Wektory DNA - klonowanie molekularne
|
|
- Bronisław Jaworski
- 5 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Wektory DNA - klonowanie molekularne
2 Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany tj. zrekombinowany in vitro z odpowiednim elementem genetycznym zwanym wektorem czyli cząsteczką DNA zdolną do wnikania do wnętrza komórek tego gospodarza zdolną do autonomicznej replikacji O takim fragmencie DNA wbudowanym do wektora i wprowadzonym do jakiegoś gospodarza (najczęściej bakteryjnego) mówimy że jest on sklonowany w bakteriach
3 Co oznacza klonowanie molekularne? Termin klonowanie w odniesieniu do pojedynczego fragmentu DNA oznacza namnażenie (powielanie) określonego odcinka DNA w komórkach gospodarza, (najczęściej bakterie np. Escherichia coli), przy zastosowaniu odpowiedniego wektora. Klonowanie DNA jest podstawową techniką inżynierii genetycznej. Klonowanie molekularne umożliwia: znalezienie, wyizolowanie i namnożenie wybranego genu z genomu jakiegoś organizmu, przeprowadzania manipulacji, na przykład mutagenezy, uzyskiwania ekspresji genu, czyli produkcji kodowanego przez niego produktu. Do klonowania molekularnego niezbędne są dwa elementy: wektor gospodarz
4 Nie zawsze celem klonowania molekularnego jest produkcja białka przez komórki bakteryjne - sklonowanie fragmentu DNA jest często celem samym w sobie Ekspresja ludzkiej insuliny w bakteriach Enzym restrykcyjny ludzkie cdna linker Zrekombinowane DNA plazmidowe Wektor plazmidowy Klonowanie molekularne chromosom bakteria Tranfsormacja rekombinowana insulina rekombinowana insulina
5 Klonowanie molekularne można przeprowadzić w komórkach mikroorganizmów jak i eukariotycznych, ale: Klonowanie w komórkach prokariotycznych jest nieporównywalnie prostsze ponieważ komórki bakteryjne łatwo jest hodować i izolować z nich duże ilości specyficznego DNA, które można poddawać kolejnym zabiegom: : sekwencjonowaniu, mapowaniu, transformacji, hybrydyzacji itd. W bakteriach możemy z powodzeniem klonować (powielać) geny prokariotyczne i eukariotyczne. Mówimy klonowanie molekularne = myślimy klonowanie w bakteriach
6 Jako wektorów do klonowania molekularnego w mikroorganizmach używa się: 1. Plazmidów 2. Bakteriofagów 3. Kombinacji elementów genetycznych plazmidowo-fagowych np. kosmidów, fagemidów, itp.
7 Wektory plazmidowe 1. Ogólnego przeznaczenia proste powielanie wybranego genu 2. Wektory do zadań specjalnych (są to wektory, które oprócz samego powielania DNA umożliwiają np. wydajną ekspresję sklonowanego genu produkcję białka badanie własności sklonowanego genu lub odcinka DNA otrzymywanie jednoniciowego DNA (ssdna) stabilne powielanie ekstremalnie duże fragmentów DNA konstrukcja banków (bibliotek) genomowych
8 Cechy dobrego wektora plazmidowego Zdolny do autonomicznej replikacji (niezależnej od chromosomu gospodarza) kilkadziesiąt kilkaset pz musi posiadać tzw. origin replikacji oriv (nieliczne wektory integracyjne, wbudowują się do DNA gospodarza, są bardziej stabilne, mają mniejszą ilość kopii) Marker selekcyjny (czyli gen kodujący białko odpowiedzialne za łatwo wyróżnialne cechy fenotypowe. Wektor musi być tak skonstruowany aby istniała możliwość selekcji tych komórek, do których wniknął. MCS (multiple cloning site miejsce wielokrotnego klonowania tzw. polilinker) Pozwala na swobodny dobór odpowiedniego enzymu restrykcyjnego do sklonowania fragmentu DNA. Wektor powinien być niezdolny do przeżycia poza komórką gospodarza, namnażać się w niewielu szczepach (mały zakres gospodarza), nie posiadać zdolności koniugacyjnych. Powinien być stosunkowo niewielki (poniżej 10 kpz)
9 Wektory plazmidowe miejsce startu replikacji Miejsce startu replikacji (oriv ) wektora plazmidowego determinuje: ilość kopi wektora w komórce zgodność z innymi wektorami plazmidowymi Plazmid Replikon (oriv) Ilość kopii na komórkę pbr322 i pochodne pmb wektory serii puc pmb pacyc i pochodne p15a psc101 i pochodne psc101 ~5 ColE1 ColE Replikony ColE1 i pmb1 są niezgodne, są natomiast zgodne z psc101 i p15a
10 MCS (polilinker) kopii na komórkę
11 Wizualna selekcja zrekombinowanych klonów Wektory (nie tylko plazmidowe) zazwyczaj posiadają również systemy pozwalające na odróżnienie komórek gospodarza który pobrał wektor zrekombinowany od takiego, który zamknął się bez połączenia z obcym fragmentem DNA. Plazmidy takie jak puc umożliwiają tzw. wizualną identyfikację klonów zrekombinowanych, dzięki wstawieniu do wektora genu (lub fragmentu genu) kodującego enzym, który rozkłada jakiś barwny substrat. MCS znajduje się wtedy w obrębie tego genu. Jego przerwanie przez wstawienie obcego fragmentu DNA sprawia że kolonie zawierające zrekombinowany i niezrekombinowany wektor rosną na płytce selekcyjnej wybarwiając się na różne kolory
12 Wizualna selekcja zrekombinowanych klonów c.d. Wektor zawiera N-końcowy fragment beta-galaktozydazy (genu lacz), wprowadza się go komórek, które syntetyzują tylko część C-końcową beta-galaktozydazy (niosących zmutowany geny lacz). Obydwa peptydy mogą asocjować ( -komplementacja) tworząc aktywne enzymatycznie białko.
13 Szczep gospodarza bakteryjnego do klonowania molekularnego ma specjalne właściwości! (został odpowiednio zmodyfikowany) X-gal sztuczny substrat dla beta-galaktozydazy IPTG sztuczny induktor beta-galaktozydazy (tzw. bezinteresowny)
14 Selekcja zrekombinowanych klonów może zachodzić przez zahamowanie namnażania się klonów komórek zawierających niezrekombinowany plazmid. Takie wektory zawierają gen letalny dla komórki gospodarza. Insercja klonowanego DNA inaktywuje ekspresję letalnego genu umożliwiając wzrost rekombinantów.
15 Wektory plazmidowe specjalnego przeznaczenia
16 I. Plazmidowe wektory ekspresyjne pozwalają na nadprodukcję (nadekspresję) białka w komórkach gospodarza - bakteriach Co wyróżnia wektory ekspresyjne? 1. Silny, regulowany promotor rozpoznawany przez polimerazę RNA gospodarza Silny promotor powoduje, że w specyficznych warunkach transkrypcja jest inicjowana wiele razy na minutę regulowany można go włączać i wyłączać Ptac promotor hybrydowy zlożony z regionu -35 promotora trp i regionu promotorowo/operatorowego-10 lac. Ekspresja Ptac podlega represji przez białko LacI. PL faga, lac E. coli, trp E. coli, bla (promotor genu -laktamazy E. coli).
17 I. Plazmidowe wektory ekspresyjne Co wyróżnia wektory ekspresyjne? 1. Silny, regulowany promotor rozpoznawany przez polimerazę RNA gospodarza np. Silny promotor powoduje, że w specyficznych warunkach transkrypcja jest inicjowana wiele razy na minutę. regulowany promotor oznacza że można go indukować. Przykładem może być promotor laktozowy. Transkrypcję wzmaga się przez dodanie do pożywki IPTG (analog laktozy).
18 Promotory genów bakteriofagowych T7, SP6 i T3 Plazmidowe wektory ekspresyjne z promotorem późnych białek faga T7 (seria wektorów pet+ specjalny szczep bakterii E. coli ) Promotor PL faga jest kilka razy silniejszy od lac. Jest kontrolowany przez termowrażliwy represor CI, który jest inaktywowany w podwyższonej temperaturze (42 st. C) co powoduje wzrost ekspresji genu.
19 2. Wektory ekspresyjne są wyposażone w sekwencje niezbędne do translacji mrna transkrybowanego ze sklonowanego genu RBS (ribosome binding site): miejsce wiązania rybosomu Sztuczny kodon startowy ATG
20 Klonowanie genu ludzkiej insuliny i produkcja rekombinowanej insuliny w bakteriach Ekspresja ludzkiej insuliny w bakteriach Enzym restrykcyjny ludzkie cdna linker Zrekombinowane DNA plazmidowe Plazmidowy wektor ekspresyjny Klonowanie molekularne bakteria chromosom Tranfsormacja rekombinowana insulina rekombinowana insulina
21 II. Wektory do transkrypcji RNA in vitro Zawierają promotory bakteriofagów takiej jak T3, T7 i/lub SP6 umieszczone przed miejscem wstawienia DNA. Zastosowanie: wydajna produkcja RNA (np. mrna) in vitro
22 III. Wektory do badania własności sklonowanego genu lub odcinka DNA, np. do badania aktywności promotorów Fragmenty DNA wprowadza się w tych wektorach w pobliżu genu reporterowego np. pozbawionego własnego promotora genu lacz i mierzy aktywność jego ekspresji oriv XhoI BglII EcoRI KpnI XbaI PstI orit trfa MCS lacz pmp220 ( pz) Tet
23 IV. Wektory do rekombinacji i klonowania nietypowych fragmentów DNA Nietypowych: np. uzyskanych inaczej niż przez trawienie cząsteczek DNA enzymami restrykcyjnymi np. fragmentów DNA, które zostały uzyskane w reakcji PCR
24 2. Wektory bakteriofagowe
25 Wektory fagowe: bakteriofag Fag zawiera ds DNA wielkości pz, 12 pz jednoniciowe lepkie końce cos Ok. 60% genomu faga jest niezbędna do jego litycznego cyklu życiowego, środkowa część 15 kpz (ok. 1/3) może być zastąpiona obcym DNA. DNA z delecją nie może być pakowany w główki, co staje się zaletą ponieważ tylko DNA ze wstawionym obcym DNA może się zapakować w główki (dobra selekcja fagów zrekombinowanych).
26 Schemat klonowania DNA w wektorze-fagu
27 Inne wektory bakteriofagowe: pochodne bakteriofaga P1 (Sternberg 1990) podobne do faga, oparte na wersjach delecyjnych genomu faga P1. P1 ma większy niż genom co pozwala klonować większe fragmenty DNA do 125 kpz konstrukcja bibliotek genomowych
28 Wektory fagowe: bakteriofag M13 Jego genom to ssdna (6407 pz), kopii na komórkę, Po wniknięciu do komórki jest syntetyzowana druga komplementarna nić DNA, w formie ds DNA ulega replikacji. W końcowej fazie ponownie powstają formy ssdna pakowane w osłonki i uwalniane z komórki Służy do klonowania niewielkich fragmentów DNA (zwykle poniżej 1 kpz) Seria wektorów M13mp18/19 zbudowanych na bazie faga M13 posiada możliwość -komplementacji, syntetyczny MCS Ich podstawowe zastosowanie to otrzymywanie jednoniciowego DNA (ssdna), które dawniej używane było w sekwencjonowaniu DNA oraz mutagenezie in vitro.
29 3. Kombinacje plazmidów i bakteriofagów a) Fagemidy Uzyskuje się je np. przez wprowadzenie do wektora plazmidowego fragmentu ori z jednoniciowego bakteriofaga M13 lub f1. Wektory te służą podobnie jak pochodne M13 do otrzymywania kopii ssdna wykorzystywanych do sekwencjonowania DNA lub syntezy znakowanego DNA.
30
31 b) Kosmidy- wektory plazmidowe wyposażone w sekwencję cos faga, ich wielkość wynosi od 5 do 8 kpz co oznacza, że można do niego sklonować od kpz. Zastosowanie Konstrukcja bibliotek genomowych
32 Fosmidy - specyficzna odmiana kosmidów Zawierają miejsce startu replikacji z plazmidu F oraz sekwencję cos z faga. Budowa podobna do kosmidów, Znacznie mniejsza ilość kopii na komórkę i dzięki temu większa stabilność
33 Wektory drożdżowe Drożdże jako komórki gospodarzy posiadają pewne zalety: mają struktury komórkowe typowe dla eukariota ale są jednokomórkowe geny w nich klonowane mogą zawierać sekwencje intronowe ponieważ proces obróbki mrna jest zbliżony do tego, który występuje u wyższych eukariontów powstające białka mogą podlegać modyfikacjom potranslacyjnym Kiedy zatem użyć drożdży jako gospodarza w klonowaniu molekularnym? 1. W przypadku klonowania eukariotycznych genów, które nie dają się sklonowować w bakteriach 2. wtedy gdy zależy nam nie tylko na prostym powieleniu DNA, ale także na uzyskaniu ekspresji genu w komórce eukariotycznej i otrzymaniu białek odpowiednio zmodyfikowanych potranslacyjnie
34 WEKTORY DROŻDŻOWE - wektory wahadłowe (ang. shuttle vector) wahadłowość to cecha typowa dla wielu wektorów eukariotycznych Wektory wahadłowe (bifunkcjonalne) mają: dwa odrębne miejsca startu replikacji (jedno z nich jest wykorzystywane w eukariotycznych komórkach - drożdży, drugie w komórkach prokariotycznych E. coli) dwa typy markerów selekcyjnych: dla komórek drożdżowych jak i bakteryjnych umożliwia to wygodne utrzymywanie wektora w komórkach bakteryjnych oraz np. ekspresję sklonowanych genów w drożdżach
35 1983 Murray i Szostak sztuczny chromosom drożdżowy YAC YAC ma wielkość kb (chromosom drożdżowy od 230 do>2500 kpz) co oznacza w YAC-u można sklonować odcinek DNA do 2,5 Mpz Wektory te są w drożdżach stabilne mitotycznie nawet bez presji selekcyjnej i utrzymują się jako liniowy minichromosom (w ilości 1-2 kopii na kom.)
36 YAC składa się z części 1. prokariotycznej- (plazmidowe oriv i marker selekcyjny gen oporności na antybiotyk) Sup4 2. eukariotycznej która zawiera: odcinek ori ARS, centromer CEN, telomery i geny selekcyjne (np. his3, trp1, ura3 nie są to geny oporności na antybiotyk) przynajmniej jedno unikalne miejsce restrykcyjne do klonowania obcego DNA System do wizualnej selekcji klonów zrekombinowanych sup4 (białe i różowe) ale nie jest to alfa-komplementacja BamH1 BamH1
37 Dodatkowo w części eukariotycznej występują sekwencje umożliwiające ekspresję sklonowanego genu tzw. kaseta ekspresyjna, która obejmuje: promotor rozpoznawany przez polimerazę RNA gospodarza eukariotycznego (drożdżową polimerazę RNA) terminator transkrypcji MCS (zwykle mało rozbudowane) sztuczną sekwencję intronowej, która umożliwia dojrzewanie transkrtyptu mrna powstającego ze sklonowanego genu eukariotycznego
38 Jak używać YAC-a? Zrekombinowane YAC-i powielają się drożdżach dzięki chromosomalnym mechanizmom replikacji!!!
39 Wektory do komórek wyższych eukariontów (zwierząt i ludzi) Należy rozpatrywać je raczej w kategoriach systemów dostarczania gotowego konstruktu genetycznego lub transgenu Znajdują zastosowanie w tzw. badaniach podstawowych in vitro (linie komórkowe), terapii genowej czy transgenezie są w większości wektorami wahadłowymi Są oparte głównie na wirusach (odpowiednio zrekombinowane DNA wirusowe, w których geny samego wirusa zostały usunięte lub zastąpione sekwencjami terapeutycznymi lub transgenami)
40 Jakie wirusy wykorzystuje się do konstrukcji wektorów retrowirusy oraz lentiwirusy (HIV) adenowirusy wirusy towarzyszące adenowirusom AAV (adenoassociated virus) wirus opryszczki HSV Wektory retrowirusowe i adenowirusowe są najczęściej stosowanymi wektorami eukariotycznymi wykorzystywanymi w dopuszczonych protokołach terapii genowej np. nowotworów
41 Podstawowe kryteria którymi należy kierować się przy tworzeniu wektorów wirusowych np. niosących terapeutyczne DNA to bezpieczeństwo specyficzność i stabilność dostarczania genów efektywność namnażania się w liniach komórkowych (produkcyjnych) - wysokie miano (duża liczba cząsteczek rekombinowanego wirusa w jednostce objętości) prosty system produkcji możliwość dostarczania materiału genetycznego o dużych rozmiarach brak immunogenności Aktualnie nie dysponujemy jednym uniwersalnym nośnikiem wirusowym, a powyższe wymagania spełniają różne systemy wektorów. W związku z tym faktem, poszczególne systemy wirusowe wykorzystuje się do odpowiednich strategii i/lub konkretnych zastosowań
42 Co w trakcie konstrukcji wektora można usunąć z wirusa a co musi w nim pozostać? Funkcje (i geny) wirusowe można podzielić na cis i trans. Cis to takie które nie mogą zostać usunięte z genomu wirusa np. miejsce startu replikacji lub sygnał "pakujący". Natomiast trans to geny których funkcje mogą z powodzeniem zostać zastąpione przez analogi pochodzące od zmodyfikowanych linii komórek pakujących. Zwykle dąży się do tego aby wszystkie geny trans usunąć z genomu wirusa i umieścić je w genetycznych elementach pomocniczych. Daje to dużo miejsca na obce geny a poza tym zwiększa bezpieczeństwo, gdyż tak powstały wirus jest niezdolny do namnażania się poza komórkami pakującymi
43 Rekombinowane wektory retrowirusowe Wektory retrowirusowe oparte są najczęściej na Mysim Wirusie Białaczki Moloney a - MoMLV (Moloney Murine Leukemia Virus). Jest to podstawowa grupa wektorów znajdująca swoje główne zastosowanie w terapii nowotworów, gdyż mają one naturalną skłonność do infekowania intensywnie dzielących się komórek LTR - gag - pol - env - (onc) - LTR gag strukturalne białka płaszcza wirusa pol odwrotna transkryptaza env glikoproteiny otoczki wirusa LTR - Long terminal repeat sekwencja promotorowo-regulatorowa na każdym z końców genomu RNA wirusa
44 Ponieważ wektor jest wahadłowy możemy go zrekombinować w bakteriach np. E. coli
45 Drugi składnik to linia komórek tzw. pakujących z prowirusem pozbawionym sekwencji psi a posiadającym geny kodujące białka otoczki wirusa i odwrotną transkryptazę (geny: gag, pol, env). DNA retrowirusa z włączonym do niego obcym genem (pierwszy składnik) wprowadza się do komórek pakujących W komórkach pakujących DNA retrowirusa zostaje przepisane na RNA a to z kolei jest pakowane w otoczki białkowe. Takie wiriony izoluje się i infekuje nimi komórki docelowe, w których następuje przepisanie RNA na DNA, które z kolei włączane jest do chromosomu właściwego biorcy
46 wektory wahadłowe rekombinuje się w bakteriach np. E. coli a do komórek eukariotycznych (pakujących) wprowadza się gotowe konstrukty
47 Osobną grupę wektorów retrowirusowych stanowią pochodne lentivirusów, takich jak HIV. Mogą one zakażać nie tylko komórki dzielące się lecz praktycznie wszystkie Wektory adenowirusowe Adenowirusy mogą infekować duży wachlarz typów komórek, także nie dzielące się i są w miarę łagodne Ekspresja genów wprowadzony za ich pomocą jest silna i stabilna ale dość krótkotrwala, ponieważ DNA wirusa znajduje się poza DNA gospodarza (nie integrują się z genomem gospodarza) i dlatego nie ulega replikacji. W kolejnych pokoleniach komórek wprowadzonego DNA jest coraz mniej. Doskonale nadają się do terapii genowej mającej na celu zniszczenie komórek (suicide genes), ale nie są odpowiednie do dostarczania genów terapeutycznych
48 AAV- wirusy towarzyszące adenowirusom Należą one do niepatogennych ludzkich parvowirusów, które do namnażania wymagają obecności wirusów pomocniczych (najczęściej są to adenowirusy) (wada i zaleta). Atrakcyjność tego typu wektorów polega na tym, iż nie powodują żadnych ludzkich chorób (bo przy braku adenowirusa są defektywne replikacyjnie) Mają dość dużą pojemność (tylko ok. 4% genomu wirusa jest niezbędna) mogą dostarczać DNA do niedzielących się komórek. w naturalnej formie wbudowują geny do chromosomów gospodarza co pozwala na przedłużoną ekspresję transgenu
49 Wektory bazujące na herpeswirusach Spośród herpeswirusów jako wektory są wykorzystywane dwa: Herpes simplex i Epstein-Barr pojemność wektora Herpes simplex wynosi kb. Epstein-Barr virus ma duży genom (ok. 172 kb), a przy tym koniecznymi elementami cis są tylko dwa elementy, orip, miejsce startu replikacji i gen EBNA-1, w sumie mające długość ok. 4 kb. Pozwala to na wprowadzenie bardzo dużych fragmentów DNA Wirusy herpes nie wbudowują swojego meteriału genetycznego w genom gospodarza. Mają one jednak powinowactwo do neuronów, dlatego bada się je głównie pod kątem ukierunkowanej terapii genowej tkanki nerwowej, m.in. w leczeniu choroby Parkinsona, złośliwych gliom (nowotworów mózgu).
50 Wektory pochodne bakulowirusów eukariotyczne wektory ekspresyjne rodzina wirusów DNA chorobotwórczych dla stawonogów, głównie owadów. Genom bakulowirusów stanowi duży (128 kpz), kolisty, dwuniciowy DNA. wektor skonstruowany został z sekwencji bakteryjnych ori i genu oporności na antybiotyk a także kasety ekspresyjnej, w skład której w chodzi polilinker i sekwencje regulacyjne genu polihedryny bakulowirusa czyli promotor i terminator. komórki owadów lub całe larwy transfekuje się mieszaniną DNA bakulowirusa i zlinearyzowanego wektora niosącego zrekombinowany gen i gen markerowy umożliwiający selekcję w komórkach owadów. Wewnątrz komórki dochodzi do homologicznej rekombinacji i utworzenia zrekombinowanego wirusa. System pozwala uzyskiwać typowe dla wyższych eukariontów modyfikacje potranslacyjne eksprymowanych białek. Wydajność produkcji jest dość niska a koszt stosunkowo wysoki. Znajdują one zastosowanie przy produkcji niektórych leków.
51 Markery selekcyjne stosowane w wektorach eukariotycznych W eukariotycznych komórkach biorcy najczęściej selekcjonuje się tzw. markery dominujące, czyli geny wyrażane w każdym tle genetycznym (nie są to geny oporności na antybiotyki) Wyjątkami jeśli chodzi o markery selekcyjne będące genami oporności, które mogą być użyte w komórkach eukoriotycznych są: Kan - gen kodujący kinazę kanamycyny (możliwa do użycia w komórkach roślinnych) oporność na kanamycynę Neo bakteryjny gen oporności na neomycynę. Może on ulegać ekspresji w komórkach eukariotycznych jeśli wyposaży się go w eukariotyczne sekwencje regulatorowe Neo może być używane do selekcji komórek eukariotycznych, ponieważ produkt genu inaktywuje antybiotyk G418, który jest toksyczny dla komórek eukariotycznych. Ponadto nie występuje spontaniczna oporność na G418 w komórkach eukariotycznych.
Wektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoWektory DNA - klonowanie molekularne
Wektory DNA - klonowanie molekularne Fragment DNA (np. pojedynczy gen) można trwale wprowadzić do komórek gospodarza (tzn. zmusić go do powielania w tym gospodarzu) tylko wtedy, gdy zostanie on wbudowany
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoZawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów
Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna
Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoKlonowanie i transgeneza. dr n.med. Katarzyna Wicher
Klonowanie i transgeneza dr n.med. Katarzyna Wicher Klonowanie proces tworzenia idealnej kopii z oryginału oznacza powstawanie lub otrzymywanie genetycznie identycznych: cząsteczek DNA komórek organizmów
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoDrożdżowe systemy ekspresyjne
Drożdże Drożdżowe systemy ekspresyjne Zalety: możliwość uzyskania dużej biomasy modyfikacje postranslacyjne eksprymowanych białek transport eksprymowanych białek do pożywki Duża biomasa W przypadku hodowli
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOTECHNOLOGII Piotr Solarczyk
PODSTAWY BIOTECHNOLOGII Piotr Solarczyk EFEKT KOŃCOWY Po zakończeniu seminarium powinieneś umieć: wyjaśnić pojęcia plazmid, fag, wektor, wektor ekspresyjny i czółenkowy, klonowanie, transfekcja, transformacja,
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoEkspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris
Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris Ekspresja genów heterogenicznych w drożdżach Pichia pastoris Drożdże Pichia pastoris należą do drożdży metanolotroficznych tj. zdolnych do wykorzystywania
Bardziej szczegółowoEkspresja białek w komórkach ssaczych
Ekspresja białek w komórkach ssaczych Ekspresja białek w komórkach ssaczych Używane powszechnie w laboratoriach ssacze linie komórkowe są zmodyfikowane w celu pełnienia roli gospodarza ekspresji białek
Bardziej szczegółowoMapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej
Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoKonstrukcja wektora plazmidowego DNA do klonowania genów i/lub wektora plazmidowego do sekrecji w bakteriach mlekowych
Konstrukcja wektora plazmidowego DNA do klonowania genów i/lub wektora plazmidowego do sekrecji w bakteriach mlekowych Łukasz Tranda Promotor: doc. dr hab. Jacek Bardowski, IBB Promotor: dr hab. Edward
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoDNA musi współdziałać z białkami!
DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 2
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 2 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna wirusów. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego.
Biologia molekularna wirusów Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Co to jest wirus? Cząsteczka złożona z kwasu nukleinowego (DNA
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoDefinicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)
Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest
Bardziej szczegółowoTERAPIA GENOWA. dr Marta Żebrowska
TERAPIA GENOWA dr Marta Żebrowska Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki, Zakładu Biochemii Farmaceutycznej, Uniwersytetu Medycznego w Łodzi Źródło zdjęcia: httpblog.ebdna.plindex.phpjednoznajwiekszychzagrozenludzkosciwciazniepokonane
Bardziej szczegółowoGdzie chirurg nie może - - tam wirusy pośle. czyli o przeciwnowotworowych terapiach wirusowych
Gdzie chirurg nie może - - tam wirusy pośle czyli o przeciwnowotworowych terapiach wirusowych Wirusy zwiększające ryzyko rozwoju nowotworów HBV EBV HCV HTLV HPV HHV-8 Zmniejszenie liczby zgonów spowodowanych
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoRegulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoProkariota i Eukariota
Prokariota i Eukariota W komórkach organizmów żywych ilość DNA jest zazwyczaj stała i charakterystyczna dla danego gatunku. ILOŚĆ DNA PRZYPADAJĄCA NA APARAT GENETYCZNY WZRASTA WRAZ Z BARDZIEJ FILOGENETYCZNIE
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 1
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 1 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoWEKTORY WAHADŁOWE ENZYMY W KLONOWANIU POLIMERAZY
WEKTORY WAHADŁOWE Replikują się w organizmach prokariotycznych i eukariotycznych (również ssaków) Złożone z fragmentów DNA charakterystycznych dla Procaryota i Eukaryota - pierwsza część zawiera ori i
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoPodstawy inżynierii genetycznej
Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoWarszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173
Warszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173 ROZPORZĄDZENIE MINISTRA ŚRODOWISKA 1) z dnia 18 lipca 2016 r. w sprawie określenia wzorów wniosków oraz zgłoszeń związanych z zamkniętym użyciem mikroorganizmów
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji http://wiki.biol.uw.edu.pl/ Co to są drożdże? Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów Jednokomórkowe
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoPytania Egzamin magisterski
Pytania Egzamin magisterski Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Krótko omów jakie informacje powinny być zawarte w typowych rozdziałach publikacji naukowej: Wstęp, Materiały i Metody,
Bardziej szczegółowoMATERIAŁY DO BLOKU INŻYNIERIA GENETYCZNA
MATERIAŁY DO BLOKU INŻYNIERIA GENETYCZNA 1. AMPLIFIKACJA FRAGMENTU DNA METODĄ PCR Otrzymywanie dużej liczby kopii określonego fragmentu DNA możliwe jest przy zastosowaniu procedur klonowania lub znacznie
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Ekspresja genów jest regulowana
Bardziej szczegółowoMikroorganizmy Zmodyfikowane Genetycznie
Mikroorganizmy Zmodyfikowane Genetycznie DEFINICJA Mikroorganizm (drobnoustrój) to organizm niewidoczny gołym okiem. Pojęcie to nie jest zbyt precyzyjne lecz z pewnością mikroorganizmami są: bakterie,
Bardziej szczegółowoETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ
ETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ Paweł Bortkiewicz UAM bortpa@amu.edu.pl INŻYNIERIA GENETYCZNA (REKOMBINACJA DNA IN VITRO) zespół technik pozwalających na zamierzone, kontrolowane, przewidziane przez
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoPodstawy mikrobiologii. Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej
Podstawy mikrobiologii Wykład 3 Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej Budowa wirusów Wirusy nie mają budowy komórkowej, zatem pod względem biologicznym nie są organizmami Ŝywymi! Są to twory nukleinowo
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoIzolacja i oczyszczanie białek
Izolacja i oczyszczanie białek Cel, w jakim ma być wykorzystane białko, determinuje dobór materiału biologicznego, z którego jest ono izolowane oraz metody jego oczyszczania. Zależą one od tego, czy otrzymywane
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna z genetyką
Biologia molekularna z genetyką P. Golik i M. Koper Konwersatorium 3: Analiza genetyczna eukariontów Saccharomyces cerevisiae Makrokierunek: Bioinformatyka i Biologia Systemów; 2016 Opracowano na podstawie
Bardziej szczegółowoRok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie
Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do biologii molekularnej.
Wprowadzenie do biologii molekularnej. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Biologia molekularna zajmuje się badaniem biologicznych
Bardziej szczegółowoOlimpiada Biologiczna
Olimpiada Biologiczna Informator narzędzia bioinformatyczne Katarzyna Grudziąż, Takao Ishikawa Warszawa, luty 2019 r. Bioinformatyka to dziedzina nauki łącząca w sobie wiedzę z dziedziny biologii z wykorzystaniem
Bardziej szczegółowoREPLIKACJA, NAPRAWA i REKOMBINACJA DNA
REPLIKACJA, NAPRAWA i REKOMBINACJA DNA 1) Replikacja DNA 2) Replikacja całych chromosomów 3) Replikacja telomerów 4) Naprawa DNA przy jego syntezie 5) Naprawa DNA poza jego syntezą 6) Naprawa DNA system
Bardziej szczegółowoWNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE GMO
WNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE GMO 1. Informacje o użytkowniku GMO i osobach odpowiedzialnych za realizację planowanego zamkniętego użycia GMO 1.1 (*) Nazwa i siedziba użytkownika lub imię,
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowoOrganizmy modelowe - drożdże. Saccharomyces cerevisiae i nie tylko
Organizmy modelowe - drożdże Saccharomyces cerevisiae i nie tylko Materiały z prezentacji } http://wiki.biol.uw.edu.pl/ 2 Co to są drożdże? } Mikroorganizmy eukariotyczne zaliczane do grzybów } Jednokomórkowe
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Saccharomyces carlsbergensis Nowe szczepy w browarnictwie 4 Drożdże transgeniczne Saccharomyces carlsbergensis 5 6 Wśród wielu etapów produkcji piwa, proces pierwotnej i wtórnej fermentacji stwarza
Bardziej szczegółowoLigazy. Zastosowanie ligazy w inżynierii genetycznej:
Ligazy Katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych między sąsiednimi grupami 3 OH i 5 PO 4 w kwasach nukleinowych DNA lub RNA. W reakcji tworzą się wysokoenergetyczne pośredniki z udziałem NAD + lub ATP
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowoPrzeglądanie bibliotek
Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoEscherichia coli. System pbad
Escherichia coli System pbad System pbad System pbad został skonstruowany w oparciu o elementy regulacji transkrypcji operonu arabinozowego E. coli Elementy regulacji transkrypcji operonu arabinozowego
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoRegulacja ekspresji operonu ksylozowego
Bacillus spp. Bacillus spp. A - komórka Bacillus megaterium pod mikroskopem B zdjęcie komórek B.megaterium rosnących w postaci długich łańcuszków. Mikroskopia skaningowa. (Visuals Unlimited) C kolonie
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowo1. Biotechnologia i inżynieria genetyczna zagadnienia wstępne 13
Spis treści Przedmowa 11 1. Biotechnologia i inżynieria genetyczna zagadnienia wstępne 13 1.1. Wprowadzenie 13 1.2. Biotechnologia żywności znaczenie gospodarcze i społeczne 13 1.3. Produkty modyfikowane
Bardziej szczegółowoBiotechnologia wczoraj, dziś,, jutro
Biotechnologia wczoraj, dziś,, jutro Józef Dulak DMB Zakład Biotechnologii Medycznej Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytet Jagielloński biotka.mol.uj.edu.pl/~hemeoxygenase 9 grudnia
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, kinazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoWprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej.
Wprowadzenie DNA i białka W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Białka: łańcuchy złożone z aminokwasów (kilkadziesiąt kilkadziesiąt
Bardziej szczegółowo(86) Data i numer zgłoszenia międzynarodowego: , PCT/FR00/ (87) Data i numer publikacji zgłoszenia międzynarodowego:
RZECZPOSPOLITA POLSKA Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 210590 (21) Numer zgłoszenia: 354099 (22) Data zgłoszenia: 05.10.2000 (86) Data i numer zgłoszenia międzynarodowego:
Bardziej szczegółowoZnaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski
Znaczenie genetyki Opracował A. Podgórski InŜynieria genetyczna InŜynieria genetyczna ingerencja w materiał genetyczny organizmów, w celu zmiany ich właściwości dziedzicznych. Istota inŝynierii genetycznej
Bardziej szczegółowoS YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Nazwa modułu INŻYNIERIA
Bardziej szczegółowo