyt silny, choć Doktorantka podkreśla, że temat wymaga dalszych badań. Praca pod względem edytorskim przygotowana jest starannie, zawiera niewiele błędów literowych, pojawiające się czasem niezręczności stylistyczne są w pełni akceptowalne i nie do uniknięcia w tak długim tekście. Może warto jedynie

pamiętać że DNA i RNA to "ten" kwas, czyli raczej DNA był izolowany niż było izolowane. Podsumowując, badania opisane przez Doktorantkę dotyczą bardzo ciekawego tematu, z dużym potencjałem poznawczym i aplikacyjnym. Wykonane zostały z wykorzystaniem dobrze dobranych metod i pozwoliły na realizację zamierzeń. Ich wykonanie wymagało ogromnego nakładu pracy oraz bardzo systematycznej optymalizacji każdego etapu. Uważam, że pani mgr Katarzyna Piekarowicz prawidłowo realizowała założone cele badawcze i stwierdzam, że przedstawiona mi do recenzji praca spełnia wszystkie wymogi rozprawy doktorskiej. W związku z tym proszę wysoką Radę Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego o dopuszczenie pani mgr Katarzyny Piekarowicz do dalszych etapów przewodu doktorskiego. Z poważaniem,