Modelowanie molekularne

Ck8 Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod7/

Podstawowe idee i metody chemii kwantowej: unkcja falowa, gęstość elektronowa; równanie Schrodingera; Teoria unkcjonałów Gęstości (DT); przyblienie Borna-ppenheimera, zasada wariacyjna w mechanice kwantowej i w DT, przyblienie jednoelektronowe; metoda ; korelacja elektronowa; metody korelacyjne oparte na funkcji falowej; metoda Kohna-Shama Dane do obliczeń kwantowo-chemicznych; GAMESS: Geometria czasteczki; macierz Z; bazy funkcyjne w obliczeniach ab initio ; input/output programu GAMESS Struktura geometryczna układów molekularnych: ptymalizacja geometrii; optymalizacja z wiazami; analiza konformacyjna; problem minimum globalnego Struktura elektronowa układów molekularnych: rbitale molekularne, orbitale KS; wiazanie chemiczne; gęstość rónicowa; orbitale zlokalizowane; analiza populacyjna; analiza rzędów wiązań Analiza wibracyjna; Wielkości termodynamiczne; Reaktywność chemiczna: Analiza wibracyjna; wielkosci termodynamiczne; modelowanie reakcji chemicznych; optymalizacja geometrii stanu przejściowego, IRC; indeksy reaktywności chemicznej, molekularny potencjał elektrostatyczny, funkcja ukui ego i teoria orbitali granicznych; jedno- i dwu-reagentowe indeksy reaktywności Inne zagadnienia: Metody hybrydowe QM/MM; modelowanie wielkich układów; efety rozpuszczalnika; modelowanie w katalizie homo- i heterogenicznej; oddziaływania międzycząsteczkowe, i. in.

Program GAMESS Plik z danymi / wynikami (input/output)

Program GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System. R, U, R, GVB, MCSC.. Calculates CI or MP corrections to the energy of these SC functions.. Calculates semi-empirical MND, AM, or PM R, U, or R wavefunctions. 4. Calculates analytic energy gradients for all SC wavefunctions, plus closed shell MP or CI. 5. ptimizes molecular geometries using the energy gradient, in terms of Cartesian or internal coords. 6. Searches for potential energy surface saddle points.

Program GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System 7. Computes the energy hessian, and thus normal modes, vibrational frequencies, and IR intensities. The Raman intensities are an optional follow on job. 8. btains anharmonic vibrational frequencies and intensities (fundamentals or overtones). 9. Traces the intrinsic reaction path from a saddle point to reactants or products.. Traces gradient extremal curves, which may lead from one stationary point such as a minimum to another, which might be a saddle point.. ollows the dynamic reaction coordinate, a classical mechanics trajectory on the potential energy surface.

Program GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System. Computes radiative transition probabilities.. Evaluates spin-orbit coupled wavefunctions. 4. Applies finite electric fields, extracting the molecule's linear polarizability, and first and second order hyperpolarizabilities. 5. Evaluates analytic frequency dependent non-linear optical polarizability properties, for R functions. 6. btains localized orbitals by the oster-boys, Edmiston-Ruedenberg, or Pipek-Mezey methods, with optional SC or MP energy analysis of the LMs.

Program GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System 7. Calculates the following molecular properties: a. dipole, quadrupole, and octupole moments b. electrostatic potential c. electric field and electric field gradients d. electron density and spin density e. Mulliken and Lowdin population analysis f. virial theorem and energy components g. Stone's distributed multipole analysis

Program GAMESS General Atomic and Molecular Electronic Structure System 8. Models solvent effects by a. effective fragment potentials (EP) b. polarizable continuum model (PCM) c. conductor-like screening model (CSM) d. self-consistent reaction field (SCR)

Program GAMESS Przykładowy input obliczenia R optymalizacja geometrii C! EXAM.! $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv C rc rc ac rc.9 ac. $END

Przykładowy input obliczenia U C Program GAMESS! EXAM. $CNTRL SCTYPU MULT RUNTYPGRADIENT LCALBYS $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-B- state...u/st-g Cnv Carbon 6. ydrogen...8884.779 $END

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv C rc rc ac rc.9 ac. $END

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $END $STATPT PTTL.E-5 $END $END $BASIS GBASISST $nazwa_grupy_słów_kluczowych NGAUSS $END $END $GUESS GUESSUCKEL $END $END $DATA $DATA słowo_kluczowe wartość Methylene...-A- state...r/st-g Cnv Cnv... C rc rc rc rc ac ac rc.9 ac. $END $END $END...

Input programu GAMESS - grupa $CNTRL slowo kluczowe: SCTYP {wybór metody/funkcji falowej} R (domyślnie) U R GVB MCSC

slowo kluczowe: Input programu GAMESS - grupa $CNTRL RUNTYP {rodzaj obliczeń} ENERGY (domyślnie) obliczenia SC dla zadanej geometrii GRADIENT - SC + gradienty ESSIAN - SC + grad. + pochodne (w tym: analiza wibracyjna) PTIMIZE - optymalizacja geometrii [ wymagana grupa $STATPT] SADPINT - optymalizacja TS

Input programu GAMESS - grupa $CNTRL slowo kluczowe: EXETYP {rodzaj obliczeń} RUN (domyślnie) CECK DEBUG

Input programu GAMESS - grupa $CNTRL slowo kluczowe: MAXIT wartość (max. liczba iteracji SC ; dom. ) ICARG wartość (ładunek cząsteczki) MULT wartość (multipletowość, singlet, dublet, itd..)

Input programu GAMESS - grupa $CNTRL slowo kluczowe: MAXIT wartość (max. liczba iteracji SC ; dom. ) ICARG wartość (ładunek cząsteczki) MULT wartość (multipletowość, singlet, dublet, itd..) CRDS CART ZMT ZMTMPC UNIQUE (domyślnie)

Input programu GAMESS - grupa $DATA (specyfikacja molekuły) linia tytuł (dowolny tekst) linia grupa punktowa symetrii (np.. C) linia pusta (jeśli symetria inna niż C!) kolejne linie specyfikują atomy

Input programu GAMESS - grupa $DATA (specyfikacja molekuły) linia tytuł (dowolny tekst) linia grupa punktowa symetrii (np.. C) linia pusta (jeśli symetria inna niż C!) kolejne linie specyfikują atomy ZALEŻNIE D wartości CRDS CRDS UNIQUE, CART : NAZWA, LAD_JADRA, X, Y, Z (np..... C 6... )

Input programu GAMESS - grupa $DATA (specyfikacja molekuły) linia tytuł (dowolny tekst) linia grupa punktowa symetrii (np.. C) linia pusta (jeśli symetria inna niż C!) kolejne linie specyfikują atomy ZALEŻNIE D wartości CRDS CRDS ZMT : ATM I odl. J kąt K kąt torsyjny np. (. 5. 8. ) Dla atomów - podajemy tylko potrzebne dane!

Input programu GAMESS - grupa $DATA (specyfikacja molekuły) linia tytuł (dowolny tekst) linia grupa punktowa symetrii (np.. C) linia pusta (jeśli symetria inna niż C!) kolejne linie specyfikują atomy ZALEŻNIE D wartości CRDS CRDS ZMTMPC : ATM odl. I kąt J kąt torsyjny K np. (. 5. 8. ) Dla atomów - podajemy tylko potrzebne dane!

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv C rc rc ac rc.9 ac. $END Grupa $STATPT steruje optymalizacją geometrii

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv Grupa $STATPT steruje optymalizacją geometrii C rc rc ac rc.9 ac. $END Slowo kluczowe NSTEP wartość ilość cykli optymalizacji (Dom. )

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv C rc rc ac rc.9 ac. $END Grupa $GUESS specyfikuje orbitale startowe

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END $BASIS GBASISST NGAUSS $END $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g Cnv C rc rc ac rc.9 ac. $END Grupa $BASIS specyfikuje bazę funkcyjną

Input programu GAMESS - grupa $BASIS slowo kluczowe: GBASIS {nazwa bazy funkcyjnej} ST ST-nG N n-g N n-g N n-g NGAUSS wartość np. dla STG oraz dla -G

Input programu GAMESS - grupa $BASIS slowo kluczowe: GBASIS {nazwa bazy funkcyjnej} MINI MIDI TZV DZV W

Input programu GAMESS - grupa $BASIS unkcje polaryzacyjne: slowo kluczowe: NDUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu d} NUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu f} NPUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu p}

Input programu GAMESS - grupa $BASIS unkcje polaryzacyjne: slowo kluczowe: NDUNC oznacza zestaw funkcji d (a nie pojedynczą funkcję) 6-G specyfikujemy poprzez: $BASIS GBASISN NGAUSS6 $END 6-G specyfikujemy poprzez: $BASIS GBASISN NGAUSS6 NDUNC $END

slowo kluczowe: Input programu GAMESS - grupa $BASIS unkcje polaryzacyjne: NDUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu d} NUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu f} NPUNC wartosc {funkcje polaryzacyjne typu p} unkcje dyfuzyjne: slowo kluczowe: DISP.TRUE. DIS.TRUE.

Input programu GAMESS - grupa $BASIS slowo kluczowe: GBASIS {nazwa bazy funkcyjnej} MND AM PM Wybór metody półempirycznej MND, AM, PM, także za pomocą słowa GBASIS (w przypadku metod półempirycznych stosowane są bazy minimalne Slaterowskie)

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL SCTYPR RUNTYPPTIMIZE CRDZMT NZVAR $END $SYSTEM TIMLIM MEMRY $END $STATPT PTTL.E-5 $END Grupa $BASIS GBASISST NGAUSS $END $SC $SC DIRSC.TRUE. $END --parametry sterujące SC SC $GUESS GUESSUCKEL $END $DATA Methylene...-A- state...r/st-g sł. Cnv sł. Kluczowe: C rc rc ac rc.9 ac. $END DIRSC.TRUE. -całki liczone w każdej iteracji (a (a nie nie przechowywane na na dysku)

rungms plik_inp > nazwa_outputu np. np. rungms woda> woda> woda.out Program GAMESS pliki pliki tymczasowe tworzone są sąw kartotece /scr/id_uzytkownika Np. Np. /scr/michalak przed przed przystąpieniem do do obliczeń należy należy utworzyć taką takąkartotekę Np. Np. mkdir mkdir /scr/michalak Do Do edycji edycji inputu/outputu można można użyć użyćdowolnego edytora edytora ascii ascii Np. Np. vi, vi, nedit, nedit, itp. itp.

Program GAMESS przykładowy input $CNTRL $CNTRL SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE CRDZMT CRDZMT ICARG ICARG MULT MULT $END $END $SYSTEM $SYSTEM TIMLIM9 TIMLIM9 MEMRY MEMRY $END $END $STATPT $STATPT PTTL.E- PTTL.E- NSTEP NSTEP $END $END $BASIS $BASIS GBASISST GBASISST NGAUSS NGAUSS $END $END $SC $SC DIRSC.TRUE. DIRSC.TRUE. $END $END $GUESS $GUESS GUESSUCKEL GUESSUCKEL $END $END $DATA $DATA ho ho C C.... 5. 5. $END $END http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod6/

Program GAMESS przykładowy output ----- ----- GAMESS GAMESS execution execution script script ----- ----- This This job job is is running running on on host host cerebron.ch.uj.edu.pl cerebron.ch.uj.edu.pl at at Mon Mon ct ct 4:9:5 4:9:5 GMT GMT Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is ilesystem k-blocks Used Available Use% Mounted on ilesystem k-blocks Used Available Use% Mounted on /dev/sdb /dev/sdb 76975 76975 79 79 9549 9549 7% 7% /scr /scr Initiating compute processes for job ho Initiating compute processes for job ho Executable Executable gamess..x gamess..x will will be be run run from from directory directory /root/tran/gamess /root/tran/gamess Working scratch directory on each host will be /scr/michalak Working scratch directory on each host will be /scr/michalak Running Running gamess..x gamess..x on on cerebron.ch.uj.edu.pl cerebron.ch.uj.edu.pl as as compute compute process process Running Running gamess..x gamess..x on on cerebron.ch.uj.edu.pl cerebron.ch.uj.edu.pl as as data data server server Process Process initiation initiation completed. completed. GAMESS GAMESS VERSIN VERSIN JUL JUL (R) (R) RM RM IWA IWA STATE STATE UNIVERSITY UNIVERSITY M.W.SCMIDT, M.W.SCMIDT, K.K.BALDRIDGE, K.K.BALDRIDGE, J.A.BATZ, J.A.BATZ, S.T.ELBERT, S.T.ELBERT, M.S.GRDN, M.S.GRDN, J..JENSEN, J..JENSEN, S.KSEKI, S.KSEKI, N.MATSUNAGA, N.MATSUNAGA, K.A.NGUYEN, K.A.NGUYEN, S.J.SU, S.J.SU, T.L.WINDUS, T.L.WINDUS, TGETER TGETER WIT WIT M.DUPUIS, M.DUPUIS, J.A.MNTGMERY J.A.MNTGMERY J.CMPUT.CEM. J.CMPUT.CEM. 4, 4, 47-6(99) 47-6(99) PC-UNIX PC-UNIX VERSIN VERSIN SINCE SINCE 99, 99, STUDENTS STUDENTS AND AND PSTDCS PSTDCS WRKING WRKING AT AT IWA IWA STATE STATE UNIVERSITY UNIVERSITY AND AND ALS ALS IN IN TEIR TEIR VARIUS VARIUS JBS JBS ATER ATER LEAVING LEAVING ISU ISU AVE AVE MADE MADE IMPRTANT IMPRTANT CNTRIBUTINS CNTRIBUTINS T T TE TE CDE: CDE: CRISTINE CRISTINE AIKENS, AIKENS, RB RB BELL, BELL, PRADIPTA PRADIPTA BANDYPADYAY, BANDYPADYAY, BRETT BRETT BDE, BDE, GALINA GALINA CABAN, CABAN, WEI WEI CEN, CEN, CEL CEL CI, CI, PAUL PAUL DAY, DAY, DMITRI DMITRI EDRV, EDRV, GRAAM LETCER, MARK REITAG, KURT GLAESEMANN, GRANT MERRILL, GRAAM LETCER, MARK REITAG, KURT GLAESEMANN, GRANT MERRILL, MIKE PAK, JIM SEMAKER, TETSUYA TAKETSUGU, SIMN WEBB MIKE PAK, JIM SEMAKER, TETSUYA TAKETSUGU, SIMN WEBB

Program GAMESS przykładowy output EXECUTIN EXECUTIN GAMESS GAMESS BEGUN BEGUN Mon Mon ct ct 4:9:5 4:9:5 EC EC TE TE IRST IRST EW EW INPUT INPUT CARDS CARDS - - INPUT INPUT CARD> CARD> $CNTRL $CNTRL SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE CRDZMT CRDZMT ICARG ICARG MULT MULT $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $SYSTEM $SYSTEM TIMLIM9 TIMLIM9 MEMRY MEMRY $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $STATPT $STATPT PTTL.E- PTTL.E- NSTEP NSTEP $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $BASIS $BASIS GBASISST GBASISST NGAUSS NGAUSS $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $SC $SC DIRSC.TRUE. DIRSC.TRUE. $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $GUESS $GUESS GUESSUCKEL GUESSUCKEL $END $END INPUT INPUT CARD> CARD> $DATA $DATA INPUT INPUT CARD>ho CARD>ho INPUT INPUT CARD>C echo inputu CARD>C INPUT INPUT CARD> CARD> INPUT INPUT CARD> CARD>.. INPUT INPUT CARD> CARD>.. 5. 5. INPUT INPUT CARD> CARD> $END $END INPUT INPUT CARD> CARD>...... DNE DNE SETTING SETTING UP UP TE TE RUN RUN...... WRDS WRDS MEMRY MEMRY AVAILABLE AVAILABLE BASIS BASIS PTINS PTINS ------------- ------------- GBASISST GBASISST IGAUSS IGAUSS PLARNNE PLARNNE NDUNC NDUNC NUNC NUNC DISP DISP NPUNC NPUNC DIS DIS Wartości parametrów grupy BASIS

RUN TITLE RUN TITLE --------- --------- ho ho Program GAMESS przykładowy output TE PINT GRUP TE MLECULE IS C TE PINT GRUP TE MLECULE IS C TE RDER TE PRINCIPAL AXIS IS TE RDER TE PRINCIPAL AXIS IS YUR ULLY SUBSTITUTED Z-MATRIX IS YUR ULLY SUBSTITUTED Z-MATRIX IS... 5.. 5. TE MMENTS INERTIA ARE (AMU-ANGSTRM) TE MMENTS INERTIA ARE (AMU-ANGSTRM) IXX.66 IYY.69 IZZ.9 IXX.66 IYY.69 IZZ.9 ATM ATMIC CRDINATES (BR) ATM ATMIC CRDINATES (BR) CARGE X Y Z CARGE X Y Z. -.499446.646557.. -.499446.646557. 8.. -.87467. 8.. -.87467...499446.646557...499446.646557. INTERNUCLEAR DISTANCES (ANGS.) INTERNUCLEAR DISTANCES (ANGS.) ------------------------------ ------------------------------...586767...586767.......586767...586767..... LESS TAN.... LESS TAN. Macierz Z Informacje nt. geometrii i symetrii Momenty bezwładności Współrzędne kartezjańskie dległości międzyatomowe

Program GAMESS przykładowy output ATMIC BASIS SET ATMIC BASIS SET ---------------- ---------------- TE CNTRACTED PRIMITIVE UNCTINS AVE BEEN UNNRMALIZED TE CNTRACTED PRIMITIVE UNCTINS AVE BEEN UNNRMALIZED TE CNTRACTED BASIS UNCTINS ARE NW NRMALIZED T UNITY TE CNTRACTED BASIS UNCTINS ARE NW NRMALIZED T UNITY SELL TYPE PRIMITIVE EXPNENT CNTRACTIN CEICIENTS SELL TYPE PRIMITIVE EXPNENT CNTRACTIN CEICIENTS S.4559.54896795 S.4559.54896795 S.697.55848 S.697.55848 S.688554.444645485 S.688554.444645485 S 4.794.54896795 S 4.794.54896795 S 5.88866.55848 S 5.88866.55848 S 6 6.4468.444645485 S 6 6.4468.444645485 L 7 5.5 -.99967987.559674999 L 7 5.5 -.99967987.559674999 L 8.69596.9958689.676878598 L 8.69596.9958689.676878598 L 9.889.7546888.9957999 L 9.889.7546888.9957999 4 S.4559.54896795 4 S.4559.54896795 4 S.697.55848 4 S.697.55848 4 S.688554.444645485 4 S.688554.444645485 Informacje nt. baz funkcyjnych

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS l. funkcji bazy CARGE CARGE MLECULE MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE MLECULE l. elektronów SPIN SPIN MULTIPLICITY MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY ładunek cząsteczki MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE multipletowość MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY liczba zajętych orbitali MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA liczba (BETA ) atomów ) 5 5 ATMS ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output BASIS BASIS SET SET SELLS SELLS 4 4 CARTESIAN CARTESIAN GAUSSIAN GAUSSIAN BASIS BASIS UNCTINS UNCTINS 7 7 ELECTRNS ELECTRNS CARGE CARGE MLECULE MLECULE SPIN SPIN MULTIPLICITY MULTIPLICITY CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (ALPA) (ALPA) 5 5 CCUPIED CCUPIED RBITALS RBITALS (BETA (BETA ) ) 5 5 ATMS Energia odpychania jader ATMS TE TE NUCLEAR NUCLEAR REPULSIN REPULSIN ENERGY ENERGY IS IS 8.8465 8.8465 Informacje nt. badanej cząsteczki Wartości parametrów grupy CNTRL $CNTRL $CNTRL PTINS PTINS --------------- --------------- SCTYPR SCTYPR RUNTYPPTIMIZE RUNTYPPTIMIZE EXETYPRUN EXETYPRUN MPLEVL MPLEVL CITYP CITYP NNE NNE CCTYP CCTYP NNE NNE MULT MULT ICARG ICARG NZVAR NZVAR CRD CRD ZMT ZMT ECP ECP NNE NNE RELWNNNE RELWNNNE LCAL LCAL NNE NNE ISPER ISPER - - NSYM NSYM MAXIT MAXIT UNITS UNITS ANGS ANGS PLTRB PLTRB MLPLT MLPLT AIMPAC AIMPAC RIEND RIEND NPRINT NPRINT 7 7 IREST IREST GEM GEM INPUT INPUT NRM NRM NRMP NRMP ITL ITL ICUT ICUT 9 9 INTTYPPPLE INTTYPPPLE QMTTL QMTTL.E-6.E-6

Program GAMESS przykładowy output $SYSTEM $SYSTEM PTINS PTINS --------------- --------------- REPLICATED REPLICATED MEMRY MEMRY WRDS WRDS (N (N EVERY EVERY NDE). NDE). DISTRIBUTED DISTRIBUTED MEMDDI MEMDDI MILLIN MILLIN WRDS WRDS IN IN AGGREGATE, AGGREGATE, MEMDDI MEMDDI DISTRIBUTED DISTRIBUTED VER VER PRCESSRS PRCESSRS IS IS WRDS/PRCESSR. WRDS/PRCESSR. MEMRY MEMRY REQUESTED REQUESTED N N EAC EAC PRCESSR PRCESSR WRDS. WRDS. TIMLIM TIMLIM 54. 54. SECNDS. SECNDS. CREL CREL KDIAG KDIAG ---------------- ---------------- PRPERTIES PRPERTIES INPUT INPUT ---------------- ---------------- Wartości parametrów grup SYSTEM i PRPERTIES MMENTS MMENTS IELD IELD PTENTIAL PTENTIAL DENSITY DENSITY IEMM IEMM IELD IELD IEPT IEPT IEDEN IEDEN WERE WERE CMASS CMASS WERE WERE NUCLEI NUCLEI WERE WERE NUCLEI NUCLEI WERE WERE NUCLEI NUCLEI UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT UTPUTBT IEMINT IEMINT IEINT IEINT IEDINT IEDINT MRB MRB EXTRAPLATIN EXTRAPLATIN IN IN EECT EECT

Program GAMESS przykładowy output ------------------------------- ------------------------------- INTEGRAL TRANSRMATIN PTINS INTEGRAL TRANSRMATIN PTINS ------------------------------- ------------------------------- NWRD CUT.E-9 NWRD CUT.E-9 MPTRAN MPTRAN DIRTR DIRTR T T AINTS DUP AINTS DUP ---------------------- ---------------------- INTEGRAL INTEGRAL INPUT INPUT PTINS PTINS ---------------------- ---------------------- NPK NRDER SCWRZ T NPK NRDER SCWRZ T --- ENCDED Z MATRIX --- --- ENCDED Z MATRIX --- CRD CRD TYPE TYPE I I J J K K L L M M N N TE TE DETERMINANT DETERMINANT TE TE G G MATRIX MATRIX IS IS ( ( -) -) ------------------------------------------ ------------------------------------------ TE TE PINT PINT GRUP GRUP IS IS C C,, NAXIS NAXIS,, RDER RDER ------------------------------------------ ------------------------------------------ DIMENSINS DIMENSINS TE TE SYMMETRY SYMMETRY SUBSPACES SUBSPACES ARE ARE A 7 A 7... DNE SETTING UP TE RUN...... DNE SETTING UP TE RUN... STEP TIME. TIME. (. MIN) STEP TIME. TIME. (. MIN) WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.% WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.% pcje dotyczace całek

Program GAMESS przykładowy output ----------------------------- STATINARY STATINARY PINT PINT LCATIN LCATIN RUN RUN ----------------------------- bliczenia optymalizacji geometrii wartości patrametrów BTAINING BTAINING INITIAL INITIAL ESSIAN, ESSIAN, ESSGUESS ESSGUESS DIAGNAL DIAGNAL GUESS GUESS ESSIAN ESSIAN IN IN CARTESIAN CARTESIAN CRDS CRDS IS IS (I,I) (I,I).. PARAMETERS PARAMETERS CNTRLLING CNTRLLING GEMETRY GEMETRY SEARC SEARC ARE ARE METD METD QA QA UPESS UPESS BGS BGS NNEG NNEG NRZ NRZ NSTEP NSTEP ILW ILW ESS ESS GUESS GUESS RESTAR RESTAR IREP IREP SSEND SSEND NPRT NPRT NPUN NPUN PTTL PTTL.E-.E- RMIN RMIN.5E-.5E- RMAX RMAX.E-.E- RLIM RLIM 7.E- 7.E- DXMAX DXMAX.E-.E- PURIY PURIY MVIE MVIE TRUPD TRUPD T TRMAX TRMAX 5.E- 5.E- TRMIN TRMIN 5.E- 5.E- ITBMAT ITBMAT 5 STPT STPT STSTEP STSTEP.E-.E- PRJCT PRJCT T

ptymalizacja geometrii Geometria startowa SC rozkład gęstości Gradienty Przesunięcia atomów Nowa geometria

Program GAMESS przykładowy output NSERC NSERC cykl optymalizacji geometrii (geometria z inputu) CRDINATES CRDINATES ALL ALL ATMS ATMS ARE ARE (ANGS) (ANGS) ATM ATM CARGE CARGE X Y Z ------------------------------------------------------------.. -.7954 -.7954.546955.546955.. 8. 8... -.689477 -.689477.....7954.7954.546955.546955.. TE TE CURRENT CURRENT ULLY ULLY SUBSTITUTED SUBSTITUTED Z-MATRIX Z-MATRIX IS IS.... 5. 5. Współrzędne kartezjańskie i wewnętrzne

Program GAMESS przykładowy output ELECTRN INTEGRALS ELECTRN INTEGRALS... END NE-ELECTRN INTEGRALS...... END NE-ELECTRN INTEGRALS... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.% WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.% ------------- ------------- GUESS PTINS GUESS PTINS ------------- ------------- GUESS GUESS UCKEL UCKEL NRB NRB NRDER NRDER MIX PRTM PUNM MIX PRTM PUNM TLZ TLZ.E-8.E-8 TLE TLE.E-5.E-5 SYMDEN SYMDEN PURIY PURIY INITIAL INITIAL GUESS GUESS RBITALS RBITALS GENERATED GENERATED BY BY UCKEL UCKEL RUTINE. RUTINE. UCKEL GUESS REQUIRES 569 WRDS. UCKEL GUESS REQUIRES 569 WRDS. Informacja nt. całek jednoelektronowych i orbitali dla cyklu opt. geom. SYMMETRIES SYMMETRIES R R INITIAL INITIAL GUESS GUESS RBITALS RBITALS LLW. LLW. BT BT SET(S). SET(S). 5 RBITALS ARE CCUPIED ( CRE RBITALS). 5 RBITALS ARE CCUPIED ( CRE RBITALS). A A A A 4A 4A 5A 5A 6A 6A 7A 7A... END INITIAL RBITAL SELECTIN...... END INITIAL RBITAL SELECTIN... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.%

Program GAMESS przykładowy output -------------------- -------------------- ELECTRN INTEGRALS ELECTRN INTEGRALS -------------------- -------------------- Informacja nt. całek dwulektronowych dla cyklu opt. geom. DIRECT DIRECT SC SC METD METD SKIPS SKIPS INTEGRAL INTEGRAL STRAGE STRAGE N N DISK. DISK. DIRECT TRANSRMATIN SKIPS A INTEGRAL STRAGE N DISK. DIRECT TRANSRMATIN SKIPS A INTEGRAL STRAGE N DISK....... END END TW-ELECTRN TW-ELECTRN INTEGRALS INTEGRALS...... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.% WALL CLCK TIME. SECNDS, UTILIZATIN IS.%

Program GAMESS przykładowy output -------------------------- -------------------------- R SC CALCULATIN R SC CALCULATIN -------------------------- -------------------------- NUCLEAR NUCLEAR ENERGY ENERGY 8.8465 8.8465 MAXIT NPUNC MAXIT NPUNC EXTRAPT EXTRAPT DAMP DAMP SIT SIT RSTRCT RSTRCT DIIS DIIS DEM DEM SSC SSC DENSITY DENSITY MATRIX MATRIX CNV CNV.E-5.E-5 MEMRY REQUIRED R R STEP 57 WRDS. MEMRY REQUIRED R R STEP 57 WRDS. DIRECT DIRECT SC SC CALCULATIN, CALCULATIN, SCWRZT SCWRZT DIT DIT SCWARZ INEQUALITY VEREAD: 8 INTEGRALS, T. SCWARZ INEQUALITY VEREAD: 8 INTEGRALS, T. Informacja nt. parametrów rozpoczynanych obliczeń SC dla wstępnej geometrii

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca kolejnych iteracji SC dla geometrii Energia Zmiana mac. gęstości Zmiana energii ITER ITER EX EX DEM DEM ENERGY ENERGY E E CANGE CANGE DENSITY DENSITY CANGE CANGE DIIS DIIS ERRR ERRR INTEGRALS INTEGRALS SKIPPED SKIPPED -74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.94994-74.94994 -.565.795774 -.565.795774.. 8 8-74.9685-74.9685 -.86797 -.86797.5944477.5944477.. 8 8 4 4-74.96498775-74.96498775 -.9745 -.9745.48.48.. 8 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 7 7-74.9644488-74.9644488 -.679 -.679.974.974.. 8 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 9 9-74.96444565-74.96444565...57.57.. 8 8-74.96444565-74.96444565...8.8.. 8 8

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca kolejnych iteracji SC dla geometrii Energia Zmiana mac. gęstości Zmiana energii ITER ITER EX EX DEM DEM ENERGY ENERGY E E CANGE CANGE DENSITY DENSITY CANGE CANGE DIIS DIIS ERRR ERRR INTEGRALS INTEGRALS SKIPPED SKIPPED -74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.94994-74.94994 -.565.795774 -.565.795774.. 8 8-74.9685-74.9685 -.86797 -.86797.5944477.5944477.. 8 8 4 4-74.96498775-74.96498775 -.9745 -.9745.48.48.. 8 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 7 7-74.9644488-74.9644488 -.679 -.679.974.974.. 8 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 9 9-74.96444565-74.96444565...57.57.. 8 8-74.96444565-74.96444565...8.8.. 8 8 ----------------- ----------------- DENSITY DENSITY CNVERGED CNVERGED ----------------- -----------------!!!!!! siągnięto zbieżność SC!!! TIME TIME T T RM RM CK CK PERATRS PERATRS.. SECNDS SECNDS ( (.. SEC/ITER) SEC/ITER) CK TIME N IRST ITERATIN., LAST ITERATIN. CK TIME N IRST ITERATIN., LAST ITERATIN. TIME TIME T T SLVE SLVE SC SC EQUATINS EQUATINS.. SECNDS SECNDS ( (.. SEC/ITER) SEC/ITER) INAL R ENERGY IS -74.964445645 ATER ITERATINS INAL R ENERGY IS -74.964445645 ATER ITERATINS

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca kolejnych iteracji SC dla geometrii Energia Zmiana mac. gęstości Zmiana energii ITER ITER EX EX DEM DEM ENERGY ENERGY E E CANGE CANGE DENSITY DENSITY CANGE CANGE DIIS DIIS ERRR ERRR INTEGRALS INTEGRALS SKIPPED SKIPPED -74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.7967779-74.7967779.5854875. 8-74.94994-74.94994 -.565.795774 -.565.795774.. 8 8-74.9685-74.9685 -.86797 -.86797.5944477.5944477.. 8 8 4 4-74.96498775-74.96498775 -.9745 -.9745.48.48.. 8 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 5 4-74.96445 -.4.75676. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 6 5-74.96446594 -.5479.99. 8 7 7-74.9644488-74.9644488 -.679 -.679.974.974.. 8 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 8-74.96444564 -.677.74. 8 9 9-74.96444565-74.96444565...57.57.. 8 8-74.96444565-74.96444565...8.8.. 8 8 ----------------- ----------------- DENSITY DENSITY CNVERGED CNVERGED ----------------- -----------------!!!!!! siągnięto zbieżność SC!!! TIME TIME T T RM RM CK CK PERATRS PERATRS.. SECNDS SECNDS ( (.. SEC/ITER) SEC/ITER) CK TIME N IRST ITERATIN., LAST ITERATIN. CK TIME N IRST ITERATIN., LAST ITERATIN. TIME TIME T T SLVE SLVE SC SC EQUATINS EQUATINS.. SECNDS SECNDS ( (.. SEC/ITER) SEC/ITER) INAL R ENERGY IS -74.964445645 ATER ITERATINS INAL R ENERGY IS -74.964445645 ATER ITERATINS Energia dla geometrii

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii ------------ ------------ EIGENVECTRS EIGENVECTRS ------------ ------------ 4 5 4 5 -.466 -.466 -.47 -.47 -.5966 -.5966 -.4467 -.4467 -.886 -.886 A A A A A A A A A A S S -.557 -.557.5577.5577 -.447469 -.447469.997.997.. S S.9948.9948 -.458 -.458...45.45.. S.57.84947. -.5497. S.57.84947. -.5497. 4 X...64594.. 4 X...64594.. 5 5 Y Y.9.9.474.474...76994.76994.. 6 Z..... 6 Z..... 7 7 S S -.557 -.557.5577.5577.447469.447469.997.997.. Współczynniki rozwinęcia orbitali molekularnych 6 7 6 7.56.56.6944.6944 A A A A S S -.7684 -.7684.84.84 S S -.6475 -.6475.. S.845. S.845. 4 4 X X...9684.9684 5 Y.7747. 5 Y.7747. 6 6 Z Z.... 7 7 S S -.7684 -.7684 -.84 -.84... END R CALCULATIN...... END R CALCULATIN... STEP TIME. TIME. (. MIN) STEP TIME. TIME. (. MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.%

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii ----------------- ----------------- ENERGY CMPNENTS ENERGY CMPNENTS ----------------- ----------------- Przyczynki do energii WAVEUNCTIN NRMALIZATIN. WAVEUNCTIN NRMALIZATIN. NE ELECTRN ENERGY -.67888665 NE ELECTRN ENERGY -.67888665 TW ELECTRN ENERGY 7.949557 TW ELECTRN ENERGY 7.949557 NUCLEAR REPULSIN ENERGY 8.8465 NUCLEAR REPULSIN ENERGY 8.8465 ------------------ ------------------ ENERGY -74.964445645 ENERGY -74.964445645 ELECTRN-ELECTRN PTENTIAL ENERGY 7.949557 ELECTRN-ELECTRN PTENTIAL ENERGY 7.949557 NUCLEUS-ELECTRN PTENTIAL ENERGY -96.7455577 NUCLEUS-ELECTRN PTENTIAL ENERGY -96.7455577 NUCLEUS-NUCLEUS PTENTIAL ENERGY 8.8465 NUCLEUS-NUCLEUS PTENTIAL ENERGY 8.8465 ------------------ ------------------ PTENTIAL ENERGY -49.467775 PTENTIAL ENERGY -49.467775 KINETIC ENERGY 74.4966876 KINETIC ENERGY 74.4966876 VIRIAL RATI (V/T).68456 VIRIAL RATI (V/T).68456... PI ENERGY ANALYSIS...... PI ENERGY ANALYSIS... ENERGY ANALYSIS: ENERGY ANALYSIS: CK ENERGY -45.8599 CK ENERGY -45.8599 BARE ENERGY -.67888665 BARE ENERGY -.67888665 ELECTRNIC ENERGY -8.7647879997 ELECTRNIC ENERGY -8.7647879997 KINETIC ENERGY 74.4966876 KINETIC ENERGY 74.4966876 N-N REPULSIN 8.8465 N-N REPULSIN 8.8465 ENERGY -74.964445494 ENERGY -74.964445494 SIGMA PART(+) -75.954786 SIGMA PART(+) -75.954786 (K,V,) 69.4886585-76.788886.8799989 (K,V,) 69.4886585-76.788886.8799989 PI PART(+) -7.879666 PI PART(+) -7.879666 (K,V,) 5.574645-9.9746964 7.578778 (K,V,) 5.574645-9.9746964 7.578778 SIGMA SKELETN, ERRR -67.575988. SIGMA SKELETN, ERRR -67.575988. MIXED PART.E+.E+.E+.E+ MIXED PART.E+.E+.E+.E+... END PI ENERGY ANALYSIS...... END PI ENERGY ANALYSIS...

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii --------------------------------------- --------------------------------------- MULLIKEN AND LWDIN PPULATIN ANALYSES MULLIKEN AND LWDIN PPULATIN ANALYSES --------------------------------------- --------------------------------------- MULLIKEN ATMIC PPULATIN IN EAC MLECULAR RBITAL MULLIKEN ATMIC PPULATIN IN EAC MLECULAR RBITAL 4 5 4 5.......... -.597.896.477.884. -.597.896.477.884..94.6687.55765.658..94.6687.55765.658. -.597.896.477.884. -.597.896.477.884. ----- PPULATINS IN EAC A ----- ----- PPULATINS IN EAC A ----- MULLIKEN LWDIN MULLIKEN LWDIN S.855.8846 S.855.8846 S.9978.9967 S.9978.9967 S.844.7744 S.844.7744 4 X.5577.875 4 X.5577.875 5 Y.497.446 5 Y.497.446 6 Z.. 6 Z.. 7 S.855.8846 7 S.855.8846 ----- MULLIKEN ATMIC VERLAP PPULATINS ----- ----- MULLIKEN ATMIC VERLAP PPULATINS ----- (-DIAGNAL ELEMENTS NEED T BE MULTIPLIED BY ) (-DIAGNAL ELEMENTS NEED T BE MULTIPLIED BY ).66.66.5459 7.8999.5459 7.8999 -.468.5459.66 -.468.5459.66 Analiza populacyjna

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii Analiza populacyjna MULLIKEN MULLIKEN AND AND LWDIN LWDIN ATMIC ATMIC PPULATINS PPULATINS Analiza Mullikena Populacja Ładunek Analiza Lowdina Populacja Ładunek ATM ATM MULL.PP. MULL.PP. CARGE CARGE LW.PP. LW.PP. CARGE CARGE.855.855.64489.64489.88464.88464.576.576 8.8978 8.8978 -.8978 -.8978 8.47 8.47 -.47 -.47.855.855.64489.64489.88464.88464.576.576

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii Analiza rzędów wiązań ------------------------------- ------------------------------- BND BND RDER RDER AND AND VALENCE VALENCE ANALYSIS ANALYSIS BND BND RDER RDER TRESLD.5 TRESLD.5 ------------------------------- ------------------------------- Para atomów, odległość, rząd wiązania BND BND BND BND BND BND ATM ATM PAIR PAIR DIST DIST RDER RDER ATM ATM PAIR PAIR DIST DIST RDER RDER ATM ATM PAIR PAIR DIST DIST RDER RDER...96.96...96.96 Wartościowość atomów BNDED BNDED REE REE ATM ATM VALENCE VALENCE VALENCE VALENCE VALENCE VALENCE.97.97.97.97...9.9.9.9...97.97.97.97..

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla geometrii --------------------- --------------------- ELECTRSTATIC ELECTRSTATIC MMENTS MMENTS --------------------- --------------------- Momenty dipolowe PINT PINT X X Y Y Z Z (BR) (BR) CARGE CARGE........ (A.U.) (A.U.) DX DX DY DY DZ DZ /D/ /D/ (DEBYE) (DEBYE)...6668.6668...6668.6668...... END END PRPERTY PRPERTY EVALUATIN EVALUATIN...... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.%

ptymalizacja geometrii Geometria startowa SC rozkład gęstości Gradienty Przesunięcia atomów Nowa geometria

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca gradientów ---------------------- ---------------------- GRADIENT TE ENERGY GRADIENT TE ENERGY ---------------------- ---------------------- TE TE CARSE/INE CARSE/INE SCWARZ SCWARZ SCREENINGS SCREENINGS SKIPPED SKIPPED / / BLCKS. BLCKS. TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47 TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47... END -ELECTRN GRADIENT...... END -ELECTRN GRADIENT... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.% NSERC ENERGY -74.964445 NSERC ENERGY -74.964445 ----------------------- ----------------------- GRADIENT GRADIENT (ARTREE/BR) (ARTREE/BR) ----------------------- ----------------------- ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ -------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------. -.77 -.7885.. -.77 -.7885. 8. 8....577.577.....77.77 -.7885 -.7885..

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca gradientów ---------------------- ---------------------- GRADIENT TE ENERGY GRADIENT TE ENERGY ---------------------- ---------------------- TE TE CARSE/INE CARSE/INE SCWARZ SCWARZ SCREENINGS SCREENINGS SKIPPED SKIPPED / / BLCKS. BLCKS. TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47 TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47... END -ELECTRN GRADIENT...... END -ELECTRN GRADIENT... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.% NSERC ENERGY -74.964445 NSERC ENERGY -74.964445 ----------------------- ----------------------- GRADIENT GRADIENT (ARTREE/BR) (ARTREE/BR) ----------------------- ----------------------- ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ -------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------. -.77 -.7885.. -.77 -.7885. 8. 8....577.577.....77.77 -.7885 -.7885.. MAXIMUM MAXIMUM GRADIENT GRADIENT.77.77 RMS RMS GRADIENT GRADIENT.974.974 RCE RCE CNSTANT CNSTANT MATRIX MATRIX NT NT UPDATED UPDATED --- --- TAKING TAKING IRST IRST STEP STEP MIN MIN SEARC, SEARC, CRRECT CRRECT ESSIAN, ESSIAN, TRYING TRYING PURE PURE NR NR STEP STEP NR STEP AS LENGT.8745 NR STEP AS LENGT.8745 RADIUS STEP TAKEN.874 CURRENT TRUST RADIUS. RADIUS STEP TAKEN.874 CURRENT TRUST RADIUS. Maksymalna składowa i RMS

Program GAMESS przykładowy output ---------------------- ---------------------- GRADIENT TE ENERGY GRADIENT TE ENERGY ---------------------- ---------------------- TE TE CARSE/INE CARSE/INE SCWARZ SCWARZ SCREENINGS SCREENINGS SKIPPED SKIPPED / / BLCKS. BLCKS. TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47 TE GRADIENT INTEGRAL BLCKS CMPUTED WAS 47... END -ELECTRN GRADIENT...... END -ELECTRN GRADIENT... STEP STEP TIME TIME.. TIME TIME.. ( (.. MIN) MIN) WALL WALL CLCK CLCK TIME TIME.. SECNDS, SECNDS, UTILIZATIN UTILIZATIN IS IS.%.% NSERC ENERGY -74.964445 NSERC ENERGY -74.964445 ----------------------- ----------------------- GRADIENT GRADIENT (ARTREE/BR) (ARTREE/BR) ----------------------- ----------------------- ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ -------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------. -.77 -.7885.. -.77 -.7885. 8. 8....577.577.....77.77 -.7885 -.7885.. NSERC NSERC Informacja dotycząca gradientów MAXIMUM MAXIMUM GRADIENT GRADIENT.77.77 RMS RMS GRADIENT GRADIENT.974.974 RCE RCE CNSTANT CNSTANT MATRIX MATRIX NT NT UPDATED UPDATED --- --- TAKING TAKING IRST IRST STEP STEP MIN MIN SEARC, SEARC, CRRECT CRRECT ESSIAN, ESSIAN, TRYING TRYING PURE PURE NR NR STEP STEP NR STEP AS LENGT.8745 NR STEP AS LENGT.8745 RADIUS STEP TAKEN.874 CURRENT TRUST RADIUS. RADIUS STEP TAKEN.874 CURRENT TRUST RADIUS. Maksymalna składowa i RMS Kryteria nie spełnione przechodzimy do kolejnej geometrii

Program GAMESS przykładowy output Nowa geometria NSERC NSERC CRDINATES CRDINATES ALL ALL ATMS ATMS ARE ARE (ANGS) (ANGS) ATM CARGE X Y Z ATM CARGE X Y Z ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------.. -.769585 -.769585.5447779.5447779.. 8. 8... -.787 -.787....769585.5447779...769585.5447779. TE TE CURRENT CURRENT ULLY ULLY SUBSTITUTED SUBSTITUTED Z-MATRIX Z-MATRIX IS IS.97988.97988.97988.97988.97664.97664 INTERNUCLEAR INTERNUCLEAR DISTANCES DISTANCES (ANGS.) (ANGS.) ------------------------------ ------------------------------...97988.97988.59.59.97988..97988.97988..97988.59.59.97988.97988..... LESS TAN.... LESS TAN.

Program GAMESS przykładowy output Nowa geometria Informacje dotyczące SC Wyniki dla geometrii Gradienty dla geometrii, itd..

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca gradientów NSERC ENERGY -74.9659 NSERC ENERGY -74.9659 ----------------------- ----------------------- GRADIENT (ARTREE/BR) GRADIENT (ARTREE/BR) ----------------------- ----------------------- ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ ATM ZNUC DE/DX DE/DY DE/DZ -------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------.. -.96 -.96.9.9.. 8. 8... -.69 -.69.....96.96.9.9.. MAXIMUM MAXIMUM GRADIENT GRADIENT.69.69 RMS RMS GRADIENT GRADIENT.6.6 Maksymalna składowa i RMS, EQUILIBRIUM EQUILIBRIUM GEMETRY GEMETRY LCATED LCATED!!!!!!!!!! Kryteria spełnione geometria zoptymalizowana! Wyniki dla optymalnej geometrii

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla ostatecznej geometrii EQUILIBRIUM EQUILIBRIUM GEMETRY GEMETRY LCATED LCATED CRDINATES CRDINATES ALL ALL ATMS ATMS ARE ARE (ANGS) (ANGS) ATM CARGE X Y Z ATM CARGE X Y Z ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------.. -.758676 -.758676.5497559.5497559.. 8. 8... -.8666649 -.8666649....758676.5497559...758676.5497559. TE TE CURRENT CURRENT ULLY ULLY SUBSTITUTED SUBSTITUTED Z-MATRIX Z-MATRIX IS IS.989577.989577.989577.989577.84.84 INTERNUCLEAR INTERNUCLEAR DISTANCES DISTANCES (ANGS.) (ANGS.) ------------------------------ ------------------------------...989577.989577.564.564.989577..989577.989577..989577.564.564.989577.989577..... LESS TAN.... LESS TAN. Uzyskana geometria

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla ostatecznej geometrii EQUILIBRIUM GEMETRY LCATED EQUILIBRIUM GEMETRY LCATED CRDINATES CRDINATES ALL ALL ATMS ATMS ARE ARE (ANGS) (ANGS) ATM CARGE X Y Z ATM CARGE X Y Z ------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------. -.758676.5497559.. -.758676.5497559. 8. 8... -.8666649 -.8666649.....758676.758676.5497559.5497559.. TE CURRENT ULLY SUBSTITUTED Z-MATRIX IS TE CURRENT ULLY SUBSTITUTED Z-MATRIX IS.989577.989577.989577.989577.84.84 INTERNUCLEAR DISTANCES (ANGS.) INTERNUCLEAR DISTANCES (ANGS.) ------------------------------ ------------------------------..989577.564..989577.564.989577.989577...989577.989577.564.989577..564.989577....... LESS LESS TAN TAN.. NUCLEAR ENERGY 8.95978 NUCLEAR ENERGY 8.95978 ELECTRNIC ELECTRNIC ENERGY ENERGY -8.879488-8.879488 ENERGY -74.965955 ENERGY -74.965955 stateczna energia [a.u.] a.u. (hartree) 67.5 kcal/mol!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla ostatecznej geometrii ------------------ ------------------ MLECULAR RBITALS MLECULAR RBITALS ------------------ ------------------ Współczynniki M 4 4 5 5 -.56 -.56 -.575 -.575 -.598 -.598 -.4597 -.4597 -.96 -.96 A A A A A A A A A A S.558 -.55579.4494 -.9574. S.558 -.55579.4494 -.9574. S -.9947.77. -.4. S -.9947.77. -.4. S S -.5844 -.5844 -.8445 -.8445...58.58.. 4 X.. -.679.. 4 X.. -.679.. 5 5 Y Y -.46 -.46 -.788 -.788.. -.75586 -.75586.. 6 6 Z Z........ -. -. 7 S.558 -.55579 -.4494 -.9574. 7 S.558 -.55579 -.4494 -.9574. 6 7 6 7.586.586.695.695 A A A A S -.7694 -.8458 S -.7694 -.8458 S S -.579 -.579.. S.89855. S.89855. 4 4 X X.. -.95969 -.95969 5 5 Y Y.7658.7658.. 6 Z.. 6 Z.. 7 S -.7694.8458 7 S -.7694.8458

Program GAMESS przykładowy output Informacja dotycząca wyników obliczeń dla ostatecznej geometrii ----------------- ----------------- ENERGY CMPNENTS ENERGY CMPNENTS ----------------- ----------------- Przyczynki do energii WAVEUNCTIN NRMALIZATIN. WAVEUNCTIN NRMALIZATIN. NE ELECTRN ENERGY -.8496 NE ELECTRN ENERGY -.8496 TW ELECTRN ENERGY 7.965869 TW ELECTRN ENERGY 7.965869 NUCLEAR REPULSIN ENERGY 8.95978 NUCLEAR REPULSIN ENERGY 8.95978 ------------------ ------------------ ENERGY -74.965955 ENERGY -74.965955 ELECTRN-ELECTRN PTENTIAL ENERGY 7.965869 ELECTRN-ELECTRN PTENTIAL ENERGY 7.965869 NUCLEUS-ELECTRN PTENTIAL ENERGY -96.496969 NUCLEUS-ELECTRN PTENTIAL ENERGY -96.496969 NUCLEUS-NUCLEUS PTENTIAL ENERGY 8.95978 NUCLEUS-NUCLEUS PTENTIAL ENERGY 8.95978 ------------------ ------------------ PTENTIAL ENERGY -49.48466645 PTENTIAL ENERGY -49.48466645 KINETIC ENERGY 74.586595 KINETIC ENERGY 74.586595 VIRIAL RATI (V/T).6769 VIRIAL RATI (V/T).6769... PI ENERGY ANALYSIS...... PI ENERGY ANALYSIS... ENERGY ANALYSIS: ENERGY ANALYSIS: CK ENERGY -45.975649 CK ENERGY -45.975649 BARE ENERGY -.8496 BARE ENERGY -.8496 ELECTRNIC ENERGY -8.8798794 ELECTRNIC ENERGY -8.8798794 KINETIC ENERGY 74.586595 KINETIC ENERGY 74.586595 N-N REPULSIN 8.95978 N-N REPULSIN 8.95978 ENERGY -74.9659956 ENERGY -74.9659956 SIGMA PART(+) -76.476994864 SIGMA PART(+) -76.476994864 (K,V,) 69.46798575-76.456479.9554 (K,V,) 69.46798575-76.456479.9554 PI PART(+) -7.849 PI PART(+) -7.849 (K,V,) 5.574645-9.986497 7.79756 (K,V,) 5.574645-9.986497 7.79756 SIGMA SKELETN, ERRR -67.46965586. SIGMA SKELETN, ERRR -67.46965586. MIXED PART.E+.E+.E+.E+ MIXED PART.E+.E+.E+.E+... END PI ENERGY ANALYSIS...... END PI ENERGY ANALYSIS...