ADF Specyfika metodologii i pliku z danymi

HTML
DOWNLOAD

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "ADF Specyfika metodologii i pliku z danymi"

Janina Brzozowska
9 lat temu
Przeglądów:

1 ADF Specyfika metodologii i pliku z danymi Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii Uniwersytet Jagielloski WCSS Wrocław,

2 Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentów Typowe obliczenia: 1) obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) 2) obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie

3 Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentow Typowe obliczenia: - obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) - obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie Moliwo wykorzystywania poprzednio wyznaczonych atomów

run) - obliczenia molekularne Automatyczne generowanie

4 Obliczenia w bazie orbitali KS fragmentow Typowe obliczenia: - obliczenia atomowe (generowanie bazy; CREATE run) - obliczenia molekularne Automatyczne generowanie atomów na starcie Moliwo wykorzystywania poprzednio wyznaczonych atomów Energia wizania wzgldem sferycznych, zamknitopowłokowych atomów Wyznaczenie sensownych energii atomizacji wymaga oblicze atomowych dla niesferycznych, otwartopowłokowych atomów

poprzednio wyznaczonych atomów Energia wizania wzgldem sferycznych, zamknitopowłokowych atomów

5 Input z GUI: #! /bin/sh #! /bin/sh ADFRESOURCES=ècho ADFRESOURCES=ècho '/' '/' xargs xargs -i\\\\ -i\\\\ echo echo $ADFRESOURCES` $ADFRESOURCES` ADFBIN=ècho ADFBIN=ècho '/' '/' xargs xargs -i\\\\ -i\\\\ echo echo $ADFBIN` $ADFBIN` DN="`dirname DN="`dirname "$0"`" "$0"`" case "$DN" in case "$DN" in /*) /*) DIRN="$DN" DIRN="$DN" ;; ;;?:*)?:*) DIRN="$DN" DIRN="$DN" ;; ;; *) *) DIRN="`pwd`/$DN" DIRN="`pwd`/$DN" ;; ;; esac esac if test "$SCM_RESULTDIR" = "" if test "$SCM_RESULTDIR" = "" then then SCM_RESULTDIR="$DIRN" SCM_RESULTDIR="$DIRN" export SCM_RESULTDIR export SCM_RESULTDIR

$'/' '/' xargs xargs -i\\\\ -i\\\\ echo echo $ADFBIN` $ADFBIN` DN="`dirname DN="`dirname "$0"`" "$0"`" case "$DN" in case "$DN" in /*) /*)$

6 Input z GUI: # ============================== # ============================== # The Molecule # The Molecule # # ============================== ============================== "$ADFBIN/adf" "$ADFBIN/adf" <<eor <<eor UNITS UNITS length length Angstrom Angstrom angle Degree angle Degree END END ATOMS ATOMS 1 C x1 y1 z1 1 C x1 y1 z1 2 2 C C x2 x2 y2 y2 z2 z2 3 H x3 y3 z3 3 H x3 y3 z3 4 4 H H x4 x4 y4 y4 z4 z4 5 H x5 y5 z5 5 H x5 y5 z5 6 H x6 y6 z6 6 H x6 y6 z6 END END GEOVAR GEOVAR

length Angstrom Angstrom angle Degree angle Degree END END ATOMS ATOMS 1 C x1 y1 z1 1 C x1 y1 z1 2 2 C C x2 x2 y2 y2 z2

7 Input z GUI: y y z z x x y y z z x6 x y y z z END END BASIS BASIS type type SZ SZ core Large core Large END END

25727596 x6 x6 0.53924436 0.53924436 y6-0.92967099 y6-0.92967099 z6-0.

8 Input z GUI: mv tapes/tape21 TAPE21 mv tapes/tape21 TAPE21 "$ADFBIN/densf" <<eor "$ADFBIN/densf" <<eor Grid Grid Coarse Coarse Potential Potential coul coul scf scf Density Density scf scf UNITS UNITS length length Angstrom Angstrom angle Degree angle Degree END END eor eor mv mv TAPE* TAPE* tapes tapes cat logfile >> tapes/logfile cat logfile >> tapes/logfile rm rm -f -f logfile logfile EORTHEJOB EORTHEJOB chmod u+x job chmod u+x job./job >theoutput./job >theoutput rm -f "$SCM_RESULTDIR"/kw-octowy-mep.out rm -f "$SCM_RESULTDIR"/kw-octowy-mep.out

mv mv TAPE* TAPE* tapes tapes cat logfile >> tapes/logfile cat logfile >> tapes/logfile rm rm -f -f logfile logfile EORTHEJOB EORTHEJOB

9 ATOMS ATOMS O H H Basis Basis Geometry Geometry

10 ATOMS ATOMS O H H Basis Basis Type TypeSZ SZ Geometry Geometry

11 ATOMS ATOMS O H H Basis Basis Type TypeSZ SZ [DZ, [DZ,,DZP,,DZP, TZP, TZP, QZP] QZP] Geometry Geometry

12 ATOMS ATOMS O H H Basis Basis Type TypeDZP Path Path $ADFRESOURCES/ZORA Geometry Geometry

13 ATOMS ATOMS O H H Basis Basis Type TypeDZP Path Path $ADFRESOURCES/ZORA Core CoreSmall [Medium/large] [Medium/large] Geometry Geometry

14 Basis Basis Ni Ni $ADFRESOURCES/TZ/Ni.2p C $ADFRESOURCES/DZP/C.1s O $ADFRESOURCES/DZP/O.1s H $ADFRESOURCES//DZP/H Geometry Geometry

15 ATOMS ATOMS [Cartesian [CartesianZ-matrix MOPAC MOPAC ZCART] ZCART]

16 Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected]

17 Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected] Iterations Iterationsniter niter

18 Geometry Geometry Optim Optim [Cartesian [CartesianInternal InternalDelocal] [all [allselected] Iterations Iterationsniter niter Converge Converge [E=tole] [E=tole][grad=tolg] [grad=tolg] rad=tolr] rad=tolr] [ang=tola] [ang=tola]

Iterations Iterationsniter niter Converge Converge

19 Geometry Geometry transitionstate transitionstate

20 Geometry Geometry Transitionstate Transitionstate [mode=n] [mode=n][neghess=neghess] [NegHess=neghess]

21 Geometry Geometry Geovar Geovar Rcc Rcc F

22 Geometry Geometry lineartransit lineartransitnpoints npoints Geovar Geovar Var Var start_v start_v end_v end_v

23 Geometry Geometry lineartransit lineartransit19 19 Geovar Geovar Ang Ang

24 GEOMETRY GEOMETRY IRC IRC [Forward] [Forward] [Backward] [Backward][Points=npoints] [Points=npoints][Step=Step] [Step=Step]

25 GEOMETRY GEOMETRY frequencies frequencies

26 XC XC [LDA [LDA[Apply] [Apply] LDA LDA [Stoll]] [Stoll]] [GGA [GGA[Apply] [Apply] GGA] GGA] end end np. np. XC XC GGA GGA Becke BeckePerdew end end

27 XC XC [LDA [LDA[Apply] [Apply] LDA LDA [Stoll]] [Stoll]] [GGA [GGA[Apply] [Apply] GGA] GGA] end end np. np. XC XC GGA GGA Becke BeckePerdew end end

28 Relativistic Relativistic [level] [level][formalism] [formalism] Level Level = None NoneScalar SpinOrbit SpinOrbit Formalism Formalism = Pauli Pauli ZORA ZORA DIRAC DIRAC program program relativistic relativisticcore corepotentials (uruchamiany (uruchamiany automatycznie) automatycznie)

29 Charge Charge NetQ NetQ [ab] [ab] Np.. Np.. Charge Charge 002 2

30 unrestricted unrestricted

31 Locorb Locorb end end

32 Bondorder Bondorder {printall} {printall}{tol=tol} {tol=tol}

33 Print Printargument Noprint Noprintargument

34 Pliki ADF

35 Pliki ADF Input (*.run) output (*.out) Logfile TAPE21 TAPE13 TAPE41 (densf)

36 Pliki ADF Input (*.run) output (*.out) logfile TAPE** TAPE21 TAPE13 TAPE41 (densf) Programy dmpkf, udmpkf

37 Obliczenia w bazie fragmentów w ADF

38 ETAPY OBLICZE 1.Optymalizacja geometrii całoci 2.Obliczenia dla fragmentu 1 zachowanie pliku TAPE21 3. Obliczenia dla fragmentu 2 zachowanie pliku TAPE21 4. Obliczenia dla całej struktury w bazie orbitali 1 oraz 2 Wykorzystanie zgenerowanych plików TAPE21 fragmentów

39 ETAPY OBLICZE na przykładzie NH 3 BH 3 1.Optymalizacja geometrii całoci NH 3 BH 3 2.Obliczenia dla fragmentu 1 NH 3 zachowanie pliku TAPE21 3. Obliczenia dla fragmentu 2 BH 3 zachowanie pliku TAPE21 4. Obliczenia dla całej struktury w bazie orbitali 1 oraz 2 Wykorzystanie plików TAPE21 dla fragmentów

40 obliczenia dla fragmentów w bazie orbitali atomowych #!/bin/bash $ADFBIN/adf << eor atoms cartesian N H H H end basis N $ADFRESOURCES/DZP/N.1s H $ADFRESOURCES/DZP/H end xc gga scf becke88 perdew86 end end input eor cp TAPE21 nh3.t21 TAPE21 nh3.t21 TAPE21 bh3.t21

41 #!/bin/bash $ADFBIN/adf << eor atoms N H H H B H H H end fragments nh nh3.t21 bh bh3.t21 end xc (nie basis ) gga scf becke88 perdew86 end end input eor Majc pliki nh3.t21 oraz bh3.t21 wykonujemy obliczenia dla czstczki f=nh f=nh f=nh f=nh f=bh f=bh f=bh f=bh Geometria taka, jak dla fragmentów Baza orbitali fragmentów

42 Otrzymano MO dla NH3BH3 w bazie orbitali NH3 oraz BH3 E (ev) NH 3 NH 3 BH 3 BH e +0.24e LUMO -4 ϕ 6 HOMO -8 ϕ 5 ϕ 4 Ψ 33 Ψ ϕ 3 Ψ 31

43 Grid do wizualizacji #!/bin/bash $ADFBIN/densf << eor grid fine orbitals scf all occ eor TAPE41(binarny plik KF) Czytany przez ADFView Cr 2

44 Grid do wizualizacji #!/bin/bash $ADFBIN/densf << eor grid coarse orbitals loc all occ eor TAPE41(binarny plik KF) Czytany przez ADFView

45 cdn

Podobne dokumenty

Modelowanie molekularne

Ck08 Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 2 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody