Historia Bioinformatyki

Transkrypt

1 Historia Bioinformatyki 1859 Darwin i Wallace opublikowali O powstaniu gatunku 1865 Mendel eksperymentując z grochem, wykazuje, że cechy dziedziczą się w odrębnych jednostkach 1869 Meischer wyizolował DNA 1895 Rőntgen okrywa promienie X 1902 Sutton proponuje chromosomową teorię dziedziczności 1911 Morgan z współpracownikami stabilizuje tą teorię, badając muszkę owocówkę 1943 Astbury obserwuje wzór DNA przy użyciu promieni X Avery, MacLeod i McCarty wykazują, że DNA przenosi cechy dziedziczne (nie białka!) Pauling and Corey przewidują strukturę II-rzędową białek (alpa-helisę i betakartkę) 1953 Watson i Crick proponują model podwójnej helisy DNA, bazując na badaniach krystalograficznych Franklin i Wilkins 1955 Sanger przedstawia pierszą sekwencje białkową (insulina bydlęca) 1955 Kornberg izoluje enzym polimerazę DNA 1958 powstaje pierwszy układ scalony w korporacji Texas Instruments 1

2 Perutz i Kendrew otrzymują pierwszą strukturę krystolograficzną białka (hemoglobina i myoglobina) Brenner, Jacob i Meselson odkrywają mrna przekazujące informację z DNA jądra do cytoplazmy 1965 Dayhoff zaczyna atlas sekwencji i struktur białkowych 1966 Nirenberg, Khorana, Ochoa i inni łamią kod genetyczny 1970 powstaje algorytm do porównywania sekwencji (Needleman-Wunsch) 1972 Berg z współpracownikami tworzą pierwsze rekombinowaną molekułę DNA 1973 Cohen odkrywa klonowanie DNA 1975 Sanger i inni (Maxam, Gilbert) opracowują metody sekwencjonowania pierwsza kompletna sekwencja genu Bacteriophage FX174) opublikowana (5,386 par zasad) 1981 algorytm Smith-Waterman zostaje opublikowany 1981 IBM wprowadza komputer osobisty na rynek 1982 powstaje baza danych GenBank w Los Alamos National Laboratory 1983 Mullins (noblista 1993) odkrywa reakcję PCR Lipman i Pearson odkrywają algorytm FASTP 1986 stworzenie bazy SWISS-PROT The Human Genome Initiative ogłoszona przez DOE Lipman i Pearson odkrywają algorytm FASTA National Center for Biotechnology Information (NCBI) z siedzibą w National Library of Medicine w Bethesda w USA 1990 powstaje program BLAST 1990 oficjalnie startuje Human Genome Project Instytut badawczy CERN w Genewie zapowiada powstanie protokołów, które utworzą sieć World Wide Web (internet) The Institute for Genomic Research (TIGR) utworzany przez Ventra w Rockville genom Haemophilus influenzea zostaje zsewencjonowany (1.8 Mb) 1996 Affymetrix produkuje pierwszą komercyjną mikromacierz DNA 2

3 1996 zsekwencjonowanie genomu drożdży (pierwszy kompletny genom eukariotyczny) 1996 rozpoczyna się sekwencjonowanie ludzkiego DNA 1997 genom E.coli zsekwencjonowany (4,6 Mb) 1998 genom C. elegans zsekwencjonowany (pierwszy kompletny genom organizmu wielokomórkowego, 97 Mb) Venter zakłada Celera w Rockville The Swiss Institute of Bioinformatics powstaje w Genewie 1999 pierwszy kompletny chromosom ludzki (HGP) genom Drosophila kompletny 2000 chromosom 21 kompletny 2001 projekt całego genomu ludzkiego (3,000 Mb) 2003 genom ludzki kompletny zawierający 30,000 genów projektów sekwencjonowania eukariotycznych genomów : 22 kompletne, 367 kompletne genomy mikrobów 3

4 Darwin (evolution) Mendel (genetic analysis) DNA modelling (Watson & Crick, 1953) Hemoglobin Myoglobin(Max Perutz,John Kentreu) : structure and sequence structure sequence Bio-Computation Methodology (Chris Sander, Arther Lesk, etc ) DNA codon anticodon peptide X-174 genome (F.Sanger) : full genome sequencing Dynamic program Sequence comparison app module (Niedleman & Bunsche) DB construction (Gen Bank, PIR,...) Southern blot Hybridization methology Computer DNA chip & Microarray technology INTERNET Bioinformatics Expanded Structural genomics Comparative genomics Sequencing Functional genomics SNP Proteomics (Mass spec. protein chip) DataBases Computational analysis Methodology Functions 4

5 5

6 Dziękuje za uwagę 6