PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś
WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje i kontakt 6. Literatura 7. Projekt poznania genomu człowieka 8. Bioinformatyka jako dziedzina nauki 9. Projekty poznania innych genomów
KATEDRA GENETYKI AKTUALNE PROJEKTY BIOINFORMATYCZNE Adrian DroŜdŜ wybór informatywnych polimorfizmów człowiek baza danych HapMap bydło mikromacierz
KATEDRA GENETYKI PROJEKT BIOINFORMAYCNY
KATEDRA GENETYKI PROJEKT BIOINFORMATYCZNY
KATEDRA GENETYKI PROJEKT BIOINFORMATYCZNY
KATEDRA GENETYKI PROJEKT BIOINFORMATYCZNY
TEMATYKA PRZEDMIOTU Podstawy bioinformatyki: Struktura wybranych baz danych Wyszukiwanie informacji Przetwarzanie informacji Analiza danych
TEMATYKA PRZEDMIOTU - WYKŁADY BIOINFORMATYKA JAKO DZIEDZINA NAUKI 1. Wykład wstępny 2. Sekwencjonowanie genomów 3. NCBI I 4. NCBI II BAZA NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY SEKWENCJE NUKLEOTYDÓW I AMINOKWASÓW 5. Porównywanie sekwencji 6. Analiza filogenetyczna ANALIZA ZMIENNOŚCI GENETYCZNEJ 7. Baza danych HapMap 8. Mikromacierze ekspresyjne i SNP 9. Analiza danych pochodzących z mikromacierzy ekspresyjnych 10. Analiza danych pochodzących z mikromacierzy SNP
TEMATYKA PRZEDMIOTU - ĆWICZENIA ANALIZA DANYCH 1. Ćwiczenia wstępne 2. Wyszukiwanie określonych sekwencji nukleotydowych 3. Przyrównywanie sekwencji nukleotydowych 4. Poszukiwanie funkcji genów 5. Kolokwium 1 KORZYSTANIE Z PUBLICZNYCH BAZ DANYCH 6. Baza danych Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) 7. Baza Danych NCBI 8. Wizualizacja struktury 3D białek 9. Kolokwium 2 10. Ocena projektów, zaliczenie ćwiczeń
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW I ĆWICZEŃ WYKŁADY ĆWICZENIA PRACA WŁASNA prezentacja: tematyki bioinf. baz danych programów samodzielne korzystanie z baz danych Internet
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Obecność 2. Pytania / dyskusja
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ 1. Obecność 2. Zaliczenie (bez poprawek!!!) średnia ocen 3. Oceny: 2 kolokwia - bez poprawek!!!, wykłady + ćwiczenia projekt grupowy 4. Praca samodzielna przy komputerze 5. ZałoŜenie: podstawowa umiejętność obsługi komputera działającego w systemie Windows
KONTAKT adres: Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt ul. KoŜuchowska 7
KONTAKT forum: http://www.biometria.fora.pl Bioinformatyka
KONTAKT informacje: http://www.up.wroc.pl/~szyda Bioinformatyka
KONTAKT konsultacje: indywidualnie / forum / skype termin ustalony indywidualnie z prowadzącym
LITERATURA - KSIĄśKI Bioinformatyka Baxevanis, Ouellette PWN Bioinformatyka i ewolucja molekularna Higgs, Attwood PWN A life decoded Venter Penguin
LITERATURA BAZY DANYCH NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
LITERATURA BAZY DANYCH HapMap: http://www.hapmap.org/
PROJEKT POZNANIA GENOMU CZŁOWIEKA HISTORIA 1. 1986 początek projektu 15 lat 3 000 000 000 $ 2. 1988 rozpoczęcie badań przez NIH James Watson Francis Collins
PROJEKT POZNANIA GENOMU CZŁOWIEKA HISTORIA 3. ------ inne instytuty i firmy Chiny, Francja, Niemcy, Japonia, W. Brytania Celera Genomics 3 000 000 $ 4. 1998 wyścig Craig Venter Francis Collins Celera NIH whole genome shotgun klasyczne
PROJEKT POZNANIA GENOMU CZŁOWIEKA HISTORIA 5. 2000 ukończenie prac nad ogólną sekwencją 6. 2001 publikacje Celera NIH
BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GeneBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu mapowania genomu człowieka 3. i innych genomów 4. Eksplozja danych nowa dyscyplina nauki bioinformatyka
BIOINFORMATYKA GeneBank: Luty 2009 101 467 270 308 par zasad
BIOINFORMATYKA BIOINFORMATYKA odbieranie przechowywanie analiza modelowanie dystrybucja danych związanych z sekwencją DNA i białek
BIOINFORMATYKA BADANIA BIOLOGICZNE IN VIVO IN VITRO IN SILICO
BIOINFORMATYKA GŁÓWNE DZIEDZINY BADAŃ 1. Analiza funkcji genów wpływ genów na obserwowane cechy interakcje pomiędzy genami 2. Badania ewolucyjne porównywanie sekwencji DNA spokrewnienie organizmów konstrukcja drzew filogenetycznych 3. Analiza struktury DNA predykcja genów porównywanie sekwencji DNA i białek 4. Modelowanie struktury białek
BIOINFORMATYKA ROLA INTERNETU (dane i narzędzia) 1. Ogólnodostępne bazy danych PubMed Entrez OMIM HapMap ArkDb 2. Ogólnodostępne programy BLAST Haploview
BIOINFORMATYKA ROLA INTERNETU (dane dostępne dla wszystkich) 1. Darmowe 2. Wszędzie dostępne 3. Aktualne 4. Korygowane problematyka ochrony danych
BIOINFORMATYKA OBSZARY ZASTOSOWAŃ 1. Medycyna 2. Farmaceutyka 3. Kryminalistyka 4. Rolnictwo 5. Ochrona środowiska
PROJEKTY POZNANIA INNYCH GENOMÓW CAŁKOWICIE ZSEKWENCJONOWANE GENOMY w ogólnodostępnych bazach danych 1996 Saccharomyces cerevisiae ~12 Mb 1998 Caenorhabditis elegans 1998 Plasmodium falciparum ~23 Mb 2000 Arabidopsis thaliana ~119 Mb 2000 Drosophila melanogaster ~180 Mb 2005 Mus musculus
PROJEKTY POZNANIA INNYCH GENOMÓW 300 250 Seria 1 251 254 200 150 100 50 0 23 ukończone w trakcie scalania w trakcie realizacji
1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje i kontakt 6. Literatura 7. Projekt poznania genomu człowieka 8. Bioinformatyka jako dziedzina nauki 9. Projekty poznania innych genomów